2. 항소비용은 각자 부담한다.

피고가 2012. 5. 23. 원고에게 한 폐수수탁처리업 영업정지 3개월 처분, 폐수배출시설 및 방지시설 조업정지 10일 처분, 수질초과배출부과금 20,610,168,960원의 부과처분(이하 순서대로 '이 사건 영업정지처분', '이 사건 조업정지처분', '이 사건 부과처분'이라고 한다)을 모두 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고

제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2012. 5. 23. 원고에게 한 이 사건 조업정지처분과 이 사건 부과처분을 모두 취소한다.

나. 피고

제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결문 제6면 제3행 내지 제7행, 제9면 제10행 내지 제10면 제7행, 제14면 제8행 내지 제17행을 각 삭제하고, 아래 판단을 추가하는 것 외에는 제1심 판결의 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 추가 판단 부분

가. 당사자의 주장

1) 원고

가) 시료의 채취 절차와 방법의 하자

(1) 피고 소속 공무원들은 2011. 11. 24. 원고 사업장에서 시료(이하 '이 사건 시료'라고 한다)를 채취할 당시 구 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률(2013. 7. 30. 법률 제11979호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 수질수생태계법'이라고 한다) 제68조 제3항 , 구 환경오염물질배출시설 등에 관한 통합지도·점검규정(2010. 12. 17. 환경부 훈령 제928호로 개정되어 2011. 1. 1. 시행된 것) 제11조 제2항, 제3항에 따라 원고 사업장 정문에서 신분증을 제시하며 단속공무원임을 알린 후 방문목적을 밝히고 원고 사업장 관계인의 입회하에 지도·점검을 실시하고 시료를 채취하여야 함에도, 신분증을 제시하지 않고 원고 사업장 관계인의 입회 없이 독자적으로 지도·점검을 실시하고 이 사건 시료를 채취하였다.

(2) 피고 소속 공무원들은 이 사건 시료의 채취 당시 구 수질오염공정시험기준(2011. 6. 22. 환경부 고시 제2011-103호로 개정된 것, 이하 '구 공정시험기준'이라고 한다)에 따라 시료를 채우기 전에 시료채취용기를 시료로 3회 이상 씻은 다음 사용하여야 함에도 이를 지키지 않았고, 시료를 채울 때에는 어떠한 경우에도 시료의 교란이 일어나서는 안 된다는 규정도 위반하였다.

(3) 이 사건 시료는 원고 사업장의 조업 중 배출되는 폐수를 채취한 것이 아니라 피고 소속 공무원들만 모여서 일방적으로 최종방류구에 고여 있는 폐수를 채취한 것으로 현장물의 성질을 대표할 수 없다.

(4) 피고 소속 공무원들은 2011. 11. 24. 22:00~22:20경 이 사건 시료를 채취하였음에도 채취 당일 검사기관에 즉시 인계하지 않고 사무실에 방치하였다가 그 다음날 10:00경에야 검사기관인 울산광역시 보건환경연구원장(이하 '울산환경연구원장'이라고 한다)에게 인계하여 시료의 검사기관 인계절차를 준수하지 않았고, 시료의 보존방법도 준수하지 아니하여 시료가 변질되었다.

(5) 피고 소속 공무원들은 시료채취용기인 4ℓ들이 PE(폴리에틸렌)통 1개, 1ℓ들이 유리병 2개를 사용하여 이 사건 시료를 채취하였는데, 그 직후 원고의 직원인 소외 1이 시료채취방법이 부당하다고 항의하면서 시료채취용기를 발로 찼고, 그 과정에서 시료채취용기 중 1ℓ들이 유리병 1개가 깨어졌다. 그럼에도 피고가 검사기관인 울산환경연구원장에게 검사를 의뢰한 시료는 4ℓ들이 PE통 1개, 1ℓ들이 유리병 2개로 되어 있어 위 시료가 원고의 사업장에서 채취한 것인지 명확하지 않다.

나) 오염물질 배출농도 산정의 하자

(1) 이 사건 시료는 원고 사업장에서 조업 중 배출되는 폐수의 성상을 대표하는 시료라 할 수 없고, 오히려 그 오염의 정도가 더 심하게 변질되었을 개연성이 충분하므로, 이 사건 시료를 검사한 결과는 원고 사업장에서 조업 중 배출되는 폐수에 대한 배출허용기준 적합 여부를 판정할 정확한 정보라고 할 수 없다.

(2) 설령 이 사건 시료를 검사한 결과가 원고 사업장에서 조업 중 배출되는 폐수에 대한 배출허용기준 적합 여부를 판정할 정보에 해당한다고 하더라도, 이 사건 시료의 채취 절차와 방법이 실체법상 또는 절차법상 한계를 넘어 위법하므로, 이에 터 잡아 이루어진 이 사건 조업정지처분과 이 사건 부과처분은 모두 위법하다.

다) 초과배출부과금 산정의 하자

(1) 배출기간 산정의 하자

피고는 인·허가 관련 범죄처분통보만을 근거로 2011. 8. 8.을 배출기간의 시기(시기)로 보았는데, 2011. 8. 8.에는 원고 사업장에 배출되는 오염물질에 대한 시료를 채취하여 검사한 사실이 없어 그날 오염물질이 배출되기 시작하였다고 보기 어려운 점, 원고의 사업장에 위탁되는 폐수의 성상이 제각각이고 그 처리과정도 다른 점, 오염물질이 배출되기 시작한 날에 관한 관련자들의 수사기관에서의 진술은 객관적인 진술이 아닌 점 등에 비추어 보면, 오염물질이 배출되기 시작한 날을 2011. 8. 8.로 확정할 수 없고 이를 알 수 없는 경우에 해당하므로, 이 사건 시료의 채취일을 배출기간의 시기로 보아야 한다.

피고는 2011. 11. 24.을 배출기간의 종기로 보았는데, 이 또한 법률상 근거가 없고 적절하지 않다.

