청구법인은 네덜란드 OOO(OOOOOOOOOOOOO OOOOOOOOOOOO OOOOOOOOO OOOO)가 전액출자하여 설립한 외국인투자기업으로서 수입신고번호OOOOOOOOOOOOOOOO호(2003. 4.15)외 14건으로 금속절삭가공기계(이하 “쟁점물품”이라 한다)를 수입신고하여 처분청으로부터 수리를 받은 후, 쟁점물품이 조세특례제한법 제121조의 3에서 관세, 특별소비세 및 부가가치세 면제대상으로 규정한 “외국인투자기업이 외국투자가로부터 출자받은 대외지급수단 또는 내국지급수단으로 도입하는 자본재”로서 수입신고수리후에도 관세 등의 면제신청이 가능한 것으로 보아 2004.12.17. 관세 등의 면제신청과 동시에 수입신고시 납부한 관련세액을 환급받기 위하여 관세 OOO,OOO,OOO, 농어촌특별세 OO,OOO,OOO원, 부가가치세 OOO,OOO,OOO원, 합계 OOO,OOO,OOO원을 경정청구하였다.

처분청은 2005. 2.5. 수입신고수리전까지 관세 등의 면제신청을 하지 아니한 쟁점물품이 관세면제대상에 해당되지 않는다 하여 청구법인의 위 관세 등의 면제신청과 경정청구를 거부하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005.3.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 외국인투자기업으로서 조세특례제한법 제121조의 제1항 제1호에서 규정한 “고도의 기술을 수반하는 사업”을 영위하는 경우에 해당되어 2002.12.30. 재경부장관으로부터 법인세, 소득세 등 내국세면제대상임을 통보 받고, 2003. 1. 1. 이후부터 쟁점물품을 수입신고하였다.

조세특례제한법 제121조의 3(관세 등의 면제) 제1항에는 외국인투자기업이 외국투자가로부터 출자받은 금액으로 도입하는 자본재는 관세 등의 면제대상으로 규정하고 있고, 같은 조문 제3항에는 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제1항의 규정에 의하여 관세 등을 면제받고자 할 때에는 재정경제부령이 정하는 바에 따라 면제신청을 하여야 하는 것으로 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제51조의 5(관세 등의 면제신청)에는 관세 등을 면제신청하고자 하는 자는 면제신청서를 세관장에게 제출하여야 하는 것으로 규정하고 있을 뿐, 그 신청시기를 수입신고수리전으로 한정하고 있지 않으므로 조세특례제한법에 의한 관세 등의 면제는 신청시기에 관계없이 당연감면에 해당된다.

따라서, 조세특례제한법 제121조의 3 제3항의 문리적 해석과 그 취지상 외국인투자기업이 외국인투자가의 출자자금으로 도입하는 자본재는 수입신고수리후에도 관세 등의 면제신청이 가능한 것을 보아야 하므로, 처분청이 관세 등의 면제신청시기를 관세법 시행령 제112조(관세감면신청)에서 규정한 수입신고수리전까지로 판단하여 쟁점물품에 대한 관세 등의 면제신청과 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

관세법은 수출입물품의 통관절차, 관세의 부과징수 및 감면 등에 관한 사항을 규정한 법률로서 개별 세법에서 정한 특별규정이 있는 경우를 제외하고는 관세의 부과, 징수, 감면 등의 절차는 관세법에 의하여야 하는 바, 조세특례제한법에서 규정하고 있지 아니한 관세면제신청서 제출시기, 경정청구 및 환급절차 등은 관세법에 따라야 한다.

쟁점물품이 조세특례제한법 제121조의 3 제1항에서 규정한 관세 등의 면제대상이라 할지라도 관세법 시행령 제112조(관세감면신청)의 규정에 따라 수입신고수리전에 면제신청을 하여야 하고, 조세특례제한법 시행규칙 제51조의 5(관세 등의 면제신청)에서 관세 등의 면제신청시 제출토록 한 “자본재도입물품명세확인서”는 외국인투자촉진법시행령 제38조(도입자본재의 검토·확인) 제2항의 규정에 따라 자본재 선적이전에 수량·규격·가격 등을 명시한 명세서를 주무부장관에게 신청하여 검토·확인을 받아야 한다.

