가. 청구인은 2009.6.1. 김OOO 명의로 보유하고 있던 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다) 주식 40,300주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를누나인 김OOO에게 1주당 OOO원에게 양도하고 김OOO 명의로양도소득세를 신고하였다.

나. 서울지방국세청장은 2012.4.3.부터 2012.6.1.까지 쟁점법인에 대한 주식변동조사를 실시한 결과, 청구인이 쟁점주식을 특수관계자인김OOO에게 저가로 양도한 것을 확인하고 이를 처분청에 통보함에 따라,처분청은 「소득세법」 제101조 및 같은 법 시행령 제167조에 규정되어있는 부당행위계산부인 규정을 적용하여 청구인의 쟁점주식 양도가액을「상속세 및 증여세법」상의 보충적 평가방법에 따른 시가로 재산정한 후,2012.8.10. 청구인에게 2009년 귀속 양도소득세 OOO원을결정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.11.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청은 공정거래위원회가 2011.4.5.에 쟁점법인을 그 설립일인 1983.10.27.을 의제편입일로 하여 대규모기업집단 주식회사 OOO(이하 “OOO”라 한다) 소속 계열사로의 편입을 통보한 점을 근거로 중소기업에 해당하지 아니하는 것으로 판단하여 청구인에게 적용될 양도소득세 세율을 결정하고 쟁점주식의 시가를 평가하였으나, 「소득세법」 및 「상속세 및 증여세법」은 중소기업 해당 여부를 「중소기업기본법」에 일임하고 있어, 같은 법 시행령 제3조에서 규정하고 있는 중소기업의 요건을 보면, 쟁점법인은 ‘「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」(이하“공정거래법”이라 한다) 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것’을 제외하고는 중소기업의 요건을 모두 갖추었다고 보이는데, 처분청은 쟁점주식의 양도일이 속하는 사업연도의직전사업연도 종료일인 2008.12.31. 현재 공정거래위원회가 쟁점법인을상호출자제한기업집단으로 지정한 바 없음에도 불구하고, 「공정거래법」 제14조의3을 적용하여 쟁점법인이 상호출자제한기업집단에 해당하는 것으로 보고 있는바, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 엄격하여야 하고 확장·유추해석은 허용되지 아니하는 대법원의 입장(대법원1983.6.28. 선고 82누142 판결, 대법원 2004.5.28. 선고 2003두7392 판결참조)에 비추어 보면, 「중소기업기본법 시행령」제3조는 「공정거래법」제14조 제1항을 준용하고 있는 것이지, 같은 법 제14조의3을 준용하는명문 근거가 없으므로 그 적용의 여지가 없고, 같은 법 제14조 제1항에 따라 쟁점법인은 2008.12.31. 현재 상호출자제한기업집단으로 지정된 사실이 없으므로 중소기업 요건 중 실질적인 독립성 기준의 요건을 충족한다고 할 것이며, 또한 「소득세법 시행령」 제167조의8에서주식 양도시 주식발행법인이 중소기업 해당 여부를 당해 법인의 직전사업연도 말을 기준으로 판단하도록 규정한 것은 주식 양도 후 사정변경에 의하여 적용세율이 달라지는 문제를 해소하기 위한 것인데 중소기업 여부를 판단함에 있어 「공정거래법」제14조의3을 적용하게 되면,주식 양도 후 사후적으로 ‘주식발행법인이 공정거래위원회에 정당한 이유 없이 허위의 자료를 제출한 사실 등이 발각되었다는 사정변경’에 의해 적용세율이 달라지는 문제가 발생하고, 주주들(특히 소액주주)은 주식발행법인이 중소기업임을 확인하고 주식을 양도하더라도 사후에 당해 주식발행법인의 계열회사 편입의제 사유가 발견되면 소급하여 당해 주식발행법인이 중소기업이 아니었던 것으로 의제됨에 따라양도소득세를 추징당할 위험이 있는 것이며, 특히 「공정거래법」은 소급효의 시간적 제한조차 두고 있지 아니하여 납세자로서는 부과제척기간 내에서는 항상 자신이 거래하였던 주식이 사후에 중소기업 주식에서제외될 수 있는 위험을 부담하여야 하므로 납세자의 예측가능성과법적안정성을 현저히 침해하여 과잉금지의 원칙에 위배되는 등 쟁점법인은 중소기업에 해당하지 아니한다고 전제하여 과세한 이 건 부과처분은 위법하므로 이 건 부과처분 중 쟁점법인이 중소기업임을 기초로하여 재계산한 정당세액의 범위를 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

