2. 피고가 2012. 3. 6. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 법인세 106,693,476원의 부과 처분 중 10,786,954원을 초과하는 부분을 취소한다.

3. 소송비용 중 1/3은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2012. 3. 6. 원고에 대하여 한 2007 사업연도 법인세 총 결정세액 45,521,833원의 부과처분 중 2,241,410원을 초과하는 부분을 취소하고, 2008 사업연도 법인세 106,693,476원의 부과처분 중 10,786,954원을 초과하는 부분을 취소한다.

가. 원고는 1999. 12. 9. 지질조사 및 탐사서비스업 등을 목적으로 설립된 회사로서 대표이사가 2007. 10. 19. aaa에서 bbb으로 변경되었고 2009. 6. 5. 폐업하였다.

나. 1) 원고는 2009. 3. 27. 2008 사업연도 법인세 신고 시, 2007년 말 당시 장부상 기재가 누락된 1,397,105,527원을 aaa에 대한 가지급금으로 보아 이를 익금산입하면서 aaa에 대한 상여로 소득처분하였고, 2009. 6. 8. 위 익금산입액 1,397,105,527원 중 1,235,450,639원은 그대로 aaa에 대한 상여로, 나머지 161,654,888원은 유보로 소득처분하는 내용으로 수정신고하였다. 위 1,235,450,639원의 구체적인 내역은 다음과 같다.

2) 원고가 이 사건 소로 다투어 쟁점이 되고 있는 부분은 위 표 중 음영 처리된 ㉠~㉢부분에 한하고, 이와 관련하여 원고가 행한 회계처리(분개) 및 원고가 했어야 할 올바른 회계처리(분개)는 별지 회계처리 내역 각 '청구법인이 행한 분개'란 기재와 같다.

다. aaa는 안양세무서로부터 2008 사업연도 귀속 상여 소득 1,235,450,639원에 대한 종합소득세 예정고지 통지를 받은 후, 2010. 10. 4. 안양세무서장에게 대표이사가 bbb으로 변경된 이후인 2008년 귀속 소득을 자신에 대한 상여로 소득처분한 것은 부당하다는 이유로 과세전적부심사를 청구하였고, 이에 안양세무서장은 피고에게 가지급금 등의 소득처분 시기는 원고와 aaa 사이의 특수관계가 소멸하는 날이므로 2008년이 아닌 2007년 귀속으로 재결정하라고 회신하였다.

라. 이에 피고는 2011. 9. 8.부터 2011. 9. 27.까지 위 상여 처분과 관련한 소득의 귀속자, 소득의 귀속시기 구분 및 확정을 위하여 원고에 대한 법인세 부분조사를 실시하였고(이하 '이 사건 세무조사'라 한다), 그 결과 별지 표 기재와 같이 원고의 대표이사변경일인 2007. 10. 19.을 기준으로 재계산한 aaa에 대한 가지급금 695,054,000원 및 이에 대한 인정이자 34,499,000원, 가공 매출채권 220,000,000원 합계 949,553,294원을 2007 사업연도에 익금산입하면서 aaa에 대한 상여로 소득처분하고, 원고가 가공 선급금으로 대체 처리한 cc엔지니어링 및 dd엔지니어링에 대한 미지급금 합계 151,975,000원(이하 '이 사건 ㉠ 금원'이라 한다), 임차보증금 반환 명목으로 수령하였으나 대표이사 가지급금의 반환으로 계상한 50,000,000원(이하 '이 사건 ㉡ 금원'이라한다) 합계 201,975,000원은 2007 사업연도에 익금산입하여 당시 대표이사인 bbb에 대한 상여로 소득처분함과 동시에 같은 금액을 손금산입(△유보)하고, 이를 2008 사업연도에 다시 손금불산입(유보)하며, 2008 사업연도에 가지급금으로 계상한 100,000,000원(이하 '이 사건 ㉢ 금원'이라 한다)은 당초 원고의 신고 내용대로 익금산입하되 그 소득의 귀속자만 당시 대표이사인 bbb으로 보아 bbb에 대한 상여로 소득처분을 변경하기로 결정하였다(이하 '이 사건 세무조사 결과'라 한다). 위 내용을 정리하면 다음과 같다(이하 '이 사건 조정내역'이라 한다).