따라서,쟁점물품은 수입신고수리일(2003. 4.15.～2004. 7. 7.)로부터 장시일이 경과한 2004.12.17. 관세 등을 면제신청하였을 뿐만아니라 선적이후인 2004.11.26. OOOO은행장(OOOOOOOOOO)으로부터자본재도입물품명세확인서를 발급받았는 바, 조세특례제한법 제121조의3(관세 등의 면제), 같은 법 시행규칙 제51조의 5(관세 등의 면제신청) 및 관세법 시행령 제112조(관세감면신청)에서 규정하는 관세감면요건을 충족하지 못하였으므로2004.12.17. 청구법인의 관세 등의 면제신청과 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조세특례제한법 제121조의 3 제1항 제1호에서 관세 등의 면제대상으로 규정한 “외국투자가로부터 출자받은 대외지급수단 또는 내국지급수단으로 도입한 자본재”에 대하여 수입신고당시 관세감면신청을 하지 아니하고 수입신고수리 후 관세 등의 감면신청을 한 경우 관세 등의 감면이 가능한지 여부

나. 관계법령

관세법

제4조【내국세등의 부과·징수】

①수입물품에 대하여 세관장이 부과·징수하는 부가가치세·특별소비세·주세·교육세·교통세 및 농어촌특별세(이하 "내국세등"이라 하되, 내국세등의 가산금·가산세 및 체납처분비를 포함한다)의 부과·징수·환급·결손처분 등에 관하여 국세기본법·국세징수법·부가가치세법·특별소비세법·주세법·교육세법·교통세법 및 농어촌특별세법의 규정과 이 법의 규정이 상충되는 때에는 이 법의 규정을 우선하여 적용한다.

②이 법의 규정에 의한 가산금·가산세 및 체납처분비의 부과·징수·환급 등에 관하여는 이 법중 관세의 부과·징수·환급 등에 관한 규정을 적용한다.

제38조【신고납부】

①물품(제39조의 규정에 의하여 세관장이 부과고지하는 물품을 제외한다)을 수입하고자 하는 자는 수입신고를 하는 때에 세관장에게 관세의 납부에 관한 신고(이하 "납세신고"라 한다)를 하여야 한다.

②세관장은 납세신고를 받은 때에는 수입신고서상의 기재사항과 이 법의 규정에 의한 확인사항 등을 심사하되, 신고한 세액에 대하여는 수입신고를 수리한 후에 이를 심사한다. 다만, 신고한 세액에 대하여 관세채권의 확보가 곤란하거나, 수입신고를 수리한 후 세액심사를 하는 것이 부적당하다고 인정하여 재정경제부령이 정하는 물품의 경우에는 수입신고를 수리하기 전에 이를 심사한다.

③～⑤(생략)

관세법시행령

제32조 【납세신고】

①법 제38조제1항의 규정에 의하여 납세신고를 하고자 하는 자는 제246조의 규정에 의한 수입신고서에 동조 각호의 사항외에 다음 각호의 사항을 기재하여 세관장에게 제출하여야 한다.

1. 당해 물품의 관세율표상의 품목분류 세율과 품목분류마다 납부하여야 할 세액 및 그 합계액

2. 법 기타 관세에 관한 법률 또는 조약에 의하여 관세의 감면을 받는 경우에는 그 감면액과 법적 근거

3, 4.(생략)

②(생략)

제112조【관세감면신청】

① 법 기타 관세에 관한 법률 또는 조약에 의하여관세의 감면을 받고자 하는 자는 당해 물품의 수입신고수리전(법 제39조제2항의 규정에 의하여 관세를 징수하는 때에는 당해 납부고지를 받은 날부터 5일 이내)에 다음 각호의 사항을 기재한 신청서를 세관장에게 제출하여야 한다. 다만, 관세청장이 정하는 경우에는 감면신청을 간이한 방법으로 하게 할 수 있다.

1. 감면을 받고자 하는 자의 주소·성명 및 상호

2. 사업의 종류(업종에 따라 감면하는 경우에는 구체적으로 기재하여야 한다)

3. 품명·규격·수량·가격·용도와 설치 및 사용장소

4. 감면의 법적 근거

5. 기타 참고사항

② 제1항의 규정에 의한 신청서에 첨부하여야 하는 서류와 그 기재사항은 재정경제부령이 정하는 바에 의한다.

