2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2001. 1. 30. 재건축조합의 조합원으로부터 재건축 중인 OO시 OO구 OO동 1 OO아파트 17동 200호(이하 '이 사건 구주택'이라 한다)를 취득하였다. 원고는 2004. 10. 6. 재건축조합으로부터 OO시 OO구 OO동 OOOOO아파트 103동 502호 (이하 '이 사건 신축주택'이라 한다)를 분양받았다.

나. 원고는 2008. 8. 19. 이 사건 신축주택을 양도하고， 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제99조의3 제1항에 따라 양도소득금액 OOOO원으로 계산하여 피고에게 양도소득세를 0원으로 신고하였다.

다. 피고는 2012. 6. 12. 원고에게 "이 사건 구주택의 취득일부터 이 사건 신축주택 의 취득일 전까지의 소득에 대한 양도소득세는 면제되지 않는다"는 이유로， 조세특례 제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제40 조 제1항， 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22003호로 개정되기 전의 것， 이하 같다) 제166조 제2항에 따라 아래 계산식과 같이 전체 양도소득금액을 기준시가를 이용하여 안분하여 환산하는 방법으로， 이 사건 구주택 취득일부터 이 사건 신축주택 양도일까지 발생한 소득에 대한 양도소득세 산출세액 OOOO원에서 면제되는 양도 소득세액을 OOOO원으로 계산한 다음 OOOO원에 가산세 OOOO원을 가산하여 양도소득세 OOOO원(가산세 포함)을 부과 ・ 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

[계산식]

(1) 신축주택 취득 후 발생한 감면대상 앙도소득금액(A) = 전체 양도소득금액 x (앙도당시 기준시가 - 사용검사 승인일 당시 기준시가) / (앙도당시 기준시가 - 이 사건 구주택 취 득 당시 기준시가)

[OOOO원(A) = OOOO원 x (OOOO원 - OOOO원) / (OOOO원 - OOOO원)]

(2) 신축주택 취득 후 발생한 감면대상 양도소득세액 = 전체 산출세액 x (A - 앙도소득기본 공제) /앙도소득과세표준

[OOOO원 = OOOO원 x (OOOO원 - OOOO원) / OOOO원]

라. 원고는 이에 불복하여 2012. 7. 30. 이의신청을 거쳐 2012. 10. 26. 심판청구를 하였으나， 2012. 12. 27. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼없는 사실， 갑 제1호증， 제2호증의 2， 을 제1， 3， 4호증(가지번호 포함) 의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같이 위법하므로， 취소되어야 한다.

(1) 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항은 신축주택의 취득일로부터 5년이 경과 한 후 양도한 경우에 적용되는 규정이고， 원고는 신축주택의 취득일로부터 5년 이내에 양도하였으므로， 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항의 적용 대상이 아니다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항이 적용되더라도， '취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액' 계산식에서는 분자와 분모에서 '취득시 기준시가'라는 동일한 용어를 사용하고 있음에도 분모에 이 사건 구주택 취득 당시의 기준시가를， 분자에 이 사건 신축주택 취득 당시의 기준시가를 각 대입하여 계산한 것은 법적 근거가 없는 자의적인 해석이다.

(3) 입주권을 취득하여 신축주택을 준공한 후 양도할 경우 신축주택의 준공일을 보유 및 거주기간의 기산일로 보아야 함에도， 피고는 입주권 취득시부터 이 사건 신축 주택의 양도일까지의 기간을 보유기간으로 보아 장기보유특별공제를 적용하였다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 선축주택 취득일까지의 양도소득이 조세특례제한법 제99조의3 제1항 전문의 감면 대상에 해당하는지 여부

① 소득세법 시행령 제166조 제1항 제1호， 제2항 제1호에 의하면， 재건축조합의 조합원이 해당 조합에 구주택과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 청산금을 납부하고 취득한 신축주택 및 그 부수토지를 양도하는 경우， 신축주택의 취득일부터 그 양도일까지의 양도차익 뿐만 아니라 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도차익도 양도소득세의 부과대상이 되는 점， 그런데 조세특례제한법 제99조의3 제1항 전문은 신축주택을 취득하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대한 과세특례에 대해 규정하고 있으므로， 문언 해석상으로도 '구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일까지의 양도소득'은 위 조항이 적용되는 감면대상이라고 해석하기 어려운 점， 만약 조세특례제한법 제99조의3 제1항 전문을 '신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생한 모든 소득'에 대한 양도소득세를 면제하는 것으로 해석한다면， "신축주택의 취득일부터 5년이 경과한 후 양도하는 경우 당해 신축 주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액만이 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감된다 고 규정한 같은 항 후문과 균형이 맞지 않고， 신축주택 취득일부터 5년이 경과하면 이마 면제되었던 '구주택 취득일부터 신축주택 취득일까지의 양도소득세'가 되살아나는 불합리한 결과가 초래되는 점，② 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법 문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는 점， 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는데(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결 참조)， 조세특례제한법 제99조의3 제1항 전문은 특혜규정에 해당하므로， 이를 '당해 신축주택의 취득일부터 양도일까지 발생한 양도소득'에 대하여만 양도소득세를 면제하는 것으로 엄격하게 해석하는 것이 타당한 점 등을 고려할 때， 재건축조합 의 조합원이 구주택이나 그 부수토지를 재건축조합에 제공하여 재건축을 통하여 취득한 신축주택을 5년 이내에 양도할 경우 조세특례제한법 제99조의3 제1항 전문에 의하여 면제되는 양도소득세액은 신축주택의 취득일부터 양도일까지의 양도소득에 한정되고， 신축주택의 취득일 이전의 양도소득은 면제대상이 되지 않는다고 봄이 타당하다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제40조 제1항의 계산식(이하 '이 사건 계산식'이라 한 다) 준용에 관하여

