가. 청구법인은 서울특별시 중구 OO로 OO OOO 소재에 본점을 두고 금융보험업을 영위하는 법인으로, 90.2.1 기준일로 자산재평가법에 의한 자산재평가를 하여 총재평가적립금 2,926억원 중 896억원(전체의 29.93%)은 주주의 지분으로 자본전입하고, 1,173억원(전체의 40.0%)은 계약자지분으로 부채계정에 계상하고, 나머지 877억원(전체의 29.99%)은 처리유보하여 자본계정에 계상한 후, 그 중 계약자지분 1,173억원은 공익사업출연기금(과거계약자지분), 계약자특별배당금(현재계약자지분) 및 계약자배당안정화준비금(미래계약자지분)으로 각각 1/3 지분인 391억원씩 배분하였으나, 수령인이 없는 과거계약자지분 391억원은 사외로 유출시키지 않고, 이를 회사자산과 함께 운용하여 그 금액 상당액에 대한 운용수익금 4,727백만원(391억원 × 최근 3개 사업년도의 평균자산 운용수익율; 이하 “쟁점지출금”이라 한다)을 재무부장관 지침 등에 따라 청구외 사회복지법인 OO생명공익재단(이하 “OO생명공익재단”이라 한다)에 공익사업재원(재평가재원사업)으로 지급하고, 이를 지급배당금으로 손금계상하였으나, 93사업년도(92.4.1～93.3.31) 법인세과세표준 및 세액신고납부시 이를 지정기부금으로 하여 그 한도초과액을 손금불산입하는 등 세무조정하여 93.6.26 법인세과세표준 52,367,325,103원, 총 세액 19,652,099,148원으로 신고하였다.

나. 청구법인은 1) 쟁점지출금은 전액 손금에 해당하는 것이고, 2) 별지①부동산(이하 “쟁점①부동산”이라 한다)의 관련비용 1,683,410,067원은 보험사업과 관련된 비용이므로 전액 손금에 해당되며, 3) 별지②부동산(이하 “쟁점②부동산”이라 한다)양도에 대하여 특별부가세감면이 배제되는 것으로 신고한 것이 잘못 신고된 것이라 하여 93.12.28 법인세과세표준 46,035,255,428원, 총 세액 18,497,757,091원으로 수정신고(환급수정신고세액 1,154,342,047원)하였다.

다. 처분청은 위 수정신고를 전부 받아들이지 않고, 수정신고에 대한 可否통지를 하지 아니하였다.

라. 청구법인은 위 수정신고 후 60일이 되는 날인 94.2.26 수정신고에 대한 거부처분이 있은 것으로 보아, 94.4.26 이의신청, 94.7.12 심사청구를 거쳐 94.11.4 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

1) 과거계약자 지분인 공익사업출연기금의 운용수익인 쟁점지출금을 당초 기금조성의 목적인 공익사업에 출연하는 것은 ① 보험업법 제97조 제3항 및 재무부지침에 의하여 재무부장관의 허가를 받아 과거계약자에게 배당으로 지급한 것과 실질상 같은 것이므로 이는 법인세법 제9조 제3항 및 같은법시행령 제12조 제2항 제16호에 규정하는 손비에 해당되고, 또한 법인세법 제16조 제10호 및 같은법시행령 제32조에서 규정하는『보험계약자에게 배당하기 위하여 적립한 배당준비금으로서 재무부장관의 승인을 얻은 금액』에도 해당되며, ② 공익사업출연기금은 신탁재산의 성격에 해당되기 때문에 그 기금의 운용수익은 신탁재산에 귀속되는 소득이 되므로 실질과세의 원칙에 따라 법인세의 과세대상이 아니며, ③ 공익사업출연기금의 운용수익은 관련법령 등에 의하여 사업과 관련하여 의무적으로 지급되는 것이므로 임의성과 자의성에 의하여 사업과 직접 관련없이 지급되는 지정기부금과는 본질상 차이가 있으며, ④ 위 공익사업출연기금은 과거계약자 지분으로서 청구법인이 부채계정에 계상하여 매년 일정수익을 타 공익법인에 지급하고 있으므로, 이는 청구법인이 일종의 차입금을 운용하여 수익을 얻고, 그 차입금에 대한 이자를 지급하는 원리와 같으므로, 위 어떠한 이유로 보아도 손비로 인정되어야 하며, 이를 지정기부금으로 보아 한도초과액을 손금불산입한 이 건 처분은 위법부당하다.

