2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 1967년경 설립되어 차량 및 그 부속품의 제조 ・ 판매를 주된 사업으로 영위하고 있는 법인이고, XX 주식회사는 원고, OO자동차 주식회사, □□ 주식회사, ▽▽ 주식회사 등 40여개 계열회사들로 구성된 기업집단인 △△자동차그룹의 물류업무를 통합할 목적으로 정QQ가 40%(10억 원). 그의 장남 정AA이 60%(15억 원)를 출자하여 2001. 2. 22. 설립한 물류전문회사로서(설립 당시의 명칭은 한국◇◇ 주식회사였으나 2003. 6. 20. 상호가 변경되였다 이하 상호변경 전후를 통틀어 'XX'라 한다). 역시 △△자동차그룹의 계열회사이다.

나. 원고는 XX의 설립 이후 그로부터 ① 수출용 완성차 운송(TP. Transporter) 용역. ② 자체제작부품(MIP. Made in Plant. 완성차 업체가 자사 공장에서 직접 생산하는 엔진, 변속기, 판넬 공작 기계 등의 핵심부품) 운송용역. ③ 장비임대 용역, ④ 출고 전 검사(PDI, Pre-Delivery Inspection) 용역(이하 각각 'TP 용역', 'MIP 운송용역', '장비임대용역', 'PDI 용역'이라 하며, 모두 통틀어 '이 사건 용역'이라 한다)을 제공받고 용역대가를 제공하였다

다. 서울지방국세청장은 2009년경 원고에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 원고가 2004 - 2006 사업연도에 걸쳐 법인세법상 특수관계에 있는 XX로부터 이 사건 용역을 제공받으면서 시가보다 높은 가격으로 용역대가를 지급함으로써 부당하게 조세를 감소시킨 것으로 보아 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 제1항, 같은 법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19891호로 개정 되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제7호에 의한 부당행위계산 부인대상으로 판단하고, 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호, 제5항에 따라 이 사건 용역의 시가를 산정한 다음 그 차액 상당을 익금에 산입하여 법인세를 경정하도록 피고에게 통보 하였다.

마. 피고는 이에 따라 원고에게 2010. 1. 8. 아래 표 기재 내역과 같이 2004 - 2007 사업연도 법인세(가산세 포함) 및 농어촌특별세의 부과처분(이하 '이 사건 부과처분'이라 한다)을 하였다.

바. 원고는 이에 불복하여 2010. 4. 7. 조세심판원에 이 사건 부과처분 중 각 사업연도의 가산세 부분을 제외한 법인세 본세 부분에 대하여 그 취소를 구하는 심판청구를 제기하였으나, 2010. 10. 26. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1호증, 갑 3호증의 1, 2, 을 1 내지 7호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안전 항변에 대한 판단

가. 피고의 주장

원고는 조세심판원에 이 사건 부과처분 중 각 사업연도의 법인세 본세 부분에 대하여만 불복하여 심판청구를 제기하였을 뿐이므로, 이 사건 소 중 각 사업연도 법인세의 가산세 및 농어촌특별세 부과처분에 대한 부분은 적법한 전심절차를 거치지 아니한 채 제기되어 부적법하다.

나. 판단

1) 조세소송에서는 국세기본법 제56조 제2항에 의하여 행정소송법 제18조 제2항, 제3항 및 제20조의 규정이 적용되지 아니되나, 다만 2개 이상의 행정처분이 같은 목적을 위하여 단계적으로 진행되는 일련의 발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용 상 관련이 있는 경우에 선행처분에 대하여 적법한 전심절차를 거친 때와 같이 행정기관으로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 보아야 할 것이다(대법원 1989. 11. 10 선고 88누7996 판결, 대법원 2000. 9. 26 선고 99두1557 판결 등 참조).

2) 가산세(과소신고 및 미납부) 부과처분의 경우

납세자가 신고한 과세표준이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준에 미달한 경우(과소신고 가산세) 또는 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니 하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우(미납부 가산세) 각 일정 비율의 가산세를 부과하도록 되어 있는바(국세기본법 제47조의3, 제47조의5), 위와 같은 내용의 가산세는 세법에서 규정한 의무를 위반한 자에 대하여 개별 세법에 의하여 산출한 본세에 가산한 금액을 본세의 세목으로 부과 ・ 징수되는 것으로서(국세기본법 제47조 제1항, 제2항), 본세의 세액에 연동하여 본세가 유효하게 성립 ・ 확정되는 것을 전제로 하고 있어 본세와 기본적 사실관계와 위법사유가 공통된다고 볼 수 있으므로, 원고가 앞서 본 바와 같이 본세인 법인세 부과처분에 대하여 적법한 전심절차를 거친 이상, 위 가산세 부과처분에 대하여 따로이 전심절차를 거치지 않았다 하더라도 행정소송으로 다툴 수 있다고 봄이 상당하다. 따라서 피고의 이 부분 본안전 항변은 이유 없다.

