가. 청구인은 2012.1.31. OOO주식회사(이하 “쟁점법인”이라 한다) 발행주식 157,471주(이하 “쟁점주식”이라 한다)를 OOO주식회사(구 주식회사 OOO)에 OOO양도한 후, 쟁점법인은 「중소기업기본법」(2009.3.27. 법률 제9184호로 개정된 것, 이하 “중소기업법”이라 한다) 제2조에 따른 중소기업에 해당하므로 쟁점주식은 「소득세법」 제104조 제1항 제11호 나목의 ‘중소기업의 주식’에 해당한다 하여 10% 세율을 적용하여 2012.5.31. 처분청에 2012년 귀속 양도소득세 OOO신고‧납부하였다.

나. OOO지방국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 쟁점법인이 「중소기업기본법 시행령」(2009.3.25. 대통령령 제21368호로 개정된 것, 이하 “중소기업법 시행령”이라 한다) 제3조 제2호 다목의 관계회사제도가 적용되어 중소기업에서 제외되므로 20% 세율 적용대상이라고 감사지적하였고, 처분청은 이에 따라 쟁점주식 양도에 대하여 20% 세율을 적용하여 2013.7.15. 청구인에게 2012년 귀속 양도소득세 OOO경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2013.10.11. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점법인은 2009년 규모의 확대 등으로 중소기업을 졸업하여 2010년부터는 「중소기업법」상의 중소기업에는 해당하지 아니하나, 중소기업법상 3년의 유예기간을 부여받아 2012년까지는 중소기업으로 보는 유예기업이므로 청구인이 2012.1.31. 양도한 쟁점주식은 「소득세법」제104조 제1항 제11호 나목의 중소기업의 주식에 해당한다.

(1) 중소기업법령상 관계회사에 속하는 기업(이하 “관계기업”이라 한다)의 상시 근로자 수, 자본금 및 매출액 등을 합산하여 일정한 기준을 초과하는 경우 중소기업에서 제외시키는 관계회사제도가 2011.1.1.부터 시행되었으나, 쟁점법인은 관계회사제도 시행 이전인 2010.1.1.부터 중소기업을 졸업하고 3년의 유예기간을 적용받고 있었으므로 2011.1.1.부터 시행된 법률을 적용하여 이미 부여받은 유예기간 혜택을 박탈하는 것은 법률의 소급적용에 해당한다.

(2) 관계회사제도가 2011.1.1.부터 시행되었으나, 그 이전 3년의 유예기간을 이미 부여받은 유예기업에 대하여 유예기간을 중간에서 배제한다는 별도의 규정이 없으므로 이미 부여된 유예기간은 보장되어야 한다.

(3) 「소득세법 시행령」(2012.2.2. 대통령령 제23588호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제167조의8에서 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 중소기업법 제2조에 따른 중소기업에 해당되는 주식을 양도한 경우 중소기업의 주식을 양도한 것으로 본다고 규정하고 있는바, 직전사업연도 종료일인 2011.12.31. 쟁점법인은 유예기업으로서 「중소기업법」상 진정한 의미의 중소기업에는 해당되지 아니하므로 중소기업에 한해서 적용되는 「중소기업법」이 적용되지 아니한다고 보아야 한다. 2011.1.1.부터 시행된 관계회사제도의 경우 「중소기업법」상 진정한 의미의 중소기업이 관계기업의 매출액 등을 합산한 결과 중소기업기준을 초과할 경우 중소기업에서 제외하고 유예기간도 부여하지 아니한다는 규정으로 이해되므로, 이미 「중소기업법」상의 진정한 중소기업이 아니고 단지 유예 중인 기업에 대하여는 적용되지 아니하는 규정이다. 따라서 2011.1.1. 현재 진정한 의미의 중소기업이 아닌 유예기업일 뿐인 쟁점법인에 대하여 관계회사제도를 적용하여 유예적용을 박탈하는 것은 부당하다.

