2. 피고가 2014. 12. 5. 원고에 대하여 한 2008년도 귀속 양도소득세 1,719,940,750원의 부과처분을 취소한다. 3. 소송비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지주위적 청구: 피고가 2014. 12. 5. 원고에 대하여 한 2008년도 귀속 양도소득세 1,719,940,750원의 부과처분은 무효임을 확인한다.

예비적 청구: 주문 제2항과 같다.

가. 원고는 1992. 1. 16.경부터 종중재산의 관리보존과 육영장학사업 등을 영위해 온 종중으로서 2010. 6. 28. 세법상 '법인으로 보는 단체'로 지정되었고, 주식회사 00코 아(이하 '00코아'라고만 한다)는 2007년경부터 00시 00면 00리 일대에서 아파트 신축사업을 추진하던 회사이다. 원고는 위 아파트 신축사업 부지에 포함되어 있던 별지1 목록 기재 각 토지(이하 '이 사건 토지'라 한다)를 소유하고 있었다.

나. 원고는 2007. 9. 18. 00코아와 사이에 토지거래 허가의 대상인 이 사건 토지에 관하여 매매대금을 6,015,600,000원으로 정한 매매계약(이하 '이 사건 매매계약'이라 한다)을 체결하면서, 계약금 및 중도금 5,915,600,000원은 2007. 10. 30. 지급받고 잔금100,000,000원은 토지거래 허가 후 30일 이내에 소유권이전등기를 함과 동시에 지급받기로 약정하였다.다. 원고는 2008. 2. 17. 00코아와 사이에 위 나.항 기재 매매계약의 내용 중 매매대금을 '6,215,600,000원'으로, 계약금 및 중도금의 액수와 지급시기를 '6,115,600,000원'및 '2008. 2. 29.'로 각각 변경하기로 하는 계약(이하 '이 사건 변경계약'이라 한다)을 체결하였고, 이에 따라 00코아는 2008. 3. 5. 원고에게 위 변경된 계약금 및 중도금을 지급하였다. 한편 원고와 00코아는 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기의무 및 잔금지급의무를 현재까지 서로에게 이행하지 않고 있다.

라. 중부지방국세청으로부터 원고에 대한 세무조사결과(2014. 8.경 실시)를 통보받은 피고는 2014. 12. 5. 원고에 대하여 '원고가 2008. 3. 5. 00코아로부터 매매대금의 약 98.4%에 이르는 계약금 및 중도금을 지급받았으므로, 이 사건 토지는 위 날짜에 실질적으로 양도된 것으로 보아야 한다'는 이유로 양도소득세 1,719,940,750원(가산세 627,602,778원 포함)을 부과(이하 '이 사건 처분'이라 한다)하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2015. 3. 4. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2016. 1. 27. 위 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 11, 18 내지 22호증, 을 제8, 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

(1) 이 사건 처분은 원고의 납세지(원고 대표자의 주소지)를 관할하는 세무서장이 아닌 피고에 의하여 이루어졌으므로 위법하다.

(2) 소득세법 제98조, 구 소득세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26067호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제162조 등에 비추어 볼 때, 원고와 00코아 사이에 이 사건 토지에 관한 매매대금의 청산이나 소유권이전등기가 이루어지지 않은 이상 이 사건 토지는 아직 양도되었다고 볼 수 없다. 그런데도 피고는 이와 다른 전제에서 원고에게 이 사건 처분을 하였으므로 위법하다.

(3) 소득세법 등 관계 법령에 비추어 보더라도 원고로서는 이 사건 토지에 관한 잔금지급의무 및 소유권이전등기의무가 이행되지 않아 '양도 여부'를 명확하게 판단하기 어려운 상황이었다. 따라서 원고가 양도소득세를 신고납부하지 않은 점에 대하여 원고를 탓할 수 없는 정당한 사유(국세기본법 제48조 제1항)가 있었으므로 최소한 이 사건 처분 중 본세에 대한 가산세 부분은 부과할 수 없다.

나. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

다. 판단

(1) 납세지 관할의 위반 여부

소득세법 제6조는 '거주자의 소득세 납세지는 그 주소지로 하되, 주소지가 없는 경우에는 그 거소지로 하고, 납세지가 불분명한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지를 결정한다'고 규정하고 있고, 같은 법 제11조는 '소득세는 제6조부터 제10조까지의 규정에 따른 납세지를 관할하는 세무서장 또는 지방국세청장이 과세한다'고 규정하고 있다. 한편 소득세법 시행령 제2조 제1항은 '소득세법 제1조의2에 따른 주소는 국내에서 생계를 같이 하는 가족 및 국내에 소재하는 자산의 유무등 생활관계의 객관적 사실에 따라 판정한다'고 규정하고 있고, 소득세법 기본통칙 6-0・・・1은 '거주자로 보는 법인격없는 단체에 대한 소득세 납세지는 동 단체의 대표자 또는 관리인의 주소지로 한다'고 정하고 있다.

살피건대, 갑 제12 내지 16, 31 내지 33호증, 갑 제36호증의2, 을 제13 내지 19호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 원고는 2010. 6. 28. 세법상 '법인으로 보는 단체'로 지정되기 전까지는 법인격 없는 사단의 지위에 있었으므로, 이 사건 토지가 2008. 3. 5. 양도되었다는 전제 아래 이루어진 이 사건 처분에 대하여는 법인세법이 아닌 소득세법(거주자로 보는 법인격 없는 단체)이 적용된다고 볼 수 있는 점, ② 원고는 종중의 운영 및 기본재산의 관리 등을 위하여 대표자인 '회장' 외에도 '부회장'과 '총무' 직책을 별도로 두고 있는 것으로 보이는 점, ③ 원고 종중의 구성원인 이@@은 2005. 4. 13. 이**으로부터 원고의 총무 직책을 인수인계 받아 2010. 3. 6. 유임을 거쳐 계속해서 그 직을 유지하면서, 종중의 운영자금 관리에서부터 종중 소유의 부동산에 관한 등기 업무, 종중 총회의 개최 준비 등에 이르기까지 원고와 관련된 제반 사무를 전반적으로 관리해 온 것으로 보이는 점(원고가 수신하거나 발신한 각종 서류의 최초 결재권자란에도 총무인 이@@의 서명이 기재되어 있다), ④ 특히 과세관청에 제출한 과세표준확정신고 및 자진납부계산서 등에도 원고의 주소가 이@@의 주소인 '00시 00구 00로 00(00동)'으로 기재되어 있는바, 종중에게 부과된 조세의 납부 및 환급 등에 관한 업무도 이@@이 주도적으로 수행하였던 것으로 보이는 점, ⑤ 한편 소득세법 시행령 제2조 제1항은 이 사건 처분의 기준일 당시 법인격 없는 사단이었던 원고의 경우에도 충분히 유추적용할 수 있을 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 원고의 총무 직책을 맡고 있던 이@@은 실질적으로 원고의 관리인에 해당하고, 원고와 관련된 제반 업무도 이@@의 주소지에서 대부분 수행되었다고 봄이 상당하므로, 그 실질에 따라 이@@의 주소지를 관할하는 세무서장에게도 원고에 대하여 양도소득세를 과세할 수 있는 권한이 있다고 할 것이다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 이 사건 토지가 양도되었는지 여부

㈎ 구 소득세법(2014. 12. 23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항, 구 소득세법 시행령 제162조 제1항의 문언과 취지 등을 종합하여 보면, 부동산의 매매 등으로 그 대금이 모두 지급된 경우뿐만 아니라 사회통념상 그 대가적 급부가 거의 전부 이행되었다고 볼 만한 정도에 이른 경우에도 양도소득세의 과세요건을 충족하는 부동산의 양도가 있다고 봄이 타당하다고 할 것이나, 그 대가적 급부가 사회통념상 거의 전부 이행되었다고 볼 만한 정도에 이르는지 여부는 미지급 잔금의 액수와 그것이 전체 대금에서 차지하는 비율, 미지급 잔금이 남게 된 경위 등에 비추어 구체적 사안에서 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2014. 6. 12. 선고 2013두2037 판결 참조).

