가. 청구법인들은 OOO 등을 목적으로 설립된 법인으로 2008년 제2기 부가가치세 과세기간 중 공익서비스의 원활한 제공을 위하여 국가로부터 공익서비스비용 OOO원(① 요금할인 감면보상금 OOO원, ② 벽지노선 경영손실 보상금 OOO원, ③ 특별동차 운영 및 유지관련 보상금 OOO원으로 모두 합하여 이하 “쟁점공익서비스비용”이라 한다)을 수취한 뒤, 2008년 제2기 부가가치세 신고시 총 공급가액 및 면세 공급가액에 쟁점공익서비스비용을 제외하여 공통매입세액 안분계산을 하였다.

나. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 청구법인들에 대한 세무조사 결과, 쟁점공익서비스비용은 청구법인이 철도이용객에게 제공하는 서비스를 국가가 대신 부담한 것으로서 비과세 수입금액에 해당하므로 관련 매입세액은 과세사업에 사용되지 아니한 불공제 대상 매입세액으로서 공통매입세액을 안분하여 불공제하여야 하나, 이를 반영하지 아니하고 부가가치세 매입세액을 과다공제하였다 하여 관련 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 2014.1.22. 청구법인들에게 2008년 제2기 부가가치세 합계 OOO원(별지1 목록 참조)을 각 경정․고지하였다.

다. 청구법인들은 이에 불복하여 2014.4.18. 및 2014.4.21. 심판청구를 각 제기하였다.

2. 청구법인들 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인들 주장

(1) 부가가치세 과세표준인 공급가액은 재화 또는 용역 제공에 대한 대가로서 거래상대방으로부터 받은 것을 의미하고, 이에 해당하는 금액만이 공통매입세액 안분계산의 요소인 ‘면세공급가액’과 ‘총공급가액’에 포함될 수 있으나, 쟁점공익서비스비용은 영업손실에 대한 보상금 또는 국고보조금으로서 청구법인이 용역제공과 대가관계 없이 수령한 것이므로 공급가액에 포함되지 않으므로 이를 공통매입세액 안분계산에 반영할 수는 없는 것이다.

(2) 처분청은 비과세대상 수입의 경우 무조건 공통매입세액 안분계산에 반영해야 한다는 취지로 이 건 부과처분을 하였으나, 비과세대상 수입의 경우에도 사업자가 과세사업 또는 면세사업과 독립된 비과세사업을 영위하면서 재화나 용역을 공급하고, 그 대가로 받은 수입에 한해서만 공통매입세액 안분계산에 반영할 수 있는 것인바, 쟁점공익서비스비용은 청구법인이 독립적인 비과세사업을 영위하면서 그 용역제공의 대가로 수수한 것이 아니어서 대가관계가 없어 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하므로 처분청의 과세처분은 부당하다.

(3) 특별동차 운영 및 유지관련 보상금을 공통매입세액 안분계산에 반영하는 것은 실지귀속의 원칙에 반한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인들은 다양한 철도운송사업을 영위하는 공익법인으로 법령 및 정부와의 계약에 의해 공익서비스를 제공하여야 하며, 이에 대한 대가를 지급받고 사업수익으로 인식하고 있는바, 이러한 공익서비스는 철도를 이용하는 승객 등에게 직접적으로 수취한 대가에는 해당하지 아니하나 철도운송사업과 밀접한 관계가 있는 부가가치세 비과세수입에 해당하고, 쟁점공익서비스비용은 법령과 정부와의 계약에 의해 용역제공을 약정하고, 실제 그 용역이 제공되어야만 대가를 수취할 수 있으므로 반대급부 없이 재정적 원조의 목적으로 지원되어 사업관련성이 적은 국고보조금과는 성격이 다르다.

(2) 과세사업과 관련없는 매입세액은 불공제 대상이므로 부가가치세가 비과세되는 쟁점공익서비스비용 관련 매입세액은 불공제 대상이며, 청구법인들의 공익서비스와 관련하여 공통으로 발생하는 전기료, 선로사용료 등이 구체적으로 확인되므로 이러한 공통매입세액은 불공제 대상이고, 공통매입세액 안분계산 방법이 법조문에 명시되어 있지 않으나 「부가가치세법 시행령」 제61조를 유추적용하여 과세한 것은 대법원 판례 등에 부합하므로 정당하다.

(3) 특별동차를 운행함에 있어 직접 대응되는 매입세액 및 운행에 따라 발생하는 공통매입세액(선로, 전기 및 유류의 사용, 기타 유지보수 관련 비용)은 불공제 대상이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인들이 공익서비스를 제공하고 국가로부터 받는 쟁점공익서비스비용 관련 매입세액을 공통매입세액 안분계산 대상으로 보아 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령 등 : ＜별지2＞ 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제시한 국가재정운용계획 수립을 위한 OOO을 보면, 쟁점공익서비스비용과 관련하여 사업목적에 벽지철도노선운영, 노인․장애인 요금할인 등 공익서비스를 국가에서 보상함으로써 철도산업구조개혁 이후 철도의 공익적 기능 확보, 사업내용의 지원조건에 공익서비스보상계약에 따른 공익서비스 제공으로 기재되어 있다.

(2) 청구법인 OOO의 법인세 신고시 신고한 수입금액 내역은 아래 ＜표1＞과 같은바, 쟁점공익서비스비용을 운송수익의 항목으로 분류한 것으로 나타난다.

