[2]구 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제1호의 '정당한 사유'가 있는 경우에 해당한다고 한 사례

[2]공장용 부지를 취득한 후 3년 이내에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 데에 구 법인세법시행규칙(1996. 3. 21. 총리령 제557호로 개정되기 전의 것) 제18조 제3항 제1호 소정의 정당한 사유가 있다고 한 사례.

피고가 1998. 3. 2. 원고에 대하여 한 1994년 귀속 법인세 금 126,026,635원 및 농어촌특별세 금 4,695,693원 1995년 귀속 법인세 금 59,283,271원 및 농어촌특별세 금 3,111,826원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3.소송비용은 1, 2심을 합하여 이를 5분하여 그 1은 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다.

다음과 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1호증, 갑 제2호증의 1 내지 4, 갑 제3, 4호증의 각 1, 2, 갑 제5호증의 1 내지 5, 갑 제6호증, 갑 제7호증의 1 내지 6, 갑 제8호증의 1 내지 3, 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제11호증의 1, 2, 갑 제12호증, 갑 제13 내지 16호증의 각 1, 2, 갑 제17호증, 갑 제18 내지 20호증의 각 1, 2, 을 제1 내지 13호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있고, 반증이 없다.

가.원고는 각종 공작기계용 기어류의 제조·판매를 목적으로 하는 법인으로서 1991. 8. 20. 소외 광주광역시로부터 하남공단 3차 단지 중 광주 광산구 안청동 738의 5 공장용지 66,116.7㎡(20,000평, 이하 '이 사건 토지'라 한다)를 금 3,300,000,000원(평당 금 165,000원)에 매수하여 1993. 8. 20. 원고 명의의 소유권이전등기를 마쳤다.

나.그 후 원고는 1995. 7. 말경 광주광역시와 이 사건 토지 중 7,500평을 반환하기로 합의한 다음 이를 같은 동 738의 6 공장용지 24,793.5㎡(이하 '쟁점토지'라 한다)로 분할하여 같은 해 9. 21. 쟁점토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기를 말소하였다.

다.원고는 1993. 8. 20. 이 사건 토지 중 쟁점토지가 아닌 부분(이하 '쟁점외 토지'라 한다) 지상에서 공장건물 신축공사를 시작하여 1995. 10. 24. 연면적 8,804.72㎡의 공장건물(이하 '제1차 공장건물'이라 한다)에 대한 사용검사를 마치고, 다시 1995. 11. 30.경 공장건물 증축허가를 받아 1996. 7 8.경 그 공사에 착수하고, 1997. 2. 19.경 연면적 7,065.04㎡의 공장건물(이하 '제2차 공장건물'이라 한다)에 대한 사용검사를 마쳤다.

라.피고는 원고가 이 사건 토지를 제1회 매매대금 납부일인 1991. 9. 24. 취득한 것으로 보아 제1차 공장건물 8,804.72㎡에 대한 공장입지 기준면적을 초과하는 토지를 법인세법과 그 시행령 및 시행규칙의 규정에 의한 비업무용 부동산으로 판정하여 각 사업연도의 차입금 지급이자를 손금불산입하기로 결정하였다.

그리하여 피고는 1992 사업연도에 관하여 지급이자 375,568,407원을, 1993 사업연도에 관하여 지급이자 325,706,150원을, 1994 사업연도에 관하여 지급이자 330,961,028원을, 1995 사업연도에 관하여 지급이자 185,131,388원을 각 손금불산입하고, 위 각 손금불산입액을 합산하여 위 각 사업연도의 법인세 과세표준금액을 경정하는 한편, 이와 같은 법인세 과세표준금액의 증가에 따라 농어촌특별세 과세표준(법인세 과세표준금액 중 5억 원을 초과하는 금액)도 1994 사업연도에 관하여는 1,525,824,108원으로, 1995 사업연도에 관하여는 2,303,195,898원으로 각 경정하였다.

피고는 위와 같이 경정된 법인세 및 농어촌특별세 과세표준금액을 기초로 세액을 산출한 후 가산세를 합한 금액에서 각 사업연도의 법정공제세액과 원고가 이미 납부한 세액을 공제하여 1998. 3. 2.자로 원고에게 1992 사업연도에 관하여 법인세 117,505,628원, 1993 사업연도에 관하여 법인세 220,612,409원, 1994 사업연도에 관하여 법인세 184,000,026원과 농어촌특별세 7,281,142원, 1995 사업연도에 관하여 법인세 76,609,574원과 농어촌특별세 4,072,889원을 각 부과·고지하였다.