(4) 대법원 2013.2.14. 선고 2012두22249 판결(이하 “쟁점대법원판결”이라 한다)에 의하면, 구 「중소기업법(2009.3.27. 법률 제9184호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)」 제2조 제3항 본문과 단서는 모두 중소기업이 일정한 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우를 정하고 있으며, 그 본문에 의한 3년의 유예기간 중에 있는 기업은 대통령령이 정하는 사유가 발생하기 전에 이미 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업이므로 다른 중소기업을 합병하더라도 그 단서가 정하는 ‘대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우’의 요건을 충족할 수 없는 점, 위 유예기간 중의 기업이 주체가 되어 중소기업을 합병할 경우 그 때부터 그 유예기간이 바로 실효된다는 취지의 규정이 없는 점 등을 이유로 중소기업이 위 유예기간 중의 기업을 흡수합병함으로써 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우와 달리 위 유예기간 중의 기업이 중소기업을 흡수합병한 경우는 구 「중소기업법 시행령(2009.3.25. 대통령령 제21368호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)」 제9조 제1호의 적용대상이 되지 않는다고 전제하고, 유예기간 중의 기업이 중소기업을 흡수합병하였다고 하더라도 여전히 위 유예기간이 적용된다고 보아 유예기간 중인 기업의 주식은 구 「소득세법」(2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제4호 나목의 중소기업의 주식에 해당한다고 하였다.

(5) 처분청은 쟁점대법원판결이 특정사례에 대한 지엽적인 법률 해석이므로 이 건과는 무관하다는 의견이나, 쟁점대법원판결은 유예기간 중인 중소기업에게 「중소기업법」 제2조 제3항 단서에서 정한 유예배제사유가 발생된 경우 「중소기업법 시행령」 제9조의 유예 제외 규정을 적용하여 유예기간을 박탈하는 것이 타당한지에 대한 일반적인 법률 해석이라고 보아야 한다. 쟁점대법원판결은 유예 중인 기업은 엄밀한 의미에서 중소기업에 해당되지 않으므로 더 이상 「중소기업법」 적용대상이 아니며 따라서 이미 부여된 유예기간 3년은 배제할 수 없다는 의미이다.

(6) 처분청은 OOO담당자가 쟁점법인은 관계회사제도의 적용으로 2011.1.1.부터 중소기업에서 제외되고 유예기업에서도 배제된다는 입장을 제시하였다는 의견이나, 행정관청의 해석은 법원이나 국민을 기속하는 효력이 있는 법규가 아니며, 청구인이 제시한 쟁점대법원판결에서 해당 중소기업법령의 해석상 유예 중인 기업의 유예혜택을 배제할 수 없다고 보았으므로 쟁점법인도 2011년 말 현재 유예기업에 해당함이 확인되었다고 보아야 한다.

(7) 「소득세법 시행령」제167조의8에 의해 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 「중소기업법」 제2조에 따른 중소기업에 해당되는 경우 중소기업으로 본다고 규정되어 있고, 2011.12.28. 대통령령 제23412호로 개정된 「중소기업법 시행령」 제3조의3 제1항에서 “제3조에 따른 중소기업 해당 여부에 대한 판단은 그 기업의 직전사업연도의 상시 근로자 수 등을 기준”으로 한다고 규정하고 있으므로, 2011.12.31. 현재 중소기업에 해당하는지 여부는 2010사업연도 상시 근로자 수 등을 기준으로 하여야 한다. 처분청은 2010년 말 기준으로 쟁점법인과 관계기업의 매출액 등을 합산한 결과 중소기업기준을 초과하므로 쟁점법인은 관계회사제도 시행시기인 2011.1.1.부터 중소기업에서 제외되고 유예적용에서도 배제된다는 의견이나, 관계회사제도는 2009.3.25. 신설되어 2011.1.1.부터 시행되었으므로 쟁점법인의 2010사업연도 상시 근로자 수, 자본금 및 매출액 등이 일정 수준 이상인지 여부를 판단함에 있어 관계회사제도를 적용할 수 없다. 만약 쟁점법인이 2010사업연도에 중소기업인지 여부에 대하여 관계회사제도가 적용된다면 2011.1.1. 시행된 관계회사제도가 그 이전 사실관계에 적용되는 결과를 초래하게 되어 법령의 소급적용에 해당한다.

(8) 설령, 관계회사제도가 2011.1.1.부터 시행되어 유예기업인 쟁점법인도 동 규정의 적용을 받는다고 하더라도, 2011사업연도 상시 근로자 수 등을 기준으로 관계회사제도를 적용하여 중소기업기준을 초과할 경우 그 결과는 2012.1.1.부터 적용하여야 하는 것이므로, 관계기업의 2011사업연도 상시 근로자 수 등을 합산한 결과 중소기업기준을 초과하더라도 쟁점법인은 2011.12.31. 현재는 유예중인 중소기업이므로 쟁점주식의 양도는 중소기업 주식의 양도에 해당한다.

