2. 2007. 2. 1.자 2002년 2기 및 2003년 l기 분 각 부가가치세 부과처분과 2007. 10. 1.자 2003년 귀속 종합소득세 부과처분에 관한 원고의 항소를 기각한다.

3. 항소제기 이후의 소송총비용은 원고가 부담한다.

"가. 원고는 백화점 등에서 XX라는 상호로 아래 표와 같이 귀금속 판매점을 운영해 오면서, 서울 중구 XX가 65-14 소재 주식회사 OO쥬얼리(이하 'OO쥬얼리'라 한다)로부터 이 사건 ① 사업장에서 공급가액 000원(2002년 2기 000원, 2003년 1기 000원)의 금지금 매입세금계산서를, 이 사건 ② 사업장에서 공급가액 000원(2002년 2기 000원, 2003년 1기 000원)의 금지금 매입세금계산서(이하 위 각 매입세금계산서를 '이 사건 세금계산서'라 한다)를 수취하여, 위 각 금액에 대하여 매입세액 공제 및 필요경비 산입하여 피고에게 2002년 2기 및 2003년 1기 부가가치세와 2002년 및 2003년 귀속 종합소득세의 과세 표준 및 세액을 신고 • 납부하였다.",나. 남대문세무서장은 2005. 11. 세무조사결과 OO쥬얼리를 자료상으로 보고 수사 기관에 고발하였고, 원고가 OO쥬얼리로부터 실물거래 없이 이 사건 세금계산서를 수취하였다는 과세자료를 피고에게 통보하였으며, 피고는 위 과세자료에 근거하여 2007. 2. 1. 원고에게 부가가치세 000원[2002년 2기 000원(= 이 사건 ① 사업장 000원 + 이 사건 ② 사업장 000원) 및 2003년 1기 000원(= 이 사건 ① 사업장 000원 + 이 사건 ② 사업장 000원)의 합계 금액이다], 종합소득세 000원(= 2002년 귀속 000원 + 2003년 귀속 000원)을 경정 • 고지하였다(이하 위 부가가치세 부과처분을 '이 사건 부가가치세 부과처분'이라 한다).

"다. 원고는 2007. 4. 23. 이의신청을 거쳐서 2007. 6. 28. 국세청장에게 심사청구를 제기하였는바, 국세청장은 2007. 12. 13. '피고가 2007. 2. 1. 원고에게 결정고지한 부가가치세 000원, 종합소득세 000원 부과처분은,2002년 지급한 급여 000원, 2003년 지급한 급여 000원을 추가로 필요경비에 산입하여 종합소득세 과세표준과 세액을 각각 경정하고, 나머지 청구를 기각한다'는 결정을 내렸다.",라. 한편 피고는 2007. 10. 1. 원고에 대하여 이 사건 ③, ④ 사업장에 관한 2002년 귀속 종합소득세 000원, 2003년 귀속 종합소득세 000원을 증액경정 • 고지하였다[이에 따라 2007. 2. 1.자 처분은 2007. 10. 1.자 처분에 흡수되어 소멸하였으므로, 결국 2007. 10. 1.자 부과처분 중 2002년 귀속 종합소득세는 000원(= 2007. 2. 1.자 000원 + 2007. 10. 1.자 000원), 2003년 귀속 종합소득세는 000원(= 2007. 2. 1.자 000원 + 2007. 10. 1.자 000원)이 된다].

마. 또한 피고는 위 심사결정에 따라 2008. 1. 4. 2002년 귀속 종합소득세 000원 및 2003년 귀속 종합소득세 000원을 감액경정 • 고지하였다[이하 2007. 10. 1.자 2002년 귀속 종합소득세 부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 나머지 000원(= 2007. 10. 1.자 000원 - 2008. 1. 4.자 000원) 부분 및 2007. 10. 1.자 2003년 귀속 종합소득세 부과처분 중 위와 같이 감액되고 남은 나머지 29,808,113원(= 2007. 10. 1.자 000원 - 2008. 1. 4.자 000원) 부분을 '이 사건 종합소득세 부과처분'이라 하고, 이 사건 부가가치세 부과처분 및 종합소득세 부과처분을 통틀어 '이 사건 각 처분'이라 한다].