3) 농어촌특별세 부과처분의 경우

농어촌특별세법 제5조 제l항 제1호는 조세특례제한법에 의하여 감면을 받는 법인세의 감면세액을 과세표준으로 하여 여기에 100분의 20의 세율을 곱하여 계산한 금액을 농어촌특별세로 부과하도록 되어 있는바, 앞서 본 바와 같이 2005, 2006 사업연도의 소득금액이 조정되고 이에 따라 법인세 감면세액이 늘어남에 따라 이 사건 농어촌특별세가 부과된 것으로서, 위 농어촌특별세 또한 당해 사업연도의 법인세 감면세액의 증감에 연통하여 법인세가 유효하게 확정됨을 전제로 하고 있어 본세인 법인세와 기본적 사실관계와 위법사유가 공통된다고 볼 수 있으므로, 원고가 앞서 본 바와 같이 법인세 부과처분에 대하여 적법한 전심절차를 거친 이상, 농어촌특별세 부과처분에 대하여 따로이 전심절차를 거치지 않았다 하더라도 행정소송으로 다툴 수 있다고 봄이 상당하다. 따라서 피고의 이 부분 본안전 항변도 이유 없다.

3. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

이 사건 부과처분은 다음과 같은 이유에서 위법하다.

가) 이 사건 용역거래의 경제적 합리성 관련

원고는 △△자동차그룹 전체의 물류조직 및 관리의 통합 ㆍ 일원화 계획에 따라 2001 사업연도부터 XX에게 이 사건 용역의 제공을 위탁하였고, 이에 따라 종전의 운송주선업체들이 제공하던 용역에 비하여 양질의 용역을 제공받아 왔으며, 특히 XX의 통합물류시스템이 완성된 2004 사업연도부터는 물류공동화, 물류표준화, 물류의 네트워크화, 물류 자동화 등 △△자동차그룹 전체의 물류 프로세스 전반에 걸쳐 혁신적인 용역을 제공받음으로써 2004 - 2006 사업연도에 합계 약 429억 원의 비용절감의 효과가 발생하였으므로 비록 종전의 용역 대가에 비하여 고가의 용역대가를 지급하였다고 하더라도, 원고와 XX의 이 사건 용역거래는 경제적으로 합리성이 있는 정상적 거래이다.

한편, 원고는 XX로부터 과세대상언 이 사건 용역 이외에 다른 용역분야까지 포괄하여 통합물류 서비스를 제공받고 있고, XX 전체 사업부문의 2004 - 2006 사업연도 매출 총이익률은 평균 7.08% 정도로서 다른 국내 물류회사들의 수익률에 비하여 높지 아니함에도, 전체 용역거래 중 매출 총이익률이 10%를 넘는 이 사건 용역 부분만을 따로 떼어 법인세법 소정의 부당행위계산 부인대상으로 보고 이 사건 부과처분을 한 것은 부당하다.

나) 이 사건 용역의 시가산정 관련

이 사건 부과처분의 근거법령인 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호에 의하면 용역의 시가산정은 매출원가에 당해 사업연도 중 특수관계자 외의 자에게 제공 한 당해 용역과 유사한 용역거래에 있어서의 수익률을 곱한 금액을 합산하는 방법으로 산정하여야 한다고 규정하고 있음에도, 피고는 아래에서 보는 바와 같이 당해 사업연도가 아니거나 특수관계자인 원고에게 제공한 것이거나 당해 용역과 상이한 용역거래를 기준으로 하여 그 수익률을 적용함으로써 피고의 이 사건 용역에 대한 시가 산정은 위 시행령 규정에 반하여 위법하다.

① 당해 사업연도가 아닌 사업연도의 용역거래

피고는 이 사건 용역거래 중 수출용 TP 용역을 제외한 나머지 MIP 운송용역, 장비임대용역, PDI 용역의 시가를 산정함에 있어 과세대상 사업연도인 2004 - 2006 사업연도가 아닌 원고와 XX 간에 용역 단가를 인상하기 이전인 2001 사업 연도에 이루어진 용역거래의 수익률을 적용하였다.

