나. 양도소득세부과처분취소소송에서 원고가 10년 이상 보유하던 토지를 양도하였음이 명백하다면 소득세법 제23조 제2항 제2호 소정의 장기보유특별공제에 대한 주장을 한 바가 없더라도 위 특별공제를 하여 세액을 산출하여야 하는지 여부(적극)

나. 양도소득세부과처분취소소송에서 양도인인 원고가 취득일로부터 10년 이상 보유하던 토지를 양도하였음이 명백하다면 비록 소득세법 제23조 제2항 제2호 소정의 장기보유특별공제에 대한 주장을 한 바가 없더라도 이는 법률상 당연히 공제되어야 할 것이기 때문에 법원으로서는 그와 같이 확정한 보유기간에 따른 같은 법 소정의 특별공제를 하여 정당한 세액을 산출하여야 한다.

1. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 그 채택증거를 종합하여 소외 주식회사 광주고속은 이 사건 토지 일대에 골프장을 건설하기 위한 계획을 세우고 1986.4.10.부터 1989.6.29.까지 사이에 이 사건 토지등 302필지 2,887,529평방미터를 매수함에 있어 원고 등 일부 소유자들이 소외 회사에게 토지를 매도하는 경우 법인과의 거래로 인정되어 양도소득세가 중과될 것을 염려하여 직접적인 거래를 기피하고 또 농지의 경우 법인 명의의 소유권이전등기가 불가능하자 당시 소외 회사의 골프장 사업용지 매입업무를 담당하던 소외인을 내세워 원고로부터 이 사건토지를 매수하는 계약을 체결한 사실, 위 소외인은 소외 회사의 자금으로 매매대금을 지급한 후 원고로부터 농지인 원심판시 별지 목록 기재의 제1,2토지에 대한 소유권이전등기청구권보전을 위한 가등기용 인감증명서와 나머지 토지에 대한 소유권이전등기용 인감증명서를 교부받아 농지에 대하여는 곧바로 소외 회사 명의의 가등기를 경료하였고, 나머지 토지에 대하여는 위 소외인 명의의 소유권이전등기를 경료하였다가 1990.6.4. 소외 회사 앞으로 신탁해지를 원인으로 한 확정판결에 따라 소외 회사 앞으로 소유권이전등기를 경료한 사실 등을 인정하고, 이에 배치되는 증거들을 배척하였는바, 원심이 취사한 증거를 기록에 의하여 살펴보면 원심의 위와 같은 사실인정은 정당하게 수긍되고, 거기에 채증법칙 위배로 인한 사실오인의 위법은 없다.

또한 사실관계가 위와 같은 이상 당사자의 의사나 매매대금의 실질적인 출연자 등 계약의 실질적인 내용에서 볼 때 원고는 법인인 소외 회사와 이 사건 토지에 대한 양도거래를 하였다고 할 것이고, 원고와 위 소외인 간에 체결된 매매계약과 그로 인한 소유권이전등기는 소외 회사가 이 사건 토지를 실질적으로 매수함에 있어 원고가 양도소득세의 중과를 피할 목적에서 위 소외인 명의를 중간에 개입시킨 가장매매행위라 할 것이므로 원심이 같은 취지에서 원고가 법인인 소외 회사에게 이 사건 토지를 양도한 것으로 판단한 조치에 소론과 같은 법리오해의 위법이 있다고도 할 수 없다. 논지는 모두 이유 없다.

2. 원고의 이 사건 토지에 대한 양도로 인한 양도가액을 피고가 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산출하고서 이 사건 부과처분을 한 사실에 대하여 원심이 그 부과된 세액만 이유에서 기재하고 피고가 한 세액산출근거와 과정을 구체적으로 기재하지 않았다 하여도 거기에 소론과 같은 이유불비의 위법이 있다고는 할 수 없다. 논지는 이유 없다.

3. 원심판결 이유에 의하면, 원심은 피고가 원고에 대하여 부과고지한 양도소득세 금231,459,190원과 동 방위세 금46,447,540원의 이 사건 부과처분(갑 제3호증의 2의 기재에 의하면 피고는 1990.2.28.에 양도소득세 금143,907,830원및 동 방위세 금29,092,970원으로 감액하는 결정을 한 사실은 인정되나, 기록상 이와 같은 감액결정이 원고에게 고지되었다고 인정할 만한 자료는 없으므로 이 사건 취소소송의 대상은 감액결정 전의 부과처분이라고 할 것이다)이 적법하다고 판단하였다.

그러나 이 사건 토지의 양도 당시에 시행되던 소득세법 제23조 제2항 제2호 에 의하면 자산의 취득일로부터 양도일까지의 보유기간에 따라 5년 이상 10년 미만인 경우에는 양도차익의 100분의 10, 10년 이상인 경우에는 양도차익의 100분의 30에 해당하는 금액을 장기보유특별공제액으로서 양도가액에서 공제하도록 규정되어 있고, 을 제1호증 의 1,2의 기재에 의하면, 피고는 이사건 과세표준을 계산함에 있어 양도소득특별공제액과 양도소득공제액은 공제하였으면서도 위 장기보유특별공제액은 이를 공제함이 없어 과세표준을 산정하여 이 사건 부과처분을 한 사실이 인정되는 바, 원심이 확정한 사실에 의하면 원고는 이 사건 토지를 취득일로부터 10년 이상 보유하다가 양도하였음이 명백하므로 비록 그 공제주장을 한 바가 없더라도 이는 법률상 당연히 공제되어야 할 것이므로 원심으로서는 그와 같이 확정한 보유기간에 따라 위 법 소정의 특별공제를 하여 정당한 세액을 산출하여야 할 것이다. 그럼에도 불구하고 원심이 이를 간과한 채 이 사건 부과처분이 적법하다고 하여 원고의 청구를 기각하였으니 이는 위 소득세법 및 행정소송의 직권심리사항에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법을 범한 것이라고 할 것이므로 이 점을 지적하는 논지는 이유 있다.

그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 원심법원에 환송하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.