2) 보험업법시행령 제15조 제1항 제2호의 규정에 의하면 보험회사는 총자산의 15% 범위내에서 부동산을 취득하여 운용하는 경우에는 보험업의 고유업무를 영위하는 것으로 보도록 규정되어 있음에도, 단지 취득후 일정기간까지 업무에 사용하지 아니하였다는 사유만으로 쟁점①부동산을 비업무용부동산으로 보아 그 유지비용인 재산세 1,683,410,067원을 손금에 산입하지 아니함은 부당하다.

3) 쟁점②부동산의 수용으로 인하여 발생한 양도차익(370,388,363원)은 동 부동산이 비업무용에 해당되지 아니하므로 그 양도차익에 대한 특별부가세(92,597,078원)는 구 조세감면규제법 제57조의 규정에 의거 감면되어야 한다.

나. 국세청장 의견

1) 과거에 법인자산의 증식에 기여한 계약자 몫을 운용하여 얻은 수익을 과거계약자에게 지급하지 아니하고, 다른 공익법인에 출연하였다면 이는 세법상 지정기부금에 해당되므로 처분청의 처분은 잘못이 없다.

2) 법인세법 제16조 제7호, 같은법시행령 제30조 제1호, 같은법 제18조의 3 제1항 제1호, 같은법시행령 제43조의 2 제1항 제1호 및 같은법시행규칙 제18조 제3항 제1호의 규정을 모두어 보면, 부동산을 취득한 후 일정기간이 경과된 부동산으로서 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산은 비업무용부동산으로 보고, 그 자산을 취득 관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비와 이에 관련되는 비용(이하 “유지비용”이라 한다)은 손금에 산입하지 아니하도록 규정되어 있는 바,

이 건의 경우 청구법인은 쟁점①부동산을 취득한 후 일정기간이 경과할 때까지 업무에 사용하지 아니한 사실에는 다툼이 없고, 위 규정은 타 법령에 의하여 적법하게 취득한 부동산이라 하여 그 규정의 적용을 배제할 수 있는 명문의 규정도 없으므로 이 부분 청구주장은 이유없다.

3) 조세감면규제법 제66조, 같은법시행령 제54조 및 같은법시행규칙 제20조의 2 규정을 모두어 보면, 81.1.1 이후 취득한 부동산으로서 양도일까지 1년이상 계속하여 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산에 대하여는 특별부가세의 비과세 및 감면에 관한 규정을 적용하지 아니하도록 규정되어 있다.

이 건의 경우 위에서 심리한 바와 같이 쟁점②부동산은 비업무용부동산에 해당되므로 이 부분 청구주장도 이유없다.

3. 심리 및 판단

이 건 다툼은 첫째, 쟁점지출금이 보험사업자의 손금으로 인정될 수 있는지, 둘째, 쟁점①부동산의 유지비용을 손금불산입한 처분이 정당한지와, 셋째, 쟁점②부동산의 양도차익에 대한 특별부가세 감면배제가 적법한지에 있다.

가. 쟁점지출금이 보험사업자의 손금으로 인정될 수 있는지

1) 관련법령

가) 법인세법 제9조 제1항에 법인의 각 사업년도 소득은 익금총액에서 손금총액을 공제하도록 규정하였고, 제3항에서『손금』이란 “자본 또는 지분의 환급·잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고는 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비”라 규정하고, 같은법시행령 제12조 제2항에서 『손비』를 1호에서 15호까지 각호별 열거하고, 제16호에서 제1호 내지 제15호 이외의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액으로 한다고 규정하고 있다.

나) 법인세법 제18조 제1항 제1호에 내국법인이 각 사업년도에 지출한 기부금 중 사회복지·문화·예술·종교·자선 등 공익성을 감안하여 대통령령이 정하는 기부금(이하 “지정기부금”이라 한다)중 당해 사업년도의 소득금액에서 제3항의 규정에 의하여 손금에 산입되는 기부금과 제8조 제1항 제1호의 규정에 의한 결손금을 차감한 금액에 100분의 7을 곱하여 계산한 금액을 초과하는 금액과 지정기부금 이외의 기부금은 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고, 같은법시행령 제40조 제1항 제1호에 기부금이란 “타인에게 법인의 사업과 직접 관계없이 무상으로 지출하는 재산적 증여의 가액”으로 한다고 규정하고 있으며, 제42조에서 지정기부금이라 함은 사회복지사업법에 의하여 설립한 사회복지법인에 복지 또는 자선을 위한 사업비·시설비·운영비 등으로 지출하는 기부금 등을 말한다고 규정하고 있다.

