2. 소송비용은 원고의 부담으로 한다.

가. 원고는 2006. 6. 하순경 소외 함BB을 통해 비상장법인인 CCC 주식회사(이하, 'CCC'이라 한다)의 전환사채를 303,750,000원에 취득하여 주식 6,750주(이하, '이 사건 주식'이라 한다)로 전환한 후 소유하고 있었다.

나. 코스닥 상장법인인 DDDDDDD 주식회사(이하, 'DDDDDDD'라 한다)는 2006. 6. 22. 누비 텍과 사이 에 주식을 포괄적으로 교환하여 DDDDDDD를 완전모회사, CCC을 완전자회사로 하는 내용의 주식의 포괄적 교환 계약을 체결하였다.

다. 위 주식교환계약을 체결함에 있어 DDDDDDD와 CCC은 우선 EE회계법인에 의뢰하여 그 중 CCC 발행 주식은 자산가치와 수익가치를 가중산술평균한 가액과 상대가치의 가액을 산술평균한 가액을 기초로 1주당 99,134원으로 평가하고, DDDDDDD 발행 주식은 주식교환을 위한 이사회결의일(2006. 6. 22.)과 교환계약을 체결한 날(2006. 6. 22.) 중 빠른 날의 전날을 기산일로 하여 산정된 기준주가를 기초로 1주당 2,953원으로 평가한 다음 CCC 주식 1주당 DDDDDDD 주식 33.5706061주의 비율로 교환하는 것으로 약정하였다.

라. 위 주식교환계약에 따라 2006. 9. 12. DDDDDDD는 CCC의 완전 모회사가 되었고, CCC은 DDDDDDD의 완전 자회사가 되었으며, 그 과정에서 원고 소유의 이 사건 주식은 DDDDDDD에게 이전되었고 원고는 그 대신 코스닥 상장법인인 DDDDDDD의 주식 226,601주를 취득하여 위 회사의 주주가 되었다.

마. 이후 피고는 2009. 7. 13. 원고에게 비상장법인의 주식인 이 사건 주식의 양도와 관련하여 실지 양도가액을 주식교환일인 2006. 9. 12. 전 1개월간 DDDDDDD 주식의 종가 평균(주당 2,555원)을 적용한 578,965,555원으로, 취득가액을 전환사채 매입가액인 303,750,000원으로 하여 산정한 양도소득세 36,224,806원을 2006년도 귀속 양도소득세로 부과하는 처분을 하였다.

바. 이에 원고는 2009. 9. 11. 국세청장에게 위 양도소득세 부과처분의 취소를 구하 는 심사청구를 제기하였고, 국세청장은 국세심사위원회의 심의를 거쳐 2009. 11. 27 CCC의 전환사채를 303,750,000원에 취득하여 주식 6,750주로 전환한 후 DDDDDDD 주식 226,601주로 교환한 실제 당사자가 누구인지 여부와 위 주식교환계약에 따른 실지 양도가액을 재조사하여 그 각 결과에 따라 양도소득세 과세 여부 및 양도소득세 과세표준, 세액을 경정하라는 취지의 결정을 하였다.

사. 그 후 피고는 국세청장의 위 결정에 따라 재조사를 거쳐 CCC의 전환사채를 303,750,000원에 취득하여 주식 6,750주로 전환한 후 DDDDDDD 주식 226,601주로 교환한 실제 당사자가 원고이고, 이 사건 주식의 실지 양도가액은 위 주식교환계약에서 평가한 CCC의 1주당 평가액 99,134원을 적용하여 산정하여야 한다는 이유로 2010. 5. 1. 원고에 대하여 위와 같은 방법으로 산정한 2006년 귀속 양도소득세 49,985,627C본세 36,290,450원, 가산세 13,695,177원)에서 기 결정, 고지한 세액 36,224,806원을 공제한 잔액 13,760,821원을 납부하도록 고지하는 처분을 하였다(이하, 위와 같이 양도소득세를 49,985,627원으로 증액 경정한 처분을 이 사건 처분이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제l 내지 6호증(가지변호 포함), 을 제8 내지 12호증, 을 제16 내지 51호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고는 소외 함JJ에게 DDDDDDD의 주식을 매수하도록 자금을 투자하였을 뿐이고, 실제 CCC의 전환사채를 매입하여 이 사건 주식으로 전환한 후 DDDDDDD의 주식과 교환한 것은 함JJ이므로, 이러한 사실을 알지 못하는 원고에게 이 사건 주식의 교환과 관련한 양도소득세를 부과하는 것은 실질과세의 원칙에 위배된다.

