2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 일반택시 운송사업자인 원고는 2007년 제2기 확정분 및 2008년 제1기 예정분 부가가치세에 대하여 구 조세특례제한법(2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라고 한다) 제106조의4 제1항에 따라 아래와 같이 각 부가가치세 납부세액의 50%를 경감하는 것으로 부가가치세를 신고ㆍ납부하였다. 금천구청장은 2007년 제2기 확정분 및 2008년 제1기 예정분 부가가치세 경감세액(이하 '이 사건 경감세액'이라고 한다)에 대한 원고의 사용실태를 점검한 결과, 원고가 아래와 같이 이 사건 경감세액 중 일부를 사용하지 않았다고 피고에게 통보하였다.

나. 피고는 위 통보에 따라 원고가 이 사건 경감세액 중 일부를 경감된 부가가치세의 신고납부기한 종료일부터 6개월 이내에 일반택시 운수종사자(이하 '근로자'라고 한다)의 처우개선 및 복지향상에 사용하지 아니하였다는 이유로, 2009. 5. 1. 원고에 대하여 구 조세특례제한법 제106조의4 제3항에 따라 이자와 가산세를 포함하여 2007년 제2기분 부가가치세 9,632,880원 및 2008년 제1기분 부가가치세 3,094,840원을 각 부과하는 경정처분을 하였다. 피고는 그 후 2009. 10. 5.자 조세심판원의 결정에 따라 2007년 제2기분 가산세 1,439,248원 및 2008년 제1기분 가산세 472,026원을 각 감액하는 재경정처분을 하였다(이하 피고가 2009. 5. 1. 원고에 대하여 한 각 부가가치세 부과처분 중 감액되고 남아 있는 2007년 제2기분 부가가치세 8,193,630원의 부과처분 및 2008년 제1기분 부가가치세 2,622,810원의 부과처분을 통틀어 '이 사건 처분'이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1-5호증, 을 I, 2, 14, 16호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 이 사건 경감세액에 관하여 근로자에게 매월 기본급에 1인당 34,328원씩을 포함하여 지급하였고, 노사합의에 따라 근로자 1인당 매월 5만 원씩을 추가로 지급하였으며 원고의 노동조합에 복지향상비 명목으로 매월 40만 원씩을 지급하여 왔다. 결 국, 원고가 근로자의 처우개선 및 복지향상을 위하여 사용한 금액이 2007년 제2기 확 정분의 경우 29,299,800원, 2008년 제1기 예정분의 경우 29,980,104원에 이르는데, 이는 같은 과세기간의 부가가치세 경감세액인 23,973,530원 및 20,610,130원을 초과한다(원고가 2010. 4. 9. 제출한 청구원인 정리신청서에 첨부된 별지 4, 5에는 위 각 과세 기간 동안의 사용금액이 각각 22,805,810원 및 23,434,776원이라고 기재되어 있으나, 아래에서 보는 2007. 11. 7.자 및 2008. 6. 20.자 노사합의 및 원고의 주장 내용을 전체적으로 살펴보면, 별지 원고 주장의 경감세액 사용내역 기재 중 '소급하여 인정된 금액'이 2007. 11.부터 2008. 3.까지의 기간 동안에도 포함되어야 할 것임에도 이를 누락한 것으로 보이므로, 결국 원고가 주장하는 각 과세기간 사용금액은 위와 같다고 볼 수 있고, 이에 관하여는 별지 원고 주장의 경감세액 사용내역 기재 참조).

