가. 청구인은 2001.6.30. 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)로부터 OOO 대지 4,294.4㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 창고 건물(1,687.07㎡, 이하 “구건물”이라 한다)을 취득하여 임대하다가 2010.12.13. 구건물을 철거하고, 2011.1.28. 신건물 2동(각각 1,498.7㎡, 이하 “신건물①”과 “신건물②”라 한다)을 신축한 후, 쟁점토지를 2,139㎡(이하 “분할토지①”이라 한다), 2,120.4㎡(이하 “분할토지②”라 한다), 35㎡(이하 “분할토지③”이라 한다)의 3필지로 분할하여 이를 그 지상 건물과 함께 2011년 5월과 6월에 각각 주식회사 OOO 외 3인에게 양도하였다.

나. 청구인이 2011년 8월에 신건물 및 쟁점토지에 대한 양도소득세를 신고한 내역은 아래 ＜표1＞과 같다.

＜표1＞ 청구인의 신건물 및 쟁점토지에 대한 양도소득세 신고내역

다. 처분청은 청구인에 대한 양도소득세 세무조사를 실시(2018.4.23.～2018.6.17.)한 결과 청구인이 구건물 및 쟁점토지의 매매가액인 OOO원인 취득당시 매매계약서(이하 “허위계약서”라 한다)를 처분청에 제출하여 이를 근거로 쟁점토지의 취득가액을 OOO원으로 과다하게 신고한 사실을 확인하여 10년의 국세부과제척기간을 적용하고, 구건물 및 쟁점토지의 전소유자인 OOO로부터 원본을 확보한 매매가액이 OOO인 청구인의 취득당시 매매계약서(이하 “쟁점①계약서”라 한다)를 근거로 청구인의 쟁점토지의 취득가액을 OOO원으로 경정하여 2018.7.3. 청구인에게 2011년 귀속 양도소득세 OOO원을 부과하였다.

라. 청구인이 이에 불복하여 2018.9.11. 제기한 이의신청 결과 청구주장이 일부 인용되어 2018.12.6. 위 양도소득세 부과세액 중 OOO원이 감액경정되었고, 청구인은 이에 불복하여 2019.2.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 청구인이 당초 양도소득세 신고시 구건물과 쟁점토지의 취득가액이 OOO원인 허위의 매매계약서를 작성하여 쟁점토지의 취득가액을 OOO원으로 과다하게 신고한 것은 세무대리인이 청구인과 상의 없이 한 것이므로 청구인이 사기나 그 밖의 부정한 행위를 한 것으로 보아 처분청이 10년의 국세부과체적기간을 적용하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 이 건 처분은 위법․부당하다.

(2) 청구인은 2001.6.11. OOO로부터 구건물과 쟁점토지를 함께 실제 OOO원에 취득하였고, 이와 같은 내용의 매매계약서 사본(이하 “쟁점②계약서”라 한다)이 존재하므로, 동 가액을 청구인의 구건물과 쟁점토지의 실지취득가액으로 인정하여야 한다.

(가) 실지거래가액 관련하여 양도자가 제출한 매매계약서는 특별한 사정이 없는 한 계약내용대로 작성된 것으로 추정되고, 과세관청이 계약상대방으로부터 매매가액 확인을 받을 수 없다든지 양도자가 토지 취득에 관한 대금 영수증을 제출하지 않았더라도 추정은 번복되지 않는다(대법원 1996.6.25. 선고 95누3183 판결 등 참조).

(나) 청구인은 쟁점②계약서상 기재내용과 같이, 매도인에게 2001.6.11. 계약당시 계약금으로 OOO원을 계좌이체하였고, 잔금 으로 2001.6.23. OOO원을 청구인의 OOO계좌에서 출금하여 지급하였으며, 2001.6.29. OOO원을 지급하고 영수증을 받았다. 나머지 매매대금 중 OOO원은 매도인으로부터 승계한 임대보증금과 상계하였고, OOO원은 구건물과 쟁점토지에 근저당권을 설정하여 받은 대출금으로 지급하였다.

(다) 구건물 및 쟁점토지를 OOO로부터 양수한 청구인이 임차보증금 반환의무를 부담하므로 당초 구건물을 임차하고 있던 OOO 및 OOO의 임차보증금 OOO원을 청구인이 이를 취득할 당시에 승계하였고, OOO 및 OOO이 청구인에게 2003.4.3. 및 2003.1.24.까지 차임을 지급한 사실을 보더라도 상기 임차보증금을 청구인이 승계한 사실을 알 수 있다.