(3) OOO이 체결한 공익서비스비용 보상계약서(2008.3.19.)의 주요 내용은 아래와 같다.

(가) 전문을 보면, 「철도산업발전기본법」(이하 “철산법”이라 한다) 제32조 및 제33조의 규정에 의하여 갑과 을은 공익서비스 제공으로 발생하는 비용(국가부담비용)에 대한 보상계약을 체결한다는 내용이 나타난다.

(나) 제3조(공익서비스 유지의무 등)를 보면, 제1항은 을은 철산법 등 관련 법령과 이 계약에 따라 공익서비스를 성실하게 제공하여야 하는 것으로, 을은 제5조의 철도운임 감면 대상자에게 승차권 발금시 신분증 제시를 요구하고 성실하게 확인하여야 하는 것으로 기재되어 있다.

(다) 제8조(철도서비스)를 보면, 제1항에서 을은 철산법 제33조 제2항 제1호에 의하여 벽지노선의 열차종별 운행회수, 운행시각 등의 서비스 내용을 별표 5에 따라 갑에게 제출하여야 하는 것으로, 제2항에서 을은 제1항에 의해 제출된 서비스 내용을 변경하는 경우 갑과 사전 협의하여야 하는 것으로, 제3항에서 을의 귀책사유로 갑에게 제출한 서비스내용을 24시간 이상 계속하여 제공하지 못했을 경우에는 1일 단위로 서비스 중단일수를 365일로 나누어 정산금액에서 차감하는 내용 등이 나타난다.

(4) 국가부담비용 정산서를 보면, 수입․지출명세서, 수입․지출 증빙서류, 운임․요금 감면액에 대한 각 열차별 대상별 정산자료, POS대상노선별 수입과 비용 정산자료, 특별동차운영단 운영비용 정산자료, 그 밖에 현금흐름표 등 회계관련서류를 구비서류로 제출하도록 되어 있다.

(5) 「부가가치세법 시행령」 개정으로 인한 공통매입세액 안분방법 변경(안)(2013년 5월)을 보면, 2013.2.15. 「부가가치세법 시행령」 개정으로 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용하는 재화의 공통안분 계산시 면세사업의 범위에 비과세사업을 수입금액에 포함하는바, 청구법인들은 과세사업과 면세사업을 겸영하고 있으며, 쟁점공익서비스비용은 공익서비스를 제공하고 국가로부터 이에 대한 보상을 받는 것이므로 비과세사업 수익에 해당하여 안분 산입한다는 내용 등이 나타난다.

(6) 기타 공통매입세액 안분계산 내역 등을 보면, 선로사용로, 기관차 관련 매입내역, 유류 등에 대한 사용내역이, 청구법인들이 제시한 특별동차 관련 매입내역을 보면, 프린터 잉크구입, 사무용가구 구매, 소모품 구입 등의 내용이 나타난다.

(7) 청구법인들의 주장은 아래와 같다.

(가) 쟁점공익서비스비용은 ‘재화 또는 용역 제공에 대한 대가로서 거래상대방으로부터 받은 것’에 해당하지 않는 영업손실에 대한 보상금 또는 보조금이므로 공급가액에 포함될 수 없고, 따라서 공급가액임을 전제로 한 ‘면세공급가액’과 ‘총공급가액’에 해당하지 않으므로 공통매입세액 안분계산에 반영할 수 없다.

1) 쟁점공익서비스비용은 철산법 제32조 제2항이 규정하고 있는 공익서비스비용이므로 법적 성질이 ‘대가관계 없이 지급되는 영업손실에 대한 보상금’에 해당하고, 청구법인들은 국가가 전액 출자한 「공공기관의 운영에 관한 법률」에 따른 공공기관(공기업)으로서 국가가 청구법인들의 공익서비스비용 상당의 영업손실액에 대하여 재정상의 원조를 위해 보상하고 있으므로「보조금 관리에 관한 법률」(이하 “보조금관리법”이라 한다) 제2조 제1호에 따른 국고보조금으로서의 성질도 가지고 있다.

2) 공급가액은 ‘재화 또는 용역 제공에 대한 대가로서 거래상대방으로부터 받은 것’을 의미하고, 「부가가치세법」 제13조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제48조 제10항은 ‘재화나 용역과 직접 관련되지 않은 국고보조금과 공공보조금’을 공급가액에서 제외하고 있으며, 부가가치세법 집행기준 1-0-4(과세대상 여부 판정 사례)는 ‘재화 또는 용역에 대한 대가관계 없이 받는 이주보상비 및 영업손실 보상금’을 과세대상에서 제외하고 있다.

