2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2003. 6. 10. 설립된 이래 도소매업(판유리) 및 건설업(유리공사, 창호공사)을 영위하는 법인이다.

나. 원고는 2004년도 법인세를 신고 ㆍ 납부함에 있어 BB특수창호 주식회사(이하 'BB특수창호'라 한다)로부터 수취한 매입 세금계산서(이하 '이 사건 매입 세금계산서'라 한다)상의 공급가액 209,140,000원 및 서CC에게 지급한 인건비 15,400,000원을 필요경비에 산입하였다.

다. 또한 원고는 NN건설로부터 공사대금에 갈음하여 DD시 덕양구 DD동 248-7 EEE리치 상가 106호, 107호, 108호(이하 '이 사건 상가'라 한다)를 대물로 지급받기로 하고, 대표이사 서FF의 처이자 주주인 권AA 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

라. 피고는, 이 사건 세금계산서는 실물거래 없는 가공의 세금계산서이고, 인건비를 지급하였다고 하는 위 서CC은 원고의 직원이 아니라는 이유로 해당 금액에 대한 필요경비 산업을 부인하여 2007. 4. 16. 원고에 대하여 2004년 법인세 84,551,110원을 부과하였고(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다), 위 권AA 명의로 이 사건 상가가 이전등기된 것에 대하여는 원고가 권AA에게 이를 배당한 것으로 보아 2007. 4. 18. 원고에 대하여 이 사건 상가대금 상당액인 541,828,550원을 배당으로 소득처분한 소득금액변동통지를 하였다(이하 '이 사건 통지처분'이라 한다).

마. 피고는 이 사건 각 처분 외에도, 원고에 대하여 2003년 2기부터 2006년 1기분까지의 부가가치세 부과처분, 2003년 및 2005년도 법인세 부과처분, 2003년도, 2004년도, 2005년도 각 일정 소득금액을 대표이사 서FF에 대한 상여로 소득처분한 소득금액변동통지처분, 2005년도 일정 소득금액을 주주 권AA에 대한 배당으로 소득처분한 소득금액변동통지처분도 함께 하였다.

바. 원고는 위 모든 처분에 불복하여 2007. 7. 10. 이의신청을 거쳐 2007. 12. 14. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 위 처분 중 원고에 대한 2005년도 법인세 부과처분, 대표이사 서FF에 대한 2005년도 상여처분은 원고의 청구가 일부 인정되어 세액이 경감되었고, 주주 권AA에 대한 2005녀도 배당처분은 취소되었으며, 나머지 처분에 대한 청구는 모두 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 21호증, 을 제1 내지 3, 5 내지 8, 12호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의주장

가. 이 사건 부과처분에 대하여, 이 사건 세금계산서가 가공의 세금계산서인 것은 맞지만, 이는 원고에게 공사를 도급주는 원도급자들이 비자금 조성 등의 목적으로 실제 공사금액보다 높은 가액의 이른바 UP세금계산서를 요구함에 따라 실제 소득과 장부상 소득의 불일치를 없애기 위해 위 부풀려진 가액만큼의 허위 매입 세금계산서를 발행받아 법인소득금액 계산시 필요경비로 계상한 것이고, 위 서CC은 원고의 직원으로 인건비가 실제 지급되었으므로, 피고가 위 금액들 상당의 필요경비 계상을 부인하고 이 사건 부과처분을 한 것은 위법하다.

나. 이 사건 통지처분에 대하여, 원고는 권AA에 대하여 615,749,412원의 채무(가수금)가 있었는바, 위 채무의 대물변제조로 이 사건 상가를 권AA에게 소유권이전등기한 것이므로, 이를 권AA에 대한 배당으로 보아 이 사건 통지처분을 한 것은 위법하다.

3. 본 안전항변에대한판단

피고는, 원고는 위 주장들 중 UP세금계산서 관련 주장은 전심절차에서 하지 않았으므로, 위 주장부분은 전심절차를 거치지 않은 것이 되어 부적법하다고 항변하나, 부과처분취소소송에서의 소송물은 과세관청이 결정하거나 과세표준신고서에 기재된 세액의 객관적 존부로서 청구취지만으로 그 동일성이 특정되므로 개개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격방어방법에 불과하고(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 참조) 원고가 전심절차에서 이 사건 부과처분에 대하여도 다툰 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 피고의 항변은 이유 없다.

4. 이사건각처분의적법여부

가. 법인세과세처분취소소송에 있어서 과세근거로 되는 과세표준의 입증책임은 과세관청에게 있고 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임은 과세관청에게 있으나 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있어서 그 입증이 손쉽다는 것을 감안해 보면 납세의무자가 그에 관한 입증활동을 하지 않는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정함이 공평의 관념에 부합된다(대법원 1989. 8. 8. 선고 88누9978 판결).