(2) 가사 원고가 이 사건 주식을 취득하여 DDDDDDD의 주식과 교환까지 한 것으로 본다 하더라도, CCC과 DDDDDDD 사이에 체결된 주식교환계약은 기존 주식의 포괄적 교환계약으로서 당사자 회사들 간에 완전 모자회사 관계를 창설하는 조직법상의 행위에 해당하여 통상의 교환계약과는 다르므로, 위와 같은 포괄적 주식교환 계약에 대하여 양도소득세를 부과할 수는 없다.

(3) 나아가, 위와 같은 주식의 교환은 CCC과 DDDDDDD가 합병하면서 소멸한 CCC의 주주가 존속하는 회사인 DDDDDDD로부터 주식을 교부받은 경우에 해당하여 소득세법 제17조 제1항 제3호에서 정하는 바와 같이 소멸한 CCC의 주식을 취득하기 위하여 소요된 금액을 초과하는 금액에 한하여 의제배당으로서 배당소득으로 과세할 수 있을 뿐이다.

(4) 끝으로, 주식의 교환에 있어서 양도차익은 교환 대상 주식 가액의 차액이 되는데, 이와 달리 교환 계약 체결 당시 이 사건 주식의 평가액을 기준으로 양도차익을 산정한 것은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) CCC의 전환사채를 303,750,000원에 취득하여 주식 6,750주로 전환한 후 DDDDDDD 주식 226,601주와 교환한 실제 당사자가 원고인지 아니면 함JJ인지 여부

(가) 위 제1항의 인정사실 및 앞서 제1항에서 설시한 증거들에 의하면, DDDDDDD가 2006. 6. 22. CCC과 사이에 주식을 포괄적으로 교환하여 DDDDDDD를 완전모회사, CCC을 완전 자회사로 하는 내용의 주식의 포괄적 교환 계약을 체결한 사실, CCC의 대표이사이던 소외 김KK과 소외 함JJ은 DDDDDDD의 경영권을 공동으로 양수하여 운영하기로 하고 위 주식교환계약 체결 무렵인 2006. 6. 21.경 위 회사의 주주인 구LL, 구MM와 사이에 DDDDDDD 주식 3,000,000주와 위 회사의 경영권을 150억 원에 양수하기로 하는 계약(양수인 명의는 CCC, 전N, 함JJ)을 체결한 후 함JJ이 소외 전N으로부터 차용한 8억 원을 위 주식양수계약의 계약금으로 구LL에게 송금(5억 원은 전N 명의로, 3억 원은 함JJ의 처인 황PP 명의로 각 송금)한 사실, 그 후 함JJ은 원고, 소외 고QQ, 최RR로부터 금원을 송금 받아 2006. 6. 27. 구LL에게 위 주식양수계약의 중도금 일부로 송금하였고, 위와 같은 주식양수계약 체결 및 이행과정에서 원고는 DDDDDDD의 주식을 취득하여 준다는 함JJ의 약속을 믿고 2006. 6. 27.까지 함JJ에게 3회에 걸쳐 합계 3억 420만 원을 송금하여 준 사실, 그 후 함JJ이 나머지 매매대금을 마련하지 못하여 위 주식양수계약의 이행을 하지 못하게 되자 공동 양수인인 김KK은 함JJ을 위 주식양수계약에서 제외시키기로 하되 함JJ이 기존에 지급한 주식양수대금을 반환하는 대신에 DDDDDDD와 사이에 주식의 포괄적 교환을 추진하고 있던 CCC의 전환사채 발행액 중 일부를 함JJ에게 지급하기로 하고, 그의 동의하에 그에게 주식양수대금을 투자한 원고, 고QQ, 최RR, 황PP, 김SS 외 11인에게 CCC이 2006. 6. 20. 및 같은 달 21. 발행한 제3, 4회 전환사채 4,680,000,000원 및 9,000,000,000원 등 합계 5,580,000,000원 중 일부씩을 인수하도록 한 사실, 이에 따라 원고는 2006. 6. 하순경 기존에 DDDDDDD 주식의 양수 대금으로 함JJ에게 투자한 3억 420만 원 중 303,750,000원에 상당한 CCC의 전환사채를 취득한 후 2006. 6. 30.경 이를 CCC의 주식 6,750주로 전환한 사실, 그 후 DDDDDDD와 CCC 사이의 위 주식교환계약에 따라 2006. 9. 12. CCC의 총 발행주식 486,200주가 DDDDDDD 주식 16,322,025주로 교환되면서 DDDDDDD는 CCC의 완전 모회사가 되고, CCC은 DDDDDDD의 완전 자회사가 되자 원고 소유의 이 사건 주식도 DDDDDDD에게 이전되고 그 대신에 원고는 DDDDDDD의 주식(신주) 226,601주를 취득하여 위 회사의 주주가 된 사실을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면, 함JJ이 2006. 6. 하순경 주식양수대금을 제 때에 지불하지 못하여 위 주식양수계약에서 제외되면서 DDDDDDD의 주식을 양수하는 대신에 양수대금에 상당한 CCC의 전환사채를 인수하기로 하고 공동 양수인으로서 CCC의 대표이사이던 김KK의 승낙 하에 함JJ의 투자자인 원고 등에게 CCC의 제3, 4회 전환사채 발행액 중 일부씩를 취득하도록 하였고, 그 과정에서 원고는 함JJ에게 투자한 금원 중 303,750,000원에 상당한 CCC의 전환사채를 취득 하여 주식 6,750주로 전환한 후 DDDDDDD 주식(신주) 226,601주로 교환하였다고 봄이 상당하다.