(2) 일일유량 산정의 하자

피고는 2011. 8. 8.경부터 2011. 11. 24.경까지 원고의 사업장에서 수질오염물질이 포함된 폐수 37,726㎥ 상당을 배출하였다는 내용의 인·허가 관련 범죄처분통보를 받고 이를 근거로 37,726㎥를 109일로 나누어 일일유량을 346㎥으로 산정하였다. 37,726㎥는 위 기간 동안 전체 수탁량에서 1계열 폭기조에서 처리된 양을 공제하는 방법으로 계산된 것인데, 이러한 방법은 피고가 자의적인 방법으로 산정한 것으로 법적 근거가 없고 객관성도 없다.

라) 재량권의 일탈·남용

피고가 부과한 약 206억 원의 초과배출부과금은 원고 사업장의 총 매출액, 영업이익 등에 비추어 원고의 지불능력을 초과하는 과도한 수준으로서 원고 사업장의 배출시설 설치허가 취소 또는 사업장 폐쇄와 사실상 같은 효과가 있고, 이를 통해 경제적·사회적 혼란이 야기될 우려가 있는 점, 초과배출부과금 제도의 취지, 초과배출부과금의 성격, 현행 초과배출부과금 제도의 문제점 등에 비추어 보면, 이 사건 부과처분은 비례의 원칙과 과잉금지의 원칙을 위반하여 재량권을 일탈·남용한 것으로 위법하다.

마) 이중처벌금지의 원칙 위반

피고는 2011. 11. 24. 이 사건 시료를 채취하고도 이에 대하여 초과배출부과금 부과처분을 하지 않은 채 2011. 12. 2. 시료를 다시 채취하여 이에 대하여 2011. 12. 29. 초과배출부과금 부과처분을 하였고, 2012. 1. 9. 시료를 또다시 채취하여 이에 대하여 2012. 2. 2. 초과배출부과금 부과처분을 한 후 시료채취일부터 6개월이 지난 2012. 5. 23.이 되어서야 비로소 이 사건 부과처분을 하였다. 그렇다면, 2011. 11. 24.자 시료채취에 대해서는 이미 2011. 12. 29.자 부과처분 및 2012. 2. 2.자 부과처분으로 이미 처분을 받은 셈이므로, 이 사건 부과처분은 이중처벌금지의 원칙에 어긋난다.

바) 과잉금지의 원칙 위반

피고의 폐수처리수수료가 L당 10~30만 원이고, 이에 따라 피고가 배출량이라고 주장하는 폐수배출량에 대한 수수료를 계산해도 부과금에 미치지 못하는 점, 피고의 1년 매출액이 약 20억 원 가량인 점, 2012년 1년 동안의 국내 총 부과금이 800억 원 가량인 사실에 비추어 원고 사업장에 부과된 부과금이 지나치게 큰 점 등을 고려할 때, 이 사건 부과처분은 배출량의 처리비용 부담이라는 법의 목적을 벗어나 과도하고 원고의 영업시설 자체를 영원히 사장시키는 것으로 과잉금지의 원칙을 위반하였다.

2) 피고

가) 구 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 시행규칙(2014. 1. 29. 환경부령 제543호로 개정되기 전의 것) [별표22] 제2호 사목 21)에서 정한 ‘폐수처리에 필요하지 아니한 배관을 설치한 경우’란 그 배관이 설치시기 및 설치목적과 관계없이 폐수 무단방류에 사용된 배관이면 모두 이에 해당한다고 해석하여야 하므로, 설령 설치 당시 폐수처리에 필요한 배관이었다고 하더라도, 이후 그 배관이 폐수 무단방류에 사용되었다면 ‘폐수처리에 필요하지 아니한 배관을 설치한 경우’에 해당한다.

나) 설령 그렇지 않다고 하더라도, 원고는 폐수를 무단방류하기 위하여 2011. 10.경 이동식 임시배관을 설치하고 2011. 11. 17. 이후 기존에 설치된 고정배관을 철거하고 관경을 키워 새로운 배관을 설치한 사실이 있다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 원고의 주장에 관하여

가) 시료의 채취 절차와 방법의 하자 주장

(1) 원고가 들고 있는 규정 중 구 환경오염물질배출시설 등에 관한 통합지도·점검규정(2010. 12. 17. 환경부 훈령 제928호로 개정되어 2011. 1. 1. 시행된 것) 제11조 제2항, 제3항은 환경부 훈령으로서 그 규정의 내용이나 성질 등에 비추어 볼 때 환경오염물질배출시설 등에 대한 통합지도·점검 등에 관한 행정청 내부의 사무처리준칙을 정한 것에 불과하고 대외적으로 법원이나 일반 국민을 기속하는 법규명령으로서의 성질을 가지는 것이라고 볼 수 없으므로, 피고가 이 사건 시료의 채취와 관련하여 위 조항에서 정한 절차를 따르지 아니하였다고 하더라도 이 사건 조업정지처분과 이 사건 부과처분이 위법하다고 볼 수 없다.

한편, 구 수질수생태계법 제68조 제1항 은 ‘환경부장관 또는 시·도지사는 환경부령이 정하는 경우에는 관계공무원으로 하여금 당해 시설 또는 사업장 등에 출입하여 제32조 의 규정에 의한 배출허용기준의 준수 여부를 확인하기 위하여 수질오염물질을 채취하거나 관계 서류·시설·장비 등을 검사하게 할 수 있다’고 규정하고, 같은 조 제3항 은 ‘ 제1항 의 규정에 의하여 출입·검사를 행하는 공무원은 그 권한을 표시하는 증표를 지니고 이를 관계인에게 내보여야 한다’고 규정하고 있다.

