2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고(선정당사자, 이하 '피고'라고만 한다)가 2013. 2. 14. 원고 AAA에게 한 양도소득세 @원의 경정청구 거부처분, 피고가 2013. 2. 18. 원고 CCC에게 한 양도소득세 @원의 경정청구 거부처분, 선정자 DD세무서장(이하 'DD세무서장'이라 한다)이 2013. 3. 18. 원고 EEE에게 한 양도소득세 @원의 경정청구거부처분을 각 취소한다(2014. 10. 13.자 청구취지변경신청서 2.항 기재 "2013. 2. 20."은 "2013. 3. 18."의 오기임).

가. 원고들은 1986. ○. ○. 천안시 서북구 과수원 ##㎡(이하 '이 사건 토지'라 한다) 중 각 1/3 지분을 상속으로 취득하였다.

나. 원고들은 2004. 10. 1. 학교법인 FF학원(GGG대학교, 이하 'FF학원'이라 한다)과 사이에 이 사건 토지에 관한 매매계약을 체결하면서, 매매대금 @원을 계약시 계약금 @원, 2004. 11. 1. 1차 중도금 @원, 2005. 3. 2. 2차 중도금 @원, 2009. 12. 15. 잔금 @원으로 나누어 수수하기로 약정하는 한편, 다음과 같은 계약조건 등을 정하였다.

[토지매매계약조건]

2. 상기 토지에 대하여 GGG대학교에서 교지로 사용할 수 있도록 매도인은 2차 중도금 수령시 별첨 토지편입신청승낙서를 발급한다.

3. 위 부동산은 2차 중도금 지급일로부터 소유권이전을 할 때까지 인허가를 위한 제반행정서류를 매수인이 요구할 때에는 매도인이 이를 구비하여 제공하기로 한다.

4. 2차 중도금 지급시 매수자가 지정하는 법무사 사무실에서 본 토지 매매대금의 130%이내 금액으로 근저당권설정계약을 체결하고 근저당권설정등기를 하기로 한다.

5. 본 토지에 대하여 추후 학교시설결정 후 도시계획사업시행변경허가를 받아 소유권이전이 가능할시 소유권이전에 필요한 제반서류를 갖추어 매수자에게 제공한다.

6. 잔금 @원은 2009. 12. 30. 지급하되 그 이전에 학교시설결정 및 사업시행허가로 소유권이전이 가능할시 이전서류와 교환하기로 하며 잔금지급일인 2009. 12. 30.까지도 소유권이전이 어려울시 잔금지급일로부터 2년 이내에 소유권을 이전하도록 매도인과 매수인은 상호 협의하기로 한다.

7. 소유권이전일 이전에 부과되는 각종 제세금은 매도자가 납부한다.

[이행각서]

1. 상기부동산은 현행법(농지법을 의미함)에 의거 학교법인 FF학원 명의로 소유권 이전이 불가능하므로 학교시설결정 후 도시계획사업시행허가 후 소유권이전이 가능할 때 잔금지급이후 본인은 소유권이전등기에 필요한 제반 등기이전서류를 갖추어 매수자에게 제공하고 행정절차에 대하여 협조한다.

다. 원고들은 2009. 12. 23.경 위 양도에 관하여 각 2009년 귀속 양도소득세 @원을 신고・납부하였다.

라. 원고들은 2010. 9. 1. 이 사건 토지에 관하여 FF학원 명의의 소유권이전등기를 마쳤다.

마. 원고들은 2012. 12.경 위 양도에 관하여 구 조세특례제한법(2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것, 이하 '조세특례제한법'이라 한다) 제77조의 '공익사업용토지 등에 대한 양도소득세 감면' 규정이 적용됨을 이유로 각 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2013. 2. 14. 원고 AAA에게, 피고는 2013. 2. 18. 원고 CCC에게, DD세무서장은 2013. 3. 18. 원고 EEE에게 각 위 경정청구를 거부함을 결정・고지하였다(통틀어 이하 '이 사건 각 처분'이라 한다).

