가. 원고 주식회사 AAAA, 주식회사 BBBB의 이 사건 소 중 피고 CC세무서장의 2011. 2. 21.자 각 소득금액변동통지에 대한 취소청구 부분을 각 각하한다.

나. 피고 CC세무서장이 (1) 원고 주식회사 AAAA에 대하여 한 2011. 3. 7.자 16,157,652,000원의 소득금액변동통지 중 13,435,184,676원을 초과하는 부분 및 2011. 3. 17.자 2005 사업연도 법인세 7,468,854,350원의 부과처분 중3,490,062,550원을 초과하는 부분, (2) 원고 주식회사 BBBB에 대하여 한2011. 3. 7.자 2005 사업연도 법인세 2,032,857,880원의 부과처분 중 1,198,399,770원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

다. 원고 주식회사 AAAA, 주식회사 BBBB의 피고 CC세무서장에 대한 나머지 청구를 각 기각한다.

2. 원고 EE의 피고 DD세무서장에 대한 항소를 기각한다.

3. 원고 주식회사 AAAA, 주식회사 BBBB와 피고 CC세무서장 사이에 생긴 소송총비용은 각자 부담하고, 원고 EE과 피고 DD세무서장 사이에 생긴 항소비용은 원고 EE이 부담한다.

나. 피고 CC세무서장이 (1) 원고 주식회사 AAAA(이하 '원고 AAAA'이라 한다)에 대하여 한 2011. 3. 7.자 16,157,652,000원의 소득금액변동통지 및 2011. 2. 21.자 340,866,763원의 소득금액변동통지와 2011. 3. 17.자 2005 사업연도 법인세 7,468,854,350원의 부과처분 중 46,049,690원을 초과하는 부분, (2) 원고 주식회사 BBBB(이하 '원고 BBBB'라 한다)에 대하여 한 2011. 3. 7.자 4,690,871,000원의 소득금액변동통지 및 2011. 2. 21.자 102,728,092원의 소득금액변동통지와 2011. 3. 7.자 2005 사업연도 법인세 2,032,857,880원의 부과처분을 각 취소한다.

다. 피고 DD세무서장이 2011. 3. 11. 원고 EE에 대하여 한 2005년 종합소득세 1,645,166,742원의 부과처분 중 56,635,267원을 초과하는 부분을 취소한다.

청구취지의 정정

가. 원고 AAAA은 당초 피고 CC세무서장의 2011. 2. 17.자 2005 사업연도 법인세 136,068,990원의 부과처분 및 2011. 3. 7.자 2005 사업연도 법인세7,286,735,670원의 부과처분의 취소를 구하였으나, 당심에서 위와 같이 증액경정처분인 2011. 3. 17.자 2005 사업연도 법인세 부과처분 중 2011. 3. 17.자로 증액된 부분을 초과하는 부분의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 변경하였다(그러나 변경된 내용은 일자와 표현방식의 오류를 수정한 것에 불과하여 실질적으로 종전 청구취지와 동일한 만큼 이를 교환적 변경이 아닌 정정으로 본다. 한편 소득금액변동통지의 취소를 구하는 청구는 변경 전과 동일하다).

나. 원고 BBBB는 당초 피고 CC세무서장의 2011. 2. 17.자 2005 사업연도 법인세 40,654,880원 및 2011. 3. 7.자 2005 사업연도 법인세 1,992,203,000원의 부과처분의 취소를 구하였으나, 당심에서 위와 같이 증액경정처분인 2011. 3. 7.자 부과처분의 취소를 구하는 것으로 청구취지를 변경하였다(그러나 변경된 내용은 일자와 표현방식의 오류를 수정한 것에 불과하여 실질적으로 종전 청구취지와 동일한 만큼 이를 교환적 변경이 아닌 정정으로 본다. 한편 소득금액변동통지의 취소를 구하는 청구는 변경 전과 동일하다).

다. 원고 EE은 당초 피고 CC세무서장이 한 소득금액변동통지와 피고 DD세무서장이 한 2011. 3. 11.자 종합소득세 1,588,531,470원의 부과처분의 취소를 구하였으나, 당심에서 위와 같이 피고 DD세무서장이 한 2011. 3. 11.자 종합소득세 1,645,166,742원의 부과처분 중 당초 부과된 56,635,267원을 초과하는 부분을 취소하는 것으로 청구취지를 변경하고(역시 표현방식을 수정한 것에 불과하여 실질적으로 종전 청구취지와 동일한 만큼 이를 교환적 변경이 아닌 정정으로 본다), 피고 CC세무서장에 대한 소를 취하하였다.

가. 원고들 현황

(1) 원고 AAAA은 1994. 8. 8. 설립되어 식품제조업 등을 영위하는 법인이다.

(2) 원고 BBBB는 2002. 2. 7. 설립되어 가구제작업 등을 영위하다가 2005. 12. 1. 폐업한 법인이다.

(3) 원고 EE은 2000. 3. 7.부터 2009. 3. 4.까지, 2009. 11. 6.부터 2011. 3. 2.까지 원고 AAAA의 대표이사였고, 2006. 12. 29. 원고 BBBB의 해산 시까지 대표이사로 재직하다가 같은 날 청산인으로 취임한 사람이다.

나. 매매계약의 체결

(1) 원고들과 원고 EE의 처남인 최성곤은 2005. 6. 14. 주식회사 FFF건설(이하 'FFF건설'이라 한다)과 사이에 다음과 같은 매매계약(이하 '이 사건 매매계약'이라 한다)을 체결하였다(매매계약서는 매도인별로 각각 작성하였다).

(2) 원고 EE은 FFF건설로부터 이 사건 매매계약에 따른 매매대금으로2005. 6. 14. 계약금 3,500,000,000원, 2005. 7. 11. 중도금 7,000,000,000원, 2005. 10.26. 잔금 23,060,000,000원 합계 33,560,000,000원을 모두 지급받은 후, 같은 달 27. 이 사건 각 부동산에 관하여 FFF건설 앞으로 소유권이전등기를 모두 마쳐주었다(이하 '이 사건 각 양도'라 한다).

다. 법인세와 양도소득세 신고

(1) 원고들은 2006. 3. 31. 주식회사 태평양감정평가법인(이하 '태평양감정평가법인'이라 한다)에 가격시점을 2005. 10. 27.로 하여 ①, ②토지에 대한 감정평가를 의뢰하였고, 위 감정평가법인은 ①토지의 가액을 5,374,072,000원으로, ②토지의 가액을 1,786,595,000원으로 감정하였다.

(2) 이에 이 사건 각 토지의 양도와 관련하여 2005 사업연도 법인 소득금액 계산시 원고 AAAA은 5,406,850,000원을, 원고 BBBB는 1,808,400,000원을 각각 익금에 산입하여1) 2005 사업연도 법인세를 신고하였다.

(3) 원고 EE은 ③토지에 관하여 기준시가인 1,279,000,000원을 양도가액으로하는 2005년도 귀속 양도소득세를 신고하였다.

라. 2011. 2. 17.자 및 2011. 2. 21.자 처분

(1) 원고 EE은 2005. 10. 26. FFF건설로부터 이 사건 매매계약상 잔금 지체를 이유로 연체료 명목의 금원 525,000,000원을 수령하여 개인적 용도로 사용하였다.

