법인세법시행령 제96조합병시 이월공제

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

다음 각 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증의 1,2,갑 제2호증, 갑 제3호증의 1,2,갑 제7,8호증, 을 제1,2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.

가. 원고(원래 '○○에너지 주식회사'였다가 2000.10.19.○○○○에너지 주식회사로, 2005.9.9. 현재와 같이 상호가 변경되었다)는 발전소 및 발전시설의 국내외 건설및 운영, 국내외 발전, 송전, 변전, 배전 및 이와 관련되는 영업을 목적으로 하여 1999.12.16. 설립된 회사이다.

나. 원고는 2000.3.27.1999 사업연도 법인세 신고를 하면서 주식회사 ○○(이하'○○'라고 한다)로부터 현물출자받은 발전설비로서 인천 서구 원창동 323 소재 복합화력(Combind Cycle Power)1) 3호기의 2단계 발전설비인 배기열회수보일러(#7,8,9호기)에 대한 대한 투자금액 중 64,216,107,840원에 대하여 구 조세특례제한법(2000.12.29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라고 한다) 제25조 제1항 제1호에 의한 특정설비투자세액공제액 3,210,805,390원(64,216,107,840원 X0.05, 10원 미만 버림)을 신청하였으나 최저한세 적용으로 위 공제신청액 중 1999 사업연도에는 1,366,252,090원만 공제하고 나머지 1,844,553,300원은 이월하였다.

다. 이후 원고는 2001.1.19. ○○○세무서장에게 위 복합화력 3호기 중 증기터빈및 질소산화물 저감설비(SCR, Selectiv Catalytic NOx Reduction System)2)도 구 조구 조세특례제한법 제25조 제1항 제1호 소정의 특정설비투자세액공제대상이라고 하면서 복합화력 3호기의 총 투자금액을 148,416,804,643원(84,200,696,803원 증액)으로 증액하여 달라는 경정청구를 하였고, ○○○세무서장은 2001.3.17.원고의 경정청구금액 중 건물,구축물 기구비품 투자금액 7,701,580,448원을 제외한 나머지 기계장치에 대한 투자금액 76,499,116,355원을 증액한다는 결정을 하였다.

이에 원고는 해당 사업연도 법인세 자진신고(2001.3.29.및 2002.3.31.)및 2003.3.20.자 수정신고를 통하여 위 배기열회수보일러 및 증기터빈, 질소산화물저감설비(이하 '이 사건 발전설비'라고 한다)에 대한 총 특정설비투자세액공제액 7,036,761,200원｛총투자금액140,715,224,195원(64,216,107,840원+ 76,499,116,355원)X0.05｝에서 1999 사업연도 법인세로 이미 공제받은 1,366,252,090원을 제외한 나머지 투자세액공제액 5,670,509,110원 모두를 2000 사업연도와 2001년 사업연도 법인세에서 4,071,103,460원과 1,598,405,650원씩 각 이월공제받았다.

라. 그런데 ○○지방국세청장은 2005.9.9.부터 같은 해 11.21.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하여 이 사건 발전설비에 원고가 투자한 것이 아니고 원고는 투자가 완료된 이 사건 발전설비를 취득한 것에 불과하여(이른바 중고자산의 취득) 구 조세특례제한법 제25조 소정의 특정설비투자세액공제대상이 아니라고 하면서 피고에게 이를 통보하였고, 이에 피고는 2005.12.1. 원고에게 각 해당연도에 공제받은 특별투자세액공제금액을 부인하고 여기에 가산세를 더하여 2000 사업연도 법인세 7,596,503,400원, 2001 사업연도 법인세 2,838,649,910원를 각 결정, 고지하였다(1999 사업연도 법인세에 대하여는 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 소정의 부과제척기간의 경과로 인하여 경정ㆍ부과하지 아니하였다)

