2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2002. 7. 31. 여객 자동차 터미널 운영업 등을 목적으로 설립된 법인으로 서， 2006 사업연도부터 2009 사업연도까지 구 조세특례제한법(2010.1. 1. 법률 제9921 호로 개정되기 전의 것과 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것， 이하 위 각 법률을 통칭하여 '구 조세특례제한법'이라 한다) 제7조 제1항에 따른 중소기업에 대한 특별 세액감면을 적용하여 피고에게 각 법인세를 신고 ・ 납부하였다.

나. 그런데 피고는 원고의 사업이 구 조세특례제한법 제7조 제1항에 따른 중소기업 특별세액 감면 대상 업종인 '운수업 중 여객운송업'에 해당하지 않는다고 보아， 2011. 6. 15. 원고 에 대하여 위 각 사업연도의 특별세액감면을 부인하여 2006년 귀속 법인세 000원， 2007년 귀속 법인세 000원， 2008년 귀속 법인세 0000원，2009년 귀속 법인 세 000원을 각 경정 ・ 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

인정근거 다툼 없는 사실， 갑 제1호증， 갑 제2호증， 갑 제4호증， 을 제1호증， 을 제 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 구 조세특례제한법 제7조 제1항에 따른 중소기업 특별세액감면 대상에 해당하는지 여부는 위 규정과 구 조세특례제한법 시행령(2010.2.18.대통령령 제22037호로 개정되기전의 것，이하 '구 조세특례제한법 시행령'이라 한다) 제2조 제1항에 따라서만 판단하여야 하므로， 원고가 영위하는 여객 자동차 터미널 운영업도 구 조세특례제한법 제7조 제1항에서 정한 '운수업 중 여객운송업'에 해당한다고 볼 수 있다. 그럼에도 원고의 사업이 '운수업 중 여객운송 업'에 해당하지 아니함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 원고로부터 법인세 신고를 위임받은 외부 회계전문가들은 원고가 구 조세특례제한법 제7조 제1항에 따른 중소기업 특별세액감면 대상에 해당하는지 여부를 국세종합상담센터에 질의하였고，그 상담자는 관련 예규(서면2팀-1189，2004. 6. 10)를 근거로 원고가 구 조세특례제한법에 따른 중소기업에 해당한다는 의견을 제시하였으며，이에 따라 원고가 2006 사업연도부터 중소기업 특별세액감면을 신청하자 피고도 이를 받아들여 4년동안 법인세 감면이 이루어졌는데，피고는 2011년에 이르러 원고의 보호가치 있는 신뢰에 반하여 이 사건 처분을 하였으므로，이 사건 처분은 신뢰보호의 원칙에 위배되어 위법하다.

3) 앞서 본 바와 같이 원고는 관련 예규의 해석 등을 신뢰하여 이를 근거로 중소기업 특별세액감면을 신청하였고 피고도 이를 받아들여 4년 동안 법인세 감면이 이루어졌는바，원고에게는 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있어 가산세를 부과할 수 없을 뿐만 아니라 이는 과세관청의 과실을 납세자에게 전가하는 것으로서 국세기본법 제 15조에서 정한 선의성실의 원칙에도 위배되므로，적어도 이 사건 처분 중 가산세 부과 부분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다.

판단

1) 원고가 중소기업 특별세액감면 대상에 해당하는지 여부

가) 구 조세특례제한법 제2조 제3항에서는 "이 법에서 사용되는 업종의 분류는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계법 제22조의 규정에 의하여 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의한다" 라고 규정하고 있고， 구 조세특례제한법 제7조 제1항에서는 중소기업이 법인세 등에 대한 특별세액감면을 받을 수 있는 업종으로 '운수업 중 여객운 송업' 등을 열거하면서도 그 업종의 분류에 관하여 특별한 규정을 두고 있지 아니하므로， 구 조세특례제한법 제7조 제1항에 따른 중소기업 특별세액감면 대상에 해당하는지 여부는 통계청 장이 고시하는 한국표준산업분류의 업종 분류를 기준으로 판단하여야 한다(구 조세특례제한법 제5조 제1항은 '중소기업'의 범위에 관하여 대통령령으로 정하도록 위임하고 있고， 이에 따라 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항에서는 중소기업의 범위에 관하여 '운수업 중 여객운송업' 등 다수의 업종을 열거하면서 그 열거된 사업을 주된 사업으로 영위하는 기업으로서 일정한 요건을 모두 갖춘 기업이라고 규정하고 있는바， 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항은 구 조세특례제한법이 적용되는 중소기업의 범위를 일반적으로 정한 것일 뿐， 구 조세특례제한법 제7조 제1항이 적용되는 업종의 분류까지 정하는 규정이라고 볼 수는 없다).

