가. 피고가 원고에 대하여 한,

1) 2009. 3. 1l.자 2003년 사업연도 법인세 000원의 부과처분,

2)2009. 4. 16.자 2004년 사업연도 법인세 000원의 감액경정청구에 대한 거부처분 중 000원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 5%는 원고가，95%는 피고가 각 부담한다.

이 법원이 이 부분에서 설시할 이유는 제1심 판결의 해당 부분(제2쪽 제5행 ~ 제3쪽 아래에서 둘째 줄) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본 문에 따라 이를 인용한다.

2. 이 사건 제1, 2처분의 적법여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 제1-1, 2설비(이하 통틀어 '이 사건 제1설비'라 한다)는 폐열을 이용하 여 다시 에너지를 발생시키는 설비이고, 이 사건 제2설비는 디젤엔진의 연소효율을 높이고 배기가스를 억제하는 장치로서 모두 구 조세특례제한법 시행규칙(2004. 10. 16. 재정경제부령 제396호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법 시행규칙'이라 한다) 제13조의2 관련 [별표 8의3](이하 '이 사건 별표'라 한다)에서 규정한 에너지절약시설 중 1. 나. (1) (가) 2)항의 '연소폐열 ・ 공정폐열 및 폐가스를 이용하여 증기 ・ 온수 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비' 또는 3)항의 '기타 폐기되는 자원을 이용하여 열 또는 전기 를 발생시키는 설비'에 해당한다.

2) 이 사건 제1, 2설비는 이 사건 별표에서 규정한 에너지절약시설 중 1. 가.항의 '에너지발생 및 공급시설'에 해당하기도 한다.

3) 위와 같은 해석은 기존의 국세청 유권해석 등으로 수차례 확인된바 있고, 특히, 2003년 사업연도 법인세와 관련하여 피고는 원고의 환급청구를 받아들였음에도 불구하고 특별한 사정이 없이 이를 번복하였는바, 이 사건 제1, 2처분은 신뢰보호의 원칙에 반한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 제1설비에 관하여

가) 구 조세특례제한법(2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라 한다) 제25조의2 제1항은 '내국인이 대통령령이 정하는 에너지절약시설에 2005. 12. 31.까지 투자하는 경우에는 당해 투자금액의 100분의 7에 상당하는 금액을 법인세에서 공제한다'고 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령(2005. 2. 19. 대통령령 제18704호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법 시행령'이라 한다) 제22조의 2 제1항 제1호는 '조세특례제한법 제25조의2 제1항에서 대통령령이 정하는 에너지절약시설이 라 함은 「에너지이용 합리화법」에 의한 에너지절약형 시설 등으로서 재정경제부령(현 기획재정부령)이 정하는 시설'이라고 규정하고 있으며, 구 조세특례제한법 시행규칙 제13조의2 는 '영 제22조의2 제1항 제1호에서 재정경제부령이 정하는 시설이라 함은 별표 8의3의 에너지절약시설을 말한다'고 규정하면서 [별표 8의3]에서 '에너지절약시설'을 규정하고 있는바, 이 사건 제1설비가 이 사건 별표 규정의 에너지절약시설에 해당한다면 세액공제의 대상이 된다.

나) 이 사건 별표 규정은 세액공제의 대상이 되는 '에너지절약시설'의 하나로 '에너지이용합리화시설'을 들고 있고, 그 하위항목으로 '에너지 발생 및 공급시설'(가목)과 '에너지이용시설'(나목)을 규정하고 있으며, 위 '에너지이용시설' 중 하나로 '산업 ・ 건물 부분 에너지절약 설비'를 들고 있고, 그 하위항목으로 '연소폐열 ・ 공정폐열 및 폐가스를 이용하여 증기 ・ 온수 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비' 등 '폐기에너지회수설비'를 규정하고 있는바, 이 사건 제1시설이 이 사건 별표 규정의 !에너지이용시설' 특히 '연소폐열 ・ 공정폐열 및 폐가스를 이용하여 증기 ・ 온수 등 유효한 에너지를 발생시커 는 설비'에 해당하는지 여부에 관하여 살펴본다.