(2) 이후 피고 CC세무서장은 위 연체료 중 원고 AAAA, BBBB에 지급되어야 할 금액을 법인소득금액에 익금산입하여 2011. 2. 17. 원고 AAAA에 대하여 2005년 귀속 법인세 136,068,990원, 원고 BBBB에 대하여 2005년 귀속 법인세 40,654,880원을 각 경정고지하였다.

(3) 또한 피고 CC세무서장은 위 익금산입액을 원고 AAAA, BBBB의 대표이사였던 원고 EE에 대한 인정상여로 소득처분하여 2011. 2. 21. 원고 AAAA에 대하여 340,866,763원, 같은 날 원고 BBBB 및 원고 EE에 대하여 각 102,728,092원의 각 소득금액변동통지를 하였다.

마. 2011. 3. 7.자 및 2011. 3. 11.자 처분

(1) 이어 피고들은 '원고 AAAA, BBBB의 각 대표이사였던 원고 EE이 FFF건설과 협의하여 이 사건 각 토지의 전체 매매가격을 일괄적으로 정한 후 ①, ②토지의 매매가액은 낮게, ③토지 매매가격은 높게 정한 매매계약서를 작성함으로써 원고 AAAA, BBBB의 각 법인소득금액을 부당하게 감소시켰다'고 보아, 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제9호 등에 기하여 이 사건 각 토지의 매매가액을 위 각 토지의 공시지가로 안분한 금액과 원고 AAAA, BBBB의 2005년 귀속 법인세 신고금액과의 각 차액을 법인소득금액에 각 산입하였다.

(2) 이에 따라 피고 CC세무서장은 2011. 3. 7. 원고 AAAA에 대하여2005년 귀속 법인세 7,286,735,670원(가산세 3,298,174,983원 포함), 원고 BBBB에 대하여 2005년 귀속 법인세 1,992,203,000원(가산세 834,458,117원 포함, 증액된 세액 합계 2,032,857,880원)을 각 추가로 경정고지하였다.

(3) 또한 피고 CC세무서장은 위 익금산입액을 원고 AAAA, BBBB의 대표이사였던 원고 EE에 대한 인정상여로 소득처분하여 같은 날 원고 AAAA에 대하여 16,157,652,000원, 원고 BBBB 및 원고 EE에 대하여 각 4,690,871,000원의 각 소득금액변동통지를 하였다.

(4) 피고 DD세무서장은 2011. 3. 11. 원고 EE에 대한 소득금액변동통지액합계 4,793,599,092원(= 102,728,092원 + 4,690,871,000원)에 따라 변동된 소득금액을 반영하여 원고 EE에게 2005년 귀속 종합소득세 1,588,531,470원을 경정고지하였다.

바. 2011. 3. 17.자 처분

(1) 그 후 피고 CC세무서장은 과세전 적부심사 재조사결정에 의하여 임대면적을 재계산함에 따라 2011. 3. 17. 원고 AAAA에 대하여 2005 사업연도 귀속 법인세 46,049,690원(가산세 20,491,744원 포함, 증액된 세액 합계 7,468,854,350원)을 추가로 재경정・고지하였다.

(2) 이하 아래 각 처분 중 원고 AAAA에 대한 2011. 3. 17.자 법인세 재경정처분, 원고 BBBB에 대한 2011. 3. 7.자 법인세 경정처분, 원고 EE에 대한 2011. 3. 11.자 종합소득세 부과처분을 '이 사건 각 처분'이라 한다.

사. 심판청구

(1) 원고들은 위 처분들 중 임대면적 재계산으로 인한 처분 부분4)을 제외한 나머지 처분에 불복하여 2011. 5. 16. 조세심판원에 심판청구를 하였다가 그 중 연체료 관련 부분을 취하하였다.

(2) 조세심판원은 2013. 5. 13. 청구기각결정을 하였다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 10호증, 을 제1 내지 6, 9, 10, 18, 19, 24,

25호증(각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지

2. 원고 AAAA, BBBB의 이 사건 소 중 연체료 수입에 관한 처분의 취소를 구하는 청구 부분의 적법성

가. 피고 CC세무서장의 주장

피고 CC세무서장은, 원고 AAAA, BBBB가 피고 CC세무서장의2011. 2. 17.자 각 법인세 경정처분 및 2011. 2. 21.자 각 소득금액변동통지에 관하여심판청구를 하였다가 이를 취하하였으므로, 원고 AAAA, BBBB의 이 사건소 중 위 각 처분과 관련된 부분은 부적법하다는 취지로 주장한다.

나. 판단

(1) 먼저 2011. 2. 17.자 각 법인세 경정처분에 관하여 살펴본다.

과세표준과 세액을 증액하는 증액경정처분은 당초 납세의무자가 신고하거나 과 세관청이 결정한 과세표준과 세액을 그대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가로 확정하는처분이 아니라 당초신고나 결정에서 확정된 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 당초신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 오직 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되고, 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 증액경정처분의 위법 여부는 그 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 하고 당초신고에 관한 과다신고사유나 과세관청의 증액경정사유는 증액경정처분의 위법성을 뒷받침하는 개개의 위법사유에 불과하다(대법원 2013. 4. 18. 선고 2010두11733 판결 등 참조).

을 제6호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고들이 조세심판원에 2011. 2. 17.자 각 법인세 경정처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였다가 2013. 3. 22. 취하한 사실은 인정된다. 그러나 2011. 2. 17.자 각 법인세 경정처분은 증액경정처분에 흡수되어, 증액경정처분인 2011. 3. 7.자 또는 2011. 3. 17.자 법인세 경정처분만이 쟁송의 대상이 되므로, 원고 AAAA, BBBB는 당초 처분인 2011. 2. 17. 자 각 법인세 경정처분에 대해서 전심절차를 거치지 않았더라도, 이 사건 소송에서 당초 처분의 위법사유를 주장하여 다툴 수 있다.

따라서 피고 CC세무서장의 위 주장은 이유 없다.

(2) 다음으로 2011. 2. 21.자 각 소득금액변동통지에 관하여 살펴본다.

국세기본법 제56조 제2항에 의하면 국세기본법이나 세법에 따른 위법한 처분에대한 행정소송은 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없다.

앞서 본 바와 같이 원고 AAAA, BBBB는 조세심판원에 2011. 2. 21.자 각 소득금액변동통지의 취소를 구하는 심판청구를 하였다가 2013. 3. 22. 이를 취하하였고, 2011. 3. 7.자 각 소득금액변동통지를 2011. 2. 21.자 각 소득금액변동통지의 증액경정처분으로 볼 수도 없으므로, 결국 원고 AAAA, BBBB는 2011. 2.21.자 각 소득금액변동통지에 대하여 전심절차를 거치지 아니하였다 할 것이다.

따라서 원고 AAAA, BBBB의 이 사건 소 중 피고 CC세무서장의2011. 2. 21.자 각 소득금액변동통지에 대한 취소청구 부분은 각 부적법하고, 이를 지적하는 피고 CC세무서장의 주장은 이유 있다(설령 2011. 2. 21.자 각 소득금액변동통지가 2011. 3. 7.자 각 소득금액변동통지에 흡수된다고 하더라도, 원고 AAAA, BBBB의 이 사건 소 중 2011. 2. 21.자 각 소득금액변동통지에 대한 취소청구 부분은 증액경정되기 전의 처분을 쟁송의 대상으로 삼은 것이어서 역시 부적법하다).

