2. 항소비용은 피고가 부담한다.

3. 제1심 판결 주문 제1항은 당심에서의 청구 감축에 의하여 다음과 같이 변경되었다. 피고가 2009. 5. 6. 원고에 대하여 한 양도소득세 292，431，740원의 부과처분을 취소한다.

피고가 2009. 5. 6. 원고에 대하여 한 양도소득세 292，431，740원의 부과처분을 취소한다(원고는 당심에서 피고의 일부 감액결정에 따라 취소를 구하는 양도소득세액을 위 와 같이 감축하였다).

2. 항소취지

제1심 판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 법원이 이 부분에 적을 이유는, 제1심 판결 이유 제1의 마. 항 중 '(이하 '이 사건 처분'이라 한다)' 부분을 삭제하고, 바.항 다음에 아래와 같이 사. 항을 추가하며, [인정 근거] 란에 '을 제11호증'을 추가하는 외에는 제1심 판결 중 해당부분 기재와 같으므로 이를 인용한다.

『사. 피고는 이 사건 소송계속 중인 2011. 1. 28. 제1심 판결의 취지에 따라 원고에 대한 양도소득세 140，403，680원을 감액 결정하였다(이하 위 세액이 감액되고 남은 2009. 5. 6.자 양도소득세 292，431，740원(=432，835，420원-140，403，680원)의 부과처분을 '이 사건 처분'이라 한다)

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

피고가 이 사건 건물의 취득가액에 대해서 원고의 장부를 기준으로 인정한 2，663，251，498원은, 50억 원에 달하는 이 사건 건물의 실제 건축비나 이와 유사한 액수의 취득 당시 표준건축비에 현저하게 마치지 못하므로 이러한 장부상 취득가액을 기준으로 하여 실지취득가액을 산정한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

제1심 판결문 별지 기재와 같다.

다. 판단

납세의무자가 작성, 비치하고 있는 장부에 자산가액이 기재되어 있다 하더라도 그 기재가 자산의 실지취득가액을 확정시키는 효과가 있다고 볼 수 없음은 물론 그 기재를 실지취득가액으로 추정하여야 한다거나 그 기재자체가 납세의무자를 기속하는 효과 가 있어 납세의무자는 그 기재에 반한 주장을 할 수 없다고 볼 수는 없다(대법원 1988. 2. 9. 선고 87누536 판결). 따라서 장부가액은 원칙적으로 실제의 취득가격에 부합하는 것으로 볼 수 있는 신빙성이 있음을 전제로 하여 그 장부가액을 실지취득가액으로 인정하는 것이 타당하다. 그런데 피고가 이 사건 건물의 실지취득가액으로 인정한 가액은 원고가 임대사업자로서 작성한 장부에 기재되어 있는 가액이기는 하나, 피고가 제시한 사정이나 제출 자료만으로는 위 가액이 실지취득가액이라고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없어, 위 장부가액을 곧바로 실지취득가액으로 단정하기는 어렵다 할 것이다. 오히려 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합해 보면 이 사건 건물의 실지취득가액은 위 장부에 기재되어 있는 가액을 훨씬 넘는 금액일 것으로 추단된다. 따라서 피고가 위 장부가액을 기초로 실지취득가액을 인정하여 이 사건 건물 의 양도차익을 산정하는 것은 위법하여 허용될 수 없다.

1) 원래 신축건물의 취득가액에 관하여 양도자는 공사계약서, 영수증, 세금계산서 등 신축공사비에 관한 증빙서류를 제출하면서 통상 환산가액보다 많은 액수의 실지취득가액을 주장하는 것이 보통인데, 이 사건에서는 양도자인 원고가 처음부터 이 사건 건물의 취득가액을 환산가액으로 신고하였음에도 피고가 오히려 원고의 장부가액을 기초로 위 건물의 실지취득가액을 산정하고 있다. 그런데 위 실지취득가액을 뒷받침할 만한 증빙서류로서 원고가 작성한 장부 외에 신축공사계약서나 대금지급증빙자료 등의 다른 자료는 존재하지 않는다.

2) 원고가 장부에 기재한 건물가액(2，663，251，498원)은 이 사건 건물 신축공사와 관련한 세금계산서(갑 제23호증 내지 갑 제31호증, 각 가지번호 포함) 상의 공급가액의 합계액과 일치한다. 뒤에서 보는 바와 같이 원고는 이 사건 건물을 신축하던 BB건설의 부도로 공사를 직영하게 되어 BB건설의 하도급업체에게 직접 공사대금을 지급하면서 공사를 진행한 사실이 인정되는바, 그 과정에서 지급한 공사대금 영수증 등이 위 장부가액에 반영되지 않은 이상 장부가액 이상의 건물신축비용이 지출되었을 개연성이 매우 높다.

