아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑제1호증, 갑제3호증, 갑제4호증의 1,2, 을제1호증의 1 내지 11의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있고 달리 반증이 없다.

가. 원고는 주택건설 공급판매 및 시공업 등을 영위하는 회사로서 1989. 12. 5. 서울 ○○구 ○○동 114의 2 대지 765.6평방미터(이하 이 사건 토지라 한다) 지상에 연립주택(빌라)를 신축・분양할 목적으로 이를 취득하여 1990. 8. 31. 사업승인 및 건축허가를 받아 같은 해 10. 7. 착공신고를 마친 후 같은 해 12. 27. 이 사건 부동산을 소외 선진공영에게 매각하였다.

나. 피고는 1996. 3. 16. 원고가 보유하였던 이 사건 부동산을 비업무용 부동산으로 보아 총차입금의 지급이자 중 총차입금에 대한 이 사건 토지의 가액비율 상당을 손금불산입하여 원고에 대하여 1990 사업년도분 법인세 77,521,090원 및 방위세 금 13,273,270원을 부과하는 처분(이하 이 사건 처분이라 한다)을 하였다.

2. 처분의 적법여부

(1) 당사자의 주장

피고들은 위 처분사유와 적용법조를 들어 이 사건 부과처분이 적법하다고 주장함에 대하여, 원고는 아래와 같은 이유로 이를 다툰다.

(가) 원고가 이 사건 토지를 취득한 두 달 후인 1990. 2. 6. 원고는 여신관리대상계열기업군으로 선정됨으로써 취득하고자 하는 부동산에 대하여 주거래은행의 승인을 받아야 하게 되어 같은 해 9. 7. 주거래은행인 상업은행에게 이 사건 토지상에 신축할 연립주택의 취득승인을 신청하였으나 주거래은행이 이를 불승인하여 이를 당초의 취득 목적대로 사용할 수 없게 되었으므로 이 사건 토지는 당해 부동산의 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날로부터 3년이 경과되지 아니한 부동산으로서 비업무용 부동산으로 볼 수 없음에도 이를 비업무용 부동산으로 보아서 한 이 사건 처분은 위법하다.

(나) 이 사건 토지가 비업무용 부동산이라 가정하더라도 원고가 이를 업무에 사용하지 못한 경위가 위와 같다면, 이 사건 토지를 업무용에 사용하지 못함에 정당한 사유가 있고, 부동산을 업무용으로 사용하지 못한데에 정당한 사유가 있다면 이러한 토지는 비업무용 부동산에서 제외되어야 한다.

(다) 가사 이 사건 토지가 비업무용 부동산이라 하더라도 1990. 4. 4. 재무부령 제1818호로 공포・시행된 법인세법 시행규칙 제4조 제1항 은 이 규칙 시행일 전에 취득한 부동산으로서 이 규칙 시행일 현재 취득 후 6개월이 경과한 것에 대하여는 이 규칙 시행 후 6월이 되는 날까지는 종전의 제18조 제3항 제1호 의 규정에 의하여 비업무용 부동산에의 해당여부를 판단한다고 규정하고 있고, 피고는 위 규정을 해석함에 있어 이 사건 토지와 같이 위 규칙 시행 후 6월이 경과하지 아니한 부동산에 대하여는 개정 전의 시행규칙을 적용한다는 특별한 규정이 없으므로 개정된 시행규칙을 적용할 것으로 보아 개정규칙 제18조 제7항 이 제3항 제1호 및 제12호의 단서의 규정에 의한 기한 내에 당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 경우에는 당해 부동산을 취득한 날부터 비업무용부동산으로 본다고 한 규정을 적용하여, 이 사건 토지에 대하여 원고의 사업년도 개시일인 1990. 1. 1. 이후의 차입금 지급이자에 대하여 손금불산입을 함으로써, 손금불산입할 이자 적수의 계산에 관하여 기산일을 부동산 취득일로부터 유예기간을 경과한 다음날로 규정한 개정 전의 시행규칙 제18조 제2항, 제3항 제1호를 적용하지 아니한 것은 과세불소급의 원칙에 반하므로 이와 같은 법령해석에 기초한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 관계 법령

