다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑제5호증의 1 내지 5, 갑제6호증의 1, 2, 갑제7호증, 갑제8호증의 1, 2, 3, 을제1, 4호증의 각 기재와 변론의 전취지를 종합하면 인정할 수 있고, 반증이 없다.

가. 원고는 1987. 9. 16. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 155의 13 대 347㎡(이하 ①토지라 한다) 중 12분의 4 지분을 취득하여 소유하고 있었고, 위 토지의 나머지 지분은 소외 고ㅇㅇ와 윤ㅇㅇ가 각 12분의 4 지분씩을 각 소유하고 있었으며, 위 토지와 인접한 같은동 155의 14 대360㎡(이하 ②토지라 한다)는 소외 김ㅇㅇ가 15분의 9, 소외 고ㅇㅇ가 15분의 6 지분을 각 소유하고 있었는데, 위 각 토지상에는 시멘트와즙 주택1동 43.64㎡와 목조초가지붕 주택 1동 33.06㎡가 경계가 불분명한 상태로 축조되어 있었다.

나. 원고를 포함한 위 각 토지의 소유자들(이하 원고등 5인이라 한다)은 1993. 4. 24. 위 각 토지상의 구주택들을 헐고 신주택을 건립하기 위하여 위 각 토지를 합병하여 그 합병된 토지를 원래의 소유지분에 따라 소유하기로 합의하고, 합병하고자 하는 양 토지의 소유자가 서로 다른 경우에는 합병을 허용하지 않도록 되어 있던 당시 지적법의 규정에 따라서 위 각 토지의 각 소유지분을 균등하게 하기 위하여, 각자의 지분 일부씩을 서로 교환하는 방법으로 각 토지에 대한 소유지분을 균등하게 하기로 합의하였다.

다. 위 합의에 따라서 원고는 1993. 5. 11. 위 ①토지의 공유지분 중 12분의 1.6에 관하여 소외 고ㅇㅇ에게 같은해 5. 10. 교환을 원인으로 한 소유권이전등기를 하는 한편 같은날 위 고ㅇㅇ도 위 ②토지의 공유지분 중 15분의 3에 관하여 원고에게 같은해 5. 10. 교환을 원인으로 한 소유권이전등기를 하였고, 원고와 위 고ㅇㅇ를 제외한 위 각 토지의 나머지 공유자들도 같은날 같은 방식에 따라서 각자의 공유지분 일부씩을 교환하여, 결국 원고 등 5인이 위 ①토지는 각 15분의 3지분씩을, 위 ②토지는 각 12분의 2.4지분씩을 공유하는 것으로 등기되었다.

라. 위 각 교환등기가 마쳐진 후 같은해 5. 27.에 이르러 위 ①토지는 위 ②토지에 합병되어 같은동 155의 14 대 707㎡의 한필지가 되었다가, 같은해 5. 31. 그 중 287㎡가 같은동 155의 86 대지로, 70㎡가 같은동 155의 87 도로로 각 분할되고, 위 분할된 후의 같은동 155의 14 대 350㎡를 원고와 소외 고ㅇㅇ, 윤ㅇㅇ가 각 12분의 4 지분씩을, 위 같은동 155의 86 대지와 155의 87도로는 각 소외 김ㅇㅇ가 15분의 9지분을, 소외 고ㅇㅇ가 15분의 6 지분을 각 소유하는 것으로 등기됨으로써 위 원고등 5인이 위 합병・분할전에 소유하던 것과 근사한 면적에 상당하는 지분을 소유하게 되었다.

마. 원고는 위 ①・②토지의 합병을 위한 교환과정에서 위 ①토지의 공유지분 중 12분의 1.6을 소외 고ㅇㅇ의 위 ②토지에 대한 공유지분 중 15분의 3과 교환한 것(이하 이 사건 지분교환이라 한다)에 대하여 1994. 5. 27. 기준시가에 의한 양도차익을 산정하여 과세표준확정신고를 하고, 양도소득세로 금9,335,510원을 자진납부하였고, 피고는 같은해 12. 31. 원고의 이 사건 지분교환이 양도소득세의 과세대상이 되는 자산의 유상양도에 해당한다고 보고 원고의 신고내용대로 양도소득세확정결정(이하 이 사건 처분이라 한다)을 하였다.

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 위 처분사유와 관계법령의 규정을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는, 그가 이 사건 지분교환을 한 것은 인접토지와의 합병을 위하여 소유자가 같은 토지에 대하여만 합병을 허용하는 지적법상의 제약때문에 교환이라는 형식을 통하여 위 ①・②토지의 소유지분을 균등하게 한 것일 뿐이고, 교환의 방법에 의한 합병・분할의 결과도 결국 교환전의 상태와 근사한 면적 상당의 지분을 소유하는 것으로 정리되었으므로, 이는 자산의 유상양도에 해당하는 실질적인 교환이라고 볼 수 없고, 따라서 이 사건 지분교환이 자산의 유상양도에 해당하는 것을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다.