다) 보험업법 제97조 제3항 및 동법시행규칙 제20조의 규정에 의하면 보험업자가 자산재평가법에 의한 재평가를 한 경우에 그 재평가로 인한 재평가적립금은 자산재평가법 제28조 제2항의 규정에 의한 처분외에 재무부장관의 허가를 받아 보험계약자에 대한 배당을 위하여도 이를 처분할 수 있다고 규정하고 있다.

2) 공익사업출연기금의 성격

가) 일반적으로 보험제도를 운용함에 있어서 보험요율을 계산할 때 실제 지급율보다 엄격하게 보수적으로 적용하여 보험사업자의 이익이 발생되는데, 이러한 이익을 보험사업자의 이익으로 전부 귀속시키는 것이 아니라, 그 이익에 대한 보험계약자의 기여도 등을 고려하여 보험업법에 근거한 재무부장관의 지침 등에 의하여 일정부분을 보험계약자에게 반드시 환원해 주도록 제도적인 규제를 하고 있다.

이러한 취지에 따라서 보험사업자의 재평가적립금의 경우도 재평가적립금의 발생원인이 보험자산의 운용에서 발생되었으므로, 보험성과 등의 차액 일정부분은 주주지분으로, 나머지 차액은 계약자의 몫으로써 계약자배당금의 형태로 보험계약자에게 환원하도록 보험업법 제97조 제3항 및 재무부장관지침(생명보험회사 잉여금 및 재평가적립금 처리지침: 생보 22330-353, 90.8.31)에서 재평가적립금의 처리방법을 정하고 있다.

나) 위 지침 제11조 및 제13조에서 재평가적립금은 계약자 지분을 40%이상 70% 이하로 처분하고, 이 계약자 지분은 부채계정으로 계상하여, 그 중 1/3 이상을『공익사업출연기금』계리하고, 매년 3개 사업연도의 평균 운용수익율을 곱하여 산출한 금액을 재무부장관의 허가를 받아 공익사업 재원으로 출연하여 사용하도록 정하고 있다.

다) 위 내용과 같이 계약자 지분은 관련법령에 의하여 재평가적립금 중 계약자의 몫으로 구분하여 주주지분에서 제외하여 부채로 회계처리하도록 하고 있으며, 위 지침에 따라 주주의 몫에서 계약자의 몫으로 처분된 것으로 이는 다시 주주지분으로 환원될 수 있는 성질의 것이 아니고, 특히 과거계약자 지분에 상당하는 공익사업출연기금은 이익처분당시 지급할 당사자를 구체적으로 확인할 수 없어, 이를 직접 과거계약자에게 지급할 수가 없는 관계로, 대신 이를 사회에 환원시켜 보험사업과 관련있는 사회복지사업에 의무적으로 사용하도록 하면서, 다만 그 기금의 운용은 생명보험회사에서 일반자산과 함께 운영하고, 그 운용수익에 상당하는 금액을 공익복지사업에 지출하도록 하는 형태로 제도적인 장치를 마련하고 있다.

3) 청구법인이 OO생명공익재단에 “쟁점지출금”을 지출한 경위

가) 청구법인은 90.11.1 자산재평가 결정에 의하여 재평가적립금 2,926억원이 발생되었고, 보험업법 제97조 제3항 및 동법시행규칙 제20조와 생명보험회사잉여금 및 재평가적립금 처리지침(생보 22330-353, 90.8.31) 제11조와 제13조 제1호의 규정에 의하여 계약자 지분 1,173억원(40.08%)을 부채계정으로 처리하고, 재무부장관의 허가를 받아 계약자 지분 중 391억원(1/3)을 공익사업출연기금으로 계리하고, 최근 3개 사업년도의 평균자산운용수익율을 곱하여 산출한 금액 4,727백만원(93.1.30 31억원, 93.3.31 1,627백만원)을 공익사업재원으로 OO생명공익재단에 지급(출연)하였다.

