원심판결 이유에 의하면, 원심은 피고 산하 안산세무서장이 원고가 1988.3.경 그 소유의 이 사건 부동산 4필지(뒤에 이 사건 부동산이라고 한다)와 서울 은평구 (주소 생략) 소재 대지 및 지상건물을 양도한데 대하여 양도소득세를 부과함에 있어서 이 사건 부동산에 관한 거래는 재산제세조사사무처리규정(1987.1.26. 국세청 훈령 제980호)제72조 제3항 제8호 소정의 투기거래에 해당한다는 이유로 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 이 사건 부과처분을 한 사실을 인정한 다음, 위 재산제세조사사무처리규정 제72조 제3항 제8호는 조세법률주의의 원칙에 반하는 무효의 규정이므로 이에 근거한 이 사건 부과처분중 이 사건 부동산에 관한 부분은 그 하자가 중대하고도 명백하여 당연무효이고, 따라서 피고는 이 사건 부과처분에 따라 이 사건 부동산에 대한 것으로 납부받은 금 257,650,905원을 부당이득금으로서 원고에게 반환할 의무가 있다고 판단하였다.

그런데, 소득세법 제23조 제1항 제1호 에 의하면 이 사건 부동산의 양도가 양도소득세의 부과대상이 됨이 명백한 바, 당시 시행되던 구소득세법(1990.12.31.법률 제4281호로 개정되기 전의 것)제23조 제4항 단서, 제45조 제1항 제1호 단서 및 구소득세법시행령(1989.8.1. 대통령령 제12767호로 개정되기 전의 것)제170조 제4항 제2호 는 양도차익산정의 예외적인 방법인 실지거래가액에 의하여야 할 경우로서 국세청장이 지정하는 투기거래를 들고 있고, 위 각 조항의 위임에 따라 국세청 훈령인 위 재산제세조사사무처리규정 제72조 제3항 제8호는 "국세청장, 지방국세청장 또는 세무서장의 투기억제에 관련한 세무조사와 양도소득세 공정과세위원회의 자문을 거쳐 세무서장(또는 지방국세청장)이 투기거래로 인정한 때"를 투기거래의 하나로서 규정하고 있으나, 위 재산제세조사사무처리규정 제72조 제3항 제8호는 조세법률주의의 원칙에 위반한 무효의 규정이라는 것이 당원의 견해( 당원 1990.5.8. 선고 89누 8149 판결 등 참조)이므로, 원심이 확정한 바와 같이 원고의 이 사건 부동산거래를 위 재산제세조사사무처리규정 제72조 제3항 제8호 소정의 투기거래로 인정하여 그 실지거래가액에 따라 양도차익을 산정한 이 사건 부과처분은 일응 하자 있는 경우에 해당한다 할 것이다.

그러나 부과처분에 내용상의 하자가 있는 경우라도 부과대상이 아니거나 납세의무 없는 자에 대한 부과처분과 같이 부과처분을 하지 않았어야 하는데 잘못 부과처분을 한 경우에는 그 하자가 중대하고 명백하다고 할 것이나, 이 사건과 같이 투기거래로 인정할 수 없어 원칙적인 방법인 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는데도 무효인 위 재산제세조사사무처리규정 제72조 제3항 제8호를 근거로 투기거래로 잘못 인정하고 예외적인 방법인 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정한 경우는 단순히 양도차익의 산정방법이 잘못된 것으로서 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 수 없다 할 것이고, 따라서 이러한 하자는 그 부과처분의 취소사유에 불과하다고 보아야 할 것이다.

그렇다면 위 재산제세조사사무처리규정 제72조 제3항 제8호에 근거하여 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 부과한 이 사건 부과처분중 이 사건 부동산에 관한 부분은

순위법사유가 있는데 불과하여 이는 취소사유로 될 뿐 무효사유는 아니라 할 것인데도 원심이 위 부분을 당연무효라고 인정하여 그에 해당하는 금원을 부당 이득금으로서 반환할 것을 명한 것은 당연무효사유에 관한 법리를 오해하여 판결결과에 영향을 미친 위법이 있다 할 것이므로 이 점을 지적하는 논지는 이유가 있다.

그러므로 원심판결을 파기하고 사건을 서울고등법원으로 환송하기로 관여 법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.