② 특수관계에 있는 자 간의 용역거래

피고는 이 사건 용역의 시가를 산정함에 있어 특수관계에 있는 원고와 XX 간의 당해 용역거래의 수익률을 적용하였다.

③ 유사성이 없는 용역거래(수출용 TP 용역 관련)

수출용 TP 용역과 내수용 TP 용역은 그 내용 및 특정, 거래 단계, 시장의 특성, 경쟁의 정도 등 거래가격 결정에 영향을 미치는 각 요소들이 상이하여 양자 간에 유사성이 인정되지 아니함에도, 피고는 수출용 TP 용역의 시가를 산정함에 있어 내수용 TP 용역의 수익률을 적용하였다.

④ 자사 장비임대 관련 시가 산정의 위법성

피고는 장비임대용역 중 자사 장비임대의 경우 타사 장비임대에서 시가로 산정한 금액과 타사 장비임대 신고매출과의 비율(시가율)을 자사 장비임대 매출에 곱하는 방법으로 그 시가를 산정하였는바 이러한 산정방법은 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호의 규정에 반하여 위법하다.

2) 피고의 주장

가) 경제적 합리성 관련

원고가 사업능력이 검증되지 않은 XX에 물류업무 대부분을 몰아준 점, XX가 이 사건 용역을 수행하는 과정에서 규모의 경제에 따라 단가할인요소, 고 정비 감소효과 등이 발생하였음에도 원고는 이러한 경제적 효과를 반영하지 않은 채XX에게 용역대가를 인상하여 지급한 점, XX 설립 이전에 YY 가 원고에게 제공한 용역과 XX가 YY를 인수한 후 이루어진 이 사건 용역이 실질적으로 통일함에도 불구하고 원고는 별다른 이유 없이 XX에 용역단가를 인상해 준 점, 원고는 단가 인상의 산정근거 및 관련자료를 제시하지 아니하여 정확한 인상사유를 알 수 없는 점 등을 고려할 때, 이 사건 용역거래는 건전한 사회통념이나 거래관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 거래라 할 것이다.

나) 이 사건 용역의 시가 산정 관련

세법 해석의 원칙상 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 법 규정을 해석하여야 할 것이고, 이 사건 용역의 시가의 입증은 유사한 용역거래에 대한 거래가능가격을 조사 ・ 검토하는 등의 합리적인 방법으로 산정한 가격을 기준으로 삼으면 족하다고 할 것이다. 이 사건의 경우 XX는 대부분 △△자동차그룹 계열사에 대하여 용역을 제공하고 있고 원고 또한 운송용역 100%를 XX에게 위탁하고 있어 원고와 XX의 용역거래는 특수관계가 없는 제3자와의 비교대상거래가 없는 사실상 독과점적 거래이기 때문에 구 법인세법 시행령 제89조 제1항 소정의 거래가격을 찾을 수 없어 보충적 평가방법인 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 규정에 근거하여 아래에 서 보는 바와 같이 산정한 시가를 기준으로 이루어진 이 사건 부과처분은 적법하다.

① MIP 운송용역, 장비임대용역, PDI 용역

원고는 2001년 10월 XX와의 위 각 용역거래에 있어 뚜렷한 인상요인 을 확인할 수 없음에도 원가인상과 일반관리비 인상을 이유로 단가를 인상하였으므로, 이 사건 과세기간 사업연도에 이루어진 이 사건 용역의 시가를 산정함에 있어 인상 전 단가로 거래하여 실현한 수익률을 적용함이 타당하고, 원고와 XX 사이에 인상 전 단가(원고가 YY에 지급하던 단가)로 거래하여 실현한 수익률은 원고와 YY 사이에 이루어진 용역거래로 실현한 수익률과 실질적으로 동일하므로, 이는 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호에서 정하는 '특수관계자 외의 자' 간에 이루어진 용역제공거래에 있어서의 수익률에 해당하는 것으로 볼 수 있다.