(1) 갑 제8호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 부산발전소는 먼저 LNG를 태워 발생한 화력으로 가스터빈을 돌려 1차로 전기를 생산하고, 가스터빈을 돌리고 나온 500°C 이상의 열을 이용하여 증기를 발생시킨 후 다시 이를 이용하여 증기 터빈을 돌려 2차로 전기를 생산하는 방식으로 설계 및 설치된 사실, 이 사건 제1설비 중 배열회수보일러는 가스터빈에서 나온 열을 이용하여 증기를 생산하는 설비이고, 증기터빈은 배열회수보일러에서 생산된 증기를 이용하여 전기를 생산하는 설비인 사실, 이 사건 제l설비를 설치 ・ 구동함으로써 원래의 가스터빈만을 구동할 때보다 전체적으 로 열효율이 증가하는 사실을 인정할 수 있다

(2) 구 조세특례제한법 제2조 제3항에 의하면 업종의 분류는 통계청 고시 한국표준산업분류에 따르도록 규정하고 있고, 한국표준산업분류에 의하면 '화력, 원자력, 수력, 풍력, 태양력, 조력 및 기타 에너지원으로 발전설비를 이용하여 전기를 직접 생산하는 사 업체의 산업활동'을 '발전엽'으로 분류하고 있는바, 1차로 가스터빈에서 전기를 생산한 후 발생된 배기열을 이용하여 다시 2차로 전기를 생산하는 이 사건 제1설비는 '산업' 부문에 속하는 시설로 봄이 상당하다.

(3) 이 사건 별표에 규정된 '폐열'이란 단순히 쓸모가 없어 버려야 하는 열이 아니라 '다른 공정에서 특정목적을 수행한 후 남은 열'을 의미한다고 봄이 상당하다 할 것인바, 부산발전소에서 1차로 가스터빈을 이용하여 전기를 생산한 후 발생된 배기열 은 이러한 '폐열'에 해당한다고 보아야 할 것이고, 복합화력발전시설이 1차 발전 후 배 출되는 증기를 이용하여 2차 발전을 하는 시설 전체를 가리킨다 하더라도 1차 발전 후 배출되는 배기열이 '폐열'이 아니라고 볼 수 없으며, 그 폐열의 온도가 500°C에 달한다 하여 이와 달리 볼 아무런 근거가 없다.