마.그런데 원고가 위 각 과세처분에 대하여 심사청구 및 심판청구를 하자 국세심판소는 1998. 11. 30. 원고가 이 사건 토지를 취득한 시기는 제1회 매매대금 납부일인 1991. 9. 24.이 아니라 원고 명의의 소유권이전등기가 경료된 날인 1993. 8. 20.로 보아야 한다는 이유로 원고의 청구를 일부 인용하는 심판결정을 하였다.

바.이에 따라 피고는 1992 사업연도에 관하여는 법인세 전액을, 1993 사업연도에 관하여는 법인세 중 204,552,302원을, 1994 사업연도에 관하여는 법인세 중 57,973,391원과 농어촌특별세 중 2,585,449원을, 1995 사업연도에 관하여는 법인세 중 17,326,303원과 농어촌특별세 중 961,063원을 감액하는 경정처분(1993 사업연도 법인세 및 농어촌특별세, 1994 사업연도 법인세에 대한 각 감액경정처분은 2차례에 걸쳐 이루어짐)을 하였다.

사.그 결과, 위 1998. 3. 2.자 과세처분은 1993년 귀속 법인세 16,060,107원, 1994년 귀속 법인세 126,026,635원 및 농어촌특별세 4,695,693원, 1995년 귀속 법인세 59,283,271원 및 농어촌특별세 3,111,826원만이 잔존하고 있다. {1994년 귀속 농어촌특별세와 관련하여, 피고는 조세감면규제법의 최저한세 및 이월공제 규정에 의하여 1993년 귀속 법인세 결정시에 감면되지 못하고 1994년도로 이월되어 감면된 금 1,895,230원에 대한 농어촌특별세가 부과되지 아니하였음을 이유로 1998. 12. 18. 그 부분에 대한 농어촌특별세 379,046원에 관한 증액경정처분을 하였는데, 이는 1998. 3. 2.자 농어촌특별세 부과처분 및 그 이후의 감액경정처분에서의 과세표준(법인세 과세표준금액 중 5억 원을 초과하는 금액) 및 그에 따른 산출세액은 그대로 둔 채 농어촌특별세법상 별개의 과세표준인 법인세감면세액 부분을 증액하여 그에 대한 농어촌특별세를 추가로 부과·고지한 것으로서 1998. 3. 2.자 1994년 귀속 농어촌특별세 부과처분에 대한 증액경정처분으로 볼 수 없다. 원고는 1998. 3. 2.자 각 과세처분에 대하여만 다투고 있으므로, 이하 피고의 1998. 3. 2.자 각 과세처분 중 이후의 감액경정처분에 의하여 취소되고 남은 나머지 부분에 관한 과세처분을 '이 사건 처분'이라 한다)

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 1993년 귀속 법인세에 관하여

(1) 관계 법령

[별지 1]의 기재와 같다.

(2) 비업무용 부동산인지에 대한 판단

위 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제1호에 의하면, 이 사건 토지와 같은 공장용 부지의 경우 취득 후 2년이 경과하도록 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하면 비업무용 부동산으로 본다고 규정하고 있는바, 앞서 본 사실에 의하면 쟁점토지는 원고가 이를 취득한 1993. 8. 20.부터 2년이 경과하도록 원고의 업무에 직접 사용되지 아니하다가 광주광역시에 반환된 사실을 인정할 수 있으므로, 결국 쟁점토지는 위 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제1호 소정의 비업무용 부동산이라 할 것이다.