② 수출용 TP 용역 관련

수출용 TP 용역과 내수용 TP 용역은 각 용역을 수행하는 실행사가 동일하므로 운송구간의 차이는 발생할 수 있으나, 기능이나 역할이 본질적으로 동일하다. 또한 내수용 TP 용역의 경우에는 원고가 완성차를 판매할 때 완성차 가격과 별도로 고객으로부터 수취한 금액 그대로를 XX에 지급하므로 그 경제적 실질이 XX가 특수관계자 아닌 고객에게 제공하는 운송용역에 대한 대가로 볼 수 있고, XX가 실행사에게 지급하는 내수용 TP 운송단가 또한 특수관계 없는 자 간에 이루어진 거래이므로, 원고와 XX 사이에 이루어진 내수용 TP 용역에서 실현된 수익률을 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호에서 정하는 '특수관계자 외의 자' 간에 이루 어진 용역제공거래에 있어서의 수익률에 해당하는 것으로 볼 수 있다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) XX의 설립경위와 통합물류시스템의 구축 등

가) △△자동차그룹은 1999년경 계열회사들의 물류업무를 전담하는 회사로 YY와 MM종합상운 주식회사(이하 'MM종합상운'이라 한다)를 선정하였고, 이에 따라 YY가 TP 용역,PDI 운송용역 등의 판매물류, 수출입물류, 기업물류 중 장비임대를, MM종합상운이 장비임대 외의 기업물류를, 주식회사 AA가 △△자동차그룹의 중고차 사업을 각 위탁받아 담당하였다. XX는 2001년 6월 YY로부터, 2003년 7월 MM종합상운으로부터, 2003년 9월 주식회사 AA로부터 각 사업 일체를 양수하면서 전산시스템과 종업원을 그대로 승계하여, 전체 사업부문이유류운송, 조달운송, MIP 운송, 장비임대(자동차, 철강), 사후관리서비스(A/S) 부품운송, TP, PDI, 수출팀, 수입팀, 복합물류, 자동차부품의 해외수출운송, 중고차 사 업 등을 영위하고 있다.

나) XX는 △△자동차그룹 내 통합물류시스템 구축을 위하여 2002년부터 통합운송관리시스템(iTMS integrated Transportation Management System), 수출입물류시스템(GOALS Global Overseas Advanced Logistics System), 통합창고관리시스템 (WMS Warehouse Management System) 등의 물류정보시스템을 개발하기 시작하여 2003년 9월 콜센터를 구축하고, 2003년 10월 관제 및 통신서버를 개발하여 2004년 1월부터 본격적으로 가동하기 시작하였다. 이러한 통합물류시스템 구축과 XX의 인적 ・ 물적 시설확충으로 인하여 XX가 △△자동차그룹 내 계열사에게 제공하는 운송용역의 수준은 종전에 비하여 개선되었다.

다) 과세기간인 2004 - 2006 사업연도 기간 동안 XX가 제공한 용역거래의 대부분은 원고를 비롯한 △△자동차그룹의 계열사와의 사이에 이루어졌고, 원고는 이 사건 용역의 100%를 XX로부터 제공받았다.

2) 이 사건 용역의 내용 등

가) 수출용 TP 용역

수출용 완성차량을 수출선적항의 야적장까지 운송하는 용역으로서(내수용 TP 용역은 완성차량을 생산공장으로부터 출고센터, 영업소 또는 소비자가 지정하는 기타의 장소까지 운송하는 용역임) XX 설립 이전에는 YY가 이를 수행하였고, XX로부터 용역제공을 받기 시작한 이후에도 원고는 처음에는 종전에 YY에 지급하던 용역대가를 XX에도 그대로 지급하다가 2001년 11월 원가인상, 일반관리비 인상을 이유로 용역단가를 25% 인상하였다

나) MIP 운송용역

원고가 공장에서 자체 제조한 자동차 부품을 조립공장으로 이동하기 위한 운송 ・ 하역 ・ 보관 ・ 재고관리 등의 제반 용역으로서 공장간 사내운송, 원고와 OO자동차 공장 간의 사외운송 등을 내용으로 한다. 원고는 XX 설립 이전에는 36개 업체와 개별 계약을 체결하는 방법으로 운송업무를 처리하였고, XX로부터 용역제공을 받기 시작한 이후에도 처음에는 종전의 36개 업체에 지급하던 용역대가를 XX에도 그대로 지급하다가 2001년 10월 1차 단가 인상을 거쳐 재차 원가인상, 일반관리비 인상을 이유로 총 12.8%의 2차 단가 인상을 하였다.