제132조【감면 등의 조건이행의 확인】

① 세관장은 용도세율의 적용, 관세의 감면 또는 분할납부의 승인을 받은 물품에 대하여 관세청장이 정하는 바에 따라 당해 조건의 이행을 확인하기 위하여 필요한 조치를 취할 수 있다.

② (생략)

관세법시행규칙 제8조【수입신고수리전 세액심사 대상물품】

①법 제38조제2항 단서의 규정에 의하여 수입신고수리전에 세액심사를 하는 물품은 다음 각호와 같다.

1. 법률 또는 조약에 의하여 관세 또는 내국세를 감면받고자 하는 물품

2.～5.(생략)

②제1항의 규정에 의하여 수입신고수리전에 세액심사를 하는 물품중 제1항제1호 및 제2호에 규정된 물품의 감면 또는 분할납부의 적정 여부에 대한 심사는 수입신고수리전에 하고, 과세가격 및 세율 등에 대한 심사는 수입신고수리후에 한다.

조세특례제한법 제121조의3【관세등의 면제】

①제121조의2 제1항 제1호 및 제2호의 사업에 소요되는 다음 각호의 자본재( 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제8호의 규정에 의한 "자본재"를 말한다. 이하 이 장에서 같다)중 대통령령이 정하는 자본재가 외국인투자촉진법 제5조제1항의 규정에 의하여 신고된 내용에 따라 도입되는 경우에는 관세·특별소비세 및 부가가치세를 면제한다.

1.외국인투자기업이 외국투자가로부터 출자받은 대외지급수단 또는 내국지급수단으로 도입하는 자본재

2.외국투자가가 외국인투자촉진법 제2조제1항제7호에 해당하는 출자목적물(이하 이 장에서 "출자목적물"이라 한다)로 도입하는 자본재

②제121조의2 제1항 제2호의2·제2호의3·제2호의4·제2호의5 및 제3호의 사업에 소요되는 자본재중 대통령령이 정하는 자본재가 외국인투자촉진법 제5조 제1항의 규정에 의하여 신고된 내용에 따라 도입되는 경우에는 관세를 면제한다.

③외국투자가 또는 외국인투자기업이 제1항의 규정에 의하여 관세·특별소비세 및 부가가치세를 면제받고자 하거나 제2항의 규정에 의하여 관세를 면제받고자 할 때에는 재정경제부령이 정하는 바에 따라 면제신청을 하여야 한다.

④ 외국인투자촉진법 제6조의 규정에 의한 외국인투자에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다.

조세특례제한법 시행규칙 제51조의 5【관세 등의 면제신청】

법 제121조의 3 의 규정에 의하여관세·특별소비세 및 부가가치세의 면제신청을 하고자 하는 자는 관세·특별소비세·부가가치세 면제신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 세관장에게 제출하여야 한다.

1. 당해 사업이 법 제121조의2 제1항의 규정에 의한 법인세 등의 감면대상이 되는 사업임을 증명하는 서류 사본 1부

2. 당해 자본재가 법 제121조의3 제1항 각호의 1에 해당하는 것임을 증명하는 서류 사본 1부

3. 「외국인투자촉진법 시행령」 제38조제2항의 규정에 의한 확인을 받은 자본재의 도입물품명세확인서 사본 1부

외국인투자촉진법 제29조【도입자본재의 검토·확인】

①외국투자가 또는 외국인투자기업은 이 법에 의하여 도입되는 조세감면대상 자본재 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 자본재를 도입하는 경우에는 주무부장관의 검토·확인을 받을 수 있다.

외국인투자촉진법 시행령 제38조【도입자본재의 검토·확인】

① 법 제29조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 자본재”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 조세특례제한법 제121조의3 제1항의 규정에 의하여 관세·특별소비세 및 부가가치세의 면제대상이 되는 자본재

② 제1항 각호의 자본재를 도입하고자 하는 자는 자본재의 수량·규격·가격 및 제작자 등을 명시한도입물품명세서를 작성하여 선적전에 주무부장관에게 그에 관한 검토·확인을 신청하여야 한다.