나. 판단

구소득세법(1995. 12. 29. 법률 제5031호로 개정되기 전의 것) 제23조 제1항 제1호 는 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여는 양도소득세를 과세하도록 규정하고 있고, 같은법 제4조 제3항 본문 은 양도소득세의 과세대상이 되는 자산의 양도 라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도・교환・법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 자산이유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 규정하고 있는 바, 일반적으로 교환에 의한 자산의 이전은 유상이전으로서 양도소득세 과세대상이 되는 양도에 해당한다 할 것이고, 위에서 인정한 바와 같이 이 사건 지분교환이 토지의 합병을 위한 것이었다 하더라도 그러한 목적이 있었다고 하여 실질적인 교환에 해당하지 않는다고 할 수는 없는 것이다( 대법원 1985. 12. 24. 선고 85누756 판결 참조).

따라서 이 사건 지분교환을 자산의 유상양도로 보아 양도소득세를 부과한 것은 적법하고, 이에 관한 원고의 주장은 이유없다고 할 것이다.

3. 개정 소득세법의 적용과 기준시가 산정방법

구소득세법 제60조 는 같은법 제23조 제4항 과 제45조 제1항 제1호 에 규정하는 기준시가의 결정은 대통령령이 정하는 바에 의한다고 하고, 이를 받아 구소득세법시행령 제115조 가 기준시가를 결정하는 일반적인 방식을 규정하고, 1990. 5. 1. 대통령령 제12994호로 개정된 소득세법시행령 부칙 제3항은 이 영 시행전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 1990년 1월 1일을 기준으로 한 개별공시지가 × (취득당시의 과세시가표준액 ÷ 1990년 1월 1일을 기준으로 한 개별공시지가고시일 현재의 과세시가표준액) 의 산식에 의하여 환산한 가액으로 하도록 규정하고 있었다.

그러나 헌법재판소가 1995. 11. 30. 91헌바1,2,3,4 , 92헌바17,37 , 94헌바34,44,45,48 , 95헌바12,17(병합) 사건에서 구소득세법 제60조 는 조세법률주의 및 위임입법의 한계를 규정한 헌법에 위반되는 것이나, 1994. 12. 22. 법률 제4803호(이하 개정 소득세법 이라 한다)로 헌법에 합치하는 내용의 개정입법이 이미 행하여져 시행되고 있으므로 개정전의 조항을 적용하여 행한 양도소득세부과처분 중 확정되지 아니한 모든 사건과 앞으로 행할 양도소득세부과처분 모두에 대하여는 위 개정법률을 적용할 것을 내용으로 하는 헌법불합치결정을 함으로써 구소득세법 제60조 는 그 효력을 상실하게 되었고, 그에 따라 위 법 제60조 에 근거한 구소득세법시행령 제115조 및 그 부칙 제3항도 이를 적용할 수 없게 되었다.

따라서 이 사건 토지의 양도차익을 산출함에 있어 적용할 기준시가의 산출은 위 헌법재판소 결정에 따라 개정 소득세법에 의하여야 할 것인바, 개정 소득세법 제99조 제1항 제1호 가목(1995. 1. 1. 시행) 은 토지의 양도가액 및 취득가액 산정기준이 되는 기준시가는 원칙적으로 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 공시지가 및 시장・군수・구청장(자치구의 구청장을 말한다)이 동법 제10조 의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 개별필지에 대한 지가(이하 개별공시지가 라 한다)에 의하도록 하고, 제3항은 제1항 각호의 기준시가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 하였다가 1995. 12. 29. 법률 제5031호로 다시 개정되면서 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의하여 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시 기준시가 산정 등에 관하여 필요한 사항을 대통령령으로 정하는 것으로 변경되었고, 이를 받아 개정 소득세법시행령 제164조 제10항(1995. 12. 30. 대통령령 제14860호로 신설, 1996. 1. 1. 시행) 은 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의하여 1990. 8. 30. 개별공시지가가 고시되기 전에 취득한 토지의 취득당시의 기준시가는 1990. 1. 1.을 기준으로 한 개별공시지가 × (취득당시의 과세시가표준액 ÷ 1990. 8. 30. 현재의 과세시가표준액과 그 직전에 결정된 과세시가표준액의 합계액을 2로 나누어 계산한 가액) 의 산식에 의하여 계산한 가액(여기에서의 과세시가표준액은 법률 제4995호로 개정되기 전의 지방세법상 과세시가표준액을 말한다)으로 한다고 규정하고 있다.

4. 정당한 양도소득세액

그러므로 나아가 위 개정 소득세법 및 개정 시행령이 정한 방식에 따른 기준 시가에 의하여 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도소득세액을 산출하면 다음과 같다.

먼저 양도가액은 이 사건 토지의 양도시기인 1993. 5. 11.의 기준시가는 을제2호증, 을제3호증의 2의 각 기재에 의하면 ㎡당 금906,000원으로서 이 사건 토지 전체의 개별공시지가는 금41,916,996원(= 46.266 × 906,000원)이고, 취득가액은 그 취득시기가 1990. 8. 30. 이전이므로 개정 시행령 제164조 제10항 에 의하여 이를 산정하면 별지 계산표 1기재와 같이 금16,923,405원이 된다.

따라서 위 각 기준시가를 기초로 하여 이 사건 토지의 양도에 대한 정당한 양도소득세액을 산출하면, 별지 계산표 2의 10항과 같이 금7,984,400원이 된다.

5. 결론

그렇다면, 납부세액을 금9,335,310원으로 결정한 이 사건 양도소득세 부과처분 중 정당한 세액 금7,984,400원을 넘는 부분은 위법하므로, 원고의 이 사건 청구는 위 위법한 부분의 취소를 구하는 범위 내에서 이유있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례