바. 이에 원고들은 2013. 5. 15. 조세심판을 청구하면서 이 사건 토지의 양도시기를2005. 3. 3.로 보아야 한다고 주장하였으나, 조세심판원은 2013. 10. 15. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 3, 5, 을 1 내지 3

2. 피고의 본안전 항변에 대한 판단

가. 본안전 항변

경정청구 및 조세심판청구 당시, 원고 AAA은 양도소득세 @원, 원고 CCC, EEE는 각 양도소득세 @원의 환급을 구하면서 위 각 금액 부분만 다투었을 뿐이어서, 각 신고・납부된 양도소득세 중 위 각 금액을 초과하는 부분에 대하여는 경정거부처분 자체가 존재하지 아니하거나 전심절차를 거치지 아니한 경우에 해당하므로, 위 부분의 취소를 구하는 소는 부적법하다.

나. 판단

감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사・확인할 의무가 있으므로, 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서도 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이다(대법원 2012. 6. 28. 선고 2010두13425 판결 등 참조). 그렇다면, 납세자가 감액경정청구 및 조세심판청구 당시 원래 신고・납부한 세액 중 일부에 대하여만 다투었다고 하더라도, 과세관청으로서는 이에 얽매이지 아니하고 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 전체로서 정당한 세액을 초과

하는지 여부를 심사・판단하여야 할 것이고, 납세자는 경정청구 거부처분 취소소송에 이르러 신고・납부 세액 전체에 대하여 다툴 수 있다고 할 것이다.

따라서 피고의 위 본안전 항변은 이유 없다.

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

(1) 이 사건 토지의 양도시기는 다음과 같은 이유에서 2005. 3. 3.인데, 이와 달리 그 양도시기를 잔금지급일인 2009. 12. 15.로 본 이 사건 처분은 위법하다.

(가) 양도소득세 산정에 있어 자산의 양도시기는 '대가가 사회통념상 거의 지급 되었다고 볼 만한 정도의 지급이 이행된 시점'이므로, 이 사건 토지의 양도시기는 매매대금 중 95%가 지급된 날, 즉 2차 중도금 지급일인 2005. 3. 3.로 보아야 한다.

(나) 장기할부조건 양도 자산의 양도시기는 이전등기일, 인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날인데, 장기할부조건으로 양도된 이 사건 토지의 양도시기는 사용수익일, 즉 토지사용승낙서 교부일인 2005. 3. 3.로 보아야 한다.

(2) 이 사건 토지는 학교부지로 양도된 공익사업용 토지로서, 조세특례제한법 제77조를 적용하여 양도소득세를 감면하여야 함에도 불구하고, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법령

별지와 같다.

다. 판단

(1) 이 사건 토지의 양도시기

다음과 같은 이유에서, 이 사건 토지의 양도시기는 잔금지급일인 2009. 12. 15.로 봄이 상당하므로, 그 양도시기를 2005. 3. 3.로 보아야 한다는 원고들의 주장은 이유 없다.

(가) 이 사건 토지의 양도시기와 관련한 "대금을 청산한 날"

자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 양도시기는 원칙적으로 당해 자산의 대금을 청산한 날인데 {구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호 개정되기 전의 것, 이하 '소득세법'이라 한다) 제98조, 구 소득세법 시행령(2009. 12. 31. 대통령령 제21934호로 개정되기 전의 것, 이하 '소득세법 시행령'이라 한다) 제162조 제1항}, 이 때 대금 청산이라 함은 대금의 지급이 완료되어 더 이상 지급하여야 할 대금이 없는 상태를 의미한다고 할 것이므로, 이 사건 토지의 경우 양도차익을 계산함에 있어 그 양도시기는매매대금의 지급을 완료한 날, 즉 잔금지급일인 2009. 12. 15.로 봄이 마땅하다.