「공정거래법」제14조 제1항에서 ‘통지에 의하여 상호출자제한기업집단에 속하게 됨’을 규정함과 동시에 같은 법 제14조의3에서 ‘……경우에는편입·통지된 것으로 본다’라고 규정함으로써 같은 법 제14조3의의제사유 발생 시 같은 법 제14조 제1항의 통지 효력이 발생함을명확히 하고 있으므로 「중소기업기본법 시행령」상 중소기업 범위에 「공정거래법」제14조 제1항만 명시되어 있다 하더라도 같은 조항의 통지 개념에 같은 법 제14조3의 통지의제가 당연히 포함된다 할 것이고이것이 조세법률주의에 부합하는 것이지 위 제14조의3 규정을 준용하는 명문 근거가 없어서 조세법률주의에 위반된다는 청구주장은 타당성이 없고, 또한, 청구인은 주주들의 예측가능성과 법적안정성 확보측면에서 소급하여 의제편입일을 기준으로 중소기업을 판단해서는 안 된다고 하나, 만약 청구주장처럼 문서통지일 이전인 의제편입일로 소급하여 중소기업으로 볼 수 없다면 공정거래위원회에 주식을 명의신탁하고 허위로 계열편입을 누락하는 등 허위의 자료를 제출하고 사후적으로 계열법인으로 밝혀진 경우에도 형식적 통지일인 2011.4.5.을 기준으로 중소기업 여부를 판단하여야 한다는 논리이고, 이것은 허위의 자료를 제출한 법인이 진실된 자료를 제출한 법인보다 오히려 부당하게 조세이득을 보게 하는 불합리한 결과를 낳게 하며, 나아가 비상장법인의 주주들은 주로 오너의 친인척이나 임직원으로 구성되어 있는데 이들은자신들의 회사가 허위의 자료제출에 의해 대규모기업집단 계열에 속하지아니한다고 하더라도 통상 이를 인지하고 있으므로 이런 경우까지주주들의 예측가능성과 법적안정성을 보호하여야 하는 것은 아니며, 공정거래위원회의 2011.4.5.자 공문(상호출자제한기업집단 등의 소속회사편입통지)에 의하면, ‘쟁점법인은 공정거래위원회가 「공정거래법」제14조 제1항에 의하여 지정한 상호출자제한기업집단 등의 소속회사로편입되었음을 같은 법 시행령 제21조 제3항의 규정에 의하여 통지한다’고되어 있는바, 공정거래위원회는 같은 법 제14조의3에 의하여 쟁점법인 설립일인 1983년으로 소급하여 상호출자제한기업집단으로 편입·통지 의제하면서 같은 법 제14조 제1항에 의하여 통지하는 것으로 명시하고있으므로 쟁점법인을 중소기업으로 해당하지 아니하는 것으로 하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

「공정거래법」제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는회사에 같은 법 제14조의3에 의해 상호출자제한기업집단에 편입·통지 의제된회사는 포함되지 아니한다는 청구주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 2011.3.18. OOO는 공정거래위원회에 쟁점법인에 대해 OOO에의계열 편입을 신고하였고, 2011.4.5. 쟁점법인은 다음 <표1>과 같이공정거래위원회로부터 설립일인 1983.10.27.을 의제편입일로 하여상호출자제한기업집단 등의 소속회사로 편입되었다고 통지받은 사실이쟁점법인의 감사보고서에 나타난다.

<표1> 쟁점법인의 감사보고서

(나) 처분청은 쟁점법인은 청구인이 100% 차명 소유한 OOO 계열사임에도 불구하고 2008년 및 2009년 공정거래위원회에 상호출자제한기업집단 지정관련 자료제출시 쟁점법인을 누락한 허위의 자료를 제출한 사실이 확인된다고 주장하면서 서울서부지방검찰청장의 공소장(2010년)을제시하였다.

(2) 청구인은 「중소기업기본법 시행령」제3조는 「공정거래법」제14조의3을 준용하고 있지 아니하며 쟁점법인의 중소기업 해당 여부를판단하는 규범구조는 다음 <표2>와 같고, 「소득세법 시행령」제167조의8에서 주식 양도시 주식발행법인의 중소기업 해당 여부를 당해 법인의 직전사업연도 말을 기준으로 판단하도록 규정한 것은주식 양도 후 사정변경에 의하여 적용세율이 달라지는 문제를 해소하기위한 것이라면서 다음 <표3>과 같이 개정취지(2001년 개정세법 해설 참조)를 제출하였다.

