2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 금속 냉간압연 제조 등을 영업 목적으로 하여 설립된 회사이고, 류AA은 2000. 6. 10.부터 원고의 대표이사로 취임하여 이 사건 매매계약 당시까지 원고 회사의 대표이사로 재직하다가 2003. 6. 10. 퇴임하였다.

원고 회사는 류AA과 그 친족이 원고의 주식 100%(류AA의 아들 류BB 49%, 류AA의 동생 류CC 10%, 류CC의 아틀 류DD 40%, 류AA 1%를 포함한 비율)를 보유하고 있어, 류AA은 법인세법 시행령 제87조에서 규정한 원고의 특수관계자에 해당한다.

한편 OO금속공업 주식회사(이하 'OO금속'이라 한다)는 류AA의 동생인 류CC창이 대표이사로 있고, 류AA이 OO금속의 주식 30.07%를 소유하고 있어, 이 사건 매매계약 당시를 기준으로 OO금속도 원고의 특수관계자에 해당한다.

나. 원고와 류AA, OO금속은 2003. 2. 28. XX종합개발 주식회사(대표이사 임EE, 이하 'XX종합개발'이라 한다)에게 별지 부동산목록의 소유자란 기재와 같이 소유하는 위 목록 기재 각 부동산 및 그 지상 건물(이하 '이 사건 부동산'이라 한다)을 합계 320억 원에 매도(이하 '이 사건 매매'라 한다)하였다.

다. 그 후 원고, 류AA, OO금속은 피고에게 별지 2 기재 '매매대금 배분'란의 기재와 같이 이 사건 부동산의 양도가액을 산정하여 신고하였다.

라. 부산지방국세청장은 원고에 대한 세무조사를 실시하여, 위 세무조사 결과 이 사건 부동산 중 원고 소유의 별지 1 부동산목록 순번 6 내지 14의 각 토지에 대한 매도대금은 과소평가하는 반면, 류AA 소유의 별지 1 부동산목록 순번 15 내지 21 기재 각 토지에 대한 매도대금은 과대평가하고 또 OO금속 소유의 같은 목록 순번 1 내지 5의 각 토지에 대한 매도대금은 약간 과대평가하여, 원고의 익금을 적게 신고하였다고 판단하고, 상속세 및 증여세법 제61조 제1항에 따라 공시지가를 기준으로 매매대금을 안분 하여 원고의 익금에 산입하도록 피고에게 통보하였다.

이에 피고는 별지 3 기재와 같이 4,097,766,526원[이 사건 매매계약에 따른 부당 행위계산부인 금액 4,077,058,055원(4,013,995,202원 + 63,062,853원) + 이 사건과 관련 없는 금액 19,131,900원(청 구외 소모품비 12,991,900원 + 임원성과금 6,140,000원) = 합계 4,097,766,526원]을 원고의 2003사업년도 익금(이하 '이 사건 익금'이라 한다)으로 산입하였다.

이에 따라 피고는 2009. 2. 2. 원고에게 2003사업년도 귀속 법인세 2,056,533,280 원(이 사건 매매계약에 따른 부당행위계산부인에 의한 익금에 따른 법인세 2,046,247,450원 + 이외 청구외 소모품비 등의 익금에 따른 법인세 10,285,830원)을 경정하여 고지하였다.

이 사건 익금은 모두 2003년 사업연도에 귀속된 것으로 이에 따라 부과된 법인세는 2,046,247,450원(이하 '이 사건 처분'이라 한다)이다.

마. 원고는 이에 불복하여 2009. 2. 13. 이의신청을 거쳐 2009. 4. 30. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2010. 12. 1. 2006. 2. 18. 류AA이 XX종합개발로부터 현물대가로 수령한 6억 500만 원과 관련하여 익금산입한 378,418,084원을 익금에서 제외하여 당해 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 경정하고, 원고의 나머지 심판청구는 기각한다"는 내용의 결정을 하였다.

