[2] 탈세제보를 받고 반도체 부품 제조 등을 목적으로 설립된 회사에 대한 특별세무조사를 실시, 위 법인이 부가가치세 과세기간 중 6개 업체로부터 본점 명의 매입세금계산서를 실물 거래 없이 허위로 교부받아 공급가액을 손금에 산입한 사실을 적발하여 종합소득세 부과처분을 한 사안에서, 법인등기부상 대표이사가 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 가공 세금계산서를 수취하는 등 행위를 한 것으로 보기 어려워 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의 경우에 해당한다고 볼 수 없으며, 종합소득세에 대한 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 따라 5년이므로 5년이 모두 경과한 후에야 이루어진 종합소득세 부과처분은 부과제척기간을 도과하여 한 처분으로서 무효라고 한 사례

구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 에 의하면, 국세는 이를 부과할 수 있는 날부터 5년이 경과한 후에는 부과할 수 없고( 제3호 ), 다만 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 10년( 제1호 ), 납세자가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 7년( 제2호 )이 경과한 후에는 부과할 수 없다고 규정하고 있고, 이와 같은 국세부과의 제척기간이 경과한 후에 이루어진 부과처분은 무효이다 ( 대법원 1999. 6. 22. 선고 99두3140 판결 , 대법원 2009. 5. 28. 선고 2007두24364 판결 등 참조).

한편, 구 국세기본법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호 는 과세표준과 세액을 신고하는 국세의 경우 부과제척기간은 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음날부터 기산한다고 규정하고 있고, 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제70조 제1항 은 당해연도의 종합소득금액이 있는 거주자는 그 종합소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다고 규정하고 있다.

원심이 적법하게 채택한 증거에 의하면, 서울지방국세청장은 주식회사 에스텍(이하 ‘에스텍’이라 한다)이 1996년 제1기부터 1997년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 중 주식회사 전흥개발 등 6개 업체로부터 본점 명의로 공급가액 합계 2,839,658,750원(1996년 제1기 472,523,900원, 1996년 제2기 1,390,962,350원, 1997년 제1기 976,172,500원)의 매입세금계산서와 1996년 제1기 부가가치세 과세기간 중 공장 명의로 공급가액 139,138,938원의 매입세금계산서를 각 실물 거래 없이 허위로 교부받아 당해 과세기간의 부가가치세를 신고함에 있어 그 매입세액은 매출세액에서 공제하고, 그 공급가액은 각 사업연도 법인세 신고시 손금에 산입한 사실을 적발하여 관할세무서장인 송파세무서장과 청주세무서장에게 과세자료로 통보한 사실, 이에 송파세무서장은 에스텍에 대하여 위 각 세금계산서상의 공급가액을 손금불산입하고 그 금액을 사외로 유출된 귀속불분명 소득으로 보아 당시 에스텍의 법인등기부상 대표이사로 등재되어 있던 원고와 소외인에게 각 재직기간 비율로 안분하여 인정상여처분을 한 다음 2003. 7. 3. 소득금액변동통지를 한 사실, 이어서 송파세무서장은 에스텍에 대하여 원천징수분 소득세 징수처분을 하고, 원고의 관할세무서장인 피고에게 위 과세자료를 통보한 사실, 이에 피고는 2004. 2. 1. 원고의 1996년 및 1997년 귀속 각 종합소득세에서 에스텍에 대하여 이루어진 위 원천징수분 소득세 징수처분 부분을 제외한 나머지 1996년 귀속 종합소득세 29,228,790원, 1997년 귀속 종합소득세 39,372,290원의 부과처분을 한 사실, 한편 원고는 1996년 종합소득세 과세표준 및 1997년 종합소득세 과세표준을 각 그 법정신고기한 내에 신고한 사실 등을 알 수 있다.

사실관계가 이와 같다면, 에스텍의 법인등기부상 대표이사인 원고가 장차 위와 같이 은닉된 에스텍의 소득이 사외유출되어 그 귀속자가 밝혀지지 아니함에 따라 자신이 에스텍의 대표자로서 인정상여처분을 받을 것까지 모두 예상하여 그로 인하여 부과될 소득세를 포탈하기 위하여 가공 세금계산서를 수취하는 등의 행위를 한 것으로 보기는 어려워 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 소정의 ‘납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경우’에 해당한다고 볼 수 없으므로, 원고의 1996년 및 1997년 귀속분 종합소득세에 대한 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 의하여 5년이라고 봄이 상당하다( 대법원 2010. 4. 29. 선고 2007두11382 판결 참조). 그렇다면 이 사건 부과처분은 원고의 1996년 및 1997년 귀속 각 종합소득세에 대한 부과제척기간 기산일인 1997. 6. 1. 및 1998. 6. 1.부터 각 5년이 모두 경과한 2004. 2. 1.에야 비로소 이루어졌으므로 부과제척기간을 도과하여 한 처분으로서 무효이다. 따라서 원심이 이 사건 부과처분에 대하여 그 부과제척기간을 도과한 것이 아니라고 판단한 것은 잘못이다.

다만, 원심이 에스텍의 법인등기부상 대표이사로 등재되어 있던 원고와 소외인이 에스텍을 실질적으로 운영한 것이 아니라는 이유로 이 사건 부과처분이 위법하다고 본 결론에 있어서 정당한 이상 위와 같은 잘못은 원심판결을 파기할 위법이라 할 수 없다.

그러므로 피고의 상고이유에 대한 판단 없이 상고를 기각하고 상고비용은 피고가 부담하는 것으로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.