2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2013. 6. 25. 피고로부터 식육포장처리업 허가를 받고, 2013. 6. 28. 본점 소재지를 부산 강서구 경전철로 188번길 139-1 (대저1동)로, 목적을 축산물판매업, 축산물포장처리업, 축산물가공업, 식육가공업, 식육가공포장판매업 등으로 하여 설립된 중 소기업이다.

나. 원고는 2015. 8. 3. 북부산세무서장으로부터 사업장 소재지와 본점 소재지란에 '부산광역시 강서구 대저1동 3064-4, 사업의 종류란에 '업태 : 제조, 도매', '종목 : 축산물, 기타 가공식품'으로 된 사업자등록증을 교부받았다.다. 원고는 사업의 확장 및 이전을 목적으로 부산 강서구 대저1동 476-13 답 1,405 m(이하 '이 사건 토지'라 한다) 지상에 일반철골구조 일반철골조지붕 2층 제1종 근린생활시설 1층 672m, 2층 312m(이하 '이 사건 건물이라 한다)를 신축하기 위하여 2015. 5. 9. 피고에게 건축허가 신청을 하여 2015. 6, 9. 피고로부터 건축허가를 받았다.

라. 원고가 위 건축허가를 받음에 따라 건축법 제11조 제5항 제7호에 의해 이 사건 토지에 관한 농지전용허가를 받은 것으로 의제되어 피고는 2015. 8. 19. 원고에 대하여 농지보전부담금 70,250,000원의 부과처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다. 마. 원고는 2016. 1. 26. 이 사건 건물을 완공하여 소유권보존등기를 마친 후 2016. 1. 29. 피고로부터 사업장 소재지를 이 사건 토지로 하여 식육포장처리업에 관한 영업변경허가를 받았고, 2016. 2. 4. 북부산세무서장으로부터 사업장 소재지와 본점 소재지란에 '부산광역시 강서구 대저중앙로 394번가길 131(대저1동)', 사업의 종류란에는 '업태 : 제조, 도매', '종목 : 축산물'로 된 사업자등록증을 교부받았다.

바. 원고는 2015. 6.경 피고에게 농지보전부담금 면제신청을 하였으나 피고는 2015. 9. 27. 원고에게, 원고의 경우 농지보전부담금 면제 대상이 아님을 통보하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 있는 경우 이를 각 포함, 이하 같다), 갑 제9 내지 11호증, 갑 제13호증, 을 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 원고는 중소기업창업지원법 제39조의3 제2항이 규정하는 '통계청장이 작성·고시 하는 한국표준산업분류상의 제조업을 영위하기 위하여 중소기업을 창업하는 자'에 해당하여 위 조항에 의해 농지보전부담금이 면제된다. 농지법 제38조 제1항 제4호, 제38조 제6항, 구 농지법 시행령(2016. 1. 19. 대통령령 제26903호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 농지법 시행령'이라고만 한다) 제52조 별표2 제3호 차목(이하 위 농지법 및 구 농지법 시행령 규정을 통틀어 '농지법령'이라 한다)은 '중소기업창업지원법 제39조의 4 제1항 1)에 따라 제조업을 영위하기 위한 중소기업을 창업하는 자가 설립하는 공장'에 한하여 농지보전부담금을 감면한다고 규정하고 있으나, 중소기업창업지원법은 농지법에 우선 적용된다고 할 것이므로 농지법령상의 공장에 해당하지 않는다고 하여 농지보전부담금 부과대상이 된다고 할 수 없다.

나. 원고는 당초 이 사건 토지상에 제2종 근린생활시설인 제조업의 건축허가가 불가능하여 부득이하게 제1종 근린생활시설로 건축허가를 받은 것으로 원고가 이 사건 건물에 대한 건축허가 신청을 할 때 품목제조보고서에 '식육가공품'으로 명기하고 제조방법설명서까지 제출하였고, '식육포장처리업'으로 영업허가를 받고 사업자등록증도 받았으며, 실제 축산물 등을 가공하는 제조업을 운영하고 있으므로 이 사건 건물은 농지법령에서 정한 공장에도 해당한다. 따라서 원고는 농지보전부담금 면제대상자에 해당한다.다. 피고는 중소기업창업지원법 시행령 제29조의2 제3항에 따라 부담금의 면제신청을 받은 날부터 14일 이내에 원고에게 부담금면제 여부를 알려야 함에도 불구하고 피고는 원고로부터 부담금면제신청을 받은 날부터 약 3개월이 경과하여 농지보전부담금 면제 대상이 아님을 통보하였으므로 이 사건 처분은 위법하다.

3. 관련 법령

별지 관련 법령 기재와 같다.