마. 이에 대하여 원고는 2006.2.28. 국세심판원에 국세심판을 청구하였는데, 국세심판원은 2007.1.14. 이 사건 부과처분 중 피고가 2001.3.17.자로 증액 결정한 76,499,166,355원의 투자금액으로 인한 특정설비투자세액공제에 대하여 미납부가산세를 부과하는 것은 위법하므로 그 세액을 경정하는 한편 나머지 청구를 기각하는 결정을 하였고, 이에 따라 피고는 2007.2.28. 원고에게 위 2000 사업연도 법인세에서 1,899,247,280원을, 위 2001 사업연도 법인세에서 1,070,931,781원을 각 감액하는 결정을 하였다(이에 따라 원고의 2000 사업연도 법인세는 5,697,256,125원, 2001 사업연도 법인세 1,767,718,129원만이 남았고, 이와 같이 감액된 2005.12.1.자 부과처분을 '이 사건 부과처분'이라고 한다).

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 발전설비의 공사계약은 제작물공급계약으로서 도급에 해당하고 제작물공급계약상 일의 완성은 공정완료만으로는 부족하고 목적물의 주요구조부분이 약정된대로 시공되어 사회통념상 일반적으로 요구되는 성능을 갖추어야 하고, 이 사건 발전 설비의 공사계약상(원고가 제출하고 있는 것은 배기열회수보일러에 대한 공사계약뿐이다) 인수성능시험을 통과하여야 하고 도급인이 인수통지서를 발급시 공사대금을 지급할 의무가 생기고 이 때를 준공으로 본다고 각 규정하고 있으므로, 적어도 인수성능시험을 완료하여야만 이 사건 발전설비를 사용가능한 상태가 되었다고 볼 것이고, 이러한 절차가 모두 완료된 것은 1999.12.13.이후이다. 따라서 원고가 이 사건 발전설비를 1999.12.1.○○로부터 현물출자받을 당시 이 사건 발전설비는 미완성의 자산으로서 신규자산이지 중고자산이 아니라고 할 것이므로, 원고는 이 사건 발전설비의 투자금액에 대하여 구 조세특례제한법 제25조 소정의 특정설비투자세액공제를 받을 수 있다.

(2) 투자세액공제 관련 경정은 실제 투자를 한 사업연도을 기준으로 해야 하고, 이 사건 발전설비의 실제 투자를 한 사업연도는 1999년임이 명백하므로, 1999 사업연도에 최저한세 적용 등으로 전체를 공제받지 못하여 이월된 경우라 하더라도 1999 사업연도에 한 이 사건 발전설비에 대한 투자세액공제액 전체에 대하여 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 소정의 국세부과의 제척기간이 경과한 것으로 보아야 한다. 따라서 2000 사업연도 및 2001 사업연도에 이월공제 받은 금액을 추징한 이 사건 부과처분은 부과제척기간이 경과한 것으로서 무효이다.

나 관계법령

별지 '관계법령' 기재와 같다.

다. 인정사실

앞에서 든 증거와 갑 제4,5호증, 갑 제6호증의 1,2,갑 제9 내지 16호증, 갑 제18 내지 21호증, 갑 제22호증의 1,2,3, 갑 제23호증을, 을 제3호증의 1,2,을 제4,5호증, 을 제6호증의 1,2,을 제7호증의 각 기재에 증인 이○○의 증언을 종합하여 보면 다음 각 사실을 인정할 수 있다.

(1) 이 사건 발전설비에 관한 공사계약

(가) ○○에너지 주식회사(원고와 다른 회사이다. 이하 '구 ○○에너지'라고 한다)는 1996.7.경 ○○중공업 주식회사(이하 '○○중공업'이라고 한다)에 이 사건 발전설비 중 배기열가스보일러 설치공사 및 질소산화물 저감설비 부분에 관하여 공사계약을 체결하였고, 나머지 증기터빈에 대한 공사 부분에 관하여는 일본 ○○○○(Hitachi Works, Hitachi Ltd)에게 도급을 주었는데, 위 3가지 설비의 총 공사금액은 140,715,224,195원이다.

