가. 원고는 1948. 12. 13. OO 내 향교의 문묘와 재산을 보존・관리하고 교육 및 교화사업 영위, 강연회, 학술강습 등의 개설, 유교진흥과 문화의 발전 등을 목적으로 설립된 비영리법인이다.

나. 원고는 20XX. XX. X. OO시 OO동 OOO 답 OOO㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 주식회사 AAA에 매매대금 OOO원에 매도하고, 그 처분이익을 원고의수익사업에서생긴소득으로보아20XX.X.XX.피고에게2013년도법인세 OOO원(이 중 이 사건 토지의 처분이익 관련 법인세 부분은 OOO원이다)을 신고‧납부하였다.

다. 원고는 2015. 2. 12. 피고에게, 이 사건 토지가 법인세법 제3조 제3항 제5호, 법인세법 시행령 제2조 제2항이 정하는 '해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것'으로서 법인세 부과 대상인소득에해당하지않는다고주장하면서이사건토지처분이익에관한법인세 OOO원을 0원으로 감액하여 달라는 경정청구를 하였다.

라. 피고는 이 사건 토지가 처분일 현재 3년 이상 계속하여 원고의 고유목적사업에 직접 사용된 고정자산에 해당하지 않는다고 보아 이 사건 토지 처분이익은 법인세법 제3조에서 정하는 과세소득의 범위에 해당된다는 이유로 2015. 4. 9. 원고에게 경정청구 기각결정을 하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2015. 7. 9. 조세심판원장에게 심판청구를 하였으나, 위 청구는 2015. 10. 5. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 향교재산법에 따른 비영리법인이고 그 소속의 AAA는 유교를 전파하고 유교문화를 연구하는 일종의 종교단체 및 학문연구 단체로서 조선시대에 조정으로부터 하사받은 이 사건 토지를 임대하여 그 수익을 AAA의 고유목적사업에 사용하여 왔고, 이 사건 토지는 AAA의 경내지에도 해당하므로, 이 사건 토지를 원고 고유사업목적을 위하여 사용한 것이라 볼 수 있다. 따라서 이 사건 토지의 처분이익은 법인세법 제3조 제3항 제5호, 법인세법 시행령 제2조 제2항에 따라 법인세 부과 대상인 소득에 해당한다고 할 수 없으므로, 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 비영리사업자가 당해 부동산을 '그 사업에 사용'한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, '그 사업에 사용'의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2005. 12. 23. 선고 2004다58901 판결 등 참조). 또한 '해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 것'으로서 그 처분이익이 법인세 부과대상에 해당하지 않는다는 점은 이를 주장하는 납세의무자가 입증하여야 한다.

2) 살피건대, 원고가 이 사건 토지의 처분일 현재 3년 이상 원고의 고유목적사업에 위 토지를 구체적으로 어떠한 목적과 현황으로 사용하였는지에 관하여 아무런 입증이 없을 뿐만 아니라, 오히려 원고 스스로도 2000년경 이후부터는 이 사건 토지가 사실상 휴경농지였음을 인정하고 있으므로, 이 사건 토지가 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 원고의 고유목적사업에 사용되었다고 볼 수도 없다. 또한 원고 소속 AAA의 고유목적사업 자체, 즉 유교의식, 유교종사자의 수행 및 생활과 피교육생에 대한 교육 등에 직접 사용되는 토지라 함은 향교의 대지로 사용하는 토지 및 그 고유목적사업을 수행할 목적으로 설치된 시설물의 부지 등으로 사용하는 토지를 의미한다고 봄이 상당하므로, 설령 이 사건 토지가 원고 주장과 같이 임대농지로 실제 사용된 사실이 있다고 하더라도 이는 이 사건 토지를 고유목적사업이 아닌 단순히 농지임대사업에 사용한 것에 불과할 뿐이고, 제3자로부터 받은 임대수입을 AAA의 목적사업에 사용하였다고 하더라도 달리 볼 것도 아니다.

나아가 이 사건 토지가 AAA의 경내지에 해당하는지에 관하여 보건대, 경내지라고 하기 위하여서는 그 토지가 AAA와 지리적‧공간적으로 밀접한 관련성을 갖고 있어야 하는데, 갑 제5, 6호증, 을 제3 내지 5호증의 각 기재 또는 영상 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 토지는 AAA의 소재지로부터 도로를 사이에 두고 직선거리로 약 650m 이상 떨어져 있고, 2000년경 이후부터는 휴경농지였음을 알 수 있으므로, 이 사건 토지를 AAA 경계 안의 토지 또는 그 주변의 토지로서 AAA의 유교의식, 유교종사자의 수행 및 생활과 피교육생에 대한 교육을 위하여 필요한 토지, 즉 경내지에 해당한다고 볼 수 없다.

3) 따라서 이와 같은 전제에서 한 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례