3) 제1심 감정인 박CC의 취득가액 감정결과에 의하면, 이 사건 건물의 설계도면을 기초로 예정가격 작성기준(회계예규 제2200.04-160-6, 2009. 9. 21.)에 따라 계산한 결과 이 사건 건물의 신축당시 예상 취득가격이 5，279，051，000원으로 계산되어 원고가 주장하는 50억 원에 근접한다. 한편, 위 감정방식은 현 건물의 상태를 기초로 한 단순한 소급감정이 아니라 원 설계도면을 기초로 한 원가계산방식이므로 감정인의 주관이 개입될 여지가 적다.

4) 또한 과밀부담금 산정을 위한 1998년도 표준건축비에 관한 건설교통부 고시(제 1997-433호, 갑 제5호증의 2)에 의하면 이 사건 건물의 신축 당시의 ㎡당 표준건축비 가 1，007，000원인 사실을 인정할 수 있으므로 여기에 이 사건 건물의 신축면적 4，931.9 ㎡을 곱하면 총 표준건축비가 4，966，433，370원( =1，007，000원X4，931.91㎡)에 이르러 원고가 주장하는 50억 원에 거의 육박한다.

5) 이 사건 건물을 신축하던 BB건설은 시공 중에 부도가나 원고가 직영으로 잔여공사를 시공하게 되었는데, 원고는 그 와중에 BB건설로부터 받았던 세금계산서 외에도 원고가 직영공사를 하면서 하도급업체로부터 받은 영수증 등 장부에 반영되지 않은 848，092，950원 상당의 신축공사비 관련 증빙자료을 당심에서 추가로 제출하였다 이는 원고가 당시 공사와 관련된 기장업무 및 세무신고 등을 담당한 세무사로부터 추가로 입수한 것으로서, 위와 같은 추가적인 신축공사비 증빙자료의 존재는 당시 BB건설의 부도로 인하여 위 회사나 하도급업체로부터 공사비 지출이나 대금 지급에 관한 증빙을 모두 수령하지 못하는 바람에 실제 지출한 건축비보다 적은 액수로 이 사건 건물의 취득가액을 장부에 기장할 수밖에 없었다는 원고의 변명을 강력하게 뒷받침한다.

6) 당시 BB건설의 현장소장인 이DD의 당심 증언에 의하더라도, 원고는 BB건설과 45억 원에 이 사건 건물에 관한 신축공사계약을 체결하였는데, BB건설이 위 공사를 진행하는 중에 자금난으로 그 하도급업체들이 공사를 중단하게 되자 원고가 그 하도급업체에게 직접 공사대금을 지급하는 방식으로 공사를 진행하게 되었고, BB건설에게는 그 때까지의 공사대금 23억 5，000만 원 정도를 지급하고 원고가 직접 공사를 진행한 이후에는 하도급 업체에게 약 24억 원 정도의 공사비용을 지출하였다는 것이어서 원고 주장에 대부분 부합한다.

7) 원고가 이 사건 건물에 관하여 임대사업을 하는 부가가치세 일반과세자로서 복식기장의무자이고 세무대리인을 통해 종합소득세를 신고한 사실이 인정되기는 한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 장부에 기재된 자산가액이 그 자산의 실지취득가액을 확정 시키거나 추정시키는 효과가 있다고 볼 수 없는 데다가, 원고가 복식기장의무자라 하여 그가 작성한 모든 장부의 기재 내용이 진실인 것으로 추정할 수는 없고, 원고가 종합소득세 과세표준신고를 하여 그 심리과정에서 원고가 작성한 대차대조표에 기재된 취득가액에 관하여 실질적인 검증이 이루어졌다는 자료도 발견할 수 없어 위와 같은 사정만으로 장부에 기재된 이 사건 건물가액이 실지취득가액에 상응하는 금액이라고 보기는 어렵다.

8) 또한 이 사건 건물의 취득 당시 기준시가가 2，075，577，526원이었고, 원고는 대 차대조표에 기재된 취득가액을 기준으로 임대소득 계산시 감가상각비로 700，435，137원 을 공제받은 사실을 인정할 수 있으나, 이 사건 건물에 관한 장부가액이 기준시가보다 높다는 사정만으로 그 장부가액이 실지취득가액을 그대로 반영하고 있다고 볼 수 없고, 장부가액은 통상 세금계산서 등의 지출증빙이 갖추어진 범위 내에서만 기장하고 임대소득 계산시 감가상각비는 위 장부가액을 기준으로 산정될 수밖에 없는 사정 등을 고려하면 위와 같은 사실만으로는 장부에 기재된 이 사건 건물가액이 실지취득가액에 상응하는 금액이라고 보기에도 부족하다.

라. 소결론

따라서 이 사건 건물에 관한 장부가액이 실지취득가액을 반영하지 못한다는 원고의 주장은 이유 있고, 위 장부가액을 기초로 위 건물의 실지취득가액을 산정한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하여야 하는데, 제1심 판결은 그 이유는 달리하였지만 결론에 있어서는 정당하다. 피고의 항소를 기각하기로 하여(다만, 원고의 당심에서의 청구감축에 따라 제1심 판결의 주문 제1항은 이 판결의 주문 제3항과 같이 변경되었다) 주문과 같이 판결한다.