외국인투자촉진법 시행령 제40조【권한의 위임·위탁】

①, ② (생략)

③ 주무부장관은 제38조 제2항의 규정에 의한 검토·확인에 관한 업무를외국환은행의 장 및 대한무역투자진흥공사의 장에게 위탁한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 네덜란드의 법인 OOO(OOOOOOOOOOOOO OOOOOOOOOOOO OOOOOOOOO OOOO)가 전액출자하여 설립한 외국인투자기업으로서 OOO는 2002. 12.13. OOOOO은행장에게 미화 OO,OOO,OOO달러 상당금액을 배당금출자방식의 청구법인 우선주 취득을 위하여 투자신고를 하였고, 같은해 12.30. 재정경제부장관으로부터 당해 사업과 관련하여 법인세, 소득세 등의 조세감면결정통보(OO OOOOOOOOO)를 받았으며,2003. 1. 3.부터 2004. 8.16.까지 수입신고번호 OOOOOOOOOOOOOOOO호외 67건으로 처분청을 비롯한 통관지세관장에게 쟁점물품을 수입신고하면서 관세법 제95조 제1항 제4호에서 규정한 공장자동화관세감면요건에 해당하는 11건에 대해서는 관세감면신청하였으나, 조세특례제한법 제121조의 3에 의한 관세 등의 면제신청을 하지 아니하고 수입신고수리를 받았다. 2004.12.17. 청구법인은 쟁점물품이 조세특례제한법 제121조의 3 제1항 제1호에서 관세 등의 면제대상으로 규정한 도입 자본재에 해당되는 것으로 보아 같은 조 제3항에 따라 관련세액에 대한 면제신청과 동시에 세액경정청구를 하였고, 이에 대하여 처분청은 청구법인이쟁점물품 수입신고수리전에 관세면제신청을 하지 않았을 뿐만아니라 쟁점물품 선적전에 주무부장관으로부터 자본재도입명세확인을 받도록 한 규정을 준수하지 아니하여조세특례제한법 등에 의한 관세 등의 면제요건에 해당되지 않는다 하여 동 세액의 경정청구를 기각하였으므로 이에 대하여 살펴본다.

(2) 관세법 제38조(신고납부) 제1항 및 제2항에는 물품을 수입하고자 하는 자는 수입신고하는 때에 세관장에게 관세 등을 납세신고하여야 하고, 같은 법 시행규칙 제8조(수입신고 수리전 세액심사 대상물품)에는 관세감면물품 등에 대해서는 수입신고수리전에 사전세액심사를 하도록 하여 물품이 통관되기전에 감면대상여부 및 사후관리요건을 부여할 수 있도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제132조(감면 등의 조건이행의 확인)에는 세관장이 감면받은 물품에 대하여 당해 조건의 이행여부를 확인하도록 규정하고 있다.

이와 같이 세관장이 수입신고수리전에 사전세액심사를 실시하고, 감면조건의 이행여부를 확인하기 위해서는 수입자가 당해 물품의 수입신고시에 과세표준, 품목분류, 세율, 감면신청, 세액 등을 신고하여야 하므로 관세감면물품은 당해 물품의 수입신고수리전까지 감면신청서를 세관장에게 제출하도록 규정( 관세법 시행령 제112조)하고 있고, 또한 수입물품에 대하여 세관장이 내국세를 부과징수하는 경우 내국세법과 관세법의 규정이 상충하는 경우에는 관세법의 규정을 우선 적용 하도록 한 관세법 제4조의 규정을 감안할 때, 조세특례제한법 제121조의 3에서 규정하는 자본재에 대한 관세면제절차 등은 관세법의 적용을 우선하여야 하는 것으로 판단된다.따라서 이건 감면신청은 감면의 필수요건으로서 그 감면신청시기는 관세법 시행령 제112조(관세감면신청) 제1항에서 규정한 수입신고수리전까지로 보아야 할 것이다.

(3) 청구법인은 쟁점물품의 수입신고수리일(2003. 4.15.～2004. 7. 7.)로부터 최단 163일, 최장 612일이 경과한 2004.12.17. 관세 등을 면제신청하였을 뿐만 아니라 쟁점물품 선적일 이후인 2004.11.26. “자본재도입물품명세확인서”를 발급받아관세법 및 조세특레제한법에서 정하는 관세 등의 면제요건에 부합하지 아니하므로 쟁점물품에 대한 관세 등의 면제신청과 세액경정청구를 거부한 처분에는 잘못이 없다고 판단된다.(OO O O OOO OOOOOOOOOOOO OOOOOOOO, OO OOOOO OOO, OOOOOOOOO)

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.