3) 청구법인들이 국가와 체결한 ‘공익서비스비용 보상계약’에 따르면, 쟁점공익서비스비용은 청구법인들에게 발생한 손실액을 보상하기 위해 지급되는데, ① 요금할인 감면보상금은 감면한 금액만큼, ② 벽지노선 경영손실 보상금은 기회비용을회수할 수 있도록 운영비용에 일정 보상율을 곱하여 산정한 금액과 수입 간의 차액만큼, ③ 특별동차 운영 및 유지관련 보상금은 특수목적 차량의 유지를 위해 지출된 비용만큼 지급되는바,

① 요금할인 감면보상금의 경우도 청구법인들이 국가에게 철도서비스용역을 제공하지 않으므로 그 감면액 상당의 보조금을 거래상대방으로부터 받은 대가라고 볼 수 없으며,

② 벽지노선 경영손실 보상금의 경우 청구법인들이 국가에게 철도서비스용역을 제공하지 않는다는 점, 벽지노선의 철도운임은 「철도사업법」 제9조 및 같은 법 시행령 제4조에 따라 국가가 지정․고시한 철도운임의 범위 내에서 청구법인들이 신고함으로써 결정되고 있고, 공공재인 철도의 성격상 그 수요와 관계없이 모든 국민에게 동일하게 계속적으로 제공되어야 하기 때문에 운임산정에 관하여 벽지노선과 일반노선 사이에 차별을 두고 있지 아니하므로 승객들로부터 받은 운임을 위 용역제공에 대한 대가로 보아야 한다는 점, 용역제공의 대가와 무관하게 청구법인들이 벽지노선을 운영함에 따라 발생하는 영업손실(실제 얻은 수익을 초과하여 투입된 비용)을 보전하기 위해 지급되는 것으로서 그 액수가 용역공급의 기간이나 단위와는 전혀 무관하게 산정된다는 점 등을 종합하면, 벽지노선 경영손실 보상금은 철도서비스용역 제공에 대한 대가로서 거래상대방으로부터 받은 것이 아님이 명백하고,

③ 특별동차 운영 및 유지관련 보상금의 경우 역시 청구법인들이 국가의 요청으로 국가원수 또는 국내외 귀빈(VIP)에게 열차운송서비스를 제공하기 위하여 ‘특별동차운영단’을 두고 이를 운영하는 과정에서 지출한 비용만을 보조금으로 보상받고 있을 뿐 일반 철도용역서비스 공급에 따른 운임을 받고 있는 것이 아니므로 용역제공에 대한 대가로 볼 수 없다.

4) 처분청은 쟁점공익서비스비용이 청구법인들의 용역제공의 대가로 지급되는 것이라고 주장하며 청구법인들이 국가와 보상계약을 체결하였다는 점을 들고 있으나,

철산법은 제32조에서 공익서비스비용을 국가가 지급하도록 규정하면서 제33조에서는 단지 그 구체적인 범위를 정하기 위해 철도운영자와 보상계약을 체결하도록 하고 있어 그에 따라 국가와 청구법인들이 보상계약을 체결한 것일 뿐 그 내용이 청구법인들이 국가에게 무슨 용역을 제공하고 그 대가를 지급받는 것이 아닌 점,

방송사업자들은 국가로부터 수령하는 보조금에 대하여 대법원은 용역제공의 대가가 아닌 것으로 보고 있는데, 방송사업자들에 대한 보조금은 「방송법」 제61조 및 같은 법 시행령 제37조, 「한국교육방송공사법」 제24조 및 같은 법 시행령 제12조에 따라 국가가 지급하는 것으로서 「방송법」 등에서는 보조금관리법 등에 따라 지급하도록 하고 있는 반면, 철산법은 보조금의 지급규모 등을 정하기 위해 국가와 청구법인들이 체결한 보상계약에 따라 지급하도록 하는 등 구체적인 지급방법에 관해서만 약간의 차이가 있을 뿐, 청구법인들이 철산법에 따라 국가로부터 받는 보조금과 그 취지가 다르지 아니한 점 등에 비추어 단지 청구법인들이 국가와 보상계약을 체결하였다는 점만으로 쟁점공익서비스비용이 국가에 대한 용역제공의 대가에 해당한다고 볼 수 없는 점,

처분청은 청구법인들이 2008회계연도의 결산서에 쟁점공익서비스비용을 매출실적에 포함시켰다는 점을 들고 있으나, 청구법인들의 입장에서 운송사업과 관련하여 국가로부터 쟁점공익서비스비용을 받은 것을 수익으로 회계처리할 수밖에 없는 것으로서 회사가 수익을 얻은 것이 익금으로 법인세 과세대상인지 여부와 부가가치세 매입세액 안분계산이 되는지 여부는 전혀 무관한 점 등에 비추어 대가관계가 없는 이상 공통매입세액 안분대상에 해당하지 아니한다.

(나) 비과세대상 수입의 경우에도 사업자가 과세사업 또는 면세사업과 독립된 비과세사업을 영위하면서 재화나 용역을 공급하고 그 대가로 받은 수입에 한해서만 공통매입세액 안분계산에 반영할 수 있는 것이나, 쟁점공익서비스비용은 청구법인들이 독립적인 비과세사업을 영위하면서 그 용역제공의 대가로 수수한 것이 아니므로 처분청의 과세처분은 부당하다.

1) 처분청은 비과세대상인 수입도 공통매입세액 안분계산의 요소인 ‘면세공급가액’과 ‘총공급가액’에 포함하여야 한다는 의견이나, 비과세대상인 수입에는 재화나 용역의 공급과 대가관계에 있으나 정책상 비과세대상으로 한 것과 애당초 재화나 용역의 공급과 대가관계가 없어 당연히 과세대상에서 제외되는 것이 있고, ‘면세공급가액’과 ‘총공급가액’은 그 개념상 부가가치세 과세표준인 공급가액에 해당하는 것이 전제되어야 하므로 당연히 거래상대방으로부터 받은 당해 용역의 공급에 대한 대가이어야 하는바, 쟁점공익서비스비용은 대가관계와 무관한 수입금액으로서 공통매입세액 안분계산시 ‘면세공급가액’과 ‘총공급가액’에 포함시킬 이유가 없고, 대법원(대법원 2011.9.8. 선고 2009두16268 판결 등)도 같은 입장이다.