(4) 구 에너지이용 합리화법(2006. 3. 3. 법률 제7860호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조에 의하면, 에너지를 사용하는 공장 ・ 사업장 등의 시설이나 에너지를 전환하여 사용하는 시설을 '에너지사용시설'이라 하고(제3호), 에너지를 생산 ・ 전환 ・ 수송 또는 저장하기 위하여 설치하는 설비를 '에너지공급설비'라고 하여(제7호) 이를 구 분하여 규정하고 있으나, 이 사건 별표 규정은 '연소폐열 ・ 공정폐열 및 폐가스를 이용 하여 증기 ・ 온수 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비' 또는 '기타 폐기되는 자원을 이 용하여 열 또는 전기를 발생시키는 설비' 등을 '폐기에너지회수설비'라 하여 '에너지이용시설'의 하나로 규정하고 있는바, 비록 에너지를 발생시키는 설비라 하더라도 그것이 폐기에너지회수설비에 해당한다면 이를 '에너지이용시설'로 보지 않을 수 없으므로, 이 사건 제1설비는 전기를 발생시키는 시설이기는 하지만 이 사건 별표 규정의 '에너지이용시설'에 해당될 수 있다 할 것이다. 그리고 이 사건 별표 규정에서 '에너지이용합리화시설'을 '에너지 발생 및 공급시설'과 '에너지이용시설'로 구분하고，'에너지 발생 및 공급시설'에는 '보일러, 요 ・ 로, 집단에너지시설'을 규정하고 있다 하더라도, 앞서 본 바와 같이 '에너지이용시설'에는 연소폐열 등을 이용하여 증기, 온수, 열 또는 전기 등 유효한 에너지를 발생시키는 시설도 포함되어 있으므로, 이 사건 별표 규정의 '에너지이 용시설'로서의 요건을 갖추면 '에너지이용시설'에 해당한다 할 것이다. 따라서 이 사건 제1설비는 연소폐열을 이용하여 전기를 발생시키는 설비로서 비록 이 사건 별표 규정의 '에너지 발생 및 공급시설'에는 해당하지 않더라도 '에너지이용시설'에는 해당한다고 봄이 상당하다{이 사건 별표 규정 전에 시행되던 구 조세특례제한 법 시행규칙(2001. 3. 28. 재정경제부령 제184호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항 관련 [별표 3] 및 이 사건 별표 규정 후에 개정된 조세특례제한법 시행규칙(2012. 2. 28. 기획재정부령 제264호로 개정되어 같은 날부터 시행된 것) 제13조의2 제1항 관련 [별 표 8의3]은 이 사건 별표 규정과 달리 '에너지 발생 및 공급시설'과 '에너지이용시설'이 라는 구분을 하고 있지 않은바, 이에 비추어 보면 위 두 항목의 구분은 절대적으로 준별되는 것은 아닌 것으로 보이고, 이러한 점에서 이 사건 제1설비가 이 사건 별표 규 정 중 '에너지 발생 및 공급시설'의 요건에 해당하지 않는다고 하더라도, '에너지이용시 설'의 요건에 해당한다면 에너지절약시설로서 세액공제의 대상이 된다고 봄이 타당하다}.

(5) 이 사건 제1설비가 당초부터 에너지 발전을 목적으로 하되 발전과정에서의 열효율 제고를 염두에 두고 1차 전기생산시설인 가스터빈과 결합된 사실상 단일설비형태로 설계가 된 것이라 하더라도, 단순화력발전의 경우 가스터빈에서 나온 배기열은 그대로 폐기되는 점, 이 사건 제1설비와 가스터빈을 구동하여 전기를 생산하는 발전설비는 그 시설과 기능면에서 분리 가능한 별개의 설비인 것으로 보이는 점, 당초 가스터빈 발전설비만을 설치하여 배출되는 폐열을 그대로 폐기하다가 에너지 효율증대 의 목적으로 그러한 폐열을 이용하기 위하여 증기터빈 발전시설을 추가로 설치하는 경우에는 구 조세특례제한법상 에너지이용시설에 해당하여 세액공제의 대상이 될 수 있을 것으로 보이는 반면, 처음부터 가스터빈과 증기터빈을 함께 설계하여 설치하는 경우에는 세액 공제의 대상이 될 수 없다고 해석하는 것은 심히 형평에 반하는 부당한 결과가 초래되는 점 등의 사정을 종합하면, 이 사건 제1설비 부분은 따로 떼어 에너지이용시설로 봄 이 상당하다.

다)소결

따라서 이 사건 제1설비는 이 사건 별표 규정 중 1. 나. (1) (가) 2)항의 '연소폐열 ・ 공정폐열 및 폐가스를 이용하여 증기 ・ 온수 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비'로서 '에너지이용시설'에 해당한다 할 것이므로, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 제1처분 전체 및 이 사건 제2처분 중 이 사건 제1-2설비에 관한 부분은 원고의 나머지 주장에 대하여 살펴볼 필요 없이 위법하다. 한편 2004년 사업연도 법인세 감액경정(공제)청구금액 000원 중 이 사건 제1-2설비로 인한 금액이 000원인 점에 관하여는 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 결국 이 사건 제2처분 중 000원 부분에 관하여 경정을 거부한 처분 은 위법하다고 할 것이다.