<표2> 중소기업 해당 여부 판단 규범구조

<표3> 「소득세법 시행령」제167조의8 규정의 개정취지

(3) 청구인의 세무대리인은 2013.7.11. 개최된 조세심판관회의에출석하여, 중소기업 여부를 판단함에 있어서 「공정거래법」제14조의3을 적용하기 위하여는 「중소기업기본법시행령」에서 직접 준용규정을 두었거나, 「공정거래법」 제9조가 간접적으로 인용규정을 두고 있어야만할 것인데, 이 건의 경우에는 아무 곳에도 이런 규정을 두고 있지아니하여 처분청의 주장은 조세법률주의 원칙에 위배되며, 「소득세법 시행령」 제167조의8에서 주식 양도시 주식발행법인이 중소기업 해당 여부를 당해 법인의 직전사업연도 말을 기준으로 판단하도록 규정한 것은 주식 양도 후 사정변경에 의하여 적용세율이 달라지는 문제를 해소하기 위한 것인데 「공정거래법」제14조의3을 적용하게 되면,주식 양도 후 사후적으로 당해 주식발행법인이 중소기업이 아닌 것으로판단되어 적용 세율이 달라질 수 있는 문제가 발생하며, 주주(특히소액주주)는 주식의 취득 및 양도시 주식발행법인이 공정거래위원회에정당한 이유 없이 자료제출을 거부하거나 허위의 자료를 제출하였는지여부를 알 수 없어 주식발행법인이 중소기업에 해당하는지를 판단할 수없게 되는 문제가 발생하며 더욱이 주주가 주식발행법인이 중소기업임을 확인하고 주식을 양도하더라도 사후에 당해 주식발행법인의 계열회사 편입의제 사유가 발견되면 소급하여 당해 주식발행법인이 중소기업이 아니었던 것으로 의제됨에 따라 양도소득세를 추징당할 위험이 있어 이와 같은 해석은 납세자의 예측가능성 및 법적안정성을 현저히 침해하여과잉금지의 원칙에 위배된다는 취지의 진술을 하였다.

(4) 「소득세법 시행령」제167조의8에 의하면, 같은 법 제104조 제1항 제4호 가목에서 "대통령령이 정하는 중소기업"이라 함은 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 「중소기업기본법」제2조의 규정에 의한 중소기업에 해당하는 기업을 말한다고 규정하고 있고, 「중소기업기본법」제2조 제1항에 의하면, 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 "중소기업시책"이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 기업(이하 "중소기업"이라 한다)을영위하는 자로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제3조에 의하면, 같은 법 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다고 규정하면서, 각 호로는 두 가지를 규정하고 있는데,제2호에서 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업이라고 규정하면서 가목에서 「공정거래법」제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것이라고 규정하고 있다.

(5) 「공정거래법」제14조 제1항에 의하면, 공정거래위원회는 대통령령이 정하는 바에 의하여 상호출자제한기업집단 및 채무보증제한기업집단(이하 "상호출자제한기업집단등"이라 한다)을 지정하고 동기업집단에 속하는 회사에 이를 통지하여야 한다고 규정하고 있고, 제4항에 의하면,공정거래위원회는 회사 또는 당해 회사의 특수관계인에 대하여 제1항의 기업집단의 지정을 위하여 필요한 자료의 제출을 요청할 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 법 제14조의3에 의하면, 공정거래위원회는제14조(상호출자제한기업집단등의 지정 등) 제4항 또는 제14조의2(계열회사의 편입 및 제외 등) 제2항에 의한 요청을 받은 자가 정당한이유 없이 자료제출을 거부하거나 허위의 자료를 제출함으로써 상호출자제한기업집단등의 소속회사로 편입되어야 함에도 불구하고 편입되지 아니한 경우에는 대통령령이 정하는 날에 그 상호출자제한기업집단등의소속회사로 편입·통지된 것으로 본다고 규정하고 있다.

(6) 살피건대, 청구인은 「공정거래법」제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 회사에 같은 법 제14조의3에 의해 상호출자제한기업집단에 편입·통지 의제된 회사는 포함되지 아니하므로 쟁점주식의양도당시 쟁점법인은 중소기업에 해당한다고 주장하고 있으나, 위 제14조제1항에서 상호출자제한기업집단에 속하는 회사에 통지의무를 규정하면서위 제14조의3에서 상호출자제한기업집단 소속회사로 편입·통지 의제되는경우를 규정하여 위 제14조의3이 위 제14조 제1항의 보충규정으로보이므로 중소기업의 범위를 규정한 「중소기업기본법 시행령」 제3조제2호에서도 「공정거래법」제14조의3이 같은 법 제14조의 보충규정에해당한다 할 것이어서 쟁점법인은 의제편입일(1983.10.27.)부터 OOO 소속 계열사로 편입된 것으로 보아야 하므로 쟁점주식 양도일(2009.6.1.)이 속하는 사업연도의 직전사업연도인 2008년 종료일 현재 쟁점법인이 중소기업에 해당하지 아니하는 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세한처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.