2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 25%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 11. 1. 원고에게 한 2012사업연도 법인세 5,356,658,955원(가산세 포함1))의 부과처분 중 4,580,062,006원(가산세 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.

가. 원고는 2012. 3. 2. ●●중앙회로부터 신용사업, 공제사업 등의 금융사업이 물적 분할되어 설립된 법인이다. 원고는 종전 ●●중앙회의 금융사업 부문에 관한 권리의무를 포괄승계하였고, 2012사업연도 말 기준으로 ●●은행 주식회사(원고 지분율 100%, 이하 상호 중 '주식회사' 표시와 '원고 지분율' 표시 생략), ●●생명보험(100%), ●●손해보험(100%), ●●증권(68.13%), ●●자산운용(60%), ●●캐피탈(89.78%), ●●선물(100%)을 자회사로 두고 있다. 원고는 설립 당시부터 ●●은행, ●●생명보험, ●●손해보험, ●●선물에 대하여 연결납세방식으로 법인세를 신고・납부해왔다.

나. 서울지방국세청장은 2013. 5. 27.부터 2013. 10. 23.까지 원고에 대한 법인제세통합조사를 실시한 결과, ●●은행이 신용보증기관들로부터 보증채무의 이행으로 지급받아 이자 아닌 원금에 충당한 12,037,007,760원을 이자수익으로 보아 익금에 산입하고, 원고가 특정 회원조합에게 공과금수납기를 설치하여 주고 이에 대한 2012년도 지출 금융리스료 2,629,538,310원(이하 '쟁점 금융리스료'라 한다)을 대신 납부한 것을 한도초과 접대비로 보아 전액 손금불산입하고, 2012. 8. 이후 지급된 신보험시스템(을 제8호증 참조, 이하 '쟁점 시스템'이라 한다) 개발에 투입된 원고의 임직원 인건비 900,447,820원(이하 '쟁점 인건비'라 한다)을 감가상각자산인 개발비로 보아 내용연수기간 동안 비용처리 해야 한다는 이유로 한도초과액을 손금불산입 하는 등의 과세자료를 피고에게 통보하였다.

다. 피고는 이에 따라 2013. 11. 1. 원고에게 2012사업연도 법인세 7,846,014,590원(가산세 포함)을 경정・고지하였다(이하 '최초 처분'이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2014. 1. 29. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2016. 7. 19. 기각되었다.

마. 피고는 2018. 7. 23. 위 이자수익 익금산입액 12,037,007,760원 중 10,115,702,647원을 익금에서 제외하고 최초 처분 중 5,356,658,955원(가산세 포함)을 초과하는 부분을 직권으로 취소하였다(이하 최초 처분 중 감액경정 후 남은 부분만을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 쟁점 금융리스료의 손금산입

원고는 수익사업의 하나로 지방자치단체의 시・도 금고를 유치하기 위하여 일부 회원조합에 공과금수납기를 설치하여 주고 쟁점 금융리스료를 대납한 것이므로, 위 비용 지출에는 통상성과 수익관련성이 인정된다. 따라서 쟁점 금융리스료는 구 법인세법(2013. 1. 1. 법률 제11607호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제25조가 정한 접대비가 아니라 같은 법 제19조가 정한 손비로서 전액 손금산입되어야 한다.

2) 쟁점 인건비의 손금산입

가) 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것) 제24조 제1항 제2호 바목에 의하면 감가상각재산인 개발비는 '당해 법인이 개발비로 계상한 것'에 한정되므로, 원고가 쟁점 인건비를 개발비로 계상하지 아니한 이상 피고가 임의로 이를 감가상각자산으로 보아 손금불산입할 수는 없고, 쟁점 인건비 전액이 손금산입되어야 한다.

나) 설령 쟁점 시스템 개발업무에 소요된 비용이 감가상각재산인 개발비에 해당한다고 하더라도, 쟁점 시스템 개발업무를 담당하던 원고 연결법인의 직원들 중 상당수가 기존에 수행하던 업무와 쟁점 시스템 개발업무를 겸임하였기 때문에, 쟁점 인건비가 개발비에 포함되는 것으로 볼 수는 없다.

나. 관계법령 및 기업회계기준

별지1 기재와 같다.

다. 판단

1) 쟁점 금융리스료의 손금산입 가부

가) 관련 규정

구 법인세법 제19조 제2항은 "손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다"고 규정하고 있다.

