2. 원고 AAAAAAAAAA협동조합의 피고 SSS세무서장에 대한 나머지 청구 및 원고 BBBBBB협동조합의 피고들에 대한 각 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용 중 원고 AAAAAAAAAA협동조합과 피고 SSS세무서장 사이에 생긴 부분은 각자 부담하고, 원고 BBBBBB협동조합과 피고들 사이에 생긴 부분은 원고 BBBBBB협동조합이 부담한다.

청 구 취 지

피고들이 원고들에게 한 별지 1 목록 기재 각 부과처분을 모두 취소한다.

가. 원고들의 지위

원고들은 어업인과 수산물가공업자의 자주적인 협동조직을 바탕으로 그 지위 향상

과 경쟁력 강화를 도모함으로써 어업인과 수산물가공업자의 삶의 질을 높이고 국민경제의 균형 있는 발전에 이바지함을 목적으로 DDD협동조합법에 의하여 설립된 각 비영리법인으로서(DDD협동조합법 제1조, 제4조, 이하 DDD협동조합을 'EE'이라고 한다), 조세특례제한법과 '구 농・축산・임・어업용 기자재 및 석유류에 대한 부가가치세 영세율 및 면세 적용 등에 관한 특례규정'(2013. 2. 15. 대통령령 제24369호로 개정되기 전의 것1), 이하 '특례규정'이라고 한다)에 따라 어민이 어업에 사용하기 위한 석유류로서 부가가치세 등이 면제되는 면세유(이하 '면세유'라고 한다)를 공급관리하는 업무를 수행하고 있다.

나. 국세청의 면세유 관리실태 점검 지시 및 각 출고지시서 발급행위의 적발

국세청은 어업용 면세유에 대한 기획점검을 실시한 결과 면세유 부정유통 혐의가 있다고 보고, 2013년 9월경 피고들을 비롯한 전국 세무서장에게 관할 구역 내 소재하는 면세유 관리기관인 EE에 대하여 면세유 관리실태 및 부정유통 혐의를 점검한 후 EE이 면세유류 구입카드 등(출고지시서 포함)을 부정발급하거나 잘못 발급한 것이 적발될 경우 해당 EE에 대하여 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 조세특례제한법'이라고만 한다) 제106조의2 제11항 등 관련 규정에 따라 감면세액에 대하여 가산세를 추징할 것을 지시하였다.

2) 국세청이 각 일선 세무서장에게 지시한 구체적인 점검방법 및 유형별 처리요령은 아래와 같다.

3) 피고들은 위 국세청 지시에 따라 관할구역 내 어업용 면세유 관리기관인 원고들에 대하여 어업용 면세유의 관리 부실 여부를 점검하였고, 그 결과 별지 2 목록 기재와 같이 원고들이 위 점검 대상기간 중 '해외로 출국한 어민', '사망한 어민', '계선중인 어민', '폐선'에 대하여 각 출고지시서(이하 '이 사건 각 출고지시서'라고 한다)를 발급한 각 행위(이 사건에서는 위 국세청 지시에서 지적된 관리 부실 유형 중 '선박안전 미검사 선박이 공급받은 경우'는 포함되지 아니하였다)를 각 적발하였다.

다. 피고들의 과세처분

피고들은 원고들의 이 사건 각 출고지시서 발급행위가 구 조세특례제한법 제106조의2 제11항 제2호(이하 '이 사건 가산세 부과 규정'이라 한다)에서 규정한 '관련 증거서류를 확인하지 아니하는 등 관리 부실로 인하여 어민에게 면세유류 구입카드 등을 잘못 발급하거나 어민 외의 자에게 면세유류 구입카드 등을 발급한 경우'에 해당한다고 보아, 원고들에 대하여 별지 1 목록 기재와 같이 각 가산세 부과처분(이하 '이 사건 각 처분'이라 한다)을 하였다.

라. 전심절차

조세심판원에 대하여, 원고 HH시EE은 2014. 2. 25. 피고 SSS세무서장이 한각 부과처분의, 2014. 4. 4. 피고 00세무서장이 한 각 부과처분의, 2014. 4. 9. 피고 000세무서장이 한 각 부과처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였고, 원고 AAAAAAAEE은 2014. 5. 1. 피고 SSS세무서장이 한 각 부과처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 원고들의 위 각 심판청구를 모두 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 4호증, 을 9 내지 29호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고들의 주장

가. 이 사건 가산세 부과 규정의 해석에 관한 주장

① 이 사건 가산세 부과 규정(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 신설)은 납세자의 납세협력의무 해태에 대한 제재로 가산세를 부과하는 일반적인 가산세 부과 규정과는 달리, 면세유의 관리라는 공적인 관리책임을 농어민의 협동조합에 부여하고 관리 부실에 대한 책임 내지 제재로서 가산세를 부과하는 것이어서 그 입법취지에 비추어 볼 때 이는 엄격하게 해석하여야 할 것인 점, ② 어민의 경우 구 조세특례제한법 제106조의2 제9항에 따라 면세유를 어업용 외의 용도로 사용한 경우에만 면제된 세액에 가산세를 추징하도록 하고 있는 점 등을 고려하면, 피고들이 원고들에게 이 사건 가산세 부과 규정에 의해 가산세를 부과하기 위해서는, 원고들이 관련 증거서류를 제대로 확인하지 않아 면세유 공급대상이 아님에도 출고지시서를 잘못 발급하거나 어민 외의 자에게 출고지시서를 발급하여 '면세유가 어업용 외의 용도로 사용'되는 경우, 즉 '해당 면세유가 부정유통'되는 결과가 실제로 초래되어야 한다.

즉, 어민들이 어업에 면세유를 정상적으로 사용하였다면 단순히 출고지시서 발급에 절차상 하자가 있다는 점만으로는 이 사건 가산세 부과 규정이 적용될 수 없는데, 이 사건 각 출고지시서에 의해 공급된 면세유는 모두 어업용으로 사용되었다. 따라서 이 사건 각 처분은 위법부당하여 취소되어야 한다.