마. 피고는 2011. 12. 12. 원고에게 이 사건 세무조사 결과를 통지하였고, 이에 원고가 과세전적부심사를 청구하였으나 2012. 1. 18. 기각되었다.

바. 피고는 2012. 2. 1. 이 사건 조정내역을 비롯하여 별지 표 기재와 같이 원고의 2007, 2008 사업연도 각 소득금액을 조정하여 원고의 2007 사업연도 법인세에 대하여는 28,939,430원의 감액경정을, 2008 사업연도 법인세에 대하여는 106,693,470원의 증액경정을 한 다음, aaa에게 2007년 귀속 소득금액 949,553,294원에 대한 소득금액변동통지를(이하 'aaa에 대한 소득금액변동통지'라 한다), bbb에게 2007년 귀속 소득금액 201,975,000원, 2008년 귀속 소득금액 100,000,000원에 대한 각 소득금액변동통지를 각각 하였다(이하 'bbb에 대한 소득금액변동통지'라 한다).

사. 피고는 2012. 3. 6. 원고에게 위와 같이 증액경정된 2008 사업연도 법인세 106,693,470원을 납부할 것을 고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

아. 원고는 이에 불복하여 2012. 5. 25. 국세청장에게 이의신청을 제기하였으나 2012. 7. 26. 기각되었고, 2012. 9. 10. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2013. 6. 24. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3 내지 9, 20 내지 22호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 이 사건 ㉠ 금원 관련

원고는 2007 사업연도 당시 대표이사 aaa에게 지급된 가지급금이 너무 많아 원고의 신용평가가 저하될 것을 우려하여, 별지 회계처리 내역 1. 가. 1) '청구법인이 행한 분개'란 기재와 같이 기중에 가공의 현금 129,920,000원을 가지급금 회수 명목으로 유입시킨 후 2007. 11. 29. 위 가공의 현금으로 선급금을 지급한 것으로 분개하고, 2007. 12. 14. 위 가공 선급금으로 cc엔지니어링에 대한 외주공사비(매입)를 지급한 것으로 분개함으로써 결국 별지 회계처리 내역 1. 가. 2) 기재와 같이 미지급금 129,920,000원을 가지급금으로 대체 분개하여 미지급금과 가지급금을 동시에 감액하는 회계처리를 한 후 별지 회계처리 내역 1. 나. 기재와 같이 2008 사업연도에 이를 환원하는 수정 회계처리를 하였으며, dd엔지니어링에 대한 22,055,000원에 대하여도 동일하게 회계처리가 이루어졌다.

이와 같이 위 회계처리 과정에서 이 사건 ㉠ 금원 151,975,000원 상당의 현금이 사외로 유출된 바 없었고, 설령 유출되었더라도 원고가 위 수정 회계처리를 통해 위 ㉠ 금원을 가지급금으로 계상함으로써 이를 회수할 의도였음을 알 수 있는 이상, 피고는 ① 2007 사업연도에 이 사건 ㉠ 금원을 'bbb에 대한 상여'가 아닌 '사내유보'로 소득처분하여야 하고, ② 2008 사업연도에는 위 수정 회계처리 내역을 감안하여 이 사건 ㉠ 금원을 추가로 차감조정하여야 한다.

나. 이 사건 ㉡ 금원 관련

원고는 2007. 12. 17. 별지 회계처리 내역 2. '청구법인이 행한 분개'란 기재와 같이 50,000,000원의 임차보증금을 반환받았음에도 착오로 가지급금을 회수한 것으로 회계처리한 후 2008. 1. 1.에 이를 환원하는 수정 회계처리를 하였다. 이처럼 원고는 대표이사로부터 회수해야 할 가지급금 채권을 포기한 것이 아니라 단순 착오에 의하여 회계처리 하였을 뿐이므로 이 사건 ㉡ 금원 50,000,000원 상당의 현금이 사외로 유출된 바 없었다. 따라서 피고는 ① 2007 사업연도에 이 사건 ㉡ 금원을 'bbb에 대한 상여'가 아닌 '사내유보'로 소득처분하여야 하고, ② 2008 사업연도에는 위 수정 회계처리 내역을 감안하여 이 사건 ㉡ 금원을 추가로 차감조정하여야 한다.