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고들의 주장

(가) 부당행위계산 부인 요건의 미충족

이 사건 각 양도는 다음과 같은 점에서 부당행위계산 부인의 요건을 충족하지 못하였으므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 각 처분은 위법하다.

일괄양도가 아니라는 주장

"원고들은 이 사건 매매계약 시 각 토지별로 매매계약서를 작성하였고, 이사건 각 토지의 매매가액도 개별적으로 결정하였던 점, 피고들이 일괄양도의 근거로 제시한 매매합의서와 각서는 FFF건설의 공동대표이사 KKK(2010년 1월경 사망)이원고 EE의 사무실에 있는 컴퓨터를 자유롭게 사용하면서 일방적으로 작성한 것으로, 원고들은 그 내용을 알지 못하였던 점, 또한 FFF건설의 공동대표이사 JJJ이중부지방국세청의 조사 과정에서 이 사건 각 토지를 일괄양도하였다는 취지로 진술을 하였으나, HHH은행이 건설사업을 위해 설립한 FFF건설의 실제 경영은 HHH은행의 임원이었던 KKK이 담당하였고, JJJ은 이른바바지사장'에 불과하여 이사건 매매계약 체결의 경위에 대하여 전혀 알지 못하였던 만큼 위 진술을 믿을 수 없는 점, FFF건설은 이 사건 각 토지를 매수한 후 폐기물이 발견되자 원고 EE을 제외한 원고 AAAA, BBBB만을 상대로 폐기물 처리를 요청하면서 그와 관련한 손해배상청구의 소를 제기하였던 점에 비추어 볼 때, 원고들은 이 사건 각 토지를 일괄양도한 것이 아니다.",특수관계에 있는 자와의 거래가 아니라는 주장

원고 EE은 원고 AAAA, BBBB의 대표이사인 만큼 특수관계인에 해당하지만, 원고들과 거래한 상대방은 특수관계인이 아닌 FFF건설이므로,원고들이 FFF건설에 이 사건 각 토지를 양도한 행위는 법인세법상 부당행위계산부인 적용대상이 아니다.

경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래가 아니라는 주장

원고들은 FFF건설과 이 사건 각 토지에 관하여 개별적으로 매매계약을 체결하였고, 이 사건 각 토지의 현황과 용도에 따른 실제 가치를 제대로 반영하여 매매대금을 책정하였다. 즉 ③토지는 10차로 도로에 접해 있어 다른 토지에 비해 입지조건이 뛰어난 점,「구 주택건설기준 등에 관한 규정」(2007. 7. 24. 대통령령 제20189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제2항에 의하면 주유소로부터 25m 이상 떨어진 곳에 공동주택을 배치할 수 있으므로, FFF건설이 아파트 단지를 성공적으로조성하기 위해서는 주유소 부지로 사용되고 있는 ③토지를 반드시 매수할 필요가 있는점, ③토지를 주유소 부지로 임대하여 보증금 100,000,000원, 월 8,000,000원의 임대수익을 얻고 있었으므로, ③토지는 다른 토지에 비해 경제적 가치가 현저히 우월한 점,이 사건 각 토지 전체의 매매대금을 법원감정가액에 따라 안분하는 경우 각 토지별 취득가액 대비 매매가액의 차이가 심해져 불합리한 점, 원고 EE이 FFF건설에 2006. 3. 17. 대구 00구 00동 465-1 및 같은 동 465-6 토지를, 2006. 9. 14. 같은 동 465-7 토지를 각 양도하였는데, 위 각 양도에 대해서는 개별계약에 의한 것으로 보아 부당행위계산 부인의 대상으로 보지 않은 점, HHH는 같은 동 458-1 토지를, 주식회사 GGGG(대표이사 HHH, 이하 'GGGG'라 한다)는 같은 동 457-2 토지를 2005. 10. 7. FFF건설에 각 양도하면서 GGGG 소유 토지는 공시지가의 201%, 맹지인 HHH의 소유 토지는 공시지가의 1,702%로 그 매매가액을 정하였음에도 위 양도에 대해서는 부당행위계산 부인의 대상으로 보지 않은 점 등을 종합하면, 원고들의 이 사건 각 토지의 양도는 건전한 사회통념이나 상관행상 경제적 합리성을 갖추어 부당행위계산 부인의 대상이 되지 않는다.

부당행위계산 부인의 구체적인 유형을 밝히지 못하고 있다는 주장

부당행위계산 부인 규정이 적용되기 위해서는 이 사건 각 양도가 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각호의 유형에 해당하여야 하고, 특히 그 중 제9호에 해당한다고 하기 위해서는 제1호 내지 제8호의2에서 열거하는 구체적인 유형에 준하여야함에도, 피고들은 원고들 사이에 막연히 이익의 분여가 존재한다고 주장할 뿐, 법인세법 시행령 제88조 제1항 각호 중 어떠한 유형의 거래가 이루어졌는가에 대해서 구체적으로 밝히지 못하고 있으므로, 이 사건 각 처분은 위법하다.

조세법률주의 등을 위반하였다는 주장

이 사건 각 토지의 양도가 일괄양도에 해당한다고 하더라도, 부당행위계산 부인은 객관적인 교환가치(시가)와의 차이를 조정하기 위한 제도이고, 거래 과정에서 주고받은 이익 전체를 과세하기 위한 제도가 아닌 점, 원고 EE이 초과이익을얻었다면 이는 원고 EE에 대한 이익 분여에 따른 증여세 과세로 처리되어야 할 문제인 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 각 토지의 시가는 제1심 법원의 감정가액으로 보아야 함)에도 불구하고, 피고들이 법적 근거 없이 자의적으로 이 사건 매매계약에서정한 매매가액을 모두 합산한 후 기준시가의 비율에 따라 안분하여 양도가액을 계산한행위는 조세법률주의, 법률유보의 원칙에 위배되어 부당행위계산 부인 규정을 남용한것으로 위법하다.

(나) 가산세 부과처분 관련

피고들이 원고들에 대하여 신고불성실가산세와 납부불성실가산세를 부과하면서 발송한 납세고지서에는 각 가산세가 종류별로 구분되지 아니한 채 그 합계액이 본세액과 별도로 기재되어 있을 뿐이고, 나아가 위 각 가산세의 산출근거나 과세표준, 세액 등도 전혀 기재되어 있지 않으므로, 이 사건 각 처분 중 가산세 부과처분 부분은위법하다.

(2) 피고들의 주장

(가) 특수관계에 있는 원고들이 특수관계인이 아닌 FFF건설과 거래를 하면서 법인의 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 경우에는 법인세법 제52조 및구 법인세법 시행령 제88조 제2항에 따라 부당행위계산 부인 규정의 적용을 받는다.

또한 원고들은 FFF건설과 이 사건 각 부동산에 관한 매매계약을 일괄적으로 체결하고, 이 사건 각 토지의 매매가액을 배분하면서 합리적인 기준 없이 ①, ②토지의 가액을 주변 토지의 매매사례보다 훨씬 낮게 책정함으로써 원고 EE에게 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 이익을 분여하고, 원고 AAAA, BBBB의 법인세 부담을 감소시켰는바, 이는 구 법인세법 시행령 제88조 1항 제9호의 '이익분여'로서 부당행위계산 부인의 적용대상이 된다.

