1. 제1심 판결을 아래와 같이 변경한다.

가. 피고가 2007. 4. 5. 원고에 대하여 한 2001년 귀속 양도소득세 부과처분 중 146,317,190원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 소송총비용은 이를 2분하여 그 1은 원고, 나머지는 피고가 각 부담한다.

항소취지

1. 원고

제1심 판결 중 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2007. 4. 5. 원고에 대하여 한 2001년도 귀속 양도소득세 315,894,620원의 부과처분 중 169,577,430원 부분을 취소한다.

2. 피고 제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 아래와 같이 각 고쳐 쓰는 외에는 제1심 판결의 이유(3. 결론 부분 제외)란 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 고쳐 쓰는 부분

① 제1심 판결 제3쪽 19째줄 이하에 다음과 같이 추가한다.

(4) 원고가 2005. 10. 31. 이 사건 주식양도에 따른 양도소득세로 174,398,040원을 납부한 사실이 있음에도 피고가 이를 전혀 고려하지 아니한 채 이 사건 처분의 납부기한 다음날인 2002. 6. 1.부터 납세고지일인 2007. 4. 1.까지의 기간 전부에 대하여 납부불성실 가산세를 부과한 것은 위법하다.

② 제1심 판결 제6쪽 10째줄의 '400인 이내로서 중소기업이라 할 것이다' 다음에 '(피고는 근로기준법상 상시근로자수에는 기간제 근로자나 일용 근로자 등도 모두 포함되어야 하는데, 위 상시근로자수는 PP이 작성한 원천징수이행신고서상의 신고인원만을 기준으로 한 것이고, 건설업종의 특성상 비정규직 근로자들에 대하여는 원천징수의무를 제대로 이행하지 않는 경우가 많고, PP의 2000년도 아파트 공급실적 등을 고려할 때 2000년도 말의 PP의 상시근로자수는 적어도 400명은 넘었을 것으로 추정된다고 주장하나, PP이 일부 비정규직 근로자들에 대하여 원천징수의무를 불이행하였다고 볼 아무런 자료가 없고, 아파트 건설 및 분양을 함에 있어 많은 인력이 필요하다고 하더라도, PP이 이들을 모두 직접 고용할 필요는 없고 하도급 등을 통하여 그 업무를 수행하는 것도 충분히 가능하다고 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 피고의 위 주장은 이유 없다)' 부분을 추가한다.

③ 제1심 판결 제6쪽 13째줄 이하에 다음과 같이 추가한다.

피고는 이에 대하여 PP의 2000년도 매출액이 3,958억 원에 달함에도 불구하고 중소기업기본법 제2조에 의해서만 중소기업인지 여부를 판단하는 것은 부당하고, PP의 실질적인 영업규모(자산, 자본금, 매출액 등) 등을 고려할 때, PP은 중소기업이 아니라 일반기업으로 보는 것이 타당하다고 주장하나, 소득세법 시행령 제167조의 2 제1항에서 '법 제104조 제1항 제4호 가목에서 "대통령령이 정하는 중소기업"이라 함은 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도 종료일 현재 다음 각 호의 1에 해당하는 기업을 말한다'고 규정하고 있고, 같은 항 제1호에서 '중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 기업'을 열거하고 있으므로, 세법규정의 엄격해석의 원칙상 과세관청인 피고는 중소기업기본법 제2조의 기준에 따라서만 중소기업의 해당여부를 판단하여야 할 것이고, 비록 중소기업기본법 제2조에서 건설업종을 주된 사업으로 하는 기업의 중소기업 해당여부를 판단함에 있어 자본금이나 매출액 등에 대한 고려 없이 상시 근로자수만을 기준으로 판단하도록 규정되어 있는 부분이 다소 부적절한 면이 있다고 하더라도 피고가 위 법령의 기준을 벗어나 중소기업 해당여부를 판단하는 것은 허용되지 아니하므로, 위 주장은 이유 없다.

④ 원고의 (4) 주장 부분

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 1995. 11. 14. 선고 95누10181판결 참조).