다. 이 사건 ㉢ 금원 관련

원고는 aaa에게 2008. 2. 5. 5,000,000원, 2008. 2. 11. 5,000,000원, hhh에게 2008. 3. 5. 70,000,000원, 2008. 4. 1. 20,000,000원, 합계 100,000,000원(이 사건 ㉢ 금원)을 송금한 것에 대해 별지 회계처리 내역 3. 기재와 같이 각 가지급금으로 회계처리하였다. 그러나 사실 이 사건 ㉢ 금원 100,000,000원은 aaa가 원고의 대표이사로 있던 시기에 발생한 부외채무(사채)를 변제한 금액이고, 원고는 당초 aaa가 위 금원을 반환할 책임이 있다고 보아 2007. 10. 19.자로 원고와의 특수관계가 소멸한 aaa에 대한 가지급금으로 익금산입한 것이나 그 실질은 가지급금이 아니므로 특수관계 소멸 여부를 불문하고 익금산입의 대상에 해당하지 아니한다.

설령 피고의 주장과 같이 이 사건 ㉢ 금원이 bbb에 대한 가지급금이라고 하더라도, bbb은 2007. 10. 19.부터 원고가 폐업한 시점인 2009. 6. 5.까지 원고의 대표이사였으므로 2008 사업연도에는 원고와의 특수관계가 소멸된 바 없으므로 위 ㉢ 금원은 익금산입의 대상이 될 수 없다.

따라서 2008 사업연도에 관한 이 사건 조정내역 중 이 사건 ㉢ 금원의 익금산입(가산조정)을 취소하여야 한다.

3. 논의의 범위 한정

원고는 2007 사업연도 법인세와 관련하여 주로 이 사건 ㉠, ㉡ 각 금원의 가산조정에 따라 이루어진 소득처분을 'bbb에 대한 상여'에서 '사내유보'로 변경해달라는 취지로 다투고 있다. 그러나 상여 또는 유보 처분은 법인세의 결정 또는 경정을 함에 있어 익금산입액의 처리를 위하여 대외적으로 소득금액변동통지로 나타나기 전 단계에서 이루어지는 내부적인 세무회계상 소득처분의 한 종류에 불과하여 행정소송의 대상이 되는 처분이 아니고, 구 소득세법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22034호로 개정되기 전의 것) 제192조 제1항 단서4)에 따른 소득의 귀속자에 대한 소득금액변동통지도 원천납세의무자인 소득의 귀속자에 대한 법률상 지위에 직접적인 변동을 가져오는 것이 아니므로 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당하지 않으므로(대법원 2014. 7. 24. 선고 2011두14227 판결 참조), 소득의 귀속자는 자신에 대한 소득금액변동통지가 적법하지 아니한 경우에는 소득세 부과처분에 대한 취소소송 등을 통하여 그 흠을 주장하여 다툴 수 있을 뿐이다(대법원 2015. 1. 29. 선고 2013두4118 판결 참조). 그러므로 이하에서는 bbb에 대한 상여처분의 적법 여부에 대하여 논하지 않기로 한다.

4. 이 사건 소의 적법 여부

가. 직권 판단 - 2007 사업연도 법인세 취소 청구 부분

이 사건 소 중 2007 사업연도 법인세 취소 청구 부분의 적법 여부에 관하여 직권으로 살피건대, 감액경정처분은 당초의 신고 또는 부과처분과 별개인 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 신고 또는 부과처분의 변경이고 그에 의하여 세액의 일부취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로, 그 경정결정으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우 항고소송의 대상은 당초 신고나 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이다(대법원 1996. 11.15. 선고 95누8904 판결).

위 법리에 비추어 이 사건을 보건대, 피고는 2012. 2. 1. 원고에게 2007 사업연도 법인세에 대하여 원고가 당초 2009. 3. 27. 신고 내지 2009. 6. 8. 수정신고한 세액을 감액경정하였던 사실은 앞서 본 바와 같은바, 원고는 당초 신고한 2007 사업연도 법인세액 중 위 감액경정 결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분(결정세액 45,521,833원)중 원고 주장 정당세액(결정세액 2,241,410원)을 초과하는 부분의 취소를 구하고 있는것으로 보인다.