(나) 구 법인세법 시행령 제89조 제2항, 소득세법 시행령 제98조 제3항, 상속세및 증여세법 시행령 제49조 제4항에 따라 전체 매매가액을 기준시가에 비례하여 안분계산하는 방법으로 부당행위계산 부인 규정을 적용한 이 사건 각 처분은 조세법률주의를 위반한 것이라고 할 수 없다.

나. 관계법령

별지 '관계법령' 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고 AAAA은 ①토지 및 그 지상의 건물을 경락받아 2000. 12. 26. 소유권이전등기를 마쳤고, 원고 BBBB는 2001. 11. 30. 정영명으로부터 ②토지 및건물을 매수하여 2002. 2. 9. 소유권이전등기를 마쳤으며, 원고 EE은 2003. 11. 11.천상용으로부터 ③토지 및 건물을 매수하여 2003. 12. 1. 소유권이전등기를 마쳤다.

(2) 이 사건 각 토지의 위치는 별지2 도면(1), (2) 표시와 같고, FFF건설은 이사건 각 토지와 주변 토지를 취득하여 별지3 도면(3) 표시와 같이 아파트 건축부지를마련하였다. 이 사건 각 토지와 주변 토지는「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」상 용도지역이 중심상업지역이다.

(3) 원고 EE 소유의 ③토지와 입지조건이 비슷한 인근 토지의 실지거래가액사례는 다음과 같다.

(4) 원고 EE이 피고 CC세무서장에게 제출한 2005년 1기분 부가가치세 신고서에는 원고 EE이 2005. 1. 1.부터 2005. 6. 30.까지 ③토지 및 그 지상 건물을보증금 30,000,000원, 월 임료 7,000,000원에 임대하여 임대료수입 합계 42,535,561원을 얻은 것으로 기재되어 있다(을 제14호증의 2). 임차인 000가 제출한 표준손익계산서에는 그가 ③토지 및 그 지상 건물을 임차하여 0000주유소를 운영하면서 얻은 2005. 1. 1.부터 2005. 12. 31.까지의 당기순이익이 38,009,638원인 것으로 기재되어 있다(을 제16호증의 2).

(5) FFF건설은 2010. 2. 3. 중부지방국세청장에게 자신이 추진한 대구 00구00동 아파트사업(이하 '이 사건 사업'이라 한다) 부지 매입과 관련하여 이 사건 각토지 및 그 인근의 토지매입 가격 등을 기재한 다음과 같은 '00동 토지비 지급현황서'를 제출하였다(을 제17호증의 2).

(6) FFF건설은 2007. 3. 29. ①, ②토지 등에 매립된 폐기물 처리비용과 관련하여 원고 AAAA, BBBB 및 심규홍, 김일현, MMM 등을 상대로 손해배상청구의 소(대구지방법원 2007가합0000호)를 제기하였으나, 위 법원으로부터 2010. 1.29. 폐기물 매립 여부, 폐기물의 양을 입증할 증거의 부족을 이유로 청구기각판결을 선고받았다. FFF건설은 이에 불복하여 항소(대구고등법원 2010나000호)하였다가항소심 법원의 강제조정결정을 받아들임으로써 2010. 2. 16. 소송이 종결되었다(이하'관련 민사소송'이라 한다).

(7) 중부지방국세청 조사공무원은 이 사건 매매계약과 관련하여 세무조사(이하 '이사건 조사'라 한다)를 하던 중 원고 EE이 운영하는 대구 00구00동 65-5 소재'000000' 사무실 컴퓨터에서 다음과 같은 내용의 매매합의서(최종 수정한 날짜: 2005. 6. 14.) 파일과 2006. 2. 16.자 각서 파일을 발견하였다.

(8) FFF건설의 공동대표이사 JJJ은 2010. 2. 18. 중부지방국세청에서 조사를 받으면서 아래와 같이 FFF건설이 이 사건 각 부동산 전체를 33,560,000,000원에 일괄매입하였고, 각 필지별 부동산 가격은 전적으로 원고 EE에 의해 결정되었다는 취지로 진술하였다.

(9) 감정평가법인 대일감정원(이하 '대일감정원'이라 한다)은 원고 EE의 의뢰를받아 2012. 4. 2.자로 ③토지에 대한 감정을 하면서(가격시점: 2005. 6. 14.), '일반적이고 통상적인 부동산 시장에서 형성되는 적정가격이 아닌 아파트 예정부지 매입에 의한특정 거래당사자간에 합리성을 가지는 특정가격(한정가격) 거래'를 전제로 ③토지 단가를10,600,000원/㎡, 시가를 10,038,200,000원으로 평가하였다(갑 제7호증).

(10) 한편 제1심 법원의 감정인 000에 대한 감정촉탁결과(이하 '법원감정'이라한다)에 의하면, 감정인은 당해 토지와 유사한 이용가치를 지닌 인근지역 내 표준지의 공시지가를 기준으로 공시기준일(2005. 1. 1.자)부터 기준시점(2005. 10. 27.)까지의 지가변동추이 및 당해 토지의 가로의 폭,구조, 상업지역중심 및 교통시설과의 편의성, 고객의 유동성과의 적합성 및 행정적조건 등 토지의 객관적 가치에 영향을 미치는 제 요인과 인근 지가수준 등을 감안하여 평가하되, 도시계획시설도로에 저촉되는 부분을 감안하여 이 사건 각 토지의 시가를 다음과 같이 평가하였다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제4 내지 9호증, 을 제7, 8, 9, 12 내지 17, 19, 20, 22호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 제1심 법원의 감정인 000에 대한감정촉탁결과, 당심 증인 JJJ의 일부 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 부당행위계산 부인 규정의 적용 여부

(가) 관련 법리

부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위, 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을말하고, 법인세법 제52조에서 부당행위계산 부인 규정을 둔 취지는 법인과 특수관계있는 자와의 거래가 같은 법 시행령 제88조 제1항 각 호에 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것인바, 같은 법 시행령 제88조 제1항이 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 것으로 인정되는 경우에 관하여 제1호 내지 제8호에서는 개별적・구체적인 행위유형을 규정하고,제9호에서는 '기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우'라고 하여 개괄적인 행위유형을 규정하고 있으므로,제9호의 의미는 제1호 내지 제8호에서 정한 거래행위 이외에 이에 준하는 행위로서 특수관계자에게 이익분여가 인정되는 경우를 의미한다 할 것이고, 경제적 합리성 유무에대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하며, 한편 부당행위계산 부인에 있어 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가있어야만 하는 것은 아니다(대법원 2006. 11. 10. 선고 2006두125 판결 등 참조).

이하에서는 이 사건 각 토지를 양도한 행위가 부당행위계산의 부인에 관한 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호의 요건을 충족하는지 여부에대하여 살펴본다.

(나) 일괄양도 되었는지 여부

(1) 법률행위의 해석은 당사자가 그 표시행위에 부여한 객관적인 의미를 명백하게 확정하는 것으로서 당사자 사이에 계약의 해석을 둘러싸고 이견이 있어 계약문서에 나타난 당사자의 의사해석이 문제되는 경우에는 문언의 내용, 그와 같은 약정이 이루어진 동기와 경위, 약정에 의하여 달성하려는 목적, 당사자의 진정한 의사 등을 종합적으로 고찰하여 논리와 경험칙에 따라 합리적으로 해석하여야 한다(대법원 2011. 12.27. 선고 2011다5134 판결 등 참조).

