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기각
청구법인으로 “공공의료기관”으로 보고, 청구법인이 수입한 쟁점물품에 대하여 「관세법」 제90조 제1항 제2호에 따른 관세 감면율 50%를 적용한 처분의 당부

조세심판원 조세심판 | 조심2014관0076 | 관세 | 2014-06-03

[사건번호]

[사건번호]조심2014관0076 (2014.06.03)

[세목]

[세목]관세[결정유형]기각

[결정요지]

[결정요지]청구법인의 주요수행업무는 의료사업이고 「공공보건의료에 관한 법률」에서 공공보건의료기관으로 정하고 있으며 쟁점물품가 의료기기인점에 비추어 청구법인을 “공공의료기관”으로 보아 감면율을 적용한 것은 잘못이 없음

[관련법령]

[관련법령] 관세법 제90조

[참조결정]

[참조결정]조심2014관0103

[주 문]

심판청구를 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 2011.9.6. OOO(이하 “쟁점물품”이라 한다)를 수입신고번호 OOO호로 수입신고하면서, 「관세법」 제90조 제1항 제2호 학술 연구용품 관세 감면율 80%를 적용하여 수입신고하고, 통관지 세관장으로부터 수리를 받았다.

나. 처분청은 OOO세관장의 질의에 따른 2013.7.23.자 회신, 즉, “청구법인은 「관세법」 제90조 제1항 제2호의 ‘공공의료기관’에 해당되므로 쟁점물품에 대해서는 같은 법 시행규칙 제37조 제5항 단서규정에 따라 감면율 50%를 적용해야 한다”라는 의견에 따라 2013.8.13. 청구법인이 수입한 쟁점물품에 대하여 관세감면율 50%를 적용하여 부가가치세 OOO원, 합계 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2013.11.13.. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점물품은 방사선 등에 관한 연구를 위하여 도입한 장비로 ‘의료장비’가 아니라 ‘연구장비’이고, 청구법인의 법적지위는 미래창조과학부 소속의 “특정연구기관”으로서 「특정연구기관 육성법」 제2조 및 같은 법 시행령 제3조에서 규정한 ‘정부출연 연구기관’이므로, 「관세법 시행규칙」 제37조 제2항 제22호 및 같은 조 제5항에 따라 관세 감면율 80%를 적용하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 「방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법」제13조의 2에 따라 설립된 기관으로 현재 「공공기관의 운영에 관한 법률」제4조 제1항 각호의 요건에 해당하여 기획재정부장관이 지정한 미래창조과학부 산하의 ‘기타 공공기관’이며, 「공공보건의료에 관한 법률 시행령」제2조 제6호에서 ‘「방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법」 제13조의2에 따른 OOO’을 공공보건의료기관으로 규정하고 있다.

또한, 청구법인의 주요 수행업무 중 예산, 인력, 수입면에서 볼 때 가장 큰 사업은 의료사업(암환자 및 일반환자 진료)으로 “공공의료기관”으로서의 성격과 기능이 훨씬 크다고 할 수 있다.

따라서, 청구법인이 「관세법」 제90조에 의한 학술연구용품 감면대상 기관이라 하더라도, 같은 법 제90조 제1항 제2호에서 규정한 공공 의료기관에 해당하므로 같은 법 시행규칙 제37조 제5항에 따라 관세 감면율 50%를 적용하여야 한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점물품을 “특정연구기관”에서 사용할 물품으로 보아 감면율 80%을 적용할 것인지, 아니면 “공공의료기관”에서 사용할 물품으로 보아 감면율 50%를 적용할 것인지 여부

나. 관련법령 등 : 별지 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 「관세법」제90조 제1항 제2호에서는 학교, 공공의료기관, 그 밖에 이에 준하는 기획재정부령으로 정하는 기관에서 학술연구용으로 사용하는 물품에 대하여 관세를 감면할 수 있다라고 규정하고 있고, 같은 법 시행규칙 제37조 제2항 제1호 내지 제30호에서 학술연구용품 감면을 받을 수 있는 기관으로 시험소·연구소·공공도서관·전시관·연구기관 등을 규정하고 있다.

(2) 한편, 「관세법 시행규칙」 제37조 제5항에서는 학술연구용품의 감면율을 80%로 정하면서, 단서조항으로 국립암센터 및 국립중앙의료원을 제외한 “공공의료기관”과 학교부설의료기관에서 사용할 물품의 감면율은 50%로 한다고 규정하고 있다.

