가. 청구인은 1983.3.14. OOOOO OOO OOO OOO OOOOO 외 5필지 전 1,538㎡(664-3 95㎡, 662-1 549㎡, 661-2 12㎡, 661-3 315㎡, 661-4 534㎡, 662 33㎡를 이며, 이하 “쟁점농지”라 한다)를 6,011,082원에 취득하여 2008.3.28. 국가(OOOOO)에게 132,037,300원에 양도(수용)하고 2008.4.7. 소유권이전등기까지 마친 다음, 2008.5.31. 양도소득과세표준 예정신고 당시 쟁점농지가 청구인이 8년 이상 자경한 농지에 해당한다고 하여 양도소득세 감면을 신청하였다.

나. 처분청은 청구인이 쟁점농지를 8년 이상 직접 경작하지 아니한 것으로 보아 양도소득세 감면신청을 배제하고 2008.12.18. 청구인에게 2008년 귀속 양도소득세 19,134,240원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2009.2.13. 이의신청을 거쳐 2009.7.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 쟁점농지를 25년간 보유하면서 과수원으로 경작하다가 국가에 수용당하였는바, 과수원의 경우 타인에게 경작을 대행하게 할 수 있는 농사가 아니며, 청구인이 자경한 사실은 마을주민들의 확인서, 농협에서 농약을 구입한 내역, 농협에 조합원으로 가입된 사실 등으로 확인됨에도, 사업소득이 있었다고 하여 청구인이 자경한 사실을 부인하는 것은 부당하다. 쟁점농지는 OOO 북단의 민통선과 가까운 낙후지역에 위치하여 있어 쟁점농지의 경작만으로는 생활이 어렵기 때문에 농한기에는 아르바이트도 하였고 1988년부터는 불도저 1대를 구입하여 농지개량사업을 하기도 하였으나, 청구인과 가족이 쟁점농지를 계속하여 직접 경작한 것은 사실이므로 단지 사업소득이 있다고 하여 합리적인 근거도 없이 자경을 부인하는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구인이 제시하는 마을주민들의 경작사실확인서, 농약과 비료의 구입내역 등은 자경사실을 입증하는 객관적인 증빙으로 볼 수 없고, 청구인이 1988년부터 2006년 2월까지 OOOO 등의 상호로 사업을 영위한 사실 등으로 보아, 농업을 주업으로 하지는 아니하고 본연의 사업에 종사하면서 간접적으로 관여한 것으로 보이므로, 청구인이 농작업에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1이상을 자기의 노동력으로 경작하지 아니하였다고 보아 양도소득세를 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구인이 쟁점농지를 8년 이상 자경하였다고 보아 양도소득세를 감면할 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 조세특례제한법 제69조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역 등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역 등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

(2) 조세특례제한법 시행령 제66조【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역

3. 해당 농지로부터 직선거리 20킬로미터 이내의 지역

④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다.

1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시( 「지방자치법」 제3조 제4항의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

가. 사업시행지역 안의 토지소유자가 1천명 이상이거나 사업시행면적이 기획재정부령으로 정하는 규모 이상인 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다) 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 경우

나. 사업시행자가 국가, 지방자치단체, 그 밖에 기획재정부령으로 정하는 공공기관인 개발사업지역 안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 따른 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유에 해당하는 경우

2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지

⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경，건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다.

⑫ 법 제69조 제1항에서 “직접 경작” 이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다.(2006.2.9. 신설)

(3) 조세특례제한법 시행규칙 제27조【농지의 범위 등】① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다.

② 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지에 해당하는지의 여부 확인은 다음 각 호의 기준에 의한다.

1. 양도자가 8년(「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사, 「농업·농촌기본법」에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하거나 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년) 이상 소유한 사실이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것

가. 「전자정부법」 제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기부 등본 또는 토지대장 등본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.

나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그 밖의 증빙자료의 확인

2. 양도자가 8년 이상(「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사, 「농업·농촌기본법」에 의한 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하거나 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년) 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것

가. 「전자정부법」 제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표 등본의 확인. 다만，신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다.

나. 시·구·읍·면장이 교부 또는 발급하는 농지원부원본과 자경증명의 확인

다. 심리 및 판단

(1) 청구인은 쟁점농지를 1983.3.14. 취득하여 25년간 보유하다가 2008.3.28. 국가에 양도(수용)한 후 8년 이상 자경한 농지에 해당한다고 보아 양도소득세 감면을 신청하였으나, 처분청은 다음 <표1>, <표 2>와 같이 청구인에게 사업소득 등이 발생하였고, 경작사실확인서 및 농약·비료구입내역 등은 자경사실을 입증하는 객관적인 증빙으로 볼 수 없는 점 등을 감안하여 청구인이 8년 이상 자경한 사실을 부인하고 이 건 양도소득세를 부과한 사실이 양도소득세 결정결의서 등의 심리자료에 의하여 확인된다.