원고들이 2005. 6. 14. FFF건설과 사이에 ①토지를 4,300,000,000원, ②토지를 1,500,000,000원, ③토지를 26,550,000,000원에 각 양도한다는 내용의 각 매매계약서를 작성한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 한편으로 위 인정사실 및 앞서 든 증거들에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정을 종합하면, 이 사건 매매계약은 이 사건 각토지의 매매가액을 전체적으로 정하고 양도한 일괄계약으로 봄이 타당하다.

㉠ 이 사건 각 토지에 관하여 원고들과 FFF건설 사이에 각 토지별로별도의 매매계약서가 작성되었지만, 각 매매계약서에 기재된 계약체결일은 2005. 6.14.이고, 계약서상 검인날짜는 2005. 10. 26.로 모두 동일하다. 그러므로 각 매매계약서는 한꺼번에 작성된 것으로 보인다.

㉡ 원고 EE은 이 사건 매매계약 체결 당시 원고 AAAA, BBBB의 대표이사였던 만큼 이 사건 각 토지의 매매대금을 결정할 수 있는 지위에 있었고, 이 사건 각 토지의 매매대금 및 그 매매대금과 관련한 연체료를 원고 AAAA, BBBB의 법인계좌로 나누어 지급받지 아니하고 모두 직접 수령하였다.

㉢ 원고들이 이 사건 각 토지의 매매대금에 관하여 FFF건설과 사이에 각 토지의 용도와 지목, 도로와의 접근조건과 연접비율, 위치, 형상, 면적, 주변환경 등을 고려하여 개별적으로 협상 과정을 거쳤다고 볼 아무런 자료가 없다.

㉣ FFF건설은 이 사건 사업 부지로 이 사건 각 토지를 포함한 일단의 토지를 매입할 필요가 있었으므로, 이 사건 각 토지의 개별 필지별 위치나 가격보다 전체 토지의 매매대금이 계약체결의 가장 중요한 요소였을 것으로 보인다.

㉤ 중부지방국세청 조사공무원이 이 사건 조사를 하던 중 원고 EE의 사무실 컴퓨터에서 발견한 매매합의서에는 '이 사건 각 부동산의 전체 매매대금을 합계33,560,000,000원으로 정하고, 각 필지별 매매대금은 전체 매매대금 확정 후 쌍방이 협의하여 정하며, 각 필지별 매매대금 등을 비밀로 하기로 한다'고 기재되어 있고, 그때 함께 발견한 각서에는 '원고 EE 소유인 ③토지 및 00동 465-7 토지를 FFF건설에서 고가로 매입하는 조건으로 (KKK이) 600,000,000원을 영수하여 JJJ과 반씩 나누어 가지기로 하며, 차후 위 토지의 세금 및 법률적인 문제가 발생 시 적극적으로 협조하여 주기로 한다'고 기재되어 있는바, 이러한 기재내용에 비추어 볼 때, 원고들과 FFF건설은 이 사건 각 부동산을 전체로 평가하여 매매대금을 정하고, 그 범위 내에서 원고 EE 소유의 토지를 고가에 매수하기로 한 것으로 보인다.

㉥ FFF건설의 공동대표이사 JJJ은 이 사건 조사 과정에서 '자신은 이 사건 사업을 시행하기 위해 토지를 매입해야 하는 약자로서 원고 EE의 요구대로 이 사건 각 부동산의 매매가액을 결정할 수밖에 없었고, 이 사건 각 부동산은 총액33,560,000,000원으로 일괄매입한 것이며, 각 필지에 대한 부동산 가격은 전적으로 원고 EE의 요구에 의해 결정되었고, ③토지를 주변시세보다 높은 가격으로 매입해야할 특별한 가격형성 요인은 없었다'고 진술하였다(을 제9호증).

㉦ 이 사건 매매계약 시 ①토지의 매매가액은 4,300,000,000원(㎡당 675,994원), ②토지의 매매가액은 1,500,000,000원(㎡당 547,445원), ③토지의 매매가액은26,550,000,000원(㎡당 28,035,902원)으로 산정되었으나, 법원감정에 의하면 2005. 10.27. 기준으로 ①토지는 7,852,600,000원(㎡당 00동 446 토지 1,110,000원, 00동466-1 토지 2,750,000원, 00동 467-1 토지 1,700,000원), ②토지는 2,794,800,000원(㎡당 1,020,000원), ③토지는 3,068,280,000원(㎡당 3,240,000원)으로 평가되었는바, 이사건 매매계약상 ①토지의 매매가격은 지나치게 낮게, ③토지의 매매가액은 비정상적으로 높게 책정되었음을 알 수 있고, 이 사건 각 토지를 한꺼번에 일괄매각하지 않았다면 이와 같은 가격조정은 사실상 불가능하였을 것으로 보인다.

㉧ FFF건설은 원고 AAAA, BBBB만을 상대로 관련 민사소송을 제기하였으나, 이는 ①, ②토지에서 폐기물이 발견되었기 때문에 그 소유자들만을 상대로 소송을 제기하였던 것으로 보일 뿐이다.

(2) 이에 대하여 원고들은 다음과 같은 주장을 한다.

㉠ 원고들은 FFF건설의 공동대표이사 KKK이 원고 EE의 사무실을 드나들면서 임의로 컴퓨터를 사용하여 위 매매합의서 및 각서를 작성한 것이라고주장한다. 그러나 위 인정사실 및 을 제7호증의 2, 을 제8호증의 2의 각 기재에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정, 즉 위 컴퓨터에는 한증막, 축산업 등 원고 EE의 업무와 관련한 자료가 저장되어 있으므로, KKK이 위 컴퓨터를 마음대로 사용할 수 있었다고는 보이지 않는 점, 위 매매합의서의 최종 수정일이 이 사건 매매계약 체결일과일치하고, 매매대금 역시 이 사건 매매대금 합계액과 일치하는 점 등에 비추어 볼 때, 위 매매합의서와 각서는 이 사건 매매계약과 관련하여 작성된 것으로 보인다. 따라서 원고들의 위 주장은 이유 없다.

㉡ 또한 원고들은 HHH은행의 임원이었던 KKK이 FFF건설의 경영을 담당하였고, JJJ은 이른바 바지사장에 불과하여 이 사건 매매계약 체결의 경위에 대하여 전혀 알지 못한다고 주장한다. 원고들의 주장에 부합하는 듯한 증거로는 LLL의 진술서(갑 제11호증의 1)의 기재 및 당심 증인 JJJ의 일부 증언이 있으나, 위 인정사실 및 을 제6, 10호증의 각 기재에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정, 즉국세통합전산망에는 KKK이 HHH은행의 주식을 소유한 사실이 나타나지 않고, 금융감독원 전자공시시스템에도 KKK이 HHH은행의 임원으로 근무한 사실이 나타나지 않으며, 국세통합전산망상 근로소득자료에도 KKK이 1996년 이후 HHH은행에 근무한 사실이 나타나지 않는 점, JJJ이 KKK보다 더 많은 급여를 수령하였고, JJJ의 집무실이 KKK의 것보다 넓었던 점, 원고 EE은 중부지방국세청에서 'FFF건설과 가격 합의나 협상은 주로 누구와 하였는지'에 관한 질문에 'KKK, JJJ과 다른 소개인과 협상하였는데, 소개인은 기억나지 않는다'고 답하였던 점 등에 비추어 볼 때, 위 진술서의 기재 및 당심 증인 JJJ의 일부 증언은 믿기 어렵고, 달리 원고들의 주장을 뒷받침할 증거가 없다. 따라서 원고들의 위 주장도 이유 없다.