(라) 청구인이 2001.7.10. OOO이 부담하던 OOO 대출금 원리금 OOO원을 대위변제하여 쟁점토지에 대한 근저당권을 말소하였고, 이는 OOO의 근저당권 채권최고액이 OOO원이었던 점, 청구인이 상기 채무를 상환하기 위하여 보유하고 있던 현금 약 OOO원 외에 2001.6.29. OOO원을 청구인의 OOO 계좌(223-21-****-***)에서 출금하였고, 나머지 OOO원은 OOO에서 차입하여 쟁점토지에 근저당권이 설정되었다.

(마) 또한, OOO의 대표이사 OOO의 부친인 OOO와 청구인 간의 통화내용 녹취록, 2001년 쟁점토지의 개별공시지가가 OOO원인 점 등에 의하여 청구인이 주장하는 OOO원이 청구인의 구건물 및 쟁점토지의 실지취득가액임을 알 수 있으므로 이를 기초로 쟁점토지분 실지취득가액을 재산정하여야 한다.

(3) 멸실된 구건물의 취득가액(취․등록세 포함)을 쟁점토지의 자본적 지출에 해당하는 것으로 보아 양도자산인 쟁점토지의 양도소득의 필요경비에 산입하여야 한다.

(가) 토지의 경우 지상 건물을 함께 취득한 후 건물을 철거하여 나대지 상태로 양도하는 경우 철거된 건물의 취득가액과 철거비용은 당초부터 토지만을 이용할 목적으로 건물을 취득한 경우 토지의 개량비 내지 자본적 지출액으로서 양도자산의 필요경비에 산입할 수 있는 것이고, 그 지상에 새 건물을 신축하여 양도하는 경우에도 위와 같은 요건을 갖춘 때에는 양도소득의 필요경비로 인정된다(대법원 1992.10.27. 선고 92누8781판결 등 참조).

(나) 청구인은 2001.6.11. OOO 내에 새로운 공장건물을 신축하기 위하여 쟁점토지를 구건물과 함께 취득하였는데 종전 소유자인 OOO과 임차인들간의 임대차계약으로 인하여 즉시 철거할 수 없는 상황이라 가까운 시일 내에 임대차 관계를 정리한 뒤 구건물을 철거할 의도를 가지고 있었으나, 청구인이 쟁점토지를 취득한 후 그 재산적 가치가 매년 큰 폭으로 상승(개별공시지가 상승)하여 구건물의 철거를 미뤄오다가 어느 정도 가격이 안정된 2010년 5월경 구건물을 철거하고 2011년 1월경 신건물을 신축하였다.

(다) 따라서, 청구인이 주장하는 구건물과 쟁점토지의 일괄 실지취득가액 OOO원 중 구건물분 실지취득가액은 쟁점토지의 자본적 지출에 해당하는 것으로 인정되어야 한다. 그럴 경우 결과적으로 청구인이 2011년에 양도한 자산인 쟁점토지의 실지취득가액이 OOO원이 된다.

(라) 또한, 처분청은 이의신청 재결에 따라 2001년에 청구인이 구건물 및 쟁점토지를 취득항 당시 납부한 취․등록세 등 OOO원의 세금 중 양도자산인 쟁점토지에 해당하는 취․등록세 등만을 양도소득의 필요경비에 산입OOO하여 당초 부과세액 중 일부를 감액경정하였으나, 구건물의 취득가액이 쟁점토지의 자본적 지출에 해당하는 것으로 인정되어야 하므로 멸실된 구건물분 취․등록세도 쟁점토지의 자본적 지출에 해당하는 것으로 인정되어야 한다.