"법인세법(1990. 12. 31. 법률 제4282호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제18조의 3 제1항 은 다음 각 호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업년도의 소득금액 계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하면서, 그 제1호에서 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정된 부동산으로서 대통령령이 정하는 것을 들고 있고, 같은 법 시행령(1990. 12. 31. 대통령령 제 13195호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제43조의 2 제1항 은 법 제18조의 3 제1항 제1호 에서대통령령이 정하는 것'이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산(이하 비업무용 부동산 등이라 한다)을 말한다고 규정하면서 그 제1호에서 부동산 취득 후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산을 들고 있으며, 같은 조 제3항 은 제1항의 규정에 의한 비업무용 부동산 등의 판정기준에 관하여는 재무부령으로 정한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제18조 제3항(1991. 2. 28. 재무부령 제1866호로 개정되기 전의 것) 은 영 제43조의 2 제3항 에서 비업무용 부동산이라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산을 말한다고 규정하면서, 그 제1호에서 부동산(제12호에 규정된 매매용 부동산을 제외한다)을 취득한 후 6월( 지방세법 시행령 제84조의 4 제1항 에 규정된 공장용 부지의 경우에는 2년, 기타 건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 1년)이 경과된 부동산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산, 제12호에서 매매용 부동산. 다만 부동산매매업을 주업으로 하거나 주택신축판매업을 하는 법인이 취득한 매매용부동산(주택신축판매업의 경우에는 주택신축용 토지에 한한다)으로서 취득 후 2년이 경과되지 아니한 것(주택 등 건물의 신축판매업용 부동산의 경우에는 토지를 취득한 후 2년 이내에 착공한 것으로서 공사진행 중에 있는 것)을 제외한다고 규정하고 있고, 같은 조 제4항은 다음 각 호의 1에 해당하는 부동산은 제3항의 규정에 불구하고 비업무용 부동산으로 보지 아니한다고 규정하면서 그 제1호에 당해 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날부터 3년이 경과되지 아니한 부동산을 열거하고 있고, 같은 조 제6항 은 제3항 제1호 및 제12호 단서의 규정에 의한 기한 내에 당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 경우에는 당해 부동산을 취득한 날부터 비업무용 부동산으로 본다고 규정하며, 같은 조 제7항(1990. 4. 4. 신설) 은 제3항 제1호 및 제12호의 단서의 규정에 의한 기한 내에 당해 부동산을 업무에 직접 사용하지 아니한 경우에는 당해 부동산을 취득한 날부터 비업무용부동산으로 본다고 규정하고, 1990. 4. 4. 개정된 시행규칙의 부칙은 제1조 에서 이 규칙은 공포한 날부터 시행한다고 규정하면서 제4조 제1항 에서 이 규칙 시행일 전에 취득한 부동산으로서 이 규칙 시행일 현재 취득 후 6월이 경과한 것에 대하여는 이 규칙 시행 후 6월이 되는 날까지는 종전의 제18조 제3항 제1호 에 의하여 비업무용 부동산에의 해당 여부를 판단한다고 규정한다.",한편, 한국은행법 제72조 , 제73조 , 은행법 제30조의 2 등의 규정에 의하면, 금융통화운영위원회는 동일계열기업군 단위로 대출이나 채무의 보증 또는 인수의 합계액의 한도를 정하여 제한할 수 있게 되어 있고, 위 규정에 의거 금융기관의 건전한 여신운용 및 투자지침과 여신에 관한 사항을 규정할 목적으로 금융통화운영위원회가 제정한 금융기관여신운영규정은 제5조 제1항 에서 금융기관은 금융기관 총여신이 1,500억원 이상인 계열기업군(대상기업군) 및 그 소속 기업체(대상기업체)에 대하여는 여신취급을 가급적 억제하고 이의 재무구조개선에 노력하여야 한다. 그 제2항에서 한국은행감독원장은 제1항의 대상기업군을 독점규제및공정거래에관한법률 제2조 제2항 및 같은 법 시행령 제2조의 2 에 따라 선정하고 각 금융기관에 통보한다고 규정하며, 제6조 에서 은행감독원장은 대상기업군에 대한 여신편중을 시정하기 위하여 필요하다고 인정할 경우에는 대상기업군에 대한 대출금과 여신의 증가한도를 설정할 수 있다고 규정하고, 제7조 에서 대상기업군 및 대상기업체의 주된 거래은행(주거래은행)은 대상기업체에 대한 전체 여신상황을 종합적으로 관리하여야 한다고 규정하며, 금융기관여신운용규정에 근거하여 제정된 계열기업군에대한여신관리시행세칙은 제18조 제1항 에서 대상기업체가 부동산을 취득하고자 할 때에는 미리 주거래은행의 승인을 받아야 하도록 규정하고, 제32조 에서 주거래은행은 대상기업체가 주거래은행의 승인사항을 위반할 경우 원상회복토록 하고, 기준금액에 해당하는 원화대출금에 대하여 1년간 연체대출 최고이율을 적용하며, 기준금액에 해당하는 원화지급보증에 대하여 1년간 지급보증료 최고율의 150퍼센트의 요율을 적용하는 외에 제재일로부터 6개월간 기업투자 및 부동산취득승인을 일체 금지하는 등 금융상의 제재를 취하도록 규정하고 있다.