(나) 가사, 원고가 CCC의 전환사채를 303,750,000원에 취득하여 주식 6,750주로 전환한 후 DDDDDDD 주식 226,601주와 교환하는 과정에서 이를 알지 못하였다고 하더라도, 앞서 설시한 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 원고가 이 사건과 관련한 세무조사 절차에서 2008. 11. 20. 최초로 '주식거래내용확인서' (을 제6호증)를 제출하면서 'CCC 주식회사가 발행하는 전환사채를 사두면 손해는 가지 않을 거라는 주위 사람들의 말을 믿고 위 회사 전환사채 2억 여원 상당을 매수하였다가 같은 해 11.경 전환청구 기간에 이를 전부 주식으로 전환한 후 합병회사인 DDDDDDD 주식 20여만 주를 배정받아 ZZZZ증권 저의 증권계좌에 입금하였다.'는 취지의 진술을 하였다는 점, ② 원고가 그 후 2008. 11. 24. 재차 '주식거래내용확인서'(을 제7호증)를 제출하면서 앞서 진술한 CCC 발행 전환사채의 취득 및 주식 전환 경위 등을 부인하기는 하였으나, 2006. 6.경 아는 사람의 권유로 DDDDDDD의 '신주'를 매수하기로 하고 합계 3억 1,420만 원을 송금하였다고 진술하였고, 당시 CCC은 2006. 6. 22. DDDDDDD와 주식을 포괄적으로 교환하여 DDDDDDD를 완전 모회사, CCC을 완전 자회사로 하는 내용의 주식의 포괄적 교환 계약을 체결한 상태여서 CCC의 전환사채 혹은 주식을 취득하여 DDDDDDD의 신주를 배정받는 방법 외에 달리 DDDDDDD의 신주를 취득할 수 있는 방법은 없어 보이는 점, ③ 위 주식교환계약 체결 당시 CCC 및 DDDDDDD의 주식 시세, 교환 비율 등을 고려할 때 CCC의 전환사채를 인수하여 이를 CCC의 주식으로 전환한 후 위 주식의 포괄적 교환 계약에 의하여 DDDDDDD의 신주를 취득하는 것이 코스닥 시장에서 DDDDDDD의 주식을 매수하는 것보다 원고에게 불리하였다고 보이지 않는 점, ④ 김KK(을 제10, 12호증) 및 함JJ(을 제11호증)은 모두 이 사건 세무조사 절차에서 원고가 함JJ에게 지급한 투자금의 대가로 CCC의 전환사채를 취득한 후 이를 CCC의 주식 6,750주로 전환한 다음 위 주식교환계약에 의하여 DDDDDDD의 주식을 취득한 것으로 확인하고 있는 점, ⑤ 원고가 이 사건 세무조사 절차에서 위와 같은 함JJ의 진술을 확인하고도 이 사건 소송에 이르기까지 함JJ이 원고의 위임 범위를 넘어서 법률행위를 하였다고 주장만 할 뿐 그에 대한 민, 형사상의 책임을 묻지 않고 있는 점, ⑥ 원고와 같은 시기에 함JJ에게 주식 투자금을 송금하였던 고QQ, 최RR가 원고와 같은 방식으로 CCC의 전환사채를 취득한 후 주식으로 전환하였다 가 앞서 본 주식의 포괄적 교환계약에 따라 DDDDDDD의 신주를 취득한 것에 관하여 2009. 7. 13. 및 같은 해 6. 1. 양도소득세 80,839,439원 및 51,527,589원을 각각 부과 받았으나 이를 다투지 않은 채 납부하거나 불복절차를 밟지 않았다는 점 등을 종합하면, 원고가 함JJ에게 금원을 송금할 당시 원고는 DDDDDDD의 신주를 취득 하는데 관하여 함JJ에게 포괄적 위임을 하였거나 최소한 사후에라도 CCC의 전환 사채를 취득하여 주식으로 전환한 후 DDDDDDD의 신주를 취득하는 것에 대하여 추인하였다고 인정되므로, 함JJ이 원고 명의로 CCC의 전환사채를 취득하였다가 주식으로 전환한 후 DDDDDDD의 신주로 교환한 법률행위의 효과는 원고에게 미친다고 봄이 상당하다.

