2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2006. 2. 1.부터 2007. 8. 14.까지 춘천시 후평동 000-5에서 'XXX주유 소'라는 상호로 유류판매업을 영위하였다.

나. 원고는 2006년 1기분 2기분, 2007년 1기분 부가가치세 과세기간 중 주식회사 JN에너지(이하 'JN에너지'라고만 한다)로부터 공급가액 합계 644,217,000원 상당의 세금계산서, 주식회사 JW에너지(이하 'JW에너지'라고만 한다)로부터 공급가액 합계 383,854,000원 상당의 세금계산서, 주식회사 SJ에너지 서울경기지점(이하 'SJ에너지'라고만 한다)로부터 공급가액 합계 942,517,000원 상당의 세금계산서, 주식회사 JS에너지정유 강원지점(이하 'JS에너지'라고만 하고, JN에너지, JW에너지, SJ에너지와 합하여 'JN에너지 등'이라 한다)으로부터 공급가액 합계 92,454,000원 상당의 세금계산서(이하 JN에너지 등으로부터 각 교부받은 세금계산서를 합하여 '이 사건 세금계산서'라고 한다)를 각 교부받아 공급가액 합계 2,063,042,000원을 매입세액에 포함하여 부가가치세 신고를 하였다.

다. 피고는 2009. 9. 1. 원고에게 원고가 JN에너지 등으로부터 교부받은 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라는 이유로 2006년 1기분 부가가치세 81,253,250원, 2006년 2기분 부가가치세 110,763,610원, 2007년 1기분 부가가치세 159,457,960원을 경정ㆍ고지(이하 '이 사건 부가가치세 부과처분'이라 한다)하였다.

라. 또한 피고는 2009. 9. 1. 원고에게 원고가 XXX주유소의 사업용 계좌로 사용하는 손YY 명의의 계좌에 입금된 금액과 원고가 신고한 매출액과의 차액 168,800,000원을 매출액의 신고누락으로 보아 2006년 귀속 종합소득세 71,045,390원, 2007년 귀속 종합소득세 30,943,730원을 경정ㆍ고지(이하 '이 사건 종합소득세 부과처분'이라 하고, 이 사건 부가가치세 부과처분과 합하여 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2010. 8. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2010. 12. 31. 기 되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 5호증, 변론 전체의 취 지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 부가가치세 부과처분에 대한 주장

원고는 JN에너지 등으로부터 실제 유류를 구입하고 이 사건 세금계산서를 교부받았으므로, 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 할 수 없다. 또한 원고는 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 사실을 알지 못하였을 뿐 아니라 그 사실을 알지 못한 데에 과실이 없으므로, 이 사건 부가가치세 부과 처분은 위법하다.

(2) 이 사건 종합소득세 부과처분에 대한 주장

손YY 명의의 계좌에 입금된 금액의 전부가 원고의 BBB주유소 운영과 관련한 매출액이라고 단정할 수 없고, 개인적인 용도로 입금된 금액도 있다. 그럼에도 피고는 손YY 명의의 계좌에 입금된 금액 전부를 원고의 주유소 운영과 관련한 매출액으로 보아 이 사건 종합소득세 부과처분을 하였으므로, 이 사건 종합소득세 부과처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 부가가치세 부과처분의 적법 여부

(가) 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서인지 여부

1) 부가가치세법상 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 의미는 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래 계약서 등의 형식적인 기재내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이고 (대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조), 부가가치세 납세의무자가 매입세액 공제의 근거로 제출한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다거나 세금계산서의 기재내용이 사실과 다르다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어, 그것이 실지매입인지 여부 또는 세금계산서의 기재 내용의 진위가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 세금계산서에 기재된 공급자와의 거래가 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 세금계산서에 기재된 공급자와 거래를 실제로 하였다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).

