2. 항소비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 '조림, 육림, 벌채 및 산림병충해 방제사업 등'을 사업목적으로 하고 업종을 '임업/영림업'으로 하여 2004. 12. 21. 개업한 법인사업자이다.

나. 원고는 2005년 2기부터 2006년 2기의 각 과세기간 중 삼척시와 사이에 아래 사업내역표 기재와 같은 산림사업도급계약(이하 '이 사건 계약'이라고 한다)을 체결하고, 이에 따라 숲 가꾸기 사업 등(이하 '이 사건 사업'이라고 한다)의 공사를 한 다음 삼척시로부터 그 공사대금(이하 '이 사건 공사대금'이라고 한다)을 지급받았다.

다. 그런데 원고는 이 사건 사업이 부가가치세 면세대상에 해당한다고 보아, 소득세 법 제163조에 의한 계산서를 발급하고 부가가치세 신고를 하지 아니하였다.

라. 그러나 피고는 이 사건 사업이 부가가치세 과세대상에 해당한다고 하면서, 원고 가 삼척시로부터 받은 이 사건 공사대금을 부가가치세가 포함된 금액이라고 보고, 위 각 과세기간별 공사대금을 1.1로 나눈 금액(2005년도 2기분 389,548,181원, 2006년도 1기분 4,590,909원, 2006년도 2기분 74,023,636원)을 과세표준 신고누락액으로 하여, 2008. 6. 2. 원고에게 부가가치세 2005년 2기분 55,475,550원, 2006년 1기분 628,860원, 2006년 2기분 9,731,140원을 각 경정ㆍ고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라고 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여, 2008. 7. 17. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2008. 10. 22. 위 심사청구를 기각하였고, 이에 원고는 2008. 11. 12. 이 사건 처분의 취소를 구하는 소송을 제기하였다.

[인정 근거] 갑 제1호증의 1 내지 17, 갑 제2호증, 갑 제3호증, 을 제1호증의 1 내지 3, 을 제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지.

2. 관계법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 이 사건 공사대금이 부가가치세 과세표준에서 제외되는지 여부

(1) 원고의 주장

이 사건 사업은 국고보조금 지원대상사업으로서, 원고가 삼척시로부터 수령한 이 사건 각 공사대금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호에 의하여 과세표준에 산입되지 아니하는 국고보조금에 해당하므로, 이 사건 각 공사대금을 부가가치세의 과세표준에 산입하여서 한 이 사건 처분은 결국 위법하다.

(2) 판단

(가) 부가가치세법 제13조 제2항 제4호는 부가가치세의 과세표준에 포함하지 아니하는 것의 하나로 국고보조금을 들고 있는데, 위 규정은 재화 또는 용역을 공급함으로써 부가가치세 납세의무를 지는 사업자가 국고보조금의 교부대상이 되는 보조사업의 수행자로서 재화 또는 용역을 공급하고 국고보조금을 지급받은 경우에는 당해 사업자가 재화 또는 용역의 공급에 따른 부가가치세 과세표준에 위 국고보조금 상당액을 포함시키지 않는다는 것으로 해석된다(대법원 2001. 10. 9. 선고 2000두369 판결 참조).

(나) 이 사건의 경우, 국고보조금의 교부대상이 되는 이 사건 사업의 수행자 (보조사업자)는 어디까지나 삼척시이고, 원고는 삼척시로부터 이 사건 사업을 도급받아 공사용역을 제공하고 그 대가를 지급받은 자에 불과하므로, 원고가 받은 이 사건 공사대금이 국고보조금으로 마련된 자금에서 지급된 것이라는 이유만으로 그 금액을 원고의 용역 제공에 따른 부가가치세 과세표준에서 제외할 수는 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나. 이 사건 사업이 부가가치세 과세대상인지 여부

(1) 원고의 주장

이 사건 사업은 임산물에 관한 용역의 공급에 필수적으로 수반되는 용역의 공급으로서 부가가치세가 면세되는 사업이므로, 이 사건 사업에 대하여 부가가치세를 부과한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 판단

(가) 부가가치세법 제1조, 제2조, 제7조는 부가가치세는 재화 또는 용역의 공급거래에 대해 부과하는 것으로서 그 납세의무자는 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자이고, 용역의 공급은 대가를 받고 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 역무를 제공하거나 재화ㆍ시설물 또는 권리를 사용하게 하는 것이며, 주된 거래인 재화나 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 주된 거래인 재화나 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다고 규정하고 있고 같은 법 제12조 제1항 제1호는 임산물의 공급에 대하여는 부가가치세를 면세한다고 규정하고 있다.

(나) 이 사건의 경우, 앞서 본 바와 같이 원고는 조림, 육림, 산림병해충 방제 사업 등 산림사업을 목적으로 설립한 법인사업자로서 발주처인 삼척시와 사이에 숲 가꾸기 사업을 위하여 이 사건 계약을 체결한 후 자신의 역무를 제공하여 산림사업인 이 사건 사업을 행하고 삼척시로부터 그 대가를 받았으므로 이 사건 사업은 부가가치세 법 제7조의 용역의 공급거래로서 부가가치세의 과세대상에 해당한다.

또한, 이 사건 사업은 원고가 임산물이라는 재화를 공급하는 거래가 아니고 임산물 공급에 필수적으로 부수되는 용역의 공급에도 해당하지 아니하여 부가가치세법 제12조 제1항에 의해 부가가치세가 면세되는 사업이라고 볼 수도 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

다. 신의성실의 원칙 및 신뢰보호의 원칙 위배 여부

(1) 원고의 주장

감사원은 심사결정사례를 통하여 같은 사례에 대하여 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니한다는 공적인 견해표명을 하였고 삼척시에서도 원고와 사이에 이 사건 사업이 부가가치세 면세대상사업임을 전제로 계약을 체결하였으며, 피고 역시 이 사건 사업에 대하여 수년간 과세처분을 하지 아니함으로써 면세대상 사업에 해당한다는 견해표명을 하였으므로, 이 사건 처분은 국세기본법 제15조의 신의성실의 원칙 및 신뢰 보호의 원칙에 위배되어 위법하다.

