청구법인은 대전광역시 동구 OO동 OOOOO 대지 7,024.1㎡ 동 지상건물 1,168.496㎡ (이하 “구공장”이라 하고 이중 토지 7,024.1㎡를 “쟁점토지”라 한다)를 93.1.26 양도하고 충청남도 논산군 연무읍 OO리 OOOOO O대지 14469㎡·동 지상건물 7,675.597㎡(이하 “신공장”이라 한다)를 93.3.13 취득하여 구공장에서 영위하던 사업을 신공장에서 영위하고 있다.

청구법인은 구공장 양도일이 속하는 92.4.1 - 93.3.31 사업년도 (이하 “93사업년도”라 한다) 법인세과세표준 및 세액신고시에 구공장 양도에 따른 법인세특별부가세는 구 조세감면규제법 제42조에 의하여 전액 면제되는 것으로 신고하였다.

처분청은 구공장의 쟁점토지 중 양도당시의 공장입지 기준면적을 초과하는 토지는 구 조세감면규제법 제66조에 의하여 법인세특별부가세가 면제되지 아니한다 하여 청구법인에게 93사업년도 법인세특별부가세 128,817,430원 (그 후 처분청의 경정으로 122,289,870원으로 경정됨)을 95.6.16 청구법인에게 고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 95.8.1 심사청구를 거쳐 95.11.17 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구법인은 구공장에서 조립식 건축자재를 제조하던 중 공장을 증축하거나 확장하고자 하였으나 쟁점토지가 도시계획법상 자연녹지인 관계로 공장을 증축할 수 없어 구공장을 양도하고 신공장으로 이전하여 구공장에서의 사업을 영위하고 있다. 구공장을 양도하기 위한 매매계약을 체결할 당시(91.3.22)에는 쟁점토지는 도시계획법상 자연녹지였으므로 이날을 기준으로 하여 구공장용지인 쟁점토지의 공장입지 기준면적을 계산하여야 하며 이와 같이 구공장양도계약을 기준으로 한다면 쟁점토지는 전부 비업무용부동산에 해당하지 아니하므로 구공장 양도에 따른 특별부가세는 전액 면제되어야 한다.

나. 국세청장의견

청구법인은 조립식 건축자재를 제조하는 법인으로 청구법인이 양도한 쟁점토지는 공장용지로 총면적이 7,024.1㎡이고, 동지상의 공장건물의 면적은 1,168.496㎡로 확인되며, 지방세법시행규칙 제46조의5에 의한 공장입지기준면적률은 35%인 바, 청구법인의 공장입지기준면적은 3,672.416㎡(1,168.496㎡÷35%×1.1)로 계산되어 공장입지기준면적을 초과한 3,351.684㎡에 대하여 구조세감면규제법에 의거 특별부가세 면제를 배제함은 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이건 심판청구는 구공장용지인 쟁점토지 중 법인세특별부가세가 면제되지 아니하는 비업무용부동산에 해당되는 부분이 있는지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관련법령

(1) 구공장양도당시(93.1.26)시행된 구 조세감면규제법 제42조 제2항은 대도시안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 내국법인이 그 공장을 지방으로 이전하기 위하여 당해 공장대지와 건물을 양도 함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 대하여 특별부가세를 면제한다고 규정하고 있다.

전시 법규정의 위임에 의하여 동 법 시행령 제36조는 공장 양도차익에 대한 법인세 특별부가세가 면제되기 위한 요건 등에 대하여 제1항에서 제8항에 걸쳐서 규정하고 있다. 그런데 동법 제1항에서는 법인세 특별부가세 면제되는 세액에 대하여 규정하면서 동 제6항은 구공장 또는 신공장의 대지가 재무부령이 정하는 공장입지기준면적을 초과하는 경우에 그 초과하는 부분에 대하여는 법인세특별부가세가 면제되지 아니한다고 하였다. 법인세 특별부가세가 면제되는지 여부의 기준이 되는 공장입지기준면적은 동 법시행규칙 제13조의2 제1호에서 지방세법시행령 제84조의4 제3항 제6호의 공장입지기준면적으로 하도록 규정하였다.

(2) 구 조세감면규제법 제66조 및 동법시행령 제54조는 81.1.1 이후 취득한 부동산으로서 재무부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산판정기준에 해당하는 것에 대하여는 법인세특별부가세의 비과세 및 감면에 관한 규정을 적용하지 아니 하도록 하였다.

전시 법령의 위임에 따른 조세감면규제법시행규칙 제20조의 2 제1항은 법인세특별부가세의 비과세 및 감면이 배제되는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산에 대하여 제1호 및 제2호에서 규정하고 있는데 동 제2호에서 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호내지 제22호에 해당하는 경우에는 동 부동산을 비업무용 부동산으로 보도록 규정하였다. 공장용건축물에 부속된 쟁점토지가 비업무용 부동산인지 여부에 관련된 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제2호는 지방세법시행령 제84조의4 제3항 제6호에 규정된 공장입지기준면적을 초과하는 부분의 토지는 비업무용부동산으로 보도록 규정하고 있다.