(4) 청구인은 신건물을 신축하고 소유권 보존등기비용 등으로 법무사 OOO의 계좌로 2011.2.23. OOO원을 이체하였고, 그 중 각종 세금․비용에 해당하는 금액이 OOO원이므로 그 차액에 해당하는 금액인 OOO원을 법무사 수수료로 인정하여야 하고, 당초 양도소득의 필요경비로 신고하지 아니한 동 금액을 필요경비에 산입하여 경정하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구인은 당초 양도소득세 신고시 구건물 및 쟁점토지의 취득가액을 부풀린 허위계약서(매매가액 OOO원)로 양도소득세를 탈루한 것이 청구인과 상의 없이 세무대리인이 한 것이라고 주장하나, 청구인이 당초 2011년 8월에 양도소득세 신고시 허위계약서를 제출하여 양도소득세를 탈루하였고, 처분청이 이와 관련하여 청구인에 대하여 세무조사를 실시할 당시 허위계약서 외에 다른 계약서를 작성한 사실이 없다고 주장한 사실이 문답서에 나타나는바, 청구인이 허위계약서로 양도소득세를 탈루한 것으로 보고 이를 사기 기타 부정한 행위에 해당하는 것으로 보아 처분청이 10년의 국세부과제척기간을 적용하여 청구인에게 양도소득세를 부과한 처분은 적법하다.

(2) 청구인은 쟁점①계약서(매매가액 12억원)가 아니라 쟁점②계약서(매매가액 OOO원)가 구건물 및 쟁점토지를 취득할 당시의 실제 매매계약서라고 주장하나, 쟁점②계약서의 경우 팩스로 전송받은 것으로 보여지는 사본만 제시하여 청구인이 구건물과 쟁점토지를 취득할 당시인 2001년에 실제 작성된 계약서인지 여부가 불확실한 반면, 처분청이 확보하여 과세근거로 제시한 쟁점①계약서는 OOO의 대표이사인 OOO의 부친인 OOO가 계약당시부터 현재까지 보관하여 온 매매계약서 원본이다.

(가) 청구인의 2001년 제1기 부가가치세 확정신고내역을 보면, 고정자산 매입으로 환급신청한 공급가액이 OOO원, 매입세액이 OOO원으로 되어 있는바, 쟁점①계약서상 구건물 및 쟁점토지의 가액 구분과 일치하는 반면, 쟁점②계약서상에는 구건물 및 쟁점토지의 매매가액이 구분되어 있지 않고, 구건물의 취득가액을 OOO원으로 계산하여 부가가치세를 신고한 근거를 달리 제시하지 못하고 있으며, 쟁점②계약서상 “총매매금액중 건물분에 대하여는 V.A.T를 별도로 매수인은 지불한다”고 기재되어 있으나, 이와 관련한 증빙자료도 제시하지 못하고 있다.

(나) 청구인이 2001년에 지급하였다고 주장하는 구건물 및 쟁점토지의 취득대금 내역은 아래 ＜표2＞와 같고, 청구인이 2001.6.11. 지급한 OOO원 외에는 청구인과 매도인인 OOO 사이의 매매대금 수수액이 얼마인지 확인할 수 없으며, 그 이유는 다음과 같다.

＜표2＞ 청구주장 구건물 및 쟁점토지 취득대금 지급내역

1) 청구인이 2001.6.23. 구건물 및 쟁점토지의 매수대금으로 매도인에게 지급하였다는 OOO원은 청구인의 계좌에서 현금으로 출금된 내역만 확인되는바, 이를 매도인이 수취하였다는 청구주장을 입증하는 증빙자료로 볼 수 없다.

2) 청구인이 2001.6.29. 구건물 및 쟁점토지의 매수대금으로 매도인에게 OOO원을 지급하였다고 주장하나, 동 일자에 청구인의 통장에서 출금사유를 ‘연지급’으로 기록하고 OOO원을 출금한 내역만 있다.

3) 청구인은 2001.7.10. OOO으로부터 대출을 받아 설정된 근저당 내역을 보면 그 채권최고액이 OOO원인바, 대출금 원금을 환산하면 OOO원(채권최고액 OOO% 기준)이므로 청구인이 대위변제하였다고 주장하는 매도인의 대출금 채무 OOO원 차이가 있고, 이에 상당하는 매도인의 대출금 채무는 청구인은 계좌에서 2001.6.29. 출금한 OOO, 2001.7.2. 출금한 OOO원, 청구인이 보유하고 있던 현금 약 OOO원으로 대위변제하였다고 주장하나, 상기 출금 내역으로는 청구인이 상기 금액을 출금한 사실만 알 수 있고 이를 어디에 사용하였는지는 알 수 없으며, 1995년부터 2000년까지 6년 동안에 청구인이 신고한 종합소득금액의 합계액이 OOO원에 불과한바, 보유하고 있던 현금으로 매도인의 채무를 대위변제하였다는 청구주장도 신뢰하기 어렵다.