(3) 인정사실

앞서든 증거들에 갑제5호증의 4, 갑제6호증의 1,2, 갑제7호증, 갑제8호증의 1, 갑제10호증, 갑제12호증의 1 내지 4, 갑제13호증의 3 내지 15, 갑제14호증의 1 내지 5, 갑제15호증, 을제2호증, 을제3호증, 을제4호증의 1,2, 을제6호증의 2, 을제9호증의 각 기재, 증인 김영복의 증언과 이 법원의 한국은행 은행감독원장 및 주식회사 한국상업은행장에 대한 사실조회결과에 변론의 전취지를 종합하면, 아래 사실이 인정되고 달리 반증이 없다.

(가) 원고는 1989. 12. 5. 이 사건 토지상에 89평형 연립주택 1동 4세대를 신축・분양할 목적으로 이를 대금 856,893,972원에 취득하였다.

(나) 원고는 소외 ○○ 주식회사 등 20개의 계열기업으로 이루어진 ○○그룹의 계열회사인데, ○○그룹은 1989. 12. 16. 정리회사인 소외 ○○개발 주식회사 등 그 계열기업 일부의 주식을 대량매입하여 계열회사로 편입시킴에 따라 그룹에 대한 금융기관 총여신액이 약 980억원에서 약 2,540억원으로 갑자기 증가하게 됨으로써 원고의 이 사건 토지 취득일로부터 두 달 후인 1990. 2. 6. 한국은행 은행감독원에 의하여 여신관리대상계열기업군으로 선정되었다.

(다) 한편 정부는 같은 해 5. 8. 부동산투기억제 특별조치를 발표하면서 여신관리대상계열기업군에 대하여는 생산활동에 직접 사용되는 부동산 이외의 부동산을 한시적으로 신규취득하지 못하도록 하였고, 이에 따라 은행감독원은 취득가능부동산을 예시하였는데 이에는 공장부지 연구시설용 부동산, 부양용 주택건설토지, 근로자주택건설토지 등만이 이에 포함되었다.

(라) 원고는 같은 해 6. 20. 이 사건 토지상에 연면적 1,153.55평방미터의 철근콘크리트조 3층 연립주택에 대한 사업승인 및 건축허가신청을 하여 같은 해 8. 31. 건축허가를 받아 여신관리대상계열기업군 소속 기업체로서 같은 해 9. 10. 주거래은행인 한국상업은행에게 이 사건 토지상에 신축할 연립주택의 취득승인을 신청하고 주거래은행의 담당자를 접촉하여 승인문제에 대하여 수차 협의하였는데, 위 은행은 계열기업군여신관리시행절차 제8조 제1항의 규정에 근거하여 기업윤리 및 국민경제적 차원에서 세대당 87평 규모의 주택건축에 대상기업체가 투자하는 것은 불요불급한 것으로 판단하여 부동산취득승인이 불가하다는 구두통보와 함께 이를 불승인하는 취지로 원고에게 승인신청서를 회송하였다.

(마) 그러나, 원고는 이 사건 토지상 위에 연립주택을 신축하기로 한 원래의 계획을 계속 추진하기로 하고 같은 해 10. 7. 관할구청에 착공신고서를 제출하였고, 같은 해 11. 16. 주거래은행에서 위 연립주택의 취득승인을 다시 신청하였으나 위 은행은 종전과 같이 부동산취득승인이 불가하다는 구두통보와 함께 승인신청서를 회송하였다.

