1. 원심판결 이유에 의하면 원심은 거시증거를 종합하여 원고가 1967.11.27. 분할 전의 충무시 (주소 1 생략) 전 512제곱미터를 취득하여 지목을 대지로 변경하고 1975.11.18. 그 지상에 목조주택을 건축하여 거주하여 오다가 동 대지를 분할하여 (주소 2 생략) 대지 25제곱미터는 도로로 사용중이며, (주소 3 생략) 대지 5제곱미터는 (주소 4 생략) 대지 6제곱미터와 교환하고, (주소 1 생략)로 남은 토지 10제곱미터는 (주소 5 생략) 토지 10제곱미터와 교환하여 도로로 사용하고, 이를 제외한 토지를 (주소 6 생략) 대지 113제곱미터, (주소 7 생략) 대지 115제곱미터, (주소 8 생략) 대지 113제곱미터로 각 분할하여 (주소 6 생략) 대지와 (주소 7 생략) 대지는 1990.8.31.과 같은 해 3.26. 각 처분하고, (주소 8 생략) 대지상에 있던 목조건물이 낡아 이를 철거하고 1990.2.26. 그 부분 대지와 위 (주소 9 생략) 대지상에 주택을 신축하여 같은 해 3.12. 이를 소외인에게 양도하고, 1991.5. 위 (주소 6 생략) 및 (주소 7 생략) 대지의 양도에 대하여는 양도소득세를 신고납부하였으나 (주소 8 생략) 및 (주소 9 생략) 대지 및 그 지상건물의 양도에 대하여는 1세대 1주택에 해당하여 비과세라고 판단하여 양도소득세를 납부하지 아니하였는바, 이에 대하여 피고는 신축한 주택에서 3년 이상 거주하지 아니하고 처분하였다고 하여 비과세요건인 1세대 1주택에 해당하지 아니한다는 이유로 원심판시의 양도소득세와 방위세를 부과처분한 사실을 인정한 다음, 원고가 주민등록상으로 15년 가량 거주하여 1세대가 1주택에 3년 이상 거주하여야 한다는 비과세요건을 구비하고 난 다음에 이를 철거하고 주택을 신축한 경우 신축한 주택에 관하여는 그 요건을 구비하지 못하였다 하더라도 1세대 1주택에 해당된다고 보아 비과세대상이라고 판시하여 이 사건 부과처분 전부를 취소하였는 바, 원고의 위 주택양도소득에 대하여 비과세대상이라고 한 원심의 조치는 당원의 판례에 따른 것으로 정당하여 수긍이 가고 거기에 소득세법시행령 제15조 제11항(1990.12.31. 대통령령 제13194호로 신설된 것) 을 소급 적용한 위법이 있다고 할 수 없다.

2. 그러나 과세처분취소 소송의 심판대상은 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는지 여부에 있으므로 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고 이러한 자료에 의하여 산출된 정당한 과세표준과 세액이 부과처분에 의하여 인정된 과세표준과 세액에 미달하는 때에는 과세처분 중 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것인 바 , 원심이 들고 있는 증거에 의하면 이 사건 부과처분은 위 (주소 8 생략) 및 (주소 9 생략) 대지 및 그 지상주택과 분할 후의 (주소 1 생략), (주소 6 생략), (주소 7 생략), (주소 10 생략) 대지의 양도소득에 대한 양도소득세와 방위세를 산출한 다음 원고의 기납부세액을 공제하여서 한 것이므로, 위 (주소 8 생략) 및 (주소 9 생략) 대지 및 그 지상주택의 양도가 위와 같이 비과세 대상이어서 그 부분에 대한 부과처분이 위법이라 하더라도 나머지 토지의 양도소득에 대하여는 사실심 변론종결시까지 제출된 자료를 가지고 정당한 과세표준과 세액을 산출할 수 있다 할 것이다. 그러함에도 원심이 이 사건 부과처분 전부를 취소하고 말았으니 이는 과세처분취소 소송의 심판대상에 관한 법리오해의 위법이 있다 할 것이므로 이를 지적하는 논지는 이유 있다.

3. 이에 원심판결을 파기하여 사건을 원심법원에 환송하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.