2) 2013.2.15. 대통령령 제24359호로 개정된 「부가가치세법 시행령」 제61조 제1항(이하 “개정규정”이라 한다)은 공통매입세액 안분계산의 대상인 면세사업에 ‘비과세사업’을 포함시키는 규정을 신설하였으나, 이는 그 시행 후 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용되므로(부칙 제2조), 그 이전의 과세연도를 대상으로 한 부과처분에는 원칙적으로 적용되지 아니하며, 청구법인들이 2013년부터 공익서비스비용을 안분계산에 포함시키고 있는 것은 개정법령이 공통매입세액 안분계산의 대상인 면세사업에 ‘비과세사업’을 포함시키는 규정을 신설하였고, 추가과세의 위험을 피하기 위해 일단 그와 같은 조치를 취하고 있는 것일 뿐, 이 사건 처분청의 논리를 인정한 취지가 아니고, 이 건 부과처분이 취소되는 등 관련 법리가 확인되면 그에 따라 2013년 이후 분도 경정청구 등을 통해 환급을 구할 예정이다.

3) 개정규정 신설 전의 대법원 판결(대법원 2006.10.27. 선고 2004두13288 판결로서 이하 “카지노 판결”이라 한다)은 비과세대상 수입의 경우 이를 무조건 공통매입세액 안분계산에 반영해야 한다고 판단한 것이 아니라, 사업자가 과세사업 또는 면세사업과 독립된 비과세사업을 실제로 수행하면서 재화나 용역을 공급하고 그 대가로 수입을 얻은 경우 이를 공통매입세액 안분계산 시 반영할 수 있다는 취지로 판단한 것에 불과하고, 쟁점공익서비스비용은 청구법인들이 독립적인 비과세사업을 영위하면서 그 용역제공의 대가로 수수한 것이 아니므로 공통매입세액 안분계산에 관한 규정이 유추적용될 여지가 없으며, 「부가가치세법 시행령」 제61조 제1항은 이에 따라 공제대상이 되는 매입세액의 범위, 납세의무의 성립 및 범위가 결정되므로 법적 근거 없이 유추적용하는 것은 조세법률주의에 위반되는 것이다.

4) 처분청은 대전고등법원 판결(대전고법 2011.7.7. 선고 2010누1826 판결), 카지노 판결, 조세심판원 선결정례(조심 2012중607, 2012.5.31, 조심 2012서587, 2012.5.31.)를 제시하였으나,

가) 대법원의 KBS 수신료 판결(대법원 2000.2.25. 선고 98다47184 판결) 및 EBS 수신료 판결(대법원 2011.9.8. 선고 2009두16268 판결)은 수신료가 특별부담금에 해당되고 방송서비스에 대한 대가에 해당하지 않아 공통매입세액 안분계산에 포함시킬 수 없다는 점을 분명히 한 것으로서 용역의 공급과 대가관계가 없는 쟁점공익서비스비용과 동일한 반면, 카지노 판결은 도박수입은 비과세대상이지만 용역제공의 대가로 받은 것인 이상 공통매입세액 안분계산에 포함시켜야 한다는 것으로서 이 건에는 적용될 수 없는 것이고,

나) 대전고등법원 판결은 원고가 과세사업(A), 면세사업(B) 외에 비과세대상인 기념관자료의 조사ㆍ연구 등의 본래 업무(C)를 하였고, 이 중 C에 대해서 국고보조금을 수령한 사안으로 위 국고보조금이 비과세대상인 C와 관련하여 지급된 것이기는 하나 용역제공의 대가로 받은 것이 아닌 이상(따라서 안분계산에 포함될 수 있는 ‘공급가액’에 해당하지 않음), 앞서 본 대법원 수신료 판결들의 취지에 따라 당연히 위 국고보조금에 대하여 「부가가치세법 시행령」 제61조 제1항을 유추적용하여 안분계산할 수 없는 것임에도 현실적인 필요성을 들며 유추적용을 긍정하였는데, 이는 대법원 판결의 취지에 정면으로 반하는 것이며, 위 고등법원 판결의 논리는 회사가 국고보조금을 받기만 하면 용역제공의 대가로 받았는지 여부와 관계 없이 언제든지 이를 비과세사업에서의 공급가액으로 간주하여 공통매입세액 안분계산에 포함시켜야 한다는 것으로서 과세사업만을 영위하는 회사가 국고보조금을 받았다는 이유만으로 수행하지도 않은 비과세사업이 있는 것으로 보아 공통매입세액 안분계산을 하게 되는 부당한 결과를 초래하고, 청구법인들은 단지 과세사업(A)과 면세사업(B)만을 수행하고 있으며, 이에 관하여만 대가관계 없이 영업손실분 보전을 위해 쟁점공익서비스비용을 수령하고 있을 뿐, 별도의 업무(C)를 수행하지 않고 있고, 쟁점공익서비스비용이 그 대가로 지급된 것도 아니라는 점에서, 위 고등법원 판결은 청구법인들에게 적용될 수 없다.