나) 위 지침 제15조 제1항 및 제2항에 공익사업출연기금의 처리에 대한 구체적인 계획을 재무부장관에게 제출하여야 하고, 회사는 공익사업의 대상선정·출연재원의 관리 등을 위하여 재무부장관이 따로 정한 기준에 의하여 위원회를 설치·운영하여야 한다고 규정하고 있으며, 생명보험회사 공익사업추진위원회의 규정 제3조에 생명보험회사 공익사업추진위원회는 자산재평가 차익분에 의한 생명보험회사별 추진사업의 승인 및 실적확인, 생명보험업계 공익사업추진계획 및 실적의 홍보, 기타 공익사업추진과 관련한 사항 등을 심의의결하도록 규정하고 있는 바, 청구법인은 위 규정들이 정한 바에 따라 90.12.10 이 건 자산재평가적립금 및 계약자 지분처리에 관해 재무부장관의 승인(생보 2330-484)을 받아 배분처리 한 후 공익사업출연기금 391억원의 운용수익 4,727백만원에 대해 생명보험회사 공익사업추진위원회의 의결을 거쳐 93사업연도 계약자배당준비금 적립 및 배당(이 건 운용수익금)에 관해 92.12.22 및 93.3.25 각각 재무부장관의 승인을 받아 청구법인이 위 기금운용수익을 위 가)에서와 같이 OO생명공익재단에 지급하였고, OO생명공익재단에서는 재평가공익사업재원으로 탁아소건립·결식노인 규휼비, 얼굴기형돕기회 지원비 등으로 사용한 사실이 확인된다.

4) 쟁점지출금이『손비』에 해당하는지

법인세관련 법령을 종합하여 볼 때, 공익사업출연기금 391억을 부채로 계상한 것은 순자산을 감소시키는 거래에는 해당되지만 잉여금(재평가적립금)의 처분에 의한 것이므로 손금에 계상할 수 없는 것이나, 청구법인이 동 기금을 법인의 자산과 같이 운용하여 그 운용수익을 법인의 수익으로 계상하고, 그 수익상당액을 공익사업재원으로 지출하는 금액은 순자산을 감소시키는 거래로 발생한 것으로 법인세법 제9조 제3항 및 동법시행령 제12조 제2항 제16호에 의한 법인에 귀속되는 손비에 해당하므로, 법인세법 등에서『손금 불산입』한다는 별도의 규정이 없는 경우에는 원칙적으로 청구법인의 익금에서 공제할 손금에 해당된다 할 것이다.

5) 기부금에 해당되어 손금불산입 되는지

가) 기부금이란『타인에게 법인의 사업과 직접 관련없이 무상으로 지출한 재산적 증여의 금액』을 의미하는 것으로, 원칙적으로 손금불산입되지만, 국가기관 등에 지출한 기부금과 법인세법시행령 제42조에서 규정하고 있는 공익목적에 지출한 지정기부금 중 일정한도 이내의 금액은 손금으로 용인되고 있다.

나) 이 건 쟁점지출금이 기부금에 해당되는지에 대하여

먼저 청구법인의 사업과 직접 관련없이 무상으로 지출한 금액인지를 살펴보면, 쟁점지출금의 형식적인 측면에서 재무부장관의 지침에 따라 이를 주주지분에서 제외하여 부채로 계상하면서 그 기금을 보험회사에서 다른 자산과 함께 운용수익하여, 그 기금에 상당하는 운용 수익을 보험사업목적에 적합한 공익사업에 사용하도록 규정되어 있어, 이는 일응 기부금에 해당되지 않는 것으로 볼 수 있는 측면도 있지만,

보험업법 제97조 제3항 및 재무부지침은, 이 건 쟁점지출금의 실질적인 내용이 계약자(과거계약자)에게 지급할 배당금의 성격인데 그 지급할 대상자가 현존하지 아니하여 그 지급대상자인 과거계약자들이 속하는 사회에 환원시킴으로써 과거계약자에 지급할 몫에 갈음하여 사회공익사업(양로원, 고아원 설립비등)에 사용하도록 하여 전체보험업의 공익성을 제고한다는 측면에서 당해법인의 업무와는 직접관련이 없으나 공익목적에 무상 지출·사용하는 것이 합리적이고 타당하다고 보아, 정책적 견지에서 공익목적에 지출할 대상, 지출금액의 산정방법, 절차 등을 정한 보험회사의 자산운용에 대한 감독관청과 보험회사의 일반적 지도 감독에 관한 규정·지침에 불과한 것으로, 쟁점지출금을 법인세법상 지정기부금의 기본성격에 부합되지 않는 것으로 달리 보기는 어렵다고 할 것이므로 쟁점지출금은 기부금 중 지정기부금으로 법정 한도초과액을 계산하여 손금 불산입할 대상에 해당된다 할 것이다.