나. 처분청 의견

「소득세법」제104조에 따른 중소기업 세율을 적용받기 위해서는 같은 법 시행령 제167조의8에 따라 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 「중소기업법」 제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업이어야 하는바, 「중소기업법」에 따르면 쟁점법인은 2010사업연도 기준으로 관계회사에 속하고 독립성기준을 충족하지 못하므로 유예기간 적용에서 배제되어 2011.1.1.부터는 중소기업에 해당하지 아니한다.

(1) 「소득세법」제104조에 따른 중소기업 세율을 적용받기 위해서는 같은 법 시행령 제167조의8에 따라 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 「중소기업법」 제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업이라고 규정하고 있다. 쟁점법인의 사업연도 종료일이 매년 12.31.이고, 양도일이 2012.1.31.인 이 건의 경우 「중소기업법」에서 규정한 바에 따라 2010사업연도의 상시 근로자 수와 재무제표 현황에 따라 중소기업여부를 판정하고 2011.1.1.부터 2011.12.31.까지 중소기업 해당여부를 적용한다. 「중소기업법」에 따르면 쟁점법인이 2010년 말 당시 관계회사에 속하는 기업으로서 독립성기준을 충족하지 못하고 있으므로 유예기간 적용을 배제하여 2011년부터는 중소기업에 해당하지 아니한 것이다.

(2) 청구인이 제시하는 쟁점대법원판결은 유예기업이 다른 중소기업을 합병한 경우이고, 대법원은 이에 대하여 「중소기업법」에 규정한 중소기업이 유예기업을 흡수합병한 경우가 아닌 점, 그 사유가 발생한 사업연도부터 곧바로 유예혜택이 실효된다는 규정이 없는 점 등 법률 규정의 불명확성을 이유로 인용한 사례인 반면, 쟁점법인은 2009.3.25. 개정된 관계회사제도에 따라 2009년부터 관계기업에 속하는 기업으로서 경과조치로 1년 9개월의 시행유예를 거쳐 2011.1.1.부터 중소기업에 해당하지 않게 된 경우이므로 일반적인 유예기업과 다르고, 「중소기업법」 제2조 제3항 단서와 같은 법 시행령 제9조에 따라 유예제외 및 잔여 유예기간이 소멸된다고 명확히 규정하고 있으므로, 개별사건에 대한 판결을 일반화하여 이 건과 유사하다고 주장하는 것은 타당하지 않다.

(3) 관계회사제도는 2009.3.25. 법령에 반영하되 변경된 내용의 효력이 발생하는 시행일은 2011.1.1.로 늦춘 것으로써 법령에 명시된 사항이고, 쟁점법인은 2009년과 2010년 모두 독립성 기준을 충족하지 못하였으므로 「중소기업법 시행령」 부칙 제2조에 따라 2010.12.31.까지는 중소기업으로 보는 기업이며, 2011.1.1.부터는 관계기업 제도에 따라 중소기업에 해당하지 않는다. 설령, 규모의 확대 등으로 유예기간을 부여받던 기업이라 할지라도 OOO‘중소기업 범위해설’에 의하면 독립성기준 미충족 등 중소기업법 시행령 제9조의 유예 제외 사유에 해당할 경우 잔여 유예기간이 소멸되며, 같은 법 시행령 부칙 제2조 본문에 따라 경과조치를 부여받던 기업도 관계회사제도에 따라 중소기업에서 제외될 경우에는 부칙 제2조 단서에 따라 잔여 경과조치는 소멸된다고 할 것이다.

(4) 청구인은 2011.1.1. 관계회사제도가 시행되기 이전에 쟁점법인이 이미 중소기업을 졸업하고 유예기간을 부여받았으므로 2011.1.1. 시행된 법령을 적용하여 유예기간을 배제하는 것은 법령의 소급적용이라고 주장하나, 「중소기업법」 제2조 제3항 단서에서 중소기업법 시행령 제9조에 따라 관계기업의 매출액 등 합산으로 중소기업규모를 초과하는 기업의 경우에는 잔여 유예기간이 소멸되는 것이라고 명시하고 있으므로 법령의 소급적용이 아니다.

