원심판결 이유에 의하면 원심은, 원고가 1986. 12. 22. 서울 성북구 (주소 생략) 대지 96㎡ 및 그 지상 주택 1동 56.1㎡(이하 이 사건 대지 및 구 주택이라 한다)의 소유권을 취득하여 그 무렵부터 그 곳에서 거주하여 오다가 1991. 6.경 구 주택을 철거하고 1992. 2. 6. 같은 지상에 다가구 주택 1동(지층 54.93㎡, 1층 56.84㎡, 2층 54.94㎡ 합계 166.71㎡, 이하 신 주택이라 한다)을 신축·준공한 후 그 1층에서 거주하여 오다가 1994. 7. 2. 이 사건 대지와 신 주택 전부를 일괄하여 소외인에게 양도한 사실, 피고는 1995. 8. 16. 이 사건 대지 및 신 주택 전부가 양도소득세 과세대상에 해당하는 것으로 보고 기준시가에 의하여 양도차익을 계산한 결과, 신 주택에 대하여는 양도차익이 없으나, 이 사건 대지에 대하여는 양도차익이 발생한 것으로 보아 양도소득세 금 16,910,932원을 부과고지하였다가, 같은 해 11. 17. 이 사건 대지 중 신 주택의 전체면적에서 원고가 거주한 1층의 면적이 차지하는 비율에 상응하는 면적인 32.73㎡(96㎡×56.84/166.71)는 양도소득세 비과세 대상인 1세대 1주택에 부수되는 토지에 해당하는 것으로 보고, 나머지 면적 63.27㎡의 양도차익에 대한 양도소득세를 산출하여 세액을 금 10,961,253원으로 감액경정하여 고지한 사실을 인정한 다음, 1세대 1주택의 경우 양도소득세를 비과세하는 입법취지 등에 비추어, 이 사건과 같이 구 주택을 헐고 같은 지상에 신 주택을 건축한 경우 구 주택의 보유기간 동안에 이미 그 대지가 1세대 1주택의 부수토지로서 양도소득세 비과세 대상에 해당되어 있었다면, 그 후 신 주택을 건축하여 대지와 함께 양도한 데 따른 양도소득세 과세대상 대지의 범위를 정함에 있어서도 적어도 구 주택의 면적에 따른 비과세 대상 대지면적만큼은 신 주택의 면적에 상관없이 비과세 대상이 된다고 설시하면서, 구 소득세법(1994. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것, 이하 법이라 한다) 제5조 제6호 (자)목 , 같은법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 개정되기 전의 것, 이하 영이라 한다) 제15조 제1항 본문, 제9항 등의 각 규정에 의하면, 이 사건 대지는 원고가 구 주택을 보유하고 있었던 동안에 이미 1세대 1주택의 부수토지로서 양도소득세 비과세 대상에 해당하였고, 또한 그 면적이 영 제15조 제9항 이 정한 1주택에 부수되는 한계면적 이내이어서 그 전부가 양도소득세 비과세 대상에 해당하므로, 이 사건 대지의 양도로 인한 소득을 과세대상으로 본 이 사건 과세처분은 위법하다고 판단하였다.

그러나, 종전의 주택을 철거하고 그 지상에 새로운 건물을 신축한 경우 그 새로운 건물이 주택이 아닌 경우에는 1세대 1주택의 범위에서 제외됨은 법률상 명백하고, 또한 신축한 건물이 주택인 경우에는 신·구 주택의 거주기간이나 보유기간을 통산한다고 하여도 그것이 영 제15조 제3항 에서 정한 이른바 겸용주택에 해당할 때에는 위 조항이 정하는 바에 의하여 비과세 요건을 갖춘 것으로 인정되지 아니하는 한, 종전의 주택이 1세대 1주택 비과세 대상이었다는 사유만으로는 곧바로 새로운 겸용주택 전부가 비과세 대상이 되는 것으로 취급할 수는 없다 ( 당원 1994. 4. 29. 선고 93누20764 판결 , 1994. 5. 24. 선고 93누21859 판결 등 참조).

기록에 의하면, 원고의 주장에 의하더라도 원고는 위와 같이 구 주택을 헐고 신 주택을 신축한 이래 이를 양도할 때까지 신 주택의 1층 부분만을 사용하였고, 나머지 2층과 지층은 임대하여 사용하여 왔다는 것인바, 사정이 이와 같다면 신 주택은 영 제15조 제3항 에서 정한 겸용주택에 해당하는 것으로 볼 수 있고, 또한 신 주택 중에서 원고나 그 가족이 거주에 사용한 1층 부분의 면적이 나머지 건물 부분의 면적보다 작은 이 사건의 경우에는, 이 사건 대지 중 신 주택의 전체 면적에서 원고나 그 가족의 거주 면적을 제외한 나머지 부분의 면적이 차지하는 비율에 상응하는 부분은 위 시행령 규정 등이 정하는 바에 따라 양도소득세 과세대상에 해당한다고 할 것이므로, 이와 반대의 취지를 전제로 한 원심판단은 다가구주택의 1세대 1주택 비과세범위에 관한 법리를 오해한 잘못이 있고, 이는 판결에 영향을 미쳤음이 명백하다. 이 점을 지적하는 논지는 이유가 있다.

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단케 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.