양도소득세는 기간과세의 원칙이 적용되어 당해 과세기간 중에 발생한 양도소득을 모두 합산하여 그 과세표준과 세액을 산출하여 총괄적으로 신고함으로써 구체적 납세의무가 확정되는 점, 양도소득과세표준 예정신고(이하 예정신고라 한다)를 이행한 경우에도 소득세법 제110조 제2항 단서, 소득세법 시행령 제173조 제4항 제1호내지 3호에 해당하는 때에는 반드시 양도소득과세표준 확정신고(이하 확정신고라 한다)를 하여야 하는 점, 그 밖에 예정신고납부의 예납적 성격, 예정신고 및 자진납부의 불이행에 대하여 가산세가 부과되지 않는 점 등을 종합하여 보면, 납세자가 예정신고를 한 후 그와 다른 내용으로 확정신고를 한 경우에는 그 예정신고에 의하여 잠정적으로 확정된 과세표준과 세액은 확정신고에 의하여 확정된 과세표준과 세액에 흡수되어 소멸하게 된다(대법원 2008.5.9. 선고 2006두1609판결 참조)

원심이 적법하게 확정한 사실관계에 의하면, 원고는 2005.10.7. 주식회사 ○○주택과 사이에 원고가 위 회사에 원고 소유인 대구 ○○구 ○○동 459 답 2,327㎡, 위 ○○동 461 답 3,398㎡, 위 ○○동 678-○ 대 58㎡(이하 위 토지들을 합하여 이 사건 토지라 한다)를 매매대금 195억 5천만 원에 매도하되, 원고가 2006.3.30.까지 이 사건 토지 지상에 이는 건축물을 철거하기로 하는 내용의 매매계약을 체결하고, 2005.10.27. 주식회사 ○○주택 앞으로 소유권이전등기를 마친 사실, 원고는 2005.12.7. 피고 산하 서울 강남세무서장에게 이 사건 토지의 양도에 관하여 그 양도소득금액을 32억 40,375,580원으로 산정하여 예정신고를 하고 10억 96,238,440원을 납부한 사실, 그 후 원고는 2006.5.29. 강남세무서장에게 원고가 예정시고 후에 이 사건 토지 지상 건축물을 철거하였다는 이유로 그 건축물의 취득가액 등도 필요경비로 추가산입하여 이 사건 토지의 양도소득금액을 29억 57,410,658원으로 산정하여 확정신고를 한 사실 등을 알 수 있다. 사정이 이와 같다면 앞서 본 법리에 비추어 볼 때, 원고가 당초에 한 예정신고는 확정신고에 흡수되어 소멸되고 원고의 양도소득세 납세의무는 확정신고에 의하여 확정되었다 할 것이다.

그럼에도 불구하고 원심은, 원고가 납부한 세액이 확정신고 된 과세표준에 따라 산출된 세액을 초과한다고 주장하며 그 납부액과 확정신고에 따른 세액의 차액의 반환을 구하는 원고의 이 사건 청구에 대하여, 원고가 당초에 한 예정신고에 의하여 납세의무가 확정되었음을 이유로 이를 배척하였는바, 이러한 원심판결에는 예정신고와 확정신고의 관계 등에 관한 법리를 오해하여 심리를 다 하지 않은 위법이 있다.

그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리ㆍ판단하게 하기 위하여 원심법원으로 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같은 판결한다.