(5) 「중소기업법」상 중소기업에 해당하는지 여부는 중소기업법령의 주관부처인 OOO해석을 따라야 하는바, OOO은 쟁점법인이 관계기업에 해당되어 2011.1.1.부터 중소기업에 해당하지 않고, 유예기업이라 해도 달리 보거나 개정된 법령이 소급 적용된 것은 아니라는 의견을 제시하였다.

(6) 「중소기업법 시행령」 부칙 제1조에서 “이 영은 2009년 3월 27일부터 시행한다”고 하면서 “제3조 제2호 다목의 개정규정은 2011.1.1.부터 시행한다”고 하였고, 부칙 제2조에서 “이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011년 12월 31일까지는 중소기업으로 본다. 다만, 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2 및 제7조의2의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다”고 규정하였다. 쟁점법인은 2011년 말 기준 뿐만 아니라 관계회사제도 도입시기인 2009년 말과 2010년 말(감사보고서 기업개황자료에서도 비상장 대기업으로 표시) 모두 관계회사 독립성 기준 미충족으로 중소기업이 아니므로 2009년 말 경과조치 적용 및 2010년 말 기준으로 중소기업을 판단하더라도 2011.1.1.부터 쟁점법인은 중소기업에 해당하지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점주식이 중소기업 주식에 해당하는지 여부

나. 관련 법령 : <별지>에 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 제출한 심판청구서류 및 처분청 답변서 등 심리자료에 의하면, 쟁점법인은 아래와 같이 2009사업연도 말 현재 「중소기업법 시행령」 제3조 제1항 제1호 관련 별표 1에 규정된 도매업의 규모기준을 초과하였고, 2009사업연도 말 현재 중소기업을 졸업하면서 유예기간 적용에서 제외될 사유는 없었으므로 2010.1.1.부터 2012.12.31.까지 3년의 유예기간을 부여받은 것으로 나타난다.

(가) 쟁점법인은 2009사업연도 결산결과 아래 <표1>과 같이 상품매출액이 제품매출액을 초과하므로 「중소기업법 시행령」 제4조 및 제7조에 따라 주업종은 도매업에 해당한다.

(나) 「중소기업법 시행령」 제5조 제1항 각호 및 제2항 제1호, 동 규정의 해설 사례집인 OOO2009년 5월 발간), 「소득세법 시행령」 제20조 및 제185조, 우리 원 선결정례(국심 2004서1167, 2005.06.27.) 등에 따라 산정한 쟁점법인의 상시근로자수는 아래 <표2>와 같다.

(다) 쟁점법인은 2009사업연도 결산결과 아래 <표3>과 같이 근로자수가 200명 이상, 매출액이 OOO억원 이상으로 중소기업 규모기준을 초과한 것으로 나타난다.

(2) 쟁점법인의 관계기업 현황, 쟁점법인과 그 관계기업들의 매출액 현황 및 상시근로자 수는 아래 <표4>, <표5> 및 <표6>과 같다

(3) 처분청은 쟁점법인이 2011년 말 현재 독립성요건 중 관계기업 합산규정 미충족으로 중소기업에 해당되지 않는다는 의견이며, 2011년 말 현재 쟁점법인이 관계기업 합산규정을 적용할 경우 중소기업 요건을 충족하지 못한다는 점에 대하여는 청구인도 다툼이 없으나, 청구인은 쟁점법인이 2009년말 현재 중소기업요건을 충족하지 못하여 2010년부터 중소기업을 졸업하였으므로 2011년말 현재 실질적인 중소기업에 해당하지 아니하는데 「중소기업법」을 적용하여 이미 부여받은 유예기간을 배제하는 것은 부당하다는 주장이다.

(4) 처분청이 제시하는 OOO발행 OOO에 의하면, 중소기업 지원혜택의 중단에 따른 경영방향의 재설정 등의 준비기간으로서, 중소기업 규모기준 초과 사유가 발생한 사업연도의 다음 사업연도부터 3년간은 중소기업과 동등한 지원을 받을 수 있도록 하는 유예기간(중소기업으로 보는 기간)을 부여하고 있으나, 중소기업에 해당하지 않게 된 사유가 중소기업이 독립성 기준을 미충족하게 된 경우에는 유예기간이 인정되지 않으며, 유예기간 중인 기업이라 하더라도 잔여 유예기간이 소멸된다는 내용이 기재되어 있다.