위 법리에 기초하여 갑 제1 내지 30호증, 을 제5 내지 12, 20 내지 23호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고와 00코아 사이에 이 사건 토지에 관한 매매잔금 100,000,000원의 지급의무 또는 소유권이전등기의무가 이행되지 않는 이상 이 사건 토지가 원고로부터 00코아에게 양도되었다고 보기는 어려우므로, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

① 원고는 00코아의 비용부담 아래 이 사건 토지에 관하여 이 사건 변경계약 직후인 2008. 2. 29. 신탁예약을 원인으로 하여 케이비부동산신탁 주식회사 앞으로 각 소유권이전청구권가등기를 마쳤고, 같은 날 이 사건 토지 중 별지1 목록 제1, 4, 5항 기재 토지에 관하여 채무자 '00코아', 근저당권자 '한국개발금융 주식회사 외 10개 법인', 채권최고액 '2,306,375,500원'으로 정한 근저당권을 설정하였다. 00코아가 이 사건 토지 일대에서 추진한 아파트 신축사업의 특성상 거액의 프로젝트 파이낸싱 대출을 위해서는 이 사건 토지 등이 담보로 제공되어야 할 필요성이 있었는데, 당시 이 사건 토지는 토지거래허가구역으로 지정되어 있어 00코아 앞으로 소유권이전등기가 마쳐질 수 없었으므로, 00코아로서는 위와 같은 이 사건 토지의 사전 담보제공에 관한 원고의 동의를 얻기 위하여 통상적인 매매계약의 경우와 달리 계약금 및 중도금을 전체 매매대금의 98.4%로 정한 것으로 보인다.

② 00코아가 원고에게 잔금 100,000,000원을 지급하기 전에 위 ①항 기재와 같이 이 사건 토지로부터 실질적인 효용을 누리기는 하였으나, 이 사건 토지의 전체 매매대금 6,215,600,000원에 비해 설정된 근저당권의 채권최고액이 2,306,375,500원에 불과하여, 양수인의 지위에서 이 사건 토지 전체의 교환가치를 사용・수익하였다고 평가하기 어렵다.

③ 피고는 원고가 장기간 양도소득세를 납부하지 않기 위해서 의도적으로 잔금을 100,000,000원으로 정하여 이를 지급받지 않고 있었다는 취지로 주장하나, 00코아가 위 ①항 기재와 같이 이 사건 토지의 교환가치 일부를 사용・수익할 수 있게 되었더라도 소유권이전등기를 마치기 전까지는 그 소유권을 취득할 수 없는 것이므로, 토지거래 허가구역 지정이 해제된 뒤에 원고의 소유권이전등기의무 이행을 강제하기 위해서 잔금 100,000,000원을 미지급 상태로 두었을 가능성을 전적으로 배제할 수 없다(피고가 지적하는 갑 제14호증 00코아의 회신문에는 '귀 종중과 몇몇 토지주의 경우 토지주 당사의 요청 및 당사와의 협의에 의하여 잔금을 남기게 되었으며, 이때 귀 종중 또한 토지 잔금 일억 원을 남겨두게 되었습니다'라고 기재되어 있기는 하나, 위 기재만으로 원고가 양도소득세를 회피할 의도로 일방적으로 00코아에 잔금 100,000,000원을 미지급 상태로 두자고 요청하였다고 단정하기 어렵다).

