2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2012. 8. 13. 원고에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분을 취소한다.

가. 원고는 OO시 OO구 OO동 221-5 대 547㎡(이하 '이 사건 토지'라고 한다)에 관하여 OO지방법원 OO지원 OO등기소(이하 'OO등기소'라고만 한다) 1988. 3. 24. 접수 제14479호로 1982. 12. 3. 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 1994.초 이 사건 토지상에 알, 씨조 및 조적조 스라브지붕 3층 근린생활시설 지층 21.35㎡, 1층 100.87㎡, 2층 97.75㎡, 3층 97.75㎡(이하 '이 사건 건물'이라 하고, 이 사건 토지와 합하여 지칭할 경우에는 '이 사건 부동산'이라고 한다)를 신축하고, OO등기소 1994. 1. 20. 접수 제4275호로 소유권보존등기를 마쳤다.

다. 원고는 2009. 6. 12. 이O에게, 이 사건 부동산을 매도(이하 '이 사건 양도'라고 한다)하고, 이 사건 부동산에 관하여 OO등기소 2009. 6. 17. 접수 제49108호로 2009. 6. 12. 매매를 원인으로 한 각 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

라. 원고는 2009. 8. 26. 피고에게 이 사건 양도에 관한 양도소득과세표준을 신고함에 있어, 이 사건 건물의 2층과 3층을 주택으로 사용하였다고 주장하면서 이 사건 건물 전체를 1세대 1주택으로 보아{9억원을 초과하는 고가 주택 비율 690(1590-900)/1590(전체 양도가액)}, 과세표준 OOO원, 자진 납부할 세액 OOO원으로 신고(이하 '이 사건 신고'라고 한다) 및 납부하였다.

마. 피고는 이 사건 신고에 대해 2012. 4. 16.부터 2012. 4. 30.까지 실지조사를 한 다음, 이 사건 건물 중 3층은 주택으로, 2층은 식당영업을 위한 공간으로 사용한 것으로 판단하고, 이 사건 건물 중 3층 부분만 1세대 1주택으로 인한 비과세에 해당하는 것으로 보아, 2012. 8. 13. 원고에게, 2009년 귀속 양도소득세 OOO원(10원 미만 버림, 총결정세액 OOO원에서 이 사건 신고 납부세액 OOO원을 차감)의 부과처분(이하 '이 사건 당초처분'이라고 한다)을 하였다.

바. 원고는 2012. 10. 9. 조세심판원에 이 사건 당초처분에 대하여 심판청구(이하 '이

사. 원고는 이 사건 심판청구에 대한 결정이 지연됨에 따라 2013. 8. 5. 이 법원에 이 사건 당초처분의 취소를 구하는 소를 제기하였다.

아. 조세심판원은 2013. 12. 31. 원고에게 이 사건 심판청구에 대하여, 'OO세무서장

이 2012. 8. 27. 원고에게 한 2009년 귀속 양도소득세 OOO원의 부과처분은 OO도 OO시 OO구 OO동 221-5 지상 3층 건물 중 2층을 주택에 해당하는 것으로 하여 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다'는 결정(이하 '이 사건결정'이라고 한다)을 하였다.

자. 피고는 이 사건 결정에 따라 2014. 1. 22. 원고에게, 이 사건 당초처분한 양도소득세액 중 OOO원을 감액하고, 이 사건 양도에 관한 세액을 OOO원으로 경정하는 처분(이하 '이 사건 처분'이라고 한다)을 하였다.

[인정근거] 당사자 사이에 다툼이 없는 사실, 갑제1 내지 9(가지번호 포함)호증, 을제1

내지 3호증, 을제5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 건물의 취득가액에 관한 주장

(가) 피고는 이 사건 당초처분을 함에 있어, 원고가 배OO에게 지급한 돈 OOO만 원 등을 건물의 취득가액으로 인정하였으나, 이 사건 처분을 함에 있어 건물의 취득가액을 환산가액으로 경정하였는바, 이 사건 건물의 취득가액은 감가상각명세서상의 OOO원으로 인정되어야 한다.

(나) 갑제16호증의1, 2의 각 기재에 의하면 이 사건 건물의 최초 건축비가 OOO원이고, 취득세와 등록세 확정금액 OOO원 중 OOO원을 가산하여 이 사건 건물의 취득가액을 OOO원(= OOO원 + OOO원)으로 계상하였다.