한편, 소득세법 제98조, 동법 시행령 제162조 제1항은 자산의 유상이전이 있음을 전제로 그에 따른 양도소득세 납세의무 성립 시기의 확정, 양도차익의 산정 및 부과제척기간의 경과 여부 등을 판단함에 구체적이고 명확한 기준을 제공하고자 마련된 규정이다. 따라서 대가가 사회통념상 거의 지급되었다고 볼 만한 정도의 대금의 지급이 있었는지 여부는 양도소득세 과세대상이 되는 자산의 유상이전이 있었는지 여부를 판단함에 기준이 됨은 별론(소득세법 제88조 제1항, 대법원 1989. 7. 11. 선고 88누8609 판결 등 참조), 소득세법 시행령 제162조 제1항의 "대금을 청산할 날"의 의미를'대가가 사회통념상 거의 지급되었다고 볼 만한 정도의 지급이 이행된 시점'으로 확대하여 해석할 이유가 없다.

가사, "대금을 청산한 날"에 '대가가 사회통념상 거의 지급되었다고 볼 만한 정도의 지급이 이행된 날'까지 포함하는 것으로 해석한다고 하더라도, 그 구체적인 적용 범위는, 미지급 대금을 제외한 나머지 대금의 수수만으로 대가의 지급이 완료된 것으로 인정하더라도 과세행정의 법적안정성과 예측가능성을 꾀한 소득세법 제98조, 동법 시행령 제162조 제1항의 입법취지에 어긋나지 아니하는 경우, 즉 미지급 대금이 전체 대금에서 가지는 의미가 미미하여 그 대금의 지급 여부가 자산의 법률상・사실상 이전에 아무런 영향을 미치지 아니함에도, 오히려 대금 지급의 완료를 기다려 과세를 하면 양도시기의 자의적인 선택을 조장할 염려가 있어 과세형평을 심히 해하게 되는 때와 같이 예외적인 경우로 한정하여야 할 것이다. 따라서 이 사건에서와 같이, 매매계약 당시 매매잔금의 금액과 지급시기가 명확하게 특정되었고, 그 잔금 금액이 @원로서 전체 매매대금의 5%에 이를 뿐만 아니라, 그 잔금의 지급이 소유권 이전등기에 필요한 서류 교부와 동시이행의 관계에 놓여 있는 경우라면, 계약금 및 중도금 지급만으로 이 사건 토지의 매매대금이 청산되었다고 평가하기는 어렵고, 중도금지급일에 양수인에게 토지사용승낙서가 교부되었다거나, 같은 날 양수인 명의로 근저당권이 설정되었다고 하여 이와 달리 볼 것은 아니다.

(나) 이 사건 토지의 양도시기와 관련한 "사용수익일"

자산의 양도가 장기할부조건으로 이루어진 경우에는 소유권이전등기 접수일・인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날을 양도시기로 본다 {소득세법 제98조, 동법 시행령 제162조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행규칙(2010. 4. 30. 기획재정부령 제154호로 개정되기 전의 것, 이하 '소득세법 시행규칙'이라 한다) 제78조 제3항}. 이는 장기할부조건 양도의 경우 대금의 지급이 완료되기 전에 양수인이 소유권이전등기, 인도 또는 사용・수익을 통하여 자산을 법률상 또는 사실상 취득하는 것이 일반적임을 전제로 한 것이다. 따라서 위 규정에서 정한 '사용수익일'에 해당하려면, 양수인이 실제 자산을 사용・수익하기에 이르지는 못하더라도, 적어도 양수인의 사용수익권의 취득이 자산의 사실상 취득으로 평가할 만한 정도에 이를 것을 요한다고 할 것이다.

이 사건에 돌아와 살피건대, 갑 1, 2, 5, 9호증, 11호증의 1 내지 12호증의 4, 을 4호증의 1 내지 5호증의 4의 각 기재・영상 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 FF학원은 이 사건 토지를 학교부지로 매수하였는데, 위 토지는 2010. 8.경 비로소 학교부지 조성사업에 편입되었고, 그 이전에는 계속 과수원으로 사용된 점, FF학원이 학교부지 조성을 위한 각종 인・허가를 받기 위하여 소유자인 원고들의 토지사용승낙서가 필요하였을 것으로 보이는 점, 원고들과 FF학원은 이 사건 토지에 관하여 실제 학교부지 조성 사업이 시작되기까지 상당한 시간이 소요될 것을 미리 고려하여 2차 중도금 지급일로부터 4년 9개월 가량 여유를 두고 잔금지급일을 정한 점, 이 사건 토지에 관하여 소유권이전 전에 부과되는 각종 제세금은 원고들이 부담하기로 한 점 등을 고려하여 보면, 원고들이 2005. 3.경 FF학원에 토지사용승낙서를 작성・교부한 사실만으로는 FF학원이 이 사건 토지에 관하여 자산의 사실상 취득에 준하는 사용수익권을 취득하였다고 인정하기 어렵다.