(3) 원고의 주장에 대하여

(가)원고는 ① 광주광역시와의 사이에 쟁점토지에 관한 위 매매계약을 해제하기로 합의하고 위 합의에 따른 원상회복으로써 광주광역시에게 쟁점토지를 반환하였으므로 원고는 당초부터 쟁점토지를 취득한 것이 아닐 뿐만 아니라, ② 가사 원고가 쟁점토지를 취득하여 보유한 것으로 보더라도 이 사건 토지 위에 2차례에 걸쳐 공장건물을 신축함으로써 쟁점토지를 원고의 업무에 직접 사용하였고, ③ 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제1호가 1995. 5. 30. 재무부령 제492호로 개정되어 취득한 후 3년이 경과하도록 당해 법인의 업무에 사용하지 아니한 공장부지만을 비업무용 부동산으로 보게 되었는바, 원고는 쟁점토지를 취득한 날로부터 3년 이내에 광주광역시와 쟁점 토지에 관한 매매계약을 합의 해제하여 이를 반환하였으며, ④ 이 사건 토지는 공업배치및공장설립에관한법률에 의한 제재 등 각종 규제가 심한 산업단지 내 토지로서 원고가 처음부터 부동산 투기의 목적으로 취득한 것이 아닐 뿐만 아니라 위 공업단지 분양실적 저조로 인하여 고심하고 있던 광주광역시의 권유에 따라 이 사건 토지를 분양받았다가 당시의 경제 상황 및 원고의 경영여건 등에 비추어 너무 과다한 토지를 분양받은 것으로 판명되어 그 유예기간인 3년 이내에 광주광역시와의 합의에 따라 쟁점토지를 반환한 것이므로 원고의 업무에 직접 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있으므로, 쟁점토지는 비업무용 부동산에 해당하지 아니한다고 주장한다.

(나)먼저, 원고의 ① 주장에 대하여 보건대, 위 법인세법 제18조의3 규정은 타인자본에 의존한 무리한 기업확장을 방지하고 기업자금의 생산적 운용을 통한 기업의 건전한 경제활동을 유도하고자 비업무용 부동산의 취득과 보유를 모두 금한 것이므로, 원고가 쟁점토지에 관하여 광주광역시로부터 토지사용승낙을 받고 1993. 8. 20. 그 명의로 소유권이전등기를 경료하여 쟁점토지를 실질적으로 사용·수익할 수 있었던 이상, 그 후 원고가 그 후 광주광역시와 쟁점토지에 관한 매매계약을 합의 해제하여 이를 광주광역시에 반환하였다고 하더라도, 원고가 위 1993. 8. 20.경부터 위 반환시까지는 쟁점토지를 취득, 보유하고 있었던 것으로 보아야 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(다)다음으로 원고의 ② 주장에 대하여 보건대, 위 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호에 의하면, 공장용 건축물에 직접 사용되는 부속토지로서 지방세법시행령 제84조의4 제3항 제6호에 규정된 공장입지기준면적을 초과하는 토지를 비업무용 부동산으로 규정하고 있는바, 구 지방세법시행령(1993. 12. 31. 대통령령 14063호로 개정되기 전의 것) 제84조의4 제3항 제6호, 구 지방세법시행규칙(1993. 12. 31. 내무부령 제602호로 개정되기 전의 것) 제46조의5 및 [별표 4]에 의하면, 원고가 이 사건 토지 중 쟁점 외 토지 부분에 건축한 제1차 공장건물의 공장입지기준면적은 [별지 2] 계산과 같이 27,671.94㎡이고, 따라서 이 사건 토지 중 38,444.76㎡(66,116.7㎡－27,671.94㎡)는 위 기준 면적을 초과하여 비업무용 부동산이 된다 할 것인데, 쟁점토지는 이 사건 토지 중 위 기준면적 초과부분에 포함되므로, 원고가 이 사건 토지 중 쟁점외 토지부분에 제1차 공장건물을 건축하였다고 하더라도 쟁점토지는 위 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호 소정의 비업무용 부동산에 해당하여 원고의 업무에 직접 사용되었다고 보기 어렵고, 원고가 1996. 7. 8.경 제2차 공장건물 증축에 착수하여 1997. 2. 19.경 이를 완공하였다고 하더라도 제2차 공장건물은 원고가 쟁점토지를 광주광역시에 반환한 이후에 착공한 것임이 명백하여, 제2차 공장건물 면적은 쟁점토지가 비업무용 토지에 해당하는지 여부를 판단하는 데에 영향을 미치지 못한다고 할 것이므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(라)원고의 ③ 주장에 대하여 보건대, 원고의 주장과 같이 개정된 구 법인세법시행규칙의 부칙 제1조 본문은 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다고 하면서, 위 부칙 제2조 단서는 제18조의 개정 규정은 이 규칙 시행 후 최초로 종료하는 사업연도분부터 적용한다고 규정하고 있으므로 1993년 귀속 법인세에 대하여는 적용이 없으므로, 개정된 위 법인세법시행규칙이 1993년 귀속 법인세에 관하여 적용됨을 전제로 한 원고의 위 주장은 나머지 점에 관하여 살필 필요 없이 이유 없다.