4) 청구인은 구건물 및 쟁점토지 매도인의 임대보증금(채무) OOO원을 2001년에 이를 취득할 당시 승계하였다고 주장하나, 청구인이 승계하였다고 주장하는 OOO OOO 및 (주)OOO의 임차보증금을 청구인이 반환한 내역을 확인할 수 있는 증거자료 제출을 요청하였으나 응하지 않고 있다.

(다) 또한, 청구인이 구건물 및 쟁점토지 취득당시 구청에 제출한 검인계약서상 매매가액이 OOO원인바, 쟁점①계약서상 매매대금과 일치하고, 청구인의 부가가치세 신고내역(건물분 매입세금계산서)도 쟁점①계약서와 부합하는 점, 서울고등법원 2016.12.15. 선고 2015누66976 판결서에 의하면, 제출된 매매계약서는 총 3장이고 매매가액도 각각 다른바, 어떤 계약서가 진정한 계약서인지 단정할 수 없고, 주장의 일관성도 없어 제출된 검인계약서를 진정한 계약서로 인정할 수 밖에 없다고 판시한 점, 청구인이 실제 계약서로 주장하는 쟁점②계약서는 증빙자료에 의하여 그 신빙성이 뒷받침되지 않을 뿐만 아니라 원본을 제시하지 아니한 채 팩스로 받은 사본만을 제시하고 있어 실제 청구인이 구건물 및 쟁점토지를 취득할 당시인 2001년에 작성된 계약서인지 진위 여부 확인이 불가한 점, 청구인의 사업자등록증 사본 등과 함께 보관하여 오던 쟁점①계약서 원본을 처분청에 제출한 OOO는 자유로운 상황에서 처분청에 출석하여 문답서를 작성하면서 쟁점①계약서 외에 다른 계약서를 작성한 사실이 없다고 답변한 점 등을 종합할 때, 쟁점①계약서는 허위계약서이고 쟁점②계약서가 실제계약서임을 전제로 하는 청구주장을 받아들이기 어렵다.

(라) 참고로, 청구인은 양도자가 제출한 매매계약서가 특별한 사정이 없는 한 계약 내용대로 작성된 것으로 추정된다는 대법원 판례(대법원 1996.6.25. 선고 95누3183 판결)를 관련 해석례로 제시하였으나, 동 판례는 양도소득세 신고시 제출한 매매계약서에 대하여 원용될 수 있는 것이고, 청구인이 2011년 8월에 당초 양도소득세 신고한 제출한 구건물 및 쟁점토지의 취득당시 매매가액이 OOO원인 매매계약서는 허위계약서라는 사실에 대하여 청구인과 처분청 간에 다툼이 없으므로 청구인이 제시한 위 판례는 이 건 쟁점과 관련이 없다.

(3) 멸실된 구건물의 취득가액이 쟁점토지의 자본적 지출에 해당하는 것으로 보아야 한다는 청구주장을 받아들일 수 없다.

(가) 청구인은 2001.6.30. 구건물을 취득한 후 약 10년 동안 임대사업을 계속하여 영위하다가 2010.12.13. 멸실하여 2011.6.20. 폐쇄등기를 경료하였고, 2011.1.23. 신건물을 소유권보존등기한 후 2011.1.28. 사용승인받았다.

(나) 청구인은 쟁점토지 취득 직후 구건물을 멸실하고 신건물을 신축할 목적으로 쟁점토지와 그 지상 구건물을 취득하였다고 주장하나, 이를 사실로 인정할 만한 객관적인 증거자료를 제시하지 못하는 반면, 청구인이 구건물을 취득한 이후 장기간 사용(임대)한 것은 사실인바, 구건물의 취득가액을 양도자산인 쟁점토지나 신건물에 대한 자본적 지출로 볼 수 없으므로 그 양도소득의 필요경비에 산입할 수 없다(대법원 2013.12.27. 선고 2013두18216 판결 참조).

(다) 위와 같은 이유로 멸실된 구건물에 대한 취․등록세도 양도자산인 쟁점토지나 신건물에 대한 자본적 지출에 해당하지 아니하므로 그 양도소득의 필요경비에 산입할 수 없다.