나. '관리 부실'의 판단 기준에 관한 주장

이 사건 가산세 부과 규정상의 '잘못 발급'이란 어민에게 면세유류 구입카드 등을발급함에 있어서 단순한 실수나 오류가 있는 경우가 아니라 관련 증거서류를 제대로 확인하는 등의 '관리 부실'이 없었다면 발급되지 않았을 경우를 말하는바, 세법상 가산세는 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다는 점에 비추어, 그와 같은 정당한 사유가 있는 경우 이 사건 가산세 부과 규정상의 '관리부실'의 책임은 인정되지 않는다고 보아야 한다.

즉, 관리기관인 원고들이 어민이 제출한 증거서류를 통해 어업경영사실을 확인하고 출고지시서를 발급한 이상 사후적으로 어민이 제출한 증거서류에 허위의 내용이 포함되어 있었더라도 그 발급 당시 증거서류가 허위로 발급되었거나 실제 조업여부와 무관하게 발급되었다고 의심할 수 있는 경우가 아닌 한 원고들에게는 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 '관리 부실'의 책임을 물어 가산세를 부과할 수 없다.

그런데 아래 1) 내지 4)항과 같은 구체적인 사정을 고려하면, 원고들로서는 일응 상당한 주의의무를 다하여 어업경영사실을 확인하고 면세유류 구입카드 등을 발급하였다고 할 것이므로, 원고들에게 관련규정상 의무를 해태한 '관리 부실' 책임이 있다고 볼 수 없다. 따라서 이러한 측면에서도 이 사건 각 처분은 위법・부당하여 취소되어야 한다.

1) 해외로 출국한 어민에 대하여 발급된 경우: EE 내규인 '구 유류공급 사업요령(2011. 12. 30. 개정된 것, 이하 '사업요령'이라고 한다)' 제23조 제3호에 의하면, 선장, 기관장, 사무장 또는 선주의 배우자 또는 직계가족이 선주로부터 위임받아 면세유를 신청할 수 있는바, 원고들은 사업요령 규정에 따라 별지 2 목록 기재와 같이 어민의 위임장, 수임인의 신분증, 어업경영사실을 확인할 수 있는 서류를 확인한 후 이를 첨부하여 출고지시서를 발급하였다. 또한 그 출고지시서에 따라 출고된 면세유는 모두 어업용으로 실제 사용되었다.

2) 사망한 어민에 대하여 발급된 경우: 어민이 사망한 경우 구 조세특례제한법 제106조의2 제3항 등에 따라 30일 이내에 그 상속인들이 스스로 원고들에게 이를 신고하여야 하는데, 그 상속인들이 이를 신고하지 않고 사망한 어민 명의 등록 선박으로 조업을 계속하는 경우 원고들은 어민의 사망사실을 알 수 없고, 사망한 어민 명의의 위임장을 제출해 출고지시서를 발급신청하면 출고지시서를 발급할 수밖에 없으므로, 원고들이 출고지시서를 발급한 데 어떠한 과실이 있다고 할 수 없다. 또한 그 출고지시서에 따라 출고된 면세유는 모두 어업용으로 실제 사용되었다.

3) 조업중단(계선) 중인 어선에 대하여 발급된 경우: 어민에게 계선 등의 사유가 발생한 경우 구 조세특례제한법 제106조의2 제3항, 사업요령 제20조 제1항 단서 등에 따라 어민 스스로 이를 신고하여야 하는데, 이러한 신고가 없는 한 원고들은 해당 선박이 계선 중인지를 알 수 없고, 원고들이 계선관리주체인 0000기술공단이 관리를 소홀히 할 경우까지 예상하여 선박의 계선 여부를 일일이 조회할 수도 없으므로, 이 경우에도 원고들이 출고지시서를 발급한 데 어떠한 과실이 있다고 할 수 없다. 또한 그 출고지시서에 따라 출고된 면세유는 모두 어업용으로 실제 사용되었다.

4) 폐선된 어선에 대하여 발급된 경우: 어민이 어선법 제19조 제1항에 따라 어선의 등록을 말소하더라도, 그 변동사항을 구 조세특례제한법 제106조의2 제3항에 따라 원고들에게 신고하지 않는 이상, 원고들은 이를 확인할 수 없고, 원고들이 사무실에서 출고지시서를 발급한 후, 어민들이 사무실 외의 급유소, 주유소 등에서 선박에 주유하기 때문에 원고들은 출고지시서 상의 선박과 실제 주유되는 선박의 이동을 확인할 수 없다. 폐선이 되면 어민들이 대체선박을 구해 이에 대한 새로운 어업면허를 받으려면 상당한 시일이 소요되므로, 폐선 명의로 면세유를 공급받는 경우가 있는데, 이 경우 원고들은 어업경영사실을 확인할 수 있는 서류를 확인하고 출고지시서를 발급하였다. 또한 어민들은 출고지시서로 공급받은 면세유를 어업 목적으로 실제 사용하였으므로, 이 사건 가산세 부과 규정이 적용될 수 없고, 원고들에게는 위와 같이 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다.

3. 면세유 관련 규정의 체계 및 내용

가. 법령의 체계(별지 3 관련 법령 참조)

농어촌의 경제적 안정을 지원하기 위한 목적에서 농어업용으로 사용되는 유류에 대하여 교통세 등을 면제하는 특례규정은 조세특례제한법이 2000. 12. 29. 법률 제6297호로 개정되면서 위 법 제106조의2에 신설되었고, 이 사건 가산세 부과 규정은 조세특례제한법이 2001. 12. 29. 법률 제6538호로 개정되면서 신설되었다. 그 위임에 따라 대통령령인 '특례규정'이 제정되었고, 특례규정 제27조는 면세유의 공급절차 및 면세유류판매업자의 환급신청절차 등 세부사항을 다시 국세청 고시에 위임하고 있으며, 이에 따라 '농・임・어업용면세유 공급절차 및 면세유류판매업자의 환급(면제)신청에 따른 감면세액의 환급절차 등 고시'(이하 '국세청장 고시'라 한다)가 제정되었다.