바. 조세심판원의 결정에 따라 피고가 2006년 사업연도에서 378,418,084원을 익금에 서 차감하였으나, 원고의 2006년 사업연도 소득금액은 결손이고, 직전 사업연도인 2005년 사업연도 납부세액 중 환급 가능한 세액 전부가 환급 결정되어 원고에게 추가로 환급할 세액은 없었다.

[인정근거] 갑1, 2호증, 갑 9호증의 2, 3, 을 1호증의 1 내지 5, 을 10호증의 1 내지 9의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 매매는 XX종합개발과 원고, 류AA, OO금속 사이에 개별적으로 이루어진 개별계약이므로 일괄계약임을 전제로 하여 법인세를 경정 처분한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 이 사건 매매는 개별계약이므로 부당행위계산 부인의 법리가 적용될 여지가 없고, 일괄계약으로 보는 경우에도 원고와 매수인인 XX종합개발은 특수관계에 있는 것이 아니므로 법인세법 시행령 제88조 제1항의 각호의 사유에 해당한다고 할 수 없고, 매도대금을 원고, 류AA이 분배한 것이 증여의 문제가 될지언정 부당행위계산 부인의 법리를 적용할 것이 아니므로 이를 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

3) 또한, 부당행위계산 부인으로 법인세 부과 대상이 된다고 하여도 이 사건 부동산의 위치, 형태 등에 따라 시가의 차이가 있어 이를 반영하는 방법으로 계산하여야 하므로, 이 사건 처분은 그 세액에 있어서도 부당하다.

나. 관계 법령

별지 4 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고와 류AA, OO금속의 인적관계

류AA과 OO금속은 이 사건 매매계약 당시 법인세법 시행령 제87조에서 규정한 원고의 특수관계자에 해당한다.

2) 이 사건 부동산의 매매 경위

가) XX종합개발은 아파트를 신축할 목적으로 2003. 1. 15. 원고, 류AA 및 OO금속(이하 '매도인 등'이라 한다)으로부터 그들 소유의 이 사건 부동산을 매수하는 매매계약을 체결함에 앞서 그 사전 절차와 기본 사항을 정하는 의미에서 다음과 같은 내용의 약정(이하, 이 사건 매매약정이라 한다)을 하였고, 당일 매도인 등에게 약정금으로 3억 원을 지급하였다.

① 거래내용 및 조건 : 총 매매대금은 320억 원으로 하고 약정금 3억 원을 약정 당일 지급하며, 계약금 29억 원은 2003. 2. 28일 매매계약 체결시 지급하고, 잔금 288억 원은 2003. 5. 30. 부동산 명도와 동시에 지급한다(제3조 참조).

② 유효기간 및 우선매매 지위 보장 : 본 약정서의 유효기간은 약정서 체결일부터 정식 매매계약이 완료되는 시점(2003. 1. 15.-2003. 2. 28.)까지이고, 그 기간 동안 본 약정서는 계약서에 준하는 효력을 가지며, 정식 매매계약과 동시에 본 약정서 사항은 정식계약으로 대체되어 효력을 유지한다(제4조 참조).

③ 위약금 : XX종합개발이 위 기간 내에 매도인 등과 이 사건 부동산에 대한 매매계약을 체결하지 않을 시에는 매도인 등에게 지불된 약정금을 손해배상 위약금으로 지불하고, 매도인 등이 아무런 이유 없이 매매계약 체결을 회피하거나 계약을 일방적으로 파기할 시에는 약정금 금액의 배액을 배상금으로 XX종합개발에게 즉 시 지급한다(제5조 참조).

④ 토지면적 정산 : 토지면적은 토지대장상 면적기준이므로 실제 측량한 면적과 차이가 있을 경우에는 측량 후 면적기준으로 매매대금 차액을 즉시 정산하기로 한다(제7조 참조).