나) 그런데 한국표준산업분류(현행 한국표준산업분류와 2007. 12. 28. 통계청 고시 제2007-53호로 개정되기 전의 것， 이 사건에서 쟁점이 되는 업종의 분류에 관하여 양자는 대동소이하므로 이하에서는 2007. 12. 28. 통계청 고시 제2007-53호로 개정되기 전의 한국표준산업분류를 기준으로 한다)에서는 대분류항목인 '운수업'을 '육상 운송 및 파이프라인 운송업'，'수상 운송업'，'항공 운송업'，'여행알선，창고 및 운송관련 서비스 업'(현행 한국표준산업분류에서는 이를 '창고 및 운송관련 서비스업'으로 분류하고 있다) 등으로 세분하면서 '육상 여객 운송업'은 중분류항목인 '육상 운송 및 파이프라인 운송업'의 하나로 들고 있는 반면，'여객 자동차 터미널 운영업'은 이와 별개의 중분류 항목인' 여행알선，창고 및 운송관련 서비스업' 중 '육상 운송지원 서버스업'의 하나로 들고 있어，한국표준산업분류에 따르면 구 조세특례제한법 제7조 제1항 제l호의 '운수업 중 여객운송업'과 원고가 영위하는 '여객 자동차 터미널 운영업'은 명백하게 구별되고 있다.

다) 결국，원고가 영위하는 '여객 자동차 터미널 운영업'은 한국표준산업분류에 따르면 구 조세특례제한법 제7조 제1항 제1호의 '운수업 중 여객운송업'과 명백하게 구별되어 이에 해당하지 않고，달리 구 조세특례제한법 제7조 제1항 제1호 각 목에서 정한 감면 업종에도 해당하지 아니하므로，원고는 구 조세특례제한법 제7조 제1항에 따른 중소기업 특별세액감면 대상에 해당하지 않는다.

라) 따라서 이와 다른 전제에선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 신뢰보호의 원칙 위배 여부

가) 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 첫째，과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고，둘째，납세자가 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며，셋째，납세자가 그 견해 표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고，넷째，과세관청이 위 견해 표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것이고，한편，조세법령의 규정 내용 및 행정규칙 자체는 과세관청의 공적 견해 표명에 해당하지 아니한다(대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두403 판결 등 참조).

나) 이 사건에 관하여 보건대，갑 제3호증의 기재에 의하면，'법인이 여객터미널 운영 및 매표사업을 영위하는 경우 조세특례제한법상 중소기업에 해당하는지 여부'에 관한 원고 측 질의에 관하여 국세종합상담센터의 담당자는 관련 예규를 근거로 "법인이 여객터미널 운영 및 매표사업을 영위하는 경우 한국표준산업분류 체계에 따라 운수업의 범위에 여객 및 화물을 운송하는 산업활동과 이를 지원・보조하는 터미널 운영업(매표소 운영 포함)은 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항의 중소기업에 해당한다"라고 회신한 사실을 인정할 수 있으나，이러한 관련 예규나 국세종합상담센터 담당자의 답변은 여객 자동차 터미널 운영업을 영위하는 기업이 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항의 중소기업에 해당한다는 내용일 뿐 원고가 구 조세특례제한법 제7조 제1항에 따른 중소기업 특별세액감면 대상에 해당한다는 내용은 아닐 뿐만 아니라 이를 두고 과세관청이 공적인 견해 표명을 한 것이라고 볼 수는 없고，원고가 2006 사업연도부터 중소기업 특별세액감면을 신청하자 피고가 이를 받아들여 4년 동안 법인세 감면이 이루어졌다고 하더라도 이와 같은 사정만 으로 원고에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명이 확정적으로 이루어졌다고 보기도 어려우며，달리 이를 인정할 증거가 없다.

다) 따라서 신뢰의 대상이 되는 과세관청의 공적인 견해 표명이 있었음을 전제로 한 원고의 이 부분 주장은 나머지 점에 관하여 더 나아가 판단할 필요 없이 이유 없다.

3) 가산세 부과 부분의 위법 여부

가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법의 규정된 신고，납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의，고실은 고려되지 않는 것이고，다만 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(대법원 1997. 5. 16. 선고 95누14602 판결， 대법원 2005. 11. 25. 선고 2004두930 판결 등 참조).

나) 구 조세특례제한법 제7조 제1항과 한국표준산업분류 등 관련 법령을 종합하여 보면 원고가 영위하는 여객 자동차 터미널 운영업이 구 조세특례제한법 제7조 제1항 제1호의 '운수업 중 여객운송업'에 해당하지 아니함은 명백하고，그럼에도 원고는 앞서 본 바와 같은 관련 예규나 국세종합상담센터 담당자의 답변 등을 잘못 이해하여 관련 법령의 해석을 그르침으로써 자신이 구 조세특례제한법 제7조 제1항에 따른 중소기업 특별세액감면 대상에 해당 한다고 믿은 것이므로，원고에게 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 볼 수는 없고，달리 이 사건 처분 중 가산세 부과 부분이 국세기본법 제15조에서 정한 신의 성실의 원칙에 위배된다고 볼 만한 사정도 없다.

다) 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면，이 사건 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.