(다) 특별동차의 운행횟수, 그 비용의 규모 및 매입세액에 관한 청구법인들의 처리상황 등을 종합적으로 고려하면, 특별동차 운영 및 유지관련 보상금을 공통매입세액 안분계산에 반영하는 것은 실지귀속의 원칙에 반한다.

청구법인들의 2008년 OOO 사업비 집행내역은 인건비 OOO원으로, 면세사업에 관련된 매입세액을 실지귀속에 따라 계산한다는 것은 실제로 공통비용을 발생시킨 부분에 대해 공통매입세액을 배분한다는 것뿐만 아니라, 공통비용을 발생시키지 않은 부분에 대해서는 공통매입세액을 배분하지 않는다는 것을 의미하는 바,

조세심판원은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용된 측면이 있는 매입세액의 경우에도, 실제로 그것이 면세사업에 기여한 바가 극히 적고 주로 과세사업에 기여하였는데, 그럼에도 이를 공통매입세액으로 보아 안분계산을 하게 될 경우 당해 사업자에게 불합리한 결과가 발생한다고 볼 수 있는 경우에는 그 매입세액이 과세사업에 실지귀속된 것으로 보아야 하고, 이러한 판단과 관련해서는 당해 사업자의 면세사업 내용의 공익성도 아울러 고려할 수 있다는 것(조심 2011서944, 2013.9.24.)이라 결정한바 있는 점,

이 사건에서, ① 청구법인들이 수행하고 있는 특별동차운영 관련 사업은 철산법 제32조 제2항 제3호에 따라 국가의 특수목적을 수행하기 위한 것으로서 그 자체로 공익성이 매우 크고, ② 실제로 특별동차 운행횟수가 2008～2012년 기간 동안 연 약 40회 미만에 불과하여 그 발생비용이 청구법인들의 전체사업에서 차지하는 비율이 극히 적을 뿐 아니라, ③ 그 비용의 내역도 개별적으로 확인되는 것으로서 대부분이 승무원 인건비에 해당하여 매입세액이 거의 발생하지 아니하며, ④ 청구법인들은 국가로부터 위 특별목적사업비를 공익서비스비용에 대한 보조금 형태로 지급받고 있고 이것이 용역제공과 대가관계가 없어 부가가치세의 과세대상이 아닌 것으로 처리되고 있음을 고려하여 특별동차운영단의 사업비 지출 시 발생된 매입세액을 모두 불공제로 처리하고 있고, ⑤ 그럼에도 특별동차 관련 보조금을 면세운송사업과 동일한 것으로 보아 공통매입세액안분계산에 포함시킬 경우, 부당하게 불공제 대상인 매입세액을 증가시키게 되어 청구법인들에게 불합리한 결과가 발생하는 점 등에 비추어 특별동차 운영사업에 관해서는 그 사업을 위해 직접 지출된 비용만이 사용되었고, 다른 공통비용이 위 사업에 사용되지는 않았으므로 특별동차 운영 및 유지관련 보상금은 공통매입세액 안분계산에서 제외하여야 한다.

(8) 처분청의 의견은 아래와 같다.

(가) 쟁점공익서비스비용은 철도운송사업과 밀접한 관계가 있는 부가가치세 비과세수입으로 관련 법령과 정부와의 계약에 의해 용역제공을 약정하고 실제 그 용역이 제공되어야만 대가를 수취할 수 있어 아무런 반대급부 없이 재정적 원조의 목적으로 지원되어 사업관련성이 적은 국고보조금과 성격이 다르다.

1) 청구법인들의 내부문건인 국가재정운용계획 수립을 위한 중장기사업계획(안)에 따르면 PSO운송수입을 “공익서비스보상”으로 칭하면서 청구법인들의 사업으로 인식하고 있고, 회계상 수익인식 요건을 충족한 철도운송사업 수입금액을 결산서에 반영하면서 외부 회계감사를 통해 적정의견을 받아오고 있으며, 이중 쟁점공익서비스비용을 주요 운송수익의 항목으로 분류하고 있는데, 이는 주된 사업과 관련이 없는 단순한 익금이 아닌 주된 사업활동의 결과로서 발생된 청구법인들의 수입금액임을 입증하는 것이고, 쟁점공익서비스비용은 재화와 용역의 제공에 따라 이용자에게 직접 받은 대가가 아닌 국가로부터 대신 받은 대가이므로 부가가치세 과세표준에 포함되는 공급가액은 아니라 하더라도 수익인식 요건을 충족한 철도운송 관련 사업수입이다.

