2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다(2013. 1. 15.은 2013. 1. 11.의 오기이다).

가. (1) 원고는 1964. 1. 24. 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인으로, 중등교육과 고등교육을 고유목적사업으로 하고 있다.

(2) 원고는 고유목적사업을 위해 1966. 12. 26. □□중ㆍ고등학교(1970. 3.경 ○○중ㆍ고등학교로 교명 변경)를 인수하고, 2009. 9. ○○대학원대학교를 설립하였다. 또한 원고는 고유목적사업을 지원하기 위해 부동산 임대사업을 수익사업으로 영위하고 있고, 사업연도는 매년 3. 1.부터 다음 해 2. 말경까지이다.

나. (1) 원고는 주무관청의 허가를 받아 2008. 2. 29. 부동산 임대사업으로 사용하던 '서울 XX구 XX동 000-0 대 1,134.7㎡, 같은 동 150-4 대 145.5㎡, 같은 구 XX동 0-0 대 92.4㎡, 같은 동 0-000 대 234.9㎡ 및 위 각 대지상 철근콘크리트조 평스라브지붕 5층 건물'(이하 '이 사건 부동산'이라 한다)을 ○○대학원대학교 운영시설의 목적으로 고유목적사업에 전입하였다.

(2) 원고는 이 사건 부동산을 고유목적사업에 전입할 때 이 사건 부동산의 시가를 00,000,000,000원으로 평가하여 아래와 같이 회계처리하였다.

원고는 2007 사업연도 법인세 세무조정시 시가와 장부가액 0,000,000,000원의 차이인 00,000,000,000원을 법인세법상 '자산의 임의평가차익'으로 보아 익금불산입 하였다.

다. 피고는 2013. 1. 11. 원고에게 기획재정부의 질의회신(기획재정부 법인세과-364,2012. 5. 16., 이하 같다)과 법인세법 시행규칙(2008. 3. 31. 기획재정부령 제10호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제76조 제4항 후문을 근거로 이 사건 부동산의 평가이익을 '고정자산처분이익'으로 보아 2007 사업연도 법인세 0,000,000,000원(가산세 포함)을 부과ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 이에 대하여 원고는 2013. 3. 20. 심판청구를 하였는데, 2014. 5. 27. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증(가지번호 포함), 을 제1 내지 7호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

법인세법 시행규칙 제76조 제4항을 근거로 평가이익을 '고정자산처분이익'으로 의제하거나 규정의 취지상 '비영리법인의 고정자산처분이익'에 대한 과세요건으로 볼 수 없는 점, 이 사건 부동산은 제3자에게 처분된 것이 아니라 구분경리에 따라 비영리사업회계에 전입한 것에 불과하므로, 이 사건 부동산의 평가이익은 미실현이익에 해당하는 점, 이 사건 부동산의 평가이익을 익금불산입함으로써 부당하게 조세를 회피한 사실이 없는 점 등을 고려할 때, 이 사건 처분은 법령상 근거가 없으므로 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 비영리법인의 회계처리