(3) 「관세법」은 “공공의료기관”에 대한 정의를 따로 규정하지 않은데, 청구법인은 “「공공기관의 운영에 관한 법률」 제4조 제1항 각호의 요건에 해당하여 기획재정부장관이 지정한 ‘기타공공기관(공기업, 준정부기관이 아닌 공공기관)’에 해당하고, 「공공보건의료에 관한 법률」 시행령 제2조에서 청구법인을 포함한 국립암센터, 국립중앙의료원, 국립대학병원 등 12개 기관을 공공보건의료기관으로 정하고 있는 등 쟁점물품이 「관세법」 제90조 제1항 제2호에서 규정한 ‘학술연구용품’에 해당한다”라고 주장하고 있고, 이에 대하여 처분청은 청구법인의 주요 수행업무 중 예산, 인력, 수입면에서 볼 때 가장 큰 사업은 의료사업(암환자 및 일반환자 진료)으로 청구법인이 “특정연구기관”에 해당되기는 하나, “공공의료기관”으로서의 성격과 기능이 훨씬 크고, 쟁점물품은 방사선 상해환자 및 방사선 치료환자의 내부 오염을 측정하는 기기로 ‘국가방사선 비상진료센터’에 비치할 목적으로 구입된 의료기기이므로 비록 청구법인이 학술연구용품 감면대상 기관이라 하더라도, “공공의료기관”에 해당하므로 「관세법」 규정에 따라 50%의 관세감면율이 적용되어야 한다는 의견을 제시하고 있다.

(4) 이상의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인의 주요 수행업무 중 예산, 인력, 수입면에서 볼 때 가장 큰 사업은 의료사업(암환자 및 일반환자 진료)으로 청구법인이 “특정연구기관”에 해당되기는 하나, “공공의료기관”으로서의 성격과 기능이 훨씬 크고, 쟁점물품은 방사선 상해환자 및 방사선 치료환자의 내부 오염을 측정하는 기기로 ‘국가방사선 비상진료센터’에 비치할 목적으로 구입된 의료기기이므로 비록 청구법인이 학술연구용품 감면대상 기관이라 하더라도 “공공의료기관”에 해당하는 것으로 볼 수 있는 점, 「공공보건의료에 관한 법률 시행령」 제2조에서 청구법인을 포함하여 국립암센터, 국립중앙의료원, 국립대학병원 등 12개 기관을 공공보건의료기관으로 정하고 있으므로 청구법인을 「관세법」 제90조 제1항 제2호에서 규정한 “공공의료기관”에 해당하는 것으로 볼 수 있는 점 등을 고려해 보면, 청구법인은 「관세법」 제90조 제1항 제2호에서 정한 “공공의료기관”에 해당되므로 청구법인이 수입한 쟁점물품에 대해서 같은 법 시행규칙 제37조 제5항 단서규정에 따라 처분청이 감면율 50%를 적용한 이 사건 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다(조심 2014관103, 2014.4.21., 같은 뜻임).

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「관세법」제131조「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

[별지]

[별지] : 관련 법령 등

(1) 관세법

제39조(부과고지)② 세관장은 과세표준, 세율, 관세의 감면 등에 관한 규정의 적용 착오 또는 그 밖의 사유로 이미 징수한 금액이 부족한 것을 알게 되었을 때에는 그 부족액을 징수한다.

제90조(학술연구용품의 감면세)① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품이 수입될 때에는 그 관세를 감면할 수 있다.

2.학교, 공공의료기관, 공공직업훈련원, 박물관, 그 밖에 이에 준하는 기획재정부령으로 정하는 기관에서 학술연구용·교육용·훈련용·실험실습용 및 과학기술연구용으로 사용할 물품 중 기획재정부령으로 정하는 물품

② 제1항에 따라 관세를 감면하는 경우 그 감면율은 기획재정부령으로 정한다.

(2) 관세법 시행규칙

제37조(관세가 감면되는 학술연구용품)② 법 제90조 제1항 제2호를 적용받는 기관은 다음 각 호와 같다.

22. 「특정연구기관 육성법」 제2조의 규정에 의한 연구기관

⑤ 법 제90조 제2항의 규정에 의한 관세의 감면율은 100분의 80으로 한다.다만, 공공의료기관(제2항 제25호의 규정에 의한 국립암센터 및 국립중앙의료원은 제외한다) 및 학교부설의료기관에서 사용할 물품에 대한 관세의 감면율은 100분의 50으로 한다.

(3) 특정연구기관 육성법

제2조(특정연구기관)이 법에 따라 정부의 보호·육성을 받을 수 있는 연구기관은 특별법에 따라 설립된 연구기관과 재단법인인 연구기관으로서 대통령령으로 지정하는 연구기관(이하 “특정연구기관”이라 한다)으로 한다.

(4) 특정연구기관 육성법 시행령

제1조(목적)이 법은 과학기술과 산업경제의 발전을 위하여 정부가 출연(出捐)하는 연구기관의 보호·육성에 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다.

제3조(연구기관의 지정)법 제2조에서 "대통령령으로 정하는 연구기관"이란 다음 각 호의 연구기관을 말한다.

5.「방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법」 제13조의2에 따른 한국원자력의학원

(5) 공공보건의료에 관한 법률

제2조(정의)이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다.

1. “공공보건의료”란 국가, 지방자치단체 및 보건의료기관이 지역·계층·분야에 관계없이 국민의 보편적인 의료 이용을 보장하고 건강을 보호·증진하는 모든 활동을 말한다.

2. “공공보건의료사업”이란 다음 각 목의 사업을 말한다.