(5) 쟁점법인의 2011사업연도 ‘외부감사인의 내부회계관리제도 검토보고서’(2012.3.6.)에는 “쟁점법인은 비상장대기업으로서 경영자의 내부회계관리제도 구축과 운영, 그리고 이에 대한 운영실태평가보고는 내부회계관리제도 모범규준 제5장 ‘중소기업에 대한 적용’의 규정에 따라 상장대기업보다 현저하게 완화된 방식으로 이루어졌다. 따라서 외부감사인은 내부회계관리제도 검토기준 중 ‘14. 중소기업 등에 대한 검토특례’에 따라 검토를 실시하였다”는 내용이 기재되어 있다.

(6) 쟁점대법원판결은, 구 「중소기업기본법」 제2조 제3항 본문과 단서는 모두 중소기업이 일정한 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우를 정하고 있으며, 그 본문에 의한 3년의 유예기간 중에 있는 기업은 대통령령이 정하는 사유가 발생하기 전에 이미 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 기업이므로 다른 중소기업을 합병하더라도 그 단서가 정하는 ‘대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우’의 요건을 충족할 수 없는 점, 위 유예기간 중의 기업이 주체가 되어 중소기업을 합병할 경우 그때부터 그 유예기간이 바로 실효된다는 취지의 규정이 없는 점 등을 이유로, 중소기업이 위 유예기간 중의 기업을 흡수합병함으로써 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우와 달리 위 유예기간 중의 기업이 중소기업을 흡수합병한 경우는 구 「중소기업기본법 시행령」(2009.3.25. 대통령령 제21368호로 개정되기 전의 것) 제9조 제1호의 적용대상이 되지 않는다고 전제하고, 유예기간 중의 기업이 중소기업을 흡수합병하였다고 하더라도 여전히 위 유예기간이 적용된다고 보아 유예기간 중인 기업의 주식은 구 소득세법(2007.12.31. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항 제4호 나목에 의한 중소기업 주식에 해당한다고 판시하였다.

(7) OOO발간한 ‘2012년 OOO에는, 중소기업이 규모의 확대, 업종 변경, 중소기업 간의 합병 등으로 중소기업에 해당하지 않게 되는 경우, 즉시 중소기업에서 제외되면 그 동안 중소기업으로서 지원받던 세제·자금·기술지원 등의 혜택이 일시에 중단되어 경영상 어려움을 겪을 수 있으므로, 중소기업 지원혜택의 중단에 따른 경영 방향의 재설정 등의 준비기간으로서, 사유가 발생한 사업연도의 다음 사업연도부터 3년간은 중소기업과 동등한 지원을 받을 수 있도록 하는 유예기간(중소기업으로 보는 기간)을 부여하고 있으며, 중소기업 여부는 직전 사업연도의 상시 근로자 수 및 재무현황으로 결정되는 것이므로 사유가 발생한 사업연도라 함은 현재 진행중인 사업연도의 직전 사업연도를 의미하다고 기재되어 있다.

(8) 처분청은 쟁점법인의 대주주인 OOO2012.6.28. 쟁점법인에서 분할된 OOO주식회사 발행주식을 양도하고 양도소득세 신고시 20%세율로 신고한 사실이 있고 OOO등 대주주는 양도소득세 신고시 중소기업 해당여부에 대하여 OOO해석을 구한 후 신고하였음이 확인된다는 의견을 제시하였으나, OOO등 대주주가 OOO으로부터 어떤 해석을 구했는지 구체적인 자료는 제시한바 없고, 청구인은 OOO해석을 구한 사실이 없으며, OOO양도한 주식은 쟁점주식과는 다른 주식이라고 항변하였다.

(9) 처분청은 OOO담당자로부터 이메일을 이용하여 아래와 같은 내용의 답변을 받아 제시하였는바, OOO담당자는 쟁점법인이 2011.1.1.부터 중소기업에 해당하지 아니한다는 의견이다.

(가) 「소득세법 시행령」제167조의8(2012.2.2. 대통령령 제23588호로 개정되기 전의 것)에서 중소기업이란 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 「중소기업법」 제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다고 규정하고 있는바, 쟁점주식 양도일은 2012.1.31.이므로 쟁점주식이 중소기업의 주식인지 여부는 쟁점법인이 2011.12.31. 현재 「중소기업법」 제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업인지 여부에 따라야 할 것이고, OOO에도 명시되어 있는 바와 같이 중소기업 여부는 직전 사업연도의 상시 근로자 수 및 재무현황으로 결정되는 것이므로 2011.12.31. 현재 진행 중인 사업연도의 직전사업연도인 2010사업연도의 상시 근로자 수 및 재무현황에 따라 2011.1.1.부터 2011.12.31.까지 중소기업으로 적용되는지 여부가 결정된다고 보인다.