갑 제10호증의 1, 갑 제39호증의 각 기재, 을 제4, 5호증의 각 일부 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고 소속 공무원들은 ○○하수처리장으로 유입되는 폐수의 수질이 나빠지자 2011. 11. 17. 23:40경 역추적 조사를 실시하던 중 원고의 사업장 인근 도로변에 있는 맨홀을 개방하여 방류수를 확인한 결과 폐수 최초배출업체가 원고임을 알게 되었는데, 원고의 직원이 사전에 이를 발견하여 방류수 배출을 중단하고 맑은 물로 최종방류구 청소를 실시하는 바람에 피고 소속 공무원들은 시료를 채취하지 못한 사실, 피고 소속 공무원들은 2011. 11. 24. 22:00경 원고의 사업장으로부터 약 1㎞ 하류에 있는 맨홀에서 적갈색 폐수가 상류로부터 흘러 내려오는 것을 확인한 후 원고 사업장을 방문하여 경비원에게 공무원증을 보여주면서 폐수 관련 단속임을 밝히고 입회를 요구한 사실, 그러나 경비원이 야간근무자에게 연락해야 한다고 하자, 피고 소속 공무원들은 잠시 대기하다가 더 이상 지체할 수 없다고 보고 이 사건 시료를 채취한 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 피고 소속 공무원들은 이 사건 시료의 채취 당시 구 수질수생태계법 제68조 제3항 에서 정한 절차를 이행하였다고 보아야 한다. 나아가 원고는 평소 피고의 단속에 대비하여 단속대응 매뉴얼을 만들어 준비하고 있었고, 배출허용기준을 초과하여 수질오염물질이 포함된 폐수와 그렇지 않은 폐수를 각기 다른 폭기조에 저장한 채 야간에 배출허용기준을 초과하여 수질오염물질이 포함된 폐수를 무단방류하다가 단속이 있다는 정보가 있으면 그렇지 않은 폐수를 방류하는 방법으로 피고의 단속을 피해온 점, 원고는 2011. 11. 17. 사전에 방류수 배출을 중단하고 맑은 물로 최종방류구 청소를 실시함으로써 피고의 시료 채취를 불가능하게 한 적이 있는 점, 피고 소속 공무원들은 2011. 11. 24. 이 사건 시료를 채취하기 전에 원고 사업장 관계자의 입회를 요구하였으나, 시간이 지체되자 원고 사업장 관계자의 입회 없이 이 사건 시료를 채취한 점, 그 직후 원고 사업장의 수질팀장인 소외 1은 이 사건 시료가 담긴 시료채취용기를 파손하려는 시도까지 한 점 등에 비추어 보면, 피고 소속 공무원들이 원고 사업장 관계인의 입회 없이 이 사건 채취를 채취한 것을 두고 어떠한 절차상 위법이 있다고 보기 어렵다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 을 제30, 31, 32호증의 각 기재 또는 영상에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고 소속 공무원들은 이 사건 시료의 채취 당시 ‘시료채취용기는 시료를 채우기 전에 시료로 3회 이상 씻은 다음 사용하며, 시료를 채울 때에는 어떠한 경우에도 시료의 교란이 일어나서는 안 된다’고 규정한 구 공정시험기준을 준수하여 이 사건 시료를 채취한 사실을 인정할 수 있으므로, 이와 다른 전제에 서있는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(3) 구 공정시험기준은 ‘배출허용기준 적합 여부 판정을 위하여 채취하는 시료는 시료의 성상, 유량, 유속 등의 시간에 따른 변화를 고려하여 현장물의 성질을 대표할 수 있도록 채취하여야 한다’, ‘시료는 목적 시료의 성질을 대표할 수 있는 위치에서 채취하여야 한다’고 규정하면서 폐수의 성질을 대표할 수 있는 곳으로서 시료를 당연히 채취하여야 할 지점으로 ‘수질오염방지시설의 최초 방류지점’ 또는 ‘폐수배출시설의 최초 방류지점(수질오염방지시설을 거치지 않을 경우)’을 들고 있다.

갑 제10호증의 1, 2, 갑 제25, 27, 39호증, 을 제8, 20호증의 각 기재 또는 영상에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고 사업장은 폭기조를 1, 2계열로 나누어 1계열 폭기조에는 생물학적 처리가 가능한 폐수를 저장하여 미생물을 넣어 생물학적 처리를 한 후 2차 침전조, 여과시설을 거쳐서 최종방류구로 배출하고, 2계열 폭기조에는 나머지 폐수를 저장하여 생물학적 처리를 하지 않은 채 야간에 가지관을 통하여 2차 침전조, 여과시설을 거치지 않고 그대로 최종방류구로 무단배출한 사실, 피고 소속 공무원들은 2011. 11. 24. 22:00경 원고의 사업장으로부터 약 1㎞ 하류에 있는 맨홀에서 적갈색 폐수가 상류로부터 흘러 내려오는 것을 확인한 후 같은 날 22:20경 원고 사업장을 방문하여 2계열의 폭기조에서 가지관을 통하여 2차 침전조나 여과시설을 거치지 않고 그대로 최종방류구로 폐수를 배출할 수 있음을 발견하고 추운 날씨에도 위 가지관이 다른 배관과 구별되게 따뜻한 것을 확인한 후 최종방류구에 설치된 방류유량계 후단 부분에 남아 있는 폐수에서 이 사건 시료를 채취한 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 피고 소속 공무원들은 원고 사업장에서 폐수가 배출되는 것을 확인한 후 원고 사업장을 방문하여 원고 사업장의 수질오염방지시설에서 외부로 배출되는 최초 방류지점인 최종방류구에서 배출된 직후 그곳에 남아 있는 폐수에서 이 사건 시료를 채취하였음을 알 수 있고, 여기에다가 최종방류구는 홈이 파져 있는 지하 구조물인데, 그 크기가 원고가 주장하는 바와 같이 가로 95㎝, 세로 30㎝, 높이 23㎝라고 하더라도, 그곳에는 최대 약 65ℓ(= 95㎝ × 30㎝ × 23㎝ / 1,000)의 폐수가 남아 있을 수 있어 물량이 부족하다고 보기 어려운 점, 원고는 이 사건 시료의 채취 일주일 전인 2011. 11. 17. 맑은 물로 최종방류구 청소를 실시하였으므로, 이 사건 시료의 채취 당시 종전에 오래된 수질오염물질이 위 최종방류구에 남아 있다고 보기 어려운 점 등을 종합하면, 이 사건 시료는 구 공정시험기준에 따라 목적 시료의 성질을 대표할 수 있는 위치에서 채취된 것으로 현장물의 성질을 대표할 수 있다고 보아야 하고, 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(4) 이 법원의 울산환경연구원장에 대한 사실조회 결과에 의하면, 피고 소속 공무원들이 2011. 11. 25. 10:05경 울산환경연구원장에게 이 사건 시료를 인계한 사실을 인정할 수 있다.