(2) 그 밖의 필요경비에 관한 주장

(가) 원고가 백OO에게 이 사건 양도와 관련하여 지급한 중개수수료 O천만 원은 이 사건 당초처분 당시 필요경비로 인정되었던 것으로, 이 사건 처분에서도 필요경비로 인정되어야 한다(위 O천만 원 중 O천만 원은 원고가 직접, O천만 원은 원고의 배우자가 백OO에게 송금하였다).

(나) 원고가 이 사건 건물에 관하여 지출하였다고 부가가치세 신고에 포함한 자본적 지출액 OOO원도 필요경비로 인정되어야 한다.

(다) 원고가 배OO에게 지급한 O억 O천만 원은 이 사건 당초처분 당시 건물의 취득가액으로 인정되었던 것으로, 이 사건 처분에서는 필요경비 중 양도비로 인정되어야

한다.

(라) 배OO와의 약정서상 집기, 비품 대가로 표기된 금원의 실질적인 지급 이유는 당초 약정한 임대차기간(10년)의 불이행으로 인한 보상금이다.

나. 인정사실

앞서 든 증거에다가 갑제10호증의5, 6, 갑제11, 12, 14호증(각 가지번호 포함), 갑제

15호증의 각 기재를 보태어 보면 아래의 각 사실을 인정할 수 있다.

(1) 원고의 남편 민OO은 OO세무서장에게 1995년 귀속 소득세.농어촌특별세 과세표준확정신고를 함에 있어, 주된 소득자 민OO의 소득으로 OOO원, 자산합산대상가족 원고의 소득으로 OOO원 합계 OOO원을 신고하면서, 첨부한 감가상각자산 및 감가상각범위액 계산명세서(이하 '이 사건 명세서'라고 한다)에 이 사건 건물의 대차대조표상 상각자산가액으로 OOO원, 당기 상각범위액으로 OOO원을 각 기재하였다.

(2) 원고는 OO세무서장에게 일반과세자 부가가치세 확정신고를 함에 있어,

(가) 2006. 1. 23. 2005년 2기(신고기간 2005. 7. 1.부터 2005. 12. 31.까지)분의 매입세액 중 고정자산 매입액을 OOO원으로,

(나) 2006. 7. 24. 2006년 1기(신고기간 2006. 1. 1.부터 2006. 6. 30.까지)분의 매입세액 중 고정자산 매입액을 OOO원(원고의 2014. 4. 7.자 준비서면에 첨부된 별지

표 부가가치세 신고시 신고된 자본적 지출액 순번 2번의 금액 OOO원은 오기이거나 의도적인 누락으로 보임)으로,

(다) 2007. 1. 15. 2006년 2기(신고기간 2006. 7. 1.부터 2006. 12. 31.까지)분의 매입세액 중 고정자산 매입액을 O백만 원으로,

(라) 2009. 7. 18. 2009년 1기(신고기간 2009. 4. 1.부터 2009. 6. 30.까지)분의 매입세액 중 고정자산 매입액을 O천만 원(원고의 2014. 4. 7.자 준비서면에 첨부된 별지 표 부가가치세 신고시 신고된 자본적 지출액 순번 4번에는 세액을 포함한 OOO원으로 기재하고 있음, 다만, 이 부분은 아래에서 보는 바와 같이 원고가 배OO에게 지급하였다고 주장하는 인테리어 보상금 OOO원을 말하는 것으로 보임)으로 각 신고하였다.

(3) 배OO는 원고와 사이에 이 사건 건물에 관하여 임대차계약을 체결하고, 2008.4.6.부터2009.2.28.까지'OOO'라는상호로음식점영업(사업자등록번호: OOO-OO-OOOOO)을 하였다.

(4) 원고는 2009. 5. 18. 이 사건 건물의 임차인인 배OO와 사이에 이 사건 부동산의 양도와 관련하여, 원고가 배OO에게, 배OO가 2008. 2.부터 2008. 3.까지 사이에 이 사건 건물의 보수와 내부 인테리어 및 즙기비품 등에 관하여 부담한 비용 O억 O천만 원을 보상하기로 하는 내용의 약정서(이하 '이 사건 약정서'라고 한다)를 작성하였다.

(5) 원고는 배OO에게 이 사건 약정서에 따라,

(가) 2009. 5. 19. O억 원을,

(나) 2009. 5. 23. O천만 원을,

(다) 2009. 6. 8. OOO원 합계 OOO원{을제4호증의 기재에 의하면, 원고는 위 금원의 내역을 임차보증금 O천만 원, 인테리어 보상금 OOO원(부가가치세 포함), 그 밖의 보상금 OOO원이라고 주장하고 있음}을 지급하였다.