(나) 한편, 청구인이 제출한 자료에 의하면 쟁점법인은 2009사업연도의 상시 근로자 수 및 재무현황에 따라 중소기업 규모기준을 초과하여 「중소기업법」상의 중소기업에서 제외되었고, 중소기업 제외 당시 유예기간 적용에서 제외되는 사유는 없었던 것으로 나타나므로 2010.1.1.부터 2012.12.31.까지 3년의 유예기간을 부여받은 것으로 나타난다.

(다) 그런데, 2009.3.25. 「중소기업법 시행령」이 개정되어 관계회사제도가 도입되었고, 같은 시행령 부칙 제1조에서 관계회사제도는 2011.1.1.부터 시행한다고 규정하면서, 부칙 제2조 본문에서 ‘이 영 시행 당시 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011.12.31.까지는 중소기업으로 본다’고 규정하였으나, 같은 조 단서에서는 ‘다만, 관계회사제도의 시행에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다’고 규정하여 관계회사제도는 2011.1.1.부터 시행되는 점을 명확히 하고 있다.

(라) 이 건의 경우, 청구인은 쟁점대법원판결, 이미 부여한 유예기간을 박탈하는 명시적인 근거는 없다는 점 등을 들어 쟁점법인이 2010년부터 2012년까지 3년 동안 유예 중인 중소기업이고 유예기간이 중간에 소멸된다는 별도의 규정이 없으며 2011.1.1.부터 관계회사제도가 시행된다고 하더라도 「중소기업법」 제2조 제3항 본문 및 같은 법 시행령 부칙 제2조 본문에 따라 2011년 말까지는 중소기업에 해당된다고 주장하나, 2009.3.25. 「중소기업법 시행령」 제3조 제2호 다목의 신설로 관계회사제도가 도입되어 2011.1.1.부터 시행된 점, 같은 법 제2조 제3항은 중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년 동안 중소기업으로 본다고 규정하면서 단서 및 같은 법 시행령 제9조 각 호의 하나에 해당하는 경우에는 유예기간을 적용하지 아니한다고 규정하고 있는 점, 「중소기업법 시행령」 부칙 제1조 제1호 및 제2조 단서에서 관계회사제도는 2011.1.1.부터 시행한다고 명시하고 있는 점 등에 비추어 쟁점법인은 2010년부터 3년간은 중소기업으로 보는 유예 중인 기업에 해당되었으나 2011.1.1.부터 관계회사제도가 새로이 도입되고 쟁점법인과 그 관계기업의 2010사업연도 상시 근로자 수 및 매출액 등을 합산한 결과 관계회사제도상의 중소기업기준을 초과함에 따라 2011.1.1.부터는 중소기업 및 유예기업 모두에 해당되지 아니하므로 2011.12.31. 현재 쟁점법인은 「중소기업법」 제2조에 따른 중소기업으로 볼 수 없다 하겠다.

(마) 따라서, 처분청이 쟁점주식을 중소기업의 주식에 해당하지 아니한 것으로 보아 10%의 세율 적용을 배제하고 한 이 건 양도소득세 과세처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 소득세법

제104조(양도소득세의 세율) ① 거주자의 양도소득세는 해당 과세기간의 양도소득과세표준에 다음 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 "양도소득 산출세액"이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각 호에 따른 세율 중 둘 이상의 세율에 해당할 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다.

11. 제94조 제1항 제3호에 따른 자산

가. 대통령령으로 정하는 중소기업(이하 이 장에서 "중소기업"이라 한다) 외의 법인의 주식 등으로서 대주주가 1년 미만 보유한 주식 등

양도소득 과세표준의 100분의 30

나. 중소기업의 주식 등

양도소득 과세표준의 100분의 10

다. 그 밖의 주식 등

양도소득 과세표준의 100분의 20

(2)소득세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23588호로 개정되기 전의 것)

제167조의8(중소기업의 범위) 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 주식 등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 「중소기업기본법」제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다.