2) 이 사건 제2설비에 관하여

가) 에너지이용시설에 해당하는지 여부

(1) 갑 제6호증, 갑 제11, 12호증의 각 1, 2, 갑 제13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, QQ발전소는 디젤을 엔진에서 연소시켜 발생한 화력으로 발전기를 구동하여 전기를 생산하는 방식으로 설계 및 설치된 사실, 이 사건 제2설비 중 과급기는 디젤엔진에서 나온 폐가스를 이용하여 연소용 공기를 압축하는 장치이고, 공기냉각기는 과급기에서 발생된 압축공기의 팽창을 막고 이를 안정적인 상태로 유지하 기 위하여 압축공기를 냉각시키는 장치로서 별도의 전력으로 구동되는 사실, 이 사건 제2설비에서 생산된 연소용 압축공기는 디젤엔진에 공급이 되고, 이로써 디젤엔진의 효율이 다소 증가하는 사실을 인정할 수 있다.

(2) 이 사건 별표는 '폐기에너지회수설비'의 종류로서 '연소폐열・공정폐열 및 폐가스를 이용하여 연료 및 원재료를 예열하는 설비'，'연소폐열・공정폐열 및 폐가스를 이용하여 증기・온수 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비'，'기타 폐기되는 자원을 이용 하여 열 또는 전기를 발생시키는 설비'를 규정하고 있다. 즉 연소폐열 등을 이용하여 연료 등을 예열하거나, 증기 등 유효한 에너지를 발생시키거나, 기타 폐기되는 자원을 이용하여 열 등을 발생시키는 설비를 '폐기에너지회수설비'로 규정하는 것이다. 이 사건 제2설비는 디젤엔진에서 나옹 폐가스를 이용하여 공기를 압축시켜 디젤엔진 에 공급하는 설비로서 폐가스를 이용하는 설비이기는 하나, 연료 등을 예열하거나, 증기 ・ 온수 ・ 열 또는 전기 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비라고는 할 수 없고, 폐기 에너지 자체를 증기 등으로 회수하는 설비라고도 할 수 없으므로, 이 사건 별표 소정의 '폐기에너지회수설비'의 적용범위에 해당한다고 보기 어렵다. 이 사건 제2설비가 폐가스를 이용하여 연소용 공기를 압축하는 과정에서 일정한 회 전력을 발생시키고 있다고 하더라도 그것이 증기 ・ 온수 등 유효한 에너지나 열 또는 전기에 해당하지 않음은 문언상 명백할 뿐만 아니라, 가사 그것이 일정한 에너지를 발 생시켰다고 보더라도 과급기의 주된 부분은 연료용 공기를 압축하는 장치로 이루어져 있고 그 동력을 얻는 부분은 일부분에 불과할 뿐이고, 공기냉각기는 에너지 발생과는 전혀 상관없이 오히려 에너지를 별도의 전원으로부터 공급받아 소모하는 장치이므로, 이들을 전체로서 에너지를 발생시키는 설비로 인정할 수 없다.