또한 특례규정 제26조에 의하여 어업용 면세유 제도의 감독기관으로 지정된 구 농림수산식품부(현 해양수산부)는 훈령으로 '구 어업용 면세유류 공급 및 사후관리 요령'(2013. 2. 25. 농림수산식품부훈령 제355호로 개정되기 전의 것, 이하 '공급관리요령'이라고 한다)을, 공급관리요령 제4조에 의하여 면세유류 관리기관으로 지정된 EE은 내규로 '사업요령'을 각 제정하였다. 위 관계 법령에 따라 어업용 면세유 제도가 운영되고 있다.

나. 이 사건 각 출고지시서상 면세유 공급대상

통계청장이 고시하는 한국표준산업분류상의 어업 또는 수산물 자숙・건조장운영업에 종사하는 자가 연근해 및 연안구역 어업용 선박에 사용할 목적으로 사용하기 위하여 원고들과 같은 면세유류 관리기관인 조합을 통하여 공급받는 석유류에 대해서는 조세특례제한법 및 특례규정에 따라 부가가치세 등이 면제된다(조세특례제한법 제106조의2 제1항 제1호, 특례규정 제14조 제3호, 제15조 제1항 제1호 가목, 이하, 위 규정에 의해 면세유를 공급받을 수 있는 자를 '어민'이라고 한다). 이 사건 각 출고지시서는 어민에 대하여 발급되었다.

다. 어민에 대한 면세유 공급절차의 개관

조세특례제한법 등 관련 법령 규정에 따라 면세유가 어민에게 공급되는 절차는 아래 도면 <어업용 면세유 공급 흐름도> 표시와 같다.

즉, 원고들과 같은 EE이 정유사와 면세공급계약을 체결하면, 정유사는 저유소에 과세로 석유류를 공급하고, 저유소는 EE의 급유소, 직영주유소 및 공급대행 주유소에 면세로 유류를 공급한다. EE은 어민에게 면세유를 판매하는데, 먼저 어민에게 출고지시서를 발급하고, 어민으로 하여금 EE의 급유소, 직영주유소 또는 공급대행 주유소에 위 출고지시서를 제시하여 면세유를 공급받도록 한다.

라. 출고지시서 신청 및 발급 절차

1) 구 조세특례제한법, 특례규정, 공급관리요령에 따른 출고지시서 등 신청 및 발급 절차 일반

구 조세특례제한법 제106조의2 제3, 4항, 특례규정 제16조 제2호에 의하면, 어민이 면세유를 공급받기 위해서는 EE에 ① 선박 및 시설의 보유 현황, ② 어업경영사실을 대통령령이 정하는 바에 따라 신고한 후 EE으로부터 출고지시서를 발급받아야 하고, 선박 및 시설의 취득・양도 또는 어민의 사망 등으로 그 신고 내용에 달라진사항이 있으면 그 사유 발생일로부터 30일 이내에 그 변동을 신고하여야 한다. EE은 구 조세특례제한법 제106조의2 제6항에 따라 어민 등의 선박 및 시설의 보유 현황, 어업경영 규모 등을 고려하여 출고지시서를 발급하여야 하고, 구 조세특례제한법 제106조의2 제20항에 따라 면세유 관리업무를 효율적으로 수행하기 위해 행정기관 등에 사망자료 등을 요청할 수 있다.

특례규정 제15조의3 제3, 5항에 의하면, 어민이 구 조세특례제한법 제106조의2 제3항에 따라 신고 또는 변동내용을 신고하는 경우 국세청장이 고시하는 신고서, 변동신고서에 의하되, 위와 같은 신고를 할 때에 신규구입 선박 등의 경우 그 구입을 증명할 수 있는 서류(선박등록증 또는 어업허가증)를 첨부하여야 하고, EE장은 이를 확인하고 날인하여야 하며, 특례규정 제15조의3 제4항에 의하면 EE장은 위 신고 또는 변동내용 신고를 받거나 지방자치단체로부터 선박 등의 말소 및 변경 등에 관한 사항을 통보받으면 그 내용을 확인하여 면세유류관리대장에 기재하여야 하고, 필요시 선박 등의 사용 여부 및 기종, 규격, 사용유종, 엔진번호, 시간계측기 등을 직접 확인하고 기재하여야 한다.

또한 특례규정 제20조 제2항은 EE은 어민으로부터 농림수산식품부장관이 정하는 바에 따라 최근 어업을 영위하는지를 확인할 수 있는 서류를 제출받은 후 출고지시서를 발급할 수 있다고 규정하고 있고, 공급관리요령 제15조는 이때 '어업을 영위하는지를 확인할 수 있는 서류'로 '1. 수산물판매사실을 증명할 수 있는 도매, 소매 및 중개업자 등에 대한 판매, 출하량 등 판매서류 사본', '2. 선박안전 조업규칙 제15조에 의한 선박출입항신고서'를 들고 있으며, 사업요령 제35조 제3항은 EE은 부정유출을 방지하기 위하여 어민에게 면세유를 공급할 때 '위판증명서류', 또는 '수산물 거래증명 확인서'를 우선하여 제출받고, 어획실적이 없는 경우에는 '선박출입항신고서'를 제출받아 최근 조업여부를 확인하여야 한다고 규정하고 있다.

2) 이 사건 각 출고지시서 발급 절차

구 조세특례제한법 제106조의2 제4항은 '농어민 등이 면세유를 공급받으려면 면세유류 관리기관인 조합으로부터 대통령령으로 정하는 면세유류 구입카드 또는 출고지시서를 발급받아야 한다'고 규정하고 있고, 이에 따라 구 특례규정 제16조는 '면세유류구입카드' 발급 대상이 되는 농어민과 '출고지시서' 발급 대상이 되는 농어민을 구분하고 있으며, 이 사건에서의 어민들은 구 특례규정 제16조 제2호에 따라 출고지시서(또는 구입권)에 의해서만 면세유를 공급받아야 한다.