그러나 세액부분에 대하여는 신고납세방식의 법인세에 있어서 납세의무자에 의한 과세표준과 세액의 신고에 의하여 납세의무가 확정되므로 원칙적으로 과세관청에 의한 세액확정을 위한 과세처분이 개입할 여지가 없어 납세의무자는 신고내용에 착오가 있음을 이유로 국세기본법 제45조의2에 따라 경정청구를 할 수 있음은 별론으로 하고 감액경정청구조차 하지 않은 부분에 대하여는 존재하지도 아니하는 과세처분의 취소를 구하는 것이어서 허용될 수 없다.

따라서 이미 원고의 당초 신고에 의하여 확정된 2007 사업연도 법인세액 중 감액경정 결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분에 대하여는 과세처분이 존재하지 아니하여 그 취소를 소구할 수 없으므로, 이 사건 소 중 2007 사업연도 법인세 취소 청구 부분은 부적법하다.

[설령 이 부분 소가 적법하다고 하더라도, 피고가 원고의 2007 사업연도 법인세 과세표준(사업연도 소득금액)을 정함에 있어 이 사건 ㉠, ㉡ 각 금원을 가산조정함과 동시에 차감조정하였음은 앞서 이 사건 조정내역에서 본 바와 같은바 위 ㉠, ㉡ 각 금원은2007 사업연도 소득금액에 아무런 영향을 미치지 아니하였다.

한편, bbb에 대한 상여 처분을 사내유보로 변경해달라는 원고의 주장은 법인세의 과세표준과는 무관하여 이 부분 소의 유효적절한 청구원인이 될 수 없는바, 이에 원고는 bbb에 대한 상여 처분을 취소하기 위해 이 사건 조정내역 중 이 사건 ㉠,㉡ 각 금원에 대한 2007 사업연도 가산조정 부분이 취소되어야 한다고도 주장한다. 그러나 위 ㉠, ㉡ 각 금원의 가산조정을 취소할 경우 그에 대응하는 같은 금액의 차감조정 또한 취소되어야 하므로 2007 사업연도 소득금액에는 아무런 변동이 없다.

결국 어느 모로 보나 2007 사업연도 법인세액의 계산에는 아무런 변동이 없게 되므로 2007 사업연도 법인세에 관한 원고의 주장은 받아들일 수 없다.]

나. 본안전 항변에 관한 판단 - 2008 사업연도 법인세 취소 청구 중 이 사건 ㉢ 금원 관련 부분

피고는 원고가 스스로 이 사건 ㉢ 금원을 익금산입하면서 aaa에 대한 상여로 소득처분한 것을 소득의 귀속자만 bbb으로 변경하였을 뿐 새롭게 위 금원을 가산조정한 바 없으므로 신고납세방식을 취하고 있는 법인세에 있어 위 ㉢ 금원의 익금산입은 이미 원고의 신고로 확정되었으므로 확정된 당초 신고에서의 세액에 관하여는 취소를 소구할 이익이 없다고 주장한다.

그러나 과세표준과 세액을 증액하는 증액경정처분은 당초 납세의무자가 신고하거나 과세관청이 결정한 과세표준과 세액을 그대로 둔 채 탈루된 부분만을 추가로 확정하는 처분이 아니라 당초신고나 결정에서 확정된 과세표준과 세액을 포함하여 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 당초신고나 결정에 대한 불복기간의 경과 여부 등에 관계없이 오직 증액경정처분만이 항고소송의 심판대상이 되는점, 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 증액경정처분의 위법 여부는 그 세액이 정당한 세액을 초과하는지 여부에 의하여 판단하여야 하고 당초신고에 관한 과다신고사유나 과세관청의 증액경정사유는 증액경정처분의 위법성을 뒷받침하는 개개의 위법사유에 불과한 점, 경정청구나 부과처분에 대한 항고소송은 모두 정당한 과세표준과 세액의 존부를 정하고자 하는 동일한 목적을 가진 불복수단으로서 납세의무자로 하여금 과다신고사유에 대하여는 경정청구로써, 과세관청의 증액경정사유에 대하여는 항고소송으로써 각각 다투게 하는 것은 납세의무자의 권익보호나 소송경제에도 부합하지 않는 점 등에 비추어 보면, 납세의무자는 증액경정처분의 취소를 구하는 항고소송에서 과세관청의 증액경정사유뿐만 아니라 당초신고에 관한 과다신고사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다고 할 것이다(대법원 2013.04.18. 선고 2010두11733 전원합의체 판결 참조).