그런데 갑 제2호증, 갑 제3호증, 을 제18호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고는 이 사건 주식의 양도소득을 대상으로 하여 2005. 10. 4. 2002년 귀속 양도소득세 174,398,040원의 부과처분을 하였고, 이에 따라 원고는 같은 달 31. 위 부과금액을 모두 납부한 사실, 그 후 피고가 국세심판원의 결정취지에 따라 위 양도소득세 부과처분을 취소한고, 2007. 4. 5. 2001년 귀속 양도소득세 315,894,620원의 부과처분을 하자 원고는 2007. 4. 26. 위 납부한 세금의 환급절차에 따라 받게 될 환급금 및 환급가산금 합계 184,353,550원을 공제한 나머지 131,541,070원을 추가로 납부하여 위 부과금액을 모두 납부한 사실을 각 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 원고가 양도소득세 신고기간 내에 이 사건 주식의 양도로 인한 양도소득과세표준예정신고 및 확정신고를 신고하지 아니한 만큼 2005. 10. 4. 최초의 부과처분이 있기 전까지의 기간 동안 원고가 이 사건 주식의 양도로 인한 납세의무를 이행하지 않은 부분에 대하여는 원고의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 그러나 피고의 2005. 10. 4.자 부과처분이 있은 다음부터 이 사건 처분이 있기 이전 사이의 기간에 관하여 보건대, 이 사건 주식의 양도는 단 1회 있었고, 피고의 각 처분은 모두 같은 주식양도행위를 대상으로 한 양도소득세 부과처분인데, 원고는 각 부과처분에서 정해진 납부기간 내에 성실하게 납세의무를 이행한 점, PP이 작성한 주식변동상황명세서에 원고가 이 사건 주식을 안○○에게 양도한 것이 2001. 1. 1.부터 2001. 12. 31. 사업연도라고 기재되어 있었고, 피고의 담당직원이 작성한 조사종결복명서에도 이 사건 주식의 양도일이 2001. 12. 27.로 기재되어 있었음에도, 피고는 아무런 근거 없이 2002. 1. 9.로 이 사건 주식의 양도일로 보아 2002년도를 귀속연도로 하여 양도소득세 부과처분을 하였던 점, 그에 따라 국세심판원에서 종전 처분을 취소하고 실제 양도일인 2001. 12. 27.을 기준으로 하여 새로이 양도소득세를 계산하여 처분하라는 결정을 한 점, 원고가 처음부터 2001년도를 이 사건 주식양도에 따른 양도소득의 귀속연도로 보아 양도소득세 부과처분을 하였더라면 국세심판원의 결정에 따라 재처분을 할 경우에 증액경정처분의 형식으로 하였을 것이므로, 그 경우 납부불성실가산금의 대상의 되는 세액은 원고가 종전 처분에 따라 이미 납부한 금액을 제외한 나머지 금액에 한정되었을 것이며, 증액된 세액의 대부분이 취소될 경우 납부불성실가산금도 함께 취소될 수밖에 없었을 것인 점, 피고는 2006. 1. 20. 종전 처분을 취소하고 재처분을 하라는 국세심판원결정이 있었음에도 종전 처분에 따라 원고가 납부하였던 세금을 환급하여 주지 않고 있다가 이 사건 처분을 하면서 비로소 원고가 납부하여야 할 세액에서 환급하여야 할 세액에 해당하는 금액으로 상계하였던 점, 피고가 환급시 가산하여 준 환금가산금의 이자율은 납부불성실가산금의 이자율의 3분의 1 이하에 불과한 점, 당심에서 적법한 세액으로 확인된 세액 또한 위 환급금 및 환급가산금의 합계액에 미달하고 있는 점 등을 종합하여 보건대, 피고가 종전 처분을 한 다음날인 2005. 10. 5.부터 이 사건 처분에 대한 납세고지가 있었던 2007. 4. 6.까지 동안 원고가 피고의 부과처분에 따라 이미 납부하였던 세액과는 별도로 이 사건 주식의 양도에 기인한 어떤 납세의무를 이행할 것을 기대하는 것을 도저히 무리라고 생각되므로, 위 기간 동안에는 원고의 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보아야 할 것이다.

⑤ 제1심 판결 제7쪽 2째줄의 '2.의 다.의 (4) 정당한 세금액' 이하 부분을 아래와 같이 고쳐 쓴다.

(5) 정당한 세금액

한편, 이 사건 주식의 양도와 관련하여 세율 10%를 적용하고, 위에서 살펴본 바와 같이 일부 납부불성실 가산금의 계산기간을 단축하여 정당한 세액을 계산하여 보면, 별지 세금계산표 기재와 같은 계산결과에 의하여 146,317,190원이 되는바, 이 사건 처분은 위 인정금액 범위 내에서 적법하고, 이를 초과하는 부분은 부적법하다.

⑥ 제1심 판결 제8쪽 별지 세금계산표를 다음과 같이 고쳐 쓴다.

* 납부불성실 가산세

85,515,600원 × 5/10,000 × 1,222일 = 52,250,030원(10원 미만 버림)

미납일수 2002. 6. 1.부터 2005. 10. 4.(당초 부과고지일)

3. 결론

그렇다면 이 사건 처분 중 정당세액 146,317,190원을 초과하는 부분은 위법하다고 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.