그러나 한편, 갑 제10호증의 1, 2, 갑 제32호증, 을 제8, 9호증의 각 기재 또는 영상, 을 제5호증의 일부 기재, 이 법원의 울산환경연구원장에 대한 사실조회 결과에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고 소속 공무원들은 2011. 11. 24. 22:20경 이 사건 시료를 채취하여 시료채취용기를 밀봉한 사실, 이후 피고 소속 공무원들은 원고의 담당직원에게 시료채취확인서에 서명해 달라고 요구하였으나, 원고의 담당직원은 서명을 거부하였고, 오히려 원고의 담당직원 중 소외 1은 항의를 하면서 이 사건 시료가 담긴 시료채취용기를 파손하려는 시도까지 한 사실, 피고 소속 공무원들은 2011. 11. 25. 00:20경 시료채취확인서에 서명을 받는 것이 불가능하다고 보고 원고 사업장을 떠난 사실, 피고 소속 공무원들은 2011. 11. 25. 00:50경 울산광역시청에 도착하여 이 사건 시료를 냉장고에 보관하였다가 2011. 11. 25. 10:05경 울산환경연구원장에게 위와 같이 밀봉한 상태 그대로 인계한 사실을 인정할 수 있다.

위와 같은 이 사건 시료의 채취 경위 및 그 이후 상황, 이 사건 시료가 인계될 당시의 상태 및 구 공정시험기준은 시료의 보존기간으로 부유물질의 경우 7일, BOD의 경우 48시간, 총질소의 경우 28일, 아연, 망간 등 금속류의 경우 6개월로 규정하고 있는 점 등을 종합하면, 피고 소속 공무원들이 이 사건 시료를 채취한 때부터 약 12시간이 경과한 후에 검사기관인 울산환경연구원장에 인계한 것을 두고 시료의 검사기관 인계절차에 어떠한 위법이 있다고 보기 어렵고, 시료의 보존방법을 준수하지 아니하여 이 사건 시료가 변질되었다고 보기도 어려우므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(5) 갑 제10호증의 1, 2, 갑 제39호증, 을 제32, 35호증의 각 기재 또는 영상, 이 법원의 울산환경연구원장에 대한 사실조회 결과에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고 소속 공무원들은 시료채취용기인 4ℓ들이 PE통 1개, 1ℓ들이 유리병 2개를 사용하여 이 사건 시료를 채취한 후 시료채취용기를 밀봉하였는데, 그 직후 원고의 직원인 소외 1이 시료채취용기를 발로 찼으나, 시료채취용기가 깨어지거나 파손되지는 않았고, 밀봉된 상태 그대로 검사기관인 울산환경연구원장에게 인계된 사실을 인정할 수 있고, 이에 반하는 갑 제40, 47호증의 각 기재, 을 제5호증의 일부 기재는 믿지 아니한다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 오염물질 배출농도 산정의 하자 주장

앞서 본 바와 같이 이 사건 시료는 구 공정시험기준에 따라 목적 시료의 성질을 대표할 수 있는 위치에서 채취된 것으로 원고 사업장 현장물의 성질을 대표할 수 있다고 보아야 하는 점, 시료의 보존방법을 준수하지 아니하여 이 사건 시료가 변질되었다고 보기 어려운 점, 이 사건 시료의 채취 절차와 방법에 실체법상 또는 절차법상 한계를 넘은 위법이 있다고 볼 수 없는 점 등에 비추어 보면, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

다) 초과배출부과금 산정의 하자 주장

(1) 행정재판의 경우 이와 관련된 형사사건의 확정판결에서 인정된 사실은 특별한 사정이 없는 한 유력한 증거자료가 된다.

갑 제7호증, 을 제3, 20호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고의 전 대표이사 소외 2와 소외 1은 2012. 4. 24. 울산지방법원 2012고단1201호 로 기소되었고, 이후 위 사건의 항소심인 울산지방법원 2012노515호 사건에서 2013. 1. 11. 아래와 같은 내용의 범죄사실로 소외 2는 징역 10월, 소외 1은 징역 10월에 집행유예 2년 및 120시간의 사회봉사명령을 선고받았으며, 이후 위 유죄판결이 확정된 사실을 인정할 수 있다.

(2) 배출기간 산정의 하자 주장

수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 시행령(이하 '수질수생태계법 시행령'이라고 한다) 제47조 제1항 은 배출기간에 관하여 규정하고 있는데, 이 사건은 수질수생태계법 시행령 제40조 제1항 또는 제2호 에 따라 개선계획서를 제출하고 개선하는 경우가 아니므로 수질수생태계법 시행령 제47조 제1항 제3호 가 적용된다.

수질수생태계법 시행령 제47조 제1항 제3호 는 ‘수질오염물질이 배출되기 시작한 날(배출되기 시작한 날을 알 수 없을 경우에는 배출허용기준을 초과하였는지를 검사하기 위한 수질오염물질의 채취일을 말한다)부터 법 제39조 · 제40조 · 제42조 또는 법 제44조 에 따른 개선명령·조업정지명령·사용중지명령·폐쇄명령의 이행완료 예정일 또는 허가취소일이나 법 제38조 제1항 각 호 의 어느 하나를 위반한 경우의 위반행위 중지일까지의 기간’을 배출기간으로 규정하고 있다. 한편, 구 수질수생태계법 제38조 제1항 은 ‘사업자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위를 하여서는 아니된다’고 규정하면서 같은 항 제4호 에서 ‘그 밖에 배출시설 및 방지시설을 정당한 사유 없이 정상적으로 가동하지 아니하여 배출허용기준을 초과한 수질오염물질을 배출하는 행위’를 들고 있다.