다) 장비임대용역

장비임대는 완성차 공장 내에서 자동차 부품의 상 ・ 하역 및 이동에 필요한 장비(지게차 ・ 견인차)를 완성차 공장에 임대하여 실행사(XX로부터 위 용역을 위탁 받아 실제로 위 용역을 직접 수행하는 회사)로 하여금 운용하게 하는 용역으로서 XX가 자신이 취득한 장비를 투입하는 자사 장비임대와 설행사가 보유한 장비를 투입 하는 타사 장비임대로 구분할 수 있다. XX 설립 이전에는 위 용역을 위탁받은 YY가 장비를 보유하고 있지 않아 타사(임차) 장비임대용역만을 제공하였다. 원고는 종전에 YY에 지급하던 용역대가를 XX에도 그대로 지급 하다가 2001년 10월 대금지급 방법을 변경하면서 단가 산정시 적용하는 일반관리비 적용률을 6%에서 15%로 인상하였다

라) PDI 용역

출고된 완성차량을 소비자에게 인도하기 전에 공장 출하장 또는 지역출고센터에서 최종적으로 점검하는 과정으로 완성차량의 외관 조립 및 도장의 상태, 실내 내장재의 마감상태 등을 확인하고 차량에 탑재된 각종 기기의 기능 점검 등을 수행하며, 완성차량 내에 장착 및 투입되는 매트와 공구세트 및 삼각대 등의 지급품을 확인하고 임시번호를 부착하여 운송 및 고객에의 인도가 가능한 상태로 만드는 점검용역이다. XX 설립 이전에는 YY가 PDI 용역을 제공하였고, XX로부터 위 용역제공을 받기 시작한 이후에도 원고는 처음에는 종전에 YY에 지급하던 용역대가를 XX에도 그대로 지급하다가 2001년 10월 단가를 인상하였다.

3) 피고는 원고가 2001년 10월경 행한 용역단가의 인상이 부당하다고 보아 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호에 의하여 2004 - 2006 사업연도 이 사건 용역의 시가를 용역 유형별로 산정한 후, 그에 따라 원고의 부당행위계산 부인대상 금액을 산정하였는바, 그 구체적 내역은 아래와 같다.

가) 수출용 TP 용역

피고는 수출용 TP 용역과 내수용 TP 용역이 각 용역을 실제 수행하는 실행사가 동일하므로 운송구간의 차이는 발생할 수 있으나 그 내용 등이 본질적으로 유사하고 내수용 TP 용역은 그 실질이 XX와 고객 사이의 거래에 해당하는 것이므로 그 수익률을 특수관계자 외의 자와의 거래에서 형성된 수익률에 해당하는 것으로 보아 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호에 따라 당해 용역의 제공에 소요된 금액(이하 '매출원가'라 한다)과 매출원가에 당해 사업연도 중 XX가 원고에게 제공한 내수용 TP 용역에 있어서의 수익률을 곱하여 계산한 금액을 합하는 방법으로 시가를 산정 하였다.

나) MIP 운송용역

XX가 원고와 사이에 2차 인상 전 단가로 거래하여 실현한 수익률은 XX 설립 이전에 원고와 개별 실행사 사이의 거래에 있어서의 수익률과 통일하다는 이유로 이를 XX가 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률에 해당하는 것으로 보아, 매출원가와 각 매출원가에 2001년 10월 한달간 (1차 단가 인상 후 2차 단가 인상 전 기간) XX가 원고에게 제공한 MIP 운송용역 에 있어서의 수익률 5.20%를 곱하여 계산한 금액을 합하는 방법으로 시가를 산정하였다.

다) 장비임대용역

① 타사 장비임대용역의 경우

XX가 원고와 사이에 인상 전 단가로 거래하여 실현한 수익률은 XX 설립 이전에 원고와 YY 사이의 거래에 있어서의 수익률과 동일하다 는 이유로 이를 XX가 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률에 해당하는 것으로 보아 매출원가와 각 매출원가에 2001년 3-9월(단가 인상 전 기간) 동안 XX가 원고에게 제공한 장비임대용역에 있어서의 수익률 3.47%를 곱하여 계산한 금액을 합하는 방법으로 시가를 산정하였다.

② 자사 장비임대용역의 경우

한편, 자사 장비임대의 경우 피고는 XX가 단가계산 항목별(감가비, 보험료, 유류비, 일반관리비 등) 계산내역을 보관하고 있지 않아 거래가격을 알 수 없고, 인상 전(2001년 3-9월) 기간 동안의 수익률을 확인할 수 없어 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 소정의 보충적 방법에 의한 시가 산정 역시 불가능하다는 이유로, XX가 원고에게 제공한 각 사업연도의 자사 장비임대 선고매출액에 앞서 계산한 타사 장비임대용역 시가가 신고매출액에서 차지하는 비융(이하 '타사 장비임대 시가율'이라 한다)을 곱하여 계산한 금액을 시가로 산정하였다.