한편 원고들은 사업요령에 규정된 '면세유류 공급카드'를 이용하여 면세유 공급대상이 되는 어민과 연간공급배정량을 관리하였는데(사업요령 제17조), 어민들은 면세유류 공급카드의 발급을 신청할 때 사업요령 제20조 내지 제22조에 따라 선박 등 보유 및 영어사실을 신고하고 관련 증빙서류를 제출하여야 하며, 원고들은 어민들의 선박 및 시설의 보유현황과 영어사실에 대하여 면세유류 관리대장을 작성한 후, 어민이 출고지시서의 발급을 요청할 때마다 이러한 면세유류 공급카드를 제시받아 확인하고 출고지시서를 발급하는 등으로 면세유 및 면세유 공급대상 어민 등을 관리하고 있다. 이러한 면세유류 공급카드는 구 조세특례제한법 제106조의2 및 특례규정 제16조 제1호에서 규정하고 있는 '면세유류 구입카드'와 달리 그 자체만으로는 면세유를 구입・결제할 수 있는 기능은 없다.

마. 면세유 사용 관련 제재 규정

1) 관할 세무서장의 어민에 대한 제재

관할 세무서장은 어민이 구 조세특례제한법 제106조의2 제4항에 따라 발급받은 출고지시서로 공급받은 석유류를 어업용 외의 용도로 사용한 경우(구 조세특례제한법제106조의2 제9항), 어민이 아닌 자가 제4항에 따라 출고지시서를 발급받거나, 어민 또는 어민이 아닌 자가 어민으로부터 출고지시서 또는 이를 통해 공급받은 면세유를 양수받은 경우(구 조세특례제한법 제106조의2 제12항), 위 각 규정에 따라 감면세액에 가산세를 더하여 추징하여야 한다.

2) 관할 세무서장의 EE에 대한 제재

관할 세무서장은 면세유류 관리기관이 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 출고 지시서를 발급하는 경우 또는 이 사건 가산세 부과 규정에 정한 경우 위 규정에 따라 가산세를 징수하여야 한다(구 조세특례제한법 제106조의 제11항).

3) EE의 어민에 대한 제재

어민이 ① 구 조세특례제한법 제106조의2 제3항에 따른 신고를 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 하거나 변동신고를 하지 않은 경우, ② 같은 조 제4항에 따라 발급받은 출고지시서와 이에 따라 공급받은 면세유를 타인에게 양도한 경우, ③ 같은 조 제9항에 따라 감면세액의 추징 사유가 발생한 경우 해당 어민은 면세유류 관리기관이 그 사실을 안 날로부터 2년간(구 조세특례제한법 제106조의2 제9항에 따른 추징세액을 2년이 경과한 날까지 납부하지 않은 경우 이를 납부하는 날까지) 면세유를 사용할 수 없고(구 조세특례제한법 제106조의2 제10항), 면세유류 관리기관은 구 조세특례제한법 제106조의2 제9항, 제11항, 제12항에 정한 사유가 발생하였음을 알았을 때에는 출고지시서의 발급 및 사용을 즉시 중지시키고, 그 사실을 관할 세무서장에게 알려야 한다(구 조세특례제한법 제106조의2 제18항).

4. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 판단의 체계

먼저 이 사건 가산세 부과 규정이 '해당 면세유가 부정유통' 되었을 것을 요건으로 하는지 여부를 판단한 다음, 행위 유형별로 원고들의 이 사건 각 출고지시서 발급행위를 '관리 부실'로 인한 것으로 평가하여 이 사건 가산세 부과 규정에 의하여 가산세를 부과할 수 있는지 여부를 살펴보기로 한다.

나. 이 사건 가산세 부과 규정의 해석

1) 앞서 든 각 증거에 면세유 관련 규정의 체계 및 내용을 종합하여 알 수 있는 다음 가) 내지 마)항과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 가산세 부과 규정은 출고지시서 발급요건을 갖추지 못한 자에게 출고지시서를 발급하거나 관련 절차를 위반하여 출고지시서를 발급함에 따라 발생할 수 있는 면세유 부정유통의 소지를 사전에 없애고자하는 데 그 입법취지가 있고, 면세유가 실제 부정유통되었음을 전제로 감면된 세액에 대한 가산세를 징수하기 위한 것은 아니라고 봄이 상당하다.

가) 이 사건 가산세 부과 규정은 그 문언상 크게 ① 면세유류 관리기관인 조합의 '관련 증거서류를 확인하지 아니하는 등의 관리 부실', ② 이에 따라 '농어민 등에게면세유류 구입카드 또는 출고지시서를 잘못 발급 또는 농어민등 외의 자에게 면세유류구입카드 또는 출고지시서를 발급'이라는 두 가지 과세요건으로 이루어졌을 뿐이다. 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 엄격하게 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추 해석하는 것은 허용되지 않는다(대법원 2001. 3. 15. 선고 2000두7131 전원합의체 판결 등 참조)는 조세법률주의의 원칙상, 이 사건 가산세 부과 규정의 문언에 '해당 면세유류 구입카드 또는 출고지시서에 의하여 공급된 면세유의 부정유통'을 포함하여 확장 해석하는 것은 위 법리에 반한다.

나) 조세특례제한법 제106조의2가 규정하는 면세유 제도는 어업기계 또는 선박및 시설에 사용할 목적으로 공급되는 석유류에 대해서 부가가치세 등을 감면함으로써관련 비용을 절감시켜 어민의 소득증대를 지원하는 한편, 어업기계 또는 선박 및 시설의 보급을 촉진하여 어업생산성을 제고함과 동시에 어촌 노동력 부족현상에 대비하는데 그 입법취지가 있으므로(헌법재판소 2010. 12. 28. 선고 2009헌바171 결정 참조),

이러한 면세유 제도가 제대로 정착되어 위와 같은 입법취지를 달성하기 위해서는 면세유 제도에 관한 조세특례제한법 등 관련 규정에 따라 면세유의 공급 및 사용 등에 대한 적정한 관리가 이루어질 필요가 있다.