가.보건의료 공급이 원활하지 못한 지역 및 분야에 대한 의료 공급에 관한 사업

나. 보건의료 보장이 취약한 계층에 대한 의료 공급에 관한 사업

다. 발생 규모, 전파 속도, 심각성 등을 고려할 때 국가와 지방자치단체의 대응이 필요한 질병의 예방과 건강 증진에 관한 사업

라. 그 밖에 국가가 관리할 필요가 있는 보건의료로서 보건복지부령으로 정하는 사업

3. “공공보건의료기관”이란 국가나 지방자치단체 또는 대통령령으로 정하는 공공단체(이하 “공공단체”라 한다)가 공공보건의료의 제공을 주요한 목적으로 하여 설립·운영하는 보건의료기관을 말한다.

(6) 공공보건의료에 관한 법률 시행령

제2조(공공단체의 범위)「공공보건의료에 관한 법률」(이하 “법”이라 한다) 제2조 제3호에서 “대통령령으로 정하는 공공단체”란 다음 각 호의 기관 등을 말한다.

6.「방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법」 제13조의2에 따른 한국원자력의학원

(7) 공공기관의 운영에 관한 법률

제4조(공공기관)① 기획재정부장관은 국가·지방자치단체가 아닌 법인·단체 또는 기관(이하 “기관”이라 한다)으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기관을 공공기관으로 지정할 수 있다.

1. 다른 법률에 따라 직접 설립되고 정부가 출연한 기관

2. 정부지원액(법령에 따라 직접 정부의 업무를 위탁받거나 독점적 사업권을 부여받은 기관의 경우에는 그 위탁업무나 독점적 사업으로 인한 수입액을 포함한다. 이하 같다)이 총수입액의 2분의 1을 초과하는 기관

3. 정부가 100분의 50 이상의 지분을 가지고 있거나 100분의 30 이상의 지분을 가지고 임원 임명권한 행사 등을 통하여 당해 기관의 정책 결정에 사실상 지배력을 확보하고 있는 기관

4. 정부와 제1호 내지 제3호의 어느 하나에 해당하는 기관이 합하여 100분의 50 이상의 지분을 가지고 있거나 100분의 30 이상의 지분을 가지고 임원 임명권한 행사 등을 통하여 당해 기관의 정책 결정에 사실상 지배력을 확보하고 있는 기관

5. 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 기관이 단독으로 또는 두개 이상의 기관이 합하여 100분의 50 이상의 지분을 가지고 있거나 100분의 30 이상의 지분을 가지고 임원 임명권한 행사 등을 통하여 당해 기관의 정책 결정에 사실상 지배력을 확보하고 있는 기관

6. 제1호 내지 제4호의 어느 하나에 해당하는 기관이 설립하고, 정부 또는 설립 기관이 출연한 기관

(8)방사선 및 방사성동위원소 이용진흥법

제13조의2(한국원자력의학원의 설립)① 방사선등의 의학적 이용 및 연구·개발 업무를 효율적으로 추진하기 위하여 한국원자력의학원(이하 “의학원”이라 한다)을 설립한다.

제13조의3(의학원의 사업)의학원은 다음 각 호의 사업을 수행한다.

1. 방사선등의 의학적 이용에 관한 사업

2. 방사선 의학에 관한 연구 및 기술개발

3. 방사선 의학에 관한 정책 연구

4. 방사성동위원소의 생산·분배 및 연구

5. 국가 방사선 비상진료와 이와 관련한 교육 및 연구·개발

6. 제1호부터 제5호까지의 사업 성과 보급

7. 방사선 의학 연구 분야의 전문인력 양성

8. 방사선 의학 연구·개발 등의 국내외 협력

9. 원자력시설 주변지역의 의료 지원사업

10. 그 밖에 암(癌)병원 등 의학원의 목적 달성을 위하여 필요한 사업

(9) 부가가치세법

제27조(재화의 수입에 대한 면세)다음 각 호에 해당하는 재화의 수입에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

3. 학술연구단체, 교육기관, 「한국교육방송공사법」에 따른 한국교육방송공사 또는 문화단체가 과학용·교육용·문화용으로 수입하는 재화로서 대통령령으로 정하는 것

(10) 부가가치세법 시행령

제51조(과학용 등으로 수입하는 재화로서 면세하는 것의 범위)법 제27조 제3호에 따른 과학용·교육용·문화용으로 수입하는 재화는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화로 한다. 이 경우 제1호부터 제5호까지의 재화는 관세가 감면되는 것으로 한정하여 적용하되,관세가 경감되는 경우에는 경감되는 부분으로 한정하여 적용한다.

2. 연구원, 연구기관 등 기획재정부령으로 정하는 과학기술 연구개발 시설에서 과학기술의 연구개발에 제공하기 위하여 수입하는 물품

(11) 부가가치세법 시행규칙

제40조(면세하는 과학용 등의 수입 재화와 관련한 과학기술 연구개발 시설의 범위)영 제51조 제2호에서 "연구원, 연구기관 등 기획재정부령으로 정하는 과학기술 연구개발 시설"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 연구원 등을 말한다.

1. 「관세법 시행규칙」 제37조 제2항 제22호부터 제24호까지 및 제27호의 기관과 같은 조 제3항 제2호의 산업기술연구조합