(나) 한편, 구 ○○에너지가 ○○중공업과 사이에 체결한 이 사건 발전설비 중 배기열회수보일러 설치공사에 관한 공사계약서 중 이 사건과 관련된 주요 내용은 아래와 같다(이 사건#7,8,9호기 뿐만 아니라 #10,11,12호기에 관한 공사계약도 포함하고 있다).

① '준공'에 대하여 위 계약서에 명시된 인수성능시험을 충족한 후에 구 ○○에너지가 인수통보서를 발급하는 것으로 정의하고 있다(제1조 제29항).

② '인수성능시험'은 기술규격서에 규정된 복합공정에 대한 시험 및 '기술규격서'와 '성능보증자료'에 규정된 보증성능 및 보증수치의 충족여부를 평가하는 것을 의미하는 것으로서 구 ○○에너지 및 수급인이 각 발전소 구역의 인수성능시험 수행 준비가 완료되었다고 합의 한 후 구 ○○에너지가 자신의 비용을 들여 직접 수행하고, 수급인은 인수성능시험 완료 후 1개월 이내에 구 ○○에너지에게 시험자료 및 결과보고서 사본 6부를 제출한다(제1조 제28항, 제38조 제4.4항)3)

③ 계약금액(도급금액) 중 계약금은 계약금액의 10％로 하되 계약발효일로부터

15일 이내에 현금으로 지급하고, 기성금은 매 선적에 대한 각 설비품목 대금의 85％로 하되, 수급인이 제24조에 규정된 운송서류를 제시한 날로부터 60일이내에 지급하며, 잔금 5％는 구 ○○에너지가 발전소 인수통보서를 발급한 날로부터 50일 이내에 지급한다(제36조 제1항),

④ 발전소의 인수성능시험이 만족스럽게 완료되고 수급인의 계약상 모든 의무가 이행된 경우, 공사는 인수되는 것으로 간주되며, ○○에너지는 수급인에게 발전소의 서면 인수통보서를 발급한다(제39조 제1항).

(2) 이 사건 발전설비의 양도

(가) 구 ○○에너지는 1999.8.31. 발전사업 부문을 분리하여 이를 ○○에게 영업 양수도 방식으로 매각하였고, 1999.3.경부터 발전사업 부문 인수시 유동성 문제를 해결하기 위하여 해외합작 또는 매각계획을 세우고 있던 ○○는 1999.11.26. 당시 설립중이던 원고와 사이에 이 사건 발전설비를 포함하여 ○○가 영위하고 있는 발전사업과 관련된 재산을 현물출자하기로 하는 계약을 체결한 다음 1999.12.1.원고를 설립하였다.

(나) 원고의 1999년도(1999.12.1 ~ 1999.12.31.)결산보고서 중 이 사건 발전설비는 유형자산명세 중 기계장치 복합3차로 분류되어 있고(기초잔액은 73,953,485,000원, 당기증가액 143,308,470,094원. 즉 당기에 건설중인 자산에서 기계장치자산으로 대체된 것이다), 미지급금명세에는 ○○중공업에 지급하여야 할 기성고 유보금으로 2,939,223,110원(이 사건 발전설비 중 배기열회수보일러에 대한 기성고 유보금 1,687,672,230원과 이 사건과 무관한 다른 발전설비의 유보금 1,251,550,780원을 합한 금액이다)이 계상되어 있다.

(3) 기성현환 및 공사대금의 지급

(가) 구 ○○에너지는 1996.1.1.부터 1999.8.31까지 사이에 이 사건 발전설비의 공사금액 중 137,344,000,000원을, ○○는 1,349,000000원을 각 지급하여 총 공사 금액의 98.7％에 해당하는 금원을 지급하였다.

(나) 한편, 구 ○○에너지의 이 사건 발전설비 중 배기열가스보일러의 기성현황에는 1999. 5.경 공정률 누계는 99.68％로 금회 공정율은 0.32％, 금회 지불액은 91,732,000원으로 되어 있고(누계지출금율 94.73％, 1999.9.17.지급함), 1999.7.경 공정률 누계는 100％로, 금회 공정율은 0.32％,금회 지불액은 16,169,700원(누계지출금율 95％)으로 되어 있으며, 잔여금액은 1,687,672,330원으로 되어 있다.