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 일반택시 운송사업자에 대한 부가가치세 감면제도의 시행

(가) 1995. 8. 4. 법률 제4952호로 조세감면규제법이 개정되면서 구 자동차운수사업법(여객자동차운수사업법의 시행으로 폐지된 법률)상 일반택시 운송사업자에 대하여 부가가치세 납부세액 중 100분의 50이 경감되게 되자, 건설교통부장관은 전국 각 시ㆍ도에 '택시 부가가치세 세액감면 시행에 따른 지시'라는 제목으로 위 개정의 취지가 부가가치세액의 감면에 따른 경감세액을 택시운전 종사자의 열악한 처우를 개선하는데 활용되도록 지원하고자 하는 것임을 감안하여 동 감면세액이 개정취지에 부합되게 사용될 수 있도록 당해 사업자 및 관련단체의 지도ㆍ감독에 철저를 기하고, 그 구체적인 사용방법 등에 대하여는 노사 간의 협의를 통해 자율적으로 정하여 집행하도록 지도하여 줄 것을 지시하는 공문을 발송하였다.

(나) 그 후 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되어 2005. 1. 1.부터 시행된 구 조세특례제한법에는 "부가가치세 경감세액은 건설교통부장관이 정하는 바에 따라 일반택시 운수종사자의 처우개선 및 복지향상에 사용한다"라는 제106조의4 제2항이 신설되었고, 이에 따라 건설교통부장관은 2005. 4.경 아래와 같은 내용의 '택시부가세 경감세액 사용지침(이하 '이 사건 지침'이라고 한다)'을 마련하여 이를 지방자치단체 및 전국택시운송사업조합연합회 등에게 통보하였다.

(2) 원고와 그 노동조합 사이의 합의의 경과

(가) 원고를 비롯한 16개 운수회사로부터 위임을 받은 서울택시사업자협의회와 전국택시노동조합연맹 서울지역택시노동조합은 1995. 12. 31. 1995년도 임금협정을 체결함에 있어 기본급 및 제 수당을 인상하면서 부가가치세 감경세액 중 직접 수혜분은 임금에 포함하여 계산하였고 간접 수혜분은 사업자가 조합원의 복리 후생 증진에 활용한다고 부칙에 명시하였다{위 임금협정서에는 임금에 반영된 구체적 금액이 명시되어 있지는 않으나, 위 16개 운수회사 중 일부 회사(그 노동조합이 전국택시노동조합연맹의 노선을 따르지 않고 그 후 1997년경 합법화된 전국민주택시노동조합에 소속되어 있는 회사들인 것으로 보인다)와 전국택시노동조합연맹 서울지역택시노동조합과 사이의 95 쟁의126, 128 노동쟁의 중재신청사건에서 서울특별시지방노동위원회는 1995년도 임금 협정에 따른 기본급 및 제 수당 인상액 67,513원에 34,328원의 부가가치세 경감세액이 포함되어 있는 것으로 인정하였다}.

(나) 위에서 본 바와 같이 구 조세특례제한법이 개정되고 이에 따라 이 사건 지침이 마련된 이후, 원고는 2005. 6. 17. 원고의 노동조합과 사이에 같은 달 20.부터 6개월 동안 매월 6만 원씩을 근로자에게 지급하기로 합의하였고, 그 후 2006. 11. 14. 다시 원고의 노동조합과 사이에, 부가가치세 경감세액에 대하여는 원고가 2006. 11.부터 2007. 6.까지 잠정적으로 근로자 l인당 월 33,000원씩을 기존 임금에 추가하여 지급하기로 하되, 그 이전이라도 상급 단체에서 2007년도 임금협정 및 부가가치세 경감세액에 대한 교섭이 체결되면 그 결과에 따르고 미지급분에 대하여는 재협의하기로 합의하였다(이하 '2006. 11. 14.자 노사합의'라고 한다).

(다) 원고는 2007. 6. 27. 원고의 노동조합과 사이에 2001년도 임금협정서 및 단체협약서를 2007년 상급 단체의 교섭이 타결될 때까지 성실히 이행하기로 하되 이러한 교섭이 이루어지지 않을 경우 부가가치세 경감세액의 지급방법에 대하여 협의하기로 합의하였고, 2007. 11. 1. 원고의 노동조합과 사이 에 2008. 12. 31.까지 의 부가가치세 경감세액에 대하여 원고가 2007. 11.부터 2009. 3.까지 근로자 1인당 월 5만 원씩을 기존 임금에 추가하여 지급하고, 근로자 회식비 명목으로 2007년 제1기분 부가가치세 경감 세액에서 500만 원을 지급하기로 합의하였다(이하 '2007. 11. 7.자 노사합의'라고 한다).