6) 그렇다면 쟁점지출금은 법인세법 제9조 제3항 및 동법시행령 제12조 제2항에 의한 손비에는 해당되지만, 법인세법 제18조의『기부금의 손금불산입』대상에 해당되므로 법정한도초과액은 법인의 각 사업연도소득계산상 총익금에서 공제하는 손금에 해당되지 않는다 할 것이다.

나. 쟁점①부동산의 유지비용을 손금불산입한 처분의 당부

가. 관련법령

1) 법인세법 제16조 제7호, 동법시행령 제30조 제1호 및 제4호, 동 시행규칙 제11조와 법인세법 제18조의 3 제1항 제1호, 동법시행령 제43조의 2 제1항의 규정에 의하면, 비업무용부동산에 해당하는 자산의 취득·관리비용 등 관련비용을 손금불산입하도록 규정하고 있다.

2) 보험업법 제19조, 동법시행령 제14조 제1항 제2호 및 제15조 제1항 제2호에서 보험사업자의 재산운용방법의 하나로 부동산의 취득 및 이용을 들고 있으며, 그 한도는 총 자산의 100분의 15의 비율을 초과할 수 없도록 제한하고 있다.

나. 살피건대 보험업법의 입법목적은 보험사업을 효율적으로 지도·감독하고, 보험계약자·피보험자 기타 이해관계인을 보호하여 보험산업의 건전한 육성과 국민경제의 균형있는 발전에 기여함에 있고, 법인세법의 입법목적은 법인세를 과세하기 위한 제법률관계를 규정하기 위한 것이므로 각 법률이 달성하고자 하는 목적이 다르고, 또한 지방세법도 지방세를 과세하기 위한 제법률관계를 규정함을 목적으로 하고 있어 세금부과측면에서는 법인세법과 동일하다 하더라도 각 세목의 세금부과를 통하여 달성하고자 하는 목적이 각기 다른 바, 그 입법취지에 비추어 볼 때, 청구법인이 사업자로서 얻은 수익에 대하여 부담할 법인세를 결정함에 있어서는 당연히 법인세법의 관계규정에 따라야 할 것이고, 나아가 이 사건에서 문제가 된 법인세법 제16조 제7호의 규정 취지가 기업자금을 생산적 자금으로 운영케 하여 기업이 기업자금을 부동산거래에 따른 투기적 이익을 도모하는 데 사용하는 것을 간접적으로 제한하여 업무에 무관한 부동산 보유법인의 경우 세무상 비업무용부동산의 유지비용에 대한 손금산입을 규제하는 데 있다 할 것이므로, 비록 청구법인 주장처럼 청구법인이 보험업을 영위하는 사업자로서 보험업법상의 관계규정에 허용된 부동산을 보유하고 있다 하더라도, 그 부동산이 법인세법을 적용함에 있어 업무용부동산인지 비업무용부동산인지 하는 판단은 법인세법의 관계규정에 의하여야 할 것이어서, 처분청이 법인세법의 관계규정을 적용함에 있어 쟁점①부동산을 비업무용부동산(법인세법의 관련규정상 비업무용부동산에 해당된다는 사실 자체에 있어서는 청구법인으로부터 다툼이 없음)으로 보아 유지비용을 손금불산입한 처분은 정당한 것으로 인정된다(국심 91서808, 91.7.2, 93서2168, 93.11.4 같은 의견).

다. 쟁점②토지의 양도에 따른 법인세특별부가세의 감면여부

1) 부동산등을 취득한 후 법정유예기간내에 업무에 사용하지 아니하여 비업무용 부동산에 해당되는 기간중에 “법령상 제한(서울특별시장이 OO택지개발사업관련 간선도로시설공사 용지로 지정고시)에 따라 지방자치단체등이 사용하기로 한 경우”에 해당되는 쟁점②토지의 양도에 대한 법인세특별부가세가 감면배제되는지를 본다.

