1. 구 조세특례제한법(2002. 12. 11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제99조 제1항 제2호(이하 '이 사건 법률조항'이라 한다)는 거주자가 신축주택취득기간 (국민주택의 경우에는 1998. 5. 22.부터 1999. 12. 31.까지) 내에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하여 취득한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하도록 하는 내용의 과세특례를 규정하고 있다.

2. 원심은 제1심판결 이유를 인용하여, 원고의 남편 B이 신축주택취득기간 내인 1999. 12. 27. 주택건설업자인 풍전건설 주식회사(이하 '풍전건설'이라 한다)와 국민주택인 이 사건 신축주택에 관하여 분양계약을 체결하고 계약금을 납부한 후 나머지 분양대금을 일정에 따라 납부하여 2002. 4. 13. 이를 취득한 사실, 그 후 B이 2003. 1. 12. 사망하여 배우자인 원고가 이 사건 신축주택을 단독으로 상속하고, 2008. 10. 31. 이를 양도한 사실 등을 인정한 다음, ① 원고 남편이었던 B은 풍전건설로부터 이 사건 신축주택을 매입하여 미분양주택의 분양에 기여하였고 원고는 B의 사망에 따라 이를 상속하였으므로, 원고에게 양도소득세 감면 혜택을 주는 것이 신규주택의 수요창출을 통하여 건설경기 및 부동산 경기의 회복을 지원하고 주택건설을 촉진하려는 이 사건 법률조항의 입법 취지에 부합하는 점, ② 원고는 B으로부터 이 사건 신축주택을 매수하는 등 특정승계한 경우가 아니고, 소득세법상 1세대 1주택 양도소득세 비과세 규정을 적용할 때 B의 배우자로서 B과 함께 1세대를 구성하므로, 원고에게 이 사건 법률조항에서 정한 과세특례를 적용한다고 하여 그 입법 취지에 위배된다고 볼 수도 없는 점 등에 비추어 보면, 원고의 이 사건 신축주택 양도도 이 사건 법률조항에서 정한 과세특례의 적용대상이 된다는 이유로, 그와 다른 전제에서 한 피고의 이 사건 양도소득세 부과처분이 위법하다고 판단하였다.

3. 그러나 원심의 이러한 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.이 사건 법률조항은 양도소득세의 감면을 통하여 주택신축 및 분양을 장려함으로써 침체된 건설경기 및 부동산시장을 활성화하려는 데 그 입법 취지가 있다. 이러한 입법 취지와 그 문언 등에 비추어 볼 때 이 사건 법률조항에서 정한 과세특례의 적용대상은 원칙적으로 신축주택을 주택건설업자로부터 '직접' 취득한 거주자임이 분명하다. 그리고 구 조세특례제한법 제99조 제4항의 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것) 제99조 제1항, 제40조 제1항은 이 사건 법률조항에 따라 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 '신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액'을 다음의 산식 즉, '양도소득금액 X (취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가) / (양도 당시의 기준시가 - 취득 당시의 기준시가)'의 산식에 의하여 계산하도록 규정하고 있는데, 여기에서 말하는 '취득일 '도 거주자가 신축주택을 주택건설업자로부터 '직접' 취득한 날을 의미하는 것으로 해석함이 자연스럽다. 한편 소득세법 시행령 제163조 제9항에 의하면 거주자가 상속받은 자산을 양도하는 경우에는 상속개시일 당시 그 자산의 시가를 취득 당시의 실지거래가액으로 보아 양도차익을 산정하므로, 피상속인인 거주자가 신축주택을 주택건설업자로부터 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 사망한 경우에는 이 사건 법률조항에서 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하도록 정한 '신축주택 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액'은 상속인의 양도소득금액에 포함될 여지도 거의 없다. 이러한 점들에 비추어 보면, 원고와 같이 신축주택을 상속한 사람은 이 사건 법률조항에서 정한 과세특례의 적용대상이 아니라고 봄이 타당하고, 이는 상속인이 피상속인의 배우자라고 하여도 마찬가지이다. 그런데도 원심은 이와 달리, 원고와 같이 신축주택을 상속한 사람도 이 사건 법률조항에서 정한 과세특례의 적용대상이 된다고 보아 이 사건 양도소득세 부과처분이 위법하다고 판단하였으니, 이러한 원심판단에는 이 사건 법률조항에서 정한 과세특례의 적용대상에 관한 법리를 오해하여 판결에 영향을 미친 위법이 있다. 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

4. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원에 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.

주심대법관신영철

대법관이상훈

대법관김소영