다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1호증의 1,2,3, 갑제2,7호증, 갑제3,5,8호증의 각 1,2, 을제1,2,호증의 각 1,2,3,4, 을제3호증의 각 기재와 변론의 전취지를 종합하면 이를 인정할 수 있고 달리 반증 없다.

가. 원고 회사는 1991. 5. 8. 학교법인 ㅇㅇ학원으로부터 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대 5,907평방미터를 원고 회사의 대표이사인 소외 신ㅇ준 및 소외 장ㅇ희와 공동으로(원고 지분: 5907분의 5203, 신ㅇ준 지분: 5907분의 685, 장ㅇ희 지분: 5907분의 19) 매입하였다가 1992. 2. 26. 위 각 토지를 분할하여 분할된 토지중 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 대1,743평방미터를 위 신ㅇ준의 단독 소유로 각 등기함으로써 분할전 토지에 대한 위 신ㅇ준의 지분 비율에 따른 토지 면적인 685평방미터보다 합계 1,058평방미터가 늘어난 토지가 위 신ㅇ준에게 귀속・양도되었다.{원고는 같은 구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지의 10 대155평방미터에 대하여도 위 신ㅇ준과 공동으로(원고 지분 155분의62, 신ㅇ준 지분 155분의 93) 매수・분할하여 분할된 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지의 65 대 89평방미터에 관하여 위 신ㅇ준의 단독 소유로 각 등기함으로써 당초의 위 신ㅇ준의 지분비율에 따른 93평방미터보다 4평방미터 줄었다 하여 원고가 위 신ㅇ준에게 귀속된 토지중 늘어난 토지의 면적이 1,054평방미터라고 주장하나 위 4평방미터 감소 부분은 위 신ㅇ준이 이 사건 토지와는 별개의 토지인 위 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지의 10 토지지분을 원고에게 양도한 것으로서 원고도 세무신고시 이를 누락하였으며 피고도 이 사건 부과처분을 함에 있어 이를 고려하지 않았으므로 이 사건에서는 논외로 하기로 한다.}

"그후 원고 회사는 1993. 3. 1. 1992년도 법인세 과세표준신고시 위 신ㅇ준에게 분할양도한 토지중 위 신ㅇ준의 당초 소유 지분 비율을 넘는 1,058평방미터(이하이 사건 토지'라 한다.)를 위 신ㅇ준에게 평방미터당 665,089원에 양도하였는데 여기에서 취득단가인 평방미터당 금571,000원으로 산정한 이 사건 토지의 취득가액을 공제하면 양도 차익이 없는 것으로 신고를 하였다.", "나. 이에 피고는 1995. 11. 1. 원고 회사가 이 사건 토지를 원고 회사와 특수관계(출자자로서 대표이사)에 있는 위 신ㅇ준에게 시가에 미달하게 양도하여 원고 회사의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 보아 법인세법(1993. 6. 11. 법제4561호로 개정되기 전의 것, 이하법'이라 한다.) 제20조, 법인세법시행령(1992. 12. 31. 대통령령 제13803호로 개정되기 전의 것, 이하시행령'이라 한다.) 제46조제1호, 제2항제4호에 의하여, 원고가 신고한 이 사건 토지의 양도로 인한 소득금액 계산을 부인하고, 이 사건 토지에 대한 양도 당시의 시가가 불분명하다 하여 법인세법시행규칙(1992. 2. 29. 재무부령 제1871호로 개정되기 전의 것, 이하시행규칙'이라 한다.) 제16조의2 규정에 의하여 지가공시및토지등의평가에관한법률 제10조에 따른 개별공시지가(평방미터당 1,110,000원)를 기초로 양도가액을 산정하고, 취득가액은 원고 회사가 신고한 실거래가액인 평방미터당 금571,000원을 기초로 산정하여 산출한 양도차익을 원고 회사의 1992 사업년도의 익금으로 산입하였으나, 원고 회사의 1992년 이전의 이월결손금 및 1992년, 1993년도의 사업이익이 발생하지 않게 되자 법인세를 부과하지 아니하였다가 사업이익이 발생한 1994년도에 이르러 1994년도 귀속분 법인세로 금176,579,410원, 당해 년도 법인세 금500,000,000원을 초과하는 과세표준 금액에 대하여 농어촌특별세법에 의한 농어촌특별세 금2,295,810원을 부과하는 한편, 법 제59조의 2 제3항, 영제124조의 2 제7항에 의하여 위와 마찬가지의 방법으로 양도가액은 위 개별공시시가에 의하여 산출하고, 취득가액은 원고 회사가 신고한 실거래가액인 평방미터당 금571,000원을 기초로 산정하여 산출한 양도차익을 특별부가세의 과세표준으로 하여 1992년도 귀속분 특별부가세 및 가산세를 금220,569,540원으로 산정하여 위 법인세에 합산하여 도합 금397,148,950원의 부과처분을 하였다.",다. 이에 원고 회사는 피고의 위 법인세 부과처분에 대하여 전부 불복하여 감사원에 심사청구를 하여 감사원으로부터 위 각 과세처분에 대하여 양도 당시의 개별공시지가를 평방미터당 금1,100,000원이 아닌 금950,000원으로 하여 과세표준과 세액을 경정하여야 한다는 심사 결정을 받았고, 이에 피고는 1996. 9. 16. 위 법인세 각 부과처분을 경정하여 이 사건 토지의 양도가액을 평방미터당 금950,000원으로 산정하여 1992년도 귀속분 특별부가세로 금120,805,350원, 1994년 귀속분 법인세로 금157,554,030원, 농어촌특별세로 금1,204,130원을 부과하는 처분을 하였다.(이하에서는 위 부과처분을 이 사건 부과처분이라 한다)