2) 앞서 든 증거들과 을 제6 내지 16호증(가지번호가 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

① 중부지방국세청장이 2007. 9. 18.부터 2007. 12. 12.까지 JN에너지에 대한 자료상조사를 실시한 결과(조사대상기간 : 2007. 1. 1. - 2007. 9. 16.), JN에너지는 실제 거래 없이 16,567,000,000원 상당의 세금계산서를 교부하였고, 실제 거래 없이 16,256,000,000원 상당의 세금계산서를 수취한 자료상으로 조사되어, 중부지방국세청장은 JN에너지와 대표자 김HR 실제 운영자 김TG을 형사고발하였다.

② 중부지방국세청장이 2007. 9. 18.부터 2008. 1. 16.까지 JW에너지에 대한 자료상조사를 실시한 결과(조사대상기간 : 2006. 9. 11. - 2007. 9. 11.), JW에너지는 실제 거래 없이 5,983,000,000원 상당의 세금계산서를 교부하였고, 실제 거래 없이 38,408,000,000원 상당의 세금계산서를 수취한 자료상으로 조사되어, 중부지방국세청장 은 JW에너지와 JW에너지의 대표자 유JH, 실제 운영자 유SH을 형사고발하였다.

③ 고양세무서장이 2006. 6. 15.부터 2006. 10. 17.까지 SJ에너지에 대한 자료상조사를 실시한 결과(조사대상기간 : 2006. 1. 5. - 2006.6.30.), SJ에너지는 주식회사 KC페트로로부터 실제 거래 없이 20,451,000,000원 상당의 세금계산서를 수취한 것으로 조사되어, 고양세무서장은 SJ에너지를 형사고발하였다.

④ 피고는 2007. 3. 26.부터 2007. 4. 27.까지 JS에너지에 대한 자료상조사를 실시한 결과(조사대상기간 : 2005. 10. 25. - 2006.12.31.), JS에너지는 선의의 거래자로 판단되어 조사를 종결하였으나, 의정부지방검찰청 고양지청의 수사결과 JS에너지가 수수한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 확인되어, 피고는 JS에너지를 형사고발하였다.

⑤ JN에너지, JN에너지의 실제 운영자 김TG, JW에너지, JW에너지의 대표자 유JH, JW에너지의 실제 운영자 유SH은 2009. 6. 18. 대전지방법원 천안지원 2008고합226(분리), 2009고합6(병합), 2009고합9(병합), 2009고합55(병합), 2009 고합99(병합) 사건에서, '김TG은 고양세무서에 JN에너지의 2006년 2기분 부가가치세 신고를 하면서 공급가액 101억 66,676,353원의 재화나 용역을 공급한 것처럼 각 매출처별세금계산서합계표를 허위기재하여 제출하였고, 공급가액 합계 431억 10,249,981원의 재화나 용역을 공급받은 것처럼 각 매입처별세금계산서합계표를 허위기재하여 제 출하였으며, JN에너지는 실질적 대표자인 김TG이 위와 같이 업무에 관하여 위법행위를 하였다', '유JH, 유SH은 공모하여 인천세무서에 JW에너지의 2006년 2기분 부가가치세 신고를 하면서 공급가액 합계 559억 80,690,921원의 재화나 용역을 공급한 것처럼 각 매출처별세금계산서합계표를 허위기재하여 제출하였고 공급가액 합계 687억 59,828,183원의 재화나 용역을 공급받은 것처럼 각 매입처별세금계산서합계표를 허위기재하여 제출하였으며, JW에너지는 실질적 대표자인 유SH이 위와 같이 업무에 관하여 위법행위를 하였다'는 등의 범죄사실로, 김TG, 유JH은 각 징역 2년에 집행유예 3년을, 유SH은 징역 1년에 집행유예 2년을, JN에너지, JW에너지는 각 벌금 700만 원을 각 선고받았고, 위 판결은 2009. 6. 30. 확정되었다.

⑥ SJ에너지는 2008. 7. 2. 대구지방검찰청 포항지청에서 허위의 세금계산서를 수취하여 조세범처벌법을 위반한 사실은 인정되나 2006. 12. 31. 폐업하여 벌금형의 집행가능성이 희박하다는 이유로 기소유예 처분을 받았다.