(가) 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)은 법인을 영리법인과 비영리법인으로 구분하여 영리법인에 대하여는 소득 발생 원천을 가리지 아니하고 모든 소득에 대하여 법인세 납세의무를 지우지만 비영리법인에 대하여는 법인세법 제3조 제2항 각호에서 정한 특정한 발생원천에서 생긴 소득에 한하여 납세의무를 지우고 있다. 수익사업에는 '임대업(제1호)', '고정자산 처분으로 인하여 생기는 수입(제5호)'이 포함되어 있다. 법인세법 제113조는 비영리법인이 영위하는 수익사업에서 생긴 소득에 대한 과세를 위하여 비영리법인으로 하여금 자산・부채 및 손익을 수익사업에 속하는 것과 비수익사업에 속하는 것으로 구분경리하도록 요구하고 있다. 수익사업구분경리 원칙에 의하면 수익사업과 비수익사업 간 거래는 비영리법인 내부거래이기는 하나 제3자 간 거래와 같이 인식하여야 한다. 이와 관련하여 '비영리사업→수익사업 자산 이전'에는 '전입'만 있더라도 거래를 인식하여 '자본원입'(원시출자)으로 경리하나(법인세법 시행규칙 제76조 제3항), '수익사업→비영리사업 자산 이전'에는 단순한 '전입'에서 나아가 실제 '지출'이 있는 경우에 한하여 거래를 인식하여 '고유목적사업(준비금) 지출, 소득금액(잉여금 포함) 지출, 자본원입액 반환' 중 하나로 경리하여야 한다(법인세법 제29조 제2항, 제1항, 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 전문). 이와 같이 자산 이전 방향에 따라 거래 인식 시점에 차이를 둔 것은 법인세 과세대상이 되는 수익사업에 속하는 자산이 비과세 대상인 비영리사업에 이전되는 것을 최대한 보수적으로 파악하여 국가 조세권 행사를 관철하기 위한 것이다. 그런데 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 후문은 사립학교법에 의한 학교법인을 비롯한 각종 교육관련 비영리법인에 대하여는 "수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다."고 규정하여 일반 비영리법인에 비하여 거래인식 시점을 앞당기고 있다. 이는 교육의 공공성, 특수성을 고려하여 교육사업에 대한 재원 공급을 촉진할 필요가 있고, 학교법인의 학교회계(비영리사업회계)에 대하여는 사립학교법에 따라 고유목적사업 외 용도로 부당 지출되는 것을 차단할 수 있는 각종 안전장치가 확보되어 있기 때문이다[기본재산 처분 시 관할청 허가(제28조 제1항), 학교교육에 직접 사용되는 일정 재산 매도, 담보제공 금지(제28조 제2항), 교비회계 수입 타 회계에 전출・대여 금지(제29조 제6항), 매 회계연도 개시 전, 종료 후 관할청에 예・결산 보고・공시(제31조 제1항), 법령 등 위반 예산에 대한 관할청 시정 지도(제31조 제2항), 결산서 제출 시 감사 전원이 서명・날인한 감사증명서 첨부, 독립된 공인회계사 등이 작성한 감사증명서 첨부(제31조 제4항) 등].

(나) 비영리법인이 수익사업을 영위하여 영리법인과 경쟁관계에 서게 되는 이상 양자 간 세 부담에 차이를 두게 되면 불공정한 결과가 초래될 수 있으므로 비영리법인이라 하더라도 수익사업소득금액에 대한 과세는 불가피하다. 한편 법인세법 제19조 제2항은 법인세법에서 인정되는 손비 범위에 관하여 '법인 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것'이라고 규정하고 있다. 수익사업회계에서 비영리사업에 이전되는 자산은 수익사업과 관련하여 발생하거나 지출된 것이 아니고 수익과 직접 관련된 것도 아니므로 손금으로 인정받을 수 없고, 비영리법인은 법인세 부과 후 소득에 한하여 비영리사업에 지출할 수 있는 것이 원칙이다(이를 초과하면 자본원입액 반환에 해당). 그러나 비영리법인이 수익사업을 영위하는 것은 수익사업에서 소득을 얻어 비영리사업에 사용하기 위한 것인데 과세소득에 한하여 비영리사업에 사용될 수 있도록 한다면 교육, 사회복지, 의료 등 각종 고유목적사업을 지원할 책임이 있는 국가가 공익사업에 사용될 재원 중 일부를 법인세 형태로 취하여 오히려 고유목적사업 수행을 방해하는 결과를 초래하게 된다. 법인세법 제29조 제1항은 이러한 상황을 방지하기 위하여 비영리법인이 고유목적사업에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 법정 한도액 범위 안에서 손금에 산입할 수 있도록 하는 특례를 마련하였다. 같은 이유에서 비영리법인이 고유목적사업준비금을 계상하지 아니한 채 수익사업에서 생긴 소득을 곧바로 고유목적사업에 직접 지출한 경우에도 법인세 부담을 면해줄 필요가 있고 (단순한 준비금 적립이 아니라 실제 지출이므로 필요성은 더 크다), 이에 따라 법인세법 제29조 제2항은 직접 지출액은 당해 사업연도에 계상할 고유목적사업준비금에서 지출한 것으로 보아 손금에 산입할 수 있도록 하였다.

(다) 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 전문은 "그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(상여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다."고 규정하고 있고, 법인세 기본통칙 113-156…3은 상계순서를 정하고 있으므로, 수익사업에 사용하던 자산을 비수익사업에 지출하는 경우 다음과 같이 회계처리하여야 한다.

<비수익사업>

차변

대변

자산 ×××

고유목적사업준비금수입 ×××

기부금 수입 ×××

수익사업출자금 ×××

<수익사업>

차변

대변

고유목적사업준비금 ※ ×××

이익잉여금 ×××

출자금 ×××

자산 ×××

※ 상계순서

수익사업용 자산을 비수익사업으로 지출하는 경우에는 다음의 순서에 따라 상계처리하여야 한다(법인세법 기본통칙 113-156…3).