2. 이 사건 각 부과 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 부당행위・계산 부인의 점에 대하여

법인세법 제20조가 규정하는 부당행위・계산 부인제도의 취지는 법인과 특수관계에 있는 자 사이에 경제적인 합리성이 없는, 즉 거래관계를 빙자한 조세회피 행위를 방지하기 위한 것이라 할 것인데, 이 사건 토지는 양도 당시 진입로가 없고, 토지 형태도 불완전하여 위 취득원가로도 시세가 형성되지 않았을 뿐만 아니라 원고가 신고한 이 사건 토지의 양도가액은 위 토지를 취득한 후 불과 10개월 후의 가액으로서 실제 취득가액인 평방미터당 금571,000원에 취득세와 10개월간의 자본적 지출액을 가산한 금액으로서 이 사건 토지의 정당한 시가이므로, 원고 회사에서 이 사건 토지를 위 신ㅇ준에게 위와 같은 가격에 양도한 것을 시가에 미달하게 양도하여 원고 회사의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 경우라 할 수 없다.

설사, 위 양도가액이 시가에 약간 미달한다 하더라도 이 사건 토지에 대한 시가는 불분명한 경우가 아님에도 피고는 위 토지에 대한 시가가 불분명하다 하여 같은 법 시행규칙 제16조의2, 지가공시및토지등의평가에관한법률 제10조를 적용하여 실제의 시가보다 훨씬 다액인 개별공시지가인 평방미터당 950,000원을 기초로 양도가액을 산정한 것은 위법이다.

(2) 특별부가세에 대하여

특별부가세 과세표준 산정의 근거 규정인 법인세법 제59조의2 제3항은 단지 실지거래가액 또는 기준시가로 과세하도록 규정하고 있을 뿐 같은 법 제20조의 부당행위계산부인 규정과는 아무런 상관이 없고, 법인세법시행령 제124조의 2 제7항은 법인세법 제20조와 동 조항의 위임에 의한 같은 법 시행령 제46조제1항에 근거하고 있는 것일뿐이므로 법인세법 제59조의2제3항에 의한 특별부가세를 산정함에 있어서는 실지거래가액이 있으면 그 가액에 의하고, 설사 그 가액이 시가보다 저렴하여 법인세법 제20조 소정의 부당행위계산 부인을 하여야 할 경우라도 실지거래가액을 두고 시가 내지 개별공시지가로 과세표준을 산정할 수 없음에도 피고가 이 사건 토지의 양도로 인한 특별부가세를 산정을 함에 있어 위 시행령 제124조의2 제7항을 적용하여 이 사건 토지의 양도가액을 개별공시지가를 기준으로 하여 과세표준을 산정한 것은 위법하다.

나. 관계 법령 등

법 제20조는 정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고, 시행령 제46조제1항은 법 제20조에서 특수관계 있는 자 라 함은 다음 각 호의 관계에 있는 자를 말한다고 규정한 후, 그 제1호로 출자자(시행령 제31조의2에 규정하는 소액주주를 제외한다. 이하 같다)와 그 친족을 규정하였으며, 시행령 제46조제2항은 법 제20조에서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다고 규정하고 그 제4호로 출자자등으로부터 자산을 시가를 초과하여 매입하거나 출자자등에게 자산을 시가에 미달하게 양도한 때를 규정하였다.