라) PDl 용역

원고와 XX 사이에 인상 전 단가로 거래하여 실현한 수익률은 XX 설립 이전에 원고와 YY 사이의 거래에 있어서의 수익률과 동일하다는 이유로 이를 ××가 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서 의 수익률에 해당하는 것으로 보아 매출원가와 매출원가에 2001년 3-9월(단가 인상 전 기간) 동안 XX가 원고에게 제공한 PDl 용역에 있어서의 수익률 4.93%를 곱하여 계산한 금액을 합하는 방법으로 시가를 산정하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 4 내지 19호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 라.판단

1) 관련 법령의 내용 및 해석

구 법인세법 제52조에 정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 같은 법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결 등 참조).

한편, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호는 구 법인세법 제52조 제1항의 '조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우'의 하나로 '금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율 ・ 요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우'를 들고 있고, 구 법인세법 제52조 제2항, 제4항, 같은 법 시행령 제89조 제1항, 제2항, 제4항에 의하면, 법인이 특수관계에 있는 자에게 시가보다 높은 대가를 지급하고 용역을 제공 받은 경우에 해당하는지 여부의 기준이 되는 용역의 '시가'는 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수 관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격에 의하고(구 법인세법 시행령 제89조 제1항), 그와 같은 거래의 실례가 없는 경우에는 구 법인세법 시행령 제89조 제2항에 의한 감정가액 등에 의할 수 있으며, 이러한 방법에 의하여도 시가를 산정할 수 없는 경우에는 보충적으로 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 '원가'라 한다)과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액에 의 하도록 하고 있다(제89조 제4항 제2호)

그렇지만 그 시가는 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액도 포함하는 개념이므로 위와 같은 방법에 의하여도 그 시가의 산정이 어려운 경우에는 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 명가한 가액도 시가로 볼 수 있고, 한편 시가보다 고가의 용역제공 대가를 지급하였다고 하더라도 그러한 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 것이 아니라면 부당행위계산 부인의 적용대상에 해당하지 않으며, 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 '시가'에 관한 입증책임은 부당행위 계산 부인을 주장하는 과세관청에게 있다고 할 것이다(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조).

2) 이 사건 용역의 시가 산정의 적정성 여부

가) 피고는 원고와 XX간의 운송용역은 특수관계가 없는 제3자와의 비교대상 거래가 존재하지 않는 사실상 독과점적 거래이기 때문에 구 법인세법 시행령 제89조 제1항에서 정하는 거래가격을 찾을 수 없고, 또 제89조 제2항을 적용하여 시가를 산정할 수도 없다는 전제하에 같은 법 시행령 제89조 제4항 제2호에 근거하여 수출용 TP 용역에 관하여는 XX가 원고에게 제공한 내수용 TP 용역의 수익률을, MIP 운송용역, PDI 용역 및 타사 장비임대용역에 관하여는 XX가 원고에게 제공한 2001 사업연도 각각의 용역의 수익률을 각 적용하여 계산하는 방법으로 위 각 용역의 시가를 산정하였다. 또한, 자사 장비임대용역에 관하여는 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호에 의한 시가 산정도 불가능하다는 이유로 XX가 원고에게 제공한 각 사업연도의 자사 장비임대 신고매출액에 타사 장비임대 시가율을 곱하여 위 용역의 시가를 산정하였다.

따라서 앞서 본 관련 법령 및 법리에 비추어 피고가 이 사건 용역의 시가를 산정함에 있어서 적용한 위 보충적 평가방법이 적정한지 여부가 쟁점이므로, 먼저 이에 관하여 살펴보기로 한다.

나) 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호는 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 원가와 원가에 당해 사업연도 중 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액을 시가로 한다고 규정하고 있는바, 위 규정에서 시가 산정의 기준으로 삼고 있는 '수익률'은 '당해 사업연도' 중에 제공된 용역으로서 거래의 상대방이 '특수관계자 외의 자'이고, 당해 용역과 '유사한 용역제공거래'에서 실현된 것을 그 요건으로 하고 있으므로 그러한 거래 실례가 있는 경우에는 그 수익율을 기준으로 하여 시가를 산정할 수 있으나, 그와 같은 실례가 존재하지 않는 경우에는 당해 용역의 내용 등 제반 조건을 고려하여 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 산정한 수익률을 기준으로 산정한 가액도 시가로 볼 수 있다고 할 것이다. 이는 모법인 구 법인세법 제52조 제2항에서 부당 행위계산 부인 규정을 적용함에 있어 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 '적용될' 것으로 판단되는 가격을 기준으로 하도록 규정하고 있는 입법취지에도 부합한다고 할 것이다.