바. 원고는 이에 불복하여 2008. 3. 5. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 4, 갑 제2호증, 을 제1호증의 1 내지 4, 을 제2호증의 1 내지 6의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 주장 및 판단

가. 원고의 주장

1) 원고가 OO쥬얼리와 사이에 실제 금지금을 거래하고 이 사건 세금계산서를 수취하였으므로, 이 사건 세금계산서가 사실과 다르다는 이유로 내린 이 사건 각 처분은 위법하다.

2) 원고의 대차대조표에는 반영되었으나 비용으로 계상하지 못한 지급이자 000원, 원고가 식대 및 차량유지비 등의 명목으로 지출한 000원을 필요 경비에 포함시켜서 종합소득세를 산출하여야 한다.

나. 피고의 주장

이 사건 소 중 피고의 2007. 10. 1.자 원고에 대한 2002년 귀속 종합소득세 000원 부과처분 및 2003년 귀속 종합소득세 000원 부과처분의 취소청구 부분은 국세기본법 제56조 제2항 소정의 전심절차를 거치지 않고 제기되었으므로 부적법하고, 이 사건 세금계산서는 허위의 거래에 근거하여 작성된 것이므로 이 사건 각 처분은 정당하다.

다. 관계 법령

별지 '관계 법령' 기재와 같다.

라. 판단

1) 이 사건 부가가치세 부과처분에 관하여

가) 세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점에 대한 입증책임은 원칙적으로 피고에게 있는 것이므로, 피고로서는 이에 관하여 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 그 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관한 입증을 하여야 할 것이나, 피고가 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 이 점에 관한 상당한 정도의 입증을 한 경우라면 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 피고 처분의 위법성을 다투는 납세의무자인 원고로서도 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자선의 주장에 부합하는 입증을 할 필요가 있다고 할 것 이다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