한편 법 제59조의 2 제1항은 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 토지등 이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다고 규정하고, 제3항은 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호에 게기하는 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가를 각각 양도가액과 취득가액으로 한다고 규정하였으며, 위 시행령 제124조의2제2항은 법제59조의2제3항에서 취득가액 이라 함은 제48조제2항의 규정을 준용하여 계산한 취득가액(부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다), 건설자금에 충당한 금액의 이자와 자본적 지출액을 합계한 금액을 말한다고 규정하고 있고, 위 시행령 제124조의2제7항은 제46조제1항에 규정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 토지등을 시가를 초과하여 취득하거나 시가에 미달하게 양도함으로써 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 때에는 그 취득가액 또는 양도가액을 시가에 의하여 계산한다고 규정하였으며, 시행규칙 제16조의2는 시행령 제40조제1항, 제41조제1항, 제46조 및 제116조제2항, 제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 감정평가법인이 감정한 가액에 의하고, 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세법시행령 제5조제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식은 상속세법시행령 제5조제5항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다고 규정하였는바, 상속세법시행령 제5조제2항제1호는 토지의 평가에 대하여 시장, 군수, 구청장이 지가공시및토지등의평가에관한법률에 의한 개별공시지가에 의한다고 규정하고, 다만 개별공시지가가 없는 토지에 있어서는 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 총리령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액으로 한다고 규정하였다.

다. 판단

(1)을 제1호증의 1 내지 4, 을 제2호증의 1 내지 4의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 소외 신ㅇ준은 원고 회사의 대주주로서 대표이사인 사실, 이 사건 토지는 원고가 소유할 경우 맹지로서 건축이 어려운 토지라 할지라도 소외 신ㅇ준이 취득할 경우 건축 가능한 토지가 되고, 실제로도 위 신ㅇ준은 이 사건 토지를 취득한 후 공동주택을 건설하여 분양까지 마친 사실, 이 사건 토지의 인근 토지는 1991년도 이후 평당 금5,000,000원 내지 금6,000,000원 정도(평방미터당 약 금1,515,150원 내지 금1,818,180원)로 호가되었으나 그 당시 부동산 경기침체로 토지거래가 거의 없어 시가가 불분명하였던 사실, 이 사건 토지의 평방미터당 공시지가는 1990년에 금690,000원(그러나 1993. 11. 15. 금830,000원으로 상향 조정되었다) 1991년에는 금1,100,000원이었으나 원고가 이의 신청을 하면서 금800,000원으로 조정해 줄 것을 요구하여 1991. 6. 25. 결국 금950,000원으로 조정됨으로써 원고도 이러한 사정을 알고 있었거나 알 수 있었을 것임에도 위 신ㅇ준에게 위 공시지가에 훨씬 미치지 못하는 평방미터당 금667,613원에 이 사건 토지를 양도한 사실을 각 인정할 수 있고, 위 인정에 반하는 갑제6호증의 1,2 갑 제7호증 갑제8호증의 1,2의 각 기재는 믿기 어렵고 달리 반증이 없는 바, 위 인정 사실에 의하면, 원고가 이 사건 토지를 위 신ㅇ준에게 평방미터당 667,613원에 양도하였다고 신고한 것은 법 제20조, 시행령 제46조제1항, 제2항 소정의 특수한 관계 있는 자에게 자산을 시가에 미달하게 양도하여 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되고, 또한 이 사건 토지의 양도 당시의 시가가 불분명한 경우에 해당될 뿐만 아니라 이 사건 토지의 양도가액도 불분명한 경우에 해당한다 할 것이다.

(2) 특별부가세에 대하여

(가) 법 제59조의2 제3항의 해석상 특별부가세의 과세표준인 양도차익의 산정은 양도가액과 취득가액을 모두 실지거래가액에 의함이 원칙이고, 양도가액과 취득가액이 모두 분명하지 아니한 경우는 물론, 어느 한쪽의 가액이 분명하지 아니한 경우에도 양도가액과 취득가액을 모두 대통령령이 정하는 기준시가에 의하여야 하는 것이고, 실지거래가액이 분명한 쪽의 가액은 실지거래가액에 의하고 실지거래가액이 분명하지 아니한 쪽의 가액은 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 것으로 볼 것은 아니므로, 시행령 제124조의2 제9항이 법 제59조의2 제3항을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중의 어느 하나가 불분명한 경우에 그 불분명한 가액은 다음의 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다 고 규정하고 있는 것은 같은 법 제59조의2제3항의 해석상 허용되지 않는 양도차익 산정방법을 규정한 것이어서 모법의 규정에 부합하지 않는 것일 뿐만 아니라 그와 같은 양도차익 산정방법을 규정할 수 있도록 위임한 근거도 찾아볼 수 없으므로, 이 규정은 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다는 조세법률주의 원칙에 위반되어 효력이 없는 것이라고 보아야 할 것이다.(대법원 1995. 6. 13. 선고 93누23992 전원합의체 판결 참조)

