1. 상고이유 제1, 2점에 대하여

어느 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액이 그 사업연도에 속하게 될 익금의 총액을 초과하는 경우 그 초과금액은 모두 법인세법상 결손금에 해당하고, 법인의 과세표준 등 확정신고나 정부의 조사·결정에 따른 과세표준 등 확정 시에 결손금으로 조사된 금액만이 결손금에 해당하는 것이 아니다( 대법원 2002. 11. 26. 선고 2001두2652 판결 등 참조).

그리고 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사·확인할 의무가 있으므로, 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서도 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이다. 따라서 그 과세표준 및 세액의 인정이 위법이라고 내세우는 개개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격방어방법에 불과한 것이므로, 감액경정청구를 함에 있어 개개의 위법 사유에 대하여 모두 주장하여야 하는 것은 아니고, 감액경정청구 당시 주장하지 아니하였던 사항도 그 거부처분 취소소송에서 새로이 주장할 수 있다 ( 대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 등 참조).

위 각 법리 및 원심이 인정한 사실관계에 비추어 보면, 비록 이 사건 이월결손금이 발생하게 된 정확한 원인이나 경위는 밝혀지지 아니하였지만 적어도 1992. 12. 31.을 기준으로 실사가 이루어지기 전에 원고에게 이 사건 이월결손금 상당의 결손이 발생하였고, 그 이후 이 사건 이월결손금이 1993 사업연도 이후의 과세표준 계산에서 공제되거나 다른 채무면제이익에 보전되지 아니한 것은 분명한 이상, 1994 사업연도 이후의 대차대조표와 손익계산서에 이 사건 이월결손금이 기재되어 있지 않다고 하더라도 이 사건 이월결손금은 2001. 1. 11. 위 채무면제이익이 발생할 때까지 그대로 이월되어 남아 있었다고 봄이 상당하므로, 이 사건 이월결손금은 법인세법 시행령 제18조 제1항 제1호 소정의 이월결손금에 해당한다고 할 것이며, 원고가 2001 사업연도 법인세에 대한 감액경정청구를 할 당시에 이 사건 이월결손금을 이 사건 할인차금 중 12,263,948,087원의 채무면제이익의 보전에 충당하여 달라는 주장을 하지 않았더라도 원고는 이 사건 거부처분 취소소송에서 그와 같은 주장을 새로이 할 수 있다고 할 것이다.

같은 취지의 원심판단은 정당하고, 거기에 상고이유의 주장과 같은 경정거부처분 취소소송에 관한 법리를 오해하거나 논리와 경험의 법칙에 위배하여 자유심증주의의 한계를 벗어난 위법이 없다.

2. 상고이유 제3점에 대하여

이 부분 상고이유의 주장은, 원심이 이 사건 이월결손금이 법인세법 시행령 제18조 제1항 제1호 소정의 이월결손금에 해당한다고 판단한 것에 덧붙여 부가적으로 법인세법 시행령 제18조 제1항 제2호 소정의 정리법원이 확인한 결손금에도 해당한다고 판단한 것에 대하여 다투는 것이다.

그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 이월결손금이 법인세법 시행령 제18조 제1항 제1호 소정의 이월결손금에 해당한다고 본 원심의 판단이 정당한 이상, 위와 같은 부가적 판단의 당부는 판결 결과에 영향을 미칠 수 없으므로, 이에 관한 상고이유의 주장은 더 나아가 살펴볼 필요 없이 받아들일 수 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.