나) XX종합개발은 2003. 2. 28. 매도인 등과 위 약정내용에 더하여 류AA 소유의 000-0 지상의 골프연습장은 계속 운영하되, XX종합개발의 사업이 본격화 되면 XX종합개발의 비용으로 철거(제4조, 제7조)하기로 하기로 하는 내용의 매매 계약서(이하 '이 사건 일괄매매계약서'라 한다)를 작성하여 매매계약을 체결하였고, XX종합개발은 같은 날 계약금 29억 원을 지급하였다.

다) 위 매매계약체결일인 2003. 2. 28. XX종합개발은 매도인 등에게 이면 각서로써, ① 이 사건 부지에 건립예정인 신축아파트 중 가장 큰 평수에 해당하는 아파트 1채(제1항), ② 이 사건 부지에 건립예정인 선축아파트 중 공부상 실제 주거용 방이 4개가 되는 아파트 1채(41평 예상, 제2항) 및 ③ 이 사건 부지에서 아파트 건축사업을 함에 있어 해당 공사현장에서 운영되는 함바식당의 운영 ・ 수익권(제3항)을 매도인 등 또는 매도인 등이 지정하는 제3자에게 무상으로 양도하기로 약정(이하, 이 사건 약정이라 한다)하였다.

라) 그 후 XX종합개발은 잔금 288억 원 중 268억 원을 XX종합개발의 Project Financing(이하 'PF'라 한다) 자금 대출은행인 외환은행 계좌에서, 원고의 계좌로 132억 8,000만 원, 류AA의 계좌로 128억 원, OO금속의 계좌로 7억 2,000만 원을 각 송금하는 방식으로 지급하였다.

마) XX종합개발이 잔금지급기일에 잔금을 지급하지 아니하여 분쟁이 발생 하였으나, XX종합개발은 시공사인 □□건설 주식회사와 공동으로 2003. 9. 8. 잔금 20억 원과 지연손해금을 지급하기로 하는 합의각서를 작성하였고, 그 후 XX종합 개발은 류AA에게 잔금 20억 원과 지연이자 100,822,417원을 지급하였다.

바) XX종합개발은 2003. 9. 9. 부산지방법원에 등기의무자를 매도인 등으로 하여 이 사건 부동산 중 일부에 대하여 매매대금 183억 원으로 한 매매계약서(갑 8 호증의1)를 첨부하여 토지소유권이전등기 신청을 하였다.

XX종합개발은 2003. 10. 10. 부산지방법원에 등기의무자를 류AA으로 하여 이 사건 부동산 중 류AA 소유의 토지 6필지 면적 합계 2,022㎡에 대하여 매매 대금 73억 6,000만 원으로 한 매매계약서(갑 8호증의2)를 첨부하여 토지소유권이전등 기 신청을 하였다.

XX종합개발은 같은 날 부산지방법원에 등기의무자를 원고로 하여 이 사건 부동산 중 원고 소유의 토지 9필지 면적 합계 5,037㎡에 대하여 매매대금 62억 3,000만 원으로 한 매매계약서(갑 8호증의3)를 첨부하여 토지소유권이전등기 신청을 하였다.

사) 매도인 등은 2004. 5.경 이 사건 약정상의 이익을 받을 제3자로 류AA을 지정하였다. XX종합개발이 이 사건 약정 내용을 이행하지 않자, 류AA이 XX 종합개발을 상대로 2004. 7.경 부산지방법원에 소를 제기하였고(부산지방법원 2004가 합11288, 부산고등법원 2005나15932), 위 항소심 도중 합의되어 XX종합개발이 2006. 2. 18. 류AA에게 현물대가로 6억 500만 원을 지급하였다.

사) XX종합개발은 2006. 3. 16. 동래구청장으로부터 일자가 2003. 2.으로 기재되어 있고, 류AA과 이 사건 부동산 중 류AA 소유의 토지(별지 부동산목록 순번 15번 내지 21번)를 152억 원과 이 사건 약정 중 1, 2항의 현물을 포함하여 매매대금으로 지급하여 매수하는 내용의 매매계약서(갑 11호증, 이하 '이 사건 검인계약서'라 한다)의 검인을 받았다.

