2. 항소비용은 원고가 부담한다.

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결 중 해당 부분을 다음 2항과 같이 수정하는 것 외에는 제1심 판결의 이유 부분(그 별지 '관계 법령'을 포함하되, '4.결론' 부분은 제외) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 수정하는 부분

○ 5쪽 마지막 행의 "증거가 없다." 오른쪽에 다음 내용을 추가한다.

나아가 법인세법 제112조는 "납세의무가 있는 법인은 장부를 갖추어 두고 복식부기 방식으로 장부를 기장하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증명서류를 비치ㆍ보존하여야 한다."라고 규정하고 있는바, 앞서 인정한 사실관계 및 원고가 제출한 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 공사계약의 수급인으로서 법인인 원고가 천재・지변 등 불가항력이나 원고 자신에게 책임을 돌릴 수 없는 사유로 인해 누락수입에 관련된 비용의 존재 및 그 신고 누락 여부 등을 입증할 수 없게 된 상황이라고 보기 어렵고, 오히려 하수급인에 대한 추가적인 과세 문제 등을 회피하기 위하여 원고가 관련 비용에 관하여 보다 적극적인 입증을 하는 대신 추계조사방법에 의한 과세를 주장하고 있는 것으로 볼 여지도 있다.

○ 6쪽 아래에서 8행의 "2005두14561 판결)." 오른쪽에 다음 내용을 추가한다.

과세관청이 실지조사방법에 의하여 법인의 소득에 대한 과세표준과 세액을 결정하면서 당해 법인의 당초 신고에서 누락된 수입금액을 발견한 경우에 이에 대응하는 매입원가 등의 손금이 별도로 지출되었음이 장부 기타 증빙서류에 의하여 밝혀지는 등 특별한 사정이 없는 이상 이는 총수입금에 대응하는 총손금에 이미 포함되어 있는 것으로 볼 것이고, 이 경우 누락수입에 대응하는 비용에 관한 신고를 누락하였다고 하여 그 공제를 받고자 한다면 그 비용의 손금 산입을 구하는 납세의무자가 스스로 그 누락사실을 주장・입증하여야 하며, 이 경우 총손금의 결정방법과는 달리 그 수입누락 부분에 대응하는 손금만을 실지조사가 아닌 추계조사방법에 의하여 산출・공제할 수는 없다(대법원 2003. 11. 27. 선고 2002두2673 판결 참조).

○ 6쪽 아래에서 2행의 "없다." 오른쪽에 다음 내용을 추가한다.

(설령 추계조사방법에 의하여 과세표준 및 세액을 산정하여야 한다고 하더라도, 관련 법인세법령과 위 법리에 따라 원고의 2012 사업연도 전체 과세표준 및 세액을 기준경비율법에 의해 산정하면 피고는 원고에게 이 사건 처분액보다도 더 큰 액수를 부과 처분하여야 하는 것으로 보이므로, 피고가 추계조사방법에 의해 과세표준 및 세액을 산정하지 않았다고 하여 추계조사방법에 따른 추가 부과세액 범위 내인 이 사건 처분이 위법한 처분으로서 취소되어야 한다고 할 수는 없다)

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.