(3) 전시 구 조세감면규제법 제42조, 동법시행령 제36조 제6항과 동법 제66조, 동법시행령 제54조는 동일한 내용으로 구공장용지중 지방세법시행령 제84조의4 제3항 제6호에 규정된 공장입지 기준면적을 초과하는 부분의 토지를 비업무용부동산으로 하면서 동 비업무용토지의 양도에 따른 법인세특별부가세는 면제하지 아니하도록 하였다.

(4) 지방세법시행규칙제84조의4&public_ilja=&public_no=&dem_no=1995전3777&dem_ilja=19960701&chk2=1" target="_blank">공장입지기준면적에 관한 지방세법시행규칙 제84조의4 제3항 제6호와 동 규정의 위임에 의한 동 법시행규칙 제46조의5에 의한 별표4에 의하면 공장건축물연면적을 품목별 기준공장 면적률로 나누어 공장입지기준면적이 산정되는데 이 경우 공장입지기준면적에는 도시계획상의 녹지지역, 활주로, 철로, 6미터 이상의 도로·접도구역과 공장구내의 저수지·침전지의 면적은 제외하도록 하였다.

다. 판단

(1) 이 건의 경우 청구법인은 구공장을 양도하고 1년이내에 신공장으로 이전하여 구공장에서 영위하던 사업을 영위하였으며 신공장의 가액이 구공장의 가액보다 많은 점 등 구공장 양도에서 발생하는 양도차익에 대한 법인세특별부가세 감면에 관한 다른 요건은 구비하였으나 구공장의 양도당시 공장용지인 쟁점토지 중 비업무용부동산에 해당되는 부분이 있는지에 대하여 다툼이 되고 있으므로 이부분에 대하여 본다.

(2) 청구법인은 구공장용지인 쟁점토지는 도시계획상 자연녹지이므로 공장입지기준면적을 계산함에 있어서는 이를 비업무용부동산에서 제외하여야 한다고 주장한다. 그러나 대전직할시장은 91.7.6 대전직할시 고시 제62호로 쟁점토지를 자연녹지에서 일반주거지로 변경하였으므로 청구법인이 양도한 구공장용지인 쟁점토지는 도시계획법상 자연녹지에서 대전직할시의 91.7.6 고시 제62호에 의하여 일반주거지역으로 변경 되었음이 인정되고 있다. 청구법인은 전시 대전직할시장의 고시가 있기전인 91.3.22 구공장을 양도하기로 하는 매매계약을 체결하였으므로 이날을 기준으로 하여 구공장의 공장입지기준면적을 계산하여야 하며 이날을 기준으로 한다면 전시 지방세법시행규칙에 의하여 비업무용부동산에 해당되지 아니한다고 주장한다.

그러나 구공장 용지인 쟁점토지의 양도에 따른 법인세특별부가세의 면제가 배제되는 비업무용부동산에 해당되는 부분이 있는지 여부는 법인세특별부가세면세요건충족 여부를 가려야 할 구공장양도일 현재를 기준으로 하여야 할 것이다.(대법원 93누13551, 94.2.22 및 93누21361, 94.2.8 도 같은 뜻임) 그런데 구공장 양도시기에 대하여 구조세감면규제법은 규정한 바 없고 법인세법 제17조 제3항은 이건과 같은 토지를 양도함으로서 생긴 익금의 귀속사업년도는 그 대금을 청산한 날이 속하는 사업년도로 하도록 하면서 대금을 청산하기전에 소유권이전등기를 하거나 당해 토지를 인도한 경우에는 소유권 이전등기일 또는 인도일이 속하는 사업년도로 한다고 규정하고 있다. 한편 소득세법 제27조, 동법시행령 제53조 제1항 제1호 및 제2호에 의하면 양도소득세 과세대상인 토지의 양도시기는 대금이 청산된 날로 하되 대금 청산일 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 소유권이전등기 접수일을 양도시기로 하도록 규정하고 있다. 그러하다면 구공장용지인 쟁점토지 중 법인세특별부가세 면제가 배제되는 비업무용부동산에 해당되는 부분이 있는지 여부는 구공장의 양도시기가 되는 잔금청산일 또는 소유권이전등기 접수일을 기준으로 하여야 할 것이다. 그런데 청구법인은 구공장을 양도하는 계약을 91.3.2 체결하고 이에 대한 잔금을 93.1.26 수령하였음이 청구법인과 거래상대방의 계약서 및 잔금지급에 대한 관련증빙에 의하여 인정되고 있고 구공장의 소유권이전등기는 실지 잔금청산일 전인 93.1.21 이루어진 사실이 쟁점토지의 등기부등본에 의하여 인정되고 있으며 이 부분에 대한 다툼도 없다.

그러하다면 구공장의 양도일은 전시 관련 법령에 의하여 소유권이전등기일인 93.1.21 이라 하겠으므로 이날을 기준으로 쟁점토지중 비업무용부동산에 해당되는 부분이 있는지 여부를 가려야 할 것인데 이날을 기준으로 하면 쟁점토지는 도시계획법상 자연녹지가 아닌 일반주거지역이므로 쟁점토지 전면적을 기준으로 공장입지 면적을 계산하여야 할 것이므로 이러한 방식에 따라서 쟁점토지의 비업무용부동산에 해당되는 부분을 계산하여 이부분에 대한 특별부가세의 면제를 배제한 당초 처분은 잘못이 있다 하기 어렵다.

라. 결론

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.