(다) 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

(2) CCC과 DDDDDDD 사이에 체결된 주식교환계약이 기존 주식의 포괄적 교환계약으로서 당사자 회사들 간에 완전모자회사관계를 창설하는 조직법상의 행위에 해당하여 통상의 교환계약과 달리 양도소득세를 부과할 수 없는지 여부

"구 소득세법(2006. 12. 30. 법률 제8144호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법' 이라고 한다) 제4조 제1항 제3호, 제88조 제1항은 양도소득세의 과세대상이 되는 자산 의양도'라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다고 규정하고 있고, 같은 법 제94조 제1항 제3호는 주권상장법인 또는 코스닥 상장법인이 아닌 법인 의 주식 등의 양도로 인하여 발생한 소득도 자산의 양도에 포함시키고 있으므로, 교환에 의한 주권상장법인 또는 코스닥 상장법인이 아닌 법인의 주식 등의 양도는 자산의 유상이전으로서 양도소득세 과세대상이 되는 양도에 해당한다 할 것이고(대법원 1997. 5. 7. 선고 96누16704 판결 등 참조), 나아가 비록 주식의 포괄적 교환이 상법상의 조 직행위에 해당하는 일면이 있다고 하더라도 주식의 포괄적 교환의 방법으로 주식을 취득하는 경우 교환되는 주식들의 가치를 평가하여 평가된 가치에 해당하는 수의 주식을 새로 취득하묘로 그 교환은 합의된 가치의 교환으로 볼 수 있어서 그에 의하여 이루어지는 주식의 양도를 자산의 유상 양도에 해당하지 않는다고 보기는 어려우므로, 이에 반하는 원고의 위 주장도 받아들이기 어렵다.",(3) CCC과 DDDDDDD 사이에 체결된 주식교환계약이 기존 주식의 포괄적 교환계약으로서 합병에 해당하는지 여부

주식의 포괄적 교환은 일정 회사와 다른 회사가 주식을 포괄적으로 교환함으로써 완전모자회사 관계를 창설하는 상법상의 행위로서(상법 제360조의2) 상법상의 절차에 따라 당사자인 회사의 전부 또는 일부가 해산하고 그 재산이 포괄적으로 존속회사 또는 신설회사에 이전됨과 동시에 그 주주가 존속회사 또는 신설회사의 주주가 되는 효과를 가져 오는 합병(상법 제522조 내지 제530조 등)과는 상법상의 조직법적 행위라는 공통점 외에 그 요건과 절차 및 효과 등에 있어서 서로 차이가 나는 별개의 행위에 해 당하므로(설제 구 소득세법 제17조 제2항 각 호에서는 의제배당의 유형으로 법인의 합 병 등을 포함시키고 있으나, 주식의 포괄적 교환은 포함시키지 않고 있다), 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장도 나아가 살펴 볼 필요 없이 받아들이기 어렵다.