을 제1, 2, 20, 24호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래 사정을 종합하면, 2011. 8. 8.은 수질수생태계법 시행령 제47조 제1항 제3호 에서 배출기간의 시기로 정한 ‘수질오염물질이 배출되기 시작한 날’로 볼 수 있고, 2011. 11. 24.은 수질수생태계법 시행령 제47조 제1항 제3호 에서 배출기간의 종기로 정한 ‘ 법 제38조 제1항 각 호 의 어느 하나를 위반한 경우의 위반행위 중지일’로 볼 수 있으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

① 원고는 당초 폭기조에서 생물학적 처리방법으로 저농도 폐수를 처리하다가 고농도 폐수도 처리하게 되면서 폭기조에 있는 미생물이 사멸하여 생물학적 처리를 제대로 할 수 없게 되었다. 이에 원고는 2010. 1.경부터 2011. 8. 초순경까지 1계열 폭기조에는 고농도 폐수를 저장한 후 단속이 없는 야간에 가지관을 통하여 2차 침전조, 여과시설을 거치지 않은 채 그대로 최종방류구로 무단배출하고, 2계열 폭기조에는 단속에 대비하여 빗물과 공업용수를 저장한 후 단속이 있다는 정보가 있으면 이를 방류하는 방식으로 단속을 피해왔다. 그러던 중 원고는 고농도 폐수를 그대로 무단배출하는 것이 불안해서 생물학적 처리를 보완하는 작업을 한 후 2011. 8. 8.경부터 1계열 폭기조에는 미생물을 다시 넣어 동아화학 등 13개 업체로부터 위탁받은 폐수를 정상적으로 처리하고, 나머지 업체로부터 위탁받은 폐수는 증발농축기를 거치지 아니한 채 미생물이 사멸한 상태의 2계열 폭기조로 유입되게 한 후 2계열 폭기조에 설치된 가지관을 통하여 2차 침전조, 여과시설을 거치지 않은 채 그대로 최종방류구로 무단배출하는 방식으로 그 운영방식을 변경하였다.

② 관련 형사 사건에서 소외 2와 소외 1, 원고의 직원들인 소외 3, 소외 4, 소외 5, 소외 6은 모두 위와 같이 운영방식을 변경하여 위탁받은 폐수를 증발농축기를 거치지 아니하고 미생물이 사멸하여 기능을 다하지 아니하는 2계열 폭기조에 유입한 다음 위 폭기조에 설치된 가지관을 통하여 2차 침전조, 여과시설을 거치지 아니하고 최종방류구로 그대로 배출한 기간은 2011. 8. 8.경부터 단속 당일인 2011. 11. 24.경까지라고 진술하였고, 위와 같은 진술의 신빙성 또는 객관성을 의심할 만한 사정은 없다.

③ 이 사건에서 제출된 여러 증거내용에 비추어 보더라도, 관련 형사사건 확정판결의 사실판단을 그대로 채용하기 어렵다고 인정할 만한 사정은 없고, 2011. 8. 8.경부터 2011. 11. 24.경까지 원고 사업장에서 배출한 폐수의 성상에 특별한 변화가 있거나 폐수처리과정 또는 무단배출하는 방식이 달라졌다고 인정할 만한 사정도 없다.

④ 원고는 2011. 11. 24. 단속되자 그 다음날인 2011. 11. 25. 2계열 폭기조의 가지관을 절단한 후 막음으로써 구 수질수생태계법 제38조 제1항 제4호 를 위반한 행위를 중지하였다.

⑤ 행정청은 가능한 한 객관적 사실관계에 입각하여 오염물질의 배출농도를 산정하여야 할 것이지만, 사업장에서의 일정 기간에 걸친 오염물질의 실제 배출농도는 그 시기와 종기는 물론 그 기간 중에도 늘 같을 수는 없으므로 정확한 배출량의 측정 및 그에 따른 배출부과금의 산정은 현실적으로 불가능한 반면, 그 위반행위의 적발이 어려우며 오염물질의 배출로 말미암아 일단 훼손된 환경의 원상회복은 쉽지 않은 점 등을 고려할 때 오염물질의 배출농도 및 그에 따른 배출부과금 산정방법과 기준은 법령에서 정하는 일정한 기준에 따라 이루어질 수밖에 없다.

(3) 일일유량 산정의 하자 주장

수질수생태계법 시행령 제47조 제4항 은 ‘ 제2항 에 따른 일일기준초과배출량 및 일일유량은 [별표15]에 따라 산정하고, 측정유량은 「환경분야 시험·검사 등에 관한 법률」 제6조 에 따른 환경오염공정시험기준에 따라 산정한다. 다만, 산정이 불가능하거나 실제유량과 현저한 차이가 있다고 인정되는 측정유량의 경우에는 다음 각 호의 방법에 따라 산정한다’고 규정하면서 같은 항 단서 제3호 에서 ‘그 사업장의 물 사용량(수돗물·공업용수·지하수·하천수 또는 해수 등 그 사업장에서 사용하는 모든 물을 포함한다)에서 생활용수량, 제품함유량, 그 밖에 폐수로 발생되지 아니하는 물의 양을 빼는 방법에 따른 산정’을 들고 있다.