④ 이 사건 토지의 전체 매매대금 중 미지급 잔금이 차지하는 비율이 1.6%에 불과하기는 하나, 종중재산의 관리보존과 육영장학사업 등을 목적으로 해 온 종중으로서 2010. 7. 1. 임대업자로 사업자등록을 하기 전까지는 특별한 영리사업을 하고 있지 않았던 원고의 입장에서는 잔금 100,000,000원의 가치가 무시할 수 있을 만큼 적은 금액은 아니라고 판단된다. 따라서 단지 비율의 측면에서만 위 잔금의 가치를 평가하여 잔금이 아직 지급되지 않았음에도 이미 이 사건 토지의 양도가 이루어졌다고 섣불리 단정하기는 어렵다. ⑤ 이 사건 매매계약 제5조1)에도 불구하고 00코아가 2008. 10. 6. 및 2009. 11. 2. 이 사건 토지에 관하여 부과된 재산세 301,790원, 320,050원을 원고 대신 부담한 사실이 인정되기는 하나, 다른 한편, 그 이후로 현재까지 원고가 이 사건 토지에 관한 재산세를 납부해 온 것으로 보이므로, 일부 재산세부담 사정만을 부각시켜 00코아가 2008. 3. 5. 이 사건 토지를 실질적으로 양도받았음을 전제로 위 재산세를 대신 납부하였다고 단정할 수 없다. 또한, 이러한 재산세의 대납은 원고와 00코아 사이에서 결정한 세금부담에 관한 문제일 뿐이므로, 그들 사이의 내부적인 약정에 따라 객관적으로 판단되어야 할 소득세법 등에서 정한 '양도'의 의미를 달리 해석할 수는 없다. ⑥ 원고는 이 사건 토지에 관한 토지거래 허가구역 지정이 해제(2010. 12. 15.) 되었음을 이유로 00코아에게 2012. 9. 24. 잔금 100,000,000원의 지급을 요청하는 취지의 최고서를 내용증명 우편으로 발송하였고, 이에 대하여 00코아가 별다른 응답을 하지 않자 2012. 10. 30.경 위 잔금의 지급을 독촉함과 동시에 부득이한 사정이 있을 경우에는 소비대차로 전환하여도 무방하다는 취지의 내용증명 우편을 재차 발송하였는

1) 이 사건 토지에 관한 제세공과금 정산기준일은 부과원인일을 기준으로 하고, 소유권이전일을 기준으로 발생된 것은 원고가 부담하고 이후에 발생되는 것은 00코아가 부담한다.

바, 이러한 사정에 비추어 볼 때 원고는 이 사건 토지의 양도를 위해서는 위 잔금지급 의무가 이행되어야 한다고 인식하고 있었던 것으로 보인다(이러한 잔금지급의무이행의 최고는 중부지방국세청의 세무조사가 있기 한참 전에 자발적으로 이루어졌는바, 원고가 장래에 있을지도 모를 세무조사 등을 의식하여 의도적으로 최고를 한 것으로 보이지는 않는다. 또한, 그러한 점에서 원고가 토지거래 허가구역 지정이 해제된 때로부터 약 1년 9개월이 지난 뒤에서야 비로소 최고를 하였다고 하여 원고와 00코아 사이에 잔금을 제외한 나머지 금액만으로 이 사건 토지를 양도하기로 하는 묵시적인 합의가 있었다고 볼 수도 없다).

한편 00코아는 당초의 예상과 달리 이 사건 토지 일대의 사업지구가 2009년경 '제1종 주거지역'으로 고시됨에 따라 아파트 신축사업이 불가능해지자, 2012. 12. 24. 지구단위변경이 '제2종 일반주거지역'으로 변경될 때까지 사업을 잠정적으로 중단하게 되었는바, 그에 따른 자금융통의 어려움 때문에 원고에게 잔금을 지급하지 못한 것이지 이미 이 사건 토지가 양도되어 위 잔금을 지급할 필요가 없었기 때문은 아닌 것으로 보인다.

⑦ 을 제12호증에 의하더라도 중부지방국세청 조사관이 2014. 4. 21. 출장조사를 할 당시 김@@는 이 사건 토지 중 단지 '600평'에 관하여만 00코아와 사이에 경작을 전제로 한 임대차계약을 체결하였다고 진술하였을 뿐, 오히려 이 사건 소송이 계속 중인 2016. 6. 7. 위 600평을 제외한 나머지 토지에 관하여는 경작을 한 사실이 없다는 취지의 사실확인서를 제출하였다. 또한, 원고 종중의 구성원인 이&&는 2016. 11. 7. 이 사건 토지 중 별지1 목록 제1항 기재 토지를 2005년경부터 현재까지 경작하고 있다고 인정하였는바, 이러한 사정에 비추어 볼 때 이 사건 토지가 잔금지급 이전

에 00코아에게 인도되어 전적으로 그의 지배 아래 있었다고 단정할 수 없다.