(4) 청구인은 신건물 신축(2011.2.3.)과 관련한 법무사(OOO) 수수료 OOO원을 추가로 신건물 양도소득의 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 청구인이 2011년 8월에 이에 대한 양도소득세 신고시 제출한 해당 법무사가 발행한 영수증상에 취득세, 법무사 보수액OOO 등을 포함하여 이미 OOO원을 양도소득의 필요경비로 공제하였는바, 청구인이 해당 법무사에게 지급하였다고 주장하는 OOO원과 상기 금액의 차액인 OOO원은 어떠한 명목으로 지급한 것인지 확인되지 아니하므로 단순히 법무사에게 금전을 지급하였다고 하여 양도소득의 필요경비에 포함할 수는 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 처분청이 10년의 국세부과제척기간을 적용한 것이 부당하다는 청구주장의 당부

② 구건물 및 쟁점토지의 실지취득가액이 얼마인지

③ 멸실된 구건물의 취득가액이 쟁점토지의 자본적 지출에 해당하는 것으로 보아야 한다는 청구주장의 당부

④ 법무사에게 송금한 금액을 양도소득의 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제26조의2 [국세 부과의 제척기간] ① 국세는 다음 각 호에 규정된 기간이 끝난 날 후에는 부과할 수 없다. (단서생략)

1. 납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위(이하 "부정행위"라 한다)로 국세를 포탈(逋脫)하거나 환급ㆍ공제받은 경우에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간. 이 경우 부정행위로 포탈하거나 환급ㆍ공제받은 국세가 법인세이면 이와 관련하여 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 금액에 대한 소득세 또는 법인세에 대해서도 그 소득세 또는 법인세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 한다.

1의2. 납세자가 부정행위로 다음 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우 해당 가산세는 부과할 수 있는 날부터 10년간

가. 「소득세법」 제81조 제3항 제4호

나. 「법인세법」 제76조 제9항 제1호

다. 「부가가치세법」 제22조 제3항 및 제6항

2. 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호ㆍ제1호의2 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

(2) 소득세법

제96조【양도가액】① 제94조 제1항 각 호에 따른 자산의 양도가액은 그 자산의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액(이하 "실지거래가액"이라 한다)에 따른다.

제97조【양도소득의 필요경비 계산】① 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각 호에서 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조 제1항 각 호의 자산 취득에 든 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 부분에 해당하는 경우에는 그 자산 취득 당시의 기준시가

나. 가목 본문의 경우로서 취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

2. 자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것

3. 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것

② 제1항에 따른 양도소득의 필요경비는 다음 각 호에 따라 계산한다.

1. 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우의 필요경비는 다음 각 목의 금액에 제1항 제2호 및 제3호의 금액을 더한 금액으로 한다.

가. 제1항 제1호 가목 본문에 따르는 경우에는 해당 실지거래가액

제100조【양도차익의 산정】② 제1항을 적용할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산(按分計算)한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 해당 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

(3) 소득세법 시행령

제163조【양도자산의 필요경비】① 법 제97조 제1항 제1호 가목 본문에서 "취득에 든 실지거래가액"이란 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조 제2항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

③ 법 제97조 제1항 제2호에서 "자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액

2. 양도자산을 취득한 후 쟁송이 있는 경우에 그 소유권을 확보하기 위하여 직접 소요된 소송비용ㆍ화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 양도자산의 용도변경ㆍ개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용

⑤ 법 제97조 제1항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 각 호의 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 다음 각 목의 비용

가.「증권거래세법」에 따라 납부한 증권거래세

나. 양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용

다. 공증비용, 인지대 및 소개비

라. 가목부터 다목까지의 비용과 유사한 비용으로서 기획재정부령으로 정하는 비용

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인의 구건물 취득 및 멸실, 분할한 쟁점토지와 그 지상에 신축한 건물의 양도 등과 관련한 주요 사실관계를 요약하면 다음과 같다.

(2) 국세청 전산자료에 의하면, 청구인은 쟁점토지 소재지에서 2001.6.11.부터 2012.1.25.까지 목재 제조업, 부동산 임대 및 신축판매 업 등을 영위한 것으로 나타난다.

(3) 청구인이 당초 2011년 8월에 처분청에 양도소득세 신고시 제출한 구건물 및 쟁점토지의 매매대금이 OOO원인 취득당시 매매계약서(허위계약서)는 ＜별지1＞과 같다.