2) 관련법령

가) 이 건 양도당시(92.12.8) 조세감면규제법 제57조(공공사업용 토지등에 대한 양도소득세 등 감면) 제1항 제2호 및 동법부칙 제19조 제2항에 토지수용법 기타법률에 의한 수용으로 인하여 92.12.31까지 양도하는 경우 발생하는 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있다.

나) 위 같은법 제66조 및 동법시행령 제54조에 법인의 업무와 직접 관련이 없는 부동산 중 81.1.1 이후 취득한 부동산으로서 재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산 판정기준에 해당되는 것에 대하여는, 이 법 또는 다른 법률 중 특별부가세의 비과세 및 감면에 관한 규정은 이를 적용하지 아니하도록 규정하고 있으며, 같은법시행규칙 제20조의 2 제1항에 양도일까지 1년 이상 계속하여 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 것(매매사업용 부동산을 포함한다)과, 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호 내지 제21호에 해당하는 것을 비업무용부동산으로 열거하고 있는 한편, 제2항 본문 및 제4호에 의하면 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호, 제1호의 2 및 제4호 내지 제9호 등에 해당하는 부동산은 위 조세감면규제법시행규칙 제20조의 2 제1항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

다) 법인세법시행규칙 제18조 제3항 각호에 구체적으로 비업무용부동산을 열거하고 있으며, 같은 규칙 제18조 제4항 제1호에서 당해부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로서 그 사용이 금지 또는 제한된 날로부터 3년이 경과되지 아니한 부동산을, 제1호의 2에 당해 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산으로써『국가 또는 지방자치단체』가 직접 사용하기로 한 부동산 등을 열거하면서, 각호에 열거한 부동산은 위 제3항의 규정에 불구하고 비업무용부동산으로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

3) 사실관계

가) 청구법인은 쟁점②토지를 취득한 후 법정유예기간내에 업무용으로 사용하고 있지 아니하여, 위 조세감면규제법시행규칙 제20조의 2 제1항 및 법인세법시행규칙 제18조 제3항의 비업무용부동산에는 해당된다.

나) 서울특별시 고시 제1991-301(91.11.22) 및 제1992-45(92.2.20)에서 강남구 OO동 OO～OO동 OOO 사이의 OO택지개발 사업관련 간선시설(도로)공사를 도시계획법 제25조 및 동법시행령 제6조의 규정에 의거『실시계획인가』를 하고 이를 고시하였음이 확인되고, 쟁점②토지의 서울특별시장발행 수용협의 증서에 의하면 토지수용에 따라 92.12.8 서울특별시에 협의 매도하였음이 확인된다.

4) 위 관련법령 및 사실관계를 종합하여 판단할 때,

조세감면규제법시행규칙 제20조의 2 제1항 제1호 및 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제1호에서 정한 유예기간이 경과하여 비업무용에 해당되는 부동산인데도 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호 또는 제1호의2에 해당되는 사용제한등이 가해진 경우에 동규정을 적용하게 되면, 법인세법시행규칙 제18조 제3항의 취지가 유명무실하게 되는 모순을 초래한다는 점에서 사용제한등이 가해진 날 현재 업무용으로 사용하지 않거나 비업무용으로 판정된 부동산에 대하여는 조세감면규제법시행규칙 제20조의 2 제2항 및 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호 또는 제1호의2의 규정이 적용되지 않는 것으로 보아야 하고,

또한, 간선도로공사를 위한 토지의 수용(협의양도)을 위한 일련의 절차가 이행되는 과정에서 도시계획법 규정에 의한 『실시계획인가』등으로 그 사용이 금지되거나 제한받은 토지까지 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호 또는 제1호의2에 해당되는 제한된 부동산으로 볼 수 없고, 수용자체를 위한 법령 이외의 다른 법령에 의하여 이전에 법령상 제한등이 되어 있던 토지가 수용되는 경우에만 관련법령에 의하여 사용이 금지 또는 제한받은 토지라고 해석하는 것이 합리적이라 판단된다.

그렇다면 쟁점②토지는 조세감면규제법 제66조의 적용대상 부동산에 해당되므로 쟁점②토지 양도에 따른 특별부가세를 감면배제하는 것이 타당하다고 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.