(다) 원고는 이 사건 발전설비 중 배기열회수보일러에 대한 인수성능시험을 1999.12.7.에, 증기터빈에 대한 인수성능시험을 1999.12.9.에, 질소산화물 저감설비에 대한 인수성능시험을 1999.12.1. ~ 같은 달 13.까지 사이에 각 시행하였고, ○○중공업은 위 배기열회수보일러 및 질소산화물 저감설비에 대한 인수성능시험 결과보고를 2000.1.17.및 1999.12.16.에 각 마쳤으며(스팀터빈에 대한 인수성능시험 결과보고 일자는 알 수 없다), 원고는 2000.2.7. ○○중공업에게 이 사건 발전설비 중 배기열회수보일러에 대한 인수통보서를 발급하였다.

(라) 원고는 2000.5.25. ○○중공업으로부터 이 사건 발전설비의 기성고 유보금채권을 양수받은 ○○중공업 주식회사에게 이 사건 발전설비 중 배기열회수보일러에 대한 기성고 미지급액 1,687,800,000원을 지급하였다.

(4) ○○의 사업개시 및 전력 매도

(가) ○○는 1999.10.31.까지 이 사건 발전설비 중 배기열회수보일러에 대한 시운전4) 및 신뢰도 운전을 마친 다음 같은 해 11.1. 산업부장관에게 전기사업법 제7기 사업법 제7조 제4항에 의하여 이 사건 발전설비 중 3단계 증기터빈의 사업개시신고를 하였다.

(나) ○○는 1999.12.8. ○○○○공사에 1999.11.분 이 사건 복합화력 3호기에 대한 전력요금으로 8,213,519,700원｛용량요금(Capacity Charge, 발전설비에 대해 추가로 보상되는 요금)5,926,935,138원 + 전력량요금(연료비 보상) 2,286,584,560원｝을 청구하였다7). 한편, ○○가 1999.11분으로 ○○○○공사에 복합화력 1호기1호기에 대한 전력요금으로 청구한 금액은 6,852,380,891원(용량요금 3,387,666,667원 + 전력량요금 3,464,722,243원)이고, 복합화력 2호기에 대한 전력요금으로 청구한 금액은 3,890,209,304원(용량요금 3,387,666,667원 + 전력량요금 502,542,637원)이다.

라. 판단

(1) 특정설비투자세액공제 적용 여부

(가) 구 조세특례제한법 제25조 제1항 제1호는 '에너지절약시설'중 산업정책상 필요하다고 인정하여 대통령령이 정하는 시설에 2000.12.31까지 투자한 경우에는 투자금액의100분의 5에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있는데, 이 사건 발전설비가 구 조세특례제한법 시행령(2000.12.29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것) 제22조 제1항 제1호, 구 조세특례제한법 시행규칙(2001.3.28. 재정경제부령 제184호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항 별표 제3호가 규정하고 있는 에너지절약시설로서 구 조세특례제한법 제25조 제1항 제1항 제1호 소정의 특정설 비투자세액공제대상에 해당합은 당사자 사이에 다툼이 없다.

그런데, 구 조세특례제한법 제25조 제1항이 특정설비투자금액의 세액공제방법에 관하여 같은 법 제11조 제1항을 준용하여 당해 투자금액의 100분의 5에 상당하는 금액을 '그 투자를 완료한 날'이 속하는 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 규정 하고 있는데, 이에 관하여 조세특례제한법 기본통칙 제5-0…2는 '그 투자를 완료한 날'이라 함은 '당해 시설을 그 목적에 실제로 사용한 날'을 말한다고 규정하고 있다.

한편, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세 공평의 원칙에도 부합한다(대법원 대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결 참조).