⑧ 피고는 원고가 2008. 7. 9. 서울 00구 00동 00-0 **빌딩을 취득하는 데 6,750,000,000원을 사용하여 이 사건 토지에 관한 양도소득세(본세 1,092,330,000 원)를 납부할 여력이 없었기 때문에 의도적으로 허위의 잔금 100,000,000원을 설정해 둔 것이라는 취지로 주장하나, 원고는 2008. 12. 31. 1,056,789,147원 상당의 예금을 보유하고 있었을 뿐만 아니라, 위 **빌딩을 담보로 하여서도 얼마든지 대출을 받을 수 있는 상황이었던 것으로 보인다(위 **빌딩의 매수자금 대부분은 이 사건 토지의 계약금 및 중도금으로 충당된 것으로 보여 **빌딩의 담보가치는 충분했다고 볼 수 있다).

⑨ 이 사건 토지의 양도일을 2008. 3. 5.로 보는 것이 소득세법 제98조와 구 소득세법 시행령 제162조 제1항을 적용한 결과라고 한다면, 이는 '대금을 청산한 날'을 '대금의 대부분을 지급한 날'로 해석하여야만 가능한 법률적용이라 할 것이다. 그러나 소득세법상 '양도시기'에 관한 규정은 조세부과의 통일성과 공평성을 기하기 위한 의제규정이므로 그 해석에 있어 조세법률주의와 법적 안정성 및 예측가능성이 더욱 중시되어야 할 것인데, 여기에 '대금의 대부분'이라는 불확정개념을 도입한다면 이는 어느 정도가 대부분인지에 관한 저마다의 구구한 결론을 낳을 수 있어 위 규정의 본래 취지를 심각하게 훼손할 우려가 있다고 할 것이다.

또한, 만약 이 사건 토지의 양도일을 2008. 3. 5.로 보는 것이 '양도시기'에 관한 위 규정들을 적용한 결과가 아니라고 한다면, 이는 법령의 근거 없이 자산의 양도시기에 관하여 '대금을 청산하기 전에 자산이 사실상 이전된 경우에는 그 자산이 사실상 이전된 것으로 보는 날을 양도일로 한다'는 소득세법 시행령 규정을 창설하는 것과 다름없게 된다. 따라서 이 사건 토지의 양도일을 2008. 3. 5.로 보는 것은 '양도시 기'에 관한 소득세법 및 그 시행령 규정의 해석상 받아들이기 어렵다.

㈏ 이 사건 처분의 위법이 당연무효 사유에 해당하는지에 관하여 본다.

과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 처분의 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고도 명백한지를 판별할 때에는 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다(대법원 2016. 12. 29. 선고 2014두2980 판결 등 참조).

위 법리에 기초하여 앞서 본 사정들 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 소득세법 등 관계 법령의 해석을 잘못하여 아직 과세할 수 없는 거래에 대하여 양도소득세를 부과하였으므로, 이 사건 처분의 위법은 일응 중대하다고 할 수 있다. 그러나 구 소득세법 제88조, 구 소득세법 시행령 제162조는 '자산의 양도일'에 관하여 '대금을 청산한 날', '소유권이전등기의 접수일' 등으로 규정하고 있을 뿐, 이 사건과 같이 대금이 거의 대부분 지급된 경우에 대하여는 아무런 규정도 두고 있지 않아, 이를 대금이 청산된 경우와 동일하게 볼 것인지에 대하여 해석상 다툼의 여지가 있어 보이고, 실제로 원・피고가 소장 및 준비서면 등을 통하여 제시한 바와 같이 개별 사건의 구체적인 사실관계나 특성 등에 따라 서로 다른 결론에 이른 판결이 여럿 존재하고 있기도 하다. 따라서 이러한 사정에 비추어 보면 원고의 경우에는 양도소득세를 부과할 수 없다는 점이 객관적으로 명백하다고 보기는 어려우므로, 이 사건 처분에 존재하는 위법은 취소사유에 해당한다고 봄이 타당하다(한편 이 사건 처분 자체의 위법을 인정하는 이상 가산세 부분에 관한 원고의 예비적 주장에 대하여는 더 나아가 판단하지 않기로 한다).

3. 결론

그렇다면, 원고의 주위적 청구는 이유 없어 이를 기각하고, 예비적 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.