아) XX종합개발은 매도인 등과 이 사건 부동산 중 매도인 등의 각 소유 토지에 대하여 개별계약서(갑 3호증의1 내지 3, 이하 '이 사건 개별계약서'라 한다)를 작성하였다. 매매대금은 원고 160억 원(건물 매매대금 3억 3,000만 원 포함), 류AA 15,805,000,000원(건물 매매대금 l억 원 포함), OO금속 8억 원(건물 매매대금 1억 원 포함)이다.

이에 따라 원고, 류AA, OO금속은 피고에게 별지 2 기재 '매매대금 배분' 란의 기재와 같이 이 사건 부동산의 양도가액을 산정하여 신고하였다.

3) 2002. 5. 23.경 OO감정원 동래지점에서 이 사건 부동산 중 원고 및 류AA 소유의 15필지의 토지면적 합계 18,720㎡ 및 지상건물을 감정평가하였는데, 토지의 경우 12,292㎡는 ㎡당 1,300,000원으로, 5,751㎡는 ㎡ 당 100만 원으로, 633㎡는 ㎡ 당 910,000원으로, 44㎡는 도로 부분으로 평가외로 평가하였고, 이는 2필지 이상의 토지가 일단을 이루어 사업체(공장용지) 부지로 이용하는 용도상 불가분의 관계에 있어 일단지로 평가하였다고 하고 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 5, 6, 8, 9, 11 내지 13호증, 을 6, 8호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 을 5호증의 일부 기재, 을 4호증의 영상, 증인 심FF, 곽GG, 임EE의 각 일부 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 원고 회사와 특수관계자 류AA, OO금속 사이 거래의 존부 가) 이 사건 계약이 일괄계약, 개별계약인지 여부

(1) 일반적으로 계약의 당사자가 누구인지는 그 계약에 관여한 당사자의 의사 해석 문제에 해당한다. 의사표시의 해석은 당사자가 그 표시행위에 부여한 객관적인 의미를 명백하게 확정하는 것으로서, 계약당사자 사이에 어떠한 계약 내용을 처분문서인 서면으로 작성한 경우에는 그 서면에 사용된 문구에 구애받는 것은 아니지만 어디까지나 당사자의 내심적 의사의 여하와 관계없이 그 서면의 기재 내용에 의하여 당사자가 그 표시행위에 부여한 객관적 의미를 합리적으로 해석하여야 하며(대법원 1995. 6. 30. 선고 94다51222 판결, 대법원 2000. 10. 6. 선고 2000다27923 판결 참조), 이 경우 문언의 객관적인 의미가 명확하다면, 특별한 사정이 없는 한 문언대로의 의사표시의 존재와 내용을 인정하여야 한다(대법원 2002. 5. 24. 선고 2000다72572 판결 참조).