(바) 원고는 이에 위 연립주택의 취득승인을 얻는 것이 불가능하다는 판단 아래 이 사건 토지상에 연립주택을 신축하여 분양하려고 하던 당초의 사업계획을 모두 취소하고, 같은 해 12. 27. 이를 대금 918,720,000원에 소외 주식회사 선진건영에게 매각하게 되었는데 이는 이 사건 토지의 매수대금에다 취득세, 등록세 등을 합한 취득비용 금 1,039,106,712원에 못미치는 금액이었다.

(사) 원고는 1991. 3. 14. 여신관리시행세칙 제27조 제2항의 규정에 의하여 이 사건 부동산처분사실을 위 은행에 보고하며 부동산취득승인 여부에 대한 회신을 요청하였고, 이에 위 은행은 같은 달 16. 원고에게 이 사건 토지상의 연립주택 취득에 관한 불승인통지를 하였다.

(아) 피고는 1990. 4. 4. 개정된 위 법인세법 시행규칙 제18조 제3항 제12호 , 같은 조 제7항 에 의하여 이 사건 토지를 그 취득일로부터 비업무용 부동산으로 보아 원고에게 당해 사업년도 중 1990. 1. 1.부터 매각일까지의 기간에 걸친 차입금이자를 손금불산입하여 이 사건 처분을 하였다.

(4) 판단

"법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제1호 는 당해 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산임을 비업무용 부동산의 요건으로 하고 있으므로 이 사건 토지를 원고가 취득한 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한되어야 이를 적용할 수 있는 것인바, 법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 것인지의 여부는 원칙적으로 법인이 토지를 취득할 당시의 구체적인 목적을 그 주된 사업과 대비하여 결정하여야 할 것이고, 그 해당여부도 위 목적과 사용금지, 제한의 형태에 비추어 개별적으로 판단하여야 할 것이며( 대법원 1992. 6. 23. 선고 91누11506 판결 , 1995. 2. 24. 선고, 94누4172 판결 참조), 비업무용 부동산 해당여부를 판단함에 있어서 그에서 제외되는 경우의 하나로 규정하고 있는 법인세법 시행규칙 제18조 제4항 제1호 에서 말하는법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산'이라 함은 법령의 규정 그 자체에 의하여 직접 토지의 사용이 금지되거나 제한된 것은 아니라고 하더라도 행정청이 그 행정작용의 일환으로 건축허가를 일체 하여 주지 아니하고 있기 때문에 현실적으로 토지의 사용이 금지되거나 제한된 경우도 포함된다고 할 것이고( 대법원 1995. 6. 13. 선고 95누1026 판결 등 참조), 주거래은행이 여신관리대상계열기업군 소속 기업체가 그 소유의 토지상에 건물을 신축・취득하는데 대하여 승인을 하지 아니하는 경우는 건축허가 자체를 하지 아니하는 경우에 해당하는 것은 아니라 할지라도 이는 한국은행법, 은행법의 위 각 규정과 그 시행을 위하여 제정된 금융기관여신운영규정 및 계열기업군에대한여신관리시행세칙에 근거하는 것이고, 주거래은행의 불승인사항을 위반하는 경우에는 엄격한 금융상의 제재가 따르는 것이기 때문에 건축업을 영위하는 대상기업체가 그 소유 토지상에 당초의 취득목적에 따라 건축물을 신축・취득하는 것에 관하여 주거래은행으로부터 불승인을 받는 때에는 법령의 규정에 근거한 주거래은행의 여신관리에 의하여 토지사용이 사실상 금지・제한받게 되는 것이므로 이는 법령에 의하여 토지 사용이 금지 또는 제한된 것에 준한다고 봄이 상당하다 할 것이다.",위 인정사실에 의하면, 원고는 이 사건 토지를 취득한 후 대상기업체로 선정되어 부동산취득에 주거래은행의 승인을 요하게 됨으로써 이 사건 토지를 당초의 취득목적에 따라 87평형의 연립주택을 신축하기 위하여 주거래은행에게 이 사건 토지상의 주택신축・취득 승인신청을 하였으나 불승인통보를 받게 되어 당초의 취득 목적대로 사용할 수 없게 되었으므로, 결국 이 사건 토지는 당해 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산에 준하는 것으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날로부터 3년이 경과되지 아니하였으니 비업무용 부동산으로 볼 수 없다 할 것이므로 이를 비업무용 부동산으로 보아서 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분이 위법함을 이유로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례