(나) 따라서 이 사건 토지의 양도 당시의 시가나 그 실지거래가액이 불분명하므로 이 사건 토지의 양도차익에 대한 특별부가세의 과세표준은 양도가액이나 취득가액 공히 개별공시지가를 기초로 하여 산정하여야 할 것임에도 불구하고, 피고가 무효인 위 법 제124조의2제9항을 적용하여 양도가액만 개별공시지가를 기초로 하고, 취득가액은 취득 당시의 개별공시지가보다 소액인 원고가 신고한 실거래 가격을 기초로 하여 과세표준을 산정하여 특별부가세를 부과한 것은 위법하다 할 것이므로, 이 사건 토지의 취득 당시의 개별공시지가인 평방미터당 금830,000원, 양도당시의 개별공시지가인 평방미터당 금950,000원을 기초로 이 사건 토지의 양도로 인한 양도차익을 계산하면 별지 특별부가세 과세표준 계산표 기재와 같이 그 양도차익은 -4,630,841원으로서 특별부가세를 부과할 수 없다 할 것이므로 이 사건 과세처분 중 특별부가세의 과세 부분은 위법하다 할 것이다.

(3) 1994 귀속분 법인세 및 농어촌 특별세에 대하여

원고가 이 사건 토지를 위 신ㅇ준에게 평방미터당 금667,613원에 양도하였다고 피고에게 신고한 것은 법 제20조, 시행령 제46조제1항, 제2항 소정의 특수한 관계 있는 자에게 자산을 시가에 미달하게 양도하여 원고의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 부당행위・계산에 해당되므로 부인되어야 한다는 점은 앞서 본 바와 같다. 뿐만 아니라 법인이 그 소유 부동산을 양도하는 경우에는, 토지의 장부가액과 양도가액의 차액에 대하여 법인세법 제2장 소정의 협의의 법인세를 부과하는 일방, 토지의 양도가액에서 취득가액과 대통령령이 정하는 율과 보유기간을 곱하여 계산한 금액을 공제한 양도차익에 대하여 법인세법 제4장의 2 소정의 특별부가세를 부과하는 것이므로 협의의 법인세와 특별부가세의 양쪽에 영향을 미치는 것이지만 협의의 법인세의 과세표준은 특별부가세와는 다른 별도의 규정인 법인세법 제2장의 규정에 의하여 각 사업년도의 익금의 총액에서 손금의 총액을 공제하여 산정되는 것인 바, 이 사건에서도 피고는 원고의 위 신ㅇ준에 대한 위 토지양도에 있어서 협의의 법인세의 과세표준을 산정함에 있어, 앞서 본 바와 같이 이를 부당행위・계산으로 보아 익금(양도가액)은 개별공시지가로, 손금(취득가액)은 장부가액으로 하여 그 차액(금310,453,843원)을 익금산입 하였는바, 이 사건 토지의 양도로 인한 피고의 위 특별부가세 부과처분이 위법하다하여 취소를 하는 이유가 그 과세표준을 산정함에 있어 양도가액과 취득가액을 다같이 개별공시지가에 의하지 아니하고 양도가액은 개별공시지가에 의하고 취득가액은 실지거래가액에 의하였다는 점에 있는 이상, 이 사건 1992년도 귀속 특별부가세의 취소는 1994 사업년도에서 발생한 사업이익(법인소득)을 대상으로 하는 1994년도 귀속 협의의 법인세와 이를 과세표준으로 하는 농어촌 특별세의 각 부과처분에 대하여는 아무런 영향을 미칠 수 없으므로, 이 부분 각 부과처분의 취소를 구하는 원고의 위 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구 중 1992년도 귀속분 특별부가세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 있어 인용하고, 1994년도 귀속분 법인세 및 농어촌특별세의 각 부과처분의 각 취소를 구하는 부분은 이유 없으므로 모두 기각하고, 소송비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제8조제2항, 민사소송법 제89조, 제92조를 적용하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례