(나) 이 사건에서 원고는 공사계약상 인수성능시험이 완료된 이후 인수통보를 하고 잔금을 지급하기로 약정한 점에 비추어 적어도 인수성능시험이 완료된 이후가 '실제로 사용이 가능한 상태'가 되고 이때 투자가 완료된 것으로 보아야 한다고 주장하고 있고, 이에 대하여 피고는 신뢰성운전을 마치고 1999.11.1. 사업개시신고를 한 다음 전력을 생산하여 판매하였으니 사업개시신고를 한 1999.11.1.이 '당해 시설을 목적에 실제로 사용한 날'로서 '그 투자가 완료된 때'라고 보아야 한다고 주장한다.

보건대, ① 발전소의 경우에 '준공'에 관하여 인수성능시험이 완료된 후로 정하고 인수성능시험이 완료된 후에 잔금이 지급되는 것이 일반적이라고 하더라도 이는 당사자 사이의 계약에 불과하고 당사자 계약내용에 따라 국세의 공제시기를 확정할 수 없다고 할 것이며, '투자 완료'라는 명백히 하나의 확정된 사실관계를 대하여 당사자가 정하고 있는 계약내용에 따라 공제시기가 달라지는 결과가 되어 이는 과세요건명확주의에 반한다는 점(원고는 적어도 인수성능시험을 실시한 이후인 1999.12.13. 이후가 투자를 완료한 날이라고 주장하면서도 다시 당사자사이의 계약내용에 따라 즉 '준공'여부에 따라 완료일을 정하여야 한다고 주장하는데, 이 사건 공사계약서상에는 인수성능시험을 완료하고 인수통보서를 발급하는 때를 '준공'이라고 하고 있고, 원고가 인수통보서를 발급한 때는 2000.2.7.이므로, 계약서상의 '준공' 개념에 의하면 1999 사업연도도 '투자를 완료한 날'이 속하는 사업연도가 될 수 없게 되는 등 지나치게 자의적이다), ② 발전소의 인수성능시험이란 건설을 완료한 설비의 실제 성능이 계약상의 보증성능치를 만족하는지 여부를 확인하기 위하여 시행하는 시험으로써 이 사건 발전설비 중 배기열회수보일러에 대한 공사