① 손금산입된 고유목적사업준비금(직전 사업연도 종료일 현재 고유목적사업준비금의 잔액을 초과하여 당해 사업연도에 고유목적사업 등에 지출한 금액을 포함한다)

② 손금부인된 고유목적사업준비금

③ 법인세 과세 후의 수익사업소득금액(잉여금을 포함한다)

④ 자본의 원입액

이러한 상계처리 순서를 두는 이유는, ① 조세상 혜택(고유목적사업준비금의 손금산입)에 대한 의무를 조속히 이행하도록 유도하고, 이러한 의무이행 상황을 회계처리로 나타내 주기 위함이다. 만약 이와 같은 순서에 의하지 않고 회사가 임의로 이익잉여금을 먼저 차기하는 경우 회계처리만으로 이것이 고유목적사업에 자산을 지출한 것인지 여부가 분명히 나타나지 않기 때문이다. ② 당기에 고유목적사업준비금을 설정하지 아니하였거나 전기 말 고유목적사업준비금 잔액을 초과하여 지출이 이루어진 경우 비수익사업부문에 전입되는 가액은 우선적으로 기부금수입으로 처리될 것이다.

따라서 이 경우에는 수익사업부분의 비용증가와 비수익사업부문의 수입증가로 이익잉여금 상계효과를 가져오게 될 것이므로, 고유목적사업준비금의 설정이 없거나 초과한경우 자본의 감소가 발생하기 전에 이익잉여금을 먼저 감소시키는 것이 합리적인 것이다.

(2) 법인세법 시행규칙 제76조 제4항의 해석

법인세법 시행규칙 제76조 제4항은 "비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액을 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다."고 규정하고 있다.

한편, 기획재정부의 질의회신에 의하면 "학교법인이 수익사업회계에 속하는 금전 외의 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우 그 자산의 가액은 시가로 평가하는 것이며, 자산의 평가이익(장부가액과 시가와의 차액)은 전입일이 속하는 사업연도의 수익사업의 익금에 해당한다."고 되어 있다. 그러나 위 법령에 관한 해석은 아래와 같은 사정에 비추어 볼 때, 사립학교법에 의한 학교법인인 원고가 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입하면서 산정한 이 사건 부동산의 평가이익을 '고정자산처분이익'이라고 해석할 수 없다.

① 우선 문리해석으로 보면, 전문에 '…지출한 경우…자본원입액의 반환으로 한다'고, 후문에 '조세특례제한법 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이…비영리사업에 지출한 것으로 한다'고 규정하고 있는 점, 비수익사업에서 수익사업으로 자산을 이전한 경우에는 법인세법 시행규칙 제76조 제3항에 따라 '지출'뿐만 아니라 '전입'한 때에도 거래를 인식하고, 그 반대의 경우에는 법인세법 시행규칙 제76조 제4항에 따라 '지출'만을 거래로 인식하는데, 앞에서 본 바와 같은 사유로 조세특례제한법(2008. 3. 28. 법률 제8986호로 개정되기 전의 것) 제74조 제1항 제1호에서 정한 사립학교법에 의한 학교법인은 예외적으로 '전입'한 때에도 거래로 인식하는 점 등을 고려할 때, 후문은 "일반 비영리법인이 지출한 경우에 비하여 '수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 단계'에서 지출로 간주한다."는 의미로 해석되므로, "조세특례제한법 제74조 제1항 제1호의 규정을 적용받는 법인이…비영리사업회계에 전입한 경우…자본원입액의 반환으로 한다."로 해석함이 타당하다.

또한, 법인세법 제3조 제2항 제5호는 비영리법인의 열거된 과세소득으로 '고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입'이라고 규정하고 있는데 반하여, 법인세법 시행규칙 제76조 제4항 전문은 '자산을…비영리사업에 지출'이라고 규정하고 있으므로, 지출을 '고정자산의 처분'과 동일한 의미라고 해석할 수 없다.

② 법인세법 시행규칙 제76조 제3항에 의하면 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 자산가액은 시가에 의하도록 되어 있으므로, 반대로 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출하는 경우에도 시가에 의하도록 하는 것이 회계원칙상 부합한다. 따라서 "장부가액으로 회계처리하지 아니하고, 시가로 회계처리한다."는 사정만으로 '고정자산의 처분'과 동일하게 해석할 수 없다.