4. 판단,

가. 적용 법령 중소기업창업지원법 제39조의3 제2항2) 제2호에서는 통계법 제22조 제1항에 따라

통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류상의 제조업을 영위하기 위하여 중소기업을 창업하는 자에 대하여 사업을 개시한 날부터 3년 동안 농지법 제38조 제1항에 따른 농지보전부담금을 면제하도록 규정하고 있고, 한편, 농지법 제38조 제1항에서 농지보전부담금 부과대상자에 관하여 규정하고 있고, 같은 조 제6항3)에서 농림축산식품부장관은 다음 각 호의 하나에 해당하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 농지보전부담금을 감면할 수 있다고 규정하면서 제3호에서 '제35조제1항 각 호에 따른 시설이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 시설을 설치하기 위하여 농지를 전용하는 경우'를 규정하고 있으며, 위 위임규정에 따라 구 농지법 시행령 제52조에서는 '법 제38조 제5항)에 따른 농지보전부담금의 감면대상 및 감면비율은 별표 2와 같다'고 규정하고, [별표 2] 제 3호 차목5)에서 '중소기업창업지원법 제39조의 4 제1항에 따라 제조업을 영위하기 위한 중소기업을 창업(2017년 8월 3일까지 창업하는 경우만 해당한다)하는 자가 설립하는 공장(농지보전부담금의 감면기간은 그 사업을 개시한 날부터 3년 동안으로 한다)'을 농지보전부담금의 면제대상으로 정하고 있는바, 부담금의 면제를 규정한 중소기업창업지원법 제39조의3 제2항 제2호와 농지법 제38조 제6항, 구 농지법 시행령 제52조는 농지전용부담금 부과에 관한 일반법인 농지법 제38조 제1항에 대한 특별규정이라고 할 것이다(대법원 2008. 4. 24. 선고 2006두13473 판결, 대법원 1997. 10. 14. 선고 97누11430 판결 등 참조).

한편, 중소기업창업지원법 제39조의3 제2항 제2호에서는 '통계법 제22조 제1항에 따라 통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류상의 제조업을 영위하기 위하여 중소기업을 창업하는 자'에 대하여 농지보전부담금을 면제하도록 규정하고 있는 반면, 농지법 제38조 제6항 제3호, 구 농지법 시행령 제52조에서는 '중소기업창업지원법 제39조 의 4 제1항에 따라 제조업을 영위하기 위한 중소기업을 창업하는 자가 설립하는 공장'을 농지보전부담금의 면제대상으로 규정하여 위 규정들은 서로 모순 저촉된다고 할 것이고, 이는 중소기업창업지원법 제39조의3 제2항 제2호에서는 중소기업을 창업하는 자에 대하여 농지보전부담금을 면제하는데 반하여 구 농지법 시행령 제52조에서는 중소기업을 창업하는 자가 설립하는 '공장'에 한하여 농지보전부담금을 면제하도록 규정한 데 기인하는 것이다.

그런데, 구 농지법 시행령 제52조는 수권법률인 농지법 제38조 제6항의 위임에 의한 것인데, 수권 법률인 농지법의 위임은 관련 법률조항인 중소기업창업지원법 등을 포함한 관계법률 내지 법률 전체의 취지에 위반하는 규정을 두는 것을 위임한 것이라고 볼 수는 없으므로 구 농지법 시행령 제52조가 관계법률인 중소기업창업지원법 제39조의3 제2항 제2호에 반한다면 그 범위 내에서는 동시에 수권법률인 농지법 제38조 제6항에 반하는 것이라고 할 수 밖에 없다.

따라서, 구 농지법 시행령 제52조는 중소기업창업지원법 제39조의3 제2항 제2호에 반하는 범위 내에서는 수권법률인 농지법 제38조 제6항에도 위반하여 그 효력이 없다.고 할 것이므로 중소기업창업지원법 제39조의3 제2항 제2호에 따라 한국표준산업분류상의 제조업을 영위하기 위하여 중소기업을 창업하는 자에 해당하는 경우 그 시설이 공장에 해당하는지 여부에 관계없이 농지보전부담금을 부과할 수 없다고 할 것이다.

나. 원고가 중소기업창업지원법 제39조의3 제2항 제2호의 '제조업을 영위하기 위하

여 중소기업을 창업하는 자'에 해당하는지 여부

원고가 중소기업을 창업하는 자임은 앞서 본 바와 같은바, 원고가 제조업을 영위하는지 여부에 관하여 본다.