다) 이에 구 조세특례제한법은 어민들을 조합원으로 하여 구성된 원고들을 면세유류 관리기관으로 지정하고, 원고들에게 출고지시서 발급 권한, 적정한 업무의 처리를 위해 행정기관 등에 어민의 사망자료 등을 요청할 수 있는 권한뿐 아니라, 구 조세특례제한법 제106조의2 제9항, 제11항 및 제12항에 따른 추징사유가 발생하였을 때 어민들에게 출고지시서의 발급 및 사용을 중지시킬 수 있는 권한까지도 부여하고 있다.

원고들은 이러한 권한을 구 조세특례제한법 등 관련 규정에 따라 충실히 행사하여야 한다. 면세유가 구 조세특례제한법 등 관련 규정에 위반하여 유통되거나 사용되는 것을 사전에 차단하고 투명한 면세유 유통・사용질서를 확립하기 위해서는 원고들이 조세특례제한법 등 관련 규정을 위반하여 이러한 권한을 적절히 행사하지 않거나 잘못 행사하였을 때 이를 제재할 수 있는 수단이 필수적이고, 여기에 조세특례제한법 제106조의2 제11항의 입법취지가 있는 것이다. 따라서 원고들의 이러한 의무 위반으로 인하여 면세유가 실제 부정유통되었는지 여부는 이 사건 가산세 부과 규정의 과세요건에 포함된다고 할 수 없다. 이렇게 해석하는 것이 원고들이 '거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 면세유류 구입카드 등을 발급한 경우', 이에 따라 공급된 면세유가 어떻게 사용되었는지 묻지 않고 관련 가산세를 징수하도록 하는 구 조세특례제한법 제106조의2 제11항 제1호와도 균형이 맞다.

라) 만약 어민 등에게 공급된 면세유가 부정유통되었을 것을 이 사건 가산세 부과 규정의 요건으로 보게 되는 경우, 이미 공급된 면세유의 부정유통 여부는 이를 확인하기가 매우 어려운 점에 비추어 볼 때, 원고들과 같은 면세유류 관리기관이 관련 법령에 정해져 있는 절차를 위반하여 출고지시서를 발급하더라도 이를 제재하기가 매우 어렵게 되어 이 사건 가산세 부과 규정의 입법취지를 충분히 달성할 수 없게 된다.

마) 원고들은 어민이 면세유를 어업에 사용한 이상 면제된 세금을 추징하지 않는 구 조세특례제한법 제106조의2 제9항과의 균형상 이 사건 가산세 부과 규정에서도 부정유통의 결과 발생이 과세요건이 되어야 한다고 주장한다. 그러나 위 규정과 구 조세특례제한법 제106조의2 제1항 제1호, 제3항 및 특례규정 제15조 제1항, 제15조의3의 내용과 형식에 비추어 보았을 때, 어민은 면세유류 관리기관으로부터 자신이 신고한 선박 등에 사용하는 용도로만 면세유를 공급받아 이를 사용할 수 있고 신고하지 않은 선박 등에 대한 면세유 사용은 어업 영위의 목적으로도 허용되지 않으므로, 위 규정이 원고들의 위와 같은 주장에 대한 근거가 될 수 없다. 이에 더하여 구 조세특례제한법은 어민이 면세유를 어업용으로 사용하였는지 묻지 않고 선박 등 보유현황에 대한 신고를 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 하거나 그 변동신고를 하지 않은 경우 면세유 사용을 금지하고 있고(구 조세특례제한법 제106조의2 제10항 제1호), 어민이라도 다른 어민으로부터 면세유류 구입카드 등을 양수하거나 이에 따라 공급받은 석유류를 양수한 경우, 그 사용목적을 불문하고 해당 면세유에 대하여 감면세액과 가산세를 추징하도록 하고 있다(구 조세특례제한법 제106조의2 제12항).

2) 그렇다면 원고들이 '증거서류를 확인하지 아니하는 등 관리를 부실하게 하였다'고 인정되는 행위로 인하여 ① 어민에게 출고지시서를 잘못 발급하거나, ② 어민 외의자에게 출고지시서를 발급한 경우, 피고들은 원고들로부터 이 사건 가산세 부과 규정에 따라 가산세를 징수할 수 있다고 할 것이고, 이와 같이 발급된 출고지시서에 따라 공급된 면세유가 실제 부정 유통되었는지 여부는 과세요건으로 고려되지 않는다고 할 것이다.

3) 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없고, 원고들이 '증거서류를 확인하지 아니하는 등 관리를 부실하게 하였다'고 인정되는 행위로 인하여 어민에게 출고지시서를 잘못 발급하거나 어민 외의 자에게 출고지시서를 발급한 경우, 피고들은 원고들로부터 이 사건 가산세 부과 규정에 따라 가산세를 징수할 수 있다고 할 것이다.

다. 원고들의 이 사건 각 출고지시서 발급행위를 '관리 부실'로 평가할 수 있는지 여부(구체적 판단)

1) 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 이 사건 가산세 부과 규정상 '관리 부실'과 같은 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있으나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 추단할 수 있는 사실이 밝혀진 경우에는 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙을 적용하기에 적절하지 아니하다는 등의 반대사정을 입증하지 못하는 한 당해 과세처분을 과세요건이 흠결된 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결, 대법원 2008. 5. 29. 선고 2006두13831 판결 등 참조).

한편 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 않는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 1993. 11. 23. 선고 93누15939 판결 참조).

2) 나아가 구 조세특례제한법 및 특례규정상 어민이 타인에게 출고지시서 발급 절차 등을 위임하여 면세유를 공급받을 수 있다는 일반규정은 없으나, 공급관리요령 제18조가 '조합은 반드시 법령에 따른 공급대상자(어민)에게 면세유를 공급하여야 한다.