(6) 원고는 2009. 5.경 한국전력공사에게 이 사건 건물에 관하여 OOO의 명의로 OOO원을 송금하였다(갑제10호증의6의 순번 4번의 수도요금은 전기요금의 오기로

보인다).

(7) 원고는2009.5.경OO시OO물에게이 사건건물에관하여 원고의명의로 OOO원을 송금하였다(갑제10호증의6의 순번 5번의 전기요금은 수도요금의, OOO원은 OOO원의 각 오기로 보인다).

(8) 원고는 2009. 5.경 백OO(갑제12호증의1에 기재된 OO공인중개사무소의 대표이나, 공인중개사는 아님)에게 O천만 원을 송금하였다.

(9) 민OO은 2009. 5.경 위 백OO에게 O천만 원을 송금하였다.

(10) 원고는 2009. 8. 26. 이 사건 신고를 함에 있어,

(가) 이 사건 부동산의 양도가액을 OOO원{= OOO원(토지) +OOO원(건물)}으로,

(나) 이 사건 부동산의 취득가액을 OOO원{= OOO원(토지) +OOO원(건물)}으로,

(다) 필요경비를 OOO원(구체적인 내용은 갑제5호증 참조)으로 각 신고하였다.

(11) 피고는 이 사건 당초처분(주택 비과세, 상가 과세)을 함에 있어,

(가) 이 사건 부동산의 양도가액을 OOO원으로,

(나) 이 사건 부동산의 취득가액을 OOO원으로[이 사건 건물의 취득가액을 실지거래가액인OOO원{=OOO원(원고가배OO에게지급하였다는돈, 2009. 5. 지출) + OOO원(도시가스 인입비, 2005. 5. 지출) + OOO원(지방세 납부세액, 1994. 12. 지출)}으로 인정하고, 이 사건 건물을 주택과 상가로 구분하여 각 기준시가(주택 : OOO원, 상가 : OOO원)에 따라 안분하여, 상가(건물)의 취득가액은 OOO원으로, 토지의 환산취득가액은 OOO원으로 각 인정],

(다) 필요경비는 원고가 이 사건 양도와 관련하여 백OO에게 지급하였다고 주장하는 중개수수료 O천만 원 중 일부인 OOO원으로 각 인정하였다.

(12) 피고는 이 사건 처분을 함에 있어,

(가) 이 사건 부동산의 양도가액을 OOO원{=OOO원(토지) + OOO원(건물)}으로,

(나) 이 사건 부동산의 취득가액을 환산취득가액 OOO원{= OOO원(토지) + OOO원(건물)}으로{피고가 이 사건 당초처분을 함에 있어, 건물취득가액으로 인정하였던 원고가 배OO에게 지급한 O억 O천만 원(또는 실제 지급한 것으로 인정된 OOO원) 중 인테리어 보상금 명목의 O천 O백만 원만 실제 이 사건 부동산의 자본적지출액으로 인정하고 실제 지출이 확인되는 취득가액 보다 환산취득가액이 더 크다고 보아 환산취득가액을 적용},

(다)이사건부동산의취득기준시가는OOO원{=OOO원(토지)+ OOO원(건물)}으로,

(라) 필요경비는 위 각 취득 기준시가의 3%인 OOO원{= OOO원(토지) + OOO원(건물)}으로 각 인정하였다.

다. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

라. 판단

(1) 이 사건 건물취득가액 주장에 관한 판단

(가) 양도차익의 산정에 있어서 기준이 되는 실지거래가액이라 함은 객관적인 교환가치를 반영하는 일반적인 시가가 아니라 실지의 거래대금 그 자체 또는 거래 당시 급부의 대가로 실지 약정된 금액을 의미하는바(대법원 2007. 4. 26. 선고 2006두7171 판결), 매매계약서 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말한다고 할 것이다.

(나) 납세의무자가 작성, 비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음은 물론 그 기재를 실지취득가액으로 추정하여야 한다거나 그 기재 자체가 납세의무자를 기속하는 효과가 있어 납세의무자는 그 기재에 반한 주장을 할 수 없다고 볼 수는 없다(대법원 1988. 2. 9. 선고 87누536 판결).

(다) 법인세법상 양도차익계산의 기준이 되는 같은 법 시행령 제48조 제2항 제3호 소정의 "취득 당시의 정상가액"은 통상의 거래에 의하여 정상적으로 형성된 가액이나 또는 공신력 있는 감정기관의 시가감정가액을 의미하는 것인데 부동산소유자가 일방적으로 자산가액으로 장부에 기재한 금액은 그것이 비록 법인의 소득금액 계산상 익금으로 산입한 금액이라 하더라도 특단의 사정이 없는 이상 위와 같은 의미의 정상가액으로 볼 수 없다(대법원 1992. 10. 9. 선고 92누4598 판결).