<표1> 청구인이 운영한 OOOO 및 OOOO의 신고수입금액

(OO O OOO)

O OOOO O OOOOOOOOOO O OOOOOOOOO, OOOOO OOOO OOOO O

O OOOO O OOOOOOOOO O OOOOOOOOOO, OOO OOO OOO OOO OOOOO

<표2> 청구인의 근로소득 발생내역

(OO O OOO)

(2) 청구인은 1988년 8월부터 2006년 2월까지 건설기계를 보유하면서 사업을 한 것은 사실이나, 주로 농작물이 없는 농한기를 이용하여 중기사업을 하였으므로 과수원을 경작할 시간이 충분하였고, 실제 청구인은 배우자와 함께 과수원을 직접 경작하였다고 주장하면서 다음과 같은 증빙서류를 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 쟁점농지 등기부등본 등에 의하면, 청구인은 아래와 같이 쟁점농지와 여타의 농지를 소유하고 있었으나 2008.3.28. 쟁점농지를 수용(일부 농지는 분할)당한 것으로 나타난다.

(나) 청구인의 주민등록표에 의하면, 청구인은 1951년생으로 배우자와 세명의 자녀를 두고 있고, 1977.8.23.이후 2008.10.23. 현재까지 OOO OOO(OOO, OOO, OOO)에 주민등록이 되어 있으며, 월곳리 663에는 1983.3.4. 전입하여 현재까지 주민등록이 되어 있고, 청구인의 배우자 OOO은 1980.3.20. 세대분가한 뒤 1983.3.4. 위 OOO OOO에 전입하여 현재까지 주민등록이 되어 있다.

(다) 쟁점농지 농지원부에는 최초작성일자가 1995.9.29.이며, 지목은 ‘전’이고, 주재배작물은 ‘과수, 채소’이며, 쟁점농지 외에 OOO OOO에 전 7,786㎡, 답 4,681㎡를 보유한 사실 등이 등재되어 있다.

(라) 청구인이 쟁점농지를 수용당하면서 OOOOOOOOO으로부터 수령한 지장물 보상금의 내역에 의하면, 쟁점농지 위에는 수령 7년의 포도나무가 270주, 복숭아 나무가 4주 있었고, 쟁점농지 중 661-4에는 농사용 관정과 창고(120.62㎡)가 있었던 사실이 나타나며, 지장물 보상금 지급내역은 포도나무·복숭아나무 보상금 18,500천원, 관정과 창고 보상금 8,737,200원이다.

(마) OOOOOOOOO이 2008.10.23. 발급한 조합원증명서에 의하면, 청구인은 1991.9.26. 조합원으로 가입하였고 출자좌수는 62좌(1좌당 5,000원), 납입출자금액은 310,000원인 사실이 기재되어 있고, OOOOOOOOOO이 2008.10.23. 발급한 조합원증명서에 의하면, 청구인은 1999.7.28. 조합원으로 가입(OOOOO O OOOOOOOOOOO)하였고, 납입출자금은 1,188,350원으로 확인된다.

(바) OOOOOOOOOOO이 2008.6.2. 발급한 ‘영농교육확인서’는 청구인이 2005, 2006, 2008년도 OOO 새해영농설계 포도반(총 15시간) 군단위 교육을 이수하였음을 확인한다는 내용이고, OOOOOOOOO OOOOOO(OOO)이 2007.3.23. 발급한 수료증(OOOOOOOOOOOO)은 OOOO 소속인 청구인이 OOOOOO 품목별 전문유통(포도)과정(2007.3.22.～2007.3.23.)을 이수한 내용이며, OOOOOOOOOOO이 OOOOOOOO OOOO 명의로 2008.12.18. 발급한 졸업증서는 청구인이 OOOOO OOOOOO로 시행된 농업인 전문교육과정(40주)인 원예유통과 전 과정을 이수하였음을 증명하는 내용이다.

(사) OOOOOOOO이 발행한 청구인과의 거래명세서를 보면, 청구인은 아래 표와 같이 2004.1.1.부터 2008.6.2.까지 총 203건, 7,476천원 상당의 농약(근사미, 바스타 등), 비료, 영농자재(포도 및 포도즙 박스, 포도봉투, 고추끈 등) 등을 구매한 사실이 확인된다. 한편, 청구인은 2004년 이전에는 OOOOOOOO에서 농약 및 영농자재 등을 구입하였으나 동 조합이 OOOOO에 통합됨에 따라 2004년 이전의 구입액을 확인하기는 곤란하다는 주장이다.

<청구인의 농약, 비료, 영농자재 등 구입내역>

(OO O OO)

O OOOOOO OOOOOOOOOOOO OOOOOOOOOOOO OOOOO

(아) 쟁점농지 소재지인 OOO 이장 OOO 외 7인이 작성한 ‘영농사실확인서’는 청구인이 1983년 이후 쟁점농지를 직접 경작(사과 및 포도 농사)하였다는 사실을 확인한다는 내용이다.

(자) 청구인은 쟁점농지를 경작하는데 일반적으로 소요되는 노동시간을 아래와 분석하여 제시하였다.