원고가 축산물판매업, 축산물포장처리업, 축산물가공업, 식육가공업, 식육가공포장 판매업 등을 목적으로 설립된 회사이고, 사업자등록증의 사업의 종류 란에 '업태 : 제조, 도매', '종목 : 축산물'이라고 기제되어 있는 사실, 원고가 2013. 6. 25. 피고로부터 식육포장처리업에 관한 허가를 받은 사실은 앞서 본 바와 같고, 갑 제10호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 이 사건 건물에 대한 건축허가 신청시 피고에게 제출한 품목제조보고서의 품목 유형란에 '식육가공품'이라고 기재되어 있고 위 품목제 조보고서에 첨부된 제조방법설명서에는 '축산물 가공업체에서 부위별로 생산된 포장육을 공급받아 개봉하여 단순히 분할절단하여 포장한다'라고 기재되어 있는 사실, 원고의 직원들이 이 사건 건물에서 축산물 가공업체로부터 부위별로 생산된 포장육을 공급받아 개봉한 후 분할 절단하여 포장하는 공정을 통해 돈안심 등을 제조해 온 사실이 인정된다.

위 인정사실에다가 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류에 의하면 식류품 제조업에 속하는 육류 가공 및 저장 처리업이란 '각종 육지동물고기 및 고래의 고기를 냉동 건조 훈연 염장·조리 및 기타 방법으로 가공 또는 저장처리하여 고기가공품이나 식용 또는 비식용의 고기분말 등을 생산하는 산업활동을 말한다. 도축된 고기를 일관 공정에 의하여 특정부위별로 분할 · 포장하여 사업체에 판매하는 경우도 여기에 포함된다.'라고 정의되어 있는 점, ② 원고가 식육포장처리업 허가를 받고 영위해 온 실제 업태, 즉 축산물 가공업체에서 부위별로 생산된 포장육을 공급받아 개봉한 후 분할 및 절단하여 포장하는 것은 위 한국표준산업분류상의 육류 가공 및 저장 처리업에서 말하는 '도축된 고기를 일관 공정에 의하여 특정부위별로 분할·포장하여 사업체에 판매하는 경우'에 해당하는 것으로 보이는 점, ③ 한국표준산업분류에 의하면 제조활동은 공장이나 가내에서 동력기계 및 수공으로 이루어질 수 있고, 사업종류 예시표에서도 별도로 사업체의 규모를 한정하고 있지 않고 있는 점, ④ 원고의 작업공정은 부위별 포장육을 공급받아 소비자로 하여금 돈안심 등 새로운 육류 제품을 소비할 수 있는 상태로 만들기 위하여 분할, 절단, 포장 등의 물리적 가공을 거쳐 소비 가능한 상태로 포장을 하는 일련의 작업으로서 상당한 양의 시간과 인력이 소요될 것으로 보이고, 위와 같은 작업공정을 거침으로써 부위별 포장육이 새로운 상품으로서의 가치를 지니게 되는 것으로 판단되는바 이와 같은 행위를 단순히 도·소매에 부수하여 행하여지는 작업으로 보기는 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 원고는 '통계청장이 작성·고시하는 한국표준산업분류상의 제조업을 영위하기 위하여 중소기업을 창업하는 자'에 해당한다 봄이 상당하다.다. 따라서 원고에 대하여는 중소기업창업지원법 제39조의3 제2항 제2호에 따라 농지보전부담금을 부과할 수 없다고 할 것이므로, 원고의 주장은 이유 있고, 원고가 농지법령상 농지보전부담금 면제 대상자에 해당하지 아니한다고 판단하여 원고에게 농지보 전부담금을 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다..

판사기진석

판사백상빈

2) 2007. 8. 3. 법률 제8606호로 농지보전부담금 면제조항인 제39조의 2가 신설되었고, 2011. 4. 4. 법률 제10533호로 위 조항의

위치가 제39조의 3 제1항으로 변경되었다가 2015, 2. 3. 법률 제13158호로 제39조의 3 제2항으로 변경되었다.

3) 농지법상 농지보전부담금 조항 및 그에 대한 면제 조항은 농지법 제정 당시부터 '농지조성비'라는 명칭으로 존재하여 왔는데,

2007. 4. 11. 법률 제8352호로 농지법이 전부개정되면서 제38조 제1항에서 농지보전부담금 부과대상에 관하여, 같은 조 제5

항에서 농지보전부담금 감면대상에 관하여 규정되었고, 2015. 1. 20. 법률 제13022호로 농지법상 농지보전부담금 감면대상에

관한 조항의 위치가 제38조 제5항에서 같은 조 제6항으로 변경되었다.

4) 농지법 제38조 제6항을 가리키는 것으로 보인다.

5) 2013. 12. 30, 대통령령 제25042호로 신설되었다.

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심급 사건

참조조문

참조판례