(3) 결국 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

(다) 특수관계에 있는 자와의 거래인지 여부

법인세법 제52조 제1항은 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고, 제4항은 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로정한다고 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제1호 내지 제9호는 부당행위계산의 유형을 규정하고, 제2항은 제1항의 규정은 그 행위 당시를 기준으로 하여당해 법인과 특수관계인 간의 거래(특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다고 규정하고 있다.

살피건대, ㉠ 앞서 본 바와 같이 원고 EE은 이 사건 각 양도 당시 원고AAAA, BBBB의 대표이사였으므로, 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령제87조 제1항 제3호에 의하여 원고 AAAA, BBBB의 특수관계인에 해당하는 점, ㉡ 구 법인세법 시행령 제88조 제2항에 의하면 특수관계인 외의 자를 통하여이루어진 당해 법인과 특수관계인 간의 거래에도 부당행위계산 부인 규정이 적용되는점, ㉢ 법인세법상의 부당행위계산 부인 규정이 적용되지 않기 위해서는 특수관계인의지위에 있는 원고들이 매수인인 FFF건설과 사이에서 처음부터 각자 자신 소유의토지에 대하여 각각의 매매조건을 협의하여 각자의 소유 토지에 대한 매매대금을 결정하는 형식의 개별적인 매매계약을 체결하여야 하는 점, ㉣ 그와 달리 원고들이 인접해있는 자신들 소유의 이 사건 각 토지를 함께 매도하는 기회에 원고 AAAA, BBBB 소유 토지의 대매매금을 낮게 평가하는 대신 원고 EE 소유 토지의 매매대금을 높여 주는 방식으로 매매계약을 체결하였다면, 이는 구 법인세법 시행령 제88조 제2항의 특수관계인 외의 자를 통하여 이루어진 특수관계자 간의 거래에 해당한다고 할 것인 점, ㉤ 특수관계에 있는 원고들이 각자 소유하는 부동산을 매수인에게 매도하면서 그 대금을 각자 소유하는 부동산의 시가에 따라 적정하게 안분하지 아니하고, 원고 AAAA, BBBB에 지급되어야 할 대금 중 일부를 특수관계인인 원고 EE에게 분배하여 특수관계인으로 하여금 자신이 소유하는 부동산의 시가에 상응하는 금액을 초과하여 대금을 지급받게 하는 것은, 원고 AAAA, BBBB가 위 초과금액 상당의 대금을 지급받아 특수관계인인 원고 EE에게 무상으로 주어 결국 위 각 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 감소시키는 것과 다름이 없는 점 등에 비추어 볼 때, 특수관계인인 원고들이 특수관계인 외의 자인 FFF건설에게 이 사건 각 토지를 일괄하여 매도하면서 그 대금을 각자가 소유하는 부동산의 시가에 따라 적정하게안분하지 아니하고, 원고 AAAA, BBBB에 지급되어야 할 대금 중 일부를 특수관계인인 원고 EE에게 분배하는 행위를 통하여 원고 AAAA, BBBB의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 부당행위계산 부인 규정이 적용될 수 있다 할 것이다.

따라서 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.

(라) 부당행위계산 부인 규정의 적용 기준이 되는 이 사건 각 토지의 시가

(1) 법인세법 제52조 제2항은 부당행위계산 부인 규정(같은 법 제52조 제1항)을 적용할 때에는 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격, 즉 시가를 기준으로 한다고규정하고 있다. 구 법인세법 시행령 제89조는 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의하고(제1항), 시가가 불분명한 경우에는「부동산가격공시 및감정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액에 의하며(제2항 제1호), 위 제1호의 가액이 없는 경우 「상속세 및 증여세법」 제38조 내지 제39조의2 및 동법 제61조 내지 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액(제2항 제2호)에 의한다고 규정하고 있다.

이 사건의 경우, 이 사건 각 토지와 00동 435-1 토지(이하 위 각 토지를 한꺼번에 지칭할 때는 '전체 토지'라 한다)의 매매대금은 33,120,000,000원인데, "특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래"였다면, 이 사건 각 토지의 매매대금은 전체 매매대금을 적정한 비율로 안분하는 방법으로 배분하였을 것으로 판단되므로, 그와 같이 안분한 가액을 법인세법 제52조의 적용에 관한 시가로 보는 것이 타당하다. 또한 앞서본 바와 같이 부당행위계산 부인의 대상인 저가양도의 기준으로 규정하고 있는 '시가'는 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가격을 의미하지만, 이는객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념으로서 공신력 있는 감정기관의 감정가격도 시가로 볼 수 있고, 그 가액이 소급감정에 의한 것이라 하여도 달라지지 아니하므로(대법원 2012. 6. 14. 선고 2010두28328 판결 참조), 이 사건 각 토지 전체의 매매대금을 각 토지별로 안분함에 적용할 기준은 법원감정에 의하여 밝혀진 이 사건 각 토지의 감정가액이 된다고 할 것이다(태평양감정평가법인, 대일감정원의 각 감정평가는 그 가격시점이 서로 상이할 뿐만 아니라, 전자는 인근에 유사 거래사례가 상당수 존재하였을 것임에도 기타요인 보정을 전혀 하지 않았고, 후자는 일반적이고 통상적인 부동산 시장에서 형성되는 적정가격이 아닌 아파트 예정부지 매입이라는 특정한 거래를 전제로 평가함으로써 일반적인 시가 산정의 원칙을 준수하여 이루어진 감정결과로 볼 수 없으므로, 이 사건 각 토지의 시가 산정에 반영하지 아니한다).

(2) 이에 대하여 원고들은 이 사건 각 토지의 시가는 법원감정에 의해 밝혀진각 토지의 가액이 되어야 한다고 주장한다. 그러나 법원감정가액의 합계액이 이 사건 매매계약의 전체 토지의 매매대금에 미치지 못하므로, '매매계약의 상대방과 사이에 결정된 매매대금의 부당성 여부'가 아닌 '일괄적으로 정해진 전체 매매대금 배분의 부당성 여부'가 문제되는 이 사건에 있어, 법원감정가액은 부당행위계산 부인 규정 적용의 기준이 되는 이 사건 각 토지의 시가로 보기 어려우므로, 원고들의 위 주장은 이유 없다.

(3) 이에 따라 이 사건 각 토지의 전체 매매대금을 법원감정가액으로 안분하면, ①토지의 가액은 18,842,034,676원 k33,120,000,000원 × ①토지의 감정가액 합계7,852,600,000원7) ÷ 전체 토지의 감정가액 합계 13,803,080,000원, 원 미만 버림(이하 같음)이고, ②토지의 가액은 6,706,023,293원(33,120,000,000원 × ②토지의 감정가액 2,794,800,000원 ÷ 전체 토지의 감정가액 합계 13,803,080,000원)이며, ③토지의 가액은 7,362,228,835원(33,120,000,000원 × ③토지의 감정가액 3,068,280,000원 ÷ 전체 토지의 감정가액 합계 13,803,080,000원)이 됨은 계산상 명백하다.