(OO O OO)

(차) 청구인은 현재까지 쟁점농지 외의 농지에서 포도를 재배하고 있고, 포도박스에 아래와 같이 생산자인 청구인의 이름 등을 표시하여 출하하고 주장있다고 하면서 이를 촬영하여 제시하였다.

O OOO OO O OOOOOOOOOOO, OOOOO O OOOO(OOO), OOOO O OOOO(O) OOO)OOOOOOOO

(카) 청구인은 OOOO의 사업장소재지가 OOOOO OOO이고, OOOO의 사업장소재지가 OOO OOO 이유에 대하여, 건설기계관리법은 건설기계등록을 위해서 차고지 시설을 갖추도록 요구하고 있는데, 청구인과 같은 영세한 개별건설기계 소유자들은 비용과 노력을 절약하기 위하여 소유한 중기를 차고지 시설을 갖춘 지입회사에 지입하고 그 차고지에서 사업자등록을 하기 때문이라고 소명하였다.

(타) 청구인이 2009.9.24. 우리 원 조세심판관회의에 출석하여 진술한 내용은 아래와 같다.

1)청구인은 과거 OOOO에 근무했고 중동에서도 일했으며, 농사를 짓고 살기 위해 1983년 쟁점농지를 취득하여 당시에는 사과나무를 심었으나, 쟁점농지 경작만으로는 수입이 적어 생활하기 어려웠기 때문에 불도저 1대를 구입하여 중기사업을 시작하였다. 농작물이 없는 농한기에 주로 불도저 작업을 하고 배우자도 농사일을 거들기 때문에 과수원을 경영하는데 지장이 없다.

2) 청구인은 불도저 1대를 보유하고 직접 운전하였으나, 1996년에는 OOOOO에 일이 많아 밤낮으로 일했기 때문에 수입금액이 다소 많았고, 그 때는 보조기사를 한 명 고용하기도 하였다.

3) 청구인은 쟁점농지 외의 농지에서 포도를 재배하고 있고, 쟁점농지는 현재 도로공사중이다(청구인이 포도를 재배하는 사진 제출).

4) 청구인이 쟁점농지를 양도하고 싶어서 양도한 것도 아닌데, 국가에서 강제로 수용하면서 청구인의 자경한 사실도 부인하고 양도소득세를 부과하는 것은 억울하다.4) 청구인이 쟁점농지를 양도하고 싶어서 양도한 것도 아닌데, 국가에서 강제로 수용하면서 청구인의 자경한 사실도 부인하고 양도소득세를 부과하는 것은 억울하다.

(파) 처분청 및 청구인이 제시하거나 등기부등본 등에 의하여 확인되는 이상의 사실관계, 즉, 청구인이 쟁점농지를 25년간 보유하다 토지수용에 의하여 국가에 소유권을 이전한 점, 청구인이 쟁점농지 취득일 이전부터 양도일 이후까지 계속하여 쟁점농지 소재지에서 거주하고 있고 심리일 현재도 과수원을 경작하고 있는 점, 각 과세기간별 사업수입금액이 매우 불규칙하고 특히 1993년부터 1999년까지의 기간을 제외하고는 연간 수입금액이 4천만원에도 미치지 못하며 2001년과 2002년에는 일부 근로소득금액도 발생한 것으로 보아 청구인이 배우자와 세자녀의 생계를 위하여 주로 농한기에 중기사업 및 아르바이트를 하였다는 주장이 신빙성이 있는 점, 쟁점농지 보유기간 25년 중 7년 6개월은 건설기계사업을 영위하지 아니한 점, 쟁점농지 수용당시 수령 7년의 포도나무가 있었고 이에 대하여 보상금을 수령한 것으로 보아 쟁점농지가 과수원으로 경작된 것으로 보이는 점, 청구인이 OOOOOOOO 뿐만 아니라 OOOOOOOOOO에도 조합원으로 가입되어 있는 점, 청구인이 2005년부터 2008년까지 매년 OOOOOOOOO 등에서 시행하는 영농교육과정을 이수한 점, 청구인이 2004년부터 2008년까지 총 203건, 합계 7,476천원 상당의 농약, 비료, 영농자재 등을 구매하였고 그 내역이 근사미, 바스타 등 농약, 포도박스, 포도봉투, 고추끈 등으로 다양하고 구체적이므로 청구인이 실제 영농에 종사하면서 구입한 것으로 보이는 점, 마을주민들이 영농사실확인서를 작성한 점, 청구인이 과수원을 경작하며 현재도 포도박스에 성명, 주소 등을 기재한 생산자표시를 하여 출하하고 있는 점 등을 종합하면, 청구인이 농지소재지에서 거주하면서 8년 이상 직접 경작하다가 국가에 양도(수용)한 것으로 보이는 쟁점농지는 「조세특례제한법」제69조에 의하여 양도소득세 감면대상에 해당한다고 판단된다. 따라서, 청구인이 단지 건설기계사업을 영위하였다 하여 쟁점농지를 8년 이상 자경한 사실을 부인하고 감면을 배제하여 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 할 것이다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.