(라) 이어서 원고는 2008. 6. 20. 원고의 노동조합과 사이에 2007. 11. 1.자 합의에 추가하여 아래와 같이 합의하였다(이하 '2008. 6,. 20.자 노사합의'라고 한다).

(마) 원고는 2007. 11. 1.자 및 2008. 6. 20.자 합의 에 따라 2007. 11.부터 2009. 3.까지 근로자에게 1인당 월 5만 원씩(만근자 기준)을 지급하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1~6, 9~14, 18~20, 25호증, 을 1~3, 5, 8~11, 14, 16호증(각 가지번호 포함), 갑 7호증의 1의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 아래의 사정에 비추어 볼 때, 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 2007. 10.부터 2008. 3.까지 근로자에게 지급한 월 임금 중에 근로자 1인당 34,328원의 부가가치세 경감세액이 포함되어 있다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

(가) 비록 1995년도 임금협정과 이에 관한 노동쟁의 중재신청 사건에서의 서울특별시 지방노동위원회의 판정내용 등을 종합하면 그 당시 월 임금에 34,328원의 경감세액 이 포함되어 있었던 것으로 보이기는 하나, 원고의 주장에 의하더라도 원고의 노동조합은 그 당시 위 임금협정의 당사자였던 전국택시노동조합연맹 서울지역택시노동조합의 노선에 따르지 아니하였던 점, 원고와 같이 그 노동조합이 전국택시노동조합연맹의 노선에 따르지 않던 아영운수 주식회사 등의 경우 지역노동조합과 사이에 별도로 임금 협정을 체결하여 월 임금에 부가가치세 경감세액을 얼마나 포함시킬지 여부를 따로 결정한 점, 원고 역시 원고의 노동조합이 전국민주택시노동조합에 소속한 1997년 이후부터는 별도로 원고의 노동조합이나 전국민주택시노동조합과 사이에 임금협정을 따로 체결하였던 것으로 보이는 점, 원고와 원고의 노용조합 사이에 2007. 6. 27. 체결된 노사 합의각서 제1항에는 그 당시 2001년도 임금협정서 및 단체협약서가 적용되고 있다고 기재되어 있는데(갑 11호증 참조) 2001년도 단체협약서(갑 16호증)나 2001년도 임금협정서(갑 25호증의 1, 이는 전국민주택시노동조합연맹 서울지역택시노동조합과 서울지역택시사업자협의회 사이의 협정서임) 어디에도 부가가치세 경감세액이 포함되어 있다 는 취지의 기재가 전혀 없는 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 1995년도 임금협정에 따라 2007. 10.부터 2008. 3.까지의 월 34,328원의 경감세액을 포함하여 월 임금을 지급하고 있었다고 인정하기 어렵다.