(3) 소득세법 시행령(2012.2.2. 대통령령 제23588호로 개정된 것)

제167조의8(중소기업의 범위) 법 제104조 제1항 제11호 가목에서 "대통령령으로 정하는 중소기업"이란 주식등의 양도일 현재 「중소기업기본법」 제2조에 따른 중소기업에 해당하는 기업을 말한다.

(4) 중소기업기본법(2009.3.27. 법률 제9184호로 개정된 것)

제2조(중소기업자의 범위) ① 중소기업을 육성하기 위한 시책(이하 “중소기업시책”이라 한다)의 대상이 되는 중소기업자는 다음 각 호의 요건을 모두 충족하는 기업(이하 “중소기업”이라 한다)을 영위하는 자로 한다.

1. 다음 각 목의 사항을 고려하여 그 규모가 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것

가. 업종의 특성

나. 상시 근로자 수

다. 자산규모

라. 매출액 등

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 대통령령으로 정하는 기준에 해당할 것

③ 제1항을 적용할 때 중소기업이 그 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년간은 중소기업으로 본다. 다만, 중소기업 외의 기업과 합병하거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그러하지 아니하다.

(5)중소기업기본법 시행령(2009.3.25. 대통령령 제21368호로 개정된 것)

제2조(정의) 이 영에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

3. “관계회사”란 개인 또는「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제2조에 따라 외부감사의 대상이 되는 기업(이하 “외부감사대상기업”이라 한다)이 제3조의2에 따른 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단을 말한다. 다만,「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」제9조 제15항에 따른 주권상장법인으로서「주식회사의 외부감사에 관한 법률」제1조의2 제2호 및 같은 법 시행령 제1조의3에 따라 연결재무제표를 작성하여야 하는 회사 또는 연결재무제표에 포함되는 국내회사는 제3조의2에 따른 지배 또는 종속의 관계에 있는 기업의 집단으로 본다.

제3조(중소기업의 범위) 「중소기업기본법」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제1항에 따른 중소기업은 다음 각 호의 기준을 모두 갖춘 기업으로 한다.

1. 해당 기업이 영위하는 주된 사업의 업종과 해당 기업의 상시 근로자 수, 자본금 또는 매출액의 규모가 별표 1의 기준에 맞는 기업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 기업은 제외한다.

가. 상시 근로자 수가 1천명 이상인 기업

나. 자산총액(직전 사업연도 말일 현재 대차대조표에 표시된 자산총액을 말한다)이 5천억원 이상인 법인(이하 생략)

다. 자기자본이 5백억원 이상인 기업

라. 직전 3개 사업연도의 평균 매출액이 1천5백억원 이상인 기업

2. 소유와 경영의 실질적인 독립성이 다음 각 목 모두에 해당하는 기업

가. 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제14조 제1항에 따른 상호출자제한기업집단에 속하지 아니하는 회사일 것

나. (생 략)

다. 관계회사에 속하는 기업의 경우에는 제7조의2에 따라 산정한 상시 근로자 수, 자본금, 매출액, 자기자본 또는 자산총액(이하 "상시근로자수등"이라 한다)이 제1호에 따른 기준을 초과하는 기업이 아닐 것(2009.3.27. 신설)

제9조(유예 제외) 법 제2조 제3항 단서에서 "그 밖에 대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유를 말한다.

1. 법 제2조 제3항 본문에 따라 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 중소기업이 합병하는 경우

2. 창업한 중소기업이 창업일이 속하는 달부터 12개월이 되는 달 말일 이전에 별표 1의 기준에 맞지 아니하거나 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

3. 중소기업이 제3조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

4. 중소기업이 제3조 제1항 제2호 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우

부칙(대통령령 제21368호, 2009.3.25.)

제1조(시행일) 이 영은 2009년 3월 27일부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정규정은 각각 다음 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

1. 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2, 제7조의2 및 별표 2의 개정규정 : 2011년 1월 1일

2.제3조 제1호 다목ㆍ라목 및 제9조제3호의 개정규정 : 2012년 1월 1일

제2조(경과조치) 이 영 시행 당시 종전의 규정에 따라 중소기업에 해당하는 기업이 이 영 시행으로 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 2011년 12월 31일까지는 중소기업으로 본다. 다만, 제2조 제3호, 제3조 제2호 다목, 제3조의2 및 제7조의2의 개정규정에 따라 중소기업에 해당하지 아니하게 되는 경우에는 그러하지 아니하다.