(4) 처분청이 제시한 청구인과의 문답서(2018.4.30. 작성)에 의하면 청구인이 OOO로부터 구건물 및 쟁점토지를 상기 매매(허위)계약서상 매매대금을 지급하고 취득하였고, 그 외에 이면 계약서는 없다고 진술한 것으로 나타난다.

(5) 처분청이 구건물 및 쟁점토지의 전소유자인 OOO의 대표이사인 OOO의 부친으로부터 원본을 제출받은 쟁점①계약서는 ＜별지2＞와 같고, 처분청은 동 계약서에 2001.6.27. 발행된 OOO의 부동산매도용 인감증명서, 청구인의 사업자등록증 사본 등이 첨부되어 있었다는 의견이다.

(6) 처분청의 청구인에 대한 이 건 양도소득세 세무조사 종결 후, 청구인이 ＜별지3＞과 같은 쟁점②계약서 사본을 제시하였고, 동 계약서상에는 구건물과 쟁점토지의 매매가액이 구분되어 있지 않다.

(7) 쟁점①계약서와 쟁점②계약서상 날인된 OOO의 인감과 OOO의 인감증명서상 인감을 비교하면 다음과 같다.

(8) 청구인은 2011년 제1기 부가가치세 과세기간에 OOO로부터 쟁점①계약서상 구건물의 매매대금에 해당하는 공급가액 OOO원, 매입세액 OOO원의 세금계산서 1매를 수취하였다.

(9) 청구인이 제출한 지방세 세목별 과세증명서에 의하면, 청구인의 구건물 및 쟁점토지에 대한 취․등록세 과세표준액이 OOO원인 것으로 나타난다.

(10) 처분청의 청구인에 대한 세무조사 실시(2018.4.23.～2018.6.17.) 이후인 2018.7.18. 청구인이 OOO의 대표이사 OOO의 부친 OOO와 전화통화한 내용의 녹취록 일부는 다음과 같다.

(11) 청구인이 구건물 및 쟁점토지 관련 취득대금 지급에 대하여 소명한 내역을 요약하면 다음과 같다.

(12) 청구인은 제출한 OOO과의 쟁점토지 매매대금 수수 관련 영수증 사본을 제시하였다.

(13) 등기부등본에 의하면, OOO은 2000.7.21. 구건물 및 쟁점토지를 담보로 OOO에서 대출받아 채권최고액 OOO원의 근저당권이 설정된 것으로 나타나고, 해당 부동산의 소유권이 2001.6.30. 청구인에게 이전(등기경료)되었으며, 청구인이 2001.7.10. 구건물 및 쟁점토지를 담보로 OOO에서 대출받아 채권최고액 OOO원의 근저당권이 설정된 것으로 나타난다.

(14) 청구인의 구건물 및 쟁점토지에 대한 임대차계약 내용을 요약하면 아래 ＜표3＞과 같다.

＜표3＞ 청구인이 제출한 구건물 및 쟁점토지 임대차계약서 내용

(15) 쟁점토지의 개별공시지가 변동내역은 아래 ＜표4＞과 같다.

＜표4＞ 쟁점토지의 개별공시지가 변동내역

(16) 청구인이 제출한 구건물 및 쟁점토지의 취득당시 지방세 세목별 과세증명서에 의하면 그 과세표준액은 OOO원이고, 취·등록세(부가세인 농어촌특별세, 지방교육세 포함) 총액은 OOO원인 것으로 나타난다.

(17) 청구인이 신건물에 대한 소유권보존등기와 관련하여 2011년 2월에 법무사 OOO로부터 교부받은 법무사의 보수액 등이 포함된 영수증(아래 ＜표5＞에 요약하여 기재)상 총 비용은 OOO원이고, 청구인이 2011.2.23. OOO계좌(304-03384-***)에서 적요란에 OOO으로 기재하고 출금한 금액은 OOO원이며, 그 차액은 OOO원이다.

＜표5＞ 2011년 2월 법무사 영수증 내역

(18) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다.