위하여 시행하는 시험으로써 이 사건 발전설비 중 배기열회수보일러에 대한 공사계약서에는 인수성능시험 완료후 인수통보시를 '준공'으로 보고 있고, 이후에 잔금을 지급하는 것으로 약정하고 있긴 하지만, 인수성능시험 이전에 시운전 및 240시간의 신뢰성운전을 거치므로(이 사건에서는 원고는 72시간의 신뢰성운전만 하였으니 신뢰성운전이 종료된 것이 아니라는 취지로 주장하나 계약서와 달리 ○○가 72시간의 신뢰성운전만 하였다고 하여 이것은 이 사건 발전설비의 완성도에 대한 ○○의 부담으로 남을 뿐이지 신뢰성운전이 종료되지 아니한 것으로 볼 수 없고, 또한 신뢰성운전 종료 여부만으로 이 사건 투자완료시기가 좌우되는 것도 아니다), 이것만으로도 목적물의 주요구조부분이 약정된 대로 시공되어 사회통념상 일반적으로 요구되는 성능을 갖추어 '일의 완성'으로 볼 수 있는 점, ③ 전기사업법에 의한 사용 전 검사를 완료하고 신뢰성운전 시험이 완료된 후 계통부하망과 연계하여 상업목적을 위해 발전설비를 운전하는 것을 '상업운전'이라고 하는데, ○○는 이 사건 발전설비에 대하여 1999.11.1. 전기사업법에 의한 사업개시신고를 하고 당월에 발생한 전력요금으로 8,213,519,700원을 청구하고 있는 점(원고는 위 전력요금에는 가스터빈에서 발생한 전력요금도 포함되어 있어 실제로 증기터빈에서 발생한 전력요금은 얼마 되지 않고, 증기터빈의 가동기간도 며칠 되지 않아 1999.11.에도 여전히 신뢰성운전기간이었으니 본격적인 상업운전에 해당하지 아니한다고 주장하나, 반드시 계약서에 정하여 진 대로 신뢰성운전이 종료되어야만 상업운전을 할 수 있다고 해석할 수 없을 뿐만 아니라, 이 사건 복합화력 3호기에 대하여 청구하는 용량요금이 다른 복합화력 발전소에 비하여 상당히 큰 점에 비추어 ○○는 이미 이 사건 발전시설에 대한 용량요금을 청구하고 있는 것으로 보이는바, 이 사건 발전시설에 대한 요금을 청구하고 있으면서도 상업적 목적의 운전, 즉 상업운전이 아니라고 하는 것은 대단히 모순된다), ④ 구 ○○에너지의 이 사건 발전설비 중 배기열회수보일러의 기성현황에는 1999.7.에 100%의 공정율을 보이고 있어 이미 1999.7.경에 이 사건 발전설비 공사가 완료되었고 대부분의 공사대금도 지급된 것으로 보이는 점(다른 설비 즉, 증기터빈이나 질소산화물 저감설비에 대한 공사계약서, 공사대금지급시기 등에 관한 아무런 자료가 제출되지 아니하여 위 공사에 대하여는 공사완료시기를 언제로 보고 있고, 언제 공사대금이 지급되었는지 등에 관하여 알 수 없으나, 변론의 전취지로 보아 배기열회수보일러가 가장 늦게 완공되었고, 공사대금도 가장 늦게 지급된 것으로 보인다), ⑤ 이 사건 발전설비의 공사대금 대부분을 구 ○○에너지 및 ○○가 지급하였고 원고는 잔금만을 지급한 것으로 보이는데, 원고가 잔금을 지급하고, 원고의 재무제표상에 이 사건 발전설비가 미완성 자산이었다가 1999년도에 기계장치자산으로 대체되었다고 하더라도, 이는 당사자 의 어느 날을 구 조세특례제한법상 '투자를 완료한 날'이라고 볼 수 없는 점 등을 종합하여 볼 때, ○○가 이 사건 발전설비의 시운전 및 신뢰성운전을 마친 후 사업개시신청을 한 1999.11.1.이 이 사건 발전설비에 대한 '그 투자가 완료한 날'로서 '당해 목적물을 실제로 사용한 날'이라고 함이 타당하다.

(다) 따라서 이 사건 발전설비는 원고에게 현물출자되기 이전인 1999.11.1. 그 투자가 완료되었다고 할 것이고, 이를 현물출자받은 원고는 구 조세특례제한법 제25조 및 제11조 제1항에 의하여 이 사건 발전설비에 대한 특정설비투자세액공제를 받을 수 없다고 할 것이다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

이에 대하여 원고는 구 ○○에너지나 ○○도 이에 관한 이 사건 발전설비로 인한 특정설비투자세액공제를 받지 못하였으므로 원고가 이 사건 새액공제를 받지 못하면 결국 제척기간의 경과로 이 사건 발전설비로 인한 투자세액공제를 아무도 받지 못하게 되어 부당하다고 주장하나, 구 조세특례제한법 제25조 소정의 특정설비투자세액 공제제도는 기업의 생산성향상에 의한 경쟁력 제고와 국민경제의 안정성장을 위한 기반확충을 목적으로 이를 지원하기 위하여 한시적으로 시행하는 제도(이 사건 에너지절약시설에 대한 특정설비투자세액공제도 2000.12.29. 법 개정으로 삭제되었다)이고, 당사자의 신청에 의하여 세액공제를 하여 주는 것이지 위 요건에 해당한다고 하여 반드시 공제받는 것은 아니라고 할 것이므로, 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 부과제척기간의 경과 여부

(가) 살피건대, 국세기본법 제26조의2 제1항에서 국세부과의 제척기간을 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준서를 제출하지 아니한 경우를 제외하고는 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년간으로 한정하고 있고, 위 부과제척기간이 만료되면 과세권자는 국세기본법 제26조의2 제2항에 규정된 특례제척기간을 적용할 수 있는 경우가 아닌 한 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없다(대법원 2004.6.10. 선고 2003두1752호 판결 참조). 따라서 피고가 원고의 1999 사업연도 법인세에 대하여는 부과제척기간이 도과되었다고 보아 경정결정을 하지 아니한 것은 정당하다.