(나) 만일 원고의 주장대로 1995년경부터 월 임금에 34,328원의 경감세액이 반영되어 있었다면, 월 임금에 경감세액이 반영된 금액을 제외한 나머지 금액에 관하여만 그 지급방법에 관한 노사합의가 있었을 것이고 월 임금에 얼마만큼의 경감세액이 반영되어 있었던 것으로 볼 것인지에 관하여도 논의가 있었을 것으로 보이는데, 실제로 이루어진 각 노사합의의 내용을 살펴보면, 원고는 각 노사합의 당시 월 임금에 일부 경감세액이 이미 반영되어 있음을 고려하여 그 나머지 금액만을 합의의 대상으로 삼지 아니하였고 월 임금에 반영되어 있는 경감세액을 얼마로 볼 것인지 여부에 관하여도 합의하지 아니한 채, 단지 구 조세특례제한법의 개정으로 추정조항이 마련되자 이를 피하기 위하여 상급 단체와의 임금협정을 기다라면서도 원고의 노동조합과 사이에 일부 경감세액을 근로자에게 지급하기로 합의를 한 것으로 보일 뿐이다. 또한, 월 임금에 이미 경감세액이 포함되어 있다는 원고의 주장이 사실이라면 원고가 근로자에게 실제 감경된 세액보다 많은 금액을 지급한 셈이 되는데도(별지 원고 주장의 감경세액 사용내역 참조), 2008. 6. 20.자 노사합의서에는 부가가치세 감경세액 중 일부가 근로자에게 지급되지 않았음을 전제로 하여 "차액은 제 간섭비용ㆍ조합원 후생복리기금ㆍ임금에 일부 포함하여 지급된 것으로 한다"라고 기재되어 있다(원고의 주장대로라면 오히려 위 노 사합의 당시 근로자에게 초과로 지급된 감경세액에 대한 처리 방법에 관하여 합의가 있었어야 한다).

(다) 2004. 12. 31. 구 조세특례제한법이 개정되어 제106조의4 제2항에서 경감세액을 '건설교통부장관이 정하는 바에 따라' 사용하도록 규정되었고, 이에 따라 건설교통부장 관이 이 사건 지침을 마련하여 이를 통보하기까지 하였음에도, 원고는 경감세액 사용 에 관한 별도의 지출장부를 관리하지 아니하였을 뿐만 아니라 지출장부나 월급명세서 어디에도 경감세액의 일부가 기본급에 포함되었다는 내용이 기재되어 있지 아니하였으며, 경감세액 사용내역을 근로자 대표와 공동으로 정산ㆍ확인하거나 근로자들에게 그 결과를 공지하지도 아니하는 등 이 사건 지침에서 규정하는 사항을 준수하지 아니하였다.

(2) 비록 2008. 6. 20.자 노사합의서에는 부가가치세 경감세액 중 근로자에게 지급한 금액을 제외한 나머지 차액에 대하여는 제 간접비용ㆍ조합원 후생복리기금ㆍ임금에 일부 포함하여 지급된 것으로 하기로 하는 노사합의가 있었으나, 구 조세특례제한법의 개정 취지나 이에 따라 마련된 이 사건 지침의 내용 등에 비추어 볼 때 이러한 노사합의만으로 원고가 근로자나 원고의 노동조합에 직접 지급하지 아니한 금액에 관하여 사 후에 이를 근로자의 처우개선 및 복지향상을 위하여 사용한 것으로 간주할 수는 없다고 할 것이다.

(3) 결국, 위와 같이 2007. 10.부터 2008. 3.까지 근로자에 대한 월 임금 중에서 근로자 1인당 34,328원이 부가가치세 경감세액에 포함되어 있다고 인정되지 아니할 뿐만 아니라 노사합의만으로 일부 미사용금액에 관하여 이를 사용하였다고 간주할 수 없는 이상, 원고의 나머지 주장이 모두 인정되더라도 그 주장에 따른 사용금액 합계액은 2007년 제2기 확정분 14,986,504원, 2008년 제1기 예정분 15,632,480원(별지 원고 주장의 경감세액 사용내역 중 '원고가 주장하는 사용금액 합계액' 29,299,800원 및 29,980,104원에서 '기본급 반영금액 합계액' 13,113,296원3) 및 13,147,624원4)을 각 차감한 금액)으로서 이는 피고가 이 사건 처분을 하면서 인정한 원고의 사용금액, 즉 2007년 제2기 확정분 16,777,530원, 2008년 제1기 예정분 18,250,130원을 넘지 아니하므로, 원고의 나머지 주장에 관하여는 더 나아가 살필 필요 없이 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.