나) 통상성

(1) '일반적으로 용인되는 통상적'인 비용이라 함은 납세의무자와 같은 종류의 사업을 영위하는 다른 법인도 동일한 상황 아래에서는 지출하였을 것으로 인정되는 비용을 의미하고, 그러한 비용에 해당하는지 여부는 지출의 경위와 목적, 형태, 액수, 효과 등을 종합적으로 고려하여 객관적으로 판단하여야 한다. 법인이 사업을 위하여 지출한 비용 가운데 상대방이 사업에 관련 있는 자들이고 지출의 목적이 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는 데 있는 것이라면 그 비용은 법인세법상 접대비라고 할 것이나, 그 지출경위나 성질, 액수 등을 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 볼 때 매출과 관련하여 정상적으로 소요되는 비용으로 인정되는 것이라면 이는 법인세법상 손비에 해당한다(대법원 2009. 11. 12. 선고 2007두12422 판결 등 참조).

(2) 갑 제3, 10 내지 15호증, 을 제14호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 공과금수납기 설치와 지방자치단체 금고 지정의 관련성, 금고지정의 수익성 등의 사정들을 종합하여 보면, 쟁점 금융리스료는 금고업무 취급 자격을 보유한 금융기관이라면 같은 상황에서 금고 지정 가능성을 조금이라도 높이기 위하여 지출하였을 것으로 용인되는 통상적인 비용으로서 법인세법상 손비에 해당한다고 봄이 타당하다.

① 원고의 100% 자회사이자 연결법인인 ●●은행은 지방자치단체에 금고지정을 제안할 때 회원조합에 설치된 공과금수납기를 포함하여 지역주민 이용 편의성을 강조하고 있고, ●●은행과 회원조합, 지방자치단체가 금고업무취급약정을 체결하면 회원조합은 원고가 설치해 준 공과금수납기를 통하여 ●●은행의 금고업무를 대행하고 있다.

② 구 지방자치단체 금고지정 기준(2013. 3. 25. 안전행정부예규 제1호로 개정되기 전의 것) 제3조(금고지정 평가기준)에 의하면 경쟁방법에 의해 금고를 지정하고자 할 경우 [별표]의 기준에 의하여야 하고, 그 중 '지역주민이용 편의성' 항목에 관내 지점현황 및 지역주민이용 편리성 5점, 지방세입금 수납처리능력 5점, 지방세입금 납부편의 증진방안 5점 합계 15점이 배점되어 있다([별표] 제3항).

③ 지방자치단체의 금고가 되면 수십조 원 단위의 금원을 수신할 수 있고(●●은행이 2012년 지방자치단체와 체결한 금고업무취급약정을 통해 수신한 금원은 32,261,100,000,000원이고, 이는 같은 해 총 수신액 149,335,500,000,000원의 21.6%에 달한다), 출납 업무를 통하여 수익을 얻을 수 있으며, 공무원과 가족 등에 대한 영업활동 등으로 부수적인 이익도 얻을 수 있다.

다) 수익관련성

앞서 살펴본 사정들을 종합적으로 고려해볼 때, 쟁점 금융리스료의 지출은 ●●은행이 지방자치단체의 금고로 지정되어 수익을 창출하기 위한 것으로서 원고의 수익과 직접 관련된 것으로 볼 여지도 충분하다. 이는 위 구 지방자치단체 금고지정 기준상 공과금수납기의 설치에 관련된 '지역주민이용 편의성' 항목의 배점(15점)이 그다지 높은 것이 아니어서 다른 항목 점수에 따라 결과적으로는 금고 지정을 받지 못할 수 있더라도 마찬가지라고 봄이 타당하다.

2) 쟁점 인건비의 손금산입 가부

가) 관련 규정 및 법리

종래의 구 법인세법 시행령(2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정되기 전의 것) 제24조 제1항 제2호 바목은 감가상각의 대상이 되는 무형고정자산인 연구개발비를 '신제품・신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 것'으로 정의하였으나, 2002. 12. 30. 대통령령 제17826호로 개정된 법인세법 시행령 제24조 제1항 제2호 바목은 일정한 요건을 갖춘 개발비만을 무형자산으로 인식하도록 한 기업회계기준과 세무회계를 일치시켜 납세자의 편의를 증진하기 위한 목적으로 감가상각의 대상이 되는 무형자산인 개발비의 정의를 '상업적인 생산 또는 사용 전에 재료・장치・제품・공정・시스템 또는 용역을 창출하거나 현저히 개선하기 위한 계획 또는 설계를 위하여 연구결과 또는 관련지식을 적용하는 데 발생하는 비용으로서 당해 법인이 개발비로 계상한 것'으로 변경하였다.