갑 제9호증, 을 제6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 아래 사정을 종합하면, 피고가 일일유량을 346㎥로 산정한 것은 수질수생태계법 시행령 제47조 제4항 단서 제3호 에 따른 것으로 적법하므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

① 피고는 관련 형사사건의 확정판결에서 원고가 2011. 8. 8.경부터 2011. 11. 24.경까지 배출한 배출허용기준이 초과된 수질오염물질이 포함된 폐수량으로 인정한 37,726㎥를 기준으로 이를 2011. 8. 8.경부터 2011. 11. 24.경까지의 일수인 109일로 나누어 일일유량을 346㎥로 산정하였다. 관련 형사사건의 확정판결에서 위와 같이 폐수량 37,726㎥를 인정한 이유는, 원고가 위 기간 동안 위탁받은 폐수량은 총 44,560㎥인데, 그 중 1계열 폭기조에서 정상적으로 처리된 폐수는 6,834㎥이므로, 나머지 37,726㎥ 상당의 폐수가 2계열 폭기조에 설치된 가지관을 통하여 무단으로 배출되었다고 보았기 때문이다. 원고는 위 기간 동안 1계열 폭기조에는 미생물을 다시 넣어 동아화학 등 13개 업체로부터 위탁받은 폐수를 정상적으로 처리하고, 나머지 업체로부터 위탁받은 폐수는 증발농축기를 거치지 아니한 채 미생물이 사멸한 상태의 2계열 폭기조로 유입되게 한 후 2계열 폭기조에 설치된 가지관을 통하여 2차 침전조, 여과시설을 거치지 않은 채 그대로 최종방류구로 무단배출하는 방식으로 원고 사업장을 운영하였으므로, 2계열 폭기조는 실질적으로 생물학적 처리방법으로 처리할 수 없는 폐수를 저장하였다가 그대로 배출하는 기능만 담당한 것으로 보이고, 이 사건에서 제출된 여러 증거내용에 비추어 보더라도, 관련 형사사건 확정판결의 위와 같은 사실판단을 그대로 채용하기 어렵다고 인정할 만한 사정은 없다.

② 원고가 단속 당일인 2011. 11. 24. 위탁받은 폐수는 509.29㎥인데, 그 중 1계열 폭기조에서 정상적으로 처리된 폐수는 64.10㎥이므로, 단속 당일 2계열 폭기조에서 가지관을 통하여 무단으로 배출된 폐수는 445.19㎥로서 이는 피고가 산정한 일일유량 346㎥를 초과한다.

③ 수질수생태계법 시행령 제47조 제4항 단서 제3호 의 취지는 그 사업장에서 사용하는 모든 물 사용량에서 실제 폐수로 발생되지 아니한 물의 양을 빼는 방법으로 일일유량을 산정할 수 있다는 것인데, 폐수처리업체인 원고가 위탁받은 총 폐수량에서 정상적으로 처리된 폐수량을 빼는 방법으로 일일유량을 산정한 것은 위 조항의 취지에 부합하는 것으로 보인다.

라) 재량권의 일탈·남용 주장 및 과잉금지의 원칙 위반 주장

(1) 어떤 행정행위가 기속행위인지 재량행위인지 여부는 이를 일률적으로 규정지을 수는 없고, 당해 행위의 근거가 된 법규의 체제·형식과 그 문언, 당해 행위가 속하는 행정 분야의 주된 목적과 특성, 당해 행위 자체의 개별적 성질과 유형 등을 모두 고려하여 판단하여야 한다. 이렇게 구분되는 양자에 대한 사법심사는, 전자의 경우 그 법규에 대한 원칙적인 기속성으로 말미암아 법원이 사실인정과 관련 법규의 해석·적용을 통하여 일정한 결론을 도출한 후 그 결론에 비추어 행정청이 한 판단의 적법 여부를 독자의 관점에서 판정하는 방식에 의하게 되나, 후자의 경우 행정청의 재량에 기한 공익판단의 여지를 감안하여 법원은 독자의 결론을 도출함이 없이 당해 행위에 재량권의 일탈·남용이 있는지 여부만을 심사하게 되고, 이러한 재량권의 일탈·남용 여부에 대한 심사는 사실오인, 비례·평등의 원칙 위배, 당해 행위의 목적 위반이나 동기의 부정 유무 등을 그 판단 대상으로 한다( 대법원 2014. 4. 10. 선고 2012두16787 판결 참조).

구 수질수생태계법 제41조 제1항 은 ‘환경부장관은 수질오염물질로 인한 수질오염 및 수생태계 훼손을 방지 또는 감소시키기 위하여 수질오염물질을 배출하는 사업자 등에 대하여 배출부과금을 부과·징수한다. 이 경우 배출부과금은 다음 각 호와 같이 구분하여 부과하되, 그 산정방법 및 산정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다’고 하면서 같은 항 제2호 에서 ‘초과배출부과금’을 규정하고 같은 호 가목 에서 ‘수질오염물질이 제32조 의 규정에 의한 배출허용기준을 초과하여 배출되는 경우’를 들고 있다. 위 조항의 위임에 따라 수질수생태계법 시행령 제45조 , 제46조 , 제47조 내지 제49조 는 구 수질수생태계법 제41조 제1항 제2호 에 따른 초과배출부과금(이하 '초과배출부과금'이라고 한다)의 산정기준 및 산정방법에 관하여 구체적으로 규정하고 있다.

위 관련 법령의 체제·형식과 그 문언, 초과배출부과금 부과처분은 수질오염물질로 말미암은 수질오염 및 수생태계 훼손을 방지 또는 감소시키기 위한 행정행위로서 엄정성을 확보할 필요가 있는 점, 초과배출부과금 부과처분은 배출허용기준을 초과하여 수질오염물질을 배출한 것에 대한 제재적 성격을 띠고 있는 침익적 행정행위인 점 등을 종합하면, 행정청은 배출허용기준을 초과하여 수질오염물질을 배출한 사업자 등에게 위 관련 법령이 정한 산정기준과 산정방법에 따라 산출되는 초과배출부과금을 부과하여야 하는 것이지, 행정청에게 그 부과 여부 및 금액 산정에 관한 재량의 여지가 없으므로, 초과배출부과금 부과처분은 행정청의 재량을 허용하지 아니하는 기속행위라고 보아야 한다.

원고의 과잉금지 원칙 위반 주장은 실질적으로 재량권의 일탈·남용 주장과 그 취지가 동일한데, 이 사건 부과처분은 초과배출부과금 부과처분으로서 기속행위에 해당하므로, 이와 달리 이 사건 부과처분이 재량행위임을 전제로 한 원고의 위 주장은 모두 이유 없다.