나) 갑 제4호증의 l 내지 28, 갑 제18호증의 1, 5, 을 제3, 4, 6, 10, 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 남대문세무서의 세무조사 결과 OO쥬얼리가 2002년 2기부터 2003년 1기 사이에 거래한 금지금 매입처들은 대부분 자료상이거나 매입을 다른 자료상으로부터 한 것으로 밝혀진 업체인 사실, OO쥬얼리는 2001년 1기부터 2003년 2기 사이에 주식회사 YY골드, 주식회사 △△금은(이하 '△△ 금은'이라 한다) 등에게 금지금을 매출하였다는 내용의 세금계산서를 교부하였으나, 위 매출처들은 대부분(매출액의 81.3%) 자료상 등의 범칙이력이 있는 업체로 밝혀졌고, 나머지 거래처들에 대해서도 가공의 거래임을 이유로 관련 세액이 경정된 사실, 원고가 작성한 매입장(갑 제18호증의 1, 5)에는 원고가 2002년 1기에 OO쥬얼리의 매출처 중 △△금은으로부터 000원의 금지금을 매입한 것으로 기재되어 있는데, 원고가 OO쥬얼리로부터 금지금을 매입하기 시작하였다고 주장하는 2002년 2기부터는 △△금은으로부터 금지금을 매입하였다는 기재가 없는 사실, OO쥬얼리는 2002년 매출액 000원에 매출마진이 000원, 2003년 1기 매출액 000원에 매출마진 000원이었다가, 2003년 2기에는 허위세금계산서에 대한 세무조사가 시작되자 매출액이 000원으로 급감한 사실, 원고가 OO쥬얼리의 계좌에 입금한 돈은 곧바로 자료상으로 밝혀진 SS시스템 주식회사, EE유통 주식회사, 주식회사 GG 등의 계좌로 재차 입금된 사실, OO쥬얼리는 2001년 1기부터 2003년 2기까지 사이에 실물의 금지금 거래가 없는 100% 자료상으로 밝혀져 대표이사인 조AA가 수사기관에 고발되었으나, 그 고발사건은 현재 주소불명으로 기소중지 상태인 사실, 원고가 자신의 사업장과는 무관한 우리은행 을지로 지점, 한빛은행 종로3가 지점, 국민은행 종로3가 지점(오히려 OO쥬얼리의 사업장과 가깝다) 등에서 OO쥬얼리에게 금지금 대금 을 입금한 사실을 각 인정할 수 있는바, 위 인정사실에다가 원고가 OO쥬얼리로부 터 매입하였다는 금지금의 실물흐름을 확인할 수 있는 수불대장(입 • 출고 일자, 입 • 출고 수량 등이 표시된 장부), 물품인수증, 기별재고현황 등 객관적인 증빙자료를 제출하지 못하고 있는 점 등의 사정을 보태어 보면, 이 사건 세금계산서는 OO쥬얼리와의 실물 거래 없이 발행된 것으로 봄이 상당하고, 원고가 실물거래임을 증빙하기 위한 자료로 제출한 갑 제3호증의 1 내지 27, 갑 제4호증의 1 내지 28, 갑 제5호증의 1 내지 3, 갑 제16호증, 갑 제17호증의 1 내지 5, 갑 제18호증의 1 내지 8, 갑 19호증의 1 내지 9의 각 기재만으로는 이 사건 세금계산서가 실물거래에 근거한 것이라고 인정하기 어려우며 달리 이를 인정할 증거가 없다(갑 제18호증의 1 내지 8에 의하면, 이 사건 ①, ② 사업장에서 원고의 금지금 매입액은 2002년 1기 000원, 2002년 2기 000원, 2003년 1기 000원, 2003년 2기 000원이고, 원고의 상품 매출액은 2002년 1기 000원, 2002년 2기 000원, 2003년 1기 000원, 2003년 2기 000원이며, 상품 매출액 대비 금지금 매입액의 비율은 2002년 1기 70%, 2002년 2기 90%, 2003년 1기 70%, 2003년 2기 47%인 사실을 인정할 수 있고, 이에 따르면 원고가 OO쥬얼리로부터 이 사건 세금계산서를 수취 하기 시작한 2002년 2기의 금지금 매입액이 2002년 1기와 비교하여 큰 차이가 없고, 2002년 1기부터 2003년 1기까지 상품 매출액 대비 금지금 매입액의 비율이 70~90%를 유지하고 있으나, 한편 2002년 1기 금지금 매입액 중에는 앞서 본 바와 같이 자료상으로 보이는 △△금은으로부터의 매입액 000원이 포함되어 있고, 원고와 OO 쥬얼리의 거래가 중단된 후인 2003년 2기의 금지금 매입액 및 상품 매출액 대비 금지금 매입액의 비율이 2003년 1기에 비하여 현저하게 감소하였으며, 원고가 OO쥬얼리로부터 매입하였다는 금지금의 실물흐름을 확인할 수 있는 객관적인 증빙자료가 없는 등의 앞서 본 제반사정에 비추어 보면, 위 증거 및 인정사실만으로는 이 사건 세금 계산서가 실물거래에 근거한 것이라고 인정하기 어렵다). 따라서 이와 다른 취지의 원고의 주장은 이유 없다.

