1. 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라 한다)은 제2장 제1절 등에서 중소기업에 대한 조세특례(이하 ‘중소기업 조세특례’라 한다)를 규정하고 있고, 그 적용대상인 중소기업의 업종, 규모, 독립성 등 요건에 관하여 규정하고 있는 구 조세특례제한법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21307호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법 시행령’이라 한다) 제2조 제1항 제3호 는 그중 독립성 요건에 관하여 ‘실질적인 독립성이 중소기업기본법 시행령 제3조 제2호 의 규정에 적합할 것’을 요구하고 있다.

한편 구 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정되어 2009. 3. 25. 대통령령 제21368호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 중기법 시행령’이라 한다) 제3조 제2호 [별표 2]는 중소기업의 소유와 경영의 실질적인 독립성 기준의 하나로 ‘ 제3조 제1호 (나)목 의 규정에 의한 법인이 발행주식 총수의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 기업이 아닐 것’을 정하고 있는데, 구 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 구 중기법 시행령’이라 한다) 제3조 제1호 (나)목 은 ‘ 증권거래법 제2조 의 규정에 의한 주권상장법인 또는 협회등록법인(이하 ‘상장법인’이라 한다)으로서 자산총액(직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억 원 이상인 법인’이라고 규정하고 있다가, 구 중기법 시행령 제3조 제1호 (나)목 으로 개정되면서 ‘자산총액(직전사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억 원 이상인 법인’으로 그 규정이 변경되었다.

그리고 구 중소기업기본법 시행령(2005. 12. 27. 대통령령 제19189호) 부칙(이하 ‘구 중기법 시행령 부칙’이라 한다) 제2항은 “이 영 시행 당시 종전의 규정에 의하여 중소기업에 해당하는 기업이 이 영의 시행으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 이 영 시행일부터 3년간은 이를 중소기업으로 본다.”고 규정하고 있다.

2. 원심은 그 채택증거를 종합하여, ① 원고는 그 발행주식 총수의 49%를 일본국 법인인 하리손 도시바(이하 ‘도시바’라 한다)가 소유하고 있는 회사로서, 2008. 12. 31.을 기준으로 2008 사업연도에 대한 결산을 하고 법인세를 신고하면서, 구 조특법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용을 신청하여 법인세를 감면·공제받은 사실, ② 그런데 도시바의 2007 사업연도 말일인 2008. 3. 31. 당시 대차대조표에 표시된 자산총액을 원화로 환산하면 539,504,446,032원이 되는 사실, ③ 이에 피고는 도시바의 2008. 3. 31. 당시 자산총액이 5천억 원 이상이므로 원고가 2008 사업연도에 구 조특법 시행령 제2조 제1항 제3호 , 구 중기법 시행령 제3조 제2호 에 따른 중소기업의 독립성 요건을 갖추지 못하였다는 이유로, 중소기업 조세특례의 적용을 배제하여 2011. 8. 12. 원고에게 2008 사업연도 법인세를 경정·고지하는 이 사건 처분을 한 사실 등을 인정하였다.

그런 다음 원심은, 개정 전 구 중기법 시행령 제3조 제2호 [별표 2], 제3조 제1호 (나)목 에 의하는 경우에는 도시바가 상장법인이 아니어서 그 자산총액이 5천억 원 이상이 되더라도 제3조 제1호 (나)목 의 법인에 해당하지 아니하여 원고가 중소기업에 해당하였을 것이나, 상장법인의 제한이 없어진 구 중기법 시행령 제3조 제1호 (나)목 의 시행으로 인하여 원고가 중소기업에 해당하지 아니하게 되었으므로, 구 중기법 시행령 부칙 제2항에 의하여 그 시행일인 2005. 12. 27.부터 3년이 되는 2008. 12. 26.까지 원고를 중소기업으로 보아야 한다는 이유로, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다고 판단하였다.

3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 받아들이기 어렵다.

앞서 본 규정의 내용과 취지, 구 중소기업기본법(2011. 7. 25. 법률 제10952호로 개정되기 전의 것) 제2조 , 구 중기법 시행령 제3조 등이 중소기업을 육성하기 위한 시책의 대상이 되는 중소기업의 업종별 기준을 규정하고 있을 뿐 업종 자체에는 제한을 두지 아니한 반면, 구 조특법과 그 시행령은 중소기업기본법령의 일부 규정에 의하여 중소기업의 요건을 정하면서도 조세정책적 고려에서 조세특례의 적용대상을 특정한 업종의 중소기업으로 제한하는 등 중소기업의 요건과 범위에 관하여 중소기업기본법령과 달리 규정하고 있는 점( 구 조특법 제5조 , 구 조특법 시행령 제2조 제1항 본문), 또한 구 조특법과 그 시행령은 중소기업의 규모 확대나 법령의 변경으로 인하여 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우 일정기간 중소기업으로 유예하는 규정을 별도로 두고 있고( 구 조특법 시행령 제2조 제2항 , 제5항 ), 그 유예사유, 유예기간과 기산일 등도 중소기업기본법령의 그것과 다르게 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 구 조특법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업의 해당 여부나 그 유예 여부는 구 조특법과 그 시행령에 따라 판단하여야 하고, 중소기업기본법령에 의하여 판단할 수는 없다. 따라서 원고가 구 중기법 시행령 부칙 제2항에 의하여 구 조특법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업으로 유예될 수는 없다고 할 것이다.

4. 그런데도 원심은 이와 달리, 원고가 구 중기법 시행령 부칙 제2항에 의하여 2008. 12. 26.까지 중소기업으로 유예되었다는 이유로 이 사건 법인세 부과처분이 위법하다고 판단하였다. 이러한 원심의 판단에는 구 조특법에 규정된 중소기업 조세특례의 적용대상인 중소기업을 판단함에 있어서 적용할 법령 등에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있다.

5. 그러므로 상고이유에 관한 판단을 생략한 채 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하도록 원심법원에 환송하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.