⑦ 한편, JS에너지의 실제 운영자인 유JJ는 2008. 1. 4. 의정부지방법원고양지원 2007고합85, 2007고합116(병합), 2007고합158(병합) 사건에서, '매입처별세금계산서합계표를 허위기재하여 신고한 후 부가가치세를 포탈하였고, 사업자등록을 하지 아니한 채 구입한 무자료 경유를 시중에 유통시킴과 아울러 세금계산서를 교부하지 않았다'는 공소사실에 대하여 무죄를 선고받았고, 위 판결은 2008. 8. 20. 확정 되었다.

⑧ 피고의 XXX주유소에 대한 매입처별 조사 결과

- JN에너지 : 원고가 JN에너지에 입금한 금액이 즉시 주식회사 DR에너지(이하 'DR에너지'라고만 한다)에 이체되었으나 JN에너지는 DR에너지로부터 유류를 공급받은 사실이 없고, JN에너지는 자료상으로 고발된 업체이며, 원고가 실제 물량 흐름을 파악할 수 있는 출하전표, 운송내역서 등을 제시하지 못하고 있으므로, JN에너지로부터 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 확정

- JW에너지 : XXX주유소는 JW에너지로부터 실제 유류를 공급받았음을 증명하는 자료로 세금계산서, 입금내역, 거래명세서, 출하전표를 제출하였으나, 원고가 JW에너지에 입금한 금액이 즉시 DR에너지로 이체된 것으로 확인되었고, JW에너지는 중부지방국세청장 조사결과 자료상으로 고발된 업체이므로, JW에너지로부터 교부받은 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 확정

- SJ에너지 : SJ에너지는 자료상으로 고발된 업체이고, 원고는 실제 물량을 파악할 수 있는 출하전표, 운송내역서 등의 객관적인 자료를 제시하지 못하고 있으며, 원고가 SJ에너지에 입금한 금액이 즉시 다른 업체로 이체된 것으로 확인되므로, SJ에너지로부터 교부받은 세금계산서 역시 사실과 다른 세금계산서로 확정

- JS에너지 : 원고는 2006. 1. 20. JS에너지에 선불로 1억원을 지급하고 5,000리터 운반차량으로 경유를 공급받았다고 주장하나, 2006. 1. 20.경에는 XXX주유소에 저유시설이 확보되지 않은 상태이고, 원고의 주장과 같이 선불로 1억원을 지급하였다 하더라도 유류의 공급을 보증하는 유류공급계약서 등의 어떠한 자료도 확인되지 않고, 실제 거래를 입증할 수 있는 출하전표 등의 자료를 제출하지 못하고 있으므로, JS에너지로부터 교부받은 세금계산서 역시 사실과 다른 세금계산서로 확정