③ 비영리법인이 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용한 고정자산을 처분하여 발생하는 고정자산처분이익에 대하여는 법인세를 과세하지 아니한다 〔법인세법 제3조 제2항 제5호, 동 시행령(2008. 7. 24. 대통령령 제20930호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제2항〕. 또한, 법인세법 제24조 제2항 제4호 가목, 동 시행령 제37조 제1항에 의하면 사립학교법에 따른 사립학교에 시설비ㆍ교육비,ㆍ장학금 또는 연구비로 지출하는 기부금(법정기부금)을 금전 외의 자산으로 제공한 경우 해당자산은 장부가액으로 평가하여 과세를 하지 아니한다. 따라서 비영리법인이 수익사업에서 비수익사업으로 자산이전할 때 발생한 평가이익에 대하여 과세할 경우 외부에서 새로 고유목적사업으로 취득하는 자산이나 기부하는 경우와 달리 과세를 인정하게 되는 결과가 되므로, 이는 '비영리법인의 고유목적사업 고정자산에 대한 비과세'라는 법인세법령의 규정에 반한다.

또한, 법인세법 시행규칙 제76조 제3항에 의하면 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 자본원입액으로 정리하므로, 법인세법 제15조 제1항에 의하여 익금을 구성하지 아니하는데, 그 반대의 경우에는 익금으로 구성하다고 해석할 합리적 이유가 없다. 수익사업에 사용하던 자산을 비수익사업에 지출하는 경우에도 자본원입액의 반환으로 정리하여 손금으로 구성하지 않는다고 봄이 타당하다(법인세법 제19조 제1항).

④ 구분경리 및 회계처리에 의하면, 수익사업회계에서 '(차변) 고유목적사업준비금, 이익잉여금, 출자금, (대변) 자산'을 기재하고, 비수익사업회계에서 '(차변) 자산, (대변) 고유목적사업준비금수입, 기부금수입, 수익사업출자금'을 기재하고 있을 뿐 처분시 회계처리하는 '평가이익'이나 '자산처분이익'을 기재하지 않는다.

⑤ 만일, 사립학교법에 의한 학교법인 등 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호의 비영리법인에 대하여만 수익사업회계에서 비영리사업회계로 자산을 전입할 경우 시가와 장부가액의 차액을 '고정자산처분이익'으로 보아 처리할 경우 실제 처분하지 아니한 미실현이익에 대한 과세가 되는 점, 이 사건 부동산의 평가이익을 제3자에게 매각될 때 고정자산처분이익으로 과세하더라도 조세회피문제가 발생하지 아니하는 점, 법인세법 시행규칙 제76조는 구분경리를 위한 규정이고, 과세 근거 조항이 아닌 점, 미실현이익에 대한 과세는 법인세법 제42조 제1항과 같이 보험업법에 의한 자산 평가 등에 한정되어 있고, 원칙적으로 평가이익은 법인세법 제18조 제1호에 의하여 익금불산입되는 점 등을 고려할 때, 법인세법 시행규칙 제76조 제4항은 미실현이익에 관한 과세 근거 조항으로 보기 어렵다.

⑥ 질의회신은 과세근거가 될 수 없고, 그 법적 근거를 확인할 수 없다.

⑦ 피고는 "비영리사업회계에 전입할 때 법인세법 기본통칙 113-156…3에 따라 고유목적사업준비금이 상계되므로, 상계된 금액은 손금불산입되어 법인세를 부과된다."고 주장한다.

그러나 상계순서와 같이 상계되는 고유목적사업준비금은 손금산입되거나 손금부인된 경우에 한하는 점, 고유목적사업준비금은 5년간 고유목적사업에 지출하지 아니하는 경우 익금에 산입하는 점, 원고는 2007 사업연도의 계정별원장에 고유목적사업준비금 00,000,000,000원에서 이 사건 부동산의 전출 등에 의하여 00,000,000,000원을 감액하고, 0,000,000,000원을 가산하여 00,000,000,000원으로 계상한 점, 고유목적사업준비금은 일정한 범위 내의 금액은 손금산입되고(법인세법 제29조 제1항), 5년간 지출되지 아니할 때 비로소 익금에 산입되게 되므로(법인세법 제29조 제3항), 상계된 금액이 바로 손금불산입된다고 볼 수 없는 점 등을 고려할 때, 고유목적사업준비금이 상계되었다는 이유만으로 이 사건 부동산의 평가이익을 '고정자산처분이익'으로 보아 익금산입할 수 없다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.