2) 이 사건 종합소득세 부과처분에 관하여

가) 소의 적법 여부

국세기본법 제56조 제2항에 의하면, 위법한 과세처분에 대한 행정소송은 같은 법 소정의 심사청구 또는 심판청구와 그에 대한 결정을 거치지 아니하면 제기할 수 없으나, 다만 2개 이상의 같은 목적의 행정처분이 단계적, 발전적 과정에서 이루어진 것으로서 서로 내용상 관련이 있다든지, 세무소송 계속 중에 그 대상인 과세처분을 과세관청이 변경하였는데 위법사유가 공통된다든지, 동일한 행정처분에 의하여 수인이 동일한 의무를 부담하게 되는 경우에 선행처분에 대하여 또는 그 납세의무자들 중 1인이 적법한 전심절차를 거친 때와 같이, 국세청장과 국세심판소로 하여금 기본적 사실관계와 법률문제에 대하여 다시 판단할 수 있는 기회를 부여하였을 뿐더러 납세의무자로 하여금 굳이 또 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다고 보이는 등 정당한 사유가 있는 때에는 납세의무자가 전심절차를 거치지 아니하고도 과세처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있다고 보아야 할 것이다(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두10170 판결).

이 사건에서, 2007. 2. 1.자 종합소득세 부과처분(이하 '당초 처분'이라 한다)은 2007. 10. 1.자 종합소득세 증액경정처분에 흡수되어 소멸한 점, 원고는 2007. 10. 1.자 처분의 일부라고 할 수 있는 당초 처분 부분에 관하여 적법한 전심절차를 거쳤는바, 당초 처분 부분에 관한 위법사유는 2007. 10. 1.자 처분의 위법사유와 공통되므로, 위 전심 절차에 의하여 과세관청은 2007. 10. 1.자 처분에 관하여 이미 자기시정의 기회를 가졌다고 볼 수 있고, 당초 처분에 대한 심사결정은 2007. 10. 1.자 처분에 대한 심사결정으로서의 의미도 있다고 볼 수 있는 점, 원고는 당초 처분에 대한 심사결정 후 적법한 제소기간 내에 이 사건 소를 제기한 점 등을 종합하여 보면, 원고는 당초 처분에 대한 전심절차와 별도로 2007. 10. 1.자 처분에 관하여 다시 전심절차를 거치지 아니하고도 2007. 10. 1.자 처분의 취소를 청구하는 행정소송을 제기할 수 있고, 당초 처분에 대한 심사결정일로부터 적법한 제소기간 내에 이 사건 소를 제기한 이상 2007. 10. 1.자 증 액경정처분에 관하여 제소기간을 준수한 것으로 보아야 한다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나) 이 사건 세금계산서상의 매입금액을 필요경비에 포함하여야 하는지 여부

이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임은 앞서 본 바와 같고, 한편 원고는 이 사건 세금계산서가 OO쥬얼리와의 실물거래에 근거한 세금계산서라고 주장할 뿐 달리 이 사건 세금계산서상 매입금액 상당의 금지금을 OO쥬얼리가 아닌 다른 사업자로부터 실제 구입하였다는 점에 관하여 아무런 주장 • 입증을 하지 않고 있으므로, 이 사건 세금계산서상의 매입금액은 필요경비로 산입할 수 없다고 할 것이다. 따라서 이와 다른 취지의 원고의 주장은 이유 없다.

다) 지급이자 000원 및 식대 • 차량유지비 등 000원을 필요경비에 포함하여야 하는지 여부

종합소득세과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로, 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평 등을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다고 할 것인바(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결), 지급이자, 식대 • 차량유지비 등은 과세관청이 이를 입증하기 곤란한 성질의 것이므로 당사자 사이의 형평 등을 고려할 때 원고가 이를 입증하여야 한다. 한편 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제27조 제1항에 의하면, 사업 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입할 금액은 당해연도의 총수입금액에 대응하는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것의 합계액으로 한다고 규정되어 있다.