- 기타 유류 매입 등은 정상거래로 확정

3) 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, JN에너지, JW에너지는 중부지방국세청장의 자료상조사 결과 자료상으로 조사되었고, 대전지방법원 천안지원에서 조세범처벌법위반으로 유죄를 선고받은 점, SJ에너지는 고양세무서장의 자료상 조사결과 주식회사 KC페트로로부터 실제 거래 없이 20,451,000,000원 상당의 세금계산서를 수취한 것으로 조사되었고, 대구지방검찰청 포항지청에서 기소유예 처분을 받은 점, 원고가 JN에너지, JW에너지, SJ에너지에게 입금한 금원은 그 즉시 DR에너지 등 다른 업체에게 이체되었고, 원고는 위 업체들과의 유류거래에 관한 출하전표 등을 제출하지 못하고 있거나 통상의 양식과는 다른 출하전표를 제출하고 있는 점, 원고는 JS에너지에 선불로 1억원을 지급하고 5,000리터 운반차량으로 경유를 공급받았다고 주장하면서도 실물거래를 증명할 수 있는 출하전표 등 객관적인 자료를 제출하지 못하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 세금계산서는 그 기재 내용이 사실과 다르다는 점이 과세 관청에 의하여 상당한 정도로 증명되었다고 할 것이다. 따라서 원고로서는 JN에너지 등과 이 사건 세금계산서 기재와 같은 거래를 실제로 하였다는 점을 증명하여야 할 것인데, 갑 제5 내지 7호증, 갑 제9호증의 1 내지 4, 갑 제10호증의 각 기재만으로는 원고가 JN에너지 등과 이 사건 세금계산서 기재와 같은 거래를 실제로 하였음을 인정하기에 부족하고(앞서 본 바와 같이 JS에너지의 실제 운영자인 유JJ가 법원으로부터 허위 매입처별세금계산서합계표 신고, 부가 가치세 포탈 등에 관하여 무죄판결을 선고받았으나, 위 무죄판결의 공소사실 내용에는 이 사건에서 JS에너지와 관련된 세금계산서 부분이 포함되어 있지는 않은 것으로 보이고, 형사소송과 행정소송은 그 절차 및 요건과 입증의 정도 등이 달라 위 사실만으로 원고가 JS에너지와 JS에너지로부터 교부받은 이 사건의 세금계산서 기재와 같은 거래를 실제로 하였다는 점이 증명되었다고 볼 수 없다), 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(나) 원고가 선의ㆍ무과실인지 여부

1) 실제 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장 사실을 알지 못하였고, 알지 못하였음에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 입증하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277판결 등 참조).

2) 살피건대, 갑 제5, 6호증, 갑 제9호증의 1 내지 6, 갑 제10호증의 각 기재에 의하면, 원고가 JN에너지 등으로부터 거래명세표를 교부받고, JN에너지 등에게 금원을 송금한 사실을 인정할 수는 있으나, 위 인정사실만으로는 원고가 JN에너지 등으로부터 교부받은 세금계산서가 사실과 다르다는 점을 알지 못하였을 뿐 아니라 그 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하면 원고는 JN에너지 등과 실제 거래가 있었음을 증명할 수 있는 출하전표 등을 제출하지 못하고 있거나 일부 제출한 출하전표는 통상 사용되는 출하전표와는 다른 양식인 사실을 인정할 수 있는데, 출하전표는 정상적인 유통 경로를 거쳐서 유류가 거래된 것이라는 점을 확인하기 위한 중요한 자료임에도 주유소를 운영하는 원고가 그와 같은 출하전표를 제출하지 못하거나 통상적으로 사용되는 출하전표와 다른 양식의 것을 제출하는 것은 쉽게 납득할 수 없는 점 등에 비추어 보면, 원고는 거래의 실제 상대방이 JN에너지 등이 아님을 알고 있었거나 적어도 조금만 주의를 기울였으면 실제 거래상대방이 JN에너지 등이 아님을 쉽게 알 수 있었다고 보인다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

(2) 이 사건 종합소득세 부과처분의 적법 여부

을 제6호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 손YY 명의로 XXX주유소를 운영하였고, 손YY 명의의 우리은행 계좌를 개설하여 유류판매대금의 입금, 유류매입대금의 출금 등의 금융거래를 한 사실, 원고는 피고의 세무조사 과정에서 XXX주유소의 수입은 모두 손YY 명의의 계좌로 입금된다고 진술한 사실, 피고의 원고에 대한 세무조사 결과, 원고가 위 주유소 사업을 한 기간 동안 손YY 명의의 계좌로 입금된 금액과 원고가 피고에게 신고한 위 주유소의 매출금액의 차액이 163,800,000원으로 확인되었고, 위 차액에 대하여 원고가 별다른 근거를 제시하지 못한 사실을 인정할 수 있다. 그렇다면, 특별한 사정이 없는 한 원고가 위 주유소의 사업용 계화로 사용하는 손YY 명의의 계좌에 입금된 금액은 원고의 위 주유소 운영과 관련한 매출액이라고 보 아야 할 것이고, 달리 원고의 주장과 같이 위 계좌를 개인적인 용도로 사용하였음을 인정할 아무런 자료가 없으므로, 원고의 위 주장 역사 이유 없다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.