(2) 살피건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 사정 즉, ① 원고의 주장에 의하더라도 이 사건 일괄계약서를 작성한 이후, 이 사건 개별계약서를 작성하였다고 밝히고 있고, 계약당사자 사이에 어떠한 계약 내용을 처분문서인 서면으로 작성한 경우에는 그 서면에 사용된 문구에 구애받는 것은 아니지만 어디까지나 당사자의 내심적 의사의 여하와 관계없이 그 서면의 기재 내용에 의하여 당사자가 그 표시행위에 부여한 객관적 의미를 합리적으로 해석하여야 하는바, 이 사건 일괄계약서에서는 매매대금을 320억 원으로 기재하고 있을 뿐, 원고, 류AA, OO금속과 XX종합개발 사이에 개별계약을 체결하였다거나, 매매대금의 배분에 관한 내용도 없으며, 위 일괄계약서가 이후 작성된 개별계약서에 따라 무효가 된 것으로 보기 어려운 점, ② XX종합개발이 2003. 9. 9. 매도인 등을 등기의무자로 하여 매매계약서를 첨부하여 이 사건 부동산 중 일부 토지에 대하여 최초 토지소유권이전등기 신청한 점, ③ 이 사건 검인계약서는 XX종합개발이 류AA에게 152억 원 및 현물을 지급하기로 되어 있는데, 이 사건 개별계약서 중 류AA과의 개별계약서는 158억 500만 원을 지급하기로 되어 있어 이는 2006. 2. 18.경 XX종합개발과 류AA이 소송 중 이 사건 약정에 따른 현물대가를 6억 500만 원에 합의하면서 작성된 것으로 보이는 점, ④ 이 사건 부동산 중 원고 소유의 토지뿐 아니라 류AA 토지 위에도 골프연습장 등의 건물 등이 있었고, 건물을 고려하여 매매대금을 산정하였으며, 원고의 토지 및 류AA의 토지의 경우 많은 부분이 용도상 불가분의 관계로 1필지로 평가한 사례도 있고, 달리 매매대금 산정기준이 달라질 이유가 없는 점 등에 비추어보면, 이 사건 매매계약은 XX종합개발과 매도인 등의 일괄계약으로 봄이 상당하고, 증인 심FF, 곽GG의 일부 증언만으로는 위 인정에 방해되지 아니한다.

또한, 원고측 증인 심FF, 곽GG의 증언에 의하더라도 XX종합개발이 이 사건 부동산 전체를 320억 원에 매수하기로 하고, 매도인 등이 내부적으로 매매 대금을 원고 160억 원, 류AA 152억 원, OO금속 8억 원으로 정한 다음, XX종합개발과 개별계약을 체결하였다는 것이고, 법인세법상의 부당행위계산 부인이 적용되 지 않는 개별계약이라고 보기 위하여는 원고와 그 특수관계자의 지위에 있는 류AA, OO금속이 매수인과의 사이에서 처음부터 각자 자신 소유의 토지에 대하여 각각의 매매조건을 협의하여 각자의 소유 토지에 대한 매매대금을 결정하는 형식의 개별적인 매매계약이어야 하고, 원고와 류AA, OO금속이 그들 소유의 인접 토지 일단을 함께 매도하는 기회에 원고의 소유 토지 대금을 낮게 평가하는 방식으로 류AA이나 OO금속의 소유 토지의 매매대금을 높여 주는 방식으로 개별계약을 하였다면 이 또한 부당행위 계산부인의 요건에 해당하는 경우에는 그 적용을 피할 수 없다고 보아야 하는 바, 원고 나 류AA, OO금속이 이 사건 부동산 중 각 그 소유부분을 특정한 다음 그 가치를 평가하여 그 가치에 따라 개별적인 매매계약을 체결하였다고 볼 수 없고 달리 이를 인정 할 증거가 없다. 따라서 위에서 본 바와 같이 원고등이 XX종합건설에 이 사건 부동산을 일괄하여 320억원에 매도하기로 합의하기는 그 각 소유자들의 매매대금으로 원고 160억 원, 류AA 152억 원, OO금속 8억 원을 정하여 별도의 계약서를 작성하였다 고 하더라도 이것이 법인세법 시행령 제88조 제1항 각호에서 열거된 행위에 해당하는 경우 부당행위계산 부인이 적용된다고 봄이 상당하다.

따라서 이 사건 매매가 부당행위계산 부인이 적용되는지 여부에 관해서만 보기로 한다.

