1. 원심판결 이유에 의하면 원심은 원고는 생필품.주류 등의 도매업을 경영하는 법인으로서 이 사건 1985년도 제2기 부가가치세의 과세표준 등을 신고한 데 대하여 피고는 1990.6.경 원고 법인의 1988.12.31. 현재 재고가 장부상으로는 금 567,279,240원이나 실제로는 금 33,260,998원 상당의 물품밖에 없음을 밝혀내어 그 재고부족분 중 금 496,895,689원 상당이 1985.7.부터 12.31. 사이에 매출된 것으로 보고 매출원가에다가 동종업종의 평균 매매총이익율을 곱하여 환산한 금 517,488,489원을 매출누락금액으로 추계하여서 동 기간 중의 실지조사된 매출누락금 4,127,319원과 합하여 과세표준 등을 경정결정한 사실을 확정한 다음, 첫째 원고는 위 상품등을 채권자들에게 탈취당했다고 주장하나 그에 관한 원고의 입증이 없고, 둘째 원고는 1990.5.경 조사된 재고부족분을 1985연도의 매출로 추계한 것이 위법하다고 주장하나 원고 스스로 1985.12.31.이전에 이미 위 재고가 없어졌다고 하면서도 구체적 증빙을 제시하지 못한 채 채권자들이 가져갔다고만 하는 이상 위 1985년도에 매출되었다고 추계할 만한 사유가 있고 추계방법도 합리성이 있다고 판시하고 나서, 그와 같이 한 과세처분이 위법하다고 하는 원고청구는 이유가 없다고 판시하였다.

2. 부가가치세법상의 과세요건인 재화나 용역의 공급 등 거래가 있었는지 여부나 과세표준인 공급가액은 과세관청이 입증할 책임이 있으므로, 원심이 확정한 바와 같이 피고가 1990.5, 6월 경에 1988. 사업년도말을 기준으로 한 재고자산을 실지조사한 결과 그 재고부족이 있음이 발견되었다면 그와 같은 재고부족이 매출로 인한 것이라거나 또는 그 1988.사업년도말 현재의 재고부족이 1985년도 7.1.부터 그 해 12.31.까지 사이의 매출로 인한 것이라는 점에 관하여는 피고가 이를 입증하여야 한다.

다만 상품매출을 영업으로 하는 원고로서도 그 없어진 물품들이 통상적인 매출에 의해서가 아니라 다른 사정으로 없어진 것이라는 사정에 관하여 납득할 만한 설명이나 증빙을 제시할 필요가 있을 것이나, 기록에 의하면 원고는 과세처분 전 과세관청의 조사당시부터 1985.경 회사부도시 채권자들이 몰려와서 임의로 위 물품 등을 채권확보책으로 가져갔음을 재고부족사유로 내세워 왔고 피고 또한 그와 같은 원고주장에 따라 1988 사업년도말 현재의 재고부족분을 1985년도 제2기의 과세대상으로 삼기에 이르렀다는 것인바, 우선 원고 주장과 같이 채권자들이 채권확보책으로 물품을 가져갔다고 한다면 특단의 사정이 없는 한 과세대상인 재화의 공급이 있은 것이라 할 수 없으며(부가가치세법 제6조 제6항 참조) 그렇지 않고 원심이 배척하였듯이 원고 주장의 재고부족 사유가 인정되지 않는다고 한다면 1988 사업년도 말 기준의 재고부족 상품이 1985. 제2기에 매출되었다고 볼 이유는 없는 것이라고 하겠다.

이 사건 재고부족이 1985.경에 매출되었다는 점에 부합하는 자료로 을 제12호증의1, 2(확인서)가 있기는 하나, 이는 피고가 추산한 매출가격을 실지 매출가격으로, 재고부족 수량을 실지 판매수량으로 하여 작성된 매출누락 내역이니, 벌써 그 내용에 있어 신빙성과 합리성을 결하는 것으로서 이 사건 유일한 과세자료로 삼기에는 적절치 않으며, 그 밖에 피고입증은 없다.

3. 더욱이 위와 같이 재고부족이 발생한 시기나 그 매출 여부도 분명하지 아니한 터에 그 물품들이 사업자로서의 통상적인 이익비율 정도의 이익을 남기고 매출되었다고 보고서 한 피고의 그 부분 추계가 적법할 수 없으며, 나아가 그 추계한 공급가액 금 517,488,489원에다가 실지조사한 매출누락금액 금 4,127,319원을 원고 신고의 공급가액에 합산하여서 과세표준으로 삼은 과세방식 또한 법이 허용하는 적법한 과세방식일 수 없다.

4. 원심으로서는 원고가 채권자들이 채권확보책으로 재고부족 물품을 가져갔다고 하는데도 피고가 이를 재화의 공급으로 보고 과세한 근거가 무엇인지, 그 공급대가가 과연 얼마인지에 관하여 피고의 입증을 촉구하는 등으로 이를 더 심리해 보지 아니하고서는, 피고의 이 사건 과세처분이 적법하다고 판단할 수 없는 것이라 하겠다.

그에 이르지 아니한 채 원고가 주장하는 사실을 인정하기에 미흡하거나 달리 원고의 입증이 없다는 이유로 그로써 곧 피고의 과세처분이 적법하다고 판단한 원심은 처분의 적법성에 관한 입증책임을 전도한 나머지 심리를 다하지 아니한 위법이 있어 파기를 면할 수 없고, 이 점에 관한 논지는 이유가 있다.

5. 그러므로 나머지 상고이유에 대한 판단을 생략하고 원심판결을 파기하여 사건을 원심법원에 환송하기로 관여 법관의 의견이 일치되어서 주문과 같이 판결한다.