한편 국세기본법 제20조(기업회계의 존중)는 "세무공무원이 국세의 과세표준을 조사・결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정・타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다."라고 규정하고 있고, 법인세법 제43조(기업회계기준과 관행의 적용)는 "내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 그 법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산・부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정・타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속 적용하여 온 경우에는 이 법 및 조세특례제한법에서 달리 규정하고 있는 경우를 제외하고는 그 기업회계기준 또는 관행에 따른다."라고 규정하고 있다.

국세기본법과 법인세법의 위 규정들은 기업회계의 내용이 기업이 행한 행위나 거래의 실체적 진실에 부합하고, 기업회계를 대다수 사회구성원이 동의하는 방식에 따라 표기하고 있다는 진실성과 정규성(正規性)의 전제하에 기업회계를 과세소득 산정의 기초로 신뢰하는 '기업회계 존중의 원칙'을 확인한 것이다. 따라서 법인이 진실성과 정규성을 벗어나 기업회계기준상 개발비의 요건을 갖추었음이 분명한 금액을 개발비로 계상하지 아니하고 비용처리하였다면 과세관청은 법인세법 시행령 제31조 제1항에 따라 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산할 수 있다.

나) 구체적인 판단

갑 제2호증, 을 제8, 9, 15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 쟁점 인건비는 2012. 7.경 이후 개발단계에 진입한 쟁점 시스템 개발에 소요된 비용으로서 위 시행령 제24조 제1항 제2호 바목이 정한 개발비에 해당하는 것으로 보이고, 원고가 제출한 증거들만으로는 이를 뒤집기에 부족하며, 달리 반증이 없다.

(1) 원고는 2010. 10.경부터 쟁점 시스템과 관련하여 목표시스템 및 과제 도출, 계획(안) 심의 진행, 개발의뢰 및 업무위탁 진행 등의 과정을 거쳐 2012. 3. 2. ~ 2012. 5. 6. 사이에 개발업체 선정 및 협상을 하고, 2012. 5. 21. 이후 쟁점 시스템 개발 사업에 참여할 인력을 이동시키기 시작한 데 이어 2012. 7.부터 쟁점 시스템 개발에 착수하고, 2012. 8.경부터 쟁점 인건비를 지급하기 시작하였다.

(2) 원고가 개발 중이던 쟁점 시스템은 원고가 사용할 의사와 능력이 있었고 미래의 효익이 있었으며, 원고에게는 쟁점 시스템 개발 관련 지출을 신뢰성 있게 측정할 만한 능력도 있었던 것으로 보이므로, 위 쟁점 시스템의 개발단계에서 발생한 지출은 무형자산으로 인식함이 타당하다. 원고 스스로도 쟁점 시스템 개발을 위하여 외주업체에 지급한 비용을 위 시행령 제24조 제1항 제2호 바목이 정한 개발비로 계상하였다.

(3) 2012. 4. 작성된 신보험시스템 추진 계획(안)은 위 시스템을 추진하기 위한 현업TF를 구성하는 데에 상주인원으로 20명, 비상주인원으로 15명의 배치를 예정하고 있다. 그런데 원고가 2012. 8. 21.부터 2012. 12. 21.까지 쟁점 인건비를 지급한 인원은 총 18명으로, 원고가 예정한 상주인원에도 미치지 못하였다.

(4) 원고는 위 인원이 기존의 담당업무를 쟁점 시스템 개발업무와 함께 수행하였다고 주장하나, 원고가 스스로 예정한 상주인원보다도 적은 인원에게 쟁점 시스템의 개발업무를 수행하도록 하였다면 일응 위 인원은 상주하면서 위 개발업무를 전담하였을 것으로 추정함이 타당한 반면, 원고는 위 인원이 쟁점 시스템 개발업무 이외에 다른 업무를 수행하였음을 증명할 만한 아무런 자료를 제출하지 못하고 있다.

3) 소결론

이 사건 처분 중 쟁점 금융리스료를 접대비로 보아 손금불산입한 부분은 위법하나, 쟁점 인건비를 개발비로 보아 손금불산입한 부분은 적법하다. 쟁점 금융리스료를 손금산입하면 578,498,428원 상당의 세액이 차감되어[그 계산내역은 별지2와 같다(당초 연결과세표준 741,952,090,031원에서 쟁점 금융리스료 2,629,538,310원을 빼면 경정과세표준 739,322,551,721원이 된다)], 이 사건 처분 세액 중 정당한 세액은 4,778,160,527원(5,356,658,955원－578,498,428원, 가산세 포함)이다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 청구원인에 비추어 가산세 포함의 취지로 선해한다. 이하 같다.