이 사건의 경우 피고가 원고의 2008 사업연도 법인세에 관하여는 원고의 당초 신고 세액 0원을 증액경정하여 이 사건 처분을 한 것임은 앞서 본 바와 같으므로, 원고는 위 처분을 다투면서 당초 이 사건 ㉢ 금원과 관련한 2008 사업연도 법인세의 과다신고사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다. 따라서 이에 반하는 피고의 본안전 항변은 받아들이지 않는다

5. 2008 사업연도 법인세 취소 청구에 관한 판단

가. 이 사건 ㉠ 금원의 2008 사업연도 추가 차감조정 여부

1) 원고가 2007, 2008 사업연도에 관하여 별지 회계처리 내역 1. 각 '청구법인이 행한 분개'란 기재와 같이 회계처리한 사실은 앞서 본 바와 같고, 갑 제7호증의 7, 9, 15, 제20호증의 각 기재에 의하면 cc엔지니어링은 2007. 9. 10. 원고와 총 공급가액184,000,000원(부가세 별도)에 행정중심복합도시 국도 1호선 3공구 공사계약을 체결하고 2007. 12. 14. 원고에게 161,920,000원(부가세 14,720,000원 포함, 이하 '이 사건 공사대금'이라 한다) 상당의 1차 세금계산서를 발행한 사실, 원고가 외상대금 결제 명목으로 cc엔지니어링에 2007. 12. 17. 32,000,000원, 2008. 1. 9. 129,920,000원을 송금한 사실이 인정된다.

2) 위 인정사실에 갑 제7호증의 2의 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 2007. 12. 17. 및 2008. 1. 9. 두 차례에 걸쳐 cc엔지니어링에 대한 이 사건 공사대금 161,920,000원(부가세 포함)을 계좌이체로 지급한점, ② 반면 원고의 현금출납장에 2007. 11. 29. 129,920,000원이 출금된 기록은 있으나 위 금원이 입금된 기록은 없는 점, ③ 원고 스스로도 현금 129,920,000원을 가지급금 회수 명목으로 입금받은 시기를 구체적으로 특정하지 못하는 등 원고의 주장과 같이 위 금원이 기중에 가지급금 회수 명목으로 입금되었음을 인정할 증거가 없는 점, ④ 원고의 현금출납장 기재를 신뢰할 수 없다는 사정이 달리 보이지 않는 점 등을 종합해 보면, 원고는 2007. 11. 29. cc엔지니어링에 대한 선급금이 아닌 다른 명목으로 현금 129,920,000원을 실제 지출하였다고 봄이 상당한바, 그렇다면 같은 날 위 현금 129,920,000원의 상대계정으로 차변에 분개된 선급금 129,920,000원 또한 가공으로 계상된 것으로 보아야 하고, 2007. 12. 14. 가공 선급금으로 지급된 것으로 분개된 이 사건 공사대금 중 129,920,000원 부분은 아직 cc엔지니어링에 지급하지 아니한 미지급금으로 대변에 분개하는 것이 올바른 회계처리이다.

3) 이에 비추어 2007 사업연도에 관한 별지 회계처리 내역 1. 가. 2)를 보면, 가지급금(자산) 129,920,000원이 과소계상되어 있으므로 이를 가산조정하고, 미지급금(부채) 129,920,000원이 과소계상되어 있으므로 이를 차감조정하는 것이 2007 사업연도의 올바른 세무조정이고 이는 피고의 이 사건 조정내역과 일치한다.