2) 「부가가치세법」은 재화와 용역의 공급에 따라 직접적인 대가관계에 의하여 지급받은 금액은 과세 또는 면세 수입금액으로 분류하고 있으며, 비과세 공급가액은 재화 또는 용역의 공급에 대한 직접적인 대가관계를 전제로 하지 않는 것으로서 법문에서 정의하고 있지는 않지만, 직접적인 대가관계가 없으나 사업과 관련하여 지급받은 대가와 재화와 용역의 공급과 관계가 없거나 부가가치를 창출하지 않는 용역의 공급에 대하여는 과세대상 수입이 아니므로 아래 ＜표2＞와 같이 비과세 수입으로 보고 있는바,

청구법인들의 운송사업 수익 종류와 부가가치세 과세대상 여부는 아래 ＜표3＞과 같은데, 사업수입과 관련하여 재화와 용역을 제공하고 그 제공받은 당사자로부터 직접 그 대가를 수취한 경우 「부가가치세법」에서 규정한 과세․면세대상 공급가액이지만, 쟁점공익서비스비용의 경우 재화와 용역을 제공받은 당사자는 운송용역을 제공받는 승객이나 계약에 의해 운송용역의 대가를 지급하는 당사자는 국가로서 재화와 용역을 공급받는 자와 대가를 지급하는 자가 다르므로 부가가치세 비과세 수입에 해당한다.

3) 공익사업에 대하여 「노동조합 및 노동관계조정법」에 따르면 “공중의 일상생활과 밀접한 관련이 있거나 국민경제에 영향력이 큰 사업”을 말하며, 특히 철도사업을 필수 공익사업에 포함”하고 있고, 철도운송사업이 공익사업에 포함되어 있어 국가는 철산법을 제정하면서 특정 공익서비스의 종류를 규정하여 공익서비스를 제공할 것을 요구하며 이행에 대한 대가를 지급하고 있는바, 쟁점공익서비스비용은 철산법 제32조에 따라 청구법인들의 공익서비스 제공으로 발생하는 비용을 국가 또는 당해 철도서비스를 요구한 자가 부담토록 하면서 같은 법 제33조에 따라 국토교통부와 계약을 체결하고 지급받는 금액으로서,

① 철도를 이용하는 노약자․장애인 등에게 요금할인 및 감면금액을 보전해 주고 있어 철도운송용역을 제공하여야만 받을 수 있는 것으로 철도운송사업과 관계가 있으며,

② 벽지노선은 철도이용자 수가 적어 수지균형의 확보가 극히 곤란하여 벽지의 노선 또는 역의 철도서비스를 중지하여야 되는 경우 공익목적을 위하여 기초적인 철도서비스를 계속하는 노선에 대한 원가를 보상해 주는 금액이므로 노선유지를 전제로 사업에 지출된 비용을 직접 보전해주기 때문에 운송사업과 관련성이 매우 높고,

③ 특별동차 운영비용에 대한 감면은 대통령 등이 특별동차를 이용하여 철도를 이용할 수 있도록 운영되는 특별동차운영단의 비용을 부담하는 것으로 특정 대상자를 위한 철도서비스에 해당하며,

대가 산정에 있어서도 청구법인들의 운송사업 관련 수입과 그 운송사업에 지출된 비용을 기준으로 보상금액을 정산하고 있으므로 운송사업과 관련한 수입이 없거나 운송관련 공익서비스를 제공하지 않는다면 보상을 받을 수 없기 때문에 운송사업과 밀접한 관련이 있고, 운송용역을 제공하거나 구체적으로 제공된 내역을 정산하는 방법으로 그 대가를 산정하고 있으므로 국가가 청구법인들에게 반대급부나 대가관계 없이 제공하는 재정적 지원이라고 볼 수 없으므로 일반적인 국고보조금과는 성격이 다르다.

(나) 과세사업과 관련없는 매입세액은 불공제 대상이므로 쟁점공익서비스비용과 관련하여 철도운송사업과 공통으로 발생하는 전기료, 선로사용료 등은 불공제 대상이며, 공통매입세액 안분계산 방법이 법조문에 명시되어 있지 않으나, 판례 등은 「부가가치세법 시행령」제61조의 규정을 유추적용하도록 하고 있다.

1) 쟁점공익서비스비용은 청구법인들이 영위하는 철도운송사업과 밀접한 관계가 있으며, 아래 ＜표4＞와 같이 과세사업과 공통으로 사용되는 재화와 용역이 존재하고 있는바,

선로사용료는 청구법인들이 국가소유인 선로를 사용함에 따라 지급하여야 할 의무가 있는 비용으로 선로는 운송사업 전반에 사용되므로 운임 할인과 관련한 여객운송에 사용되고, 벽지노선의 선로에 대한 사용료를 지급하고 있으므로 공통으로 사용되는 매입세액이며,

기관차 매입대금은 선로위를 이동하는 객차의 동력이 되는 시설장치로 운송사업을 위하여 사용하는 기관차는 주로 여객운송사업에 사용되며 전국의 선로를 모두 이용하여 일반노선과 벽지노선의 사용을 구분하여 사용하지 아니하고,

기관차가 이동하기 위한 동력원으로 유류와 전기가 사용되며, 기관차는 일반노선과 벽지노선을 모두 운행하므로 공통으로 사용되는 매입세액에 해당하고, 기타는 공동사옥, 철도자산 관련 세금과공과(관세)등으로 철도시설장치 제어 및 사업 유지에 필요하여 지출된 항목들이다.