(라) 살피건대, 원고가 제출한 증거(변론재개 이후에 제출한 갑제16호증의 각 기재 포함)만으로는 이 사건 명세서에 기재된 대차대조표상 상각자산가액을 이 사건 건물의 실지취득가액으로 볼 수 없으므로(원고는 제5차 변론기일에서 확정된 취득세와 등록세 중 일부만 이 사건 건물의 취득가액에 포함시킨 이유에 대하여 답변하지 못했다), 이 사건 건물의 취득가액을 환산취득가액으로 인정한 이 사건 처분은 적법하다.

(2) 개산공제 적용 여부에 관한 판단

(가) 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제97조 제3항, 구 소득세법 시행령(2009. 12. 31. 대통령령 제21934호로 개정되기 전의 것) 제163조 제3항, 제6항에 의하면, 자신의 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우 양도차익의 산정에서 공제할 수 있는 필요경비에는 그 자산의 자본적 지출액이나 소유권확보를 위하여 직접 소요된 소송비용 등을 포함시킬 수 있으나, 자산의 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없어 환산가액에 의하여 그 취득가액을 산정하는 경우 취득가액 외의 필요경비는 취득 당시 부동산 기준시가의 3%(3/100)에 해당하는 금액, 즉 개산공제액만을 인정할 수 있을 뿐이다(원고는 양도소득세액을 계산함에 있어 환산취득가액을 적용하는 경우 개산공제액만을 필요경비로 용인하는 것을 국세청의 유권해석에 따른 과세지침에 불과하다는 취지로 주장하나, 위와 같이 개산공제액을 필요경비로 인정하는 것은 앞서 인용한 소득세법령에 따른 것이고 단순한 과세지침에 불과하다고 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다).

(나) 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시 그 실지거래가액을 확인할 수 없어 환산가액에 의하여 그 취득가액을 산정하는 경우에 있어서, 이 사건 부동산의 양도차익을 산정하는 과정에서 공제할 수 있는 취득가액 외의 필요경비는 이 사건 부동산의 취득 당시 기준시가를 기준으로 계산한 개산공제액 뿐이므로, 원고의 각 주장과 같은 필요경비에 대해서는 그 실제적인 지출 여부를 따져볼 필요 없이 필요경비로서 공제할 수 없다.

(3) 그 밖의 원고 주장에 관한 보충적인 판단

(가) 소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결 참조).

(나) 중개수수료 주장에 관한 판단

원고(또는 배우자)가 백OO에게 지급한 O천만 원이, 이 사건 당초처분에서 필요경비 인정되었다고 하여 환산가액을 취득가액으로 인정한 이 사건 처분에서 반드시 필요경비로 인정되어야 하는 것은 아니고, 백OO은 공인중개사법 제2조 제2호에 정한 공인중개사에 해당하지도 않으므로, 원고가 주장하는 위 O천만 원을 공인중개사법 제32조 제1항에 정한 소정의 보수(또는 중개수수료)로 볼 수도 없다(원고는 제5차 변론기일에 백OO이 공인중개사라고 주장하였으나, 2014. 11. 21.자 참고서면을 제출하면서 위와 같은 주장을 번복하였다).

(다) 부가가치세 신고시 기재된 자본적 지출액에 관한 판단

원고가 부가가치세 신고를 함에 있어 고정자산 매입액으로 신고한 금액의 경우, 실제로 위 각 금액이 지출되었는지 여부 및 그 구체적인 지출 내역을 확인할 수 없고, 그러한 지출이 있었다고 하더라도 원고 제출의 각 증거만으로는 양도자산의 용도변경?개량 또는 이용편의를 위하여 지출된 비용임을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다{원고 주장의 자본적 지출액 중 2009. 1기분 OOO원(원고는, 배OO가 설치한 시스템에어컨 공사비용이라고 주장)은 아래의 O억 O천만 원 중 일부인 것으로 판단됨}.

(라) 배OO에게 지급한 O억 O천만 원에 관한 판단

앞서 본 바에 의하면, 원고는 배OO에게 OOO원을 지급하였는데, 이 중 임차보증금 O천만 원은 그 성격상 양도비로 볼 수 없고, OOO0원은 그 구체적인 내역과 지급이유를 확인할 수 없으므로, 이러한 점에서도 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.