(2) 조세특례제한법 제77조에 따른 양도소득세 감면이 적용되는지 여부

조세특례제한법 제77조 제1항 제1호는, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 '공익사업법'이라 한다)이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득으로서 당해 토지등이 속한 사업지역에대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2009. 12. 31. 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면하여야 한다고 규정하고 있는데, 이때 세액 감면의 요건으로 "공익사업법이 적용되는 공익사업"이 전제되어야 함은 문언상 명백하다. 한편 공익사업법 제4조 제4호는 공익사업법이 적용될 수 있는 사업의 하나로, '관계 법률에 따라 허가・인가・승인・지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 학교・도서관・박물관 및 미술관 건립에 관한 사업'을 들고 있으나, 공익을 목적으로 시행하는 학교 건립에 관한 사업이라고 하더라도 반드시 공익사업법을 적용하여 그 사업을 시행하는 것은 아니므로, 학교 건립을 위하여 학교법인에 학교부지를 양도한 경우라고 하더라도, 그 학교 건립을 위한 사업에 공익사업법이 적용되지 아니하는 이상, 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호에 따라 세액을 감면할 여지는 없다.

이 사건에 돌아와 살피건대, FF학원이 이 사건 토지 등에서 학교 건립 사업을 시행함에 있어 공익사업법이 적용되었다고 볼 만한 사정이 없으므로, 이 사건 토지의 양도와 관련하여 공익사업용 토지에 대한 양도소득세 감면이 이루어져야 한다는 원고들의 주장은 받아들이지 아니한다.

(3) 소 결

이와 같은 전제에서 이루어진 이 사건 각 처분은 적법하다.

4. 결 론

원고들의 이 사건 청구는 모두 이유 없어 기각한다.

관련 법령

소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것)

제88조(양도의 정의)

① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 양도 라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 자산이유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다.

제98조(양도 또는 취득의 시기)

자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다.

소득세법 시행령(2009. 12. 31. 대통령령 제21934호로 개정되기 전의 것)

제162조(양도 또는 취득의 시기)

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각 호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부・등록부 또는 명부 등에 기재된 등기・등록접수일 또는 명의개서일

2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부・등록부 또는 명부등에 기재된 등기접수일

3. 기획재정부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일・인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날

소득세법 시행규칙(2010. 4. 30. 기획재정부령 제154호로 개정되기 전의 것)

제78조(장기할부조건의 범위)

③ 영 제162조제1항제3호에서 기획재정부령이 정하는 장기할부 조건 이라 함은 법 제94조제1항 각호에 규정된 자산의 양도로 인하여 당해 자산의 대금을 월부・연부 기타의 부불방법에 따라 수입하는 것 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다.

1. 당해 자산의 양도대금을 2회이상으로 분할하여 수입할 것

2. 양도하는 자산의 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일・인도일 또는 사용수익일중 빠른 날의 다음날부터 최종 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것

조세특례제한법 (2010. 1. 1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)

제77조(공익사업용토지 등에 대한 양도소득세의 감면)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년이전에 취득한 토지등을 2009년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 20(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 25로 하되, 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 채권을 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 30)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공익사업을위한토지등의취득및보상에관한법률이 적용되는 공익사업에 필요한 토지등을 당해 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률

제4조(공익사업)

이 법에 따라 토지 등을 취득하거나 사용할 수 있는 사업은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업이어야 한다.

4. 관계 법률에 따라 허가・인가・승인・지정 등을 받아 공익을 목적으로 시행하는 학교・도서관・박물관 및 미술관 건립에 관한 사업