(가) 먼저 쟁점①에 대하여 살피건대, 청구인은 사기 기타 부정한 행위를 하여 이 건 양도소득세를 탈루한 것이 아니므로 5년의 국세부과제척기간을 적용하여야 한다고 주장하나, 청구인이 2011년 8월에 양도소득세 신고시 구건물 및 쟁점토지의 취득가액을 부풀린 허위계약서(매매가액 OOO원)를 제출하여 거액의 양도소득세를 탈루한 점, 처분청이 이와 관련하여 청구인에 대하여 세무조사를 실시(2018.4.23.～2018.6.17.)할 당시 청구인이 상기 허위계약서 외에 다른 계약서를 작성한 사실이 없다고 주장한 내용이 처분청이 제출한 문답서에 나타나는 점 등에 비추어 청구인이 허위계약서로 양도소득세를 탈루한 것으로 봄이 타당하므로 처분청이 이를 사기 기타 부정한 행위에 해당하는 것으로 보아 청구인에게 10년의 국세부과제척기간을 적용하여 양도소득세를 부과한 이 건 처분을 전부 취소하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(나) 다음으로 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구인은 쟁점②계약서(매매가액 OOO원)가 구건물 및 쟁점토지 취득당시의 실제 매매계약서라고 주장하나, 처분청이 구건물 및 쟁점토지의 전소유자인 OOO로부터 쟁점①계약서(매매가액 OOO원)의 원본을 확보하고 그 취득가액을 경정하여 이 건 양도소득세 부과처분을 하자 청구인이 쟁점②계약서를 제시하였으나, 그 사본만 제시하고 처분청의 원본 제출요구에 응하지 아니하고 있는 점, 청구인은 구건물 및 쟁점토지 취득당시 OOO의 대출금 및 임대보증금 채무를 인수하고, 금전을 교부하는 등의 방법으로 쟁점②계약서상 매매대금 상당액을 OOO에게 지급하였다고 주장하나, 그 금액의 대부분이 객관적인 증빙자료에 의하여 확인되지 아니하는 반면, 청구인이 구건물 및 쟁점토지 취득당시 관할 지방자치단체장에게 쟁점①계약서에 대하여 검인을 받고, 그에 따라 취․등록세 신고 및 부가가치세 신고를 한 것으로 보이는 점, 납세자가 복수의 매매계약서를 제출하고, 어떤 계약서가 진정한 계약서인지 단정할 수 없는 경우, 검인계약서는 특별한 사정이 없는 한 당사자 사이의 매매계약 내용대로 작성되었다고 추정되므로 검인계약서를 진정한 계약서로 인정할 수 밖에 없는 것인 점(대법원 2017.5.16. 선고 2017두33091 판결 참조) 등에 비추어 쟁점①계약서가 아니라 쟁점②계약서를 진정한 계약서로 보아야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(다) 다음으로 쟁점③에 대하여 살피건대, 철거된 구건물의 취득가액과 철거비용을 토지의 자본적 지출로 보아 양도자산인 토지의 필요경비에 산입하기 위해서는 구건물 취득 후 단시일내에 건물의 철거에 착수하는 등 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 것으로 인정될 때에 한하는 것인바(대법원 1990.1.25. 선고 89누53 판결 참조), 청구인이 구건물을 2001년 6월 취득한 후, 약 9년간 사용(임대 등)하다가 2010년 12월에 철거한 점, 청구인이 구건물은 철거하고 쟁점토지만을 이용하려는 목적으로 이를 함께 취득하였음이 명백하다고 보기 어려운 점 등에 비추어 구건물의 취득가액 및 그 취․등록세를 쟁점토지의 자본적 지출에 해당하는 것으로 인정하여야 한다는 청구주장을 받아들이기 어렵다고 판단된다.

(라) 마지막으로 쟁점④에 대하여 살피건대, 청구인은 신건물 신축(2011.2.3.)과 관련한 법무사(OOO)의 수수료 OOO원을 추가로 신건물 양도소득의 필요경비로 인정하여야 한다고 주장하나, 청구인이 2011년 8월에 이에 대한 양도소득세 신고시 제출한 해당 법무사가 발행한 영수증상의 취득세, 법무사 보수액OOO 등을 포함하여 이미 그 총액인 OOO원을 양도소득의 필요경비로 공제한 점, 청구인이 위 법무사에게 지급하였다고 주장하는 OOO원과 상기 금액의 차액인 OOO원을 어떠한 이유와 명목으로 지급한 것인지 확인되지 아니하는 점 등에 비추어 이를 신건물 양도소득의 필요경비로 인정하여야 한다는 청구주장도 받아들이기 어렵다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

＜별지1＞ 허위계약서

＜별지2＞ 쟁점①계약서

＜별지3＞ 쟁점②계약서