(2) 설령 이 사건 부과처분이 재량행위에 해당한다고 하더라도, ○○하수처리장의 최종 방류지점은 연안 해역으로 공공수역에 해당하고 현재 ○○하수처리장의 시설 여건상 중금속 처리를 할 수 없어 사실상 공공수역의 수생태계에 직접적인 위해를 끼칠 수 있는 점, 수질오염물질의 초과배출로 말미암아 일단 훼손된 환경의 원상회복은 쉽지 아니한 점, 그 밖의 이 사건 부과처분의 경위 및 그 전·후 과정, 배출허용기준 위반의 정도, 동일한 처벌 전력, 수질오염으로 말미암은 국민건강 및 환경상 위해를 예방하고자 하는 구 수질수생태계법의 입법 목적 등을 고려하면, 이 사건 부과처분으로 달성하고자 하는 공익이 원고가 받게 될 불이익보다 결코 가볍다고 할 수는 없으므로, 이 사건 부과처분이 비례의 원칙과 과잉금지의 원칙을 위반하여 재량권을 일탈·남용한 것으로 위법하다고 보기 어렵다.

마) 이중처벌금지의 원칙 위반 주장

구 수질수생태계법 제68조 제1항 은 ‘환경부장관 또는 시·도지사는 환경부령이 정하는 경우에는 관계공무원으로 하여금 당해 시설 또는 사업장 등에 출입하여 제32조 의 규정에 의한 배출허용기준의 준수 여부를 확인하기 위하여 수질오염물질을 채취하게 할 수 있다’고 규정하고, 그 위임을 받은 구 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 시행규칙(2012. 1. 19. 환경부령 제443호로 개정되기 전의 것) 제101조 제1항 은 ‘폐수배출시설·수질오염방지시설·폐수종말처리시설 또는 기타 수질오염원의 적정한 가동 여부 또는 수질오염물질의 처리실태를 확인하기 위하여 지도·점검하는 경우( 제1호 )’, ‘수질오염물질의 배출로 수질오염사고 또는 환경오염피해가 발생하거나 발생할 우려가 있는 경우( 제2호 )’, ‘배출부과금의 부과 또는 오염원 및 수질오염물질배출량을 조사하기 위하여 필요한 경우( 제6호 )’, ‘법에 따른 명령 또는 준수사항의 이행을 확인하기 위하여 필요한 경우( 제9호 )’ 등을 규정하고 있다.

위 관련 법령의 내용을 살펴보더라도, 관계공무원은 수질오염물질의 처리실태를 확인하거나 수질오염물질배출량을 조사하기 위하여 필요한 경우에는 당해 시설 또는 사업장 등에 출입하여 배출허용기준의 준수 여부를 확인하기 위하여 수질오염물질을 채취할 수 있다고 규정하고 있을 뿐, 종전에 수질오염물질의 배출로 단속되었으나 아직 행정처분을 받지 않은 경우에 관계공무원의 새로운 수질오염물질 채취를 제한하는 규정이 없는 점, 오히려 종전에 수질오염물질의 배출로 단속되었다면 현재 이를 시정하여 배출허용기준을 준수하고 있는지 확인할 필요성이 더욱 큰 점 등에 비추어 보면, 피고 소속 공무원이 2011. 11. 24. 이 사건 시료를 채취하고도 2011. 12. 2. 시료를 다시 채취하고 2012. 1. 9. 시료를 또다시 채취하였다고 하더라도 2011. 12. 2.자 시료채취 및 2012. 1. 9.자 시료채취가 위법하게 되는 것은 아니다.

그리고 2011. 12. 2.자 시료채취에 기초한 초과배출부과금 부과처분의 배출기간은 2011. 12. 2.부터 2011. 12. 23.까지이고, 2012. 1. 9.자 시료채취에 기초한 초과배출부과금 부과처분의 배출기간은 2012. 1. 9.부터 2012. 1. 30.까지로서 이 사건 부과처분의 배출기간인 2011. 8. 8.부터 2011. 11. 24.까지와 그 기간을 달리하므로 중복되는 기간은 없다.

위와 같은 사정을 종합하면, 이 사건 부과처분이 이중처벌금지의 원칙을 위반하였다고 보기 어려우므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 피고의 주장에 관하여

가) 구 수질수생태계법 제64조 제2항 은 ‘환경부장관은 폐수처리업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 등록을 취소하거나 6개월 이내의 기간을 정하여 영업정지를 명할 수 있다’고 규정하면서 같은 항 제3호 에서 ‘고의 또는 중대한 과실로 폐수처리영업을 부실하게 한 경우’를 들고 있고, 구 수질수생태계법 제71조 는 ‘이 법 또는 이 법에 의한 명령을 위반한 행위에 대한 행정처분의 기준에 관하여는 환경부령으로 정한다’고 규정하고 있다. 그 위임을 받은 구 수질 및 수생태계 보전에 관한 법률 시행규칙(2014. 1. 29. 환경부령 제543호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 수질수생태계법 시행규칙'이라고 한다) 제105조 제1항 은 ‘ 법 제71조 에 따른 행정처분 기준은 [별표22]와 같다’고 규정하고, 구 수질수생태계법 시행규칙 [별표22] 제2호 사목 21)은 ‘폐수처리에 필요하지 아니한 배관을 설치한 경우’를 규정하면서 행정처분 기준으로 1차 위반의 경우 ‘영업정지 3개월’, 2차 위반의 경우 ‘등록취소’를 규정하고 있다(위 조항에서 2차 위반의 경우 ‘등록취소’를 규정하고 있는 점에 비추어 보면, ‘폐수처리에 필요하지 아니한 배관을 설치한 경우’란 6개월 이내의 영업정지를 명할 수 있는 구 수질수생태계법 제64조 제3항 제2호 에 해당하는 경우가 아니라 등록취소 또는 6개월 이내의 영업정지를 명할 수 있는 구 수질수생태계법 제64조 제2항 제3호 에 해당하는 경우 중 하나를 규정한 것으로 보인다).