(가) 조세특례제한법 제99조의3 제l항 제1호， 동 시행령 제99조의3 제3항 제1호는 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 그 이후에 양도하는 경우를 구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고， 후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점， 양자에 대하여 동일한 방법으로 양도소득세를 감면하여야만 특례조항의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점， 그리고 조세법규에 대한 엄격해석의 원칙 등을 종합하여 보면， 특례조항에서 규정한 신축주택을 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 하고， 취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와 마찬가지로 양도소득금액에 대한 세액을 감면하는 방법으로 산정할 것은 아니다(대법원 2012. 6. 28. 선고 2010두3725 판결 참조).

(나) 돌이켜 이 사건을 보건대，① 법령상 근거에 관하여: 조세특례제한법 제99조의3 제4항은 "신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다"고 규정하고， 이에 따라 동 시행령 제99조의3 제2항은 "당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다"고 규정하고 있는 점， 위 조항들의 규정 형식， 체제 및 문언에 비추어， 위 조항들은 조세특례제한법 제99조의3 제1항 후문， 즉 '신축주택의 취득일부터 5년이 경과한 후 양도하는 경우의 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감되는 양도소득금액'의 계산을 규정하고 있는 것으로 봄이 타당하므로， '신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우의 감면세액'을 계산함에 있어서는 이 사건 계산식을 준용할 법령상 근거가 없는 점，② 적용의 적합성 여부: 이 사건 계산식은 원래 취득 전의 양도소득세가 문제되지 않는 구조조정대상 부동산에 대한 양도소득세 감면을 위한 규정으로， 주택재건축을 통하여 취득한 신축주택 취득일 이전의 양도소득을 전혀 염두에 두지 않고 만들어진 것인 점， 따라서 별도의 규정이 없는 이상 선축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에 적용하기에 적합하지 않은 점，③ 자의적 변경: 만약 신축주택 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에 이 사건 계산식을 적용한다면， 분모와 분자에서 동일하게 '취득당시의 기준시가'를 차감하도록 되어 있음에도， 분모에서는 '구주택 취득 당시의 기준시가'， 분자에서는 '신축주택 취득 당시의 기준시가'를 각 대입하여 계산하게 되는데， 이는 법령상 근거 없이 계산식을 자의적으로 변경하는 것인 점，④ 감면되는 양도소득금액의 과소산정 등: 신축주택을 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에 이 사건 계산식을 적용할 경우， 이 사건 구주택과 이 사건 신축주택을 동일한 것으로 취급하여 각 기준시가를 단순 비교하게 되는 점， 분모의 취득당시 기준시가에 이 사건 구주택 취득 당시의 기준시가를 대입할 경우， 이 사건 신축주택 취득시 납부한 조합원 분담금을 분모에서 공제할 수 없게 되어 결과적으로 감면되는 양도소득금액이 과소산정되는 점 등을 고려할 때， 원고가 이 사건 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도하여 조세특례제한법 제99조의3 제1항 전문이 적용되는 이 사건에서， 법령상 근거 없이 이 사건 계산식을 적용하여 감면되는 양도소득금액을 계산한 이 사건 처분은 위법하다.

(3) 취소되는 세액의 범위

(가) 과세처분취소소송에 있어서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐 의 여부에 따라 판단되는 것으로서， 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고， 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나， 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 참조).

(나) 돌이켜 이 사건을 보건대， 조세특례제한법 제99조의3 제4항에서 "신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다"고 위임하고 있으나 동 시행령에 계산방법이 규정되어 있지 않아 감면되는 양도소득금액을 산정할 수 없어 원고의 정당한 양도소득세액을 계산할 수 없으므로， 결국 이 사건 처분 전부를 취소할 수밖에 없다(피고는 필요한 사항을 대통령령으로 정하여 양도소득세액을 계산하여야 한다).

3. 결론

그렇다면 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여， 주문과 같이 판결한 다.

심급 사건

참조조문

참조판례