(2) 판단

(가) 일반적으로 조세법률관계에 있어서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 내지 신뢰보호의 원칙이 적용되기 위한 요건으로는, 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해 표명을 하여야 하고, 둘째 과세관청의 견해 표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며 (대법원 2006. 5. 26. 선고 2003다18401 판결 참조), 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요한다(대법원 1997. 11. 28. 선고 96누11495 판결 참조).

(나) 이 사건의 경우, 감사원이 부가가치세 부과처분을 취소하는 심사결정을 하였다거나 삼척시가 이 사건 사업이 부가가치세 면세대상사업임을 전제로 계약을 체결하였고 피고가 이 사건 사업에 대하여 수년간 과세처분을 하지 아니하였다는 사실만으로는 피고가 이 사건 사업이 면세대상사업에 해당한다는 견해를 표명한 것이라고 볼 수 없고, 달리 피고가 이 사건 사업이 면세대상사업에 해당한다는 공적인 견해표명을 하였다는 점을 인정할 아무런 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

라. 비과세관행 위반 여부

(1) 원고의 주장

삼척시 등 국고보조금 보조사업 수행자인 지방자치단체 등은 숲 가꾸기 사업 등은 국가보조금으로 수행되는 보조사업으로서 부가가치세가 부과되지 아니하는 사업임을 공개적으로 천명하고 부가가치세를 제외한 금액을 대금으로 정하여 공개입찰 등을 통해 사업시행자를 선발하였고, 이 사건 사업의 대행년도는 2005년도부터 2006년도까지로서 이 사건 처분이 내려진 2008. 6.경 이전까지 피고는 원고에 대하여 부가가치세를 과세하는 처분을 한 적이 한 번도 없다. 따라서 이 사건 사업은 국고보조금으로 시행하는 사업으로서 부가가치세 과세대상이 아니라는 사실이 일반적으로 원고를 비롯한 납세자들에게 관행으로 받아들여졌다고 할 것이므로, 이와 같은 비과세관행을 위반하여 소급과세한 이 사건 처분은 국세기본법 제18조 제3항에 위배되어 위법하다.

(2) 판단

(가) 국세기본법 제18조 제3항에 규정된 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로도 표시되어야 하지만 묵시적 표시가 있다고 하기 위하여는 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 하고(대법원 2000. 1. 21. 선고 97누11065 판결 참조), 한편 이러한 비과세관행의 존재에 대한 입증책임은 그 주장자인 납세자에게 있다(대법원 2002. 10. 25. 선고 2002두172 판결 참조).

(나) 갑 제7, 8호증의 각 기재에 의하면, 산림사업법인인 유경임업 주식회사는 2003. 11. 10.경 2002년도 2기분 부가가치세 경정청구를 하면서 최초 신고시 과세표준에 포함시켰던 홍성군과의 산림사업도급계약에 기한 공사대금에 대하여 이를 면세수입 금액으로 경정할 것을 구하였고, 이에 관할세무서장이 2003. 12. 15. 2002년 2기분 부가가치세액 11,827,613원에 대한 환급을 결정한 사실, 같은 산림사업법인인 주식회사 녹연 역시 2005. 8. 1. 부가가치세 경정청구를 하면서 마산시청, 함안군, 합천군 등과의 산림사업도급계약에 기한 공사대금에 대하여 국고보조사업이라는 이유로 이를 과세표준에서 제외해 줄 것을 구하였고, 이에 관할세무서장이 2003년 2기분 부가가치세액 65,122,545원, 2004년 1기분 부가가치세액 12,985,181원, 2004년 2기분 부가가치세액 59,018,181원에 대한 환급을 결정한 사실은 각 인정된다.

그러나 을 제7호증의 1 내지 7, 을 제8호증의 1, 2, 을 제9호증의 각 기재에 변론 전 체의 취지를 종합하면 경상북도 내 피고의 관할이 아닌 곳에 법인소재지를 두고 있는 20여개의 산림사업법인들 중 상당수의 업체가 국고보조를 받은 국가나 지방자치단체로부터 위탁받아 수행한 산림사업인 숲 가꾸기, 간벌사업 소나무방제사업, 덩굴제거 등의 사업에 대하여서도 부가가치세를 신고ㆍ납부하여 온 사실, 위 주식회사 녹연에 대한 환급세액에 대하여 관할 세무서장이 2010. 1. 4. 다시 국고보조금 수령분에 대한 부가가치세를 과세표준에 포함시켜 재경정고지한 사실을 각 인정할 수 있다.

이러한 사정에 비추어 보면, 이 사건의 경우, 납세자의 경정청구에 따라 일부 세무서 에서 잘못된 법령해석으로 인하여 국고보조금 수령분을 부가가치세 과세표준에서 제외 하여 그 세액 상당을 환급해 준 적이 있다는 사정만으로는 과세관청이 국고보조금으로 시행되는 이 사건 사업에 대하여는 과세하지 않겠다는 의사를 명시적 또는 묵시적으로 표명하였다고 볼 수 없고, 또한 그와 같은 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 이 사건 납세의무가 성립할 당시에 일반적으로 납세의무자에게 받아들여진 세법 해석 또는 국세행정의 관행이라고도 할 수 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

4. 결론

이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구를 기각한 제1심 판결은 정당하고, 원고 의 항소는 이유 없으므로 기각한다.