2) 대법원은 매입세액 불공제 방법에 대하여 「부가가치세법 시행령」 제61조를 유추적용할 수 있는 것으로 판시(2011.9.8. 선고 대법원2009두16268 판결)하였고, 이와 같은 방식으로 비과세사업과 관련된 공통매입세액을 안분하는 것은 기존 대법원 판례 등으로 적용방법이 확립되어 있어 법 개정으로 새롭게 공통매입세액 안분대상을 추가한다는 창설적 규정에 해당하지 아니하며, 비과세 사업수입에 대한 공통매입세액 안분계산 방법이 미비하다는 지적에 따라 2013년 「부가가치세법 시행령」을 개정하면서 동일한 방법(면세사업에 비과세사업을 포함하여 계산하는 방법)으로 명확화 한 것일 뿐 종전과 전혀 다르지 아니하고, 청구법인들 역시 해당 법령 개정 이후 쟁점공익서비스비용을 비과세수입으로 하여 공통매입세액을 안분하여 계산하였다.

3) 청구법인들은 운송사업을 영위하면서 부가가치세가 과세되는 용역과 면세되는 용역, 비과세되는 용역을 모두 제공하고 있으므로 운송사업에 공통적으로 사용되는 재화와 용역이 존재하여 부가가치세가 과세되는 사업과 관련한 매입세액을 적정한 방법으로 안분하여 공제대상 매입세액을 계산하여야 할 것인바,

가) KBS수신료 판결 및 EBS수신료 판결은 수신료에 대하여 사업과 관계없이 받은 부담금으로 서비스에 대한 대가로 지급받은 수수료가 아니어서 공통매입세액 안분계산대상이 아니지만, 대가관계를 인정할 만한 비과세 수입이 존재한다면 그 사업과 관련하여 발생한 공통매입세액은 안분 계산 대상이라는 취지로서 모두 방송용역의 대가를 판단함에 있어 방송을 이용(시청)한 이용자로부터 직접 받은 대가로 한정하여 판단한 사실이 없으며, 또한 쟁점공익서비스비용은 공공서비스 계약에 따른 공익성 철도운송용역 공급과 발생 원가 보상 등 대가 관계 및 한국철도공사의 주된 사업 관련성으로 볼 때 과세 또는 면세 용역으로 볼 여지도 있어 공급한 용역과 관계없이 받은 공과금과 같은 준조세 성격의 수신료 등과는 다르고,

카지노판결은 도박수입에 대하여 부가가치를 창출하는 것이 아니어서 부가가치세 과세대상에 해당하지 아니하며, 카지노사업은 부가가치세 과세사업과 부가가치세 비과세사업을 함께 하는 사업이므로 매입세액 중 과세사업과 비과세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 안분계산 대상에 해당한다는 취지이고, 대전고등법원 판결은 본래의 업무수행에 사용 되도록 지급되는 국가보조금을 비과세영역(원고의 본래 업무)의 공급가액으로 간주하여 원고의 공통매입세액을 안분계산하는 방법이 가장 현실적이고 합리적인 대안으로 보인다고 판단한 것이다.

나) 위 판결들의 주요내용은 비과세사업관련 공통매입세액을 안분하기 위해서는 비과세 사업에 따른 수입이 존재하여야 하며, 비과세 사업의 성격상 직접 대응되는 수입금액이 존재하지 않더라도 그 사업과 관련성이 매우 높거나 그 사업을 위해 지급되는 국고보조금이 있다면, 과세사업과 비과세사업 공통으로 사용되는 재화나 용역의 매입세액이 있는 경우 공통매입세액을 적정한 방법으로 안분하여 비과세사업 관련 매입세액을 불공제 하여야 하고, 반면 비과세사업 관련 수입이 없거나 지급받은 보조금 등이 비과세사업과 관련성이 없는 경우에는 비과세사업 수입금액이 0이어서 다른 방법으로 공통매입세액을 안분하여 계산하여야 한다( 「부가가치세법 시행령」 제61조 제1항을 적용할 수 없다)는 취지이며,

청구법인들의 운송사업에는 과세사업과 면세사업, 비과세사업이 있고, 비과세사업 수입금액은 운송사업과 관련성이 매우 높아 이를 운송사업과 관련없이 지급받은 보조금으로 취급할 수 없으며, 쟁점공익서비스비용은 공익서비스 제공에 대한 대가를 받은 것으로 운송사업과 전혀 관계없이 받은 금전이 아님은 분명하므로 쟁점공익서비스비용은 비과세수입으로서 「부가가치세법 시행령」 제61조의 규정을 적용하여 공통매입세액을 안분계산하여 과세한 처분은 대법원의 판결에도 부합한다.

(다) 특별동차를 운행함에 있어 직접 대응되는 매입세액은 전액 불공제 하는 것이고 운행에 따라 발생하는 공통매입세액(선로, 전기 및 유류의 사용, 기타 유지보수 관련 비용)은 불공제 대상이다.

쟁점공익서비스비용은 법률상 계약관계에 따라 다른 공익서비스와 같이 계약이 이루어지고 있으며, 대금도 같이 지급되고 있어 다른 비과세사업과 더불어 공통매입세액이 발생하고 있는데 특별동차 운영 부분만을 구분하여 전체 운송사업에 대한 비중이 작다는 이유만으로 별도로 구분하여 판단하여야 할 이유가 없는 점,

비과세 사업에 직접적으로 사용된 재화와 용역관련 매입세액을 불공제하는 것은 당연한 것이며, 청구법인들이 불복의견서에 적시한바와 같이 특별동차를 실제 운행하여 공통으로 사용된 재화와 용역에 따른 매입세액이 존재하고, 선로사용료와 전기료 등이 공통적으로 사용되고 있어 다른 쟁점공익서비스비용과 동일한 방법으로 불공제 하여야 하는 점 등에 비추어 특별동차 운영 및 유지관련 보상금도 다른 쟁점공익서비스비용과 별도로 구분하여 판단하여야 할 사항이 아니므로 청구법인들의 주장은 이유없다.