이 사건의 경우, 이 사건 부과처분의 과세기간인 2004 - 2006 사업연도 기간 동안 XX가 제공한 용역거래의 거의 대부분이 특수관계에 있는 원고를 비롯한 △△자동차그룹의 계열사와 사이에서 이루어졌고, 원고 역시 운송과 관련된 대부분의 용역을 XX로부터 제공받아 왔음은 앞서 본 바와 같으므로, XX나 원고가 특수관계자 외의 자와 사이에 이 사건 용역과 유사한 용역제공거래를 한 사례를 찾을 수 없어 구 법인세법 시행령 제89조 제4항 제2호에서 시가 산정의 기준으로 삼고 있는 '당해 사업연도 중 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률'을 적용하여 시가를 산정하는 것은 사실상 불가능한 것으로 보인다.

따라서 이와 같은 경우에는 앞서 본 법리에 비추어 비록 특수관계자 사이에 이루어진 용역제공거래이거나 당해 사업연도 중에 제공된 유사한 용역이 아니라고 하더라도 당해 용역의 내용 등 제반 조건을 비교하여 그러한 조건의 차이를 제거할 수 있는 합리적인 조정을 거쳐 그 수익률을 산정한 경우라면 위 제89조 제4항 제2호에서 정하고 있는 '수익률'로 볼 수 있다고 할 것인바, 이러한 법리와 다음과 같은 여러 사정을 종합하여 보면, 피고가 XX가 원고에게 제공한 다음 각 용역이 이 사건 용역과 유사한 용역으로 보아 그 수익률을 그대로 적용하여 이 사건 용역의 시가를 산정한 것은 적법하다고 볼 수 없다.

(1) MIP 운송용역, 장비임대용역, PDI 용역

MIP 운송용역, 장비임대용역(자사 장비임대용역은 제외), PDI 용역(이하 위 용역들을 통틀어 '위 각 용역'이라 한다)에 대하여 피고가 유사 용역거래로 삼은 것은 위 각 용역이 제공된 2004 - 2006 사업연도가 아닌 그보다 3년 이상 앞선 용역단가 인상 이전의 기간인 2001 사업연도에 특수관계자인 XX가 원고에게 제공한 용역 거래이다. 더구나 앞서 본 바와 같이 2004 사업연도부터 위 각 용역은 XX가 구축한 통합물류시스템을 통하여 제공되는 것으로서 그 이전에 제공되던 용역과 그 내용이 동일하다고 볼 수 없으므로, 위 2004 - 2006 사업연도 기간 동안의 위 각 용역거래에서 실현된 수익률이 2001 사업연도 기간의 위 각 용역거래를 통하여 실현된 수익률과 같다고 보기는 어렵다. 설령, 피고 주장과 같이 원고가 2001년 10월경 위 각 용역 제공에 대하여 뚜렷한 단가인상 요인 없이 XX에 대하여 단가를 인상하였고 위 인상 전 단가로 거래하여 실현된 수익률이 원고와 특수관계에 있지 않은 YY 사이에 이루어진 위 각 용역거래로 실현된 수익률과 실질적으로 동일하다고 하더라도, 위와 같은 시점의 차이에 따른 경제상황이나 시장환경의 변화, 제공되는 용역내용의 차이 등을 고려하여 그 수익률을 합리적으로 조정한 바가 없는 이상(피고의 시가 산정방법에 따른다면, 다른 사업연도에 제공된 당해 법인의 당해 용역거래의 수익률을 기준으로 시가를 산정하여 부당행위계산 부인 여부를 판단하게 되어 특수관계자 사이의 용역거래의 경우에는 원가 절감 등의 사정으로 수익률이 증가하기만 하면 항상 부당행위계산 부인 대상에 해당되게 된다는 부당한 결론을 초래하게 된다), 피고가 단순히 원고와 XX 사이의 2001 사업연도 기간 동안의 위 각 용역거래의 수익률을 기준으로 위 각 용역의 시가를 산정한 것은 위법하다.