(3) 또한 QQ발전소의 설비 중 디젤엔진과 발전기는 디젤을 연료로 하여 발전을 하는 설비이므로 이 사건 별표 소정의 폐기에너지회수시설에 해당하지 않음은 그 규정 내용에 비추어 명백하고, 원고도 이 점에 관하여는 다툼이 없다. 그런데 이 사건 제2설비는 디젤엔진과 구조 및 기능면에서 분리 가능한 별개의 설비라고 할 수 없고, 오히려 그 구성 부분의 하나로서 디젤엔진과 일체를 이루는 것인데, 이러한 장치는 자동차엔진이나 선박엔진 등 다른 엔진의 효율을 높이기 위하여도 널리 이용되고 있다. QQ발전소 설비 가운데 '유효한 전기에너지를 발생시키는 설비'는 디젤엔진과 발전기 라고 할 수 있고, 이 사건 제2설비는 그 이전의 중간 단계에서 디젤엔진의 효율을 높이기 위하여 이용되는 압축공기를 만드는 장치에 불과하므로, 직접적으로 '유효한 전기 에너지를 발생시키는 설비'라고 할 수는 없다. 따라서 이와 같은 경우 폐기에너지회수 시설에 해당하지 않는 디젤엔진과 일체를 이루는 이 사건 제2설비가 그것과 분리되어 별도로 '폐가스를 이용하여 전기 등 유효한 에너지를 발생시키는 설비'로서 '폐기에너 지회수시설'에 해당한다고 해석할 수는 없다. 만약 그와 같이 해석한다면, 폐가스를 이 용하여 생산된 압축공기를 디젤엔진이 이용하고 디젤엔진에서 생산된 화력을 발전기가 이용하여 발전하므로 디젤엔진과 발전기도 폐가스를 이용하여 유효한 전기에너지를 생산하는 '폐기에너지회수시설'로 인정할 수밖에 없어 '폐기에너지회수시설'의 적용범위를 비합리적으로 확장하는 결과에 이르게 된다. 이러한 해석은 조세를 감면하는 특혜규정 은 엄격하게 해석하여야 한다는 원칙(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조)에도 반한다고 할 것이므로, 이 사건 제2설비와 같은 장치를 별도의 에너지절약 시설로 새로이 규정하지 않는 이상, 단지 이 사건 제2설비 중 일부인 과급기가 폐가스를 이용한다는 점만을 들어(공기냉각기는 폐가스를 이용하는 설비도 아니다) 이 사건 제2설비를 이 사건 별표 소정의 '폐기에너지회수설비'의 적용범위에 포함된다고 할 수 는 없다.

나) 에너지 발생 및 공급시설에 해당하는지 여부

이 사건 제2설비가 이 사건 별표 1. 가. (1), (2), (3)항에서 규정한 에너지 발생 및 공급시설인 보일러, 요 ・ 로, 집단에너지시설에 해당한다고 볼 만한 아무런 자료가 없다.

다) 신의성실의 원칙 위반 여부

(1) 신의칙이나 국세기본법 제18조 제3항에서 규정하는 조세관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의의 관념에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되고, 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아 들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말하며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장 자인 납세자에게 있다(대법원 2002. 10. 25. 선고 2001두1253 판결 참조).

(2) 이 사건에 관하여 보건대，① 설령 원고 주장과 같은 국세청의 유권해석 등이 있었다고 하더라도, 그것이 대외적인 구속력을 갖는다고 볼 수 없을 뿐만 아니라, 그러한 해석이 당연히 일반적으로 납세자에게 받아들여진 것이라거나 납세자의 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명으로 볼만한 자료도 없는 점，② 원고는 당초 법인세를 신고 ・ 납부하면서 이 사건 제2설비의 투자금액에 대한 세액공제신청을 하지 않았던 점，③ 피고는 피감기관으로서 감사원의 지적에 따라 이 사건 제2처분을 할 수밖에 없었던 특별한 사정도 엿보이는 점 등에 비추어 볼 때, 이 사건 제2처분 중 이 사건 제2 설비에 관한 부분이 신의성실의 원칙에 위배되어 위법하다고 할 수 없다.

라)소결

따라서 이 사건 제2처분 중 이 사건 제2설비에 관한 000원(= 000원 - 000원) 부분은 적법하고, 이에 관한 원고의 주장은 모두 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 제1처분 전체와 이 사건 제2처분 중 이 사건 제2설비에 관한 000원을 초과하는 부분(이 사건 제1-2설비에 관한 부분)은 위법하여 이를 취소하고, 이 사건 제2처분 중 나머지 부분(이 사건 제2설비에 관한 부분)에 관한 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결을 위와 같이 변경하기로 하여，주문과 같이 판결한다.