다만 낙도벽지 소재 어민 등 EE지도경제대표이사가 위임이 불가피한 것으로 정하는 경우에 한하여 타인에게 유류인수권한의 위임을 허용할 수 있다'고 규정하고 있고, 이에 따라 원고들의 내부 업무처리지침인 사업요령은 면세유류 구입카드 등을 발급함에 있어서 면세유류의 부정유출을 방지하기 위하여 발급상대방이 본인인지 여부 등은 특히 철저히 관리하도록 하고 있는데, 사업요령 제23조는 어민은 타인에게 면세유류 공급카드를 양도하거나 유류 인수권한을 위임하지 못하고, 예외적으로 다음 각 호의 1에 해당하는 경우 이를 위임할 수 있다고 규정하면서, 제3호에 '선장, 기관장, 사무장 또는 선주의 배우자 또는 직계가족이 선주로부터 위임받아 공급받고자 할 때'를 들고 있다.

또한 사업요령에 따르면, 원고들은 면세유류 공급카드를 제시받고 출고지시서를 발급할 때, 본인 여부를 확인하고 신분증을 복사하여 출고지시서 뒷면에 첨부하여야 하고(다만 어업인 사진이 구매사업정보시스템에 등록되어 출고지시서에 인쇄되는 경우 신분증 생략 가능), 수임인에게 출고지시서를 발급할 때는 수임인에게 사업요령 제23조 제3호에서 정한 신분이 있음을 전제로, 위임장(최장 3개월 이내)이나 배우자 또는 직계가족임을 증명하는 서류(가족관계증명서 등)와 개인별 유류카드를 제시받아 위임 여부를 확인 한 후 위임받은 자의 신분증 사본을 출고지시서 뒷면에 첨부하여야 한다(사업요령 제35조 제1항, 제2항)5). 또한 원고들은 구 조세특례제한법 제106조의2 제20항에 따라 행정기관 등에 사망자료나 출국자료 등을 요청할 수도 있으므로, 어민들이 사망사실이나 출국사실을 신고하지 아니하였다는 사정만으로 원고들에게 관련 주의의무를 위반하지 아니하였다고 볼 수 없다. 어업용 면세유 수급에 있어 출고지시서는 유류 인수권한을 부여한 증표에 해당하는바, 이와 같이 어민의 위임을 받아 출고지시서를 발급받는 것은 매우 예외적으로 이루어지는 것이고, 출고지시서를 발급할 때 본인임을 확인하는 절차는 면세유의 관리에 있어 면세유류 공급카드나 출고지시서를 타인에게 양도하는 경우를 사전에 차단하여 부정유통을 막기 위한 핵심적인 사항이므로, 원고들로서는 관련 규정에 따라 본인 여부 확인 절차를 준수하여 출고지시서를 발행하여야 할 것이다.

3) 해외로 출국한 어민에 대하여 발급된 경우(원고 AAAAAAAEE의 별지 2 목록 순번 1 내지 17 기재 각 출고지시서 발급행위, 원고 HH시EE의 별지 2 목록 순번 231 내지 240, 454 내지 463, 466 내지 489, 508 내지 552 기재 각 출고지시서 발급행위)

앞서 본 관련 법리 및 관계 법령에 비추어 보면, '해외로 출국한(해외여행 중인) 어민' 명의로 출고지시서가 발급된 경우 중에서 원고들이 사업요령 제23조 제3호에서 정한 선장, 기관장, 사무장 또는 선주의 배우자, 직계가족으로부터 위임장(사업요령이 2011. 12. 30. 개정된 이후에는 최장 3개월 이내의 것)이나 배우자 또는 직계가족임을 증명하는 서류(사업요령이 2011. 12. 30. 개정된 이후에는 가족관계증명서)와 개인별 유류카드를 제시받아 위임 여부를 확인 한 후 위임받은 자의 신분증 사본을 출고지시서 뒷면에 첨부하고, 최근 어업을 영위하는지 확인할 수 있는 서류(위판증명서류 또는 수산물 거래증명 확인서 또는 선박출입항신고서)를 제출받아 출고지시서를 발급한 경우에는 관리를 부실하게 하였다고 볼 수 없고, 그렇지 않은 경우에는 원고들에게 관리를 부실하게 한 과실을 인정할 수 있을 것이다.

가) 원고 AAAAAAAEE

(1) 먼저, 원고 AAAAAAAEE의 별지 2 목록 순번 1 내지 17 기재 각 출고지시서 발급행위에 관하여 위 원고가 사업요령 규정에 따라 징구자료를 통하여 위 임관계를 상당한 정도로 확인하였는지에 관하여 살피건대, 앞서 본 증거들에 갑 12호증의 2, 갑 13호증의 2의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 원고 AAAAAAAEE은 별지 2 목록 순번 1 내지 15 기재 각 발급행위(2010. 1. 12.부터 2011.11. 7.까지의 발급행위)에 대하여는 별지 2 목록의 해당 부분 기재와 같이 해외출국 중 인 어민으로부터 각 어민의 사무장에 대한 위임장과 수임인의 신분증 사본을 제출받아 위임 여부를 확인하고, 최근 어업을 확인할 수 있는 위판증명서류 또는 수산물 거래증명 확인서 또는 선박출입항신고서를 제출받아 적법한 위임 여부 및 실제 조업사실을 상당한 정도로 확인한 것으로 보인다. 따라서 이 부분 출고지시서 발급행위와 관련된 부분, 즉 피고 SSS세무서장이 2014. 2. 1. 원고 AAAAAAAEE에 대하여 한 별지 1 목록 순번 34 내지 40, 42 내지 45 기재 2010년, 2011년 귀속 각 교통・에너지・환경세, 각 교육세 가산세 부과처분, 2010년 1, 2기 및 2011년 1, 2기 귀속 각 부가가치세 가산세 부과처분은 그 처분사유가 존재하지 아니하여 위법하므로 취소되어야 한다.