한편, 피고는 장비임대용역 중 자사 장비임대용역에 관하여는 XX가 원고에게 제공한 각 사업연도의 자사 장비임대 신고매출액에서 타사 장비임대 시가율을 곱하여 계산한 금액을 시가로 산정하였으나, 이러한 시가 산정방식은 법적 근거가 없을 뿐만 아니라 그와 같이 산정한 가액이 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 평가한 가액임을 인정할 증거도 없으므로 위법하다.

(2) 수출용 TP 용역

수출용 TP 용역에 대하여 피고가 유사 용역거래로 삼은 것은 특수관계자인 XX가 원고에게 제공한 내수용 TP 용역인데, 피고는 위 수출용 TP 와 내수용 TP 용역이 사실상 동일한 실행사를 통하여 수행된다는 점 외에 어떠한 점에서 유사성이 있는지에 관하여 아무런 주장 ・ 입증을 하고 있지 아니하고, 오히려 ① 내수용 TP 용역 과 수출용 TP 용역은 각 내수 매출원가와 수출 매출원가를 구성하는 항목으로서 원고 내수 사업부분과 수출 사업부분의 각 사업예산 및 환경에 따라 비용지출 규모나 성향을 달리하여 결정되는 점, ② 양자의 수익률은 경제상황이나 시장환경에 의하여 영향을 받게 되는데, 내수 시장과 전세계 자동차 시장의 상황은 차이가 있는 점, ③ 내수용 TP 용역은 최종 소비자에게 완성차를 최종 인도하는 자동차 물류의 마지막 단계에 위치해 있는 반면, 수출용 TP 용역은 자동차 물류의 최초 단계에 위치해 있는 점 등에 비추어 보면, 양자는 수익률을 결정하는 주요 요소들 대부분에 있어 차이가 있다고 할 것이므로, 양자를 유사한 용역이라고 보기는 어렵다.

따라서 비록 위 각 용역을 직접 수행하는 실행사가 동일하고, 그 기능이나 역할이 본질적으로 통일한 측면이 있으며, 또한 설령 피고 주장과 같이 내수용 TP 용역의 경우 원고가 완성차를 판매할 때 완성차 가격과 별도로 고객으로부터 수취한 금액 그대로를 XX에 지급하는 점에서 그 경제적 설질이 XX가 특수관계자가 아닌 고객에게 제공하는 운송용역에 대한 대가로 볼 수 있다고 하더라도, 앞서 본 바와 같은 차이를 반영하여 그 수익률을 합리적으로 조정한 바가 없는 이상, 피고가 원고와 XX 사이의 내수용 TP 용역에서 실현된 수익률을 기준으로 위 수출용 TP 용역의 시가를 산정한 것은 위법하다.

(3) 기타 사정

피고가 이 사건 부과처분을 하게 된 실질적 이유는 원고의 XX에 대한 '일감 몰아주기'로 인하여 매출총이익률이 평균 10%를 넘지 않는 운송주선업계의 실태와 달리 이 사건 용역의 매출총이익률이 15% 이상에 달하게 되었고, 매출규모의 팽창으로 XX가 설립된 지 몇 년만에 업계 1위가 된 점, 원고를 비롯한 △△자동차그룹 계열회사들이 XX에 부당한 지원행위를 하였다며 공정거래위원회가 과징금 처분을 한 점 등에 있는 것으로 보인다. 그러나 매출총이익률은 경제적 합리성 판단에 있어서 간접적인 요소에 불과하고 업계 평균 이상의 이익을 실현하였다는 사정만으로 피고의 이 사건 용역에 대한 시가 산정이 정당화된다고 보기 어려운 점, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제23조 제1항 제7호, 같은 법 시행령 제36조 제1항 별표 1 제10호 가목의 부당한 지원행위는 '현저한 규모'의 용역집중행위를 통하여, 비록 그것이 경제적 합리성이 있는 행위일지라도 ××의 경쟁상 지위를 부당하게 제고하여 화물운송주선업 시장의 공정한 거래질서를 저해할 우려가 있는지에 달려있는 것인바, 이는 당해 거래의 경제적 합리성 및 시가 산정을 판단기준으로 하는 이 사건의 쟁점과는 다른 차원의 것으로 보인다.

3) 소결

따라서 피고가 이 사건 용역의 시가를 적정하게 산정하였음을 입증하지 못하여 원고가 XX로부터 고가로 용역을 제공받았음이 인정되지 아니하는 이상, 원고가 주장하는 경제적 합리성과 관련된 나머지 쟁점들에 관하여 더 나아가 판단할 필요 없이 이 사건 부과처분은 위법하다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.