(마)원고의 ④ 주장에 대하여 보건대, 1993 사업연도에 적용되는 구 법인세법시행규칙(1994. 3. 12. 재무부령 제1968호로 개정되기 전의 것) 제18조 제3항 제1호 및 같은 조 제7항에 의하면, 법인의 업무에 직접 사용하지 않는 토지는 기본적으로 비업무용 부동산으로 보되, 다만 일정한 유예기간을 두어 그 기간 내에 업무용으로 사용하면 취득시부터 업무용 부동산으로 보고, 그 기간 내에 업무용으로 사용하지 않으면 '정당한 사유의 유무와 관계없이' 취득시부터 비업무용 부동산으로 취급하겠다는 취지이므로, 법인의 업무에 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 비업무용 부동산이 되지 아니함을 전제로 한 원고의 위 주장 역시 나머지 점에 관하여 살필 필요 없이 이유 없다.

(4) 정당한 세액

쟁점토지를 비업무용 부동산으로 볼 때 1993 사업연도 차입금의 지급이자 중 손금불산입 금액 및 그에 따른 법인세액은 [별지 3]의 기재와 같다.

[증거관계] 다툼 없는 사실, 을 제2호증, 을 제5호증, 을 제7호증, 을 제10호증, 을 제11호증, 을 제13호증의 각 기재 및 변론의 전취지

나. 1994년 및 1995년 귀속 각 법인세 및 농어촌특별세에 대하여

(1) 관계 법령

[별지 1]의 기재와 같다.

(2) 당사자의 주장

피고는 위 처분사유와 관계 법령 등을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 쟁점토지를 원고의 업무에 직접 사용하지 아니한 것에 정당한 사유가 있으므로 피고의 이 사건 처분 중 1994년 및 1995년 귀속 각 법인세 및 농어촌특별세에 대한 부분은 위법하다고 다툰다.

(3) 판 단

1994 사업연도에 적용될 구 법인세법시행규칙(1995. 5. 30. 재무부령 제492호로 개정되기 전의 것) 제18조 제3항 제1호는 취득한 후 2년 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 '정당한 사유 없이' 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 공장용 부지를, 1995 사업연도에 적용될 구 법인세법시행규칙(1996. 3. 21. 총리령 제557호로 개정되기 전의 것) 제18조 제3항 제1호는 취득한 후 3년 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 '정당한 사유 없이' 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 공장용 부지를 지급이자의 손금불산입 대상이 되는 비업무용 부동산의 하나로 각 규정하여, 종전과는 달리 법인의 업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 경우에는 유예기간이 경과하더라도 위 제18조 제3항 제1호 소정의 비업무용 부동산에 해당되지 아니하는 것으로 하고 있는바, 여기서의 '정당한 사유'란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단함에 있어서는 법인의 비업무용 부동산의 보유를 법인의 차입금에 대한 지급이자의 손금불산입 요건으로 하고 있는 입법 취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 업무에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애 정도, 당해 법인이 토지를 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 할 것이고, 특히 업무추진과정에서 사소한 절차상의 하자가 있더라도 그 과정을 전체적으로 관찰하여 보면 정상적인 노력을 하였다고 볼 여지가 있다면 정당한 사유가 있는 것으로 보아야 할 것이다.(대법원 1999. 3. 9. 선고 97누829 판결 참조)

돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제6호증, 갑 제7호증의 1 내지 6, 갑 제9호증의 1, 2의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면, 원고는 1994. 12. 8.경 광주광역시에 "현재 제1차 공장건설을 추진하고 있고, 앞으로 제2차 공장건설을 계획하고 있는데, 91년 하반기부터의 국내외 경기침체로 인한 경제여건 악화 등을 고려한 결과, 이 사건 토지 중 10,000평을 반환하고자 한다."는 내용의 일부 토지 반환요청을 하였으나, 같은 해 12. 14. 광주광역시로부터 거절당하고, 다시 원고가 1995. 5. 6.경 반환할 토지의 면적을 일부 감축하여 9,000평의 토지에 대한 반환요청을 하자, 광주광역시는 같은 해 5. 9. 원고의 위 요청을 승인하되 반환할 토지면적에 상응하는 계약금 등은 광주광역시에 귀속된다는 내용의 회신을 한 사실, 원고는 같은 해 5. 31. 반환할 토지의 면적을 7,500평으로 감축하고, 그 토지 면적에 해당하는 매매대금 전액의 반환을 구하는 내용의 통지를 하고, 이에 광주광역시는 같은 해 7. 21. 이 사건 토지 중 7,500평에 대한 반환을 승낙하면서 위 토지에 해당하는 계약금을 제외한 나머지 대금만을 돌려주겠으니 지적분할신청하고 도면을 첨부하여 그 돈을 찾아가라는 취지의 회신을 한 사실, 원고는 1995. 7. 25.경 7,500평에 대한 토지분할신청을 하여 그 후 쟁점토지가 분할되고 1995. 9. 14. 그에 관한 분할등기가 경료된 사실을 인정할 수 있고, 반증이 없으며, 그 후 1998. 9. 21. 쟁점토지에 관한 원고 명의의 소유권이전등기가 말소된 사실은 앞서 본 바와 같은바, 위 인정 사실을 종합하면 원고와 광주광역시는 늦어도 1995. 7. 말경 쟁점토지에 대한 매매계약을 해제하기로 하는 합의(적어도 구체적인 경계 특정만을 제외한 나머지 사항에 대한 합의)가 이루어졌다고 봄이 상당하고, 갑 제1호증, 갑 제6호증, 갑 제7호증의 1 내지 6, 갑 제8호증의 1 내지 3, 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제10, 12, 17호증, 갑 제11, 13호증 내지 16, 18호증 내지 20호증의 각 1, 2의 각 기재, 당심 증인 A의 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 광주광역시는 자신이 조성하여 분양하던 하남공단 공장용지의 분양률이 저조하자 지역업체인 원고에게 공장용지 분양을 권유한 사실, 원고가 분양 받은 이 사건 토지는 원고 회사의 사업 규모 등에 비추어 볼 때 다소 넓은 면적이었던 사실, 이 사건 토지매매계약서에는 사용용도를 공장건설 용지로 특정하고, 원고가 그 용도 이외의 목적으로 이 사건 토지를 사용하면 광주광역시가 해제권이나 환매권을 행사할 수 있도록 한 사실, 이에 따라 이 사건 토지에 관하여 광주광역시를 환매권자로 하는 환매등기까지 경료된 사실, 원고는 쟁점토지에 관한 매매계약을 해제함으로써 계약금 180,000,000원을 광주광역시에 몰취당하고 나머지 토지대금만을 반환받은 사실 등을 인정할 수 있고 반증이 없는바, 위 각 인정 사실 및 원고가 처음부터 이 사건 토지를 부동산 투기의 목적으로 취득한 것으로는 보이지 아니하는 점, 원고는 이 사건 토지상에 2차에 걸쳐 공장 건물을 건축하는 등 이 사건 토지를 원고의 업무에 사용하기 위하여 상당한 노력을 다하였다고 보이는 점, 원고가 쟁점토지를 제2 공장건물 증축공사 착공 이후에 반환하였더라면 제1, 2 공장건물 면적을 합산하여 공장입지기준면적을 산정되게 되므로 쟁점토지의 상당부분이 비업무용 부동산에서 제외될 수 있었던 점, 1995. 7. 말경 이미 광주광역시와 이 사건 토지 중 7,500평(토지 분할을 통하여 쟁점토지로 구체적으로 확정됨)을 반환함에 합의한 원고에게 쟁점토지를 원고의 업무에 계속 사용하도록 하고, 그렇지 아니할 경우 불이익을 가하는 것이 부당하다고 보이는 점 등을 종합하여 볼 때, 원고는 광주광역시로부터 이 사건 토지 중 일부의 반환을 최초로 승낙받은 1995. 5.부터 또는 늦어도 광주광역시와 쟁점토지에 관한 매매계약을 합의 해제한 1995. 7.말경부터는 쟁점토지를 원고의 업무에 사용할 법인세법상의 의무가 소멸하였다고 봄이 상당하고, 결국 쟁점토지를 원고의 업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 할 것이므로(대법원 1991. 1. 11. 선고 90누6668 판결, 대법원 1990. 6. 26. 선고 90누2963 판결 참조), 쟁점토지가 비업무용 부동산임을 전제로 하여 1994년 및 1995년 귀속 법인세 및 농어촌특별세를 부과한 것은 모두 위법하다고 할 것이다.

3. 결 론

그렇다면 이 사건 처분 중 1994년 및 1995년 귀속 각 법인세 및 농어촌특별세에 대한 부분은 위법하므로 이를 각 취소하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 원심판결은 이와 일부 결론을 달리 하여 부당하므로 원심판결 중 위 인용부분에 해당하는 부분을 취소하여 이 사건 처분 중 위 인용부분에 해당하는 부분을 취소하고, 원고의 나머지 항소는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.