가. 피고가 2014. 12. 17. 원고에 대하여 한 2009년 제1기 부가가치세(가산세 포함) 부과처분과 별지 2.의 ㉮항 기재 각 부당과소신고가산세 부과처분 중 별지 2.의 ㉯항 기재 각 정당세액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 90%는 원고가, 나머지 10%는 피고가 각 부담한다.

이 법원이 이 부분에 관하여 쓸 이유는 제1심 판결이유 제1항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 각 처분의 적법여부

이 법원이 이 부분에 관하여 쓸 이유는 제1심 판결이유 중 일부를 아래와 같이 고쳐쓰는 것을 제외하고는 제1심 판결이유 제2항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

[고쳐 쓰는 부분]

○ 제1심 판결문 제12면 3행의 "가공거래에 해당한다 할 것이다." 부분을 "가공거래에 해당한다고 할 것이고, 갑 6 내지 20호증, 갑 22 내지 32호증(가지번호 있는 것은

가지번호 각 포함)의 각 기재와 당심 증인 한○○의 증언만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하고, 달리 반증이 없다."로 고친다.

○ 제1심 판결문 제14면 17행부터 제18면 2행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.

3) 2009년 제1기 부가가치세의 부과제척기간 도과 여부

가) 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항은 원칙적으로 국세의 부과제척기간을 5년으로 규정하고 있으나(제3호), '납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우'에는 그 부과제척기간을 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년으로 하고 있다(제1호).

그런데 납세자가 실물거래 없이 발행된 허위의 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제1호가 규정한 '사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급・공제받은 경우'에 해당한다고 하여 10년의 부과제척기간을 적용하기 위하여는, 납세자에게 허위의 세금계산서로 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고・납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고・납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2017. 1. 12. 선고 2016두52811 판결 참조).

나) 다시 이 사건으로 돌아와 보건대, 이 사건 용역계약에 따른 거래는 가공거래에 해당하는 것으로서 그에 관하여 발급된 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 발급된 허위의 세금계산서에 해당하는 것임은 앞서 본 바와 같다.

그런데 갑 7호증, 을 2호증의 1 내지 10, 을 16호증, 을 17호증의 1 내지 10의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정을 모두 종합하여 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 원고에게 더AAAAAA가 이 사건 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 원고가 이 사건 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 관한 인식이 있었다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

전단계세액공제방식을 취하고 있는 부가가치세제의 특성상 납세자가 거래상대방에게 부가가치세 상당액을 모두 지급하여 거래상대방이 지급받은 세액 전부를 매출세액으로 신고・납부할 것으로 믿고 있었다면, 납세자에게 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었다고 볼 수 없다. 그런데 원고는 더AAAAAA로부터 제공받은 용역에 대한 대가로 그 용역대금에 대한 부가가치세 상당액을 모두 지급하였으며 이를 지급받은 더AAAAAA 역시 원고로부터 지급받은 관련 매출세액을 모두 신고・납부한 바 있다. 한편 더AAAAAA는 경정청구 등을 통해 당초 신고한 부가가치세액을 환급받으려는 어떠한 행위도 하지 않았으며 그러한 의사를 내비친 사정도 없는 것으로 보인다. 사정이 이와 같다면, 원고는 더AAAAAA가 원고로부터 지급받은 세액 전부를 매출세액으로 신고・납부할 것이라고 인식하고 있었던 것으로 봄이 상당하다.

피고는 이 사건 처분 이후인 2016. 3. 4. 더AAAAAA가 당초 신고한 매출세액에서 이 사건 세금계산서에 관한 매출세액을 차감하여 더AAAAAA에 대한 부가가치세를 직권으로 감액경정한 바 있다. 그런데 과세관청이 사후적으로 공급자의 매출세액을 직권으로 감액경정을 하였다는 사정은, 공급받은 자가 매입세액을 공제받을 당시에는 존재하지 않는 사정일 뿐만 아니라 예상할 수도 없었던 사정에 불과하다. 사정이 이와 같다면, 공급자의 매출세액이 직권으로 감액경정되었다는 사정만을 들어 공급받은 자가 국가의 조세수입감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식을 가지고 있었던 것이라고 볼 수는 없다.

다) 따라서 원고에 대한 이 사건 부가가치세 부과처분에 관하여는 구 국세기본법(2010. 1. 1. 법률 제9911호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제3호에 따라 5년의 부과제척기간이 적용되는데, 2009년 제1기 부가가치세 부과제척기간의 기산일은 과세표준 신고 기한의 다음날인 2009. 7. 26.이므로, 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2009년 제1기 부분은 그로부터 5년의 부과제척기간이 지난 이후에 이루어진 것으로서 위법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

4) 부당과소신고가산세 부과처분의 위법 여부

가) 납세자가 사실과 다른 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우 그러한 행위가 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제47조의3 제2항 제2호에서 정한 '부정행위로 부가가치세 등의 납부세액을 과소신고하거나 환급세액을 초과신고한 경우'에 해당한다고 하기 위해서는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에,사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고・납부하거나 또는 그 세금계산서상의 매출세액전부를 신고・납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서 상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야한다(대법원 2015. 12. 23. 선고 2015두50122 판결 참조).

다시 이 사건으로 돌아와 보건대, 원고가 이 사건 세금계산서에 의하여 매입세액을 공제받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었다고 볼 수 없음은 앞서 본 바와 같다. 그럼에도 피고는 이 사건 부가가치세 부과처분을 하면서 부당과소신고가산세를 적용하였는바, 이는 부당과소신고가산세를 부과할 수 있는 요건이 갖추어지지 아니하였음에도 불구하고 부당과소신고가산세를 부과한 것으로서 위법하다.

나) 한편 부당과소신고가산세 부과처분은 일반과소신고가산세 부과처분과는 독립한 별개의 과세처분이 아니라 동일한 세목의 가산세 부과처분으로서 그 세율만을 가중한 것에 불과하므로, 법원이 심리한 결과 부당과소신고가산세의 부과요건이 충족되지 아니하더라도 일반과소신고가산세의 부과요건이 충족된 경우라면 법원으로서는 일반과소신고가산세액을 초과하는 부분만을 취소하여야 한다(대법원 2016. 7. 14. 선고 2016두35335 판결 참조).

앞서 본 법리에 의하면, 2009년 제2기부터 2013년 제2기까지의 부가가치세의 부당과소신고가산세 부과처분 중 일반과소신고가산세 부분은 적법하다고 보아야 한다. 그 정당세액(일반과소신고가산세)을 산정하면 별지 2.의 ㉯항 기재와 같은 금액이 된다.

5) 소결

따라서 이 사건 부가가치세 부과처분 중 2009년 제1기 부가가치세 부분과 2009년 제2기부터 2013년 제2기까지의 부당과소신고가산세 부분 중 그 정당세액(일반과소신고가산세)을 초과하는 부분은 모두 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 일부 받아들이되, 제1심 판결을 주문 제1항 기재와 같이 변경하기로 하여 주문과 같이 판결한다.