(2) 이에 대하여 피고 SSS세무서장은, 원고 AAAAAAAEE이 제출한 위임장은 모두 위임하는 어민이 해외에 체류하는 기간 중에 작성되었고 어민의 실제 직원이 아닌 자가 수임인으로 표시되어 있기도 하는 점에 비추어 원고 AAAAAAAEE이 이 사건 각 가산세 부과처분이 내려진 이후에 위임장을 사후에 조작하여 제출한 것으로 보이므로 이를 믿을 수 없고, 따라서 원고 AAAAAAAEE의 출고지시서 발급행위에 대한 관리 부실이 인정된다고 주장한다. 그러나 위임하는 어민이 해외에 체류하는 기간 중에도 포괄적으로 위임하여 위임장을 작성하는 것이 가능하고, 해당 부분 위임장에 기재된 수임인들이 당시 위임인의 '사무장'으로 재직하였던 점에 비추어 보면, 을 29호증의 기재만으로는 원고 AAAAAAAEE이 위임장을 사후에 조작하여 제출한 것이라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 피고 SSS세무서장의 위 주장은 이유 없다.

(3) 그러나 위 부분을 제외한 나머지 원고 AAAAAAAEE의 출고지시서 발급행위 가운데, ① 별지 2 목록 순번 16 기재 2012. 12. 7.자 출고지시서 발급행위는 000 '가족'인 ***에게 위임한 것으로 원고 AAAAAAAEE이 위임장과 수임인의 신분증 사본을 제출받기는 하였으나, 2011. 12. 30. 개정된 사업요령 제35조 제2항에 따라 수임인 ***이 위임인 000의 배우자 또는 직계가족임을 증명하는 가족관계증명서 등의 서류를 제시받아 위임 여부를 확인하였다는 점을 인정할 만한 아무런 자료가 없고, 위임장에 위임기간(최장 3개월 이내)도 기재되어 있지 아니하므로, 원고 AAAAAAAEE이 위임관계를 상당한 정도로 확인하였다고 보기 어렵고, ② 별지 2 목록 순번 17 기재 2012. 12. 15.자 출고지시서 발급행위는, 원고 AAAAAAAEE이 위임장과 수임인의 신분증 사본을 제출받기는 하였으나, 위임장에 위임기간(최장 3개월 이내)도 기재되어 있지 않고, 최근 어업을 확인할 수 있는 위판증명서류 또는 수산물 거래증명 확인서 또는 선박출입항신고서를 제출받지 아니하여, 원고 AAAAAAAEE이 적법한 위임 여부 및 실제 조업사실을 상당한 정도로 확인하였다고 보기 어려워 관리 부실이 인정되므로, 이 부분 출고지시서 발급행위와 관련된 부분, 즉 피고 SSS세무서장이 2014. 2. 1. 원고 AAAAAAAEE에 대하여 한 별지 1 목록 순번 41, 46 기재 2012년 귀속 교통・에너지・환경세, 2012년 2기 귀속 부가가치세 가산세 부과처분은 그 처분사유가 존재한다고 봄이 타당하다.

나) 원고 HH시EE

다음으로, 원고 HH시EE의 별지 2 목록 순번 231 내지 240, 454 내지 463, 466 내지 489, 508 내지 552 기재 각 출고지시서 발급행위에 관하여 살피건대, 앞서 본 증거들에 갑 12호증의 1, 갑 13호증의 1의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 원고 HH시EE은 별지 2 목록 해당 부분 기재와 같이 해외출국 중인 어민에 대하여 위임장 및 수임인의 신분증 사본과 최근 어업 영위 여부를 확인할 수 있는 위 판증명서류 또는 수산물 거래증명 확인서 또는 선박출입항신고서를 전혀 제출받지 않았는바(별지 2 목록 순번 550 기재 출고지시서 발급행위의 경우 위임장만 제출하였다), 위 인정 사실에 의하면, 원고 HH시EE이 적법한 위임 여부 및 실제 조업사실을 제대로 확인하지 아니한 채 해외출국 중인 어민의 명의로 출고지시서 등을 발급한 관리부실이 인정되므로, 그 처분사유가 존재한다고 봄이 타당하다.

4) 사망한 어민에 대하여 발급된 경우(원고 HH시EE의 별지 2 목록 순번 492 내지 507 기재 각 출고지시서 발급행위) '해외로 출국한 어민'의 명의로 출고지시서가 발급된 경우와는 달리 '사망한 어민'의 명의로 출고지시서가 발급된 경우에는 사망한 어민은 적법하게 위임할 수 없음이 명백하고, 원고 HH시EE으로서는 위임장을 제출받으면 선박 출입항신고서 사본 정보화면을 조회하여 위임자의 서명 진부를 확인함으로써 그 위임장의 진부를 용이하게 확인할 수 있고, 필요시 구 조세특례제한법 제106조의2 제20항에 따라 행정기관 등에 사망자료를 요청할 수 있으므로, '사망한 어민'의 명의로 출고지시서가 발급된 경우에는 설령 원고 HH시EE이 징구자료를 통하여 위임관계를 확인하였다고 하더라도 그러한 사정만으로는 원고 HH시EE에게 관리 부실이 없다고 할 수 없을 것이다. 그런데 원고 HH시EE은 별지 2 목록 순번 492 내지 507 기재에서 보는 바와 같이 '사망한 어민' 명의의 각 출고지시서 발급행위에 관하여는 어떠한 서류도 징구하지 않았다.

따라서 이 사건 각 출고지시서 발급행위 중 사망한 어민에 대하여 출고지시서가 발급된 부분은, 원고 HH시EE이 출고지시서의 발급상대방이 본인인지 여부와 실제 조업사실을 제대로 확인하지 아니한 채 사망한 어민의 명의로 출고지시서 등을 발급한 관리 부실이 인정되므로 그 처분사유가 인정된다고 봄이 타당하다.