따라서 이 사건 각 토지에 대한 매매대금 분배가 부당행위계산에 해당하는지 여부의 기준이 되는 시가는 위 계산결과에 의한 각 토지 가액과 같다.

(마) 건전한 사회통념이나 상관행상 경제적 합리성을 갖춘 거래인지 여부

위 인정사실 및 앞서 든 증거에 의하여 알 수 있는 다음의 각 사정에 비추어 보면, 원고들이 원고 EE 소유의 ③토지는 과대평가하고, 원고 AAAA, BBBB 소유의 ①, ②토지는 과소평가하여 이 사건 각 토지의 매매대금을 분배한 행위는 건전한 사회통념이나 상관행상 경제적 합리성을 갖춘 거래라고 볼 수 없다.

㉠ 원고 EE의 개인사무실 컴퓨터에서 발견된 2006. 2. 16.자 각서에는 'FFF건설에서 원고 EE 소유 토지를 고가로 매입하는 대가로 KKK이 6억 원을영수한다'는 내용이 기재되어 있고, FFF건설의 공동대표이사 JJJ은 이 사 조사 과정에서 '이 사건 각 부동산의 개별가격은 전적으로 원고 EE의 요구에 의해 결정되었는데, 원고 EE 소유의 토지를 주변시세보다 높은 가격으로 매입해야 할 특별한 가격형성 요인은 없었다'고 진술하였다.

㉡ FFF건설은 이 사건 사업 부지로 이 사건 각 토지를 포함한 일단의 토지를 매입할 필요가 있었으므로, 이 사건 각 토지의 개별 필지별 위치나 가격보다 전체 토지의 매매대금이 계약체결의 더 중요한 요소였을 것으로 보인다.

㉢ 이 사건 매매계약서에 기재된 ①, ②토지의 대금은 이 사건 각 토지의 전체 매매대금을 법원감정가액 기준으로 안분한 금액보다 현저히 적을 뿐만 아니라, 이 사건 각 토지의 기준시가보다도 낮은 액수이다. 원고 AAAA, BBBB가 ①, ②토지의 양도와 관련하여 2005 사업연도 법인 소득금액 계산 시 익금에 산입한 금액 역시 이 사건 각 토지의 전체 매매대금을 법원감정가액 기준으로 안분한 금액보다 적다.

㉣ 원고들은 주유소로부터 25m 이내에는 아파트를 지을 수 없고, 이 때문에FFF건설이 주유소 부지인 ③토지를 고가에 매수할 수밖에 없었다고 주장하나,「구 주택건설기준 등에 관한 규정」제7조 제3항에 의하면 상업지역 안에 주택을 건설하는 경우에는 주유소로부터 25m 이내에 공동주택을 배치할 수 있고, 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 토지와 주변 토지는 중심상업지역이므로, 위 거래제한 규정이 적용되지 않는다. 따라서 원고들이 들고 있는 위와 같은 사유는 ③토지를 고가로 매수할 수밖에 없는 특별한 사정에 해당하지 아니한다.

㉤ 원고 EE은 ③토지가 폭 50m의 대로변에 접한 토지인 반면, ①, ②토지는 맹지에 가까운 토지이므로 원고들의 매매대금 책정이 정당하다고 주장하나, 법원감정은 이와 같은 입지조건을 반영하더라도(접근조건 및 환경조건, 획지조건 중 접면도로상태 항목) 2005. 10. 27. 기준으로 ①토지를 7,852,600,000원(㎡당 00동 446 토지 1,110,000원, 00동 466-1 토지 2,750,000원, 00동 467-1 토지 1,700,000원), ②토지를 2,794,800,000원(㎡당 1,020,000원), ③토지를 3,068,280,000원(㎡당 3,240,000원)으로 평가한 점에 비추어 볼 때, 위 원고의 주장은 설득력이 없다.

㉥ 더욱이 이 사건 사업을 시행하는 FFF건설의 입장에서는 이 사건 사업부지의 중심부 쪽에 위치한 ①, ②토지도 ③토지 못지않게 반드시 필요한 토지로 보이고, 여기에다가 ①, ②토지(6,361㎡, 2,740㎡)와 ③토지(947㎡)의 면적 차이 등을 감안하면, 비록 ③토지의 위치조건 등이 뛰어나다고 하더라도 그 매매가격(26,550,000,000원)은 ①, ②토지의 매매가격(4,300,000,000원, 1,500,000,000원)에 비하여 비정상적으로 높게 책정되었다고 할 것이다.

㉦ FFF건설은 원고 EE로부터 ③토지를 매수한 후 ③토지 위쪽으로 같은 대로에 접해있는 00동 461 토지를 2005. 10. 7. MMM으로부터 ㎡당 3,386,666원(평당 11,176,000원)에, 00동 436-3 토지를 2005. 11. 10. NNN로부터 ㎡당4,544,545원(평당 14,997,000원)에 각 매수하였는바, 위 각 매매대금은 ③토지의 ㎡당 매매가격인 28,035,902원과는 현저한 차이를 보이고 있다.

㉧ 원고들이 주장하는 ③토지 매매가격은 입지조건이 비슷한 인근 토지의 실지거래가액과 비교하더라도 6.5배 내지 17배나 차이가 나고, FFF건설이 이 사건 사업을 위하여 매입한 부지 매입가와 비교하더라도 ③토지 매매가격은 압도적으로 높은 가격에 해당한다.

㉨ 원고들은 원고 EE이 ③토지를 임대하여 높은 수익을 얻고 있었던 점도 고려되었다고 주장하나, 원고들이 주장하는 ③토지의 임대수입(보증금 100,000,000원, 월 임료 8,000,000원)은 원고 AAAA이 ①토지를 00000학원에 임대하고 받은 월 임료 27,000,000원(을 제15호증)에 훨씬 미치지 못한다.

㉩ 원고들은 이 사건 각 토지 전체의 매매대금을 법원감정가액으로 안분하는 경우 각 토지별 취득가액 대비 매매가액의 차이가 심하여 불합리하다고 주장하나, 이 사건 각 토지 중 원고 AAAA, BBBB의 토지 취득일은 각각 2000. 12. 6.및 2001. 11. 30.이고, 원고 EE의 토지 취득일은 2003. 11. 11.이어서 그 취득시기가 다른 점(을 제23호증), 원고 AAAA은 ①토지를 경매로 취득하였고, 원고 EE이 ③토지를 취득한 2003년 11월에는 FFF건설이 이미 아파트 건축부지를 매입하고 있던 중이었던 점(을 제17호증의 2) 등에 비추어 볼 때, 취득가액과의 단순비교는 의미가 없는 만큼 그러한 단순비교 수치를 들어 이 사건 각 토지 전체의 매매대금을 법원감정가액으로 안분하는 것이 불합리하다고 할 수는 없다.

㉪ 한편 원고들이 이 사건 양도 이후에 의뢰한 태평양감정, 대일감정원의 각 감정평가는 그 가격시점이 서로 상이할 뿐만 아니라, 전자는 인근에 유사 거래사례가상당수 존재하였을 것임에도 기타요인 보정을 전혀 하지 않았고, 후자는 일반적이고통상적인 부동산 시장에서 형성되는 적정가격이 아닌 아파트 예정부지 매입이라는 특정한 거래를 전제로 평가함으로써 그 산정방법과 전제를 전혀 달리하고 있으므로, 양자를 단순 비교할 수 없을 뿐만 아니라, 일반적인 시가 산정의 원칙을 제대로 준수하지 않은 것으로 보인다.