4) 한편 2008 사업연도에 관한 별지 회계처리 내역 1. 나. 2)를 보면, 가지급금 129,920,000원의 상대계정으로 대변에 계상된 예금 170,400,000원 중 129,920,000원이 cc엔지니어링에 지급된 이 사건 공사대금 중 일부임은 앞서 본 바와 같고, 원고가

2008. 1. 1. 및 2008. 1. 9. 대표이사에게 위 129,920,000원 상당의 가지급금을 지급하였음을 인정할 증거가 없는 점에 비추어 보면, 위 가지급금(자산) 129,920,000원이 과대계상되어 있으므로 이를 차감조정하고, 위 예금으로 지급되어 소멸한 죽림엔지니어링에 대한 미지급금(부채) 129,920,000원이 과대계상되어 있으므로 이를 가산조정하는 것이 2008 사업연도의 올바른 세무조정이고, 이를 피고의 이 사건 조정내역과 비교해보면 피고는 위 129,920,000원에 대한 차감조정을 추가로 해야 한다.

5) 한편 cc엔지니어링과 동일한 방식으로 회계처리된 dd엔지니어링에 대한 공사대금 22,055,000원 또한 위와 같은 이유로 2008 사업연도에 추가로 차감조정을 해야 하는바, 그렇다면 이 사건 ㉠ 금원 151,975,000원에 대한 추가 차감조정이 이루어져야 하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

나. 이 사건 ㉡ 금원의 2008 사업연도 추가 차감조정 여부

1) 원고가 별지 회계처리 내역 2. '청구법인이 행한 분개'란 기재와 같이, 2007. 12. 17. 임차보증금 50,000,000원을 현금으로 회수하였음에도 가지급금을 회수한 것으로 회계처리한 후 2008. 1. 1. 이를 환원하는 수정 회계처리를 한 사실은 앞서 본 바와 같거나 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 2007. 12. 17. 가지급금이 회수된 것으로 대변에 분개된 50,000,000원 부분을 임차보증금으로 분개하는 것이 올바른 회계처리이다.

2) 이에 비추어 별지 회계처리 내역 2. 기재 2007. 12. 17.자 회계처리를 보면, 가지급금(자산) 50,000,000원이 과소계상되어 있으므로 이를 가산조정하고, 임차보증금(자산) 50,000,000원이 과대계상되어 있으므로 이를 차감조정하는 것이 2007 사업연도의 올바른 세무조정이고 이는 피고의 이 사건 조정내역과 일치한다.

3) 한편, 2007 사업연도 법인세에 관하여 이미 위와 같이 조정한 이상 2008. 1. 1.자로 원고가 행한 수정 회계처리는 필요하지 않으므로6) 이를 취소하는 의미에서 위 50,000,000원을 가산조정함과 동시에 차감조정하는 것이 2008 사업연도의 올바른 세무조정이고, 이를 피고의 이 사건 조정내역과 비교해 보면 결국 이 사건 ㉡ 금원 50,000,000원에 대한 추가 차감조정이 이루어져야 하며, 이를 지적하는 원고의 주장은이유 있다.

다. 이 사건 ㉢ 금원의 2008 사업연도 익금산입 취소 여부

1) 원고는 2008 사업연도에 지출된 이 사건 ㉢ 금원 100,000,000원이 가지급금으로 회계처리되어 있다고 해도 그 실질은 aaa가 원고의 대표이사였을 당시 발생한 부외채무의 변제라고 주장하나, 갑 제11 내지 19호증의 기재만으로는 위 주장사실을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려 갑 제6호증, 제7호증의 10, 제13, 18, 19호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 aaa에게 2008. 2. 5. 5,000,000원, 2008. 2. 11. 5,000,000원, hhh에게 2008. 3. 5. 70,000,000원, 2008. 4. 1. 20,000,000원을 송금하면서 각 일시에 위 합계 100,000,000원을 단기대여금 계정별원장에 분개한 사실을 인정할 수 있고, 위 각 일시에 원고의 대표이사가 bbb이었던 사실은 앞서 본 바와 같으며, 달리 위 100,000,000원을 원고의 aaa에 대한 가지급금이라고 인정할 증거가 없는 점까지 더하여 보면, 위 100,000,000원은 당시 원고의 대표이사였던 bbb이 원고로부터 차용하여 aaa 또는 hhh에게 지급한 금원이라고 봄이 상당하고, 피고도 위와 같은 관점에서 위 100,000,000원을 bbb에 대한 상여로 소득처분한 것으로 보인다.