(4) 주식의 교환에 있어서 양도차익의 산정 방법 (EE회계법인의 평가액을 이 사건 주식의 실지 양도가액으로 인정할 수 있는지 여부)

(가) 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 다목, 제96조 제1항의 규정에 의하면, 거래소에 상장되지 아니한 주식의 양도로 인하여 발생하는 양도소득세를 산정함에 있어 그 양도가액은 양도 당시의 실지거래가액에 의하도록 되어 있고, 구 소득세법 시행령 (2006. 9. 22. 대통령령 제19687호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 소득세법 시행령'이라 고 한다) 제176조의2 제l항 제3항에 의하면 양도자가 실지 거래가액으로 신고하여야 하는 경우에도 납세자의 장부 등의 증빙서류가 존재하지 않거나 허위임이 명백하여 실지 거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 양도가액을 양도자가 신고한 실지 거래가액으로 할 수 없고 추계조사의 방법을 적용하여 차례로 매매사례가액, 감정가액에 의하되 이러한 가액이 확인되지 아니하는 경우에는 기준시가에 의하여야 한다. 나아가 일반적으로 양도소득세액의 산정기준이 되는 실지양도가액이라 함은 거래 당시 양도자가 당해 자산을 양도함에 있어서 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하고, 사후에 양도 당시로 소급하여 한 시가감정에 의하여 파악되는 양도 당시의 객관적인 교환가치에 의한 가액을 가리키는 것은 아니다(대법원 1992. 5. 12. 선고 91누10848 판결 등 참조). 그리고 양도소득세의 과세대상이 되는 거래가 단순한 교환인 경우에는 그 실지양도가액을 확인할 수 없다고 할 것이지만, 교환대상 목적물에 대한 시가감정을 하여 그 감정가액의 차액에 대한 정산절차를 수반한 교환의 경우에는 그 실지양도가액을 확인할 수 있는 경우에 해당하고, 이 경우 교환으로 양도되는 목적물의 소유자가 교환으로 취득하는 목적물의 감정가액과의 차액을 현금으로 지급받는 경우에는 교환으로 취득하는 목적물의 감정가 액과 그 현금을 합한 금액이 교환으로 양도되는 목적물의 실지양도가액이 될 수 있다 고 할 것이다(대법 원 1997. 2. 11. 선고 96누860 판결 참조).

(나) 돌이켜 이 사건에서 보건대, 위 인정사실 및 앞서 제1항에서 설시한 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 코스닥 상장법인인 DDDDDDD가 비상장법인인 CCC과 사이에 주식을 포괄적으로 교환하여 DDDDDDD를 완전 모회사, CCC을 완전 자회사로 하는 내용의 주식의 포괄적 교환 계약을 체결하여 그 이행과정에서 이 사건 주식 또한 DDDDDDD 주식으로 교환된 점, ② 위 주식교환 시 비상장회사인 CCC의 주식 1주당 가치는 EE회계법인이 구 증권거래법(2007. 3. 29. 법률 제8315호로 개정되기 전의 것) 처11190조의2 제2항 제2호, 같은 법 시행령 (2006. 12. 29. 대통령령 제19806호로 개정되기 전의 것) 제84조의7 제1항 제2호 나목, 같은 법 시행규칙(2006. 11. 8. 재정경제부령 제527호로 개정되기 전의 것) 제36조의12 제3항 등 관련 규정에 따라 적정하게 평가한 감정평가액을 기초로 하여 산정되었고, 상장회사인 DDDDDDD의 주식 1주당 가치는 실제 거래소에서 거래되는 가액을 기준으로 평가되어 그 가치 평가가 객관성을 지니고 있는 점, ③ 포괄적 주식 교환의 방법으로 주식을 취득하는 경우 교환되는 주식들의 가치를 평가하여 평가된 가치에 해당 하는 수의 주식을 새로 취득하므로 그 교환은 합의된 가치의 교환으로 볼 수 있는 점, ④ 상장 주식을 교환으로 취득한 경우 그 환가 및 가액 평가가 용이하여 환가 및 평가가 어려운 물건을 교환하는 경우와 달리 볼 수 있는 점 등 제반 사정을 참작하면, 주식교환 과정에서 CCC의 주식 1주당 가액으로 평가된 99,134원은 CCC이 발행한 주식의 일부인 이 사건 주식의 교환거래에 있어서 적용된 실지거래가액이고 그 가액은 관련 서류에 의하여 확인 가능한 것이어서, 위 평가액 99,134원은 이 사건 주식의 양도와 관련한 양도소득세 산정의 기준이 되는 실지거래가액으로 봄이 상당하다. 따라서 이 부분에 대한 원고의 주장도 받아들이기 어렵다.

3.결론

그렇다면, 적법한 이 사건 처분의 취소를 구하는 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 한다.

심급 사건

참조조문

참조판례