(9) 이상의 사실관계와 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인들은 쟁점공익서비스비용이 용역제공과 대가관계 없이 수령한 국고보조금 등으로서 공급가액에 포함되지 아니하므로 공통매입세액 안분계산 대상에 해당하지 아니하고, 특별동차 운영 및 유지관련 보상금을 공통매입세액 안분계산에 반영하는 것은 실지귀속의 원칙에 반한다고 주장하나,

「부가가치세법 시행령」 제61조는 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액 중 과세사업에 관련된 매입세액으로서 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 있는 세액과 면세사업에 관련된 매입세액으로서 그 매출세액에서 공제받을 수 없는 세액을 안분계산하는 방법 등을 규정하고 있고, 위 규정은 동일한 사업자가 부가가치세 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우에도 적용되는 것(2006.10.27. 선고 대법원 2004두13288 판결, 같은 뜻임)인 바,

쟁점공익서비스비용은 청구법인들이 이를 철도운송사업 수입금액에 포함하여 회계처리하는 등 수익인식요건을 충족한 철도운송 관련 사업수입에 해당하는 것으로 보이며, 공익서비스 제공으로 발생하는 비용을 국토교통부와 계약을 체결하고 지급받는 금액으로서, 요금할인 및 감면금액은 철도운송용역을 제공하여야만 받을 수 있고, 벽지노선은 기초적인 철도서비스를 계속하는 노선에 대한 원가를 보상해 주는 금액이므로 노선유지를 전제로 사업에 지출된 비용을 직접 보전하는 것으로서 운송사업과 직접 관련되며, 특별동차 운영비용에 대한 감면은 특정 대상자를 위한 철도서비스에 해당하고, 운송사업과 관련한 수입이 없거나 운송관련 공익서비스를 제공하지 않는다면 보상을 받을 수 없기 때문에 철도운송사업과 밀접한 관련이 있는 점,

쟁점공익서비스비용과 관련하여 발생하는 매입세액 중 선로사용료는 운송사업 전반에 사용되므로 운임 할인과 관련한 여객운송 및 벽지노선의 선로에 대하여 공통으로 사용되며, 기관차 매입대금은 주로 여객운송사업에 사용되는데 전국의 선로를 모두 이용하여 일반노선과 벽지노선의 사용을 구분하여 사용하지 아니하고, 기관차가 이동하기 위하여는 유류와 전기가 사용되며, 기타 공동사옥, 철도자산 관련 세금과공과 등은 철도시설 제어 및 사업유지에 필요하여 지출되는 등 공통으로 사용되는 매입세액에 해당하는 것으로 보이는 점,

쟁점공익서비스비용은 부가가치세 과세사업이 아닌 비과세사업과 관련된 수입에 해당하는 것으로 보이는 바, 부가가치세 비과세사업에 관련된 매입세액 역시 과세사업의 매출세액에서 공제받을 수 없는 것으로서 면세사업에 관련된 매입세액과 다를 바 없고, 청구법인들이 과세사업 등에서 발생하는 수입 외에 지급받는 쟁점공익서비스비용에 대하여 공통매입세액을 안분계산함에 있어 이를 반영하지 아니하면 과세사업과 관련이 없는 사업에 대한 매입세액까지 매출세액에서 공제되어, 그만큼 부당하게 세액을 공제받는 결과를 초래하는 점(조심 2012구2583, 2014.10.2., 같은 뜻임) 등에 비추어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 「부가가치세법 시행령」제61조의 규정에 따라 비과세사업인 쟁점공익서비스비용을 반영하여 안분 계산함으로써 과세사업 해당분에 한하여 매입세액을 공제하여야 할 것으로 보이므로 이에 반하는 청구주장은 받아들이기 어렵다 할 것이다(조심 2010중3125, 2010.12.29. 외 다수, 같은 뜻임).

따라서, 처분청이 쟁점공익서비스비용을 공통매입세액 안분계산 대상으로 보아 부가가치세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 따라 주문과 같이 결정한다.

＜별지2＞ 관련 법령

(1) 부가가치세법

제13조(2007.12.31. 법률 제8826호로 개정된 것) [과세표준] ② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다.

4. 국고보조금과 공공보조금

제17조(2007.12.31. 법률 제8826호로 개정된 것) [납부세액] ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액"이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액"이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액"이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액"이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지 관련 매입세액

⑤ 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고납부하여야 한다.

⑥ 제2항 제4호의 규정에 따라 매입세액이 공제되지 아니한 재화를 과세사업에 사용하거나 소비하는 때에는 그 사업자는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 그 과세사업에 사용하거나 소비하는 날이 속하는 과세기간의 매입세액으로 공제할 수 있다.

제17조(2011.12.31. 법률 제11129호로 개정된 것) [납부세액] ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

(2) 부가가치세법 시행령

제48조(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것) [과세표준의 계산] ⑩ 법 제13조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다.

제61조(2008.5.26. 대통령령 제20791호로 개정된 것) [매입세액의 안분계산] ① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.