나) 부당행위 계산 부인의 적용 여부

(1) 부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위, 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 말하고, 법인세법 제52조에서 부당행위계산 부인 규정을 둔 취지는 법인과 특수관계 있는 자와의 거래가 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것인바, 위 시행령 제88조 제1항이 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 것으로 인정되는 경우에 관하여 제1호 내지 제8호의2에서는 개별적・구체적인 행위유형을 규정하고, 그 제9호에서는 '기타 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우'라고 하여 개괄적인 행위유형을 규정하고 있으므로, 제9호의 의미는 제1호 내지 제8호의2에서 정한 거래행위 이외에 이에 준하는 행위로서 특수관계자에게 이익분여가 인정되는 경우를 의미한다 할 것 이고, 경제적 합리성 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하며, 한편 부당행위계산 부인에 있어 반드시 조세부담을 회피 하거나 경감시킬 의도가 있어야만 하는 것은 아니다(대법원 2006. 11. 10. 선고 2006두125 판결 등 참조).

그리고 내국법인과 그 특수관계자가 각자 소유하는 부동산을 매수인에게 매도하면서 그 대금을 각자 소유하는 부동산의 시가에 따라 적정하게 안분하지 아니하고, 내국법인에게 안분되어야 할 대금 중 일부를 특수관계자에게 안분하여 특수관계자로 하여금 자신이 소유하는 부동산의 시가에 상응하는 금액을 초과하여 대금을 지급받게 하여 내국법인의 소득에 대한 조세의 부담을 감소시키는 것은 내국법인이 위 초과 금액 상당의 대금을 지급받아 특수관계자에게 이를 무상으로 주어 내국법인의 소득에 대한 조세의 부담을 감소시키는 것과 다름이 없다 할 것이므로, 법언세법 제52조 제1항, 제4항, 같은 법 시행령 제88조 제1항 제3호 소정의 자산을 무상으로 양도하는 경우 내지 이에 준하는 행위로서 위 시행령 제88조 제1항 제3호 또는 제9호 소정의 부당행위계산 규정이 적용된다고 봄이 상당하다.

(2) 이 사건에 돌아와 본다.

위 2. 다.에서 인정한 사실에 의하면, 매도인등이 이 사건 부동산을 XX종합개발에 320억 원에 매도하면서 이 사건 부동산 중 뒤에서 평가하는 바와 같이 원고 소유 토지는 과소평가하고, 류AA 및 OO금속 소유 토지는 과대평가하였고, 지연손해금 100,822,417원을 류AA이 수령하여, 이 사건 부동산 매매와 관련한 대금에서 건물의 매매대금을 공제한 대금 총 31,570,822,417원(매매대금 320억 원 - 건물의 매매대금 5억 3,000만 원 + 지연손해금 100,822,417원) 중 원고에게 156억 7,000만 원 (160억 원 - 건물의 매매대금 3억 3,000만 원)을, 류AA에게 15,200,822,417원(152억 원 - 건물의 매매대금 1억 원 + 지연손해금 100,822,417원)을, OO금속에게 7억원(8억 원 - 건물매매대금 1억 원)을 지급하여, 원고의 법인세 부담을 감소시켰다 할 것이고, 부당행위계산 부인에 있어 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야만 하는 것은 아니므로 원고와 특수관계자인 류AA 및 OO금속의 위와 같은 행위는 법인세법 제52조 제l항, 제4항, 같은 법 시행령 제88조 제1항 제3호 또는 제9호 소정의 부당행위계산에 해당한다.

따라서 법인세법 시행령 제88조 제1항의 각 호의 사유에 해당한다고 할 수 없다는 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

2) 부당행위계산부인 금액으로 원고 회사의 익금에 산입되어야 할 금액

가) 법인세법 시행령 제89조 제1항은 "법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 다음 각호의 규정을 순차로 적용하여 계산한 금액에 의한다. 1. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액), 2. 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액"이라고 규정하고 있다.

이 사건의 경우는, 원고등이 매도한 매매대금이 있으므로 이 사건 부동산 전체의 시가는 이 사건 매매대금이라고 보아야 한다. 그런데 이 사건 매매대금 중 원고 및 류AA, OO금속 소유의 각 토지의 시가를 알 수 없는 경우이므로, 이 사건의 경우와 같은 경우에는 이 사건 매매대금 중 원고 등 개별소유자들의 소유 토지 시가는 이 사건 매매대금에서 개별소유자들의 소유 토지의 가치가 차지하는 비율에 따라 산정할 수밖에 없다 할 것이다.