5) 조업중단(계선) 중인 어선에 대하여 발급된 경우(원고 HH시EE의 별지 2 목록 순번 223 내지 230, 446 내지 453 기재 각 출고지시서 발급행위)

사업요령 제52조 제2항 제5호는 행정관청에 계선 중인 어선에 대하여는 해당기간 동안 면세유류의 공급을 중단하여야 한다고 규정하고 있고, 사업요령 제21조 제1항은 유류카드 발급시에는 선박검사증서 사본 등을 징구・보관하되 그 유효기간 경과 여부 등을 철저히 확인하여야 한다고 규정하고 있으며, 사업요령 제22조 제5항 제1호에 따르면 유류카드의 유효기간은 발급일로부터 어업면허증상의 유효기간과 선박검사증서상의 유효기간 중 일찍 도래하는 기일을 만료일로 한다고 규정하고 있으므로, 유류공급에 있어서 유효한 선박검사증서의 확인은 기본적으로 이루어져야 하는 사항이다. 그리고 면세유류 관리기관인 원고 HH시EE은 필요시 구 조세특례제한법 제106조의2 제20항에 따라 행정기관 등에 선박검사증서의 반납 여부에 관한 자료를 요청할 수도 있다. 따라서 '조업중단(계선) 중인 어선'에 대하여 출고지시서가 발급된 경우에는 원고들이 징구자료를 통하여 선박검사증서의 유효기간을 확인하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한 원고 HH시EE에게 관리 부실이 인정된다고 볼 것인데, 원고 HH시EE은 별지 2 목록 순번 223 내지 230, 446 내지 453 기재에서 보는 바와 같이 '조업중단(계선) 중인 어선'에 대한 출고지시서 발급행위에 관하여는 실제 조업 사실을 확인할 수 있는 어떠한 서류도 징구하지 아니한 관리 부실이 인정되므로, 그 처분사유가 존재한다고 봄이 타당하다.

6) 폐선에 대하여 발급된 경우(원고 HH시EE의 별지 2 목록 순번 18 내지 222, 241 내지 445, 464, 465, 490, 491 기재 각 출고지시서 발급행위)

사업요령 제21조 제1항은 유류카드 발급시에는 선박 등 보유 및 영어사실신고서를 징구, 보관하되 본인 여부 및 유효기간 경과여부 등을 철저히 확인하여야 한다고 규정하고 있고, 사업요령 서식 출고지시서(별지 4 참조)에는 해당 선박의 선박명과 선박번호를 기재하도록 되어 있으며, 사업요령 제33조 제2호는 급유소 직원이유류를 공급할 때에는 출고지시서에 명시된 선명과 실제 수유하는 어선이 동일한지의 여부를 확인하여야 한다고 규정하고 있다. 그리고 면세유류 관리기관인 원고 HH시EE은 필요시 구 조세특례제한법 제106조의2 제20항에 따라 행정기관 등에 어선의 등록 말소 여부에 관한 자료를 요청할 수도 있다.

그런데 원고 HH시EE은 별지 2 목록 순번 18, 19, 103 내지 120, 176 내지198, 326 내지 344, 394 내지 421, 464, 465, 490, 491 기재 '폐선'에 대한 출고지시서발급행위에 대하여는 사업요령 제35조 제2항에서 규정한 실제 조업사실을 확인할 수 있는 서류를 전혀 제출받지 않았다. 그리고 나머지 별지 2 목록 순번 20 내지 102, 121 내지 175, 199 내지 222, 241 내지 325, 345 내지 393, 422 내지 445 기재 '폐선'에 대한 출고지시서 발급행위에 관하여는, 갑 13호증의 1의 기재에 의하면, 원고 HH시EE이 이 부분 출고지시서를 발급하면서 FFF에 대한 위판증명서류를 제출받은 사실은 인정되나, 위 위판증명서류에 해당 선박의 선박명이나 선박 번호가 전혀 기재되어 있지 아니한 점에 비추어, 원고 HH시EE은 해당 부분에 관하여 출고지시서에 명시된 선명과 실제 수유하는 어선의 동일 여부를 제대로 확인하지 않은 것으로 판단된다. 따라서 이 사건 각 출고지시서 발급행위 중 폐선 중인 어선에 대하여 출고지시서가 발급된 부분은, 원고 HH시EE이 출고지시서에 명시된 어선과 수유하는 어선이 동일한 어선인지 여부 및 해당 어선의 실제 조업 사실을 제대로 확인하지 아니한 관리부실이 인정되므로, 그 처분사유가 존재한다고 봄이 타당하다.

라. 소결

1) 결국 피고 SSS세무서장이 2014. 2. 1. 원고 AAAAAAAEE에 대하여 한별지 1 목록 순번 34 내지 40, 42 내지 45 기재 각 부과처분은 각 처분사유를 결한 처분으로서 위법하여 취소되어야 하므로, 이 점을 지적하는 원고 AAAAAAAEE의 위 주장은 위 인정 범위 내에서 이유 있다.

2) 그러나 원고 AAAAAAAEE에 대한 나머지 처분인 별지 1 목록 순번 41, 46 기재 각 부과처분과, 피고 SSS세무서장이 2013. 12. 5. 원고 HH시EE에 대하여 한 별지 1 목록 순번 1 내지 12, 순번 47 내지 62 기재 각 부과처분, 피고 00세무서장이 2014. 1. 13. 원고 HH시EE에 대하여 한 별지 1 목록 순번 13 내지 24 기재 각 부과처분, 피고 북HH세무서장이 2014. 1. 9. 원고 HH시EE에 대하여 한 별지 1 목록 순번 25 내지 33 기재 각 부과처분은 해당 출고지시서 발급행위에 관하여 원고들의 관리 부실이 인정되어 처분사유가 존재하므로, 원고 AAAAAAAEE의 나머지 주장 및 원고 HH시EE의 위 주장은 이유 없다.

5. 결론

그렇다면 원고 AAAAAAAEE의 피고 SSS세무서장에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 원고 AAAAAAAEE의 피고 SSS세무서장에 대한 나머지 청구 및 원고 HH시EE의 피고들에 대한 각 청구는 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

심급 사건

참조조문

참조판례