이 사건에서 원고는 필요경비에 산입되어야 할 지급이자의 지출 사실을 입증하기 위한 증거로 갑 제7 내지 15호증(각 가지번호 포함)을 제출하였으나, 위 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 원고의 대차대조표(갑 제7호증)에는 제5기(2002. 12. 31. 현재)와 제6기(2003. 12. 31. 현재) 단기차입금이 000원으로 기재되어 있고, 손익계산서(갑 제8호증)에는 제5기 이자비용이 000원, 제6기 이자비용이 0원으로 각 기재되어 있으나, 위 대차대조표상 단기차입금의 금액은 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제10호증의 1 내지 3의 각 기재에 의하여 인정 되는 2002년 말 현재 원고의 대출채무 합계 000원과 일치하지 않는 점, 대차 대조표상 2002년 및 2003년에 단기차입금이 000원으로 유지되고 있음에도 손익계산서상으로는 2002년의 이자비용이 000원 지출된 것으로 기재되어 있는 반면 2003년에는 이자비용으로 지출된 금액이 없는 것으로 기재되어 있을 뿐만 아니라 2002년에 지출되었다는 이자비용의 액수도 원고가 주장하는 이자비용과 일치하지 않는 점(원고는 필요경비에 산입되어야 할 2002년 지급이자액이 000원이라고 주장한다), 갑 제9호증의 1, 2, 갑 제10호증의 1 내지 3은 원고가 2000. 5. 13.부터 2002. 8. 30.까지 사이에 4회에 걸쳐 신한은행 등으로부터 합계 000원을 대출받고 이 에 대한 이자를 납입한 거래내역서이나, 위 대출금의 구체적인 사용내역을 알 수 있는 자료가 전혀 없는 점, 원고는 위 대출금을 이 사건 사업장에 관한 장부에 기장하지 않았고 2002년 및 2003년 귀속 종합소득세 과세표준 및 세액 신고 당시 위 지급이자를 필요경비에서 누락하고 신고하였음을 자인하고 있는 점 등의 사정에 비추어 보면, 위 각 증거만으로는 원고가 그 주장과 같은 지급이자를 지출하였다거나 위 지급이자가 2002년 및 2003년 총수입금액에 대응하는 비용이라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다

또한 원고는 필요경비에 산입되어야 할 식대, 차량유지비 등의 지출 사실을 입증하기 위한 증거로 갑 제11 내지 15호증을 제출하고 있으나, 위 각 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 갑 제11호증은 갑 제12 내지 15호증의 내용 중 원고가 이 사건 사업과 관련한 비용으로 지출하였다는 식대, 차량유류대금 등의 항목을 정리한 것에 불과한 점, 갑 제12 내지 갑 제15호증은 원고 명의의 각 신용 카드 사용내역서인데, 그 중에는 골프장 그린피, 골프연습장 이용대금, 골프용품 구입대금, 병원 진료비, 가족 의류 구입비 등 이 사건 사업과 무관하게 개인적으로 사용하였음이 명백하다고 보이는 내역이 포함되어 있고, 이에 비추어 보면 위 각 신용카드 내역서에 원고 주장과 같은 식대, 차량유류대금 등이 포함되어 있다고 하더라도 그것이 이 사건 사업과 관련되어 지출된 것이라고 인정하기 어려운 점, 원고는 필요경비에 산입되어야 한다고 주장하는 식대, 차량유지비 등을 이 사건 사업장에 관한 장부에 기장하지 않았고 2002년 및 2003년 귀속 종합소득세 과세표준 및 세액 선고 당시 위 식대, 차량유지비 등을 필요경비에서 누락하고 신고하였음을 자인하고 있는 점 등의 사정에 비추어 보면, 위 각 증거만으로는 원고 주장과 같은 식대, 차량유지비 등이 이 사건 사업과 관련된 2002년 및 2003년의 총수입금액에 대응하는 비용이라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 각 처분은 적법하므로 그 취소를 구하는 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 2002년 귀속 종합소득세에 관하여는 당심 에서 변경된 원고의 청구를 기각하고(이 부분 변경 전 청구에 대한 제1심 판결은 당심에서의 청구변경으로 실효되었다), 2003년 귀속 종합소득세 부과처분에 관하여는 제1심 판결이 이와 결론을 달리하여 부당하나, 원고만이 항소한 이 사건에서 원고에게 불리하게 제1심 판결을 변경할 수는 없으므로, 결국 이유 없는 원고의 항소만을 기각하며, 이 사건 부가가치세 부과처분에 관한 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 이에 관한 원고의 항소를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.