(나) 그런데 국세기본법에서 국세부과제척기간의 규정을 둔 취지는 납세의무자와 국가간의 국세에 관한 권리∙의무관계를 조속히 종결함으로써 조세채무에 관한 법적 안정성을 보장하기 위하여 과세당국에서 국세를 부과할 수 있는 기간에 제한을 두는데 그 목적이 있다고 할 것이고, 개별세법에서 규정하고 있는 과세표준과 세액의 계산방법 및 범위에 제한을 두는데 그 목적이 있는 것은 아니라고 할 것이므로, 특정사업연도분의 국세에 대하여 부과제척기간이 경과하여 그 과세표준과 세액을 부과체적기간이 경과한 사업연도가 없었던 경우와 달리 계산할 것은 아니라고 할 것이다(이월결손금에 관한 대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두2652 판결 참조)

(다) 따라서, 원고의 2000 사업연도 법인세 및 2001 사업연도 법인세는 부과제척기간이 경과하였다고 볼 수 없고(2000 사업연도는 2001.3.29.에 2001 사업연도는 2002.3.31.에 각 신고한 사실은 앞에서 본 바와 같으므로 2005.12.1. 이 사건 부과처분 당시 5년의 부과제척기간이 경과되지 아니한 것은 역수상 명백하다), 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

이에 대하여 원고는 최저한세 적용 등으로 이월공제를 할 수 밖에 없었던 기업과 그렇지 못한 기업들 사이에 불균형이 생긴다고 주장하나, 이는 당초부터 특정투자설비세액공제를 받을 수 없었던 사안에 대하여 위법의 평등을 주장하는 것으로서 받아들일 수 없다.

(3) 따라서 원고가 이 사건 발전설비에 대하여 특정설비투자세액공제를 적용받는 것을 부인하여 한 이 사건 부과처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

관계법령

○ [구 조세특례제한법(2000.12.29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것)]

제11조 (기술 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제)

① 내국인이 2003년12월31일까지 기술 및 인력개발 또는 신기술의 기업화를 위한 시설에 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의5에 상당한는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

③ 제1항의 규정에 의한 투자가 2개 이상의 과세연도에 걸쳐서 이루어지는 경우에는 당해 투자가 이루어지는 각 과세연도 마다 당해 과세연도에 투자한 금액에 대하여 제1항의 규정을 적용받을 수 있다.

○ [구 조세특례제한법(2000.12.29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것)]

제25조 (특정설비투자에 대한 세액공제)

① 내국인이 다음 각호의 1에 해당하는 시설 중 산업정책상 필요하다고 인정하여 대통령령이 정하는 시설에 2000년12월31일까지 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 5에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 세액공제의 방법에 관하여는 제11조 제1항제3항 및 제4항의 규정을 준용한다.

1. 에너지절약시설

○ [구 조세특례제한법(2000.12.29. 법률 제6297호로 개정되기 전의 것)]

제144조(세액공제액의 이월공제)

① 제5조, 제10조, 제11조, 제24조 내지 제27조, 제27조의2, 제62조제1항·제2항, 제65조제2항, 제94조, 제103조, 제126조 및 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 세액중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 4년(제10조의 규정에 의하여 공제할 세액의 경우에는 7년)이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 이를 공제한다.

○ [구 조세특례제한법 시행령(2000.12.29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것)]

제22조(특정설비투자의 범위)

① 법 제25조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 시설"이라 함은 각호의 1에 해당하는 시설을 말한다.