이에 먼저 위 법인세법 시행령 제89조 제1항 제1호에 따라 이 사건 부동산에 대하여 감정평가법인이 감정한 가액이 있다면 부동산 전체의 감정가액에서 개별 소유자별 소유 토지의 감정가액이 차지하는 비율에 따라 산정함이 상당한데, 그 감정 가액이 있음을 인정할 증거가 없으므로 이에 따른 시가를 산정할 수는 없다.

그러므로 위 법인세법 시행령 제89조 제1항 제2호에 따라 산정하여야 하는 바, 상속세 및 증여세법 제61조(부동산 등의 평가) 제1항 제1호에 의하면 '토지'는 '부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률에 따른 개별공시지가'에 의하여 평가한다고 규정하고 있으므로, 이 사건 부동산의 각 필지별 '개별공시지가'를 기준으로 안분하여 시가를 정함이 상당하다.

나) 이 사건에 돌아와 보건대, 을 10호증1 내지 6의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 부동산의 공시지가는 별지 1 기재 '공시지가'란의 기재와 같이 18,539,857,000원인 사실, 이 사건 부동산 중 원고 소유 부분 공시지가의 합계가 11,596,392,000원인 사실, 이 사건 부동산 중 류AA 소유의 부분 공시지가의 합계가 6,548,041,000원인 사실을 인정할 수 있고, 이 사건 부동산 매매대금 및 지연 이자가 합계 31,570,822,417원인 사실은 앞에서 본 바와 같으므로, 결국 이 사건 부동산 중 원고 소유의 토지 부분에 대한 대금은 19,747,058,055원[31,570,822,417원 x (원고 회사 소유 토지의 개별공시지가 합계 11,596,392,000원 ÷ 이 사건 부동산 토지 전체의 개별 공시시가 합계 18,539,857,000원), 원 미만 소숫점 첫째자리 반올림]이 된다.

따라서 원고가 특수관계인인 류AA 및 OO금속과 함께 이 사건 부동산 토지를 31,570,822,417원에 매도함을 기회로, 원고 소유의 토지 매도대금으로 안분되어야 할 금액임에도 특수관계인인 류AA, OO금속의 매도대금으로 안분하여 법인세 부담을 부당히 감소시킨 부당행위계산금액은 별지 3 기재와 같이 4,077,058,055원 (4,013,995,202원 + 63,062,853원)임은 계산상 명백하다.

다) 이에 대하여 원고는, 개별공시지가로 안분한 금액은 원고 소유 토지의 '시가'로 볼 수 없다는 취지로 주장하고 있으나, 이 사건 매매계약의 매매대금이 일괄하여 결정되었고, 관련 법령이 부동산 중 토지 가치의 평가는 개별공시지가로 할 수 있다고 규정하고 있는 이상, 전체 매매가격에서 원고 소유 토지의 매매가격은 이 사건 부동산 전체의 개별공시지가에서 원고 소유 토지의 개별공시지가 차지하는 비율에 따라 안분하여 계산함이 상당하므로, 이렇게 부당행위계산부인 금액을 계산하는 것이 조세법률주의에 위반하여 시가를 산정한 것으로 보기 어렵다. 이 부분 원고의 주장은 이유 없다.

3) 소결

따라서 피고가 부당행위계산 부인으로 4,077,058,055원을 익금으로 산입하여 원고에게 2003년도 귀속 법인세 2,046,247,450원(2,056,533,280원 - 10,285,830원, 위 10,285,830원도 2003년도 귀속 법인세로 부과하였으나, 위 금액은 이 사건 부당행위계산 부인과 관련 없는 소모품비 및 임원성과금과 관련된 것이다)을 부과한 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.