2) 그런데 갑 제21호증, 을 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면,

피고는 법인세법 기본통칙 4-0…6[가지급금 등의 처리기준]7)(이하 '이 사건 통칙'이라 한다)을 근거로 원고와 aaa 사이의 특수관계가 소멸한 2007. 10. 19.을 기준으로 aaa에 대한 가지급금을 재산정하여 가지급금 695,054,201원 및 인정이자 34,499,093원을 익금산입하면서 aaa에 대한 상여로 소득처분한 사실이 인정되고, 당시는 2010. 2. 18. 대통령령 제22035호로 개정된 법인세법 시행령 제11조 제9의2호 가목으로 '특수관계가 소멸되는 날까지 회수하지 아니한 가지급금 등은 법인세법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익으로 본다'는 규정8)이 신설되기 전이므로, 원고가 당초 2008 사업연도 법인세 신고 시 이 사건 ㉢ 금원 100,000,000원이 aaa에 대한 가지급금임을 전제로 위 금원을 2008 사업연도 익금에 산입하면서 aaa에 대한 상여로 소득처분한 근거도 이 사건 통칙인 것으로 보인다.

3) 이 사건 통칙이 위와 같이 소득처분하도록 하는 것은 특수관계가 소멸할 때 채권의 포기나 채무 면제 등에 의하여 가지급금 관련 채권채무관계가 소멸하여 가지급금 및 그 이자 상당액이 특수관계에 있던 가지급금 수령인에게 분여된 것으로 보는 것이고, 또한 '소득처분'한 것으로 본다는 것은 소득처분이 법인세법상의 익금 산입을 전제로 하는 규정임을 감안하여 볼 때 위와 같은 채무 면제 등을 경제적 합리성을 결한 부당행위계산에 해당한다고 보아 이를 부인한 다음 그 금액 상당을 가지급금 지급자인 법인의 법인세를 산출함에 있어 특수관계가 소멸한 사업연도의 익금에 산입하도록 하고, 위와 같은 경위로 사외유출된 금액에 대하여 가지급금 수령인에게 소득처분을 하도록 규정하고 있는 것이다. 그러나 특수관계가 소멸할 때까지 채권이 미회수 상태에 있다는 사정만으로 채권이 포기되거나 채무가 면제되어 소멸하였다고 보기는 어렵다할 것이고, 다른 한편 이와 같은 의제를 정당화하는 법령상의 규정은 존재하지 않는바, 국세청의 기본통칙은 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 것으로서 행정청 내부를 규율하는 행정규칙에 불과할 뿐 국가와 국민 사이에 효력을 가지는 법규가 아니어서 법원이나 일반 개인에 대한 법적 구속력은 없으므로, 기본통칙 그 자체가 과세처분의 적법한 근거가 될 수 없음은 조세법률주의의 원칙상 당연하다(대법원 1995. 5. 23. 선고 94누9283 판결, 대법원 2007. 2. 8. 선고 2005두5611 판결 등 참조).

4) 앞서 본 바와 같이 이 사건 ㉢ 금원 100,000,000원은 bbb에 대한 가지급금이므로 2008 사업연도 당시 원고와 bbb 사이에 특수관계가 소멸된 바 없어 특수관계 소멸을 전제로 하는 이 사건 통칙이 적용될 수 없을뿐더러, 설령 위 통칙이 적용될 수 있다 하더라도 법령이 아닌 이 사건 통칙에 근거하여 위 100,000,000원을 2008사업연도 익금에 산입하는 것은 조세법률주의에 위배되어 위법하다. 따라서 이 사건 ㉢ 금원 100,000,000원은 2008 사업연도 익금에 산입되어서는 아니 된다.

라. 소결

앞서 살펴본 바와 같이 이 사건 ㉠, ㉡ 각 금원에 대하여 추가로 차감조정을 하고, 이 사건 ㉢ 금원에 대한 익금산입을 취소하는 경우 원고가 2008 사업연도에 납부하여야 할 정당한 법인세액이 10,786,954원임은 당사자 사이에 다툼이 없다. 따라서 피고가 원고에 대하여 한 2008 사업연도 법인세 106,693,476원의 부과처분(이 사건 처분) 중10,786,954원을 초과하는 부분은 더 나아가 살필 필요 없이9) 위법하므로 취소되어야한다.

6. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 2007 사업연도 법인세 취소 청구 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 2008 사업연도 법인세 취소 청구 부분은 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.