1. 에너지이용합리화법에 의한 에너지절약시설(대가를 분할상환한 후 소유권을 취득하는 조건으로 동법에 의한 에너지절약전문기업이 설치한 경우를 포함한다)로서 재정경제부령이 정하는 것과 수도법에 의한 중수도시설

[구 조세특례제한법 시행규칙(2001.3.28. 재정경제부령 제184호로 개정되기 전의

것)]

○ [구 조세특례제한법 시행령(2000.12.29. 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것)]

제13조(특정설비의 범위)

① 영 제22조 제1항 제1호에서 "재정경제부령이 정하는 것"이라 함은 별표 3의 에너지절약시설을 말한다

[별표 3] 에너지절약시설 (제13조 제1항 관련)

구분

설비내용

적용범위

2. 에너지 절역형 설비의 설치

4. 기타설비

가. 열병합발전설비류

나. 열공급시설

다. 절약형기기류

(1)열교환기류

(2)폐열 보일러류

(11) 폐열 및 폐가스이용설비

기타 에너지 절약설비

발전용량이 500키로와트 이상인 것으로서 제조업 또는 광업에 사용하는 것

열공급율양이 시간당 3천만킬로칼로리 이상인 것

(가) 연소폐열(피가열물로부터 배출되는 열을 포함한다)에 의하여 연소용 공기 또는 연료를 예열하는것

연소폐열(피가열물로부터 배출되는 열을 포함한다)에 의하여 증기 또는 온수를 발생시키는 것

(가) 각종 열설비 또는 생산공정에서 폐기 방출되는 폐열 또는 폐가스를 이용하는 설비

에너지절감효과가 10퍼센트 이상인 것으로서 에너지관리공단 이사장이 인정하는 것

○ [조세특례제한법 기본통칙]

5-0…2 (투자완료일의 기준) 법 제5조 제1항 및 제11조 제1항에서 '그 투자를 완료한 날이라 함은 당해 시설을 그 목적에 실제로 사용한 날을 말한다.

○ [국세기본법]

제26조의2(국세부과의 제척기간)

① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 '조세조약'이라고 한다)의 규정에

의하여 상호합의절차가 진행중인 경우에는 국세조세 조정에 관한 법률 제25조에서 정하는 바에 따른다.

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간 끝.

* 주석 *

1)

* 주석 *

2) 연소과정에서 발생되는 대기오염물진인 NOx(질소산화물)을 저감하는 설비로서 배기열회수보일러 1기당 1기씩 설치된다.

* 주석 *

3) 즉, '인수성능시험'이란 건설을 완료한 설비의 실제 성능이 계약상의 보증성능치를 만족하는지 여부를 확인하기 위하여 시행하는 시험으로써 시험으로써 그 시기는 원칙적으로 계약내용에 따라 다르나 일반적으로 신뢰도운전 완료 후 3개월 이내에 시행한다(갑제11호증, 지침서).

* 주석 *

4) 신규설비의 신뢰성을 확보하고 모든 기기를 적정하게 동작하도록 조정하며 운전요원을 완벽하게 훈련하는데 그 목적이 있다고 한다. 시운전단계 시운전단계는 시운전 요원의 교육훈련, 시운전절차 및 조작방법 확립, 기기의 규격 설치상태 적정여부 확인 및 기능시험, 단위기기 및 계통별 예비점검, 시험운전, 조정 및 기록, 기기, 배관계통의 플러싱 및 누설시험, 종합 플랜트 시운전, 보증성능시험 및 설비상의 문제점 도출과 시정 등의 작업을 한다

* 주석 *

6) 전기사업법에 의한 사용 전 검사를 완료하고 신뢰도 운전시험이 완료된 후 계통부하망과 연계하여 상업목적을 위해 발전설비를 운전하는 것을 '상업운전'이라고 하는데 일반적으로 계약서에 명시된 바에 따라 정격부하에서 자동운전 240시간 운전(신뢰도 운전시험)이 성공적으로 완료되면 발주자는 대관 및 전력거래소 등에 일정양식으로 신고하여 상업운전을 개시할 수 있고, 이로써 영업이익을 발생시킬 수 있다(갑 제10호증, 발전소의 탄생과 성장).

* 주석 *

* 주석 *

7) 구 ○○에너지는 ○○○○공사와 사이에 발전 설비에 대해 추가로 보상되는 용량요금 제도가 포함된 전력수급계약을 체결하겨 두고 있었던 것으있었던 것으로 보인다.