UP세금계산서 관련 주장에 대하여 보건대, 이에 부합하는 증거로는 원고가 보유 하고 있는 장부 및 매출전표인 갑 제4호증의 2, 3, 갑 제5호증의 2, 3, 갑 제6호증의 2, 3, 갑 제7호증의 2, 갑 제8호증의 3의 각 기재가 있는바, 이는 갑 제7호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① 원고는 이의신청이나 행정심판 절차에서 위와 같은 주장을 하지 않았던 점, ② 원고는 2004년도 부가가치세 확정신고시 위 UP세금계산서 상당액에 대한 매출 신고를 하지 않은 점(원고가 주장하는 UP세금계산서 기재 공급가액은 HH건설 주식회사 66,000,000원, KKK종합건설 주식회사 55,000,000원, 주식회사 GG건설 합계 406,644,150원인데, 원고가 한 2004년도 부가가치세 확정신고는 HH건설 주식회사 33,000,000원, KKK종합건설 주식회사 87,000,000원 및 34,000,000원, 주식회사 GG건설 14,400,000원 및 60,000,000원이다), ③ 위 회사들이 원고로부터 UP세금계산서를 교부받았음을 인정한 자료를 원고가 제출하지 못하고 있는 점 등에 비추어 믿기 어렵고, 한편 원고 계좌에 서 출금된 금원이 위 회사들에게 건네졌다고 인정할 자료가 제시되지 못하고 있어 갑 제1호증의 3의 기재(원고 계좌의 거래내역조회)만으로는 위 주장을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이 사건 매입 세금계산서 공급가액을 필요경비에 산입하여야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

다음으로 인건비 관련 주장에 대하여 보건대, 을 제5호증, 을 제9호증의 1의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 서CC은 원고 대표이사 서FF의 동생으로 성주유리를 개업하여 원고의 하청업체로 거래한 사실, 원고는 세무조사를 받으면서 서CC의 인건비를 가공 계상한 사실이 있음을 시인한 사실을 인정할 수 있으므로, 서CC의 인건비를 필요경비에 산입하여야 한다는 원고의 주장 또한 이유 없다.

나. 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 전문 개정되기 전의 것) 제32조 제 5항, 구 법인세법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제94조의2 제1항 등에 의하면, 법인이 매출을 누락하거나 경비를 가공 계상하는 등의 방법으로 과세대상소득을 탈루하게 되면 과세관청은 익금에 산입한 금액이 사외 에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타사외유출 등으로 소득처분하고, 다만 이때 사외유출된 것은 분명하나 그 귀속자가 누구인지 불분명한 경우에는 대표자에 대한 인정상여로 소득처분을 하도록 규정하고 있는바, 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 매출액을 장부에 기재하지 아니하거나 가공의 비용을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 매출누락액 또는 가공비용 상당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하며, 이 경우 그 매출누락액 등의 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 법인 측에서 입증할 필요가 있다(대법원 2006. 1. 12. 선고 2003두11797 판결 참조).

살피건대, 권AA가 원고에 대하여 615,749,412원의 가수금 채권을 가지고 있다는 점에 부합하는 증거로는 회사 전표인 갑 제14, 15호증의 각 기재와 증인 권AA의 증언이 있는바, 이는 갑 제18호증의 1, 을 제5, 6, 13, 19, 20, 23호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ① 원고는 권AA의 가수금채권을 이의신청시에는 684,944,000원, 심판청구시에는 610,080,000원, 재조사 때에는 408,283,705원, 이 사건 소송에 이르러서는 615,749,412원으로 주장하는 등 그 액수 가 계속 바뀌어 온 점, ② 권AA의 2002년경부터의 소득은 QQ하이츠빌 신축, 분양 관련 35,384,023원, PP주택 신축, 분양 관련 50,050,000원, MMMMM822 매각 관련 33,249,683원, MMMMM520 매각 관련 24,740,728원, 원고로부터 받은 근로소득 1,000,000원으로 위 금액을 모두 합하더라도 1억 5천만 원에 마치지 못하므로 원고에 게 6억 원이 넘는 금원을 대여할 자금능력이 없었을 것으로 보이는 점, ③ 원고는 권 AA로부터 빌렸다고 주장하는 위 돈을 대차대조표에 차입금으로 기재하지 아니한 점 등에 비추어 믿기 어렵고, 한편 권AA의 계좌에서 출금된 금원이 원고에게 건네졌다 고 인정할 자료가 제시되지 못하고 있을 뿐만 아니라, 거액의 금원을 계좌이체 등의 방식이 아닌 현금으로 출금하여 원고에게 대여한다는 것은 쉽게 납득할 수 없는 점 등을 고려하면 갑 제8 내지 13호증의 각 기재(권AA 계좌의 거래내역조회)만으로는 위 주장을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 권AA가 원고에게 615,749,412원의 가수금 채권을 가지고 있다는 원고의 주장도 이유 없다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.