위 조항의 문언내용, 위 조항을 1차 위반한 경우 영업정지 3개월, 2차 위반한 경우 등록취소를 하도록 규정하고 있어 다른 위반행위에 비하여 상대적으로 무거운 행정처분을 하도록 규정하고 있는 점, 구 수질수생태계법 제64조 제2항 제3호 에서 고의 또는 중대한 과실을 요구하고 있는 점 등에 비추어 보면, ‘폐수처리에 필요하지 아니한 배관을 설치한 경우’란 설치 당시를 기준으로 폐수처리에 필요하지 않은 배관임에도 이를 설치하는 경우를 말하는 것이지, 설치 당시를 기준으로 폐수처리에 필요한 배관이었으나 이후 그 배관이 폐수 무단방류에 사용된 경우는 이에 해당하지 아니한다고 보아야 한다.

원고가 2011. 8. 8.경부터 2계열의 폭기조에 설치된 가지관을 통하여 생물학적 처리를 하지 않은 폐수를 2차 침전조나 여과시설을 거치지 않고 그대로 최종방류구로 무단배출한 사실, 그런데 위 가지관은 원고가 2008. 4. 2.경 MBR 공법(Membrane Bio Reactor 공법 : 분리막을 사용하여 분리막의 세공크기와 막표면 전하에 따라 원수 및 하수·폐수 중 존재하는 처리대상물질을 분리·제거하는 공법)을 사용하기 위하여 피고로부터 허가를 받아 폭기조에 설치한 것인데, 이후 원고는 미생물을 넣어 시험을 하다가 MBR 공법을 사용하지 않은 사실은 앞서 본 바와 같고, 나아가 원고가 폐수를 무단방류하기 위하여 MBR 공법을 빙자하여 위 가지관을 설치하였다고 인정할 만한 증거가 없는 이상, 원고가 위 가지관을 설치한 것이 ‘폐수처리에 필요하지 아니한 배관을 설치한 경우’에 해당한다고 보기 어렵다.

따라서 이 사건 영업정지처분은 그 처분사유를 인정할 수 없으므로 위법하고, 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 을 제27호증의 1, 2, 3, 을 제29호증의 각 기재 또는 영상에 의하면, 원고는 폐수를 무단방류하기 위하여 2011. 10.경 이동식 임시호스를 설치하고, 2011. 11. 17.경 이후에는 기존에 설치된 위 가지관을 철거하고 관경을 키워 새로운 배관을 설치한 사실을 인정할 수 있다.

그러나 갑 제1, 2, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고는 2012. 5. 4. 원고에게 이 사건 영업정지처분의 사전통지를 하면서 ‘원고가 폭기조에 설치된 비밀가지관을 통하여 2011. 8. 8.부터 2011. 11. 24.까지 배출허용기준을 초과한 수질오염물질을 최종방류구로 배출하였음을 이유로 이 사건 영업정지처분을 하려고 하는데, 사전의견진술 기회를 부여하니 2012. 5. 18.까지 의견을 제출해 달라’고 요청한 사실, 이에 원고는 2012. 5. 17. 피고에게 ‘피고가 문제 삼고 있는 가지관은 당초 MBR 공법을 사용하기 위해 폭기조에 설치한 것인데, 이후 원고가 MBR 공법을 사용하지 않게 되었으나 향후 MBR 공법을 다시 시도할 수 있을 것이라는 기대 때문에 위 가지관을 철거하지 않고 유지하던 중 이를 이용하여 불법배출을 하게 되었다. 운용 과정에서 위 가지관이 불법방류에 이용된 것은 사실이지만, 위 가지관은 처음부터 불법방류를 위하여 설치한 것이 아니고 비밀가지관도 아니다’라는 의견을 제출한 사실, 그러나 피고는 2012. 5. 23. 원고에게 ‘원고가 비밀가지관을 설치하고 배출허용기준을 초과한 수질오염물질을 배출하여 처분에 앞서 의견제출 기회를 부여한 결과 처분의 면제나 경감사유에 해당되지 않는다’고 하면서 이 사건 영업정지처분을 하였고, 이 사건 영업정지처분의 행정처분명령서에도 ‘위반일시 : 2011. 8. 8. ~ 2011. 11. 24.’, ‘위반사항 : 폐수처리에 필요하지 아니한 배관을 설치하여 폐수처리영업을 부실하게 함’이라고 명시한 사실을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 피고는 원고가 폭기조에 가지관을 설치하고 이를 통하여 2011. 8. 8.부터 2011. 11. 24.까지 배출허용기준을 초과한 수질오염물질을 최종방류구로 배출하였는데, 위 가지관이 설치시기 및 설치목적과 관계없이 폐수 무단방류에 사용된 배관이므로, 원고가 위 가지관을 설치한 것이 ‘폐수처리에 필요하지 아니한 배관을 설치한 경우’에 해당한다고 보고 이를 처분사유로 하여 이 사건 영업정지처분을 한 것으로 보이고, 이 사건 영업정지처분의 사전통지 또는 행정처분명령서 어느 곳에서 ‘원고가 폐수를 무단방류하기 위하여 2011. 10.경 이동식 임시호스를 설치하고, 2011. 11. 17.경 이후 새로운 배관을 설치한 것’에 대한 언급은 없다.

이 사건 영업정지처분은 재량행위에 해당하는데, 위와 같은 사정을 종합하면, ‘원고가 폭기조에 위 가지관을 설치하여 이를 통하여 2011. 8. 8.부터 2011. 11. 24.까지 배출허용기준을 초과한 수질오염물질을 최종방류구로 배출한 것’과 ‘원고가 폐수를 무단방류하기 위하여 2011. 10.경 이동식 임시호스를 설치하고, 2011. 11. 17.경 이후 새로운 배관을 설치한 것’ 사이에는 재량권 행사의 기초가 되는 기본적 사실관계가 다르다고 보아야 하므로, 피고가 주장하는 사유만으로 이 사건 영업정지처분이 적법하게 된다고 보기 어렵고, 따라서 피고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 제1심 판결은 정당하므로 이에 대한 원고의 항소와 피고의 항소는 모두 이유 없어 기각한다.

[별지 생략]