㉫ 법원감정 결과에 따르면 법원감정가액은 원고들이 주장하는 ③토지의 매매가격과는 약 8.6배의 차이를 보이고, 원고들이 주장하는 매매가액과 달리 ①토지 평가액이 ③토지 평가액의 약 2.5배에 이르는 등 태평양감정, 대일감정원의 각 감정평가액과도 현저한 차이를 보인다.

㉬ 과세관청이 원고 EE과 FFF건설 사이의 별도 부동산 거래, HHH와 GGGG 사이의 매매사례에 대하여 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 과세하지 않았다는 이유만으로 바로 이 사건 각 토지의 양도가 정상적인 경제인의 합리적 거래라고 단정할 수는 없다.

(바) 부당행위계산 부인의 구체적인 유형을 밝히지 못하고 있는지 여부 위 인정사실과 관련법령 등에 비추어 보면 원고들이 ①토지의 매매대금을 4,300,000,000원으로, ②토지의 매매대금을 1,500,000,000원으로 정하고 그 나머지 대금을 ③토지의 매매대금으로 정한 행위는, ①, ②토지의 매매대금을 위 (나)항에서 인정된 금액보다 현저히 낮은 금액으로 정하는 방법을 이용하여 특수관계인인 원고 EE에게 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 이익을 분여하고, 원고 AAAA, BBBB의 각 법인세 부담을 감소시킨 것이므로, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제3호에 준하는 행위로서 같은 항 제9호 소정의 '이익분여'에 해당하여 부당행위계산 부인의 적용대상이 된다고 봄이 타당하고, 피고들도 이러한 취지로 주장하고 있음은 앞서 본 바와 같다.

따라서 피고들이 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각호 중 어떠한 유형의 거래가 이루어졌는가에 대해서 구체적으로 밝히지 못하여 이 사건 각 처분이 위법하다는원고들의 이 부분 주장은 이유 없고, 이 사건 각 처분이 조세법률주의, 법률유보의 원칙에 위배된다고 할 수 없다.

(2) 이 사건 각 처분 중 연체료와 관련된 부분의 적법 여부

앞서 본 바와 같이 원고 EE은 2005. 10. 26. FFF건설로부터 이 사건 매매계약상 잔금 지체에 따른 연체료 525,000,000원을 수령하여 개인적인 용도로 사용하였는데, 원고들은 위와 같이 소비된 연체료와 관련된 처분의 위법사유가 무엇인지에대하여 구체적으로 주장을 하지 않고 있다.

따라서 피고 CC세무서장의 원고 AAAA에 대한 2011. 3. 17.자 법인세부과처분 중 연체료와 관련된 부분, 피고 CC세무서장의 원고 BBBB에 대한2011. 3. 17.자 법인세 부과처분 중 연체료와 관련된 부분, 피고 DD세무서장의 원고 EE에 대한 2011. 3. 11.자 종합소득세 부과처분 중 연체료와 관련된 부분은 위법하다 할 수 없다.

(3) 이 사건 각 처분 중 가산세 부분의 적법 여부

하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재하여야 하고, 또 여러 종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 그 가산세 상호간에도 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재하여야 하므로, 본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 및 가산세 상호간의 종류별 세액과 산출근거 등을 제대로 구분하여 기재하지 아니한 채 본세와 가산세의 합계액 등만을 기재하였다면 그 부과처분은 위법하다(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 전원합의체 판결 참조).

갑 제1호증의 1, 2의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 원고 AAAA, BBBB에 대한 납세고지서에는 본세와 가산세의 세액만이 구분 기재되어 있을뿐, 가산세 상호간의 종류별 세액이 구분 기재되어 있지 않고, 가산세의 산출근거나 세목별 과세표준이나 세율 등이 제대로 기재되어 있지 않은 사실을 알 수 있으므로, 피고 CC세무서장이 원고 AAAA, BBBB에 대한 가산세의 납세고지에는 관계법령에서 요구하는 기재사항을 일부 누락한 하자가 있다.

다만, 원고 EE의 경우 피고 DD세무서장이 2011. 3. 11. 2005년 귀속 종합소득세 1,588,531,470원을 증액경정・고지하였으나 해당 고지처분에서는 원고 EE에게 부과된 가산세가 없고(을 제3호증), 원고 EE은 당초 2005년 귀속 종합소득세액 56,635,267원에 대하여는 다투지 아니하므로, 이 사건에서 취소하여야 할 가산세액이 없다.

따라서 이 사건 각 처분 중 원고 AAAA에 대한 가산세 3,298,174,983원(2011. 3. 17.자 경정결정에서 부과된 가산세 3,318,666,727원 - 2011. 3. 17.자로 증액된 가산세 20,491,744원), 원고 BBBB에 대한 가산세 834,458,117원 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

4) 소결론

위와 같이 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 이 사건 각 토지의 매매가액 합계액을 법원감정가액으로 안분한 금액과 원고 AAAA, BBBB의 2005년 귀속 법인세 신고금액과의 각 차액을 법인소득금액에 각 익금으로 산입하고, 위 각 익금 산입액을 당시 대표이사인 원고 EE에 대한 인정상여로 소득처분함에 따른 원고 AAAA, BBBB에 대한 각 소득금액변동통지 금액 및 2005사업연도 귀속 법인세액은 별지3 각 표와 같다.

이에 따르면 이 사건 각 처분 중에서 피고 CC세무서장이 원고 AAAA에 대하여 한 2011. 3. 7.자 16,157,652,000원의 소득금액변동통지 중 13,435,184,676원을 초과하는 부분 및 2011. 3. 17.자 2005 사업연도 법인세 7,468,854,350원의 부과처분 중 3,490,062,550원을 초과하는 부분(가산세 3,298,174,983원 포함), 원고 BBBB에 대하여 한 2011. 3. 7.자 2005 사업연도 법인세 2,032,857,880원의 부과처분 중 1,198,399,770원을 초과하는 부분(가산세 834,458,117원 포함)은 위법하여 각 취소되어야 하고, 원고 BBBB에 대하여 한 2011. 3. 7.자 4,690,871,000원의 소득금액변동통지는 위에서 인정한 정당한 금액 4,897,623,293원의 범위 내에 있어 적법하며, 피고 DD세무서장이 2011. 3. 11. 원고 EE에 대하여 한 2005년 귀속 종합소득세 경정・고지처분은 정당한 세액의 범위 내에 있어 적법하다.

4. 결 론

그렇다면 원고 AAAA, BBBB의 이 사건 소 중 피고 CC세무서장의2011. 2. 21.자 각 소득금액변동통지에 대한 취소청구 부분은 부적법하여 이를 각 각하하는 한편, 원고 AAAA, BBBB의 피고 CC세무서장에 대한 나머지 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 그 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하며, 원고 EE의 피고 DD세무서장에 대한 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결 중 원고 AAAA, BBBB에 대한 부분은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 원고 AAAA, BBBB의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 중 원고 AAAA, BBBB에 대한 부분을 당심에서 정정된 청구를 포함하여 위와 같이 변경하고, 원고 EE의 피고 DD세무서장에 대한 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.